Result of FASTA (ccds) for
pF1KB0497
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB0497, 4427 aa
1>>>pF1KB0497 4427 - 4427 aa - 4427 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6164+/-0.00145; mu= 22.8561+/- 0.088
mean_var=117.0088+/-23.109, 0's: 0 Z-trim(100.2): 66 B-trim: 83 in 2/51
Lambda= 0.118567
statistics sampled from 5993 (6029) to 5993 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.496), E-opt: 0.2 (0.185), width: 16
Scan time: 10.950
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS32551.1 DNAH2 gene_id:146754|Hs108|chr17 (4427) 29334 5031.8 0
CCDS11160.1 DNAH9 gene_id:1770|Hs108|chr17 (4486) 7579 1310.5 0
CCDS64602.1 DNAH11 gene_id:8701|Hs108|chr7 (4516) 6186 1072.2 0
CCDS9255.2 DNAH10 gene_id:196385|Hs108|chr12 (4471) 5571 967.0 0
CCDS53701.1 DYNC2H1 gene_id:79659|Hs108|chr11 (4307) 3757 656.7 1.3e-186
CCDS44717.1 DYNC2H1 gene_id:79659|Hs108|chr11 (4314) 3662 640.5 9.8e-182
CCDS3882.1 DNAH5 gene_id:1767|Hs108|chr5 (4624) 3042 534.4 8.7e-150
CCDS75447.1 DNAH8 gene_id:1769|Hs108|chr6 (4707) 2811 494.9 6.9e-138
CCDS76937.1 DNAH2 gene_id:146754|Hs108|chr17 ( 872) 2569 453.0 5.3e-126
CCDS46348.1 DNAH6 gene_id:1768|Hs108|chr2 (4158) 2401 424.8 8.1e-117
CCDS46842.1 DNAH1 gene_id:25981|Hs108|chr3 (4265) 2147 381.3 1e-103
CCDS42794.1 DNAH7 gene_id:56171|Hs108|chr2 (4024) 2096 372.6 4e-101
CCDS10594.1 DNAH3 gene_id:55567|Hs108|chr16 (4116) 1956 348.6 6.6e-94
CCDS11161.1 DNAH9 gene_id:1770|Hs108|chr17 ( 798) 1708 305.7 1.1e-81
CCDS9966.1 DYNC1H1 gene_id:1778|Hs108|chr14 (4646) 1087 200.0 4.1e-49
CCDS44532.1 DNHD1 gene_id:144132|Hs108|chr11 (4753) 504 100.3 4.3e-19
>>CCDS32551.1 DNAH2 gene_id:146754|Hs108|chr17 (4427 aa)
initn: 29334 init1: 29334 opt: 29334 Z-score: 27108.9 bits: 5031.8 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 29334; 99.9% identity (100.0% similar) in 4427 aa overlap (1-4427:1-4427)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MSSKAEKKQRLSGRGSSQASWSGRATRAAVATQEQGNAPAVSEPELQAELPKEEPEPRLE
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CCDS32 MSSKAEKKQRLSGRGSSQASWSGRATRAAVATQEQGNAPAVSEPELQAELPKEEPEPRLE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 GPQAQSEESVEPEADVKPLFLSRAALTGLADAVWTQEHDAILEHFAQDPTESILTIFIDP
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CCDS32 GPQAQSEESVEPEADVKPLFLSRAALTGLADAVWTQEHDAILEHFAQDPTESILTIFIDP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 CFGLKLELGMPVQTQNQLVYFIRQAPVPITWENFEATVQFGTVRGPYIPALLRLLGGVFA
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CCDS32 CFGLKLELGMPVQTQNQLVYFIRQAPVPITWENFEATVQFGTVRGPYIPALLRLLGGVFA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 PQIFANTGWPESIRNHFASHLHKFLACLTDTRYKLEGHTVLYIPAEAMNMKPEMVIKDKE
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CCDS32 PQIFANTGWPESIRNHFASHLHKFLACLTDTRYKLEGHTVLYIPAEAMNMKPEMVIKDKE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 LVQRLETSMIHWTRQIKEMLSAQETVETGENLGPLEEIEFWRNRCMDLSGISKQLVKKGV
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CCDS32 LVQRLETSMIHWTRQIKEMLSAQETVETGENLGPLEEIEFWRNRCMDLSGISKQLVKKGV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 KHVESILHLAKSSYLAPFMKLAQQIQDGSRQAQSNLTFLSILKEPYQELAFMKPKDISSK
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CCDS32 KHVESILHLAKSSYLAPFMKLAQQIQDGSRQAQSNLTFLSILKEPYQELAFMKPKDISSK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB0 LPKLISLIRIIWVNSPHYNTRERLTSLFRKVCDCQYHFARWEDGKQGPLPCFFGAQGPQI
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CCDS32 LPKLISLIRIIWVNSPHYNTRERLTSLFRKVCDCQYHFARWEDGKQGPLPCFFGAQGPQI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB0 TRNLLEIEDIFHKNLHTLRAVRGGILDVKNTCWHEDYNKFRAGIKDPEVMTQNLITSAFE
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CCDS32 TRNLLEIEDIFHKNLHTLRAVRGGILDVKNTCWHEDYNKFRAGIKDLEVMTQNLITSAFE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB0 LVRDVPHGVLLLDTFHRLASREAIKRTYDKKAVDLYMLFNSELALVNRERNKKWPDLEPY
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CCDS32 LVRDVPHGVLLLDTFHRLASREAIKRTYDKKAVDLYMLFNSELALVNRERNKKWPDLEPY
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB0 VAQYSGKARWVHILRRRIDRVMTCLAGAHFLPRIGTGKESVHTYQQMVQAIDELVRKTFQ
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CCDS32 VAQYSGKARWVHILRRRIDRVMTCLAGAHFLPRIGTGKESVHTYQQMVQAIDELVRKTFQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB0 EWTSSLDKDCIRRLDTPLLRISQEKAGMLDVNFDKSLLILFAEIDYWERLLFETPHYVVN
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CCDS32 EWTSSLDKDCIRRLDTPLLRISQEKAGMLDVNFDKSLLILFAEIDYWERLLFETPHYVVN
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB0 VAERAEDLRILRENLLLVARDYNRIIAMLSPDEQALFKERIRLLDKKIHPGLKKLHWALK
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CCDS32 VAERAEDLRILRENLLLVARDYNRIIAMLSPDEQALFKERIRLLDKKIHPGLKKLHWALK
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB0 GASAFFITECRIHASKVQMIVNEFKASTLTIGWRAQEMSEKLLVRISGKRVYRDLEFEED
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CCDS32 GASAFFITECRIHASKVQMIVNEFKASTLTIGWRAQEMSEKLLVRISGKRVYRDLEFEED
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB0 QREHRAAVQQKLMNLHQDVVTIMTNSYEVFKNDGPEIQQQWMLYMIRLDRMMEDALRLNV
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CCDS32 QREHRAAVQQKLMNLHQDVVTIMTNSYEVFKNDGPEIQQQWMLYMIRLDRMMEDALRLNV
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB0 KWSLLELSKAINGDGKTSPNPLFQVLVILKNDLQGSVAQVEFSPTLQTLAGVVNDIGNHL
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CCDS32 KWSLLELSKAINGDGKTSPNPLFQVLVILKNDLQGSVAQVEFSPTLQTLAGVVNDIGNHL
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB0 FSTISVFCHLPDILTKRKLHREPIQTVVEQDEDIKKIQTQISSGMTNNASLLQNYLKTWD
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CCDS32 FSTISVFCHLPDILTKRKLHREPIQTVVEQDEDIKKIQTQISSGMTNNASLLQNYLKTWD
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB0 MYREIWEINKDSFIHRYQRLNPPVSSFVADIARYTEVANNVQKEETVTNIQFVLLDCSHL
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CCDS32 MYREIWEINKDSFIHRYQRLNPPVSSFVADIARYTEVANNVQKEETVTNIQFVLLDCSHL
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB0 KFSLVQHCNEWQNKFATLLREMAAGRLLELHTYLKENAEKISRPPQTLEELGVSLQLVDA
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CCDS32 KFSLVQHCNEWQNKFATLLREMAAGRLLELHTYLKENAEKISRPPQTLEELGVSLQLVDA
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB0 LKHDLANVETQIPPIHEQFAILEKYEVPVEDSVLEMLDSLNGEWVVFQQTLLDSKQMLKK
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CCDS32 LKHDLANVETQIPPIHEQFAILEKYEVPVEDSVLEMLDSLNGEWVVFQQTLLDSKQMLKK
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KB0 HKEKFKTGLIHSADDFKKKAHTLLEDFEFKGHFTSNVGYMSALDQITQVRAMLMAMREEE
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CCDS32 HKEKFKTGLIHSADDFKKKAHTLLEDFEFKGHFTSNVGYMSALDQITQVRAMLMAMREEE
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KB0 NSLRANLGIFKIEQPPSKDLQNLEKELDALQQIWEIARDWEENWNEWKTGRFLILQTETM
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CCDS32 NSLRANLGIFKIEQPPSKDLQNLEKELDALQQIWEIARDWEENWNEWKTGRFLILQTETM
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KB0 ETTAHGLFRRLTKLAKEYKDRNWEIIETTRSKIEQFKRTMPLISDLRNPALRERHWDQVR
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CCDS32 ETTAHGLFRRLTKLAKEYKDRNWEIIETTRSKIEQFKRTMPLISDLRNPALRERHWDQVR
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KB0 DEIQREFDQESESFTLEQIVELGMDQHVEKIGEISASATKELAIEVALQNIAKTWDVTQL
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CCDS32 DEIQREFDQESESFTLEQIVELGMDQHVEKIGEISASATKELAIEVALQNIAKTWDVTQL
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KB0 DIVPYKDKGHHRLRGTEEVFQALEDNQVALSTMKASRFVKAFEKDVDHWERCLSLILEVI
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CCDS32 DIVPYKDKGHHRLRGTEEVFQALEDNQVALSTMKASRFVKAFEKDVDHWERCLSLILEVI
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KB0 EMILTVQRQWMYLENIFLGEDIRKQLPNESTLFDQVNSNWKAIMDRMNKDNNALRSTHHP
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CCDS32 EMILTVQRQWMYLENIFLGEDIRKQLPNESTLFDQVNSNWKAIMDRMNKDNNALRSTHHP
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KB0 GLLDTLIEMNTILEDIQKSLDMYLETKRHIFPRFYFLSNDDLLEILGQSRNPEAVQPHLK
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CCDS32 GLLDTLIEMNTILEDIQKSLDMYLETKRHIFPRFYFLSNDDLLEILGQSRNPEAVQPHLK
1510 1520 1530 1540 1550 1560
1570 1580 1590 1600 1610 1620
pF1KB0 KCFDNIKLLRIQKVGGPSSKWEAVGMFSGDGEYIDFLHSVFLEGPVESWLGDVEQTMRVT
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CCDS32 KCFDNIKLLRIQKVGGPSSKWEAVGMFSGDGEYIDFLHSVFLEGPVESWLGDVEQTMRVT
1570 1580 1590 1600 1610 1620
1630 1640 1650 1660 1670 1680
pF1KB0 LRDLLRNCHLALRKFLNKRDKWVKEWAGQVVITASQIQWTADVTKCLLTAKERADKKILK
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CCDS32 LRDLLRNCHLALRKFLNKRDKWVKEWAGQVVITASQIQWTADVTKCLLTAKERADKKILK
1630 1640 1650 1660 1670 1680
1690 1700 1710 1720 1730 1740
pF1KB0 VMKKNQVSILNKYSEAIRGNLTKIMRLKIVALVTIEIHARDVLEKLYKSGLMDVNSFDWL
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CCDS32 VMKKNQVSILNKYSEAIRGNLTKIMRLKIVALVTIEIHARDVLEKLYKSGLMDVNSFDWL
1690 1700 1710 1720 1730 1740
1750 1760 1770 1780 1790 1800
pF1KB0 SQLRFYWEKDLDDCVIRQTNTQFQYNYEYLGNSGRLVITPLTDRCYMTLTTALHLHRGGS
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CCDS32 SQLRFYWEKDLDDCVIRQTNTQFQYNYEYLGNSGRLVITPLTDRCYMTLTTALHLHRGGS
1750 1760 1770 1780 1790 1800
1810 1820 1830 1840 1850 1860
pF1KB0 PKGPAGTGKTETVKDLGKALGIYVIVVNCSEGLDYKSMGRMYSGLAQTGAWGCFDEFNRI
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CCDS32 PKGPAGTGKTETVKDLGKALGIYVIVVNCSEGLDYKSMGRMYSGLAQTGAWGCFDEFNRI
1810 1820 1830 1840 1850 1860
1870 1880 1890 1900 1910 1920
pF1KB0 NIEVLSVVAHQILCILSALAAGLTHFHFDGFEINLVWSCGIFITMNPGYAGRTELPENLK
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CCDS32 NIEVLSVVAHQILCILSALAAGLTHFHFDGFEINLVWSCGIFITMNPGYAGRTELPENLK
1870 1880 1890 1900 1910 1920
1930 1940 1950 1960 1970 1980
pF1KB0 SMFRPIAMVVPDSTLIAEIILFGEGFGNCKILAKKVYTLYSLAVQQLSRQDHYDFGLRAL
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CCDS32 SMFRPIAMVVPDSTLIAEIILFGEGFGNCKILAKKVYTLYSLAVQQLSRQDHYDFGLRAL
1930 1940 1950 1960 1970 1980
1990 2000 2010 2020 2030 2040
pF1KB0 TSLLRYAGKKRRLQPDLTDEEVLLLSMRDMNIAKLTSVDAPLFNAIVQDLFPNIELPVID
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CCDS32 TSLLRYAGKKRRLQPDLTDEEVLLLSMRDMNIAKLTSVDAPLFNAIVQDLFPNIELPVID
1990 2000 2010 2020 2030 2040
2050 2060 2070 2080 2090 2100
pF1KB0 YGKLRETVEQEIRDMGLQSTPFTLTKVFQLYETKNSRHSTMIVGCTGSGKTASWRILQAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 YGKLRETVEQEIRDMGLQSTPFTLTKVFQLYETKNSRHSTMIVGCTGSGKTASWRILQAS
2050 2060 2070 2080 2090 2100
2110 2120 2130 2140 2150 2160
pF1KB0 LSSLCRAGDPNFNIVREFPLNPKALSLGELYGEYDLSTNEWTDGILSSVMRTACADEKPD
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CCDS32 LSSLCRAGDPNFNIVREFPLNPKALSLGELYGEYDLSTNEWTDGILSSVMRTACADEKPD
2110 2120 2130 2140 2150 2160
2170 2180 2190 2200 2210 2220
pF1KB0 EKWILFDGPVDTLWIENMNSVMDDNKVLTLINGERIAMPEQVSLLFEVEDLAMASPATVS
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CCDS32 EKWILFDGPVDTLWIENMNSVMDDNKVLTLINGERIAMPEQVSLLFEVEDLAMASPATVS
2170 2180 2190 2200 2210 2220
2230 2240 2250 2260 2270 2280
pF1KB0 RCGMVYTDYADLGWKPYVQSWLEKRPKAEVEPLQRMFEKLINKMLAFKKDNCKELVPLPE
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CCDS32 RCGMVYTDYADLGWKPYVQSWLEKRPKAEVEPLQRMFEKLINKMLAFKKDNCKELVPLPE
2230 2240 2250 2260 2270 2280
2290 2300 2310 2320 2330 2340
pF1KB0 YSGITSLCKLYSALATPENGVNPADGENYVTMVEMTFVFSMIWSVCASVDEEGRKRIDSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 YSGITSLCKLYSALATPENGVNPADGENYVTMVEMTFVFSMIWSVCASVDEEGRKRIDSY
2290 2300 2310 2320 2330 2340
2350 2360 2370 2380 2390 2400
pF1KB0 LREIEGSFPNKDTVYEYFVDPKIRSWTSFEDKLPKSWRYPPNAPFYKIMVPTVDTVRYNY
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CCDS32 LREIEGSFPNKDTVYEYFVDPKIRSWTSFEDKLPKSWRYPPNAPFYKIMVPTVDTVRYNY
2350 2360 2370 2380 2390 2400
2410 2420 2430 2440 2450 2460
pF1KB0 LVSSLVANQNPILLVGPVGTGKTSIAQSVLQSLPSSQWSVLVVNMSAQTTSNNVQSIIES
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CCDS32 LVSSLVANQNPILLVGPVGTGKTSIAQSVLQSLPSSQWSVLVVNMSAQTTSNNVQSIIES
2410 2420 2430 2440 2450 2460
2470 2480 2490 2500 2510 2520
pF1KB0 RVEKRTKGVYVPFGGKSMITFMDDLNMPAKDMFGSQPPLELIRLWIDYGFWYDRTKQTIK
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CCDS32 RVEKRTKGVYVPFGGKSMITFMDDLNMPAKDMFGSQPPLELIRLWIDYGFWYDRTKQTIK
2470 2480 2490 2500 2510 2520
2530 2540 2550 2560 2570 2580
pF1KB0 YIREMFLMAAMGPPGGGRTVISPRLRSRFNIINMTFPTKSQIIRIFGTMINQKLQDFEEE
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CCDS32 YIREMFLMAAMGPPGGGRTVISPRLRSRFNIINMTFPTKSQIIRIFGTMINQKLQDFEEE
2530 2540 2550 2560 2570 2580
2590 2600 2610 2620 2630 2640
pF1KB0 VKPIGNVVTEATLDMYNTVVQRFLPTPTKMHYLFNLRDISKVFQGMLRANKDFHDTKSSI
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CCDS32 VKPIGNVVTEATLDMYNTVVQRFLPTPTKMHYLFNLRDISKVFQGMLRANKDFHDTKSSI
2590 2600 2610 2620 2630 2640
2650 2660 2670 2680 2690 2700
pF1KB0 TRLWIHECFRVFSDRLVDAADTEAFMGIISDKLGSFFDLTFHHLCPSKRPPIFGDFLKEP
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CCDS32 TRLWIHECFRVFSDRLVDAADTEAFMGIISDKLGSFFDLTFHHLCPSKRPPIFGDFLKEP
2650 2660 2670 2680 2690 2700
2710 2720 2730 2740 2750 2760
pF1KB0 KVYEDLTDLTVLKTVMETALNEYNLSPSVVPMQLVLFREAIEHITRIVRVIGQPRGNMLL
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CCDS32 KVYEDLTDLTVLKTVMETALNEYNLSPSVVPMQLVLFREAIEHITRIVRVIGQPRGNMLL
2710 2720 2730 2740 2750 2760
2770 2780 2790 2800 2810 2820
pF1KB0 VGIGGSGRQSLARLASSICDYTTFQIEVTKHYRKQEFRDDIKRLYRQAGVELKTTSFIFV
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CCDS32 VGIGGSGRQSLARLASSICDYTTFQIEVTKHYRKQEFRDDIKRLYRQAGVELKTTSFIFV
2770 2780 2790 2800 2810 2820
2830 2840 2850 2860 2870 2880
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