Result of FASTA (omim) for
pF1KB0496
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB0496, 1042 aa
1>>>pF1KB0496 1042 - 1042 aa - 1042 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5842+/-0.000483; mu= 20.9771+/- 0.030
mean_var=78.1565+/-15.955, 0's: 0 Z-trim(108.8): 86 B-trim: 156 in 1/54
Lambda= 0.145075
statistics sampled from 16867 (16952) to 16867 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.54), E-opt: 0.2 (0.199), width: 16
Scan time: 13.620
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_011513117 (OMIM: 600478,614602) PREDICTED: heli (1033) 813 180.9 3.3e-44
NP_008860 (OMIM: 600478,614602) helicase SKI2W [Ho (1246) 813 180.9 3.8e-44
XP_011510654 (OMIM: 604419) PREDICTED: DNA polymer (2183) 310 75.8 3e-12
XP_011510645 (OMIM: 604419) PREDICTED: DNA polymer (2545) 310 75.8 3.4e-12
NP_955452 (OMIM: 604419) DNA polymerase theta [Hom (2590) 310 75.8 3.4e-12
XP_011510649 (OMIM: 604419) PREDICTED: DNA polymer (2591) 310 75.8 3.4e-12
XP_016865695 (OMIM: 614217) PREDICTED: activating (1729) 270 67.4 8.2e-10
XP_011533697 (OMIM: 614217) PREDICTED: activating (2104) 270 67.4 9.6e-10
XP_011533698 (OMIM: 614217) PREDICTED: activating (2104) 270 67.4 9.6e-10
XP_016865694 (OMIM: 614217) PREDICTED: activating (2104) 270 67.4 9.6e-10
NP_006819 (OMIM: 614217) activating signal cointeg (2202) 270 67.4 9.9e-10
XP_011533696 (OMIM: 614217) PREDICTED: activating (2207) 270 67.4 9.9e-10
NP_001284686 (OMIM: 606769) helicase POLQ-like iso ( 557) 249 62.6 6.9e-09
NP_001284685 (OMIM: 606769) helicase POLQ-like iso ( 604) 249 62.7 7.3e-09
XP_016863171 (OMIM: 606769) PREDICTED: helicase PO ( 604) 249 62.7 7.3e-09
XP_016863172 (OMIM: 606769) PREDICTED: helicase PO ( 604) 249 62.7 7.3e-09
XP_011530711 (OMIM: 616725) PREDICTED: probable AT (1093) 250 63.0 1e-08
XP_016864320 (OMIM: 616725) PREDICTED: probable AT (1093) 250 63.0 1e-08
XP_016863169 (OMIM: 606769) PREDICTED: helicase PO ( 928) 249 62.8 1e-08
XP_006714139 (OMIM: 606769) PREDICTED: helicase PO ( 950) 249 62.8 1.1e-08
XP_005262770 (OMIM: 606769) PREDICTED: helicase PO ( 995) 249 62.8 1.1e-08
XP_016863168 (OMIM: 606769) PREDICTED: helicase PO ( 997) 249 62.8 1.1e-08
NP_001284684 (OMIM: 606769) helicase POLQ-like iso (1034) 249 62.8 1.1e-08
XP_005262768 (OMIM: 606769) PREDICTED: helicase PO (1064) 249 62.8 1.2e-08
NP_598375 (OMIM: 606769) helicase POLQ-like isofor (1101) 249 62.8 1.2e-08
XP_011530707 (OMIM: 616725) PREDICTED: probable AT (1674) 250 63.2 1.4e-08
XP_011530706 (OMIM: 616725) PREDICTED: probable AT (1675) 250 63.2 1.4e-08
XP_016864318 (OMIM: 616725) PREDICTED: probable AT (1675) 250 63.2 1.4e-08
NP_001012985 (OMIM: 616725) probable ATP-dependent (1706) 250 63.2 1.5e-08
NP_001332856 (OMIM: 616725) probable ATP-dependent (1707) 250 63.2 1.5e-08
XP_005263398 (OMIM: 616725) PREDICTED: probable AT (1707) 250 63.2 1.5e-08
XP_006714471 (OMIM: 616725) PREDICTED: probable AT (1707) 250 63.2 1.5e-08
XP_005263400 (OMIM: 616725) PREDICTED: probable AT (1707) 250 63.2 1.5e-08
XP_011530705 (OMIM: 616725) PREDICTED: probable AT (1707) 250 63.2 1.5e-08
XP_011530704 (OMIM: 616725) PREDICTED: probable AT (1707) 250 63.2 1.5e-08
XP_005263402 (OMIM: 616725) PREDICTED: probable AT (1707) 250 63.2 1.5e-08
XP_011530708 (OMIM: 616725) PREDICTED: probable AT (1672) 245 62.1 3e-08
XP_016861054 (OMIM: 604419) PREDICTED: DNA polymer (2201) 239 60.9 8.9e-08
XP_011510650 (OMIM: 604419) PREDICTED: DNA polymer (2420) 239 61.0 9.6e-08
XP_016859092 (OMIM: 601664,610359) PREDICTED: U5 s (2136) 236 60.3 1.3e-07
NP_054733 (OMIM: 601664,610359) U5 small nuclear r (2136) 236 60.3 1.3e-07
XP_011530405 (OMIM: 613974) PREDICTED: probable AT (1682) 231 59.2 2.3e-07
NP_060101 (OMIM: 613974) probable ATP-dependent RN (1712) 231 59.2 2.3e-07
XP_016855985 (OMIM: 615684,615724) PREDICTED: prob ( 816) 205 53.5 5.5e-06
XP_016855984 (OMIM: 615684,615724) PREDICTED: prob ( 816) 205 53.5 5.5e-06
XP_016855983 (OMIM: 615684,615724) PREDICTED: prob ( 876) 205 53.6 5.9e-06
XP_016855982 (OMIM: 615684,615724) PREDICTED: prob ( 878) 205 53.6 5.9e-06
XP_011539161 (OMIM: 615684,615724) PREDICTED: prob (1044) 205 53.6 6.8e-06
XP_016855981 (OMIM: 615684,615724) PREDICTED: prob (1114) 205 53.6 7.1e-06
XP_011539159 (OMIM: 615684,615724) PREDICTED: prob (1294) 205 53.7 8e-06
>>XP_011513117 (OMIM: 600478,614602) PREDICTED: helicase (1033 aa)
initn: 1478 init1: 770 opt: 813 Z-score: 914.7 bits: 180.9 E(85289): 3.3e-44
Smith-Waterman score: 1565; 38.1% identity (66.0% similar) in 762 aa overlap (80-790:250-995)
50 60 70 80 90 100
pF1KB0 GKLQSESTNNGKNKRDVDFEGTDEPIFGKKPRIEESITEDLSLADLMPRVKVQSVETVEG
: . : ::: : . . :.. :. :
XP_011 LGGGDEDENEAVGQPGGPRGDTVSASPCSAPLARASSLEDLVLKE--ASTAVSTPEAPEP
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110 120 130 140 150 160
pF1KB0 CTHEV-ALPAEE-----DYLPLKPRVGKAAKEYPFILDAFQREAIQCVDNNQSVLVSAHT
..: :.:.. :. : : . : .. : :.::..:: .. ..::.:.:::
XP_011 PSQEQWAIPVDATSPVGDFYRLIP---QPAFQWAFEPDVFQKQAILHLERHDSVFVAAHT
280 290 300 310 320 330
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pF1KB0 SAGKTVCAEYAIALALREKQRVIFTSPIKALSNQKYREMYEEFQDVGLMTGDVTINPTAS
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XP_011 SAGKTVVAEYAIALAQKHMTRTIYTSPIKALSNQKFRDFRNTFGDVGLLTGDVQLHPEAS
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pF1KB0 CLVMTTEILRSMLYRGSEVMREVAWVIFDEIHYMRDSERGVVWEETIILLPDNVHYVFLS
::.::::::::::: ::.:.:.. ::::::.::. : ::::::::..:.:::.: ..::
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pF1KB0 ATIPNARQFAEWICHLHKQPCHVIYTDYRPTPLQHYIFPAGGDG----LHLVVDENGDFR
::.::: .::.:: .:... .:: : ::.::.::.: .... : :..: : :.
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pF1KB0 EDNFNTAMQVLRD-AGDLAK---GDQKGRKGGTKGPSNVF-KIVKMIMERNFQPVIIFSF
.. .:... .. . :. . : ..:: .:. ... . : ::..:.:
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:. :. : .:.::..:. ::. .. .. . : :..:::: :. ::.::.:.
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pF1KB0 HHGGLLPILKETIEILFSEGLIKALFATETFAMGINMPARTVLFTNARKFDGKDFRWISS
::.:.:::::: .:.:::.::.:.::::::::::.:::::::.: . :: ::. :: .
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pF1KB0 GEYIQMSGRAGRRGMDDRGIVILMVDEKMSPTIG--KQLLKGSADPLNSAFHLTYNMVLN
:::.::.:::::::.: : :::. .. : .. .... :. . :.: :.:::.:.::
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pF1KB0 LLRVEEINPEYMLEKSFYQFQHYRAIPGVVEKVKNSEEQYNKIVIPNEESVVI----YYK
::::. . : :...:: .: . . . . . .. . . :. . .. ::.
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pF1KB0 IRQQLAKLGKEIEEYIHKPKYCLPFLQPGRLVKVKNEGDDFGWGVVVNFSKKSNVKPNSG
..:.. . :.. : . : :. ::.: :::. . ::... :..:. .
XP_011 WGEELTETQHMIQRRIMESVNGLKSLSAGRVVVVKNQEHHNALGVILQVSSNSTSR----
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pF1KB0 ELDPLYVVEVLLRCSK---ESLKNSATEAAKPAKPDEK-GEMQVVP------VLVHL---
: .:. :.: .. .. . .:. ::. : .: ..:.:
XP_011 ------VFTTLVLCDKPLSQDPQDRGPATAEVPYPDDLVGFKLFLPEGPCDHTVVKLQPG
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pF1KB0 -LSAISS--VRLYIPKDLRPVDNRQ-----------SVLKSIQEVQK---RFPDGIPLLD
..::.. .:. : :. ..:: .: ..::. . : : : ::
XP_011 DMAAITTKVLRVNGEKILEDFSKRQQPKFKKDPPLAAVTTAVQELLRLAQAHPAGPPTLD
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pF1KB0 PIDDMGIQDQGLKKVIQKVEAFEHRMYSHPLHNDPNLETVYTLCEKKAQIAIDIKSAKRE
:..:. ..:...
XP_011 PVNDLQLKDMSVVEGGLRARKLEELIQGAQCVHSPRFPAQCTPAKGQGEG
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>>NP_008860 (OMIM: 600478,614602) helicase SKI2W [Homo s (1246 aa)
initn: 1798 init1: 770 opt: 813 Z-score: 913.5 bits: 180.9 E(85289): 3.8e-44
Smith-Waterman score: 1983; 36.4% identity (65.5% similar) in 1013 aa overlap (80-1041:250-1244)
50 60 70 80 90 100
pF1KB0 GKLQSESTNNGKNKRDVDFEGTDEPIFGKKPRIEESITEDLSLADLMPRVKVQSVETVEG
: . : ::: : . . :.. :. :
NP_008 LGGGDEDENEAVGQPGGPRGDTVSASPCSAPLARASSLEDLVLKE--ASTAVSTPEAPEP
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pF1KB0 CTHEV-ALPAEE-----DYLPLKPRVGKAAKEYPFILDAFQREAIQCVDNNQSVLVSAHT
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NP_008 PSQEQWAIPVDATSPVGDFYRLIP---QPAFQWAFEPDVFQKQAILHLERHDSVFVAAHT
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pF1KB0 SAGKTVCAEYAIALALREKQRVIFTSPIKALSNQKYREMYEEFQDVGLMTGDVTINPTAS
:::::: :::::::: .. :.:.:::::::::::.:.. . : ::::.:::: ..: ::
NP_008 SAGKTVVAEYAIALAQKHMTRTIYTSPIKALSNQKFRDFRNTFGDVGLLTGDVQLHPEAS
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pF1KB0 CLVMTTEILRSMLYRGSEVMREVAWVIFDEIHYMRDSERGVVWEETIILLPDNVHYVFLS
::.::::::::::: ::.:.:.. ::::::.::. : ::::::::..:.:::.: ..::
NP_008 CLIMTTEILRSMLYSGSDVIRDLEWVIFDEVHYINDVERGVVWEEVLIMLPDHVSIILLS
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pF1KB0 ATIPNARQFAEWICHLHKQPCHVIYTDYRPTPLQHYIFPAGGDG----LHLVVDENGDFR
::.::: .::.:: .:... .:: : ::.::.::.: .... : :..: : :.
NP_008 ATVPNALEFADWIGRLKRRQIYVISTVTRPVPLEHYLFTGNSSKTQGELFLLLDSRGAFH
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pF1KB0 EDNFNTAMQVLRD-AGDLAK---GDQKGRKGGTKGPSNVF-KIVKMIMERNFQPVIIFSF
.. .:... .. . :. . : ..:: .:. ... . : ::..:.:
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:. :. : .:.::..:. ::. .. .. . : :..:::: :. ::.::.:.
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pF1KB0 HHGGLLPILKETIEILFSEGLIKALFATETFAMGINMPARTVLFTNARKFDGKDFRWISS
::.:.:::::: .:.:::.::.:.::::::::::.:::::::.: . :: ::. :: .
NP_008 HHSGILPILKEIVEMLFSRGLVKVLFATETFAMGVNMPARTVVFDSMRKHDGSTFRDLLP
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pF1KB0 GEYIQMSGRAGRRGMDDRGIVILMVDEKMSPTIG--KQLLKGSADPLNSAFHLTYNMVLN
:::.::.:::::::.: : :::. .. : .. .... :. . :.: :.:::.:.::
NP_008 GEYVQMAGRAGRRGLDPTGTVILLCKGRV-PEMADLHRMMMGKPSQLQSQFRLTYTMILN
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pF1KB0 LLRVEEINPEYMLEKSFYQFQHYRAIPGVVEKVKNSEEQYNKIVIPNEESVVI----YYK
::::. . : :...:: .: . . . . . .. . . :. . .. ::.
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pF1KB0 IRQQLAKLGKEIEEYIHKPKYCLPFLQPGRLVKVKNEGDDFGWGVVVNFSKKSNVKPNSG
..:.. . :.. : . : :. ::.: :::. . ::... :..:. .
NP_008 WGEELTETQHMIQRRIMESVNGLKSLSAGRVVVVKNQEHHNALGVILQVSSNSTSR----
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pF1KB0 ELDPLYVVEVLLRCSK---ESLKNSATEAAKPAKPDEK-GEMQVVP------VLVHL---
: .:. :.: .. .. . .:. ::. : .: ..:.:
NP_008 ------VFTTLVLCDKPLSQDPQDRGPATAEVPYPDDLVGFKLFLPEGPCDHTVVKLQPG
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pF1KB0 -LSAISS--VRLYIPKDLRPVDNRQ-----------SVLKSIQEVQK---RFPDGIPLLD
..::.. .:. : :. ..:: .: ..::. . : : : ::
NP_008 DMAAITTKVLRVNGEKILEDFSKRQQPKFKKDPPLAAVTTAVQELLRLAQAHPAGPPTLD
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pF1KB0 PIDDMGIQDQGLKKVIQKVEAFEHRMYSHPLHNDPNLETVYTLCEKKAQIAIDIKSAKRE
:..:. ..:... . ... .:. . . ..: . . : ... :: ... :
NP_008 PVNDLQLKDMSVVEGGLRARKLEELIQGAQCVHSPRFPAQYLKLRERMQIQKEMERL-RF
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pF1KB0 LKKARTVLQMDELKCRKRVLRRLGFATSSDVIEMKGRVACEISSADELLLTEMMFNGLFN
: . ...: . : . : .::: ::.. . .... ::::: .:: ::::::.::.. ..
NP_008 LLSDQSLLLLPEYHQRVEVLRTLGYVDEAGTVKLAGRVACAMSS-HELLLTELMFDNALS
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pF1KB0 DLSAEQATALLSCFVFQENSSEMPKLTEQLAGPLRQMQECAKRIAKVSAEAKLEIDEETY
: :. .:::: .: : .. .: . : ..... ::::..:.. :. : .
NP_008 TLRPEEIAALLSGLVCQSPGDAGDQLPNTLKQGIERVRAVAKRIGEVQVACGLNQTVEEF
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pF1KB0 LSSFKPHLMDVVYTWATGATFAHICKMTDVFEGSIIRCMRRLEELLRQMCQAAKAIGNTE
.. .. :..::: :: : :... .. . :: ..::..:: :. :.. ::. .:.
NP_008 VGELNFGLVEVVYEWARGMPFSELAGLSGTPEGLVVRCIQRLAEMCRSLRGAARLVGEPV
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pF1KB0 LENKFAEGITKIKRDIVFAASLYL
: :. . : ..::::::::::
NP_008 LGAKMETAATLLRRDIVFAASLYTQ
1230 1240
>>XP_011510654 (OMIM: 604419) PREDICTED: DNA polymerase (2183 aa)
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130 140 150 160 170
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. .....: :. .....: . ::.::. . : . . .:. : : . .
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: ..
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520 530 540 550 560 570
>>XP_011510645 (OMIM: 604419) PREDICTED: DNA polymerase (2545 aa)
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Smith-Waterman score: 387; 27.3% identity (54.6% similar) in 454 aa overlap (151-564:105-520)
130 140 150 160 170
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. .....: :. .....: . ::.::. . : . . .:. : : . .
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. :: . :...::.:: .. :: : .:::..: :: :.. :.:.::: :.. .
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: ..
XP_011 SCLQRREGEEVTGSMIRAILEIIVGGVASTSQDMHTYAACTFLAASMKEGKQGIQRNQES
520 530 540 550 560 570
>>NP_955452 (OMIM: 604419) DNA polymerase theta [Homo sa (2590 aa)
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130 140 150 160 170
pF1KB0 DYLPLKPRVGKAAKEYPFILDAFQREAIQCVDNNQSVLVSAHTSAGKTVCAEYAI-ALAL
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NP_955 GLPKAVLEKYHSFGVKKMFEWQAECLLLGQVLEGKNLVYSAPTSAGKTLVAELLILKRVL
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pF1KB0 REKQRVIFTSPIKALSNQKYREMYEEFQDVGL-MTGDV-TINPT--------ASCLVMTT
. .....: :. .....: . ::.::. . : . . .:. : : . .
NP_955 EMRKKALFILPFVSVAKEKKYYLQSLFQEVGIKVDGYMGSTSPSRHFSSLDIAVCTIERA
140 150 160 170 180 190
230 240 250 260 270
pF1KB0 EILRSMLYRGSEVMREVAWVIFDEIHYMRDSERGVVWEETIIL-----------------
. : . : . .. : .. :. ::.:.. ::.:: . : .
NP_955 NGLINRLIEENK-MDLLGMVVVDELHMLGDSHRGYLLELLLTKICYITRKSASCQADLAS
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pF1KB0 -LPDNVHYVFLSATIPNARQFAEWICHLHKQPCHVIYTDYRPTPLQHYIFPAGGDGLHLV
: . :. : .:::.:: . : :. .. .::.::.:: . . .:.. .
NP_955 SLSNAVQIVGMSATLPNLELVASWLN------AELYHTDFRPVPLLESV-KVGNS----I
260 270 280 290 300
340 350 360 370 380 390
pF1KB0 VDENGDF-REDNFNTAMQVLRDAGDLAKGDQKGRKGGTKGPSNVFKIVKMIMERNFQPVI
: . . :: :. .:: :::. ..: .. . : . :.
NP_955 YDSSMKLVRE--FEPMLQV--------KGDE----------DHVVSLCYETICDN-HSVL
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pF1KB0 IFSFSKKDCEAYALQMTKLDFNTDEEKK-MVEE-----VFSNAIDCLS--DEDKKLPQ-V
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NP_955 LFCPSKKWCEKLADIIAREFYNLHHQAEGLVKPSECPPVILEQKELLEVMDQLRRLPSGL
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pF1KB0 EHVLP-LLKRGIGIHHGGLLPILKETIEILFSEGLIKALFATETFAMGINMPARTVLFTN
. :: . :...::.:: .. :: : .:::..: :: :.. :.:.::: :.. .
NP_955 DSVLQKTVPWGVAFHHAGLTFEERDIIEGAFRQGLIRVLAATSTLSSGVNLPARRVIIRT
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: :. . .. : :: :::::.:.: : ::. .. . . : ::.:: :.
NP_955 P-IFGGRPLDILT---YKQMVGRAGRKGVDTVGESILICKNSEK-SKGIALLQGSLKPVR
470 480 490 500 510
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pF1KB0 SAFHLTYNMVLNLLRVEEINPEYMLEKSFYQFQHYRAIPGVVEKVKNSEEQYNKIVIPNE
: ..
NP_955 SCLQRREGEEVTGSMIRAILEIIVGGVASTSQDMHTYAACTFLAASMKEGKQGIQRNQES
520 530 540 550 560 570
>>XP_011510649 (OMIM: 604419) PREDICTED: DNA polymerase (2591 aa)
initn: 311 init1: 126 opt: 310 Z-score: 339.9 bits: 75.8 E(85289): 3.4e-12
Smith-Waterman score: 387; 27.3% identity (54.6% similar) in 454 aa overlap (151-564:105-520)
130 140 150 160 170
pF1KB0 DYLPLKPRVGKAAKEYPFILDAFQREAIQCVDNNQSVLVSAHTSAGKTVCAEYAI-ALAL
: ...... :: ::::::. :: : .:
XP_011 GLPKAVLEKYHSFGVKKMFEWQAECLLLGQVLEGKNLVYSAPTSAGKTLVAELLILKRVL
80 90 100 110 120 130
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pF1KB0 REKQRVIFTSPIKALSNQKYREMYEEFQDVGL-MTGDV-TINPT--------ASCLVMTT
. .....: :. .....: . ::.::. . : . . .:. : : . .
XP_011 EMRKKALFILPFVSVAKEKKYYLQSLFQEVGIKVDGYMGSTSPSRHFSSLDIAVCTIERA
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pF1KB0 EILRSMLYRGSEVMREVAWVIFDEIHYMRDSERGVVWEETIIL-----------------
. : . : . .. : .. :. ::.:.. ::.:: . : .
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: . :. : .:::.:: . : :. .. .::.::.:: . . .:.. .
XP_011 SLSNAVQIVGMSATLPNLELVASWLN------AELYHTDFRPVPLLESV-KVGNS----I
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: . . :: :. .:: :::. ..: .. . : . :.
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XP_011 LFCPSKKWCEKLADIIAREFYNLHHQAEGLVKPSECPPVILEQKELLEVMDQLRRLPSGL
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. :: . :...::.:: .. :: : .:::..: :: :.. :.:.::: :.. .
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: :. . .. : :: :::::.:.: : ::. .. . . : ::.:: :.
XP_011 P-IFGGRPLDILT---YKQMVGRAGRKGVDTVGESILICKNSEK-SKGIALLQGSLKPVR
470 480 490 500 510
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: ..
XP_011 SCLQRREGEEVTGSMIRAILEIIVGGVASTSQDMHTYAACTFLAASMKEGKQGIQRNQES
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>>XP_016865695 (OMIM: 614217) PREDICTED: activating sign (1729 aa)
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pF1KB0 TEDLSLADLMPRVKVQSVETVEGCTHEVALPAEEDYLPLKP----RVGKAAKEYPFILDA
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: : . .. . ... .::..: :..:::: :: :: .. . ..... .:.:::
XP_016 FNPVQTQIFHTLYHTDCNVLLGAPTGSGKTVAAELAIFRVFNKYPTSKAVYIAPLKALVR
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... . . :.. . : .::::: . :. .: : : . :: :. .
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..:. .:.:::: . . ::: : : .:. : :. : ::... :::..:.
XP_016 QQVTILIIDEIHLLGE-ERGPVLE--VIVSRTNFISSHTEKPVRIVGLSTALANARDLAD
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:. ..... . . ::.::. .: : : : : ..: :.:..:
XP_016 WL-NIKQMGLFNFRPSVRPVPLEVHI--QGFPGQHYCP------RMASMNKPAFQAIR--
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...:. .::.:: :... . ::.. . . :
XP_016 --------------SHSPA--------------KPVLIFVSSRRQTRLTALELIAF-LAT
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.:. : : :. . : : . : . :: : :::.::.:: ..:.:
XP_016 EEDPKQWLNMDEREMENIIATVRDSNLKLT--------LAFGIGMHHAGLHERDRKTVEE
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:: . ...:.:: :.: :.:.::. :.. ... .::: :... . .:: :::::
XP_016 LFVNCKVQVLIATSTLAWGVNFPAHLVIIKGTEYYDGKTRRYVDFPITDVLQMMGRAGRP
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.::.: ....: .
XP_016 QFDDQGKAVILVHDIKKDFYKKFLYEPFPVESSLLGVLSDHLNAEIAGGTITSKQDALDY
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>--
initn: 233 init1: 140 opt: 227 Z-score: 248.5 bits: 58.4 E(85289): 4.2e-07
Smith-Waterman score: 279; 22.3% identity (52.7% similar) in 512 aa overlap (152-625:17-482)
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..:...:. : :.:::: : .. .:.
XP_016 MKRLNRIQSIVFETAYNTNENMLICAPTGAGKTNIAMLTVLHEIRQ
10 20 30 40
190 200 210 220
pF1KB0 --KQ--------RVIFTSPIKALSNQKYREMYEEFQDVGL----MTGDVTINPT----AS
.: ......:.:::. . . .... .:. .:::. .. . ..
XP_016 HFQQGVIKKNEFKIVYVAPMKALAAEMTDYFSRRLEPLGIIVKELTGDMQLSKSEILRTQ
50 60 70 80 90 100
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pF1KB0 CLVMTTEILRSMLYR--GSEVMREVA-WVIFDEIHYMRDSERGVVWEETIILL-------
:: : : . . :. .. ... .:.::.: ... .:: : : .
XP_016 MLVTTPEKWDVVTRKSVGDVALSQIVRLLILDEVHLLHE-DRGPVLESIVARTLRQVEST
110 120 130 140 150 160
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pF1KB0 PDNVHYVFLSATIPNARQFAEWICHLHKQP-CHVIYTD--YRPTPLQHYIFPAGGDGLHL
. .. . ::::.:: . : . :: .: ... : .::.:: . .. :..
XP_016 QSMIRILGLSATLPNYLDVATF---LHVNPYIGLFFFDGRFRPVPLGQTFL-----GIKC
170 180 190 200 210
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. . :: : . .. ::.: :: . :.
XP_016 A-------------NKMQQLNNMDEVCY-------------ENVLKQVKAGHQ-----VM
220 230 240
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pF1KB0 IFSFSKKDCEAYALQMTKLDFNTDEEKKMVEEVFSNAIDCLSDEDKKLPQVEHVLPLLKR
.: ... :... . : . . . . :.... . . ..: :.
XP_016 VFVHARNATVRTAMSLIERAKNCGHIPFFFPTQGHDYV--LAEKQVQRSRNKQVRELFPD
250 260 270 280 290 300
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pF1KB0 GIGIHHGGLLPILKETIEILFSEGLIKALFATETFAMGINMPARTVLFTNARKFDGKDFR
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XP_016 GFSIHHAGMLRQDRNLVENLFSNGHIKVLVCTATLAWGVNLPAHAVIIKGTQIYAAKRGS
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... : . .:. ::::: .: : .:. . .:.: . : . .:..: : .
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:: : : ... . : . ..:: : .. .... : . . ..:..
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::
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