Result of FASTA (omim) for
pF1KB0930
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB0930, 371 aa
1>>>pF1KB0930 371 - 371 aa - 371 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1433+/-0.000488; mu= 15.3982+/- 0.030
mean_var=263.7949+/-53.045, 0's: 0 Z-trim(118.5): 1983 B-trim: 119 in 1/50
Lambda= 0.078966
statistics sampled from 29215 (31550) to 29215 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.714), E-opt: 0.2 (0.37), width: 16
Scan time: 7.550
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001152765 (OMIM: 603984) zinc finger protein 73 ( 536) 921 118.6 3.3e-26
XP_006722660 (OMIM: 603984) PREDICTED: zinc finger ( 550) 921 118.7 3.3e-26
XP_011525901 (OMIM: 603984) PREDICTED: zinc finger ( 550) 921 118.7 3.3e-26
XP_005259754 (OMIM: 603984) PREDICTED: zinc finger ( 551) 921 118.7 3.3e-26
XP_011525900 (OMIM: 603984) PREDICTED: zinc finger ( 551) 921 118.7 3.3e-26
XP_011526673 (OMIM: 611811) PREDICTED: zinc finger ( 476) 900 116.2 1.6e-25
XP_016882860 (OMIM: 611811) PREDICTED: zinc finger ( 519) 900 116.2 1.7e-25
XP_011526668 (OMIM: 611811) PREDICTED: zinc finger ( 556) 900 116.3 1.7e-25
XP_016882858 (OMIM: 611811) PREDICTED: zinc finger ( 556) 900 116.3 1.7e-25
XP_016882859 (OMIM: 611811) PREDICTED: zinc finger ( 556) 900 116.3 1.7e-25
XP_011526669 (OMIM: 611811) PREDICTED: zinc finger ( 556) 900 116.3 1.7e-25
XP_011526667 (OMIM: 611811) PREDICTED: zinc finger ( 556) 900 116.3 1.7e-25
XP_005260155 (OMIM: 611811) PREDICTED: zinc finger ( 556) 900 116.3 1.7e-25
XP_011526671 (OMIM: 611811) PREDICTED: zinc finger ( 556) 900 116.3 1.7e-25
XP_011526670 (OMIM: 611811) PREDICTED: zinc finger ( 556) 900 116.3 1.7e-25
XP_011526665 (OMIM: 611811) PREDICTED: zinc finger ( 556) 900 116.3 1.7e-25
XP_016882857 (OMIM: 611811) PREDICTED: zinc finger ( 578) 900 116.3 1.8e-25
NP_115809 (OMIM: 611811) zinc finger protein 333 i ( 665) 900 116.4 1.9e-25
XP_011526664 (OMIM: 611811) PREDICTED: zinc finger ( 665) 900 116.4 1.9e-25
XP_016882856 (OMIM: 611811) PREDICTED: zinc finger ( 665) 900 116.4 1.9e-25
NP_066385 (OMIM: 606954) zinc finger protein 253 i ( 499) 890 115.1 3.7e-25
NP_065984 (OMIM: 613864) zinc finger protein 317 i ( 595) 885 114.6 5.9e-25
NP_001284553 (OMIM: 613910) zinc finger protein 48 ( 492) 856 111.2 5.3e-24
NP_932355 (OMIM: 604086) zinc finger protein 155 i ( 538) 805 105.4 3.1e-22
NP_003436 (OMIM: 604086) zinc finger protein 155 i ( 538) 805 105.4 3.1e-22
NP_001247415 (OMIM: 604086) zinc finger protein 15 ( 538) 805 105.4 3.1e-22
XP_005259272 (OMIM: 604086) PREDICTED: zinc finger ( 538) 805 105.4 3.1e-22
NP_001247416 (OMIM: 604086) zinc finger protein 15 ( 538) 805 105.4 3.1e-22
XP_016882737 (OMIM: 604086) PREDICTED: zinc finger ( 549) 804 105.3 3.4e-22
XP_011525581 (OMIM: 604086) PREDICTED: zinc finger ( 549) 804 105.3 3.4e-22
NP_001247417 (OMIM: 604086) zinc finger protein 15 ( 549) 804 105.3 3.4e-22
XP_011525580 (OMIM: 604086) PREDICTED: zinc finger ( 549) 804 105.3 3.4e-22
NP_001252529 (OMIM: 601856) zinc finger protein 21 ( 503) 797 104.5 5.7e-22
NP_001252528 (OMIM: 601856) zinc finger protein 21 ( 555) 797 104.5 6e-22
NP_942152 (OMIM: 601856) zinc finger protein 211 i ( 564) 797 104.6 6e-22
NP_006376 (OMIM: 601856) zinc finger protein 211 i ( 577) 797 104.6 6.1e-22
NP_001252527 (OMIM: 601856) zinc finger protein 21 ( 616) 797 104.6 6.3e-22
NP_001309235 (OMIM: 601856) zinc finger protein 21 ( 627) 797 104.6 6.3e-22
NP_001252526 (OMIM: 601856) zinc finger protein 21 ( 629) 797 104.6 6.3e-22
NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 793 104.2 8.6e-22
XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 793 104.2 8.6e-22
XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 793 104.2 8.7e-22
XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 658) 793 104.2 8.9e-22
NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 793 104.2 8.9e-22
NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 670) 793 104.2 8.9e-22
XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 793 104.2 8.9e-22
XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 793 104.2 8.9e-22
XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 793 104.2 8.9e-22
NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 682) 793 104.2 9e-22
NP_001158002 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 390) 789 103.4 9.4e-22
>>NP_001152765 (OMIM: 603984) zinc finger protein 737 [H (536 aa)
initn: 4472 init1: 713 opt: 921 Z-score: 591.6 bits: 118.6 E(85289): 3.3e-26
Smith-Waterman score: 929; 36.2% identity (65.4% similar) in 381 aa overlap (7-370:3-366)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MDMAQEPVTFRDVAIYFSREEWACLEPSQRALYRDVMLDNFSSVAALGFCSPRPDLVSRL
:. :::::: :: ::: ::. .:: :::.:::.:. ... ::. .:::.. :
NP_001 MGPLQFRDVAIEFSLEEWHCLDTAQRNLYRNVMLENYRNLVFLGIVVSKPDLITCL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB0 EQWEEPWVEDRERPEFQAVQRGPRPGARKSADPKRHCDHPA---W-------AHKKTHVR
:: ..: . ... :.:. :.: : : . .:. .:
NP_001 EQGKKPLTMKKHE---------------MVANPSVTCSHFARDLWPEQSIKDSFQKVTLR
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160
pF1KB0 R--ERAREGSSFRKGFRLDTDDGQLPRAAPER-----TDAKPTAFPCQVLTQRCGRRPGR
: . .... .:.:: . ..:. .. . . . : .. : :. .. . .
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170 180 190 200 210 220
pF1KB0 RERRKQRAVELSFICGTCGKALSCHSRLLAHQTVHTGTKAFECPECGQTFRWASNLQRHQ
... ... . : : ::::.. : : .:. .::: : :.: :::..: :.:.: :.
NP_001 NRHKIRHTGKKPFKCIECGKAFNQSSTLTTHKKIHTGEKPFKCEECGKAFNWSSHLTTHK
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KB0 KNHTREKPFCCEACGQAFSLKDRLAQHRKVHTEHRPYSCGDCGKAFKQKSNLLRHQLVHT
. :: :: . :: ::.::: . :. :. .:. ..::.: .::::::..::: :...::
NP_001 RIHTGEKRYKCEDCGKAFSRFSYLTAHKIIHSGEKPYKCEECGKAFKRSSNLTTHKIIHT
230 240 250 260 270 280
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pF1KB0 GERPFYCADCGKAFRTKENLSHHQRVHSGEKPYTCAECGKSFRWPKGFSIHRRLHLTKRF
::.:. : .:::::. . :. :. .::::::: : ::::.:. :. .. :.:.: ..
NP_001 GEKPYKCEECGKAFKRSSILTAHKIIHSGEKPYKCEECGKAFKHPSVLTTHKRIHTGEKP
290 300 310 320 330 340
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pF1KB0 YECGHCGKGFRHLGFFTRHQRTHRHGEV
:.: .::..:.... .: :. : ::
NP_001 YKCEECGRAFKYFSSLTTHKIIHS-GEKPYKCEECGKAFNWSSHLTTHKRIHTGEKPYKC
350 360 370 380 390
>--
initn: 1153 init1: 584 opt: 623 Z-score: 408.1 bits: 84.7 E(85289): 5.4e-16
Smith-Waterman score: 623; 44.0% identity (76.2% similar) in 168 aa overlap (176-343:369-536)
150 160 170 180 190 200
pF1KB0 TAFPCQVLTQRCGRRPGRRERRKQRAVELSFICGTCGKALSCHSRLLAHQTVHTGTKAFE
. : ::::.. :.: .:. .::: : ..
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pF1KB0 CPECGQTFRWASNLQRHQKNHTREKPFCCEACGQAFSLKDRLAQHRKVHTEHRPYSCGDC
: :::..:...:.: :. :: ..:: :: ::.::. . :. :...:: ..::.: .:
NP_001 CEECGEAFKYSSSLTTHKIIHTGQQPFKCEECGKAFKCFSILTTHKRIHTGEKPYKCEEC
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pF1KB0 GKAFKQKSNLLRHQLVHTGERPFYCADCGKAFRTKENLSHHQRVHSGEKPYTCAECGKSF
::::...:.: :. .::::.:. : :::::. . :..:.:.:.::::: : ::::.:
NP_001 GKAFNSSSHLTAHKRIHTGEKPYKCERCGKAFKRSFILTRHKRIHTGEKPYKCEECGKGF
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330 340 350 360 370
pF1KB0 RWPKGFSIHRRLHLTKRFYECGHCGKGFRHLGFFTRHQRTHRHGEV
. :. .. :. .: ...
NP_001 KCPSTLTTHKVIHTGEKL
520 530
>>XP_006722660 (OMIM: 603984) PREDICTED: zinc finger pro (550 aa)
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Smith-Waterman score: 929; 36.2% identity (65.4% similar) in 381 aa overlap (7-370:3-366)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MDMAQEPVTFRDVAIYFSREEWACLEPSQRALYRDVMLDNFSSVAALGFCSPRPDLVSRL
:. :::::: :: ::: ::. .:: :::.:::.:. ... ::. .:::.. :
XP_006 MGPLQFRDVAIEFSLEEWHCLDTAQRNLYRNVMLENYRNLVFLGIVVSKPDLITCL
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pF1KB0 EQWEEPWVEDRERPEFQAVQRGPRPGARKSADPKRHCDHPA---W-------AHKKTHVR
:: ..: . ... :.:. :.: : : . .:. .:
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: . .... .:.:: . ..:. .. . . . : .. : :. .. . .
XP_006 RYENYGHDNLQFKKGCE-SVDECKVHKRGYNGLNQYLTTTQSKIFQCDKYVKVIHKFSNS
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pF1KB0 RERRKQRAVELSFICGTCGKALSCHSRLLAHQTVHTGTKAFECPECGQTFRWASNLQRHQ
... ... . : : ::::.. : : .:. .::: : :.: :::..: :.:.: :.
XP_006 NRHKIRHTGKKPFKCIECGKAFNQSSTLTTHKKIHTGEKPFKCEECGKAFNWSSHLTTHK
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pF1KB0 KNHTREKPFCCEACGQAFSLKDRLAQHRKVHTEHRPYSCGDCGKAFKQKSNLLRHQLVHT
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XP_006 RIHTGEKRYKCEDCGKAFSRFSYLTAHKIIHSGEKPYKCEECGKAFKRSSNLTTHKIIHT
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pF1KB0 GERPFYCADCGKAFRTKENLSHHQRVHSGEKPYTCAECGKSFRWPKGFSIHRRLHLTKRF
::.:. : .:::::. . :. :. .::::::: : ::::.:. :. .. :.:.: ..
XP_006 GEKPYKCEECGKAFKRSSILTAHKIIHSGEKPYKCEECGKAFKHPSVLTTHKRIHTGEKP
290 300 310 320 330 340
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pF1KB0 YECGHCGKGFRHLGFFTRHQRTHRHGEV
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XP_006 YKCEECGRAFKYFSSLTTHKIIHS-GEKPYKCEECGKAFNWSSHLTTHKRIHTGEKPYKC
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>--
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Smith-Waterman score: 613; 45.1% identity (74.7% similar) in 162 aa overlap (202-363:367-528)
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pF1KB0 VELSFICGTCGKALSCHSRLLAHQTVHTGTKAFECPECGQTFRWASNLQRHQKNHTREKP
: ..: :::..: :.:.: :.. :: :::
XP_006 GEKPYKCEECGRAFKYFSSLTTHKIIHSGEKPYKCEECGKAFNWSSHLTTHKRIHTGEKP
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pF1KB0 FCCEACGQAFSLKDRLAQHRKVHTEHRPYSCGDCGKAFKQKSNLLRHQLVHTGERPFYCA
. :: ::.::. .. :. :. .:: ..:..: .:::::: : : :. .::::.:. :
XP_006 YKCEECGEAFKYSSSLTTHKIIHTGQQPFKCEECGKAFKCFSILTTHKRIHTGEKPYKCE
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pF1KB0 DCGKAFRTKENLSHHQRVHSGEKPYTCAECGKSFRWPKGFSIHRRLHLTKRFYECGHCGK
.::::: .. .:. :.:.:.::::: : .:::.:. .. :.:.: .. :.: .:::
XP_006 ECGKAFNSSSHLTAHKRIHTGEKPYKCERCGKAFKRSFILTRHKRIHTGEKPYKCEECGK
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pF1KB0 GFRHLGFFTRHQRTHRHGEV
::. . .: :.
XP_006 GFKCPSTLTTHKFFVYCREVAVLLENCYSHLYPH
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>>XP_011525901 (OMIM: 603984) PREDICTED: zinc finger pro (550 aa)
initn: 5085 init1: 713 opt: 921 Z-score: 591.5 bits: 118.7 E(85289): 3.3e-26
Smith-Waterman score: 929; 36.2% identity (65.4% similar) in 381 aa overlap (7-370:3-366)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MDMAQEPVTFRDVAIYFSREEWACLEPSQRALYRDVMLDNFSSVAALGFCSPRPDLVSRL
:. :::::: :: ::: ::. .:: :::.:::.:. ... ::. .:::.. :
XP_011 MGPLQFRDVAIEFSLEEWHCLDTAQRNLYRNVMLENYRNLVFLGIVVSKPDLITCL
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pF1KB0 EQWEEPWVEDRERPEFQAVQRGPRPGARKSADPKRHCDHPA---W-------AHKKTHVR
:: ..: . ... :.:. :.: : : . .:. .:
XP_011 EQGKKPLTMKKHE---------------MVANPSVTCSHFARDLWPEQSIKDSFQKVTLR
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160
pF1KB0 R--ERAREGSSFRKGFRLDTDDGQLPRAAPER-----TDAKPTAFPCQVLTQRCGRRPGR
: . .... .:.:: . ..:. .. . . . : .. : :. .. . .
XP_011 RYENYGHDNLQFKKGCE-SVDECKVHKRGYNGLNQYLTTTQSKIFQCDKYVKVIHKFSNS
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pF1KB0 RERRKQRAVELSFICGTCGKALSCHSRLLAHQTVHTGTKAFECPECGQTFRWASNLQRHQ
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XP_011 NRHKIRHTGKKPFKCIECGKAFNQSSTLTTHKKIHTGEKPFKCEECGKAFNWSSHLTTHK
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XP_011 RIHTGEKRYKCEDCGKAFSRFSYLTAHKIIHSGEKPYKCEECGKAFKRSSNLTTHKIIHT
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pF1KB0 GERPFYCADCGKAFRTKENLSHHQRVHSGEKPYTCAECGKSFRWPKGFSIHRRLHLTKRF
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XP_011 GEKPYKCEECGKAFKRSSILTAHKIIHSGEKPYKCEECGKAFKHPSVLTTHKRIHTGEKP
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pF1KB0 YECGHCGKGFRHLGFFTRHQRTHRHGEV
:.: .::..:.... .: :. : ::
XP_011 YKCEECGRAFKYFSSLTTHKIIHS-GEKPYKCEECGKAFNWSSHLTTHKRIHTGEKPYKC
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>--
initn: 613 init1: 613 opt: 613 Z-score: 401.8 bits: 83.6 E(85289): 1.2e-15
Smith-Waterman score: 613; 45.1% identity (74.7% similar) in 162 aa overlap (202-363:367-528)
180 190 200 210 220 230
pF1KB0 VELSFICGTCGKALSCHSRLLAHQTVHTGTKAFECPECGQTFRWASNLQRHQKNHTREKP
: ..: :::..: :.:.: :.. :: :::
XP_011 GEKPYKCEECGRAFKYFSSLTTHKIIHSGEKPYKCEECGKAFNWSSHLTTHKRIHTGEKP
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60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]