Result of FASTA (omim) for
pF1KB1380
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB1380, 707 aa
1>>>pF1KB1380 707 - 707 aa - 707 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.3469+/-0.00108; mu= 12.6427+/- 0.067
mean_var=393.9064+/-75.099, 0's: 0 Z-trim(110.5): 2099 B-trim: 80 in 1/50
Lambda= 0.064622
statistics sampled from 16542 (18850) to 16542 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.515), E-opt: 0.2 (0.221), width: 16
Scan time: 10.670
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_016882750 (OMIM: 194555) PREDICTED: zinc finger ( 707) 5123 493.9 9e-139
NP_037530 (OMIM: 194555) zinc finger protein 224 [ ( 707) 5123 493.9 9e-139
NP_001308574 (OMIM: 194555) zinc finger protein 22 ( 707) 5123 493.9 9e-139
NP_006621 (OMIM: 604750) zinc finger protein 234 [ ( 700) 3016 297.4 1.2e-79
XP_016881638 (OMIM: 604750) PREDICTED: zinc finger ( 700) 3016 297.4 1.2e-79
NP_001138296 (OMIM: 604750) zinc finger protein 23 ( 700) 3016 297.4 1.2e-79
XP_006723037 (OMIM: 604750) PREDICTED: zinc finger ( 700) 3016 297.4 1.2e-79
NP_003436 (OMIM: 604086) zinc finger protein 155 i ( 538) 2928 289.0 3.2e-77
NP_932355 (OMIM: 604086) zinc finger protein 155 i ( 538) 2928 289.0 3.2e-77
NP_001247415 (OMIM: 604086) zinc finger protein 15 ( 538) 2928 289.0 3.2e-77
NP_001247416 (OMIM: 604086) zinc finger protein 15 ( 538) 2928 289.0 3.2e-77
XP_005259272 (OMIM: 604086) PREDICTED: zinc finger ( 538) 2920 288.3 5.3e-77
NP_001247417 (OMIM: 604086) zinc finger protein 15 ( 549) 2898 286.3 2.2e-76
XP_011525581 (OMIM: 604086) PREDICTED: zinc finger ( 549) 2890 285.5 3.7e-76
XP_011525580 (OMIM: 604086) PREDICTED: zinc finger ( 549) 2890 285.5 3.7e-76
XP_016882737 (OMIM: 604086) PREDICTED: zinc finger ( 549) 2890 285.5 3.7e-76
XP_016881639 (OMIM: 604750) PREDICTED: zinc finger ( 688) 2732 271.0 1.1e-71
XP_016881640 (OMIM: 604750) PREDICTED: zinc finger ( 669) 2661 264.3 1.1e-69
NP_001309068 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 2278 228.7 6.6e-59
NP_001309067 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 2278 228.7 6.6e-59
NP_001309066 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 2278 228.7 6.6e-59
NP_001309065 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2278 228.8 6.8e-59
NP_150630 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 2278 228.8 6.8e-59
NP_001309058 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2278 228.8 6.8e-59
NP_001309063 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2278 228.8 6.8e-59
NP_001309057 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2278 228.8 6.8e-59
NP_001096073 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2278 228.8 6.8e-59
NP_001309060 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2278 228.8 6.8e-59
NP_001309064 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2278 228.8 6.8e-59
NP_001309062 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2278 228.8 6.8e-59
NP_001309059 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2278 228.8 6.8e-59
NP_942596 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 2278 228.8 6.8e-59
XP_016882935 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 818) 2278 228.8 6.8e-59
NP_001309061 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2278 228.8 6.8e-59
XP_016882934 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 837) 2278 228.8 6.8e-59
XP_011526568 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1092) 2242 225.6 8e-58
XP_006722943 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1092) 2242 225.6 8e-58
XP_016882725 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1118) 2242 225.6 8e-58
XP_011526567 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1150) 2242 225.7 8.2e-58
XP_016882724 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1150) 2242 225.7 8.2e-58
NP_001287880 (OMIM: 603971) zinc finger protein 91 (1159) 2242 225.7 8.2e-58
NP_003421 (OMIM: 603971) zinc finger protein 91 is (1191) 2242 225.7 8.3e-58
XP_016882746 (OMIM: 603977) PREDICTED: zinc finger (1168) 2223 223.9 2.8e-57
NP_009084 (OMIM: 603977) zinc finger protein 208 i (1280) 2223 224.0 2.9e-57
NP_001073878 (OMIM: 603981) zinc finger protein 99 ( 864) 2211 222.6 5.3e-57
NP_001243583 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 744) 2171 218.7 6.5e-56
NP_001243580 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 744) 2171 218.7 6.5e-56
XP_016882697 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 2171 218.8 6.8e-56
XP_016882703 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 2171 218.8 6.8e-56
XP_016882700 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 2171 218.8 6.8e-56
>>XP_016882750 (OMIM: 194555) PREDICTED: zinc finger pro (707 aa)
initn: 5123 init1: 5123 opt: 5123 Z-score: 2612.3 bits: 493.9 E(85289): 9e-139
Smith-Waterman score: 5123; 100.0% identity (100.0% similar) in 707 aa overlap (1-707:1-707)
10 20 30 40 50 60
pF1KB1 MTTFKEAMTFKDVAVVFTEEELGLLDLAQRKLYRDVMLENFRNLLSVGHQAFHRDTFHFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MTTFKEAMTFKDVAVVFTEEELGLLDLAQRKLYRDVMLENFRNLLSVGHQAFHRDTFHFL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB1 REEKIWMMKTAIQREGNSGDKIQTEMETVSEAGTHQEWSFQQIWEKIASDLTRSQDLMIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 REEKIWMMKTAIQREGNSGDKIQTEMETVSEAGTHQEWSFQQIWEKIASDLTRSQDLMIN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB1 SSQFSKEGDFPCQTEAGLSVIHTRQKSSQGNGYKPSFSDVSHFDFHQQLHSGEKSHTCDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SSQFSKEGDFPCQTEAGLSVIHTRQKSSQGNGYKPSFSDVSHFDFHQQLHSGEKSHTCDE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB1 CGKNFCYISALRIHQRVHMGEKCYKCDVCGKEFSQSSHLQTHQRVHTGEKPFKCVECGKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CGKNFCYISALRIHQRVHMGEKCYKCDVCGKEFSQSSHLQTHQRVHTGEKPFKCVECGKG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB1 FSRRSALNVHHKLHTGEKPYNCEECGKAFIHDSQLQEHQRIHTGEKPFKCDICGKSFCGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 FSRRSALNVHHKLHTGEKPYNCEECGKAFIHDSQLQEHQRIHTGEKPFKCDICGKSFCGR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB1 SRLNRHSMVHTAEKPFRCDTCDKSFRQRSALNSHRMIHTGEKPYKCEECGKGFICRRDLY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SRLNRHSMVHTAEKPFRCDTCDKSFRQRSALNSHRMIHTGEKPYKCEECGKGFICRRDLY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB1 THHMVHTGEKPYNCKECGKSFRWASCLLKHQRVHSGEKPFKCEECGKGFYTNSQCYSHQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 THHMVHTGEKPYNCKECGKSFRWASCLLKHQRVHSGEKPFKCEECGKGFYTNSQCYSHQR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB1 SHSGEKPYKCVECGKGYKRRLDLDFHQRVHTGEKLYNCKECGKSFSRAPCLLKHERLHSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SHSGEKPYKCVECGKGYKRRLDLDFHQRVHTGEKLYNCKECGKSFSRAPCLLKHERLHSG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB1 EKPFQCEECGKRFTQNSHLHSHQRVHTGEKPYKCEKCGKGYNSKFNLDMHQKVHTGERPY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EKPFQCEECGKRFTQNSHLHSHQRVHTGEKPYKCEKCGKGYNSKFNLDMHQKVHTGERPY
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB1 NCKECGKSFGWASCLLKHQRLHSGEKPFKCEECGKRFTQNSQLHSHQRVHTGEKPYKCDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NCKECGKSFGWASCLLKHQRLHSGEKPFKCEECGKRFTQNSQLHSHQRVHTGEKPYKCDE
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB1 CGKGFSWSSTRLTHQRRHSRETPLKCEQHGKNIVQNSFSKVQEKVHSVEKPYKCEDCGKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CGKGFSWSSTRLTHQRRHSRETPLKCEQHGKNIVQNSFSKVQEKVHSVEKPYKCEDCGKG
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700
pF1KB1 YNRRLNLDMHQRVHMGEKTWKCRECDMCFSQASSLRLHQNVHVGEKP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 YNRRLNLDMHQRVHMGEKTWKCRECDMCFSQASSLRLHQNVHVGEKP
670 680 690 700
>>NP_037530 (OMIM: 194555) zinc finger protein 224 [Homo (707 aa)
initn: 5123 init1: 5123 opt: 5123 Z-score: 2612.3 bits: 493.9 E(85289): 9e-139
Smith-Waterman score: 5123; 100.0% identity (100.0% similar) in 707 aa overlap (1-707:1-707)
10 20 30 40 50 60
pF1KB1 MTTFKEAMTFKDVAVVFTEEELGLLDLAQRKLYRDVMLENFRNLLSVGHQAFHRDTFHFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 MTTFKEAMTFKDVAVVFTEEELGLLDLAQRKLYRDVMLENFRNLLSVGHQAFHRDTFHFL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB1 REEKIWMMKTAIQREGNSGDKIQTEMETVSEAGTHQEWSFQQIWEKIASDLTRSQDLMIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 REEKIWMMKTAIQREGNSGDKIQTEMETVSEAGTHQEWSFQQIWEKIASDLTRSQDLMIN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB1 SSQFSKEGDFPCQTEAGLSVIHTRQKSSQGNGYKPSFSDVSHFDFHQQLHSGEKSHTCDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 SSQFSKEGDFPCQTEAGLSVIHTRQKSSQGNGYKPSFSDVSHFDFHQQLHSGEKSHTCDE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB1 CGKNFCYISALRIHQRVHMGEKCYKCDVCGKEFSQSSHLQTHQRVHTGEKPFKCVECGKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 CGKNFCYISALRIHQRVHMGEKCYKCDVCGKEFSQSSHLQTHQRVHTGEKPFKCVECGKG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB1 FSRRSALNVHHKLHTGEKPYNCEECGKAFIHDSQLQEHQRIHTGEKPFKCDICGKSFCGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 FSRRSALNVHHKLHTGEKPYNCEECGKAFIHDSQLQEHQRIHTGEKPFKCDICGKSFCGR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB1 SRLNRHSMVHTAEKPFRCDTCDKSFRQRSALNSHRMIHTGEKPYKCEECGKGFICRRDLY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 SRLNRHSMVHTAEKPFRCDTCDKSFRQRSALNSHRMIHTGEKPYKCEECGKGFICRRDLY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB1 THHMVHTGEKPYNCKECGKSFRWASCLLKHQRVHSGEKPFKCEECGKGFYTNSQCYSHQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 THHMVHTGEKPYNCKECGKSFRWASCLLKHQRVHSGEKPFKCEECGKGFYTNSQCYSHQR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB1 SHSGEKPYKCVECGKGYKRRLDLDFHQRVHTGEKLYNCKECGKSFSRAPCLLKHERLHSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 SHSGEKPYKCVECGKGYKRRLDLDFHQRVHTGEKLYNCKECGKSFSRAPCLLKHERLHSG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB1 EKPFQCEECGKRFTQNSHLHSHQRVHTGEKPYKCEKCGKGYNSKFNLDMHQKVHTGERPY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 EKPFQCEECGKRFTQNSHLHSHQRVHTGEKPYKCEKCGKGYNSKFNLDMHQKVHTGERPY
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB1 NCKECGKSFGWASCLLKHQRLHSGEKPFKCEECGKRFTQNSQLHSHQRVHTGEKPYKCDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 NCKECGKSFGWASCLLKHQRLHSGEKPFKCEECGKRFTQNSQLHSHQRVHTGEKPYKCDE
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB1 CGKGFSWSSTRLTHQRRHSRETPLKCEQHGKNIVQNSFSKVQEKVHSVEKPYKCEDCGKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 CGKGFSWSSTRLTHQRRHSRETPLKCEQHGKNIVQNSFSKVQEKVHSVEKPYKCEDCGKG
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700
pF1KB1 YNRRLNLDMHQRVHMGEKTWKCRECDMCFSQASSLRLHQNVHVGEKP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 YNRRLNLDMHQRVHMGEKTWKCRECDMCFSQASSLRLHQNVHVGEKP
670 680 690 700
>>NP_001308574 (OMIM: 194555) zinc finger protein 224 [H (707 aa)
initn: 5123 init1: 5123 opt: 5123 Z-score: 2612.3 bits: 493.9 E(85289): 9e-139
Smith-Waterman score: 5123; 100.0% identity (100.0% similar) in 707 aa overlap (1-707:1-707)
10 20 30 40 50 60
pF1KB1 MTTFKEAMTFKDVAVVFTEEELGLLDLAQRKLYRDVMLENFRNLLSVGHQAFHRDTFHFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MTTFKEAMTFKDVAVVFTEEELGLLDLAQRKLYRDVMLENFRNLLSVGHQAFHRDTFHFL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB1 REEKIWMMKTAIQREGNSGDKIQTEMETVSEAGTHQEWSFQQIWEKIASDLTRSQDLMIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 REEKIWMMKTAIQREGNSGDKIQTEMETVSEAGTHQEWSFQQIWEKIASDLTRSQDLMIN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB1 SSQFSKEGDFPCQTEAGLSVIHTRQKSSQGNGYKPSFSDVSHFDFHQQLHSGEKSHTCDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SSQFSKEGDFPCQTEAGLSVIHTRQKSSQGNGYKPSFSDVSHFDFHQQLHSGEKSHTCDE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB1 CGKNFCYISALRIHQRVHMGEKCYKCDVCGKEFSQSSHLQTHQRVHTGEKPFKCVECGKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CGKNFCYISALRIHQRVHMGEKCYKCDVCGKEFSQSSHLQTHQRVHTGEKPFKCVECGKG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB1 FSRRSALNVHHKLHTGEKPYNCEECGKAFIHDSQLQEHQRIHTGEKPFKCDICGKSFCGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FSRRSALNVHHKLHTGEKPYNCEECGKAFIHDSQLQEHQRIHTGEKPFKCDICGKSFCGR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB1 SRLNRHSMVHTAEKPFRCDTCDKSFRQRSALNSHRMIHTGEKPYKCEECGKGFICRRDLY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SRLNRHSMVHTAEKPFRCDTCDKSFRQRSALNSHRMIHTGEKPYKCEECGKGFICRRDLY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB1 THHMVHTGEKPYNCKECGKSFRWASCLLKHQRVHSGEKPFKCEECGKGFYTNSQCYSHQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 THHMVHTGEKPYNCKECGKSFRWASCLLKHQRVHSGEKPFKCEECGKGFYTNSQCYSHQR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB1 SHSGEKPYKCVECGKGYKRRLDLDFHQRVHTGEKLYNCKECGKSFSRAPCLLKHERLHSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SHSGEKPYKCVECGKGYKRRLDLDFHQRVHTGEKLYNCKECGKSFSRAPCLLKHERLHSG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB1 EKPFQCEECGKRFTQNSHLHSHQRVHTGEKPYKCEKCGKGYNSKFNLDMHQKVHTGERPY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EKPFQCEECGKRFTQNSHLHSHQRVHTGEKPYKCEKCGKGYNSKFNLDMHQKVHTGERPY
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550 560 570 580 590 600
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]