Result of FASTA (omim) for
pF1KB1311
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB1311, 1384 aa
1>>>pF1KB1311 1384 - 1384 aa - 1384 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.5072+/-0.000512; mu= -0.8856+/- 0.032
mean_var=288.0737+/-57.699, 0's: 0 Z-trim(117.4): 217 B-trim: 91 in 2/51
Lambda= 0.075565
statistics sampled from 29195 (29413) to 29195 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.657), E-opt: 0.2 (0.345), width: 16
Scan time: 13.070
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_016880727 (OMIM: 602346,616286) PREDICTED: cont (1384) 9778 1081.0 0
NP_003623 (OMIM: 602346,616286) contactin-associat (1384) 9778 1081.0 0
XP_005257805 (OMIM: 602346,616286) PREDICTED: cont (1308) 9239 1022.2 0
NP_054860 (OMIM: 604569,610042,612100) contactin-a (1331) 3319 376.9 5.6e-103
XP_006712321 (OMIM: 610519) PREDICTED: contactin-a (1307) 3011 343.3 7.1e-93
NP_570129 (OMIM: 610519) contactin-associated prot (1306) 3009 343.1 8.2e-93
XP_011521705 (OMIM: 610518) PREDICTED: contactin-a (1283) 2946 336.2 9.5e-91
NP_001309117 (OMIM: 610518) contactin-associated p (1273) 2944 336.0 1.1e-90
NP_207837 (OMIM: 610518) contactin-associated prot (1308) 2944 336.0 1.1e-90
NP_001309110 (OMIM: 610518) contactin-associated p (1307) 2937 335.2 1.9e-90
NP_387504 (OMIM: 610517) contactin-associated prot (1288) 2790 319.2 1.2e-85
NP_001309118 (OMIM: 610518) contactin-associated p (1220) 2789 319.1 1.3e-85
XP_016858805 (OMIM: 610519) PREDICTED: contactin-a (1227) 2691 308.4 2.1e-82
NP_001309109 (OMIM: 610518) contactin-associated p (1179) 2686 307.8 3e-82
NP_001309108 (OMIM: 610518) contactin-associated p (1228) 2623 301.0 3.6e-80
NP_001309120 (OMIM: 610518) contactin-associated p ( 999) 2185 253.2 7.3e-66
XP_016879294 (OMIM: 610518) PREDICTED: contactin-a ( 999) 2185 253.2 7.3e-66
NP_620481 (OMIM: 610518) contactin-associated prot (1235) 2091 243.0 1.1e-62
NP_001309119 (OMIM: 610518) contactin-associated p (1260) 2091 243.0 1.1e-62
XP_016867439 (OMIM: 604569,610042,612100) PREDICTE ( 714) 2084 242.0 1.2e-62
NP_001309116 (OMIM: 610518) contactin-associated p ( 836) 1805 211.7 1.9e-53
NP_001309107 (OMIM: 610518) contactin-associated p (1258) 1063 130.9 5.8e-29
XP_016877295 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1462) 470 66.3 1.9e-09
XP_016877293 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1467) 470 66.3 1.9e-09
XP_016877290 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1544) 470 66.3 2e-09
XP_016877287 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1666) 470 66.3 2.1e-09
XP_016877285 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1667) 470 66.3 2.1e-09
XP_016877282 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1678) 470 66.3 2.1e-09
NP_004787 (OMIM: 600567) neurexin 3 isoform 1 [Hom (1061) 462 65.3 2.7e-09
XP_011535679 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1323) 462 65.4 3.2e-09
XP_011535675 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1446) 462 65.4 3.4e-09
XP_016877296 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1449) 462 65.4 3.4e-09
XP_016877294 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1464) 462 65.4 3.5e-09
XP_016877292 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1468) 462 65.4 3.5e-09
XP_011535674 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1476) 462 65.4 3.5e-09
XP_011535673 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1479) 462 65.4 3.5e-09
XP_016877291 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1541) 462 65.4 3.6e-09
XP_016877289 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1553) 462 65.5 3.6e-09
NP_001317124 (OMIM: 600567) neurexin 3 isoform 5 [ (1571) 462 65.5 3.7e-09
XP_011535672 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1575) 462 65.5 3.7e-09
XP_011535671 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1583) 462 65.5 3.7e-09
XP_011535670 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1586) 462 65.5 3.7e-09
XP_016877288 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1654) 462 65.5 3.8e-09
XP_011535669 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1657) 462 65.5 3.8e-09
XP_016877286 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1667) 462 65.5 3.8e-09
XP_016877283 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1675) 462 65.5 3.9e-09
XP_016877284 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1675) 462 65.5 3.9e-09
XP_011535668 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1679) 462 65.5 3.9e-09
XP_016877281 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1683) 462 65.5 3.9e-09
XP_006720385 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1683) 462 65.5 3.9e-09
>>XP_016880727 (OMIM: 602346,616286) PREDICTED: contacti (1384 aa)
initn: 9778 init1: 9778 opt: 9778 Z-score: 5775.1 bits: 1081.0 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 9778; 99.9% identity (99.9% similar) in 1384 aa overlap (1-1384:1-1384)
10 20 30 40 50 60
pF1KB1 MMHLRLFCILLAAVSGAEGWGYYGCDEELVGPLYARSLGASSYYSLLTAPRFARLHGISG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MMHLRLFCILLAAVSGAEGWGYYGCDEELVGPLYARSLGASSYYSLLTAPRFARLHGISG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB1 WSPRIGDPNPWLQIDLMKKHRIRAVATQGSFNSWDWVTRYMLLYGDRVDSWTPFYQRGHN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 WSPRIGDPNPWLQIDLMKKHRIRAVATQGSFNSWDWVTRYMLLYGDRVDSWTPFYQRGHN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB1 STFFGNVNESAVVRHDLHFHFTARYIRIVPLAWNPCGKIGLRLGLYGCPYKADILYFDGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::
XP_016 STFFGNVNESAVVRHDLHFHFTARYIRIVPLAWNPRGKIGLRLGLYGCPYKADILYFDGD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB1 DAISYRFPRGVSRSLWDVFAFSFKTEEKDGLLLHAEGAQGDYVTLELEGAHLLLHMSLGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DAISYRFPRGVSRSLWDVFAFSFKTEEKDGLLLHAEGAQGDYVTLELEGAHLLLHMSLGS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB1 SPIQPRPGHTTVSAGGVLNDQHWHYVRVDRFGRDVNFTLDGYVQRFILNGDFERLNLDTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SPIQPRPGHTTVSAGGVLNDQHWHYVRVDRFGRDVNFTLDGYVQRFILNGDFERLNLDTE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB1 MFIGGLVGAARKNLAYRHNFRGCIENVIFNRVNIADLAVRRHSRITFEGKVAFRCLDPVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MFIGGLVGAARKNLAYRHNFRGCIENVIFNRVNIADLAVRRHSRITFEGKVAFRCLDPVP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB1 HPINFGGPHNFVQVPGFPRRGRLAVSFRFRTWDLTGLLLFSRLGDGLGHVELTLSEGQVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 HPINFGGPHNFVQVPGFPRRGRLAVSFRFRTWDLTGLLLFSRLGDGLGHVELTLSEGQVN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB1 VSIAQSGRKKLQFAAGYRLNDGFWHEVNFVAQENHAVISIDDVEGAEVRVSYPLLIRTGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VSIAQSGRKKLQFAAGYRLNDGFWHEVNFVAQENHAVISIDDVEGAEVRVSYPLLIRTGT
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB1 SYFFGGCPKPASRWDCHSNQTAFHGCMELLKVDGQLVNLTLVEGRRLGFYAEVLFDTCGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SYFFGGCPKPASRWDCHSNQTAFHGCMELLKVDGQLVNLTLVEGRRLGFYAEVLFDTCGI
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB1 TDRCSPNMCEHDGRCYQSWDDFICYCELTGYKGETCHTPLYKESCEAYRLSGKTSGNFTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TDRCSPNMCEHDGRCYQSWDDFICYCELTGYKGETCHTPLYKESCEAYRLSGKTSGNFTI
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB1 DPDGSGPLKPFVVYCDIRENRAWTVVRHDRLWTTRVTGSSMERPFLGAIQYWNASWEEVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DPDGSGPLKPFVVYCDIRENRAWTVVRHDRLWTTRVTGSSMERPFLGAIQYWNASWEEVS
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670 680 690 700 710 720
pF1KB1 ALANASQHCEQWIEFSCYNSRLLNTAGGYPYSFWIGRNEEQHFYWGGSQPGIQRCACGLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ALANASQHCEQWIEFSCYNSRLLNTAGGYPYSFWIGRNEEQHFYWGGSQPGIQRCACGLD
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pF1KB1 RSCVDPALYCNCDADQPQWRTDKGLLTFVDHLPVTQVVIGDTNRSTSEAQFFLRPLRCYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RSCVDPALYCNCDADQPQWRTDKGLLTFVDHLPVTQVVIGDTNRSTSEAQFFLRPLRCYG
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pF1KB1 DRNSWNTISFHTGAALRFPPIRANHSLDVSFYFRTSAPSGVFLENMGGPYCQWRRPYVRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DRNSWNTISFHTGAALRFPPIRANHSLDVSFYFRTSAPSGVFLENMGGPYCQWRRPYVRV
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pF1KB1 ELNTSRDVVFAFDVGNGDENLTVHSDDFEFNDDEWHLVRAEINVKQARLRVDHRPWVLRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ELNTSRDVVFAFDVGNGDENLTVHSDDFEFNDDEWHLVRAEINVKQARLRVDHRPWVLRP
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pF1KB1 MPLQTYIWMEYDQPLYVGSAELKRRPFVGCLRAMRLNGVTLNLEGRANASEGTSPNCTGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MPLQTYIWMEYDQPLYVGSAELKRRPFVGCLRAMRLNGVTLNLEGRANASEGTSPNCTGH
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pF1KB1 CAHPRLPCFHGGRCVERYSYYTCDCDLTAFDGPYCNHDIGGFFEPGTWMRYNLQSALRSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CAHPRLPCFHGGRCVERYSYYTCDCDLTAFDGPYCNHDIGGFFEPGTWMRYNLQSALRSA
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pF1KB1 AREFSHMLSRPVPGYEPGYIPGYDTPGYVPGYHGPGYRLPDYPRPGRPVPGYRGPVYNVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AREFSHMLSRPVPGYEPGYIPGYDTPGYVPGYHGPGYRLPDYPRPGRPVPGYRGPVYNVT
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pF1KB1 GEEVSFSFSTSSAPAVLLYVSSFVRDYMAVLIKDDGTLQLRYQLGTSPYVYQLTTRPVTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GEEVSFSFSTSSAPAVLLYVSSFVRDYMAVLIKDDGTLQLRYQLGTSPYVYQLTTRPVTD
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pF1KB1 GQPHSINITRVYRNLFIQVDYFPLTEQKFSLLVDSQLDSPKALYLGRVMETGVIDPEIQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GQPHSINITRVYRNLFIQVDYFPLTEQKFSLLVDSQLDSPKALYLGRVMETGVIDPEIQR
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pF1KB1 YNTPGFSGCLSGVRFNNVAPLKTHFRTPRPMTAELAEALRVQGELSESNCGAMPRLVSEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 YNTPGFSGCLSGVRFNNVAPLKTHFRTPRPMTAELAEALRVQGELSESNCGAMPRLVSEV
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pF1KB1 PPELDPWYLPPDFPYYHDEGWVAILLGFLVAFLLLGLVGMLVLFYLQNHRYKGSYHTNEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PPELDPWYLPPDFPYYHDEGWVAILLGFLVAFLLLGLVGMLVLFYLQNHRYKGSYHTNEP
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1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KB1 KAAHEYHPGSKPPLPTSGPAQVPTPTAAPNQAPASAPAPAPTPAPAPGPRDQNLPQILEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KAAHEYHPGSKPPLPTSGPAQVPTPTAAPNQAPASAPAPAPTPAPAPGPRDQNLPQILEE
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KB1 SRSE
::::
XP_016 SRSE
>>NP_003623 (OMIM: 602346,616286) contactin-associated p (1384 aa)
initn: 9778 init1: 9778 opt: 9778 Z-score: 5775.1 bits: 1081.0 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 9778; 99.9% identity (99.9% similar) in 1384 aa overlap (1-1384:1-1384)
10 20 30 40 50 60
pF1KB1 MMHLRLFCILLAAVSGAEGWGYYGCDEELVGPLYARSLGASSYYSLLTAPRFARLHGISG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MMHLRLFCILLAAVSGAEGWGYYGCDEELVGPLYARSLGASSYYSLLTAPRFARLHGISG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB1 WSPRIGDPNPWLQIDLMKKHRIRAVATQGSFNSWDWVTRYMLLYGDRVDSWTPFYQRGHN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 WSPRIGDPNPWLQIDLMKKHRIRAVATQGSFNSWDWVTRYMLLYGDRVDSWTPFYQRGHN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB1 STFFGNVNESAVVRHDLHFHFTARYIRIVPLAWNPCGKIGLRLGLYGCPYKADILYFDGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::
NP_003 STFFGNVNESAVVRHDLHFHFTARYIRIVPLAWNPRGKIGLRLGLYGCPYKADILYFDGD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB1 DAISYRFPRGVSRSLWDVFAFSFKTEEKDGLLLHAEGAQGDYVTLELEGAHLLLHMSLGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 DAISYRFPRGVSRSLWDVFAFSFKTEEKDGLLLHAEGAQGDYVTLELEGAHLLLHMSLGS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB1 SPIQPRPGHTTVSAGGVLNDQHWHYVRVDRFGRDVNFTLDGYVQRFILNGDFERLNLDTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 SPIQPRPGHTTVSAGGVLNDQHWHYVRVDRFGRDVNFTLDGYVQRFILNGDFERLNLDTE
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pF1KB1 MFIGGLVGAARKNLAYRHNFRGCIENVIFNRVNIADLAVRRHSRITFEGKVAFRCLDPVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MFIGGLVGAARKNLAYRHNFRGCIENVIFNRVNIADLAVRRHSRITFEGKVAFRCLDPVP
310 320 330 340 350 360
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pF1KB1 HPINFGGPHNFVQVPGFPRRGRLAVSFRFRTWDLTGLLLFSRLGDGLGHVELTLSEGQVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 HPINFGGPHNFVQVPGFPRRGRLAVSFRFRTWDLTGLLLFSRLGDGLGHVELTLSEGQVN
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pF1KB1 VSIAQSGRKKLQFAAGYRLNDGFWHEVNFVAQENHAVISIDDVEGAEVRVSYPLLIRTGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 VSIAQSGRKKLQFAAGYRLNDGFWHEVNFVAQENHAVISIDDVEGAEVRVSYPLLIRTGT
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490 500 510 520 530 540
pF1KB1 SYFFGGCPKPASRWDCHSNQTAFHGCMELLKVDGQLVNLTLVEGRRLGFYAEVLFDTCGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 SYFFGGCPKPASRWDCHSNQTAFHGCMELLKVDGQLVNLTLVEGRRLGFYAEVLFDTCGI
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pF1KB1 TDRCSPNMCEHDGRCYQSWDDFICYCELTGYKGETCHTPLYKESCEAYRLSGKTSGNFTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 TDRCSPNMCEHDGRCYQSWDDFICYCELTGYKGETCHTPLYKESCEAYRLSGKTSGNFTI
550 560 570 580 590 600
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::.. ::: .. ::: ..: ::.:..::: :..:..::.:: ::::.::::. :.
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:.: ..:::. . : :::.: .:..:.:.::: : ..: ::..:.::: .:.: ::.
NP_054 LVLSLNLGSNQLGPIYGHTSVMTGSLLDDHHWHSVVIERQGRSINLTLDRSMQHFRTNGE
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NP_054 IDLTESKVGVHINITQTKMSQIDISSGSGLNDGQWHEVRFLAKENFAILTIDGDEASAVR
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NP_054 TNSPLQVKTGEKYFFGGFLNQMNN-SSHSVLQPSFQGCMQLIQVDDQLVNLYEVAQRKPG
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.:.: .: :.: ::: :: ::: :.: :.::.: : :. :::.: :::. .:. :::::
NP_054 SFANVSIDMCAIIDRCVPNHCEHGGKCSQTWDSFKCTCDETGYSGATCHNSIYEPSCEAY
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. :.::. . ::::::::: :. :::.. :...::.: :: : :.: . :. .
NP_054 KHLGQTSNYYWIDPDGSGPLGPLKVYCNMTEDKVWTIVSHDLQMQTPVVGYNPEKYSVTQ
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. : .:: ...::.......:::.. . : :::::: : ::..:.:. .:.:.:::::
NP_054 LVY-SASMDQISAITDSAEYCEQYVSYFCKMSRLLNTPDGSPYTWWVGKANEKHYYWGGS
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NP_054 GPGIQKCACGIERNCTDPKYYCNCDADYKQWRKDAGFLSYKDHLPVSQVVVGDTDRQGSE
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:.. . :::: :::: ::. :: . .. :.: .... : :.::::.: .: ::::::::
NP_054 AKLSVGPLRCQGDRNYWNAASFPNPSSYLHFSTFQGETSADISFYFKTLTPWGVFLENMG
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.. ....::... .: :.:::::: ...:.: .:::.:: : :: :::::
NP_054 ------KEDFIKLELKSATEVSFSFDVGNGPVEIVVRSPT-PLNDDQWHRVTAERNVKQA
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pF1KB1 RLRVDHRPWVLRPMPLQTYIWMEYDQPLYVGSAELKRRPFVGCLRAMRLNGVTLNLEGRA
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NP_054 SLQVDRLPQQIRKAPTEGHTRLELYSQLFVGGAG-GQQGFLGCIRSLRMNGVTLDLEERA
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... : .:.:::. : .::.:.::: :.:::. ::.:: .::.:.:.::: :
NP_054 KVTSGFISGCSGHCTSYGTNCENGGKCLERYHGYSCDCSNTAYDGTFCNKDVGAFFEEGM
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pF1KB1 WMRYNLQSALRSAAREFSHMLSRPVPGYEPGYIPGYDTPGYVPGYHGPGYRLPDYPRPGR
:.:::.: : . ::. : :. . :
NP_054 WLRYNFQ-APATNARDSSS-------------------------------RVDNAPDQQN
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: ... ::. :::::..:: .:::.:::. :..:::.: :.::.::.:: .
NP_054 SHP-------DLAQEEIRFSFSTTKAPCILLYISSFTTDFLAVLVKPTGSLQIRYNLGGT
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