Result of FASTA (ccds) for
pF1KB0869
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB0869, 1074 aa
1>>>pF1KB0869 1074 - 1074 aa - 1074 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2019+/-0.0012; mu= 23.7595+/- 0.072
mean_var=109.6371+/-20.761, 0's: 0 Z-trim(105.9): 130 B-trim: 5 in 1/50
Lambda= 0.122489
statistics sampled from 8533 (8673) to 8533 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.621), E-opt: 0.2 (0.266), width: 16
Scan time: 4.580
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3875.1 SEMA5A gene_id:9037|Hs108|chr5 (1074) 7681 1369.6 0
CCDS35491.1 SEMA5B gene_id:54437|Hs108|chr3 (1151) 4720 846.4 0
CCDS58848.1 SEMA5B gene_id:54437|Hs108|chr3 (1205) 4720 846.4 0
CCDS74995.1 SEMA5B gene_id:54437|Hs108|chr3 (1057) 3948 709.9 7.2e-204
CCDS47256.1 SEMA6A gene_id:57556|Hs108|chr5 (1030) 895 170.4 1.8e-41
CCDS75288.1 SEMA6A gene_id:57556|Hs108|chr5 (1047) 895 170.4 1.8e-41
CCDS12131.1 SEMA6B gene_id:10501|Hs108|chr19 ( 888) 894 170.1 1.9e-41
CCDS1132.1 SEMA4A gene_id:64218|Hs108|chr1 ( 761) 867 165.3 4.6e-40
CCDS32229.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15 ( 476) 852 162.4 2.2e-39
CCDS32228.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15 ( 597) 852 162.5 2.5e-39
CCDS32227.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15 ( 998) 852 162.8 3.5e-39
CCDS32224.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15 (1011) 852 162.8 3.5e-39
CCDS32226.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15 (1017) 852 162.8 3.5e-39
CCDS32225.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15 (1073) 852 162.8 3.6e-39
CCDS984.1 SEMA6C gene_id:10500|Hs108|chr1 ( 930) 798 153.2 2.5e-36
CCDS53364.1 SEMA6C gene_id:10500|Hs108|chr1 ( 962) 798 153.2 2.5e-36
CCDS53378.1 SEMA4A gene_id:64218|Hs108|chr1 ( 629) 742 143.1 1.8e-33
CCDS30956.1 HMCN1 gene_id:83872|Hs108|chr1 (5635) 614 121.6 4.8e-26
CCDS2029.1 SEMA4C gene_id:54910|Hs108|chr2 ( 833) 594 117.1 1.6e-25
CCDS5599.1 SEMA3A gene_id:10371|Hs108|chr7 ( 771) 575 113.7 1.6e-24
CCDS10262.1 SEMA7A gene_id:8482|Hs108|chr15 ( 666) 571 112.9 2.4e-24
CCDS82780.1 SEMA3F gene_id:6405|Hs108|chr3 ( 686) 558 110.6 1.2e-23
CCDS82779.1 SEMA3F gene_id:6405|Hs108|chr3 ( 754) 558 110.7 1.3e-23
CCDS2811.1 SEMA3F gene_id:6405|Hs108|chr3 ( 785) 558 110.7 1.3e-23
CCDS53959.1 SEMA7A gene_id:8482|Hs108|chr15 ( 652) 538 107.1 1.3e-22
CCDS4968.1 ADGRB3 gene_id:577|Hs108|chr6 (1522) 534 106.8 3.7e-22
CCDS55121.1 SEMA3E gene_id:9723|Hs108|chr7 ( 715) 517 103.4 1.9e-21
CCDS34674.1 SEMA3E gene_id:9723|Hs108|chr7 ( 775) 517 103.5 1.9e-21
CCDS72746.1 ADGRB2 gene_id:576|Hs108|chr1 (1551) 503 101.3 1.7e-20
CCDS72747.1 ADGRB2 gene_id:576|Hs108|chr1 (1584) 503 101.4 1.7e-20
CCDS32194.1 THBS1 gene_id:7057|Hs108|chr15 (1170) 474 96.1 4.9e-19
CCDS34574.1 THBS2 gene_id:7058|Hs108|chr6 (1172) 468 95.0 1e-18
CCDS53958.1 SEMA7A gene_id:8482|Hs108|chr15 ( 501) 452 91.7 4.2e-18
CCDS45347.1 SEMA4B gene_id:10509|Hs108|chr15 ( 837) 438 89.5 3.3e-17
CCDS64985.1 ADGRB1 gene_id:575|Hs108|chr8 (1584) 430 88.5 1.3e-16
CCDS34676.1 SEMA3D gene_id:223117|Hs108|chr7 ( 777) 424 87.0 1.7e-16
CCDS55724.1 SEMA4G gene_id:57715|Hs108|chr10 ( 702) 421 86.4 2.3e-16
CCDS47991.1 SEMA4D gene_id:10507|Hs108|chr9 ( 738) 421 86.5 2.4e-16
CCDS7501.1 SEMA4G gene_id:57715|Hs108|chr10 ( 843) 421 86.5 2.6e-16
CCDS6685.1 SEMA4D gene_id:10507|Hs108|chr9 ( 862) 415 85.5 5.6e-16
CCDS2856.1 SEMA3G gene_id:56920|Hs108|chr3 ( 782) 396 82.1 5.4e-15
CCDS1955.1 SEMA4F gene_id:10505|Hs108|chr2 ( 770) 388 80.7 1.4e-14
CCDS14282.1 CFP gene_id:5199|Hs108|chrX ( 469) 377 78.5 4e-14
CCDS62942.1 SEMA4F gene_id:10505|Hs108|chr2 ( 615) 377 78.6 4.7e-14
CCDS7309.1 UNC5B gene_id:219699|Hs108|chr10 ( 945) 354 74.8 1e-12
CCDS58083.1 UNC5B gene_id:219699|Hs108|chr10 ( 934) 344 73.0 3.5e-12
CCDS3643.1 UNC5C gene_id:8633|Hs108|chr4 ( 931) 341 72.4 5e-12
CCDS74529.1 SEMA4F gene_id:10505|Hs108|chr2 ( 737) 321 68.8 5e-11
CCDS77744.1 SEMA3B gene_id:7869|Hs108|chr3 ( 748) 320 68.6 5.8e-11
CCDS74941.1 SEMA3B gene_id:7869|Hs108|chr3 ( 749) 320 68.6 5.8e-11
>>CCDS3875.1 SEMA5A gene_id:9037|Hs108|chr5 (1074 aa)
initn: 7681 init1: 7681 opt: 7681 Z-score: 7338.6 bits: 1369.6 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 7681; 100.0% identity (100.0% similar) in 1074 aa overlap (1-1074:1-1074)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MKGTCVIAWLFSSLGLWRLAHPEAQGTTQCQRTEHPVISYKEIGPWLREFRAKNAVDFSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 MKGTCVIAWLFSSLGLWRLAHPEAQGTTQCQRTEHPVISYKEIGPWLREFRAKNAVDFSQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 LTFDPGQKELVVGARNYLFRLQLEDLSLIQAVEWECDEATKKACYSKGKSKEECQNYIRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 LTFDPGQKELVVGARNYLFRLQLEDLSLIQAVEWECDEATKKACYSKGKSKEECQNYIRV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 LLVGGDRLFTCGTNAFTPVCTNRSLSNLTEIHDQISGMARCPYSPQHNSTALLTAGGELY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 LLVGGDRLFTCGTNAFTPVCTNRSLSNLTEIHDQISGMARCPYSPQHNSTALLTAGGELY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 AATAMDFPGRDPAIYRSLGILPPLRTAQYNSKWLNEPNFVSSYDIGNFTYFFFRENAVEH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 AATAMDFPGRDPAIYRSLGILPPLRTAQYNSKWLNEPNFVSSYDIGNFTYFFFRENAVEH
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 DCGKTVFSRAARVCKNDIGGRFLLEDTWTTFMKARLNCSRPGEVPFYYNELQSTFFLPEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 DCGKTVFSRAARVCKNDIGGRFLLEDTWTTFMKARLNCSRPGEVPFYYNELQSTFFLPEL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 DLIYGIFTTNVNSIAASAVCVFNLSAIAQAFSGPFKYQENSRSAWLPYPNPNPHFQCGTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 DLIYGIFTTNVNSIAASAVCVFNLSAIAQAFSGPFKYQENSRSAWLPYPNPNPHFQCGTV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB0 DQGLYVNLTERNLQDAQKFILMHEVVQPVTTVPSFMEDNSRFSHVAVDVVQGREALVHII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 DQGLYVNLTERNLQDAQKFILMHEVVQPVTTVPSFMEDNSRFSHVAVDVVQGREALVHII
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB0 YLATDYGTIKKVRVPLNQTSSSCLLEEIELFPERRREPIRSLQILHSQSVLFVGLREHVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 YLATDYGTIKKVRVPLNQTSSSCLLEEIELFPERRREPIRSLQILHSQSVLFVGLREHVV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB0 KIPLKRCQFYRTRSTCIGAQDPYCGWDVVMKKCTSLEESLSMTQWEQSISACPTRNLTVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 KIPLKRCQFYRTRSTCIGAQDPYCGWDVVMKKCTSLEESLSMTQWEQSISACPTRNLTVD
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB0 GHFGVWSPWTPCTHTDGSAVGSCLCRTRSCDSPAPQCGGWQCEGPGMEIANCSRNGGWTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 GHFGVWSPWTPCTHTDGSAVGSCLCRTRSCDSPAPQCGGWQCEGPGMEIANCSRNGGWTP
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB0 WTSWSPCSTTCGIGFQVRQRSCSNPTPRHGGRVCVGQNREERYCNEHLLCPPHMFWTGWG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 WTSWSPCSTTCGIGFQVRQRSCSNPTPRHGGRVCVGQNREERYCNEHLLCPPHMFWTGWG
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB0 PWERCTAQCGGGIQARRRICENGPDCAGCNVEYQSCNTNPCPELKKTTPWTPWTPVNISD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 PWERCTAQCGGGIQARRRICENGPDCAGCNVEYQSCNTNPCPELKKTTPWTPWTPVNISD
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB0 NGGHYEQRFRYTCKARLADPNLLEVGRQRIEMRYCSSDGTSGCSTDGLSGDFLRAGRYSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 NGGHYEQRFRYTCKARLADPNLLEVGRQRIEMRYCSSDGTSGCSTDGLSGDFLRAGRYSA
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB0 HTVNGAWSAWTSWSQCSRDCSRGIRNRKRVCNNPEPKYGGMPCLGPSLEYQECNILPCPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 HTVNGAWSAWTSWSQCSRDCSRGIRNRKRVCNNPEPKYGGMPCLGPSLEYQECNILPCPV
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB0 DGVWSCWSPWTKCSATCGGGHYMRTRSCSNPAPAYGGDICLGLHTEEALCNTQPCPESWS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 DGVWSCWSPWTKCSATCGGGHYMRTRSCSNPAPAYGGDICLGLHTEEALCNTQPCPESWS
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB0 EWSDWSECEASGVQVRARQCILLFPMGSQCSGNTTESRPCVFDSNFIPEVSVARSSSVEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 EWSDWSECEASGVQVRARQCILLFPMGSQCSGNTTESRPCVFDSNFIPEVSVARSSSVEE
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB0 KRCGEFNMFHMIAVGLSSSILGCLLTLLVYTYCQRYQQQSHDATVIHPVSPAPLNTSITN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 KRCGEFNMFHMIAVGLSSSILGCLLTLLVYTYCQRYQQQSHDATVIHPVSPAPLNTSITN
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070
pF1KB0 HINKLDKYDSVEAIKAFNKNNLILEERNKYFNPHLTGKTYSNAYFTDLNNYDEY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 HINKLDKYDSVEAIKAFNKNNLILEERNKYFNPHLTGKTYSNAYFTDLNNYDEY
1030 1040 1050 1060 1070
>>CCDS35491.1 SEMA5B gene_id:54437|Hs108|chr3 (1151 aa)
initn: 4654 init1: 2798 opt: 4720 Z-score: 4510.4 bits: 846.4 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4720; 59.1% identity (83.8% similar) in 1045 aa overlap (30-1071:98-1135)
10 20 30 40 50
pF1KB0 MKGTCVIAWLFSSLGLWRLAHPEAQGTTQCQRTEHPVISYKEIGPWLREFRAKNAVDFS
: ..::....... ::. .: .: :::
CCDS35 SLLLPSLTLLVSHLSSSQDVSSEPSSEQQLCALSKHPTVAFEDLQPWVSNFTYPGARDFS
70 80 90 100 110 120
60 70 80 90 100 110
pF1KB0 QLTFDPGQKELVVGARNYLFRLQLEDLSLIQAVEWECDEATKKACYSKGKSKEECQNYIR
::..::. ..:.::::::::::.: ..::.::.:: .: :...: ::::..::::::.:
CCDS35 QLALDPSGNQLIVGARNYLFRLSLANVSLLQATEWASSEDTRRSCQSKGKTEEECQNYVR
130 140 150 160 170 180
120 130 140 150 160 170
pF1KB0 VLLVGGDRLFTCGTNAFTPVCTNRSLSNLTEIHDQISGMARCPYSPQHNSTALLTAGGEL
::.:.: ..: ::::::.:.::.:...::.. ..:.:.:::::.:.:::::.... :::
CCDS35 VLIVAGRKVFMCGTNAFSPMCTSRQVGNLSRTIEKINGVARCPYDPRHNSTAVISSQGEL
190 200 210 220 230 240
180 190 200 210 220 230
pF1KB0 YAATAMDFPGRDPAIYRSLGILPPLRTAQYNSKWLNEPNFVSSYDIGNFTYFFFRENAVE
::::..:: ::::::::::: :::::::::::::::::::..:::: :.:::.::::::
CCDS35 YAATVIDFSGRDPAIYRSLGSGPPLRTAQYNSKWLNEPNFVAAYDIGLFAYFFLRENAVE
250 260 270 280 290 300
240 250 260 270 280 290
pF1KB0 HDCGKTVFSRAARVCKNDIGGRFLLEDTWTTFMKARLNCSRPGEVPFYYNELQSTFFLPE
::::.::.::.:::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::.: :::
CCDS35 HDCGRTVYSRVARVCKNDVGGRFLLEDTWTTFMKARLNCSRPGEVPFYYNELQSAFHLPE
310 320 330 340 350 360
300 310 320 330 340 350
pF1KB0 LDLIYGIFTTNVNSIAASAVCVFNLSAIAQAFSGPFKYQENSRSAWLPYPNPNPHFQCGT
:::::.::::::::::::::.::::::.:::.:::.:::: :.:::: :: :.:::::
CCDS35 QDLIYGVFTTNVNSIAASAVCAFNLSAISQAFNGPFRYQENPRAAWLPIANPIPNFQCGT
370 380 390 400 410 420
360 370 380 390 400 410
pF1KB0 VDQ-GLYVNLTERNLQDAQKFILMHEVVQPVTTVPSFMEDNSRFSHVAVDVVQGREALVH
. . : :::::.:::::...:: :.::::: : .:. ::::..::.::....: :
CCDS35 LPETGPNENLTERSLQDAQRLFLMSEAVQPVTPEPCVTQDSVRFSHLVVDLVQAKDTLYH
430 440 450 460 470 480
420 430 440 450 460 470
pF1KB0 IIYLATDYGTIKKVRVPLNQTSSSCLLEEIELFPERRREPIRSLQILHSQSVLFVGLREH
..:..:. ::: :. ... .: :::....: ::::.:::.:::: .::::::.
CCDS35 VLYIGTESGTILKALSTASRSLHGCYLEELHVLPPGRREPLRSLRILHSARALFVGLRDG
490 500 510 520 530 540
480 490 500 510 520 530
pF1KB0 VVKIPLKRCQFYRTRSTCIGAQDPYCGWDVVMKKCTSLEESLSMTQWEQSISACPTRNLT
:...::.:: ::....:.::.::::::: ...:..::.: .:. : :.:.:::.::.:
CCDS35 VLRVPLERCAAYRSQGACLGARDPYCGWDGKQQRCSTLEDSSNMSLWTQNITACPVRNVT
550 560 570 580 590 600
540 550 560 570 580 590
pF1KB0 VDGHFGVWSPWTPCTHTDGSAVGSCLCRTRSCDSPAPQCGGWQCEGPGMEIANCSRNGGW
:: :: :::: :: : ::. ::::::.:::::: :.::: .: ::...::::::::.:
CCDS35 RDGGFGPWSPWQPCEHLDGDNSGSCLCRARSCDSPRPRCGGLDCLGPAIHIANCSRNGAW
610 620 630 640 650 660
600 610 620 630 640 650
pF1KB0 TPWTSWSPCSTTCGIGFQVRQRSCSNPTPRHGGRVCVGQNREERYCNEHLLCPPHMFWTG
:::.::. :::.:::::::::::::::.::::::.:::..::::.:::. :: .::..
CCDS35 TPWSSWALCSTSCGIGFQVRQRSCSNPAPRHGGRICVGKSREERFCNENTPCPVPIFWAS
670 680 690 700 710 720
660 670 680 690 700 710
pF1KB0 WGPWERCTAQCGGGIQARRRICENGPDCAGCNVEYQSCNTNPCPELKKTTPWTPWTPVNI
:: : .:...::::.:.::: :::: .: ::.::...:: . :::....:::::: :::.
CCDS35 WGSWSKCSSNCGGGMQSRRRACENGNSCLGCGVEFKTCNPEGCPEVRRNTPWTPWLPVNV
730 740 750 760 770 780
720 730 740 750 760 770
pF1KB0 SDNGGHYEQRFRYTCKARLADPNLLEVGRQRIEMRYCSSDGTSGCSTDGLSGDFLRAGRY
...:.. :::::.::.: ::::. :. ::.: : : : .::...:.::.: .::.:
CCDS35 TQGGARQEQRFRFTCRAPLADPHGLQFGRRRTETRTCPADGSGSCDTDALVEVLLRSGST
790 800 810 820 830 840
780 790 800 810 820 830
pF1KB0 SAHTVNGAWSAWTSWSQCSRDCSRGIRNRKRVCNNPEPKYGGMPCLGPSLEYQECNILPC
: :::.:.:.:: ::.::::: :.: :::.:.::::. ::.::.: . :::.:: :
CCDS35 SPHTVSGGWAAWGPWSSCSRDCELGFRVRKRTCTNPEPRNGGLPCVGDAAEYQDCNPQAC
850 860 870 880 890 900
840 850 860 870 880 890
pF1KB0 PVDGVWSCWSPWTKCSATCGGGHYMRTRSCSNPAPAYGGDICLGLHTEEALCNTQPCPES
:: :.::::. :. :::.::::::.:::::..:::. : ::::::::::::: :: :::.
CCDS35 PVRGAWSCWTSWSPCSASCGGGHYQRTRSCTSPAPSPGEDICLGLHTEEALCATQACPEG
910 920 930 940 950 960
900 910 920 930 940 950
pF1KB0 WSEWSDWSECEASGVQVRARQCILLFPMGSQCSGNTTESRPCVFDSNFIPEVSVARSSSV
:: ::.::.: .:.: :.:.: :.: .: :.::...:::: .. :: . : ::.
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CCDS47 ACSHLSPNSRLT-FEQDIERGNTDGLGDCHNSFVALNGHSSSLLPST--TTSDSTAQEGY
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CCDS11 ASGPMSRSLRPQSRPQIIKEVLAVPNSILELPCPHLSALASYYWSHGPAAVPEASSTVYN
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CCDS32 SRVARICKNDMGGSQRVLEKHWTSFLKARLNCSVPGDSFFYFDVLQSITDIIQINGIPTV
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CCDS32 KHGLAEAYKTSIDFPDETLSFIKSHPLMDSAVPPIADEPWFTKTRVRYRLTAISVDHSAG
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CCDS32 PYQNYTVIFVGSEAGMVLKVLAKTSPFSLNDSVLLEEIEAYNHAKCSAENEEDKKVISLQ
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CCDS32 LDKDHHALYVAFSSCIIRIPLSRCERYGSCKKSCIASRDPYCGW-LSQGSCGRVTPGMLA
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CCDS32 EGYEQDTEFGNTAHLGDCHDMEVSSSSVTTMVYDGKSSLESPTRWST
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]