Result of FASTA (ccds) for
pF1KB1311
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB1311, 1384 aa
1>>>pF1KB1311 1384 - 1384 aa - 1384 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.5297+/-0.00131; mu= 5.4987+/- 0.079
mean_var=279.0802+/-55.645, 0's: 0 Z-trim(110.3): 55 B-trim: 14 in 1/51
Lambda= 0.076773
statistics sampled from 11418 (11473) to 11418 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.667), E-opt: 0.2 (0.352), width: 16
Scan time: 4.570
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS11436.1 CNTNAP1 gene_id:8506|Hs108|chr17 (1384) 9778 1098.0 0
CCDS5889.1 CNTNAP2 gene_id:26047|Hs108|chr7 (1331) 3319 382.6 4.1e-105
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CCDS73915.1 CNTNAP4 gene_id:85445|Hs108|chr16 (1308) 2944 341.0 1.3e-92
CCDS75836.1 CNTNAP3B gene_id:728577|Hs108|chr9 (1288) 2816 326.8 2.4e-88
CCDS6616.1 CNTNAP3 gene_id:79937|Hs108|chr9 (1288) 2790 324.0 1.7e-87
CCDS10924.2 CNTNAP4 gene_id:85445|Hs108|chr16 (1235) 2091 246.5 3.4e-64
CCDS82015.1 CNTNAP4 gene_id:85445|Hs108|chr16 (1260) 2091 246.5 3.5e-64
>>CCDS11436.1 CNTNAP1 gene_id:8506|Hs108|chr17 (1384 aa)
initn: 9778 init1: 9778 opt: 9778 Z-score: 5866.7 bits: 1098.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 9778; 99.9% identity (99.9% similar) in 1384 aa overlap (1-1384:1-1384)
10 20 30 40 50 60
pF1KB1 MMHLRLFCILLAAVSGAEGWGYYGCDEELVGPLYARSLGASSYYSLLTAPRFARLHGISG
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CCDS11 MMHLRLFCILLAAVSGAEGWGYYGCDEELVGPLYARSLGASSYYSLLTAPRFARLHGISG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB1 WSPRIGDPNPWLQIDLMKKHRIRAVATQGSFNSWDWVTRYMLLYGDRVDSWTPFYQRGHN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 WSPRIGDPNPWLQIDLMKKHRIRAVATQGSFNSWDWVTRYMLLYGDRVDSWTPFYQRGHN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB1 STFFGNVNESAVVRHDLHFHFTARYIRIVPLAWNPCGKIGLRLGLYGCPYKADILYFDGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::
CCDS11 STFFGNVNESAVVRHDLHFHFTARYIRIVPLAWNPRGKIGLRLGLYGCPYKADILYFDGD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 DAISYRFPRGVSRSLWDVFAFSFKTEEKDGLLLHAEGAQGDYVTLELEGAHLLLHMSLGS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 SPIQPRPGHTTVSAGGVLNDQHWHYVRVDRFGRDVNFTLDGYVQRFILNGDFERLNLDTE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB1 MFIGGLVGAARKNLAYRHNFRGCIENVIFNRVNIADLAVRRHSRITFEGKVAFRCLDPVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MFIGGLVGAARKNLAYRHNFRGCIENVIFNRVNIADLAVRRHSRITFEGKVAFRCLDPVP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB1 HPINFGGPHNFVQVPGFPRRGRLAVSFRFRTWDLTGLLLFSRLGDGLGHVELTLSEGQVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 HPINFGGPHNFVQVPGFPRRGRLAVSFRFRTWDLTGLLLFSRLGDGLGHVELTLSEGQVN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB1 VSIAQSGRKKLQFAAGYRLNDGFWHEVNFVAQENHAVISIDDVEGAEVRVSYPLLIRTGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 VSIAQSGRKKLQFAAGYRLNDGFWHEVNFVAQENHAVISIDDVEGAEVRVSYPLLIRTGT
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB1 SYFFGGCPKPASRWDCHSNQTAFHGCMELLKVDGQLVNLTLVEGRRLGFYAEVLFDTCGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 SYFFGGCPKPASRWDCHSNQTAFHGCMELLKVDGQLVNLTLVEGRRLGFYAEVLFDTCGI
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB1 TDRCSPNMCEHDGRCYQSWDDFICYCELTGYKGETCHTPLYKESCEAYRLSGKTSGNFTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 TDRCSPNMCEHDGRCYQSWDDFICYCELTGYKGETCHTPLYKESCEAYRLSGKTSGNFTI
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB1 DPDGSGPLKPFVVYCDIRENRAWTVVRHDRLWTTRVTGSSMERPFLGAIQYWNASWEEVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 DPDGSGPLKPFVVYCDIRENRAWTVVRHDRLWTTRVTGSSMERPFLGAIQYWNASWEEVS
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB1 ALANASQHCEQWIEFSCYNSRLLNTAGGYPYSFWIGRNEEQHFYWGGSQPGIQRCACGLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 ALANASQHCEQWIEFSCYNSRLLNTAGGYPYSFWIGRNEEQHFYWGGSQPGIQRCACGLD
670 680 690 700 710 720
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pF1KB1 RSCVDPALYCNCDADQPQWRTDKGLLTFVDHLPVTQVVIGDTNRSTSEAQFFLRPLRCYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 RSCVDPALYCNCDADQPQWRTDKGLLTFVDHLPVTQVVIGDTNRSTSEAQFFLRPLRCYG
730 740 750 760 770 780
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pF1KB1 DRNSWNTISFHTGAALRFPPIRANHSLDVSFYFRTSAPSGVFLENMGGPYCQWRRPYVRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 DRNSWNTISFHTGAALRFPPIRANHSLDVSFYFRTSAPSGVFLENMGGPYCQWRRPYVRV
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB1 ELNTSRDVVFAFDVGNGDENLTVHSDDFEFNDDEWHLVRAEINVKQARLRVDHRPWVLRP
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CCDS11 ELNTSRDVVFAFDVGNGDENLTVHSDDFEFNDDEWHLVRAEINVKQARLRVDHRPWVLRP
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910 920 930 940 950 960
pF1KB1 MPLQTYIWMEYDQPLYVGSAELKRRPFVGCLRAMRLNGVTLNLEGRANASEGTSPNCTGH
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CCDS11 MPLQTYIWMEYDQPLYVGSAELKRRPFVGCLRAMRLNGVTLNLEGRANASEGTSPNCTGH
910 920 930 940 950 960
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pF1KB1 CAHPRLPCFHGGRCVERYSYYTCDCDLTAFDGPYCNHDIGGFFEPGTWMRYNLQSALRSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 CAHPRLPCFHGGRCVERYSYYTCDCDLTAFDGPYCNHDIGGFFEPGTWMRYNLQSALRSA
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB1 AREFSHMLSRPVPGYEPGYIPGYDTPGYVPGYHGPGYRLPDYPRPGRPVPGYRGPVYNVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 AREFSHMLSRPVPGYEPGYIPGYDTPGYVPGYHGPGYRLPDYPRPGRPVPGYRGPVYNVT
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB1 GEEVSFSFSTSSAPAVLLYVSSFVRDYMAVLIKDDGTLQLRYQLGTSPYVYQLTTRPVTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 GEEVSFSFSTSSAPAVLLYVSSFVRDYMAVLIKDDGTLQLRYQLGTSPYVYQLTTRPVTD
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KB1 GQPHSINITRVYRNLFIQVDYFPLTEQKFSLLVDSQLDSPKALYLGRVMETGVIDPEIQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 GQPHSINITRVYRNLFIQVDYFPLTEQKFSLLVDSQLDSPKALYLGRVMETGVIDPEIQR
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KB1 YNTPGFSGCLSGVRFNNVAPLKTHFRTPRPMTAELAEALRVQGELSESNCGAMPRLVSEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 YNTPGFSGCLSGVRFNNVAPLKTHFRTPRPMTAELAEALRVQGELSESNCGAMPRLVSEV
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KB1 PPELDPWYLPPDFPYYHDEGWVAILLGFLVAFLLLGLVGMLVLFYLQNHRYKGSYHTNEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PPELDPWYLPPDFPYYHDEGWVAILLGFLVAFLLLGLVGMLVLFYLQNHRYKGSYHTNEP
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KB1 KAAHEYHPGSKPPLPTSGPAQVPTPTAAPNQAPASAPAPAPTPAPAPGPRDQNLPQILEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 KAAHEYHPGSKPPLPTSGPAQVPTPTAAPNQAPASAPAPAPTPAPAPGPRDQNLPQILEE
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KB1 SRSE
::::
CCDS11 SRSE
>>CCDS5889.1 CNTNAP2 gene_id:26047|Hs108|chr7 (1331 aa)
initn: 2309 init1: 1296 opt: 3319 Z-score: 2000.6 bits: 382.6 E(32554): 4.1e-105
Smith-Waterman score: 3945; 44.2% identity (71.5% similar) in 1322 aa overlap (25-1323:35-1301)
10 20 30 40 50
pF1KB1 MMHLRLFCILLAAVSGAEGWGYYGCDEELVGPLYARSLGASSYYSLLTAPRFAR
::: ::. : ....:: : .: .:.
CCDS58 PRAGCGAALLLWIVSSCLCRAWTAPSTSQKCDEPLVSGLPHVAFSSSSSISGSYSPGYAK
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB1 LH---GISGWSPRIGDPNPWLQIDLMKKHRIRAVATQGSFNSWDWVTRYMLLYGDRVDSW
.. : .:::: .: :::.:. ....: :.:::: ..: ::::.: .::.: .:
CCDS58 INKRGGAGGWSPSDSDHYQWLQVDFGNRKQISAIATQGRYSSSDWVTQYRMLYSDTGRNW
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB1 TPFYQRGHNSTFFGNVNESAVVRHDLHFHFTARYIRIVPLAWNPCGKIGLRLGLYGCPYK
:..: :. .: ::.: ..::::.:. . :::.::::: :: :.::::. .::: :
CCDS58 KPYHQDGNIWAFPGNINSDGVVRHELQHPIIARYVRIVPLDWNGEGRIGLRIEVYGCSYW
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB1 ADILYFDGDDAISYRFPRGVSRSLWDVFAFSFKTEEKDGLLLHAEGAQGDYVTLELEGAH
::.. ::: .. ::: ..: ::.:..::: :..:..::.:: ::::.::::. :.
CCDS58 ADVINFDGHVVLPYRFRNKKMKTLKDVIALNFKTSESEGVILHGEGQQGDYITLELKKAK
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB1 LLLHMSLGSSPIQPRPGHTTVSAGGVLNDQHWHYVRVDRFGRDVNFTLDGYVQRFILNGD
:.: ..:::. . : :::.: .:..:.:.::: : ..: ::..:.::: .:.: ::.
CCDS58 LVLSLNLGSNQLGPIYGHTSVMTGSLLDDHHWHSVVIERQGRSINLTLDRSMQHFRTNGE
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB1 FERLNLDTEMFIGGLVGAARKNLAYRHNFRGCIENVIFNRVNIADLAVRRHSRITFEGKV
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CCDS58 FDYLDLDYEITFGGIPFSGKPSSSSRKNFKGCMESINYNGVNITDLARRKKLEPSNVGNL
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB1 AFRCLDPVPHPINFGGPHNFVQVPGFPRRGRLAVSFRFRTWDLTGLLLFSRLGDGLGHVE
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CCDS58 SFSCVEPYTVPVFFNAT-SYLEVPGRLNQDLFSVSFQFRTWNPNGLLVFSHFADNLGNVE
370 380 390 400 410 420
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pF1KB1 LTLSEGQVNV--SIAQSGRKKLQFAAGYRLNDGFWHEVNFVAQENHAVISIDDVEGAEVR
. :.:..:.: .:.:. .......: :::: :::: :.:.:: :...:: :.. ::
CCDS58 IDLTESKVGVHINITQTKMSQIDISSGSGLNDGQWHEVRFLAKENFAILTIDGDEASAVR
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470 480 490 500 510 520
pF1KB1 VSYPLLIRTGTSYFFGGCPKPASRWDCHSN-QTAFHGCMELLKVDGQLVNLTLVEGRRLG
.. :: ..:: .::::: . . . :: : .:.:::.:..:: ::::: : :. :
CCDS58 TNSPLQVKTGEKYFFGGFLNQMNN-SSHSVLQPSFQGCMQLIQVDDQLVNLYEVAQRKPG
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pF1KB1 FYAEVLFDTCGITDRCSPNMCEHDGRCYQSWDDFICYCELTGYKGETCHTPLYKESCEAY
.:.: .: :.: ::: :: ::: :.: :.::.: : :. :::.: :::. .:. :::::
CCDS58 SFANVSIDMCAIIDRCVPNHCEHGGKCSQTWDSFKCTCDETGYSGATCHNSIYEPSCEAY
550 560 570 580 590 600
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pF1KB1 RLSGKTSGNFTIDPDGSGPLKPFVVYCDIRENRAWTVVRHDRLWTTRVTGSSMERPFLGA
. :.::. . ::::::::: :. :::.. :...::.: :: : :.: . :. .
CCDS58 KHLGQTSNYYWIDPDGSGPLGPLKVYCNMTEDKVWTIVSHDLQMQTPVVGYNPEKYSVTQ
610 620 630 640 650 660
650 660 670 680 690 700
pF1KB1 IQYWNASWEEVSALANASQHCEQWIEFSCYNSRLLNTAGGYPYSFWIGRNEEQHFYWGGS
. : .:: ...::.......:::.. . : :::::: : ::..:.:. .:.:.:::::
CCDS58 LVY-SASMDQISAITDSAEYCEQYVSYFCKMSRLLNTPDGSPYTWWVGKANEKHYYWGGS
670 680 690 700 710 720
710 720 730 740 750 760
pF1KB1 QPGIQRCACGLDRSCVDPALYCNCDADQPQWRTDKGLLTFVDHLPVTQVVIGDTNRSTSE
::::.::::..:.:.:: ::::::: ::: : :.:.. :::::.:::.:::.:. ::
CCDS58 GPGIQKCACGIERNCTDPKYYCNCDADYKQWRKDAGFLSYKDHLPVSQVVVGDTDRQGSE
730 740 750 760 770 780
770 780 790 800 810 820
pF1KB1 AQFFLRPLRCYGDRNSWNTISF-HTGAALRFPPIRANHSLDVSFYFRTSAPSGVFLENMG
:.. . :::: :::: ::. :: . .. :.: .... : :.::::.: .: ::::::::
CCDS58 AKLSVGPLRCQGDRNYWNAASFPNPSSYLHFSTFQGETSADISFYFKTLTPWGVFLENMG
790 800 810 820 830 840
830 840 850 860 870 880
pF1KB1 GPYCQWRRPYVRVELNTSRDVVFAFDVGNGDENLTVHSDDFEFNDDEWHLVRAEINVKQA
.. ....::... .: :.:::::: ...:.: .:::.:: : :: :::::
CCDS58 ------KEDFIKLELKSATEVSFSFDVGNGPVEIVVRSPT-PLNDDQWHRVTAERNVKQA
850 860 870 880 890
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pF1KB1 RLRVDHRPWVLRPMPLQTYIWMEYDQPLYVGSAELKRRPFVGCLRAMRLNGVTLNLEGRA
:.::. : .: : . . .: . :.::.: .. :.::.:..:.:::::.:: ::
CCDS58 SLQVDRLPQQIRKAPTEGHTRLELYSQLFVGGAG-GQQGFLGCIRSLRMNGVTLDLEERA
900 910 920 930 940 950
950 960 970 980 990 1000
pF1KB1 NASEGTSPNCTGHCAHPRLPCFHGGRCVERYSYYTCDCDLTAFDGPYCNHDIGGFFEPGT
... : .:.:::. : .::.:.::: :.:::. ::.:: .::.:.:.::: :
CCDS58 KVTSGFISGCSGHCTSYGTNCENGGKCLERYHGYSCDCSNTAYDGTFCNKDVGAFFEEGM
960 970 980 990 1000 1010
1010 1020 1030 1040 1050 1060
pF1KB1 WMRYNLQSALRSAAREFSHMLSRPVPGYEPGYIPGYDTPGYVPGYHGPGYRLPDYPRPGR
:.:::.: : . ::. : :. . :
CCDS58 WLRYNFQ-APATNARDSSS-------------------------------RVDNAPDQQN
1020 1030 1040
1070 1080 1090 1100 1110 1120
pF1KB1 PVPGYRGPVYNVTGEEVSFSFSTSSAPAVLLYVSSFVRDYMAVLIKDDGTLQLRYQLGTS
: ... ::. :::::..:: .:::.:::. :..:::.: :.::.::.:: .
CCDS58 SHP-------DLAQEEIRFSFSTTKAPCILLYISSFTTDFLAVLVKPTGSLQIRYNLGGT
1050 1060 1070 1080 1090
1130 1140 1150 1160 1170 1180
pF1KB1 --PYVYQLTTRPVTDGQPHSINITRVYRNLFIQVDYFPLTEQKFSLLVDSQLDSPKALYL
:: .. : ...:::::.:::: ...:...:..: . .. :. ..:::.:.:
CCDS58 REPYNIDVDHRNMANGQPHSVNITRHEKTIFLKLDHYPSVSYHLPSSSDTLFNSPKSLFL
1100 1110 1120 1130 1140 1150
1190 1200 1210 1220 1230 1240
pF1KB1 GRVMETGVIDPEIQRYNTPGFSGCLSGVRFNNVAPLKTHFRTPRPMTAELAEALRVQGEL
:.:.::: :: ::..::::::.:::: :.::..::::. .: .: :. ...::::
CCDS58 GKVIETGKIDQEIHKYNTPGFTGCLSRVQFNQIAPLKAALR----QTNASAH-VHIQGEL
1160 1170 1180 1190 1200
1250 1260 1270 1280 1290
pF1KB1 SESNCGAMPRLVSEVPPELDPWYLP------PDFPYYHDEGWV--------AILLGFLVA
:::::: : .: . :::.: :::: .: . . ..: ..:
CCDS58 VESNCGASPLTLSPMSSATDPWHLDHLDSASADFPYNPGQGQAIRNGVNRNSAIIGGVIA
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1300 1310 1320 1330 1340 1350
pF1KB1 FLLLGLVGMLVLFYLQNHRYKGSYHTNEPKAAHEYHPGSKPPLPTSGPAQVPTPTAAPNQ
... .. ::.. :.::.::::: :.:
CCDS58 VVIFTILCTLVFLIRYMFRHKGTYHTNEAKGAESAESADAAIMNNDPNFTETIDESKKEW
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1360 1370 1380
pF1KB1 APASAPAPAPTPAPAPGPRDQNLPQILEESRSE
CCDS58 LI
1330
>>CCDS46401.1 CNTNAP5 gene_id:129684|Hs108|chr2 (1306 aa)
initn: 2375 init1: 1670 opt: 3009 Z-score: 1815.1 bits: 348.2 E(32554): 8.8e-95
Smith-Waterman score: 3261; 38.3% identity (66.9% similar) in 1343 aa overlap (5-1326:6-1279)
10 20 30 40 50
pF1KB1 MMHLRLFCILLAAVSGAEGWGY----YGCDEELVGPLYARSLGASSYYSLLTAPRFARL
:: .: :: : :.::. :.. : ....:: . .: :.:
CCDS46 MDSLPRLTSVLTLLFSGLWHLGLTATNYNCDDPLASLLSPMAFSSSSDLTGTHSP--AQL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
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