Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3004
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3004, 1050 aa
1>>>pF1KB3004 1050 - 1050 aa - 1050 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.2340+/-0.0011; mu= 8.3746+/- 0.066
mean_var=158.2248+/-32.637, 0's: 0 Z-trim(108.3): 24 B-trim: 419 in 1/49
Lambda= 0.101962
statistics sampled from 10081 (10092) to 10081 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.66), E-opt: 0.2 (0.31), width: 16
Scan time: 4.130
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS10053.1 BUB1B gene_id:701|Hs108|chr15 (1050) 6985 1040.4 0
CCDS62985.1 BUB1 gene_id:699|Hs108|chr2 (1028) 392 70.6 2e-11
CCDS33273.1 BUB1 gene_id:699|Hs108|chr2 (1085) 392 70.6 2.1e-11
>>CCDS10053.1 BUB1B gene_id:701|Hs108|chr15 (1050 aa)
initn: 6985 init1: 6985 opt: 6985 Z-score: 5560.0 bits: 1040.4 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6985; 100.0% identity (100.0% similar) in 1050 aa overlap (1-1050:1-1050)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MAAVKKEGGALSEAMSLEGDEWELSKENVQPLRQGRIMSTLQGALAQESACNNTLQQQKR
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CCDS10 MAAVKKEGGALSEAMSLEGDEWELSKENVQPLRQGRIMSTLQGALAQESACNNTLQQQKR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 AFEYEIRFYTGNDPLDVWDRYISWTEQNYPQGGKESNMSTLLERAVEALQGEKRYYSDPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 AFEYEIRFYTGNDPLDVWDRYISWTEQNYPQGGKESNMSTLLERAVEALQGEKRYYSDPR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 FLNLWLKLGRLCNEPLDMYSYLHNQGIGVSLAQFYISWAEEYEARENFRKADAIFQEGIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 FLNLWLKLGRLCNEPLDMYSYLHNQGIGVSLAQFYISWAEEYEARENFRKADAIFQEGIQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 QKAEPLERLQSQHRQFQARVSRQTLLALEKEEEEEVFESSVPQRSTLAELKSKGKKTARA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 QKAEPLERLQSQHRQFQARVSRQTLLALEKEEEEEVFESSVPQRSTLAELKSKGKKTARA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 PIIRVGGALKAPSQNRGLQNPFPQQMQNNSRITVFDENADEASTAELSKPTVQPWIAPPM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PIIRVGGALKAPSQNRGLQNPFPQQMQNNSRITVFDENADEASTAELSKPTVQPWIAPPM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 PRAKENELQAGPWNTGRSLEHRPRGNTASLIAVPAVLPSFTPYVEETARQPVMTPCKIEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PRAKENELQAGPWNTGRSLEHRPRGNTASLIAVPAVLPSFTPYVEETARQPVMTPCKIEP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 SINHILSTRKPGKEEGDPLQRVQSHQQASEEKKEKMMYCKEKIYAGVGEFSFEEIRAEVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SINHILSTRKPGKEEGDPLQRVQSHQQASEEKKEKMMYCKEKIYAGVGEFSFEEIRAEVF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 RKKLKEQREAELLTSAEKRAEMQKQIEEMEKKLKEIQTTQQERTGDQQEETMPTKETTKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 RKKLKEQREAELLTSAEKRAEMQKQIEEMEKKLKEIQTTQQERTGDQQEETMPTKETTKL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 QIASESQKIPGMTLSSSVCQVNCCARETSLAENIWQEQPHSKGPSVPFSIFDEFLLSEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 QIASESQKIPGMTLSSSVCQVNCCARETSLAENIWQEQPHSKGPSVPFSIFDEFLLSEKK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 NKSPPADPPRVLAQRRPLAVLKTSESITSNEDVSPDVCDEFTGIEPLSEDAIITGFRNVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 NKSPPADPPRVLAQRRPLAVLKTSESITSNEDVSPDVCDEFTGIEPLSEDAIITGFRNVT
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 ICPNPEDTCDFARAARFVSTPFHEIMSLKDLPSDPERLLPEEDLDVKTSEDQQTACGTIY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ICPNPEDTCDFARAARFVSTPFHEIMSLKDLPSDPERLLPEEDLDVKTSEDQQTACGTIY
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 SQTLSIKKLSPIIEDSREATHSSGFSGSSASVASTSSIKCLQIPEKLELTNETSENPTQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SQTLSIKKLSPIIEDSREATHSSGFSGSSASVASTSSIKCLQIPEKLELTNETSENPTQS
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 PWCSQYRRQLLKSLPELSASAELCIEDRPMPKLEIEKEIELGNEDYCIKREYLICEDYKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PWCSQYRRQLLKSLPELSASAELCIEDRPMPKLEIEKEIELGNEDYCIKREYLICEDYKL
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 FWVAPRNSAELTVIKVSSQPVPWDFYINLKLKERLNEDFDHFCSCYQYQDGCIVWHQYIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 FWVAPRNSAELTVIKVSSQPVPWDFYINLKLKERLNEDFDHFCSCYQYQDGCIVWHQYIN
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 CFTLQDLLQHSEYITHEITVLIIYNLLTIVEMLHKAEIVHGDLSPRCLILRNRIHDPYDC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 CFTLQDLLQHSEYITHEITVLIIYNLLTIVEMLHKAEIVHGDLSPRCLILRNRIHDPYDC
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB3 NKNNQALKIVDFSYSVDLRVQLDVFTLSGFRTVQILEGQKILANCSSPYQVDLFGIADLA
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CCDS10 NKNNQALKIVDFSYSVDLRVQLDVFTLSGFRTVQILEGQKILANCSSPYQVDLFGIADLA
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB3 HLLLFKEHLQVFWDGSFWKLSQNISELKDGELWNKFFVRILNANDEATVSVLGELAAEMN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 HLLLFKEHLQVFWDGSFWKLSQNISELKDGELWNKFFVRILNANDEATVSVLGELAAEMN
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050
pF1KB3 GVFDTTFQSHLNKALWKVGKLTSPGALLFQ
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GVFDTTFQSHLNKALWKVGKLTSPGALLFQ
1030 1040 1050
>>CCDS62985.1 BUB1 gene_id:699|Hs108|chr2 (1028 aa)
initn: 778 init1: 276 opt: 392 Z-score: 318.7 bits: 70.6 E(32554): 2e-11
Smith-Waterman score: 537; 22.7% identity (51.7% similar) in 1088 aa overlap (53-1033:6-1008)
30 40 50 60 70 80
pF1KB3 ELSKENVQPLRQGRIMSTLQGALAQESACNNTLQQQKRAFEYEIRFYTGNDPLDVWDRYI
:.::. .: ... : ::::: :.:::
CCDS62 MDTPENVLQM----LEAHMQSYKGNDPLGEWERYI
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KB3 SWTEQNYPQGGKESNMSTLLERAVEALQGEKRYYSDPRFLNLWLKLGRLCNEPLDMYSYL
.:.:.:.:.. :: . ::::. .. . .:.:..::::.. ::... .. ... .:
CCDS62 QWVEENFPEN-KEY-LITLLEHLMKEFLDKKKYHNDPRFISYCLKFAEYNSDLHQFFEFL
40 50 60 70 80
150 160 170 180 190 200
pF1KB3 HNQGIGVSLAQFYISWAEEYEARENFRKADAIFQEGIQQKAEPLERLQSQHRQFQARVSR
.:.:::. . .::.:: . ::. ....:.:..:.:::..::: : ::.:.: ::.:...
CCDS62 YNHGIGTLSSPLYIAWAGHLEAQGELQHASAVLQRGIQNQAEPREFLQQQYRLFQTRLTE
90 100 110 120 130 140
210 220 230 240 250
pF1KB3 QTLLALEKEEEE----EVFESSVPQRST----LAELKSKGKKTARAPIIRVGGALKAPSQ
: : . : .:... . ..:. .: . ::.. . . .: . .. .
CCDS62 THLPAQARTSEPLHNVQVLNQMITSKSNPGNNMACI-SKNQGSELSGVISSACDKESNME
150 160 170 180 190 200
260 270 280 290
pF1KB3 NRGL---QNPFPQQMQNNSRITVFD----------ENADEASTAELSKPTV------QPW
: . .. . . . :.. : . .. .: : :: . :
CCDS62 RRVITISKSEYSVHSSLASKVDVEQVVMYCKEKLIRGESEFSFEELRAQKYNQRRKHEQW
210 220 230 240 250 260
300 310 320 330 340
pF1KB3 IAPP---MPRAKENELQAGPWNTGRSLEHRPRGNTA--SLIAVPA------VLPS-FTPY
. : : . : .. . . :. ... : .:: : :. . :
CCDS62 VNEDRHYMKRKEANAFEEQLLKQKMDELHKKLHQVVETSHEDLPASQERSEVNPARMGPS
270 280 290 300 310 320
350 360 370 380 390
pF1KB3 VEETARQPVMTPCKIEPSINHILSTRKPGKEEGD---PLQRVQSHQQASEEKKEKM---M
: ..: . .:: . .. .: .: :: . : .: .... .
CCDS62 V--GSQQELRAPCLPVTYQQTPVNMEKNPREAPPVVPPLANAISAALVSPATSQSIAPPV
330 340 350 360 370 380
400 410 420 430 440 450
pF1KB3 YCKEKIYAGVGEFSFEEIRAEVFRK---KLKEQREAELLTSAE--KRAEMQKQIEEMEKK
: . . . :. : : ..: : ::. . : : :. .. . .
CCDS62 PLKAQTVTD-SMFAVASKDAGCVNKSTHEFKPQSGAEIKEGCETHKVANTSSFHTTPNTS
390 400 410 420 430 440
460 470 480 490 500
pF1KB3 LKEIQTTQQERTGDQQEETMPTKETTKLQIAS-ESQKIPGMTLSSSVCQV---NCCARET
: .:.: .. : :. :::. . . .. .: .. ... : : : :.
CCDS62 LGMVQATPSKV---QPSPTVHTKEALGFIMNMFQAPTLPDISDDKDEWQSLDQNEDAFEA
450 460 470 480 490 500
510 520 530 540 550 560
pF1KB3 SLAENI-----WQEQPHSKGPSVPFSIFDEFLLSEKKNKSPPADPPRVLAQRRPLAVLKT
.. .:. : . .. : : .:.. ..:.: . : :. .: ..
CCDS62 QFQKNVRSSGAWGVNKIISSLSSAFHVFED---GNKENYGLP--QPK----NKPTGARTF
510 520 530 540 550
570 580 590 600 610 620
pF1KB3 SESITSNEDVSPDVCDEFTGIEPLSEDAIITGFR-NVTICPNPEDTCDFARAARFVSTPF
.: .: .: .: : . .:. . :.: : :. :.:.. ::. ::...::::
CCDS62 GERSVSRLPSKPK--EEVPHAEEFLDDSTVWGIRCNKTLAPSPKSPGDFTSAAQLASTPF
560 570 580 590 600 610
630 640 650 660
pF1KB3 HE-----IMSLKD-------------LPSDPERLL-PEED---LDVKTSEDQQTACGTIY
:. . :.: : : : .. : .: .. . .:. . .:
CCDS62 HKLPVESVHILEDKENVVAKQCTQATLDSCEENMVVPSRDGKFSPIQEKSPKQALSSHMY
620 630 640 650 660 670
670 680 690 700 710
pF1KB3 SQTLSIKKLSP-----IIEDSREATHSSGFSGSSASVAST--SSIKCLQIPEKLELTNE-
: .: .. .: . ... .... .. ..:..: ..: :: : .....
CCDS62 SASL-LRLSQPAAGGVLTCEAELGVEACRLTDTDAAIAEDPPDAIAGLQA-EWMQMSSLG
680 690 700 710 720
720 730 740 750 760
pF1KB3 TSENPT---QSPWCSQYRRQLLKSLPELSASAELCIEDR-PMPKLEIEKEIELGNEDYCI
: . :. .:: .. .::..: . .: .: . .: .. . :..::.. .
CCDS62 TVDAPNFIVGNPWDDKLIFKLLSGLSKPVSSYPNTFEWQCKLPAIKPKTEFQLGSK--LV
730 740 750 760 770 780
770 780 790 800 810 820
pF1KB3 KREYLICED-YKLFWVAPR---NSA---ELTVIKVSSQPVPWDFYINLKLKERLNEDFDH
..:. : . . : . :.: . :.::.. ::.:::. .: :::. ...:
CCDS62 YVHHLLGEGAFAQVYEATQGDLNDAKNKQKFVLKVQKPANPWEFYIGTQLMERLKPSMQH
790 800 810 820 830 840
830 840 850 860 870 880
pF1KB3 FCSCYQYQDGCIVWHQYINCFTLQDLLQHSEYITHEITVLIIYNLLTIVEMLHKAEIVHG
. ... .. . :.:.. .. :. :. :... .
CCDS62 M---------------FMKFYSAH-LFQNGSVLVGEL-----YSYGTLLDD-------ED
850 860 870
890 900 910 920 930
pF1KB3 DLSPRCLILRNRIHDPYDCNKNNQALKIVDFSYSVDLRV--QLDVFT----LSGFRTVQI
::: .: ..:.. :.:... . .:: :::. :.
CCDS62 DLSA--------------------GLALIDLGQSIDMKLFPKGTIFTAKCETSGFQCVE-
880 890 900 910
940 950 960 970 980 990
pF1KB3 LEGQKILANCSSPYQVDLFGIADLAHLLLFKEHLQVFWDGSFWKLSQNISELKDGELWNK
.:.: ::.: ::.: .. .:: ...: .:. : . .: ..::.
CCDS62 -----MLSNKPWNYQIDYFGVAATVYCMLFGTYMKVKNEGGECKPEGLFRRLPHLDMWNE
920 930 940 950 960 970
1000 1010 1020 1030 1040 1050
pF1KB3 FFVRILNANDEATVSVLGELAAEMNGVFDTTFQSHLNKALWKVGKLTSPGALLFQ
:: .:: : . : : ... ::. : . ::
CCDS62 FFHVMLNIPDCHHLPSLDLLRQKLKKVFQ---QHYTNKIRALRNRLIVLLLECKRSRK
980 990 1000 1010 1020
>>CCDS33273.1 BUB1 gene_id:699|Hs108|chr2 (1085 aa)
initn: 848 init1: 276 opt: 392 Z-score: 318.4 bits: 70.6 E(32554): 2.1e-11
Smith-Waterman score: 666; 23.3% identity (54.0% similar) in 1058 aa overlap (53-994:6-1029)
30 40 50 60 70 80
pF1KB3 ELSKENVQPLRQGRIMSTLQGALAQESACNNTLQQQKRAFEYEIRFYTGNDPLDVWDRYI
:.::. .: ... : ::::: :.:::
CCDS33 MDTPENVLQM----LEAHMQSYKGNDPLGEWERYI
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KB3 SWTEQNYPQGGKESNMSTLLERAVEALQGEKRYYSDPRFLNLWLKLGRLCNEPLDMYSYL
.:.:.:.:.. :: . ::::. .. . .:.:..::::.. ::... .. ... .:
CCDS33 QWVEENFPEN-KEY-LITLLEHLMKEFLDKKKYHNDPRFISYCLKFAEYNSDLHQFFEFL
40 50 60 70 80
150 160 170 180 190 200
pF1KB3 HNQGIGVSLAQFYISWAEEYEARENFRKADAIFQEGIQQKAEPLERLQSQHRQFQARVSR
.:.:::. . .::.:: . ::. ....:.:..:.:::..::: : ::.:.: ::.:...
CCDS33 YNHGIGTLSSPLYIAWAGHLEAQGELQHASAVLQRGIQNQAEPREFLQQQYRLFQTRLTE
90 100 110 120 130 140
210 220 230 240 250
pF1KB3 QTLLALEKEEEE----EVFESSVPQRST----LAELKSKGKKTARAPIIRVGGALKAPSQ
: : . : .:... . ..:. .: . ::.. . . .: . .. .
CCDS33 THLPAQARTSEPLHNVQVLNQMITSKSNPGNNMACI-SKNQGSELSGVISSACDKESNME
150 160 170 180 190 200
260 270 280 290
pF1KB3 NRGL---QNPFPQQMQNNSRITVFD----------ENADEASTAELSKPTV------QPW
: . .. . . . :.. : . .. .: : :: . :
CCDS33 RRVITISKSEYSVHSSLASKVDVEQVVMYCKEKLIRGESEFSFEELRAQKYNQRRKHEQW
210 220 230 240 250 260
300 310 320 330 340
pF1KB3 IAPP---MPRAKENELQAGPWNTGRSLEHRPRGNTA--SLIAVPA------VLPS-FTPY
. : : . : .. . . :. ... : .:: : :. . :
CCDS33 VNEDRHYMKRKEANAFEEQLLKQKMDELHKKLHQVVETSHEDLPASQERSEVNPARMGPS
270 280 290 300 310 320
350 360 370 380 390
pF1KB3 VEETARQPVMTPCKIEPSINHILSTRKPGKEEGD---PLQRVQSHQQASEEKKEKM---M
: ..: . .:: . .. .: .: :: . : .: .... .
CCDS33 V--GSQQELRAPCLPVTYQQTPVNMEKNPREAPPVVPPLANAISAALVSPATSQSIAPPV
330 340 350 360 370 380
400 410 420 430 440 450
pF1KB3 YCKEKIYAGVGEFSFEEIRAEVFRK---KLKEQREAELLTSAE--KRAEMQKQIEEMEKK
: . . . :. : : ..: : ::. . : : :. .. . .
CCDS33 PLKAQTVTD-SMFAVASKDAGCVNKSTHEFKPQSGAEIKEGCETHKVANTSSFHTTPNTS
390 400 410 420 430 440
460 470 480 490 500
pF1KB3 LKEIQTTQQERTGDQQEETMPTKETTKLQIAS-ESQKIPGMTLSSSVCQV---NCCARET
: .:.: .. : :. :::. . . .. .: .. ... : : : :.
CCDS33 LGMVQATPSKV---QPSPTVHTKEALGFIMNMFQAPTLPDISDDKDEWQSLDQNEDAFEA
450 460 470 480 490 500
510 520 530 540 550 560
pF1KB3 SLAENI-----WQEQPHSKGPSVPFSIFDEFLLSEKKNKSPPADPPRVLAQRRPLAVLKT
.. .:. : . .. : : .:.. ..:.: . : :. .: ..
CCDS33 QFQKNVRSSGAWGVNKIISSLSSAFHVFED---GNKENYGLP--QPK----NKPTGARTF
510 520 530 540 550
570 580 590 600 610 620
pF1KB3 SESITSNEDVSPDVCDEFTGIEPLSEDAIITGFR-NVTICPNPEDTCDFARAARFVSTPF
.: .: .: .: : . .:. . :.: : :. :.:.. ::. ::...::::
CCDS33 GERSVSRLPSKPK--EEVPHAEEFLDDSTVWGIRCNKTLAPSPKSPGDFTSAAQLASTPF
560 570 580 590 600 610
630 640 650 660
pF1KB3 HE-----IMSLKD-------------LPSDPERLL-PEED---LDVKTSEDQQTACGTIY
:. . :.: : : : .. : .: .. . .:. . .:
CCDS33 HKLPVESVHILEDKENVVAKQCTQATLDSCEENMVVPSRDGKFSPIQEKSPKQALSSHMY
620 630 640 650 660 670
670 680 690 700 710
pF1KB3 SQTLSIKKLSP-----IIEDSREATHSSGFSGSSASVAST--SSIKCLQIPEKLELTNE-
: .: .. .: . ... .... .. ..:..: ..: :: : .....
CCDS33 SASL-LRLSQPAAGGVLTCEAELGVEACRLTDTDAAIAEDPPDAIAGLQA-EWMQMSSLG
680 690 700 710 720
720 730 740 750 760
pF1KB3 TSENPT---QSPWCSQYRRQLLKSLPELSASAELCIEDR-PMPKLEIEKEIELGNEDYCI
: . :. .:: .. .::..: . .: .: . .: .. . :..::.. .
CCDS33 TVDAPNFIVGNPWDDKLIFKLLSGLSKPVSSYPNTFEWQCKLPAIKPKTEFQLGSK--LV
730 740 750 760 770 780
770 780 790 800 810 820
pF1KB3 KREYLICED-YKLFWVAPR---NSA---ELTVIKVSSQPVPWDFYINLKLKERLNEDFDH
..:. : . . : . :.: . :.::.. ::.:::. .: :::. ...:
CCDS33 YVHHLLGEGAFAQVYEATQGDLNDAKNKQKFVLKVQKPANPWEFYIGTQLMERLKPSMQH
790 800 810 820 830 840
830 840 850 860 870
pF1KB3 ----FCSCYQYQDGCIV---WHQYINCFTLQDLLQHS--EYITHEITVLIIYNLLTIVEM
: : . .:.: .. ..: . .. .: ... . . . ... . . .: ..:.
CCDS33 MFMKFYSAHLFQNGSVLVGELYSYGTLLNAINLYKNTPEKVMPQGLVISFAMRMLYMIEQ
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