Result of FASTA (ccds) for
pF1KB2323
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB2323, 1021 aa
1>>>pF1KB2323 1021 - 1021 aa - 1021 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2784+/-0.00121; mu= 16.5954+/- 0.072
mean_var=94.2211+/-18.763, 0's: 0 Z-trim(102.8): 48 B-trim: 3 in 1/54
Lambda= 0.132130
statistics sampled from 7099 (7119) to 7099 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.563), E-opt: 0.2 (0.219), width: 16
Scan time: 4.030
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS891.1 CD101 gene_id:9398|Hs108|chr1 (1021) 6792 1306.3 0
CCDS30813.1 IGSF3 gene_id:3321|Hs108|chr1 (1194) 2097 411.3 5.9e-114
CCDS30814.1 IGSF3 gene_id:3321|Hs108|chr1 (1214) 1288 257.1 1.6e-67
CCDS890.1 PTGFRN gene_id:5738|Hs108|chr1 ( 879) 717 148.2 7.1e-35
CCDS1195.1 IGSF8 gene_id:93185|Hs108|chr1 ( 613) 514 109.4 2.4e-23
>>CCDS891.1 CD101 gene_id:9398|Hs108|chr1 (1021 aa)
initn: 6792 init1: 6792 opt: 6792 Z-score: 6997.1 bits: 1306.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6792; 100.0% identity (100.0% similar) in 1021 aa overlap (1-1021:1-1021)
10 20 30 40 50 60
pF1KB2 MAGISYVASFFLLLTKLSIGQREVTVQKGPLFRAEGYPVSIGCNVTGHQGPSEQHFQWSV
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CCDS89 MAGISYVASFFLLLTKLSIGQREVTVQKGPLFRAEGYPVSIGCNVTGHQGPSEQHFQWSV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB2 YLPTNPTQEVQIISTKDAAFSYAVYTQRVRSGDVYVERVQGNSVLLHISKLQMKDAGEYE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 YLPTNPTQEVQIISTKDAAFSYAVYTQRVRSGDVYVERVQGNSVLLHISKLQMKDAGEYE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB2 CHTPNTDEKYYGSYSAKTNLIVIPDTLSATMSSQTLGKEEGEPLALTCEASKATAQHTHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 CHTPNTDEKYYGSYSAKTNLIVIPDTLSATMSSQTLGKEEGEPLALTCEASKATAQHTHL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB2 SVTWYLTQDGGGSQATEIISLSKDFILVPGPLYTERFAASDVQLNKLGPTTFRLSIERLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 SVTWYLTQDGGGSQATEIISLSKDFILVPGPLYTERFAASDVQLNKLGPTTFRLSIERLQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB2 SSDQGQLFCEATEWIQDPDETWMFITKKQTDQTTLRIQPAVKDFQVNITADSLFAEGKPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 SSDQGQLFCEATEWIQDPDETWMFITKKQTDQTTLRIQPAVKDFQVNITADSLFAEGKPL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB2 ELVCLVVSSGRDPQLQGIWFFNGTEIAHIDAGGVLGLKNDYKERASQGELQVSKLGPKAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 ELVCLVVSSGRDPQLQGIWFFNGTEIAHIDAGGVLGLKNDYKERASQGELQVSKLGPKAF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB2 SLKIFSLGPEDEGAYRCVVAEVMKTRTGSWQVLQRKQSPDSHVHLRKPAARSVVMSTKNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 SLKIFSLGPEDEGAYRCVVAEVMKTRTGSWQVLQRKQSPDSHVHLRKPAARSVVMSTKNK
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB2 QQVVWEGETLAFLCKAGGAESPLSVSWWHIPRDQTQPEFVAGMGQDGIVQLGASYGVPSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 QQVVWEGETLAFLCKAGGAESPLSVSWWHIPRDQTQPEFVAGMGQDGIVQLGASYGVPSY
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB2 HGNTRLEKMDWATFQLEITFTAITDSGTYECRVSEKSRNQARDLSWTQKISVTVKSLESS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 HGNTRLEKMDWATFQLEITFTAITDSGTYECRVSEKSRNQARDLSWTQKISVTVKSLESS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB2 LQVSLMSRQPQVMLTNTFDLSCVVRAGYSDLKVPLTVTWQFQPASSHIFHQLIRITHNGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 LQVSLMSRQPQVMLTNTFDLSCVVRAGYSDLKVPLTVTWQFQPASSHIFHQLIRITHNGT
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB2 IEWGNFLSRFQKKTKVSQSLFRSQLLVHDATEEETGVYQCEVEVYDRNSLYNNRPPRASA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 IEWGNFLSRFQKKTKVSQSLFRSQLLVHDATEEETGVYQCEVEVYDRNSLYNNRPPRASA
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB2 ISHPLRIAVTLPESKLKVNSRSQVQELSINSNTDIECSILSRSNGNLQLAIIWYFSPVST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 ISHPLRIAVTLPESKLKVNSRSQVQELSINSNTDIECSILSRSNGNLQLAIIWYFSPVST
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB2 NASWLKILEMDQTNVIKTGDEFHTPQRKQKFHTEKVSQDLFQLHILNVEDSDRGKYHCAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 NASWLKILEMDQTNVIKTGDEFHTPQRKQKFHTEKVSQDLFQLHILNVEDSDRGKYHCAV
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB2 EEWLLSTNGTWHKLGEKKSGLTELKLKPTGSKVRVSKVYWTENVTEHREVAIRCSLESVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 EEWLLSTNGTWHKLGEKKSGLTELKLKPTGSKVRVSKVYWTENVTEHREVAIRCSLESVG
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB2 SSATLYSVMWYWNRENSGSKLLVHLQHDGLLEYGEEGLRRHLHCYRSSSTDFVLKLHQVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 SSATLYSVMWYWNRENSGSKLLVHLQHDGLLEYGEEGLRRHLHCYRSSSTDFVLKLHQVE
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB2 MEDAGMYWCRVAEWQLHGHPSKWINQASDESQRMVLTVLPSEPTLPSRICSSAPLLYFLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 MEDAGMYWCRVAEWQLHGHPSKWINQASDESQRMVLTVLPSEPTLPSRICSSAPLLYFLF
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB2 ICPFVLLLLLLISLLCLYWKARKLSTLRSNTRKEKALWVDLKEAGGVTTNRREDEEEDEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 ICPFVLLLLLLISLLCLYWKARKLSTLRSNTRKEKALWVDLKEAGGVTTNRREDEEEDEG
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB2 N
:
CCDS89 N
>>CCDS30813.1 IGSF3 gene_id:3321|Hs108|chr1 (1194 aa)
initn: 1439 init1: 795 opt: 2097 Z-score: 2159.3 bits: 411.3 E(32554): 5.9e-114
Smith-Waterman score: 2188; 38.3% identity (68.2% similar) in 961 aa overlap (10-945:4-953)
10 20 30 40 50
pF1KB2 MAGISYVASFFLLLTKLSI-----GQREVTVQKGPLFRAEGYPVSIGCNVTGHQGPSEQH
:: .:. :.. .::.::::.:::.:.:: ..: :::.:.::::::.
CCDS30 MKCFFPVLSCLAVLGVVSAQRQVTVQEGPLYRTEGSHITIWCNVSGYQGPSEQN
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB2 FQWSVYLPTNPTQEVQIISTKDAAFSYAVYTQRVRSGDVYVERVQGNSVLLHISKLQMKD
::::.:::..: .::::.:: :..: ::.::::::.: ...:::::::.::::. :: .:
CCDS30 FQWSIYLPSSPEREVQIVSTMDSSFPYAIYTQRVRGGKIFIERVQGNSTLLHITDLQARD
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB2 AGEYECHTPNTDEKYYGSYSAKTNLIVIPDTLSATMSSQTLGKEEGEPLALTCEASKATA
:::::::::.::..:.:::::: ::.::::.:..: ::: . : .:: ::::... :
CCDS30 AGEYECHTPSTDKQYFGSYSAKMNLVVIPDSLQTTAMPQTLHRVEQDPLELTCEVASETI
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB2 QHTHLSVTWYLTQDGGGSQATEIISLSKDFILVPGPLYTERFAASDVQLNKLGPTTFRLS
::.::::.: : : : . .:.::::.::.: . :..: . ..:.:.::: :::::.
CCDS30 QHSHLSVAW-LRQKVG-EKPVEVISLSRDFMLHSSSEYAQRQSLGEVRLDKLGRTTFRLT
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB2 IERLQSSDQGQLFCEATEWIQDPDETWMFITKKQTDQTTLRIQPAVKDFQVNI-TADSLF
: .:: ::::...:::.::::::: .:. .:.:... ... .::. :.: : . : :
CCDS30 IFHLQPSDQGEFYCEAAEWIQDPDGSWYAMTRKRSEGAVVNVQPTDKEFTVRLETEKRLH
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB2 AEGKPLELVCLVVSSGRDPQLQGI-WFFNGTEIAHIDAGGVLGLKNDYKERASQGELQVS
. :.:.:. :.. ... . .. : ::.. :: . ..: :.... .: ..:.:.:.
CCDS30 TVGEPVEFRCILEAQNVPDRYFAVSWAFNSSLIATMGPNAVPVLNSEFAHREARGQLKVA
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB2 KLGPKAFSLKIFSLGPEDEGAYRCVVAEVMKTRTGSWQVLQRKQSPDSHVHLRKPAARSV
: . ..: :::. : :: : : : :.: :: :: . . .... : . . : :.
CCDS30 KESDSVFVLKIYHLRQEDSGKYNCRVTEREKTVTGEF-IDKESKRPKNIPIIVLPLKSSI
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB2 VMSTKNKQQVVWEGETLAFLCK---AGGAESPLSVSWWHIPRDQTQPEFVAGMGQDGIVQ
. . .. .:. ::: : : :. :: .. .:: : . : :.. . . .:: ::
CCDS30 SVEVASNASVILEGEDLRFSCSVRTAGRPQGRFSVIWQLVDR-QNRRSNIMWLDRDGTVQ
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520
pF1KB2 LGASYGVPSYHGNTRLEKMDWATFQLEITFTAITDSGTYECRVSEKSRNQARDLSWT---
:.:: : :....:... .:.: : . : : :::.:.: : : : :
CCDS30 PGSSYWERSSFGGVQMEQVQPNSFSLGIFNSRKEDEGQYECHVTEWVR--AVDGEWQIVG
480 490 500 510 520
530 540 550 560 570 580
pF1KB2 -QKIS--VTVKSLESSLQVSLMSRQPQVMLTNTFDLSCVVRAGYSDLKVPLTVTWQFQPA
.. : ... .:: .. :. .:: : : ...:::.:... : ::..:::.:::.
CCDS30 ERRASTPISITALEMGFAVTAISRTPGVTYSDSFDLQCIIKPHYPAW-VPVSVTWRFQPV
530 540 550 560 570 580
590 600 610 620 630 640
pF1KB2 SSHIFHQLIRITHNGTIEWGNFLSRFQKKTKV--SQSLFRSQLLVHDATEEETGVYQCEV
.. ::.:. .:..: ..::. : :. .: . ..: .: . :.. :.: ::: .
CCDS30 GTVEFHDLVTFTRDGGVQWGDRSSSFRTRTAIEKAESSNNVRLSISRASDTEAGKYQCVA
590 600 610 620 630 640
650 660 670 680 690 700
pF1KB2 EVYDRNSLYNNRPPR-ASAISHPLRIAVTLPESKLKVNSRSQVQELSINSNTDIECSILS
:.. .: ::: : : :. :.: : : .::.:.. ... : :. ...::. :
CCDS30 ELWRKN--YNNTWTRLAERTSNLLEIRVLQPVTKLQVSKSKRTLTLVENKPIQLNCSVKS
650 660 670 680 690 700
710 720 730 740 750 760
pF1KB2 RSNGNLQLAIIWYFSPVSTNASWLKILEMDQTNVIKTGDEFHTPQRKQKFHTEK-VSQDL
... : ..:..:: : . : ::. ...... : . . ... :. :: :
CCDS30 QTSQNSHFAVLWYVHKPSDADGKL-ILKTTHNSAFEYGTYAEEEGLRARLQFERHVSGGL
710 720 730 740 750 760
770 780 790 800 810 820
pF1KB2 FQLHILNVEDSDRGKYHCAVEEWLLSTNGTWHKLGEKKSGLTELKLKPTGSKVRVSKVYW
:.: . .: :: :.:.: ::::::: : .:.::.:. :: ::. .: :..:.:..
CCDS30 FSLTVQRAEVSDSGSYYCHVEEWLLSPNYAWYKLAEEVSGRTEVTVKQPDSRLRLSQAQG
770 780 790 800 810 820
830 840 850 860 870
pF1KB2 TENVTEHREVAIRCSLESVGSSATLYSVMWY-WNRENSGSKLLVHLQHDGLLEYGEEG--
. .: : :.: ..: . . : .. : :. :. .. . ...:..:. ..:::..
CCDS30 NLSVLETRQVQLECVVLNRTSITSQLMVEWFVWKPNHPERETVARLSRDATFHYGEQAAK
830 840 850 860 870 880
880 890 900 910 920 930
pF1KB2 --LRRHLHCYRSSSTDFVLKLHQVEMEDAGMYWCRVAEWQLHGHPSKWINQASDESQRMV
:. .:: : . : ...: ..:.: : :.: :: : . . : ..: : . . .
CCDS30 NNLKGRLHLESPSPGVYRLFIQNVAVQDSGTYSCHVEEW-LPSPSGMWYKRAEDTAGQTA
890 900 910 920 930 940
940 950 960 970 980 990
pF1KB2 LTVLPSEPTLPSRICSSAPLLYFLFICPFVLLLLLLISLLCLYWKARKLSTLRSNTRKEK
:::. . .:
CCDS30 LTVMRPDASLQVDTVVPNATVSEKAAFQLDCSIVSRSSQDSRFAVAWYSLRTKAGGKRSS
950 960 970 980 990 1000
>>CCDS30814.1 IGSF3 gene_id:3321|Hs108|chr1 (1214 aa)
initn: 1439 init1: 795 opt: 1288 Z-score: 1325.7 bits: 257.1 E(32554): 1.6e-67
Smith-Waterman score: 2148; 37.8% identity (66.8% similar) in 980 aa overlap (10-945:4-973)
10 20 30 40 50
pF1KB2 MAGISYVASFFLLLTKLSI-----GQREVTVQKGPLFRAEGYPVSIGCNVTGHQGPSEQH
:: .:. :.. .::.::::.:::.:.:: ..: :::.:.::::::.
CCDS30 MKCFFPVLSCLAVLGVVSAQRQVTVQEGPLYRTEGSHITIWCNVSGYQGPSEQN
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB2 FQWSVYLPTNPTQEVQIISTKDAAFSYAVYTQRVRSGDVYVERVQGNSVLLHISKLQMKD
::::.:::..: .::::.:: :..: ::.::::::.: ...:::::::.::::. :: .:
CCDS30 FQWSIYLPSSPEREVQIVSTMDSSFPYAIYTQRVRGGKIFIERVQGNSTLLHITDLQARD
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB2 AGEYECHTPNTDEKYYGSYSAKTNLIVIPDTLSATMSSQTLGKEEGEPLALTCEASKATA
:::::::::.::..:.:::::: ::.::::.:..: ::: . : .:: ::::... :
CCDS30 AGEYECHTPSTDKQYFGSYSAKMNLVVIPDSLQTTAMPQTLHRVEQDPLELTCEVASETI
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB2 QHTHLSVTWYLTQDGGGSQATEIISLSKDFILVPGPLYTERFAASDVQLNKLGPTTFRLS
::.::::.: : : : . .:.::::.::.: . :..: . ..:.:.::: :::::.
CCDS30 QHSHLSVAW-LRQKVG-EKPVEVISLSRDFMLHSSSEYAQRQSLGEVRLDKLGRTTFRLT
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB2 IERLQSSDQGQLFCEATEWIQDPDETWMFITKKQTDQTTLRIQPAVKDFQVNI-TADSLF
: .:: ::::...:::.::::::: .:. .:.:... ... .::. :.: : . : :
CCDS30 IFHLQPSDQGEFYCEAAEWIQDPDGSWYAMTRKRSEGAVVNVQPTDKEFTVRLETEKRLH
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB2 AEGKPLELVCLVVSSGRDPQLQGI-WFFNGTEIAHIDAGGVLGLKNDYKERASQGELQVS
. :.:.:. :.. ... . .. : ::.. :: . ..: :.... .: ..:.:.:.
CCDS30 TVGEPVEFRCILEAQNVPDRYFAVSWAFNSSLIATMGPNAVPVLNSEFAHREARGQLKVA
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390
pF1KB2 KLGPKAFSLKIFSLGPEDEGAYRCVVAEVMKTRTGSWQVLQRKQS---------------
: . ..: :::. : :: : : : :.: :: :: . . :.
CCDS30 KESDSVFVLKIYHLRQEDSGKYNCRVTEREKTVTGEFIDKESKRPKNIPIIVLPLTDNWV
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KB2 ---PDSHVHLRKPAARSVV-MSTKNKQQVVWEGETLAFLCK---AGGAESPLSVSWWHIP
:. : : . .: . . . .. .:. ::: : : :. :: .. .:: : .
CCDS30 VKVPQHHQLLSQGHLESSISVEVASNASVILEGEDLRFSCSVRTAGRPQGRFSVIWQLVD
420 430 440 450 460 470
460 470 480 490 500 510
pF1KB2 RDQTQPEFVAGMGQDGIVQLGASYGVPSYHGNTRLEKMDWATFQLEITFTAITDSGTYEC
: :.. . . .:: :: :.:: : :....:... .:.: : . : : :::
CCDS30 R-QNRRSNIMWLDRDGTVQPGSSYWERSSFGGVQMEQVQPNSFSLGIFNSRKEDEGQYEC
480 490 500 510 520 530
520 530 540 550 560
pF1KB2 RVSEKSRNQARDLSWT----QKIS--VTVKSLESSLQVSLMSRQPQVMLTNTFDLSCVVR
.:.: : : : : .. : ... .:: .. :. .:: : : ...:::.:...
CCDS30 HVTEWVR--AVDGEWQIVGERRASTPISITALEMGFAVTAISRTPGVTYSDSFDLQCIIK
540 550 560 570 580
570 580 590 600 610 620
pF1KB2 AGYSDLKVPLTVTWQFQPASSHIFHQLIRITHNGTIEWGNFLSRFQKKTKV--SQSLFRS
: ::..:::.:::... ::.:. .:..: ..::. : :. .: . ..:
CCDS30 PHYPAW-VPVSVTWRFQPVGTVEFHDLVTFTRDGGVQWGDRSSSFRTRTAIEKAESSNNV
590 600 610 620 630 640
630 640 650 660 670 680
pF1KB2 QLLVHDATEEETGVYQCEVEVYDRNSLYNNRPPR-ASAISHPLRIAVTLPESKLKVNSRS
.: . :.. :.: ::: .:.. .: ::: : : :. :.: : : .::.:.. .
CCDS30 RLSISRASDTEAGKYQCVAELWRKN--YNNTWTRLAERTSNLLEIRVLQPVTKLQVSKSK
650 660 670 680 690 700
690 700 710 720 730 740
pF1KB2 QVQELSINSNTDIECSILSRSNGNLQLAIIWYFSPVSTNASWLKILEMDQTNVIKTGDEF
.. : :. ...::. :... : ..:..:: : . : ::. ...... :
CCDS30 RTLTLVENKPIQLNCSVKSQTSQNSHFAVLWYVHKPSDADGKL-ILKTTHNSAFEYGTYA
710 720 730 740 750 760
750 760 770 780 790 800
pF1KB2 HTPQRKQKFHTEK-VSQDLFQLHILNVEDSDRGKYHCAVEEWLLSTNGTWHKLGEKKSGL
. . ... :. :: ::.: . .: :: :.:.: ::::::: : .:.::.:. ::
CCDS30 EEEGLRARLQFERHVSGGLFSLTVQRAEVSDSGSYYCHVEEWLLSPNYAWYKLAEEVSGR
770 780 790 800 810 820
810 820 830 840 850 860
pF1KB2 TELKLKPTGSKVRVSKVYWTENVTEHREVAIRCSLESVGSSATLYSVMWY-WNRENSGSK
::. .: :..:.:.. . .: : :.: ..: . . : .. : :. :. .. .
CCDS30 TEVTVKQPDSRLRLSQAQGNLSVLETRQVQLECVVLNRTSITSQLMVEWFVWKPNHPERE
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