Result of FASTA (ccds) for
pF1KB0982
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB0982, 447 aa
1>>>pF1KB0982 447 - 447 aa - 447 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.9856+/-0.00082; mu= 6.7181+/- 0.050
mean_var=208.3473+/-56.480, 0's: 0 Z-trim(114.0): 227 B-trim: 1582 in 2/49
Lambda= 0.088855
statistics sampled from 14149 (14556) to 14149 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.769), E-opt: 0.2 (0.447), width: 16
Scan time: 2.710
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS56129.1 ADRA2B gene_id:151|Hs108|chr2 ( 450) 3041 402.3 5.1e-112
CCDS7569.2 ADRA2A gene_id:150|Hs108|chr10 ( 465) 1006 141.5 1.8e-33
CCDS47004.1 ADRA2C gene_id:152|Hs108|chr4 ( 462) 948 134.0 3e-31
CCDS4347.1 ADRA1B gene_id:147|Hs108|chr5 ( 520) 563 84.7 2.4e-16
CCDS83269.1 ADRA1A gene_id:148|Hs108|chr8 ( 342) 558 83.9 2.7e-16
CCDS6052.1 ADRA1A gene_id:148|Hs108|chr8 ( 429) 558 84.0 3.2e-16
CCDS6053.1 ADRA1A gene_id:148|Hs108|chr8 ( 455) 558 84.0 3.3e-16
CCDS6054.1 ADRA1A gene_id:148|Hs108|chr8 ( 466) 558 84.0 3.4e-16
CCDS34869.1 ADRA1A gene_id:148|Hs108|chr8 ( 475) 558 84.0 3.5e-16
CCDS34168.1 HTR1A gene_id:3350|Hs108|chr5 ( 422) 528 80.2 4.6e-15
CCDS5006.1 HTR1E gene_id:3354|Hs108|chr6 ( 365) 501 76.6 4.5e-14
CCDS231.1 HTR1D gene_id:3352|Hs108|chr1 ( 377) 497 76.1 6.6e-14
CCDS4986.1 HTR1B gene_id:3351|Hs108|chr6 ( 390) 497 76.1 6.8e-14
CCDS13079.1 ADRA1D gene_id:146|Hs108|chr20 ( 572) 499 76.6 7.5e-14
CCDS8361.1 DRD2 gene_id:1813|Hs108|chr11 ( 443) 492 75.6 1.2e-13
CCDS8362.1 DRD2 gene_id:1813|Hs108|chr11 ( 414) 483 74.4 2.5e-13
CCDS5843.1 CHRM2 gene_id:1129|Hs108|chr7 ( 466) 474 73.3 5.9e-13
CCDS7410.1 HTR7 gene_id:3363|Hs108|chr10 ( 432) 456 70.9 2.8e-12
CCDS7409.1 HTR7 gene_id:3363|Hs108|chr10 ( 445) 456 70.9 2.8e-12
CCDS7408.1 HTR7 gene_id:3363|Hs108|chr10 ( 479) 456 71.0 3e-12
CCDS33829.1 DRD3 gene_id:1814|Hs108|chr3 ( 367) 453 70.5 3.2e-12
CCDS2978.1 DRD3 gene_id:1814|Hs108|chr3 ( 400) 453 70.5 3.4e-12
CCDS5936.1 HTR5A gene_id:3361|Hs108|chr7 ( 357) 450 70.1 4.1e-12
CCDS7586.1 ADRB1 gene_id:153|Hs108|chr10 ( 477) 452 70.5 4.3e-12
CCDS2920.1 HTR1F gene_id:3355|Hs108|chr3 ( 366) 436 68.3 1.5e-11
CCDS13493.1 HRH3 gene_id:11255|Hs108|chr20 ( 445) 427 67.2 3.7e-11
CCDS4292.1 ADRB2 gene_id:154|Hs108|chr5 ( 413) 423 66.7 5.1e-11
CCDS6099.1 ADRB3 gene_id:155|Hs108|chr8 ( 408) 422 66.6 5.5e-11
CCDS14564.1 HTR2C gene_id:3358|Hs108|chrX ( 458) 419 66.2 7.8e-11
>>CCDS56129.1 ADRA2B gene_id:151|Hs108|chr2 (450 aa)
initn: 2199 init1: 2030 opt: 3041 Z-score: 2124.6 bits: 402.3 E(32554): 5.1e-112
Smith-Waterman score: 3041; 99.3% identity (99.3% similar) in 450 aa overlap (1-447:1-450)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MDHQDPYSVQATAAIAAAITFLILFTIFGNALVILAVLTSRSLRAPQNLFLVSLAAADIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MDHQDPYSVQATAAIAAAITFLILFTIFGNALVILAVLTSRSLRAPQNLFLVSLAAADIL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 VATLIIPFSLANELLGYWYFRRTWCEVYLALDVLFCTSSIVHLCAISLDRYWAVSRALEY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 VATLIIPFSLANELLGYWYFRRTWCEVYLALDVLFCTSSIVHLCAISLDRYWAVSRALEY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 NSKRTPRRIKCIILTVWLIAAVISLPPLIYKGDQGPQPRGRPQCKLNQEAWYILASSIGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 NSKRTPRRIKCIILTVWLIAAVISLPPLIYKGDQGPQPRGRPQCKLNQEAWYILASSIGS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 FFAPCLIMILVYLRIYLIAKRSNRRGPRAKGGPGQGESKQPRPDHGGALASAKLPALASV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 FFAPCLIMILVYLRIYLIAKRSNRRGPRAKGGPGQGESKQPRPDHGGALASAKLPALASV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 ASAREVNGHSKSTGEKEEGETPEDTGTRALPPSWAALPNSGQGQKEGVCGASPEDEAEEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 ASAREVNGHSKSTGEKEEGETPEDTGTRALPPSWAALPNSGQGQKEGVCGASPEDEAEEE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KB0 EEEEEE---CEPQAVPVSPASACSPPLQQPQGSRVLATLRGQVLLGRGVGAIGGQWWRRR
:::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 EEEEEEEEECEPQAVPVSPASACSPPLQQPQGSRVLATLRGQVLLGRGVGAIGGQWWRRR
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB0 AQLTREKRFTFVLAVVIGVFVLCWFPFFFSYSLGAICPKHCKVPHGLFQFFFWIGYCNSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 AQLTREKRFTFVLAVVIGVFVLCWFPFFFSYSLGAICPKHCKVPHGLFQFFFWIGYCNSS
370 380 390 400 410 420
420 430 440
pF1KB0 LNPVIYTIFNQDFRRAFRRILCRPWTQTAW
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 LNPVIYTIFNQDFRRAFRRILCRPWTQTAW
430 440 450
>>CCDS7569.2 ADRA2A gene_id:150|Hs108|chr10 (465 aa)
initn: 1240 init1: 739 opt: 1006 Z-score: 714.6 bits: 141.5 E(32554): 1.8e-33
Smith-Waterman score: 1442; 53.7% identity (72.9% similar) in 447 aa overlap (6-440:42-458)
10 20 30
pF1KB0 MDHQDPYSVQATAAIAAAITFLILFTIFGNALVIL
:::.:.: ... .:.:.:.:::.:::.
CCDS75 SFAPMGSLQPDAGNASWNGTEAPGGGARATPYSLQVTLTLVCLAGLLMLLTVFGNVLVII
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80 90
pF1KB0 AVLTSRSLRAPQNLFLVSLAAADILVATLIIPFSLANELLGYWYFRRTWCEVYLALDVLF
::.:::.:.:::::::::::.::::::::.::::::::..::::: ..:::.::::::::
CCDS75 AVFTSRALKAPQNLFLVSLASADILVATLVIPFSLANEVMGYWYFGKAWCEIYLALDVLF
80 90 100 110 120 130
100 110 120 130 140 150
pF1KB0 CTSSIVHLCAISLDRYWAVSRALEYNSKRTPRRIKCIILTVWLIAAVISLPPLIY----K
:::::::::::::::::....:.::: :::::::: ::.:::.:.::::.::::
CCDS75 CTSSIVHLCAISLDRYWSITQAIEYNLKRTPRRIKAIIITVWVISAVISFPPLISIEKKG
140 150 160 170 180 190
160 170 180 190 200
pF1KB0 GDQGPQPRGRPQCKLNQEAWYILASSIGSFFAPCLIMILVYLRIYLIAKRS-----NRRG
: :::: ..:.:..:.. ::...: :::::::::::::::.::: :::: .:::
CCDS75 GGGGPQP-AEPRCEINDQKWYVISSCIGSFFAPCLIMILVYVRIYQIAKRRTRVPPSRRG
200 210 220 230 240 250
210 220 230 240 250 260
pF1KB0 PRAKGGPGQGESKQPRPDHGGALASAKLPALASVASAREVNGHSKSTGEKEEGETPEDTG
: : ..: : . ::. : :: . . ..:: . :: . :.::
CCDS75 PDAVAAPPGGTER--RPNGLGPERSAGPGGAEAEPLPTQLNG---APGEPAPA-GPRDTD
260 270 280 290 300
270 280 290 300 310 320
pF1KB0 TRALPPSWAALPNSGQGQKEGVCGASPEDEAEEEEEEEEECEPQAVPVSPASACSPPLQQ
. : : .: .... : . :. . . . .: :.:.. : : .
CCDS75 ALDLEES----SSSDHAER-------PPGPRRPERGPRGKGKARASQVKPGD--SLPRRG
310 320 330 340 350
330 340 350 360 370 380
pF1KB0 PQGSRVLATLRGQVLLGRG---VGAIGGQWWRRRAQLTREKRFTFVLAVVIGVFVLCWFP
: .. . : : : ::: .. :: : . :::::::::::::::::.::::
CCDS75 PGATGI-----GTPAAGPGEERVGAAKASRWRGRQN--REKRFTFVLAVVIGVFVVCWFP
360 370 380 390 400
390 400 410 420 430 440
pF1KB0 FFFSYSLGAICPKHCKVPHGLFQFFFWIGYCNSSLNPVIYTIFNQDFRRAFRRILCRPWT
:::.:.: :. :.::. ::.::::.::::::::::::::::.::::::..::::
CCDS75 FFFTYTLTAV---GCSVPRTLFKFFFWFGYCNSSLNPVIYTIFNHDFRRAFKKILCRGDR
410 420 430 440 450 460
pF1KB0 QTAW
CCDS75 KRIV
>>CCDS47004.1 ADRA2C gene_id:152|Hs108|chr4 (462 aa)
initn: 1399 init1: 727 opt: 948 Z-score: 674.4 bits: 134.0 E(32554): 3e-31
Smith-Waterman score: 1383; 54.8% identity (72.3% similar) in 440 aa overlap (7-440:46-454)
10 20 30
pF1KB0 MDHQDPYSVQATAAIAAAITFLILFTIFGNALVILA
::. :.:..::.. :::.::. ::.::..:
CCDS47 AGPNASGAGERGSGGVANASGASWGPPRGQYSAGAVAGLAAVVGFLIVFTVVGNVLVVIA
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80 90
pF1KB0 VLTSRSLRAPQNLFLVSLAAADILVATLIIPFSLANELLGYWYFRRTWCEVYLALDVLFC
:::::.:::::::::::::.::::::::..::::::::..:::: ..:: ::::::::::
CCDS47 VLTSRALRAPQNLFLVSLASADILVATLVMPFSLANELMAYWYFGQVWCGVYLALDVLFC
80 90 100 110 120 130
100 110 120 130 140 150
pF1KB0 TSSIVHLCAISLDRYWAVSRALEYNSKRTPRRIKCIILTVWLIAAVISLPPLIYKGDQGP
::::::::::::::::.:..:.::: ::::::.: :..::::.::::.:::. : :
CCDS47 TSSIVHLCAISLDRYWSVTQAVEYNLKRTPRRVKATIVAVWLISAVISFPPLVSLYRQ-P
140 150 160 170 180 190
160 170 180 190 200 210
pF1KB0 QPRGRPQCKLNQEAWYILASSIGSFFAPCLIMILVYLRIYLIAKRSNRR--GPRAKGGPG
. . ::: ::.:.::::.: ::::::::::: ::: ::: .:: .: :: ::
CCDS47 DGAAYPQCGLNDETWYILSSCIGSFFAPCLIMGLVYARIYRVAKLRTRTLSEKRAPVGP-
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250 260 270
pF1KB0 QGESKQPRPDHGGALASAKLPALASVASAREVNGHSKSTGEKEEGETPEDTGTRALPPSW
.: : : ..: :...:.: : ::: . : :....
CCDS47 DGAS--PTTENG----------LGAAAGAGE-NGHCAPP--PADVEPDESSAAAERRRRR
260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB0 AALPNSGQ---GQKEGVCGASPEDEAEEEEEEEEECEPQAVPVSPASACSPPLQQPQGSR
.:: .:. : . :. ::. . . : :. . .: : : :
CCDS47 GALRRGGRRRAGAEGGAGGADGQGAG-----------PGAAESGALTASRSP--GPGGRL
300 310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KB0 VLATLRG-QVLLGRGVGAIGGQWWRRRAQLTREKRFTFVLAVVIGVFVLCWFPFFFSYSL
:. :. . .:.: : .. :. :: .::::::::::::.::::::::::::::::
CCDS47 SRASSRSVEFFLSRRRRARSSVCRRKVAQ-AREKRFTFVLAVVMGVFVLCWFPFFFSYSL
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440
pF1KB0 GAICPKHCKVPHGLFQFFFWIGYCNSSLNPVIYTIFNQDFRRAFRRILCRPWTQTAW
.:: . :.:: ::.::::::::::::::::::.:::::::.:..:: :
CCDS47 YGICREACQVPGPLFKFFFWIGYCNSSLNPVIYTVFNQDFRRSFKHILFRRRRRGFRQ
410 420 430 440 450 460
>>CCDS4347.1 ADRA1B gene_id:147|Hs108|chr5 (520 aa)
initn: 795 init1: 424 opt: 563 Z-score: 407.1 bits: 84.7 E(32554): 2.4e-16
Smith-Waterman score: 624; 31.6% identity (55.5% similar) in 434 aa overlap (12-440:43-368)
10 20 30
pF1KB0 MDHQDPYSVQATAAIAAAITF--LILFTIFGNALVILAVLT
: ::...... .:::.: :: ::::.:
CCDS43 APAHWGELKNANFTGPNQTSSNSTLPQLDITRAISVGLVLGAFILFAIVGNILVILSVAC
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80 90
pF1KB0 SRSLRAPQNLFLVSLAAADILVATLIIPFSLANELLGYWYFRRTWCEVYLALDVLFCTSS
.: ::.: : :.:.:: ::.:.. ..::: : :.:::: . : .:... :.::: ::.:
CCDS43 NRHLRTPTNYFIVNLAMADLLLSFTVLPFSAALEVLGYWVLGRIFCDIWAAVDVLCCTAS
80 90 100 110 120 130
100 110 120 130 140 150
pF1KB0 IVHLCAISLDRYWAVSRALEYNSKRTPRRIKCIILTVWLIAAVISLPPLIYKGDQGPQPR
:. :::::.::: .: .:.: . : :. .:.::....:::. ::. : . : :
CCDS43 ILSLCAISIDRYIGVRYSLQYPTLVTRRKAILALLSVWVLSTVISIGPLL--GWKEPAPN
140 150 160 170 180 190
160 170 180 190 200 210
pF1KB0 GRPQCKLNQEAWYILASSIGSFFAPCLIMILVYLRIYLIAKRSNRRGPRAKGGPGQGESK
.: ...: .: : ::.:::. : .....: :.:..:::... : :
CCDS43 DDKECGVTEEPFYALFSSLGSFYIPLAVILVMYCRVYIVAKRTTKNLE-------AGVMK
200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KB0 QPRPDHGGALASAKLPALASVASAREVNGHSKSTGEKEEGETPEDTGTRALPPSWAALPN
. ....: .: :::. : :: : .
CCDS43 E--------MSNSKELTLRI---------HSKNFHE--------DT-----------LSS
250 260
280 290 300 310 320 330
pF1KB0 SGQGQKEGVCGASPEDEAEEEEEEEEECEPQAVPVSPASACSPPLQQPQGSRVLATLRGQ
. . .: ..:..: .. ..
CCDS43 T---KAKG-------------------------------------HNPRSSIAVKLFK--
270 280
340 350 360 370 380 390
pF1KB0 VLLGRGVGAIGGQWWRRRAQLTREKRFTFVLAVVIGVFVLCWFPFFFSYSLGAICPKHCK
..:::. . .:..:.:.:.:::.:::.. ::.. . :
CCDS43 --------------------FSREKKAAKTLGIVVGMFILCWLPFFIALPLGSLF-STLK
290 300 310 320
400 410 420 430 440
pF1KB0 VPHGLFQFFFWIGYCNSSLNPVIYTIFNQDFRRAFRRIL---CRPWTQTAW
: ..:. ::.:: :: :::.:: ...:.::: ::: ::
CCDS43 PPDAVFKVVFWLGYFNSCLNPIIYPCSSKEFKRAFVRILGCQCRGRGRRRRRRRRRLGGC
330 340 350 360 370 380
CCDS43 AYTYRPWTRGGSLERSQSRKDSLDDSGSCLSGSQRTLPSASPSPGYLGRGAPPPVELCAF
390 400 410 420 430 440
>>CCDS83269.1 ADRA1A gene_id:148|Hs108|chr8 (342 aa)
initn: 592 init1: 384 opt: 558 Z-score: 405.9 bits: 83.9 E(32554): 2.7e-16
Smith-Waterman score: 558; 39.3% identity (66.4% similar) in 247 aa overlap (4-240:16-259)
10 20 30 40
pF1KB0 MDHQDPYSVQATAAIAAAITF--LILFTIFGNALVILAVLTSRSLRAP
: : :. . :: .. . :::: ..:: ::::.: : :..
CCDS83 MVFLSGNASDSSNCTQPPAPVNISKAILLGVILGGLILFGVLGNILVILSVACHRHLHSV
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB0 QNLFLVSLAAADILVATLIIPFSLANELLGYWYFRRTWCEVYLALDVLFCTSSIVHLCAI
. ..:.::.::.:... ..::: :.:::: : :..:... :.::: ::.::. :: :
CCDS83 THYYIVNLAVADLLLTSTVLPFSAIFEVLGYWAFGRVFCNIWAAVDVLCCTASIMGLCII
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB0 SLDRYWAVSRALEYNSKRTPRRIKCIILTVWLIAAVISLPPLIYKGDQGPQPRGRPQCKL
:.::: .:: :.: . : :: .: :: .. :::. ::. : . : :. . :..
CCDS83 SIDRYIGVSYPLRYPTIVTQRRGLMALLCVWALSLVISIGPLF--GWRQPAPEDETICQI
130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB0 NQEAWYILASSIGSFFAPCLIMILVYLRIYLIAKRSNRRGPRAKGGPGQGESKQPR----
:.: :.: :..:::. : :....: :.:..::: .: : .. ...:.:
CCDS83 NEEPGYVLFSALGSFYLPLAIILVMYCRVYVVAKRESR-GLKSGLKTDKSDSEQVTLRIH
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270
pF1KB0 ----PDHGGALASAKLPALASVASAREVNGHSKSTGEKEEGETPEDTGTRALPPSWAALP
: :...:::: . ::
CCDS83 RKNAPAGGSGMASAKTKTHFSVRLLKFSREKKAAKTLGIVVGCFVLCWLPFFLVMPIDEE
240 250 260 270 280 290
>>CCDS6052.1 ADRA1A gene_id:148|Hs108|chr8 (429 aa)
initn: 732 init1: 386 opt: 558 Z-score: 404.7 bits: 84.0 E(32554): 3.2e-16
Smith-Waterman score: 599; 30.4% identity (54.5% similar) in 437 aa overlap (4-438:16-341)
10 20 30 40
pF1KB0 MDHQDPYSVQATAAIAAAITF--LILFTIFGNALVILAVLTSRSLRAP
: : :. . :: .. . :::: ..:: ::::.: : :..
CCDS60 MVFLSGNASDSSNCTQPPAPVNISKAILLGVILGGLILFGVLGNILVILSVACHRHLHSV
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB0 QNLFLVSLAAADILVATLIIPFSLANELLGYWYFRRTWCEVYLALDVLFCTSSIVHLCAI
. ..:.::.::.:... ..::: :.:::: : :..:... :.::: ::.::. :: :
CCDS60 THYYIVNLAVADLLLTSTVLPFSAIFEVLGYWAFGRVFCNIWAAVDVLCCTASIMGLCII
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB0 SLDRYWAVSRALEYNSKRTPRRIKCIILTVWLIAAVISLPPLIYKGDQGPQPRGRPQCKL
:.::: .:: :.: . : :: .: :: .. :::. ::. : . : :. . :..
CCDS60 SIDRYIGVSYPLRYPTIVTQRRGLMALLCVWALSLVISIGPLF--GWRQPAPEDETICQI
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CCDS60 SIDRYIGVSYPLRYPTIVTQRRGLMALLCVWALSLVISIGPLF--GWRQPAPEDETICQI
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CCDS60 NEEPGYVLFSALGSFYLPLAIILVMYCRVYVVAKRESR-GLKSGLKTDKSDSEQ------
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CCDS60 ---VTLRI--------------HRKNA------------------------PAGGSGM--
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CCDS60 IVFWLGYLNSCINPIIYPCSSQEFKKAFQNVLRIQCLCRKQSSKHALGYTLHPPSQAVEG
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CCDS34 SIDRYIGVSYPLRYPTIVTQRRGLMALLCVWALSLVISIGPLF--GWRQPAPEDETICQI
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CCDS34 GSLAVTDLMVSVLVLPMAALYQVLNKWTLGQVTCDLFIALDVLCCTSSILHLCAIALDRY
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CCDS34 WAITDPIDYVNKRTPRRAAALISLTWLIGFLISIPPML--GWRTPEDRSDPDACTISKDH
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CCDS34 GYTIYSTFGAFYIPLLLMLVLYGRIFRAARFRIRKTVK------KVEKTGADTRHGAS--
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CCDS34 PAPQPK-------KSVNGESGSRNWR--------LGVES--KAGGALCANG-AVRQGDDG
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CCDS34 AALEVIEVHRVGNSKEHLPLPSEAGP-TPCAPASFERKNERNAEA---------------
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CCDS34 ----KRKMALARERKTVKTLGIIMGTFILCWLPFFIVALVLPFCESSCHMPTLLGAIINW
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]