Result of FASTA (ccds) for
pF1KB0962
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB0962, 425 aa
1>>>pF1KB0962 425 - 425 aa - 425 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6646+/-0.000951; mu= 13.5742+/- 0.057
mean_var=164.1562+/-32.691, 0's: 0 Z-trim(111.1): 149 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.100103
statistics sampled from 11952 (12111) to 11952 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.726), E-opt: 0.2 (0.372), width: 16
Scan time: 2.810
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS34374.1 TRIM31 gene_id:11074|Hs108|chr6 ( 425) 2852 423.8 1.5e-118
CCDS4678.1 TRIM26 gene_id:7726|Hs108|chr6 ( 539) 637 104.0 3.6e-22
CCDS4676.1 TRIM10 gene_id:10107|Hs108|chr6 ( 395) 600 98.6 1.2e-20
CCDS34375.1 TRIM10 gene_id:10107|Hs108|chr6 ( 481) 600 98.6 1.3e-20
CCDS34378.1 TRIM39 gene_id:56658|Hs108|chr6 ( 488) 577 95.3 1.4e-19
CCDS78121.1 RPP21 gene_id:202658|Hs108|chr6 ( 503) 577 95.3 1.4e-19
CCDS4654.1 TRIM27 gene_id:5987|Hs108|chr6 ( 513) 574 94.9 1.9e-19
CCDS31394.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 ( 347) 558 92.4 7.2e-19
CCDS31390.1 TRIM6 gene_id:117854|Hs108|chr11 ( 488) 560 92.9 7.4e-19
CCDS31389.1 TRIM6 gene_id:117854|Hs108|chr11 ( 516) 560 92.9 7.7e-19
CCDS31392.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 ( 326) 555 92.0 9.4e-19
CCDS31388.1 TRIM34 gene_id:445372|Hs108|chr11 ( 842) 560 93.1 1.1e-18
CCDS31393.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 ( 493) 555 92.2 1.2e-18
CCDS1636.1 TRIM58 gene_id:25893|Hs108|chr1 ( 486) 540 90.0 5.5e-18
CCDS5678.1 TRIM4 gene_id:89122|Hs108|chr7 ( 474) 536 89.4 8e-18
CCDS34377.1 TRIM39 gene_id:56658|Hs108|chr6 ( 518) 526 88.0 2.3e-17
CCDS31048.1 TRIM11 gene_id:81559|Hs108|chr1 ( 468) 525 87.8 2.4e-17
CCDS44525.1 TRIM21 gene_id:6737|Hs108|chr11 ( 475) 514 86.2 7.3e-17
CCDS4568.1 TRIM38 gene_id:10475|Hs108|chr6 ( 465) 510 85.6 1.1e-16
CCDS41612.1 TRIM22 gene_id:10346|Hs108|chr11 ( 498) 493 83.2 6.2e-16
CCDS31391.1 TRIM34 gene_id:53840|Hs108|chr11 ( 488) 487 82.3 1.1e-15
CCDS44327.1 TRIM17 gene_id:51127|Hs108|chr1 ( 343) 475 80.4 2.9e-15
CCDS1571.1 TRIM17 gene_id:51127|Hs108|chr1 ( 477) 471 80.0 5.4e-15
CCDS31356.1 TRIM68 gene_id:55128|Hs108|chr11 ( 485) 445 76.3 7.4e-14
CCDS2015.1 TRIM43 gene_id:129868|Hs108|chr2 ( 446) 425 73.3 5.2e-13
CCDS3808.1 TRIM60 gene_id:166655|Hs108|chr4 ( 471) 414 71.8 1.6e-12
CCDS4677.1 TRIM15 gene_id:89870|Hs108|chr6 ( 465) 406 70.6 3.6e-12
CCDS53693.1 TRIM64B gene_id:642446|Hs108|chr11 ( 449) 397 69.3 8.6e-12
CCDS73363.1 TRIM64 gene_id:120146|Hs108|chr11 ( 449) 393 68.7 1.3e-11
CCDS4465.1 TRIM41 gene_id:90933|Hs108|chr5 ( 518) 391 68.5 1.7e-11
CCDS4466.1 TRIM41 gene_id:90933|Hs108|chr5 ( 630) 391 68.6 2e-11
CCDS5679.1 TRIM4 gene_id:89122|Hs108|chr7 ( 500) 386 67.8 2.8e-11
CCDS73287.1 TRIM64C gene_id:646754|Hs108|chr11 ( 450) 385 67.6 2.9e-11
CCDS3851.1 TRIML1 gene_id:339976|Hs108|chr4 ( 468) 376 66.3 7.2e-11
>>CCDS34374.1 TRIM31 gene_id:11074|Hs108|chr6 (425 aa)
initn: 2852 init1: 2852 opt: 2852 Z-score: 2241.6 bits: 423.8 E(32554): 1.5e-118
Smith-Waterman score: 2852; 100.0% identity (100.0% similar) in 425 aa overlap (1-425:1-425)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MASGQFVNKLQEEVICPICLDILQKPVTIDCGHNFCLKCITQIGETSCGFFKCPLCKTSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MASGQFVNKLQEEVICPICLDILQKPVTIDCGHNFCLKCITQIGETSCGFFKCPLCKTSV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 RKNAIRFNSLLRNLVEKIQALQASEVQSKRKEATCPRHQEMFHYFCEDDGKFLCFVCRES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 RKNAIRFNSLLRNLVEKIQALQASEVQSKRKEATCPRHQEMFHYFCEDDGKFLCFVCRES
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 KDHKSHNVSLIEEAAQNYQGQIQEQIQVLQQKEKETVQVKAQGVHRVDVFTDQVEHEKQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 KDHKSHNVSLIEEAAQNYQGQIQEQIQVLQQKEKETVQVKAQGVHRVDVFTDQVEHEKQR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 ILTEFELLHQVLEEEKNFLLSRIYWLGHEGTEAGKHYVASTEPQLNDLKKLVDSLKTKQN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 ILTEFELLHQVLEEEKNFLLSRIYWLGHEGTEAGKHYVASTEPQLNDLKKLVDSLKTKQN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 MPPRQLLEDIKVVLCRSEEFQFLNPTPVPLELEKKLSEAKSRHDSITGSLKKFKDQLQAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MPPRQLLEDIKVVLCRSEEFQFLNPTPVPLELEKKLSEAKSRHDSITGSLKKFKDQLQAD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 RKKDENRFFKSMNKNDMKSWGLLQKNNHKMNKTSEPGSSSAGGRTTSGPPNHHSSAPSHS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 RKKDENRFFKSMNKNDMKSWGLLQKNNHKMNKTSEPGSSSAGGRTTSGPPNHHSSAPSHS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB0 LFRASSAGKVTFPVCLLASYDEISGQGASSQDTKTFDVALSEELHAALSEWLTAIRAWFC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LFRASSAGKVTFPVCLLASYDEISGQGASSQDTKTFDVALSEELHAALSEWLTAIRAWFC
370 380 390 400 410 420
pF1KB0 EVPSS
:::::
CCDS34 EVPSS
>>CCDS4678.1 TRIM26 gene_id:7726|Hs108|chr6 (539 aa)
initn: 596 init1: 360 opt: 637 Z-score: 511.6 bits: 104.0 E(32554): 3.6e-22
Smith-Waterman score: 637; 34.7% identity (65.6% similar) in 308 aa overlap (1-300:1-307)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MASGQFVNKLQEEVICPICLDILQKPVTIDCGHNFCLKCITQIGETSCGFFKCPLCKTSV
::.. . .:.::: : :::: :. :::::::: :: .: :.. : . :::::
CCDS46 MATSAPLRSLEEEVTCSICLDYLRDPVTIDCGHVFCRSCTTDVRPISGSRPVCPLCKKPF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB0 RKNAIRFNSLLRNLVEKIQAL------QASEVQSKRKEAT-CPRHQEMFHYFCEDDGKFL
.:. :: : .:::.:. : : .:: ....: : ::.: .::.::::::.:
CCDS46 KKENIRPVWQLASLVENIERLKVDKGRQPGEVTREQQDAKLCERHREKLHYYCEDDGKLL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB0 CFVCRESKDHKSHNVSLIEEAAQNYQGQIQEQIQVLQQKEKETVQ-VKAQGVHRVDVFTD
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CCDS46 CVMCRESREHRPHTAVLMEKAAQPHREKILNHLSTLR-RDRDKIQGFQAKGEADILAALK
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB0 QVEHEKQRILTEFELLHQVLEEEKNFLLSRIYWLGHEGTEAGKHYVASTEPQLNDLKKLV
... ..: :..::: :: :.:... :: .. : .: ::. ... . .: : ..
CCDS46 KLQDQRQYIVAEFEQGHQFLREREEHLLEQLAKLEQELTEGREKFKSRGVGELARLALVI
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB0 DSLKTKQNMPPRQLLEDIKVVLCRSEEFQFLNPTPVPLELEKKLSEAKSRHDSITGSLKK
. :. : ..: .:..: . : : . .: :. ..:: .: ... :. .:..
CCDS46 SELEGKAQQPAAELMQDTRDFLNRYPRKKFWVGKPIARVVKKKTGEFSDKLLSLQRGLRE
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB0 FKDQLQADRKKDENRFFKSMNKNDMKSWGLLQKNNHKMNKTSEPGSSSAGGRTTSGPPNH
:. .: :
CCDS46 FQGKLLRDLEYKTVSVTLDPQSASGYLQLSEDWKCVTYTSLYKSAYLHPQQFDCEPGVLG
300 310 320 330 340 350
>>CCDS4676.1 TRIM10 gene_id:10107|Hs108|chr6 (395 aa)
initn: 606 init1: 433 opt: 600 Z-score: 484.3 bits: 98.6 E(32554): 1.2e-20
Smith-Waterman score: 600; 32.6% identity (64.5% similar) in 301 aa overlap (1-297:1-301)
10 20 30 40 50
pF1KB0 MASGQFVNKLQEEVICPICLDILQKPVTIDCGHNFCLKCITQIGETSCGFFK----CPLC
:::. :..: .:: :::: :..::::::::::: :.:. : .. ::::
CCDS46 MASAASVTSLADEVNCPICQGTLREPVTIDCGHNFCRACLTRYCEIPGPDLEESPTCPLC
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB0 KTSVRKNAIRFNSLLRNLVEKIQALQASEVQSKRKEATCPRHQEMFHYFCEDDGKFLCFV
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CCDS46 KEPFRPGSFRPNWQLANVVENIERLQLVSTLGLGEEDVCQEHGEKIYFFCEDDEMQLCVV
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120 130 140 150 160 170
pF1KB0 CRESKDHKSHNVSLIEEAAQNYQGQIQEQIQVLQQKEKETVQVKAQGVHRVDVFTDQVEH
:::. .: .:.. ..:.:: :. ::.. .. :.....: ..... .:..:. ::
CCDS46 CREAGEHATHTMRFLEDAAAPYREQIHKCLKCLRKEREEIQEIQSRENKRMQVLLTQVST
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB0 EKQRILTEFELLHQVLEEEKNFLLSRIYWLGHEGTEAGKHYVASTEPQLNDLKKLVDSLK
..:....:: :.. :::....::... . . .. . .. .. :.. :.
CCDS46 KRQQVISEFAHLRKFLEEQQSILLAQLESQDGDILRQRDEFDLLVAGEICRFSALIEELE
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB0 TKQNMPPRQLLEDIKVVLCRSEEFQFLNPTPVPLELEKKLSEAKSRHDSITGSLKKFKDQ
:.. : :.:: ::. .: : : . .:. : :: ... . .. . .: : ..
CCDS46 EKNERPARELLTDIRSTLIRCETRKCRKPVAVSPELGQRIRDFPQQALPLQREMKMFLEK
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB0 LQADRKKDENRFFKSMNKNDMKSWGLLQKNNHKMNKTSEPGSSSAGGRTTSGPPNHHSSA
:
CCDS46 LCFELDYEPAHISLDPQTSHPKLLLSEDHQRAQFSYKWQNSPDNPQRFDRATCVLAHTGI
310 320 330 340 350 360
>>CCDS34375.1 TRIM10 gene_id:10107|Hs108|chr6 (481 aa)
initn: 606 init1: 433 opt: 600 Z-score: 483.3 bits: 98.6 E(32554): 1.3e-20
Smith-Waterman score: 601; 28.8% identity (59.1% similar) in 423 aa overlap (1-418:1-409)
10 20 30 40 50
pF1KB0 MASGQFVNKLQEEVICPICLDILQKPVTIDCGHNFCLKCITQIGETSCGFFK----CPLC
:::. :..: .:: :::: :..::::::::::: :.:. : .. ::::
CCDS34 MASAASVTSLADEVNCPICQGTLREPVTIDCGHNFCRACLTRYCEIPGPDLEESPTCPLC
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB0 KTSVRKNAIRFNSLLRNLVEKIQALQASEVQSKRKEATCPRHQEMFHYFCEDDGKFLCFV
: : ...: : : :.::.:. :: . . .: .: .: : ...::::: :: :
CCDS34 KEPFRPGSFRPNWQLANVVENIERLQLVSTLGLGEEDVCQEHGEKIYFFCEDDEMQLCVV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB0 CRESKDHKSHNVSLIEEAAQNYQGQIQEQIQVLQQKEKETVQVKAQGVHRVDVFTDQVEH
:::. .: .:.. ..:.:: :. ::.. .. :.....: ..... .:..:. ::
CCDS34 CREAGEHATHTMRFLEDAAAPYREQIHKCLKCLRKEREEIQEIQSRENKRMQVLLTQVST
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB0 EKQRILTEFELLHQVLEEEKNFLLSRIYWLGHEGTEAGKHYVASTEPQLNDLKKLVDSLK
..:....:: :.. :::....::... . . .. . .. .. :.. :.
CCDS34 KRQQVISEFAHLRKFLEEQQSILLAQLESQDGDILRQRDEFDLLVAGEICRFSALIEELE
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB0 TKQNMPPRQLLEDIKVVLCRSEEFQFLNPTPVPLELEKKLSEAKSRHDSITGSLKKFKDQ
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CCDS34 EKNERPARELLTDIRSTLIRCETRKCRKPVAVSPELGQRIRDFPQQALPLQREMKMFLEK
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB0 LQADRKKDENRFFKSMNKNDMKSWGLLQKNNHKMNKTSEPGSSSAGGRTTSGPPNHHSSA
: . . .. :.. . . :: ...:. . : ..: . :.. . :
CCDS34 LCFELDYEPAHI--SLDPQTSHP-KLLLSEDHQRAQFSYKWQNSPDN------PQRFDRA
310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB0 PSHSLFRASSAGKVTFPVCLLASYDEISGQGASSQDTKTFDVALSEELHAALSEWLTAIR
. ..:. :. : : : : :. . . . :: . ::. : . :.:
CCDS34 TCVLAHTGITGGRHTWVV----SIDLAHG-GSCTVGVVSEDVQRKGELRLRPEEGVWAVR
360 370 380 390 400
420
pF1KB0 -AWFCEVPSS
::
CCDS34 LAWGFVSALGSFPTRLTLKEQPRQVRVSLDYEVGWVTFTNAVTREPIYTFTASFTRKVIP
410 420 430 440 450 460
>>CCDS34378.1 TRIM39 gene_id:56658|Hs108|chr6 (488 aa)
initn: 617 init1: 341 opt: 577 Z-score: 465.3 bits: 95.3 E(32554): 1.4e-19
Smith-Waterman score: 577; 33.4% identity (63.9% similar) in 299 aa overlap (7-304:20-312)
10 20 30 40
pF1KB0 MASGQFVNKLQEEVICPICLDILQKPVTIDCGHNFCLKCITQIGETS
...:: :. : .::. :..:: :.:::::: :::. :
CCDS34 MAETSLLEAGASAASTAAALENLQVEASCSVCLEYLKEPVIIECGHNFCKACITRWWEDL
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB0 CGFFKCPLCKTSVRKNAIRFNSLLRNLVEKIQALQASEVQSK-RKEATCPRHQEMFHYFC
: ::.:. . : ..: : : ..:: . ::: :. : : :. ::.:.: . ::
CCDS34 ERDFPCPVCRKTSRYRSLRPNRQLGSMVEIAKQLQA--VKRKIRDESLCPQHHEALSLFC
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB0 EDDGKFLCFVCRESKDHKSHNVSLIEEAAQNYQGQIQEQIQVLQQKEKETVQVKAQGVHR
.: . .:..: :. :..:.: ...:.:.:. ..:. .. :.:: .: .. :.. ..
CCDS34 YEDQEAVCLICAISHTHRAHTVVPLDDATQEYKEKLQKCLEPLEQKLQEITRCKSSEEKK
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB0 VDVFTDQVEHEKQRILTEFELLHQVLEEEKNFLLSRIYWLGHEGTEAGKHYVASTEPQLN
. :: ..:.:: ::: ::. :.::.. ::::. .. . .. .: .
CCDS34 PGELKRLVESRRQQILREFEELHRRLDEEQQVLLSRLEEEEQDILQRLRENAAHLGDKRR
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB0 DLKKLVDSLKTKQNMPPRQLLEDIKVVLCRSEEFQFLNPTPVPLELEKKLSEAKSRHDSI
:: .:. .. : . ..:.:.: .: . :. . .. : : .::::..:. ..
CCDS34 DLAHLAAEVEGKCLQSGFEMLKDVKSTLEKCEKVKTMEVTSVSIELEKNFSNFPRQY---
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB0 TGSLKKFKDQLQADRKKDENRFFKSMNKNDMKSWGLLQKNNHKMNKTSEPGSSSAGGRTT
.:.:. :: :: :
CCDS34 -FALRKILKQLIADVTLDPETAHPNLVLSEDRKSVKFVETRLRDLPDTPRRFTFYPCVLA
300 310 320 330 340 350
>>CCDS78121.1 RPP21 gene_id:202658|Hs108|chr6 (503 aa)
initn: 617 init1: 341 opt: 577 Z-score: 465.1 bits: 95.3 E(32554): 1.4e-19
Smith-Waterman score: 577; 33.4% identity (63.9% similar) in 299 aa overlap (7-304:20-312)
10 20 30 40
pF1KB0 MASGQFVNKLQEEVICPICLDILQKPVTIDCGHNFCLKCITQIGETS
...:: :. : .::. :..:: :.:::::: :::. :
CCDS78 MAETSLLEAGASAASTAAALENLQVEASCSVCLEYLKEPVIIECGHNFCKACITRWWEDL
10 20 30 40 50 60
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pF1KB0 CGFFKCPLCKTSVRKNAIRFNSLLRNLVEKIQALQASEVQSK-RKEATCPRHQEMFHYFC
: ::.:. . : ..: : : ..:: . ::: :. : : :. ::.:.: . ::
CCDS78 ERDFPCPVCRKTSRYRSLRPNRQLGSMVEIAKQLQA--VKRKIRDESLCPQHHEALSLFC
70 80 90 100 110
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pF1KB0 EDDGKFLCFVCRESKDHKSHNVSLIEEAAQNYQGQIQEQIQVLQQKEKETVQVKAQGVHR
.: . .:..: :. :..:.: ...:.:.:. ..:. .. :.:: .: .. :.. ..
CCDS78 YEDQEAVCLICAISHTHRAHTVVPLDDATQEYKEKLQKCLEPLEQKLQEITRCKSSEEKK
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CCDS31 ERSQEHRGHHTFLTEEVAREYQVKLQAALEMLRQKQQEAEELEADIREEKASWKTQIQYD
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