Result of FASTA (ccds) for
pF1KB0996
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB0996, 465 aa
1>>>pF1KB0996 465 - 465 aa - 465 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.8680+/-0.00105; mu= 5.9477+/- 0.063
mean_var=171.5706+/-36.711, 0's: 0 Z-trim(109.1): 138 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.097916
statistics sampled from 10503 (10647) to 10503 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.694), E-opt: 0.2 (0.327), width: 16
Scan time: 2.450
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4568.1 TRIM38 gene_id:10475|Hs108|chr6 ( 465) 3202 464.8 8.4e-131
CCDS1636.1 TRIM58 gene_id:25893|Hs108|chr1 ( 486) 1216 184.3 2.5e-46
CCDS44525.1 TRIM21 gene_id:6737|Hs108|chr11 ( 475) 1191 180.8 2.8e-45
CCDS31048.1 TRIM11 gene_id:81559|Hs108|chr1 ( 468) 1092 166.8 4.5e-41
CCDS34378.1 TRIM39 gene_id:56658|Hs108|chr6 ( 488) 1021 156.7 4.8e-38
CCDS1571.1 TRIM17 gene_id:51127|Hs108|chr1 ( 477) 921 142.6 8.5e-34
CCDS31390.1 TRIM6 gene_id:117854|Hs108|chr11 ( 488) 846 132.0 1.3e-30
CCDS31389.1 TRIM6 gene_id:117854|Hs108|chr11 ( 516) 846 132.0 1.4e-30
CCDS78121.1 RPP21 gene_id:202658|Hs108|chr6 ( 503) 819 128.2 1.9e-29
CCDS31356.1 TRIM68 gene_id:55128|Hs108|chr11 ( 485) 790 124.1 3.2e-28
CCDS3851.1 TRIML1 gene_id:339976|Hs108|chr4 ( 468) 757 119.4 7.9e-27
CCDS41612.1 TRIM22 gene_id:10346|Hs108|chr11 ( 498) 750 118.5 1.6e-26
CCDS3808.1 TRIM60 gene_id:166655|Hs108|chr4 ( 471) 733 116.1 8.3e-26
CCDS31391.1 TRIM34 gene_id:53840|Hs108|chr11 ( 488) 720 114.2 3e-25
CCDS73363.1 TRIM64 gene_id:120146|Hs108|chr11 ( 449) 685 109.3 8.8e-24
CCDS31393.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 ( 493) 684 109.1 1e-23
CCDS31388.1 TRIM34 gene_id:445372|Hs108|chr11 ( 842) 684 109.3 1.6e-23
CCDS53693.1 TRIM64B gene_id:642446|Hs108|chr11 ( 449) 677 108.1 1.9e-23
CCDS60930.1 TRIM49D1 gene_id:399939|Hs108|chr11 ( 452) 654 104.9 1.8e-22
CCDS55762.1 TRIM49B gene_id:283116|Hs108|chr11 ( 452) 641 103.0 6.6e-22
CCDS8287.1 TRIM49 gene_id:57093|Hs108|chr11 ( 452) 639 102.8 8e-22
CCDS31392.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 ( 326) 632 101.7 1.2e-21
CCDS31394.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 ( 347) 632 101.7 1.3e-21
CCDS53694.1 TRIM49C gene_id:642612|Hs108|chr11 ( 452) 634 102.1 1.3e-21
CCDS73287.1 TRIM64C gene_id:646754|Hs108|chr11 ( 450) 616 99.5 7.6e-21
CCDS5678.1 TRIM4 gene_id:89122|Hs108|chr7 ( 474) 597 96.8 5.1e-20
CCDS34377.1 TRIM39 gene_id:56658|Hs108|chr6 ( 518) 583 94.9 2.1e-19
CCDS34654.1 TRIM50 gene_id:135892|Hs108|chr7 ( 487) 581 94.6 2.5e-19
CCDS60929.1 TRIM77 gene_id:390231|Hs108|chr11 ( 450) 555 90.9 3e-18
CCDS4612.2 BTN3A3 gene_id:10384|Hs108|chr6 ( 535) 552 90.5 4.5e-18
CCDS4611.1 BTN3A3 gene_id:10384|Hs108|chr6 ( 584) 552 90.6 4.9e-18
CCDS32437.1 TRIM72 gene_id:493829|Hs108|chr16 ( 477) 549 90.1 5.6e-18
CCDS44327.1 TRIM17 gene_id:51127|Hs108|chr1 ( 343) 542 89.0 8.6e-18
CCDS4676.1 TRIM10 gene_id:10107|Hs108|chr6 ( 395) 540 88.7 1.2e-17
CCDS4654.1 TRIM27 gene_id:5987|Hs108|chr6 ( 513) 542 89.1 1.2e-17
CCDS34375.1 TRIM10 gene_id:10107|Hs108|chr6 ( 481) 540 88.8 1.4e-17
CCDS32220.1 TRIM69 gene_id:140691|Hs108|chr15 ( 500) 540 88.8 1.4e-17
CCDS56403.1 BTN2A2 gene_id:10385|Hs108|chr6 ( 313) 511 84.6 1.7e-16
CCDS47388.1 BTN3A1 gene_id:11119|Hs108|chr6 ( 461) 512 84.8 2e-16
CCDS4607.1 BTN2A2 gene_id:10385|Hs108|chr6 ( 407) 511 84.6 2e-16
CCDS4608.1 BTN3A1 gene_id:11119|Hs108|chr6 ( 513) 512 84.9 2.2e-16
CCDS34374.1 TRIM31 gene_id:11074|Hs108|chr6 ( 425) 510 84.5 2.3e-16
CCDS4606.1 BTN2A2 gene_id:10385|Hs108|chr6 ( 523) 511 84.7 2.5e-16
CCDS475.1 ERMAP gene_id:114625|Hs108|chr1 ( 475) 510 84.6 2.5e-16
CCDS4614.1 BTN1A1 gene_id:696|Hs108|chr6 ( 526) 510 84.6 2.7e-16
CCDS4466.1 TRIM41 gene_id:90933|Hs108|chr5 ( 630) 510 84.6 3.2e-16
CCDS6056.2 TRIM35 gene_id:23087|Hs108|chr8 ( 493) 505 83.9 4.3e-16
CCDS56405.1 BTN2A1 gene_id:11120|Hs108|chr6 ( 466) 501 83.3 6e-16
CCDS4613.1 BTN2A1 gene_id:11120|Hs108|chr6 ( 527) 501 83.3 6.6e-16
CCDS376.1 TRIM62 gene_id:55223|Hs108|chr1 ( 475) 482 80.6 3.9e-15
>>CCDS4568.1 TRIM38 gene_id:10475|Hs108|chr6 (465 aa)
initn: 3202 init1: 3202 opt: 3202 Z-score: 2461.8 bits: 464.8 E(32554): 8.4e-131
Smith-Waterman score: 3202; 100.0% identity (100.0% similar) in 465 aa overlap (1-465:1-465)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MASTTSTKKMMEEATCSICLSLMTNPVSINCGHSYCHLCITDFFKNPSQKQLRQETFCCP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 MASTTSTKKMMEEATCSICLSLMTNPVSINCGHSYCHLCITDFFKNPSQKQLRQETFCCP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 QCRAPFHMDSLRPNKQLGSLIEALKETDQEMSCEEHGEQFHLFCEDEGQLICWRCERAPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 QCRAPFHMDSLRPNKQLGSLIEALKETDQEMSCEEHGEQFHLFCEDEGQLICWRCERAPQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 HKGHTTALVEDVCQGYKEKLQKAVTKLKQLEDRCTEQKLSTAMRITKWKEKVQIQRQKIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 HKGHTTALVEDVCQGYKEKLQKAVTKLKQLEDRCTEQKLSTAMRITKWKEKVQIQRQKIR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 SDFKNLQCFLHEEEKSYLWRLEKEEQQTLSRLRDYEAGLGLKSNELKSHILELEEKCQGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 SDFKNLQCFLHEEEKSYLWRLEKEEQQTLSRLRDYEAGLGLKSNELKSHILELEEKCQGS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 AQKLLQNVNDTLSRSWAVKLETSEAVSLELHTMCNVSKLYFDVKKMLRSHQVSVTLDPDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 AQKLLQNVNDTLSRSWAVKLETSEAVSLELHTMCNVSKLYFDVKKMLRSHQVSVTLDPDT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 AHHELILSEDRRQVTRGYTQENQDTSSRRFTAFPCVLGCEGFTSGRRYFEVDVGEGTGWD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 AHHELILSEDRRQVTRGYTQENQDTSSRRFTAFPCVLGCEGFTSGRRYFEVDVGEGTGWD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB0 LGVCMENVQRGTGMKQEPQSGFWTLRLCKKKGYVALTSPPTSLHLHEQPLLVGIFLDYEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 LGVCMENVQRGTGMKQEPQSGFWTLRLCKKKGYVALTSPPTSLHLHEQPLLVGIFLDYEA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460
pF1KB0 GVVSFYNGNTGCHIFTFPKASFSDTLRPYFQVYQYSPLFLPPPGD
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 GVVSFYNGNTGCHIFTFPKASFSDTLRPYFQVYQYSPLFLPPPGD
430 440 450 460
>>CCDS1636.1 TRIM58 gene_id:25893|Hs108|chr1 (486 aa)
initn: 1251 init1: 465 opt: 1216 Z-score: 945.4 bits: 184.3 E(32554): 2.5e-46
Smith-Waterman score: 1216; 40.6% identity (68.6% similar) in 468 aa overlap (1-462:1-460)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MASTTSTKKMMEEATCSICLSLMTNPVSINCGHSYCHLCITDFFKNPSQKQLRQETFCCP
:: . ... :.: : .::... .:::..::::.: ::..: .. . : .. ::
CCDS16 MAWAPPGERLREDARCPVCLDFLQEPVSVDCGHSFCLRCISEFCEKSDGAQ--GGVYACP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB0 QCRAPFHMDSLRPNKQLGSLIEALKETDQEMS-----CEEHGEQFHLFCEDEGQLICWRC
:::.::. ...:::.::..:.:.... . : .:::.. :::.. .:: :
CCDS16 QCRGPFRPSGFRPNRQLAGLVESVRRLGLGAGPGARRCARHGEDLSRFCEEDEAALCWVC
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB0 ERAPQHKGHTTALVEDVCQGYKEKLQKAVTKL-KQLEDRCTEQKLSTAMRITKWKEKVQI
. .:.:. : :: .... .:. ::: :. . :.::: : :. ... . . :::::..
CCDS16 DAGPEHRTHRTAPLQEAAGSYQVKLQMALELMRKELEDALT-QEANVGKKTVIWKEKVEM
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB0 QRQKIRSDFKNLQCFLHEEEKSYLWRLEKEEQQTLSRLRDYEAGLGLKSNELKSHILELE
:::..: .:.. . :: .::. : ::: ::. ::.:::. .. : .:. :: ::.
CCDS16 QRQRFRLEFEKHRGFLAQEEQRQLRRLEAEERATLQRLRESKSRLVQQSKALKELADELQ
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB0 EKCQGSAQKLLQNVNDTLSRSWAVKLETSEAVSLELHTMCNVSKLYFDVKKMLRSHQVSV
:.:: : ::..: .:::: :: .: . .::.: : . ...::. ::.:
CCDS16 ERCQRPALGLLEGVRGVLSRSKAVTRLEAENIPMELKTACCIP----GRRELLRKFQVDV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB0 TLDPDTAHHELILSEDRRQVTRGYTQENQDTSSRRFTAFPCVLGCEGFTSGRRYFEVDVG
::: ::: :.:. : :.: : .. .. .:: ..::.:: ..:.:::.:.:: ::
CCDS16 KLDPATAHPSLLLTADLRSVQDGEPWRDVPNNPERFDTWPCILGLQSFSSGRHYWEVLVG
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB0 EGTGWDLGVCMENVQRGTGMKQEPQSGFWTLRLCKKKGYVALTSPPTSLHLHEQPLLVGI
::. : ::::.... : :..: :.: : : . :..:.:: . : :.: .::
CCDS16 EGAEWGLGVCQDTLPRKGETTPSPENGVWALWLLKGNEYMVLASPSVPLLQLESPRCIGI
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460
pF1KB0 FLDYEAGVVSFYNGNTGCHIFTFPKASFSDTLRPYFQVYQYSPLFLPPPGD
::::::: .:::: . : .:.:: . :: ::::: . . .::.:::
CCDS16 FLDYEAGEISFYNVTDGSYIYTFNQL-FSGLLRPYFFICDATPLILPPTTIAGSGNWASR
420 430 440 450 460 470
CCDS16 DHLDPASDVRDDHL
480
>>CCDS44525.1 TRIM21 gene_id:6737|Hs108|chr11 (475 aa)
initn: 755 init1: 489 opt: 1191 Z-score: 926.4 bits: 180.8 E(32554): 2.8e-45
Smith-Waterman score: 1191; 42.4% identity (68.3% similar) in 458 aa overlap (1-450:1-446)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MASTTSTKKMMEEATCSICLSLMTNPVSINCGHSYCHLCITDFFKNPSQKQLRQETFCCP
:::.. : ::.:: :::. ...::::.::::.:. ::.. :. .. ::
CCDS44 MASAARLTMMWEEVTCPICLDPFVEPVSIECGHSFCQECISQVGKGGGS--------VCP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB0 QCRAPFHMDSLRPNKQLGSLIEALKETDQEMS-------CEEHGEQFHLFCEDEGQLICW
:: : . .::::.::..... ::: .:: : :::..::::: .:. .::
CCDS44 VCRQRFLLKNLRPNRQLANMVNNLKEISQEAREGTQGERCAVHGERLHLFCEKDGKALCW
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB0 RCERAPQHKGHTTALVEDVCQGYKEKLQKAVTKLKQLEDRCTEQKLSTAMRITKWKEKVQ
: .. .:. :. . .:.. : :.:::: :. .:.. .. . .. :.. . ::. :.
CCDS44 VCAQSRKHRDHAMVPLEEAAQEYQEKLQVALGELRRKQELAEKLEVEIAIKRADWKKTVE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB0 IQRQKIRSDFKNLQCFLHEEEKSYLWRLEKEEQQTLSRLRDYEAGLGLKSNELKSHILEL
:...:...: . . :: :::. : .:::.:.. : : . :: :. .:. :. : ::
CCDS44 TQKSRIHAEFVQQKNFLVEEEQRQLQELEKDEREQLRILGEKEAKLAQQSQALQELISEL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB0 EEKCQGSAQKLLQNVNDTLSRSWAVKLETSEAVSLELHTMCNVSKLYFDVKKMLRSHQVS
...:..:: .:::.: .: :: . .:. . .: ::...:.: : :::::. :
CCDS44 DRRCHSSALELLQEVIIVLERSESWNLKDLDITSPELRSVCHVPGL----KKMLRTCAVH
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB0 VTLDPDTAHHELILSEDRRQVTRGYTQENQDTSSRRFTAFPCVLGCEGFTSGRRYFEVDV
.:::::::. :::::::::: : ::.. . .:: ..: ::: . : ::..:.::::
CCDS44 ITLDPDTANPWLILSEDRRQVRLGDTQQSIPGNEERFDSYPMVLGAQHFHSGKHYWEVDV
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB0 GEGTGWDLGVCMENVQRGTGMKQEPQSGFWTLRLCKKKGYVALTSPPTSLHLHEQPLLVG
.:::::: ..:.: . .:::::. : .:. : : : : : :::. : ::
CCDS44 TGKEAWDLGVCRDSVRRKGHFLLSSKSGFWTIWLWNKQKYEAGTYPQTPLHLQVPPCQVG
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460
pF1KB0 IFLDYEAGVVSFYN-GNTGCHIFTFPKASFSDTLRPYFQVYQYSPLFLPPPGD
::::::::.::::: . : :..: . .:. :::.:
CCDS44 IFLDYEAGMVSFYNITDHGSLIYSFSECAFTGPLRPFFSPGFNDGGKNTAPLTLCPLNIG
410 420 430 440 450 460
CCDS44 SQGSTDY
470
>>CCDS31048.1 TRIM11 gene_id:81559|Hs108|chr1 (468 aa)
initn: 1119 init1: 392 opt: 1092 Z-score: 850.9 bits: 166.8 E(32554): 4.5e-41
Smith-Waterman score: 1092; 40.8% identity (63.1% similar) in 463 aa overlap (1-457:1-449)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MASTTSTKKMMEEATCSICLSLMTNPVSINCGHSYCHLCITDFFKNPSQKQLRQETFCCP
::. . ...:::::.:::. .:.:: .:::..:. :: . .: . . ::
CCDS31 MAAPDLSTNLQEEATCAICLDYFTDPVMTDCGHNFCRECIRRCWGQP------EGPYACP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB0 QCRAPFHMDSLRPNKQLGSLIEALKETDQ-----EMSCEEHGEQFHLFCEDEGQLICWRC
.:: . .::::. :... : .. . : : : . :: :: .:.: :
CCDS31 ECRELSPQRNLRPNRPLAKMAEMARRLHPPSPVPQGVCPAHREPLAAFCGDELRLLCAAC
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB0 ERAPQHKGHTTALVEDVCQGYKEKLQKAVTKL-KQLEDRCTEQKLSTAMRITKWKEKVQI
::. .: .: . ..:. . : ::.:.. .: ::..: : . . :.. :.
CCDS31 ERSGEHWAHRVRPLQDAAEDLKAKLEKSLEHLRKQMQDALLFQAQADETCVL-WQKMVES
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB0 QRQKIRSDFKNLQCFLHEEEKSYLWRLEKEEQQTLSRLRDYEAGLGLKSNELKSHILELE
:::.. ..:. :. .: :::.. : :::.:: ..: :::. : :: .: .: : :::
CCDS31 QRQNVLGEFERLRRLLAEEEQQLLQRLEEEELEVLPRLREGAAHLGQQSAHLAELIAELE
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB0 EKCQGSAQKLLQNVNDTLSRSWAVKLETSEAVSLELHTMCNVSKLYFDVKKMLRSHQVSV
.:: : :::...:.: : :::. :.: .::.:.: : : . :: . .:
CCDS31 GRCQLPALGLLQDIKDALRRVQDVKLQPPEVVPMELRTVCRVPGLV----ETLRRFRGDV
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB0 TLDPDTAHHELILSEDRRQVTRGYTQENQDTSSRRFTAFPCVLGCEGFTSGRRYFEVDVG
:::::::. :::::::::.: :: .. : .:: ::::: : :::::.:.::.::
CCDS31 TLDPDTANPELILSEDRRSVQRGDLRQALPDSPERFDPGPCVLGQERFTSGRHYWEVEVG
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB0 EGTGWDLGVCMENVQRGTGMKQEPQSGFWTLRLCKKKGYVALTSPPTSLHLHEQPLLVGI
. :.: :::: :::.: . .::: : . : .: . :.. : :::
CCDS31 DRTSWALGVCRENVNRKEKGELSAGNGFWILVFL---GSYYNSSERALAPLRDPPRRVGI
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460
pF1KB0 FLDYEAGVVSFYNGNTGCHIFTFPKASFSDTLRPYFQVYQYSPLFLPPPGD
::::::: .:::... : .: ::. :: :::: :. . ::
CCDS31 FLDYEAGHLSFYSATDGSLLFIFPEIPFSGTLRPLFSPLSSSPTPMTICRPKGGSGDTLA
410 420 430 440 450 460
CCDS31 PQ
>>CCDS34378.1 TRIM39 gene_id:56658|Hs108|chr6 (488 aa)
initn: 1127 init1: 400 opt: 1021 Z-score: 796.5 bits: 156.7 E(32554): 4.8e-38
Smith-Waterman score: 1116; 40.0% identity (65.6% similar) in 483 aa overlap (2-465:11-486)
10 20 30 40
pF1KB0 MASTTSTKKMME----EATCSICLSLMTNPVSINCGHSYCHLCITDFFKNP
::..:: .: ::.::.:: . .:: :.:::..:. ::: ....
CCDS34 MAETSLLEAGASAASTAAALENLQVEASCSVCLEYLKEPVIIECGHNFCKACITRWWED-
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB0 SQKQLRQETFCCPQCRAPFHMDSLRPNKQLGSLIEALKETD-------QEMSCEEHGEQF
:... : :: :: .. :::::.::::..: :. . .: : .: : .
CCDS34 ----LERD-FPCPVCRKTSRYRSLRPNRQLGSMVEIAKQLQAVKRKIRDESLCPQHHEAL
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB0 HLFCEDEGQLICWRCERAPQHKGHTTALVEDVCQGYKEKLQKAVTKLKQLEDRCTEQKLS
::: .. . .: : . :..::.. ..:. : ::::::: . :.: .. :. : :
CCDS34 SLFCYEDQEAVCLICAISHTHRAHTVVPLDDATQEYKEKLQKCLEPLEQKLQEITRCKSS
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB0 TAMRITKWKEKVQIQRQKIRSDFKNLQCFLHEEEKSYLWRLEKEEQQTLSRLRDYEAGLG
. . :. :. .::.: .:..:. : ::.. : :::.:::. :.:::. : ::
CCDS34 EEKKPGELKRLVESRRQQILREFEELHRRLDEEQQVLLSRLEEEEQDILQRLRENAAHLG
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270
pF1KB0 LKSNELKSHILELEEKCQGSAQKLLQNVNDTLSRSWAVKLETSEAVSLELH-TMCNVSKL
: .: :.: :: :. ..:..:..:: . :: .::.::. .. : .
CCDS34 DKRRDLAHLAAEVEGKCLQSGFEMLKDVKSTLEKCEKVKTMEVTSVSIELEKNFSNFPRQ
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB0 YFDVKKMLRSHQVSVTLDPDTAHHELILSEDRRQVTRGYTQ-ENQDTSSRRFTAFPCVLG
:: ..:.:.. ..:::::.::: .:.:::::..: :. .. . :::: .::::.
CCDS34 YFALRKILKQLIADVTLDPETAHPNLVLSEDRKSVKFVETRLRDLPDTPRRFTFYPCVLA
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KB0 CEGFTSGRRYFEVDVGEGTGWDLGVCMENVQRGTGMKQEPQSGFWTLRLCKKKGYVALTS
:::::::.:.::.::. : : .::: ..:.: . :..:.: .:: . :.: :.
CCDS34 TEGFTSGRHYWEVEVGDKTHWAVGVCRDSVSRKGELTPLPETGYWRVRLWNGDKYAATTT
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KB0 PPTSLHLHEQPLLVGIFLDYEAGVVSFYNGNTGCHIFTFPKASFSDTLRPYFQV------
: : ::.. .: ::::::::::..:::: . ::.:: .:.. : : :
CCDS34 PFTPLHIKVKPKRVGIFLDYEAGTLSFYNVTDRSHIYTFTD-TFTEKLWPLFYPGIRAGR
420 430 440 450 460 470
460
pF1KB0 YQYSPLFLPPPGD
. .:: . :: :
CCDS34 KNAAPLTIRPPTDWE
480
>>CCDS1571.1 TRIM17 gene_id:51127|Hs108|chr1 (477 aa)
initn: 765 init1: 476 opt: 921 Z-score: 720.3 bits: 142.6 E(32554): 8.5e-34
Smith-Waterman score: 921; 34.3% identity (64.6% similar) in 461 aa overlap (1-450:1-456)
10 20 30 40 50
pF1KB0 MASTTSTKKMMEEATCSICLSLMTNPVSINCGHSYCHLCITDFFKNPSQKQLRQE---TF
: .. ..:..:::::::::. .:.:: .:::..:. :: ... :. :.. .:
CCDS15 MEAVELARKLQEEATCSICLDYFTDPVMTTCGHNFCRACIQLSWEKARGKKGRRKRKGSF
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB0 CCPQCRAPFHMDSLRPNKQLGSLIEALKE----TDQEMSCEEHGEQFHLFCEDEGQLICW
::.:: . .: ::. : .. : .. :.. :.:: : ..:::. . . ::
CCDS15 PCPECREMSPQRNLLPNRLLTKVAEMAQQHPGLQKQDL-CQEHHEPLKLFCQKDQSPICV
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB0 RCERAPQHKGHTTALVEDVCQGYKEKLQKAVTKLKQLEDRCTEQKLSTAMRITKWKEKVQ
:... .:. : . .:.. :::: ::.. . :.. : . . . ...:. ::.
CCDS15 VCRESREHRLHRVLPAEEAVQGYKLKLEEDMEYLREQITRTGNLQAREEQSLAEWQGKVK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB0 IQRQKIRSDFKNLQCFLHEEEKSYLWRLEKEEQQTLSRLRDYEAGLGLKSNELKSHILEL
.:..: .:.... .: :::. : :: ::..: ::::. : : ... :. .:.:
CCDS15 ERRERIVLEFEKMNLYLVEEEQRLLQALETEEEETASRLRESVACLDRQGHSLELLLLQL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB0 EEKCQGSAQKLLQNVNDTLSRSWAVKLETSE-AVSLELHTMCNVSKLYFDVKKMLRSHQV
::. . ..::.... :::. :... : : . .:.: : ..::.
CCDS15 EERSTQGPLQMLQDMKEPLSRKNNVSVQCPEVAPPTRPRTVCRVPGQI----EVLRGFLE
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB0 SVTLDPDTAHHELILSEDRRQVTRGYTQENQDTSSR-RFTAFPCVLGCEGFTSGRRYFEV
.:. : .:. :.: :.:.. : . :.. :. ::.:.::..: .:.:::.:.::
CCDS15 DVVPDATSAYPYLLLYESRQRRYLGSSPEGSGFCSKDRFVAYPCAVGQTAFSSGRHYWEV
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400
pF1KB0 DVG-EGTG-WDLGVCMENVQRGTGMKQEPQSGFWTLRLCKKKGYVALTSPPTSLHLHEQP
.. : . : :::: .::.: . . :..:::...: : :.. : : . : : :
CCDS15 GMNITGDALWALGVCRDNVSRKDRVPKCPENGFWVVQLSKGTKYLSTFSALTPVMLMEPP
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KB0 LLVGIFLDYEAGVVSFYNGNTGCHIFTFPKASFSDTLRPYFQVYQYSPLFLPPPGD
.:::::.::: ::::. . : :. :. .:.: :.:.:
CCDS15 SHMGIFLDFEAGEVSFYSVSDGSHLHTYSQATFPGPLQPFFCLGAPKSGQMVISTVTMWV
420 430 440 450 460 470
CCDS15 KG
>>CCDS31390.1 TRIM6 gene_id:117854|Hs108|chr11 (488 aa)
initn: 1030 init1: 459 opt: 846 Z-score: 662.9 bits: 132.0 E(32554): 1.3e-30
Smith-Waterman score: 1024; 38.3% identity (67.4% similar) in 473 aa overlap (12-450:11-472)
10 20 30 40 50
pF1KB0 MASTTSTKKMMEEATCSICLSLMTNPVSINCGHSYCHLCITDFFKNPSQKQLRQE-TFCC
::.:: ::: :.:.:.::.::::.:. ::: : .. . :: :
CCDS31 MTSPVLVDIREEVTCPICLELLTEPLSIDCGHSFCQACIT---PNGRESVIGQEGERSC
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB0 PQCRAPFHMDSLRPNKQLGSLIEALKET----DQEMS---CEEHGEQFHLFCEDEGQLIC
: :.. .. .::::..:..... :.:. .... : .:::...:::...:..::
CCDS31 PVCQTSYQPGNLRPNRHLANIVRRLREVVLGPGKQLKAVLCADHGEKLQLFCQEDGKVIC
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB0 WRCERAPQHKGHTTALVEDVCQGYKEKLQKAVTKLKQLEDRCTEQKLSTAMR--ITKWKE
: :::. .:.:: : :::.: : :.::.:... :::. :.. .::.. .: :.::.
CCDS31 WLCERSQEHRGHHTFLVEEVAQEYQEKFQESLKKLKNEEQEA--EKLTAFIREKKTSWKN
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB0 KVQIQRQKIRSDFKNLQCFLHEEEKSYLWRLEKEEQQTLSRLRDYEAGLGLKSNELKSHI
... .: .:...:..:. .: . :. : .::.::.. : ... : : ... :. :
CCDS31 QMEPERCRIQTEFNQLRNILDRVEQRELKKLEQEEKKGLRIIEEAENDLVHQTQSLRELI
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KB0 LELEEKCQGSAQKLLQNVNDTLSRSWAVKLETSEAVSLELHTMCNVSKLYFDVKKMLR--
.::..::::...:::.:.:. :: :. ::. .:..: . :.:.:::
CCDS31 SDLERRCQGSTMELLQDVSDVTERSEFWTLRKPEALPTKLRSMFRAP----DLKRMLRVC
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB0 -------SHQVSVTLDPDTAHHELILSEDRRQVTRGYTQENQDTSSRRFTAFPC-VLGCE
:. :.:::.: ::. .:.:...:::: .. . . : . : ::: .
CCDS31 RELTDVQSYWVDVTLNPHTANLNLVLAKNRRQVR--FVGAKVSGPSCLEKHYDCSVLGSQ
300 310 320 330 340
350 360 370 380
pF1KB0 GFTSGRRYFEVDVGEGTGWDLGVCMENV----------QRGTGM-KQEPQSGFWTLRLCK
:.::..:.::::.. :.: :::: ... : ... . .::::.:.. : .
CCDS31 HFSSGKHYWEVDVAKKTAWILGVCSNSLGPTFSFNHFAQNHSAYSRYQPQSGYWVIGLQH
350 360 370 380 390 400
390 400 410 420 430 440
pF1KB0 KKGYVAL--TSPPTSLHLHEQPLLVGIFLDYEAGVVSFYN-GNTGCHIFTFPKASFSDTL
.. : : .:: : . : ::.:::::::.::::: : : :.:: : : ::
CCDS31 NHEYRAYEDSSPSLLLSMTVPPRRVGVFLDYEAGTVSFYNVTNHGFPIYTFSKYYFPTTL
410 420 430 440 450 460
450 460
pF1KB0 RPYFQVYQYSPLFLPPPGD
:::
CCDS31 CPYFNPCNCVIPMTLRRPSS
470 480
>>CCDS31389.1 TRIM6 gene_id:117854|Hs108|chr11 (516 aa)
initn: 1030 init1: 459 opt: 846 Z-score: 662.5 bits: 132.0 E(32554): 1.4e-30
Smith-Waterman score: 1024; 38.3% identity (67.4% similar) in 473 aa overlap (12-450:39-500)
10 20 30 40
pF1KB0 MASTTSTKKMMEEATCSICLSLMTNPVSINCGHSYCHLCIT
::.:: ::: :.:.:.::.::::.:. :::
CCDS31 QAGNILEIRVGQAGARRVATMTSPVLVDIREEVTCPICLELLTEPLSIDCGHSFCQACIT
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90
pF1KB0 DFFKNPSQKQLRQE-TFCCPQCRAPFHMDSLRPNKQLGSLIEALKET----DQEMS---C
: .. . :: :: :.. .. .::::..:..... :.:. .... :
CCDS31 ---PNGRESVIGQEGERSCPVCQTSYQPGNLRPNRHLANIVRRLREVVLGPGKQLKAVLC
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB0 EEHGEQFHLFCEDEGQLICWRCERAPQHKGHTTALVEDVCQGYKEKLQKAVTKLKQLEDR
.:::...:::...:..::: :::. .:.:: : :::.: : :.::.:... :::. :..
CCDS31 ADHGEKLQLFCQEDGKVICWLCERSQEHRGHHTFLVEEVAQEYQEKFQESLKKLKNEEQE
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KB0 CTEQKLSTAMR--ITKWKEKVQIQRQKIRSDFKNLQCFLHEEEKSYLWRLEKEEQQTLSR
.::.. .: :.::.... .: .:...:..:. .: . :. : .::.::.. :
CCDS31 A--EKLTAFIREKKTSWKNQMEPERCRIQTEFNQLRNILDRVEQRELKKLEQEEKKGLRI
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KB0 LRDYEAGLGLKSNELKSHILELEEKCQGSAQKLLQNVNDTLSRSWAVKLETSEAVSLELH
... : : ... :. : .::..::::...:::.:.:. :: :. ::. .:.
CCDS31 IEEAENDLVHQTQSLRELISDLERRCQGSTMELLQDVSDVTERSEFWTLRKPEALPTKLR
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320
pF1KB0 TMCNVSKLYFDVKKMLR---------SHQVSVTLDPDTAHHELILSEDRRQVTRGYTQEN
.: . :.:.::: :. :.:::.: ::. .:.:...:::: .. .
CCDS31 SMFRAP----DLKRMLRVCRELTDVQSYWVDVTLNPHTANLNLVLAKNRRQVR--FVGAK
310 320 330 340 350
330 340 350 360 370
pF1KB0 QDTSSRRFTAFPC-VLGCEGFTSGRRYFEVDVGEGTGWDLGVCMENV----------QRG
. : . : ::: . :.::..:.::::.. :.: :::: ... :
CCDS31 VSGPSCLEKHYDCSVLGSQHFSSGKHYWEVDVAKKTAWILGVCSNSLGPTFSFNHFAQNH
360 370 380 390 400 410
380 390 400 410 420
pF1KB0 TGM-KQEPQSGFWTLRLCKKKGYVAL--TSPPTSLHLHEQPLLVGIFLDYEAGVVSFYN-
... . .::::.:.. : ... : : .:: : . : ::.:::::::.:::::
CCDS31 SAYSRYQPQSGYWVIGLQHNHEYRAYEDSSPSLLLSMTVPPRRVGVFLDYEAGTVSFYNV
420 430 440 450 460 470
430 440 450 460
pF1KB0 GNTGCHIFTFPKASFSDTLRPYFQVYQYSPLFLPPPGD
: : :.:: : : :: :::
CCDS31 TNHGFPIYTFSKYYFPTTLCPYFNPCNCVIPMTLRRPSS
480 490 500 510
>>CCDS78121.1 RPP21 gene_id:202658|Hs108|chr6 (503 aa)
initn: 838 init1: 365 opt: 819 Z-score: 642.1 bits: 128.2 E(32554): 1.9e-29
Smith-Waterman score: 819; 39.6% identity (66.5% similar) in 364 aa overlap (2-352:11-368)
10 20 30 40
pF1KB0 MASTTSTKKMME----EATCSICLSLMTNPVSINCGHSYCHLCITDFFKNP
::..:: .: ::.::.:: . .:: :.:::..:. ::: ....
CCDS78 MAETSLLEAGASAASTAAALENLQVEASCSVCLEYLKEPVIIECGHNFCKACITRWWED-
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB0 SQKQLRQETFCCPQCRAPFHMDSLRPNKQLGSLIEALKETD-------QEMSCEEHGEQF
:... : :: :: .. :::::.::::..: :. . .: : .: : .
CCDS78 ----LERD-FPCPVCRKTSRYRSLRPNRQLGSMVEIAKQLQAVKRKIRDESLCPQHHEAL
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB0 HLFCEDEGQLICWRCERAPQHKGHTTALVEDVCQGYKEKLQKAVTKLKQLEDRCTEQKLS
::: .. . .: : . :..::.. ..:. : ::::::: . :.: .. :. : :
CCDS78 SLFCYEDQEAVCLICAISHTHRAHTVVPLDDATQEYKEKLQKCLEPLEQKLQEITRCKSS
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB0 TAMRITKWKEKVQIQRQKIRSDFKNLQCFLHEEEKSYLWRLEKEEQQTLSRLRDYEAGLG
. . :. :. .::.: .:..:. : ::.. : :::.:::. :.:::. : ::
CCDS78 EEKKPGELKRLVESRRQQILREFEELHRRLDEEQQVLLSRLEEEEQDILQRLRENAAHLG
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270
pF1KB0 LKSNELKSHILELEEKCQGSAQKLLQNVNDTLSRSWAVKLETSEAVSLELH-TMCNVSKL
: .: :.: :: :. ..:..:..:: . :: .::.::. .. : .
CCDS78 DKRRDLAHLAAEVEGKCLQSGFEMLKDVKSTLEKCEKVKTMEVTSVSIELEKNFSNFPRQ
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB0 YFDVKKMLRSHQVSVTLDPDTAHHELILSEDRRQVTRGYTQ-ENQDTSSRRFTAFPCVLG
:: ..:.:.. ..:::::.::: .:.:::::..: :. .. . :::: .::::.
CCDS78 YFALRKILKQLIADVTLDPETAHPNLVLSEDRKSVKFVETRLRDLPDTPRRFTFYPCVLA
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KB0 CEGFTSGRRYFEVDVGEGTGWDLGVCMENVQRGTGMKQEPQSGFWTLRLCKKKGYVALTS
:::::::.:.::.
CCDS78 TEGFTSGRHYWEVEAAHCVLAQDPENQALARFYCYTERTIAKRLVLRRDPSVKRTLCRGC
360 370 380 390 400 410
>>CCDS31356.1 TRIM68 gene_id:55128|Hs108|chr11 (485 aa)
initn: 1024 init1: 391 opt: 790 Z-score: 620.1 bits: 124.1 E(32554): 3.2e-28
Smith-Waterman score: 1023; 35.3% identity (67.3% similar) in 468 aa overlap (1-450:1-462)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MASTTSTKKMMEEATCSICLSLMTNPVSINCGHSYCHLCITDFFKNPSQKQLRQETFCCP
: :. .. ..::..: ::.... .:.::.::::.:: :.. ... :...: . . ::
CCDS31 MDPTALVEAIVEEVACPICMTFLREPMSIDCGHSFCHSCLSGLWEIPGESQ--NWGYTCP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB0 QCRAPFHMDSLRPNKQLGSLIEALK--ETDQEMS-----CEEHGEQFHLFCEDEGQLICW
:::: . .:::: ::....: .. . :. ::.:::....::... ..:
CCDS31 LCRAPVQPRNLRPNWQLANVVEKVRLLRLHPGMGLKGDLCERHGEKLKMFCKEDVLIMCE
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB0 RCERAPQHKGHTTALVEDVCQGYKEKLQKAVTKLKQLEDRCTEQKLSTAMRITKWKEKVQ
: ..:.:..:... .::: :: .:..:. .::. ... . ... : . :: .:.
CCDS31 ACSQSPEHEAHSVVPMEDVAWEYKWELHEALEHLKKEQEEAWKLEVGERKRTATWKIQVE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KB0 IQRQKIRSDFKNLQCFLHEEEKSY----------LWRLEKEEQQTLSRLRDYEAGLGLKS
..:.: .:.. : .:.... . : :..: .:...:. .. : .:
CCDS31 TRKQSIVWEFEKYQRLLEKKQPPHRQLGAEVAAALASLQREAAETMQKLELNHSELIQQS
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB0 NELKSHILELEEKCQGSAQKLLQNVNDTLSRSWAVKLETSEAVSLELHTMCNVSKLYFDV
. : : ::.:. : .. .::.....:.:: . .:. : .::::.: : : . .
CCDS31 QVLWRMIAELKERSQRPVRWMLQDIQEVLNRSKSWSLQQPEPISLELKTDCRV----LGL
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB0 KKMLRSHQVSVTLDPDTAHHELILSEDRRQVTRGYTQENQDTSSRRFTAFPCVLGCEGFT
...:... ..: ::::::. .::.::::..: : :... . .:: . ::: . ..
CCDS31 REILKTYAADVRLDPDTAYSRLIVSEDRKRVHYGDTNQKLPDNPERFYRYNIVLGSQCIS
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB0 SGRRYFEVDVGEGTGWDLGVCMENVQRGTGMKQEPQSGFWTLRLCKKKGYVALTSPPTSL
:::.:.::.::. . : :::: .::.: . :. :::..:: : . : : :. :
CCDS31 SGRHYWEVEVGDRSEWGLGVCKQNVDRKEVVYLSPHYGFWVIRLRKGNEYRAGTDEYPIL
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KB0 HLHEQPLLVGIFLDYEAGVVSFYN-GNTGCHIFTFPKASFSDTLRPYFQVYQYSPLFLPP
: : ::::.:::: .:::: . : ::::::. : : :::
CCDS31 SLPVPPRRVGIFVDYEAHDISFYNVTDCGSHIFTFPRYPFPGRLLPYFSPCYSIGTNNTA
420 430 440 450 460 470
pF1KB0 PGD
CCDS31 PLAICSLDGED
480
465 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 17:44:40 2016 done: Sat Nov 5 17:44:40 2016
Total Scan time: 2.450 Total Display time: 0.060
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]