FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB1488, 1744 aa
1>>>pF1KB1488 1744 - 1744 aa - 1744 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1423+/-0.00101; mu= 20.3243+/- 0.061
mean_var=82.6895+/-16.482, 0's: 0 Z-trim(105.3): 24 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.141042
statistics sampled from 8364 (8378) to 8364 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.607), E-opt: 0.2 (0.257), width: 16
Scan time: 5.760
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS47404.1 C4A gene_id:720|Hs108|chr6 (1744) 11570 2365.1 0
CCDS47405.1 C4B gene_id:721|Hs108|chr6 (1744) 11511 2353.1 0
CCDS59005.1 C4A gene_id:720|Hs108|chr6 (1698) 9628 1970.0 0
CCDS6826.1 C5 gene_id:727|Hs108|chr9 (1676) 1306 276.6 5.2e-73
CCDS32883.1 C3 gene_id:718|Hs108|chr19 (1663) 1057 225.9 9.2e-58
CCDS8600.1 PZP gene_id:5858|Hs108|chr12 (1482) 568 126.4 7.5e-28
CCDS55039.1 CD109 gene_id:135228|Hs108|chr6 (1368) 545 121.7 1.8e-26
CCDS55038.1 CD109 gene_id:135228|Hs108|chr6 (1428) 545 121.7 1.8e-26
CCDS4982.1 CD109 gene_id:135228|Hs108|chr6 (1445) 545 121.7 1.9e-26
CCDS44827.1 A2M gene_id:2|Hs108|chr12 (1474) 539 120.5 4.4e-26
CCDS73439.1 A2ML1 gene_id:144568|Hs108|chr12 ( 963) 485 109.4 6.2e-23
CCDS8596.2 A2ML1 gene_id:144568|Hs108|chr12 (1454) 485 109.5 8.9e-23
CCDS42519.1 CPAMD8 gene_id:27151|Hs108|chr19 (1932) 434 99.2 1.5e-19
>>CCDS47404.1 C4A gene_id:720|Hs108|chr6 (1744 aa)
initn: 11570 init1: 11570 opt: 11570 Z-score: 12711.4 bits: 2365.1 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 11570; 99.9% identity (100.0% similar) in 1744 aa overlap (1-1744:1-1744)
10 20 30 40 50 60
pF1KB1 MRLLWGLIWASSFFTLSLQKPRLLLFSPSVVHLGVPLSVGVQLQDVPRGQVVKGSVFLRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 MRLLWGLIWASSFFTLSLQKPRLLLFSPSVVHLGVPLSVGVQLQDVPRGQVVKGSVFLRN
10 20 30 40 50 60
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pF1KB1 PSRNNVPCSPKVDFTLSSERDFALLSLQVPLKDAKSCGLHQLLRGPEVQLVAHSPWLKDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PSRNNVPCSPKVDFTLSSERDFALLSLQVPLKDAKSCGLHQLLRGPEVQLVAHSPWLKDS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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CCDS47 LSRTTNIQGINLLFSSRRGHLFLQTDQPIYNPGQRVRYRVFALDQKMRPSTDTITVMVEN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SHGLRVRKKEVYMPSSIFQDDFVIPDISEPGTWKISARFSDGLESNSSTQFEVKKYVLPN
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 FEVKITPGKPYILTVPGHLDEMQLDIQARYIYGKPVQGVAYVRFGLLDEDGKKTFFRGLE
250 260 270 280 290 300
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pF1KB1 SQTKLVNGQSHISLSKAEFQDALEKLNMGITDLQGLRLYVAAAIIESPGGEMEEAELTSW
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CCDS47 SQTKLVNGQSHISLSKAEFQDALEKLNMGITDLQGLRLYVAAAIIESPGGEMEEAELTSW
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pF1KB1 YFVSSPFSLDLSKTKRHLVPGAPFLLQALVREMSGSPASGIPVKVSATVSSPGSVPEVQD
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CCDS47 YFVSSPFSLDLSKTKRHLVPGAPFLLQALVREMSGSPASGIPVKVSATVSSPGSVPEVQD
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430 440 450 460 470 480
pF1KB1 IQQNTDGSGQVSIPIIIPQTISELQLSVSAGSPHPAIARLTVAAPPSGGPGFLSIERPDS
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CCDS47 IQQNTDGSGQVSIPIIIPQTISELQLSVSAGSPHPAIARLTVAAPPSGGPGFLSIERPDS
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pF1KB1 RPPRVGDTLNLNLRAVGSGATFSHYYYMILSRGQIVFMNREPKRTLTSVSVFVDHHLAPS
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CCDS47 RPPRVGDTLNLNLRAVGSGATFSHYYYMILSRGQIVFMNREPKRTLTSVSVFVDHHLAPS
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pF1KB1 FYFVAFYYHGDHPVANSLRVDVQAGACEGKLELSVDGAKQYRNGESVKLHLETDSLALVA
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CCDS47 FYFVAFYYHGDHPVANSLRVDVQAGACEGKLELSVDGAKQYRNGESVKLHLETDSLALVA
550 560 570 580 590 600
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CCDS47 LGALDTALYAAGSKSHKPLNMGKVFEAMNSYDLGCGPGGGDSALQVFQAAGLAFSDGDQW
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CCDS47 TLSRKRLSCPKEKTTRKKRNVNFQKAINEKLGQYASPTAKRCCQDGVTRLPMMRSCEQRA
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CCDS47 ARVQQPDCREPFLSCCQFAESLRKKSRDKGQAGLQRALEILQEEDLIDEDDIPVRSFFPE
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pF1KB1 NWLWRVETVDRFQILTLWLPDSLTTWEIHGLSLSKTKGLCVATPVQLRVFREFHLHLRLP
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CCDS47 NWLWRVETVDRFQILTLWLPDSLTTWEIHGLSLSKTKGLCVATPVQLRVFREFHLHLRLP
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CCDS47 MSVRRFEQLELRPVLYNYLDKNLTVSVHVSPVEGLCLAGGGGLAQQVLVPAGSARPVAFS
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CCDS47 VVPTAAAAVSLKVVARGSFEFPVGDAVSKVLQIEKEGAIHREELVYELNPLDHRGRTLEI
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pF1KB1 TLAASRYLDKTEQWSTLPPETKDHAVDLIQKGYMRIQQFRKADGSYAAWLSRDSSTWLTA
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CCDS47 TLAASRYLDKTEQWSTLPPETKDHAVDLIQKGYMRIQQFRKADGSYAAWLSRDSSTWLTA
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CCDS47 FVLKVLSLAQEQVGGSPEKLQETSNWLLSQQQADGSFQDPCPVLDRSMQGGLVGNDETVA
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CCDS47 TLTKAPVDLLGVAHNNLMAMAQETGDNLYWGSVTGSQSNAVSPTPAPRNPSDPMPQAPAL
1210 1220 1230 1240 1250 1260
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pF1KB1 WIETTAYALLHLLLHEGKAEMADQAAAWLTRQGSFQGGFRSTQDTVIALDALSAYWIASH
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CCDS47 WIETTAYALLHLLLHEGKAEMADQASAWLTRQGSFQGGFRSTQDTVIALDALSAYWIASH
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CCDS47 TTEERGLNVTLSSTGRNGFKSHALQLNNRQIRGLEEELQFSLGSKINVKVGGNSKGTLKV
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CCDS47 LQLFEGRRNRRRREAPKVVEEQESRVHYTVCIWRNGKVGLSGMAIADVTLLSGFHALRAD
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pF1KB1 LEKLTSLSDRYVSHFETEGPHVLLYFDSVPTSRECVGFEAVQEVPVGLVQPASATLYDYY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LEKLTSLSDRYVSHFETEGPHVLLYFDSVPTSRECVGFEAVQEVPVGLVQPASATLYDYY
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pF1KB1 NPERRCSVFYGAPSKSRLLATLCSAEVCQCAEGKCPRQRRALERGLQDEDGYRMKFACYY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 NPERRCSVFYGAPSKSRLLATLCSAEVCQCAEGKCPRQRRALERGLQDEDGYRMKFACYY
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pF1KB1 PRVEYGFQVKVLREDSRAAFRLFETKITQVLHFTKDVKAAANQMRNFLVRASCRLRLEPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PRVEYGFQVKVLREDSRAAFRLFETKITQVLHFTKDVKAAANQMRNFLVRASCRLRLEPG
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pF1KB1 KEYLIMGLDGATYDLEGHPQYLLDSNSWIEEMPSERLCRSTRQRAACAQLNDFLQEYGTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 KEYLIMGLDGATYDLEGHPQYLLDSNSWIEEMPSERLCRSTRQRAACAQLNDFLQEYGTQ
1690 1700 1710 1720 1730 1740
pF1KB1 GCQV
::::
CCDS47 GCQV
>>CCDS47405.1 C4B gene_id:721|Hs108|chr6 (1744 aa)
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Smith-Waterman score: 11511; 99.5% identity (99.7% similar) in 1744 aa overlap (1-1744:1-1744)
10 20 30 40 50 60
pF1KB1 MRLLWGLIWASSFFTLSLQKPRLLLFSPSVVHLGVPLSVGVQLQDVPRGQVVKGSVFLRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 MRLLWGLIWASSFFTLSLQKPRLLLFSPSVVHLGVPLSVGVQLQDVPRGQVVKGSVFLRN
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pF1KB1 PSRNNVPCSPKVDFTLSSERDFALLSLQVPLKDAKSCGLHQLLRGPEVQLVAHSPWLKDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PSRNNVPCSPKVDFTLSSERDFALLSLQVPLKDAKSCGLHQLLRGPEVQLVAHSPWLKDS
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pF1KB1 LSRTTNIQGINLLFSSRRGHLFLQTDQPIYNPGQRVRYRVFALDQKMRPSTDTITVMVEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LSRTTNIQGINLLFSSRRGHLFLQTDQPIYNPGQRVRYRVFALDQKMRPSTDTITVMVEN
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pF1KB1 SHGLRVRKKEVYMPSSIFQDDFVIPDISEPGTWKISARFSDGLESNSSTQFEVKKYVLPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SHGLRVRKKEVYMPSSIFQDDFVIPDISEPGTWKISARFSDGLESNSSTQFEVKKYVLPN
190 200 210 220 230 240
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pF1KB1 FEVKITPGKPYILTVPGHLDEMQLDIQARYIYGKPVQGVAYVRFGLLDEDGKKTFFRGLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 FEVKITPGKPYILTVPGHLDEMQLDIQARYIYGKPVQGVAYVRFGLLDEDGKKTFFRGLE
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pF1KB1 SQTKLVNGQSHISLSKAEFQDALEKLNMGITDLQGLRLYVAAAIIESPGGEMEEAELTSW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SQTKLVNGQSHISLSKAEFQDALEKLNMGITDLQGLRLYVAAAIIESPGGEMEEAELTSW
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pF1KB1 YFVSSPFSLDLSKTKRHLVPGAPFLLQALVREMSGSPASGIPVKVSATVSSPGSVPEVQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 YFVSSPFSLDLSKTKRHLVPGAPFLLQALVREMSGSPASGIPVKVSATVSSPGSVPEVQD
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 IQQNTDGSGQVSIPIIIPQTISELQLSVSAGSPHPAIARLTVAAPPSGGPGFLSIERPDS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 FYFVAFYYHGDHPVANSLRVDVQAGACEGKLELSVDGAKQYRNGESVKLHLETDSLALVA
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LGALDTALYAAGSKSHKPLNMGKVFEAMNSYDLGCGPGGGDSALQVFQAAGLAFSDGDQW
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 TLSRKRLSCPKEKTTRKKRNVNFQKAINEKLGQYASPTAKRCCQDGVTRLPMMRSCEQRA
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pF1KB1 ARVQQPDCREPFLSCCQFAESLRKKSRDKGQAGLQRALEILQEEDLIDEDDIPVRSFFPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 ARVQQPDCREPFLSCCQFAESLRKKSRDKGQAGLQRALEILQEEDLIDEDDIPVRSFFPE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 NWLWRVETVDRFQILTLWLPDSLTTWEIHGLSLSKTKGLCVATPVQLRVFREFHLHLRLP
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pF1KB1 MSVRRFEQLELRPVLYNYLDKNLTVSVHVSPVEGLCLAGGGGLAQQVLVPAGSARPVAFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 MSVRRFEQLELRPVLYNYLDKNLTVSVHVSPVEGLCLAGGGGLAQQVLVPAGSARPVAFS
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::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VVPTAATAVSLKVVARGSFEFPVGDAVSKVLQIEKEGAIHREELVYELNPLDHRGRTLEI
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB1 TLAASRYLDKTEQWSTLPPETKDHAVDLIQKGYMRIQQFRKADGSYAAWLSRDSSTWLTA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::
CCDS47 TLAASRYLDKTEQWSTLPPETKDHAVDLIQKGYMRIQQFRKADGSYAAWLSRGSSTWLTA
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1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB1 FVLKVLSLAQEQVGGSPEKLQETSNWLLSQQQADGSFQDPCPVLDRSMQGGLVGNDETVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::. :::::::::::::::
CCDS47 FVLKVLSLAQEQVGGSPEKLQETSNWLLSQQQADGSFQDLSPVIHRSMQGGLVGNDETVA
1090 1100 1110 1120 1130 1140
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pF1KB1 LTAFVTIALHHGLAVFQDEGAEPLKQRVEASISKASSFLGEKASAGLLGAHAAAITAYAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LTAFVTIALHHGLAVFQDEGAEPLKQRVEASISKASSFLGEKASAGLLGAHAAAITAYAL
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CCDS59 PSRNNVPCSPKVDFTLSSERDFALLSLQVPLKDAKSCGLHQLLRGPEVQLVAHSPWLKDS
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CCDS59 PRVEYGFQVKVLREDSRAAFRLFETKITQVLHFTKDVKAAANQMRNFLVRASCRLRLEPG
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CCDS59 GCQV
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.. ::::.::::.: :.: : : . .. .... :.:::.:.: : .. .:. ::.
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.. : .: ... ..: :.:: ....... . :...:.. .. ::.. ::.:..
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.::: :: ::::. . .: ::..:.: : : :: :. ... :.. . ..:.::
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..: :.. . ... .. : .: .:. . .:. .. :...:.. .: : :
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: . : : . ..: :. :.. ::. ::. . . ..:: :.:::.:.
CCDS68 REGYRAIAYSSLSQSYLYIDWTDNHKALLVGEHLNIIVTPKSPYIDKITHYNYLILSKGK
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:. : .:: . :... : ....:: ....: :.. :..:. .... :
CCDS68 IIHFGTREKFSDASYQSINIPVTQNMVPSSRLLVYYIVTGEQTAELVSDSVWLNIEE-KC
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..:. :: : : : :..:.:.. : . :::.:.:.:.:.. ..:::. .::
CCDS68 GNQLQVHLSPD-ADAYSPGQTVSLNMATGMDSWVALAAVDSAVYGVQRGAKKPLE--RVF
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pF1KB1 EAMNSYDLGCGPGGGDSALQVFQAAGLAFSDGDQWTLSRKRLSCPKEKTTRKKRNVNFQK
. ... ::::: ::: . .::. :::.: . . :.. . : .. : .:. .::
CCDS68 QFLEKSDLGCGAGGGLNNANVFHLAGLTFLTNANADDSQEN-DEPCKEILRPRRT--LQK
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:.: ..: ..:.:: ::. . ..:::::::.. : : . : :: : .::
CCDS68 KIEEIAAKYKHSVVKKCCYDGAC-VNNDETCEQRAARISLGPRCIKAFTECCVVASQLRA
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. : . : : :. . :. . .::.:::.:::.:. : : . : . ::::::
CCDS68 NISHKDMQ-LGR----LHMKTLLPVSKPEIRSYFPESWLWEVHLVPRRKQLQFALPDSLT
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::::.:...:.: :.::: :. .::.. :.. .:.:: : ::..:. ..::: ...
CCDS68 TWEIQGVGISNT-GICVADTVKAKVFKDVFLEMNIPYSVVRGEQIQLKGTVYNYRTSGMQ
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:..: :::.: . . . .: : ..:.. :.:.:.: ..:. .
CCDS68 FCVKMSAVEGICTSESPVIDHQGTKSSKCVRQKVEGSSSHLVTFTVLPL---EIGLHNIN
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:.: : . :.:.. :: ..:: : :: :: : :.: ..
CCDS68 F-SLETWFGKEILVKTLRVVPEG-VKRES--YSGVTLDPRGIYGTISRRKEFPYRIPLDL
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pF1KB1 IPDGDFNSYVRVTASDPLDTLGSEGALSPGGVASLLRLPRGCGEQTMIYLAPTLAASRYL
.: ... . : . . :.. .:: :. : .::.: .: .. ..:.. . .::
CCDS68 VPKTEIKRILSVKGLLVGEILSA--VLSQEGINILTHLPKGSAEAELMSVVPVFYVFHYL
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