Result of FASTA (omim) for
pF1KB3008
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3008, 822 aa
1>>>pF1KB3008 822 - 822 aa - 822 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.0393+/-0.000405; mu= -3.6574+/- 0.026
mean_var=366.5282+/-75.329, 0's: 0 Z-trim(122.6): 23 B-trim: 38 in 1/60
Lambda= 0.066992
statistics sampled from 41078 (41103) to 41078 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.763), E-opt: 0.2 (0.482), width: 16
Scan time: 15.680
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_004438 (OMIM: 600206,615974) epidermal growth f ( 822) 5525 548.4 4.7e-155
XP_011518907 (OMIM: 600206,615974) PREDICTED: epid ( 842) 5525 548.4 4.7e-155
NP_073609 (OMIM: 614988) epidermal growth factor r ( 715) 1384 148.2 1.3e-34
XP_016873619 (OMIM: 614988) PREDICTED: epidermal g ( 715) 1384 148.2 1.3e-34
XP_016873621 (OMIM: 614988) PREDICTED: epidermal g ( 715) 1384 148.2 1.3e-34
XP_016873620 (OMIM: 614988) PREDICTED: epidermal g ( 715) 1384 148.2 1.3e-34
NP_078802 (OMIM: 614989) epidermal growth factor r ( 563) 731 85.0 1.1e-15
XP_016857818 (OMIM: 614989) PREDICTED: epidermal g ( 564) 731 85.0 1.1e-15
NP_001306881 (OMIM: 614989) epidermal growth facto ( 530) 667 78.7 7.3e-14
XP_016857817 (OMIM: 614989) PREDICTED: epidermal g ( 572) 664 78.5 9.5e-14
XP_016857816 (OMIM: 614989) PREDICTED: epidermal g ( 575) 664 78.5 9.5e-14
XP_011540435 (OMIM: 614989) PREDICTED: epidermal g ( 601) 664 78.5 9.8e-14
XP_011540434 (OMIM: 614989) PREDICTED: epidermal g ( 602) 664 78.5 9.9e-14
NP_620641 (OMIM: 614989) epidermal growth factor r ( 594) 646 76.8 3.3e-13
XP_011525354 (OMIM: 614987) PREDICTED: epidermal g ( 466) 616 73.8 2e-12
XP_011525353 (OMIM: 614987) PREDICTED: epidermal g ( 474) 616 73.8 2.1e-12
NP_060199 (OMIM: 614987) epidermal growth factor r ( 596) 616 73.9 2.4e-12
NP_573441 (OMIM: 614987) epidermal growth factor r ( 723) 616 73.9 2.8e-12
XP_011525352 (OMIM: 614987) PREDICTED: epidermal g ( 628) 614 73.7 2.9e-12
XP_005259077 (OMIM: 614987) PREDICTED: epidermal g ( 755) 614 73.8 3.3e-12
NP_573444 (OMIM: 614989) epidermal growth factor r ( 593) 605 72.8 5.1e-12
XP_011540437 (OMIM: 614989) PREDICTED: epidermal g ( 538) 600 72.3 6.6e-12
XP_011540436 (OMIM: 614989) PREDICTED: epidermal g ( 568) 600 72.3 6.9e-12
>>NP_004438 (OMIM: 600206,615974) epidermal growth facto (822 aa)
initn: 5525 init1: 5525 opt: 5525 Z-score: 2904.8 bits: 548.4 E(85289): 4.7e-155
Smith-Waterman score: 5525; 100.0% identity (100.0% similar) in 822 aa overlap (1-822:1-822)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MNGHISNHPSSFGMYPSQMNGYGSSPTFSQTDREHGSKTSAKALYEQRKNYARDSVSSVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 MNGHISNHPSSFGMYPSQMNGYGSSPTFSQTDREHGSKTSAKALYEQRKNYARDSVSSVS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 DISQYRVEHLTTFVLDRKDAMITVDDGIRKLKLLDAKGKVWTQDMILQVDDRAVSLIDLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 DISQYRVEHLTTFVLDRKDAMITVDDGIRKLKLLDAKGKVWTQDMILQVDDRAVSLIDLE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 SKNELENFPLNTIQHCQAVMHSCSYDSVLALVCKEPTQNKPDLHLFQCDEVKANLISEDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SKNELENFPLNTIQHCQAVMHSCSYDSVLALVCKEPTQNKPDLHLFQCDEVKANLISEDI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 ESAISDSKGGKQKRRPDALRMISNADPSIPPPPRAPAPAPPGTVTQVDVRSRVAAWSAWA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 ESAISDSKGGKQKRRPDALRMISNADPSIPPPPRAPAPAPPGTVTQVDVRSRVAAWSAWA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 ADQGDFEKPRQYHEQEETPEMMAARIDRDVQILNHILDDIEFFITKLQKAAEAFSELSKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 ADQGDFEKPRQYHEQEETPEMMAARIDRDVQILNHILDDIEFFITKLQKAAEAFSELSKR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 KKNKKGKRKGPGEGVLTLRAKPPPPDEFLDCFQKFKHGFNLLAKLKSHIQNPSAADLVHF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 KKNKKGKRKGPGEGVLTLRAKPPPPDEFLDCFQKFKHGFNLLAKLKSHIQNPSAADLVHF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 LFTPLNMVVQATGGPELASSVLSPLLNKDTIDFLNYTVNGDERQLWMSLGGTWMKARAEW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LFTPLNMVVQATGGPELASSVLSPLLNKDTIDFLNYTVNGDERQLWMSLGGTWMKARAEW
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 PKEQFIPPYVPRFRNGWEPPMLNFMGATMEQDLYQLAESVANVAEHQRKQEIKRLSTEHS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PKEQFIPPYVPRFRNGWEPPMLNFMGATMEQDLYQLAESVANVAEHQRKQEIKRLSTEHS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 SVSEYHPADGYAFSSNIYTRGSHLDQGEAAVAFKPTSNRHIDRNYEPLKTQPKKYAKSKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SVSEYHPADGYAFSSNIYTRGSHLDQGEAAVAFKPTSNRHIDRNYEPLKTQPKKYAKSKY
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 DFVARNNSELSVLKDDILEILDDRKQWWKVRNASGDSGFVPNNILDIVRPPESGLGRADP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 DFVARNNSELSVLKDDILEILDDRKQWWKVRNASGDSGFVPNNILDIVRPPESGLGRADP
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 PYTHTIQKQRMEYGPRPADTPPAPSPPPTPAPVPVPLPPSTPAPVPVSKVPANITRQNSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PYTHTIQKQRMEYGPRPADTPPAPSPPPTPAPVPVPLPPSTPAPVPVSKVPANITRQNSS
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 SSDSGGSIVRDSQRHKQLPVDRRKSQMEEVQDELIHRLTIGRSAAQKKFHVPRQNVPVIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SSDSGGSIVRDSQRHKQLPVDRRKSQMEEVQDELIHRLTIGRSAAQKKFHVPRQNVPVIN
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 ITYDSTPEDVKTWLQSKGFNPVTVNSLGVLNGAQLFSLNKDELRTVCPEGARVYSQITVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 ITYDSTPEDVKTWLQSKGFNPVTVNSLGVLNGAQLFSLNKDELRTVCPEGARVYSQITVQ
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820
pF1KB3 KAALEDSSGSSELQEIMRRRQEKISAAASDSGVESFDEGSSH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 KAALEDSSGSSELQEIMRRRQEKISAAASDSGVESFDEGSSH
790 800 810 820
>>XP_011518907 (OMIM: 600206,615974) PREDICTED: epiderma (842 aa)
initn: 5525 init1: 5525 opt: 5525 Z-score: 2904.6 bits: 548.4 E(85289): 4.7e-155
Smith-Waterman score: 5525; 100.0% identity (100.0% similar) in 822 aa overlap (1-822:21-842)
10 20 30 40
pF1KB3 MNGHISNHPSSFGMYPSQMNGYGSSPTFSQTDREHGSKTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MSSVGHISVPGIPNTQVKDTMNGHISNHPSSFGMYPSQMNGYGSSPTFSQTDREHGSKTS
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 AKALYEQRKNYARDSVSSVSDISQYRVEHLTTFVLDRKDAMITVDDGIRKLKLLDAKGKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AKALYEQRKNYARDSVSSVSDISQYRVEHLTTFVLDRKDAMITVDDGIRKLKLLDAKGKV
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 WTQDMILQVDDRAVSLIDLESKNELENFPLNTIQHCQAVMHSCSYDSVLALVCKEPTQNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 WTQDMILQVDDRAVSLIDLESKNELENFPLNTIQHCQAVMHSCSYDSVLALVCKEPTQNK
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 PDLHLFQCDEVKANLISEDIESAISDSKGGKQKRRPDALRMISNADPSIPPPPRAPAPAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PDLHLFQCDEVKANLISEDIESAISDSKGGKQKRRPDALRMISNADPSIPPPPRAPAPAP
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 PGTVTQVDVRSRVAAWSAWAADQGDFEKPRQYHEQEETPEMMAARIDRDVQILNHILDDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PGTVTQVDVRSRVAAWSAWAADQGDFEKPRQYHEQEETPEMMAARIDRDVQILNHILDDI
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 EFFITKLQKAAEAFSELSKRKKNKKGKRKGPGEGVLTLRAKPPPPDEFLDCFQKFKHGFN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EFFITKLQKAAEAFSELSKRKKNKKGKRKGPGEGVLTLRAKPPPPDEFLDCFQKFKHGFN
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 LLAKLKSHIQNPSAADLVHFLFTPLNMVVQATGGPELASSVLSPLLNKDTIDFLNYTVNG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LLAKLKSHIQNPSAADLVHFLFTPLNMVVQATGGPELASSVLSPLLNKDTIDFLNYTVNG
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 DERQLWMSLGGTWMKARAEWPKEQFIPPYVPRFRNGWEPPMLNFMGATMEQDLYQLAESV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DERQLWMSLGGTWMKARAEWPKEQFIPPYVPRFRNGWEPPMLNFMGATMEQDLYQLAESV
430 440 450 460 470 480
470 480 490 500 510 520
pF1KB3 ANVAEHQRKQEIKRLSTEHSSVSEYHPADGYAFSSNIYTRGSHLDQGEAAVAFKPTSNRH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ANVAEHQRKQEIKRLSTEHSSVSEYHPADGYAFSSNIYTRGSHLDQGEAAVAFKPTSNRH
490 500 510 520 530 540
530 540 550 560 570 580
pF1KB3 IDRNYEPLKTQPKKYAKSKYDFVARNNSELSVLKDDILEILDDRKQWWKVRNASGDSGFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IDRNYEPLKTQPKKYAKSKYDFVARNNSELSVLKDDILEILDDRKQWWKVRNASGDSGFV
550 560 570 580 590 600
590 600 610 620 630 640
pF1KB3 PNNILDIVRPPESGLGRADPPYTHTIQKQRMEYGPRPADTPPAPSPPPTPAPVPVPLPPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PNNILDIVRPPESGLGRADPPYTHTIQKQRMEYGPRPADTPPAPSPPPTPAPVPVPLPPS
610 620 630 640 650 660
650 660 670 680 690 700
pF1KB3 TPAPVPVSKVPANITRQNSSSSDSGGSIVRDSQRHKQLPVDRRKSQMEEVQDELIHRLTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TPAPVPVSKVPANITRQNSSSSDSGGSIVRDSQRHKQLPVDRRKSQMEEVQDELIHRLTI
670 680 690 700 710 720
710 720 730 740 750 760
pF1KB3 GRSAAQKKFHVPRQNVPVINITYDSTPEDVKTWLQSKGFNPVTVNSLGVLNGAQLFSLNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GRSAAQKKFHVPRQNVPVINITYDSTPEDVKTWLQSKGFNPVTVNSLGVLNGAQLFSLNK
730 740 750 760 770 780
770 780 790 800 810 820
pF1KB3 DELRTVCPEGARVYSQITVQKAALEDSSGSSELQEIMRRRQEKISAAASDSGVESFDEGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DELRTVCPEGARVYSQITVQKAALEDSSGSSELQEIMRRRQEKISAAASDSGVESFDEGS
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 SH
::
XP_011 SH
>>NP_073609 (OMIM: 614988) epidermal growth factor recep (715 aa)
initn: 1928 init1: 778 opt: 1384 Z-score: 742.6 bits: 148.2 E(85289): 1.3e-34
Smith-Waterman score: 1918; 42.8% identity (68.5% similar) in 796 aa overlap (17-799:2-703)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MNGHISNHPSSFGMYPSQMNGYGSSP--TFSQTDREHG-SKTSAKALYEQRKNYARDSVS
:: .. . : : .. : : .: : : :.::::.:. ..:
NP_073 MSQSGAVSCCPGATNGSLGRSDGVAKMSPKDLFEQRKKYSNSNVI
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 SVSDISQYRVEHLTTFVLDRKDAMITVDDGIRKLKLLDAKGKVWTQDMILQVDDRAVSLI
. . :::.:.::.::..:...:. .:::.:::: :..: :.:::.:.:::.:... :.
NP_073 -MHETSQYHVQHLATFIMDKSEAITSVDDAIRKLVQLSSKEKIWTQEMLLQVNDQSLRLL
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 DLESKNELENFPLNTIQHCQAVMHSCSYDSVLALVCKEPTQNKPDLHLFQCDEVKANLIS
:.::..:::.::: :.:. :.:... : ::: :::.. :.:::.:.:.::::.:.:.
NP_073 DIESQEELEDFPLPTVQRSQTVLNQLRYPSVLLLVCQDSEQSKPDVHFFHCDEVEAELVH
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 EDIESAISDSKGGKQKRRPDALRMISNA---DPSIPPPPRAPAPAP---PGTVTQVDVRS
::::::..: . :: : ::..:. .. :: :::..::: : : . ....
NP_073 EDIESALADCRLGK-KMRPQTLKGHQEKIRQRQSILPPPQGPAPIPFQHRGGDSP-EAKN
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280
pF1KB3 RVAAWSAWAADQGDFEKP--RQYHEQEETPEMMAARIDRDVQILNHILDDIEFFITKLQK
::. : . .: :. . ::: ..: .:....:::: :::::.:...:::
NP_073 RVGP-------QVPLSEPGFRRRESQEEPRAVLAQKIEKETQILNCALDDIEWFVARLQK
230 240 250 260 270
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 AAEAFSELSKRKKNKKGKRKGPGEGVLTLRAKPPPPDEFLDCFQKFKHGFNLLAKLKSHI
:::::..:..:::.:: .:.:.::::::::.:: ::.:::::.: ..::::::..::
NP_073 AAEAFKQLNQRKKGKKKGKKAPAEGVLTLRARPPSEGEFIDCFQKIKLAINLLAKLQKHI
280 290 300 310 320 330
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 QNPSAADLVHFLFTPLNMVVQATGGPELASSVLSPLLNKDTIDFLNYTVNGDERQLWMSL
::::::.:::::: ::...:.. .::..: :: :::..:..::: . : .:: ::
NP_073 QNPSAAELVHFLFGPLDLIVNTCSGPDIARSVSCPLLSRDAVDFLRGHLVPKEMSLWESL
340 350 360 370 380 390
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 GGTWMKARAEWPKEQFIPPYVPRFRNGWEPPMLNFMGATMEQDLYQLAESVANVAEHQRK
: .::. :.:::.: .: :::.:..:::::. .. : : . :: . . . .
NP_073 GESWMRPRSEWPREPQVPLYVPKFHSGWEPPVDVLQEAPWEVE--GLASAPIEEVSPVSR
400 410 420 430 440 450
470 480 490 500 510 520
pF1KB3 QEIKRLSTEHSSVSEYHPADGYAFSSNIYTRGSHLDQGEAAVAFKPTSNRHIDRNYEPLK
: : : : .:: .:: : :. :. :.:. : :.:.:
NP_073 QSI-RNSQKHSPTSEPTP------------------PGD---ALPPVSSPHTHRGYQPTP
460 470 480 490
530 540 550 560 570 580
pF1KB3 TQPKKYAKSKYDFVARNNSELSVLKDDILEILDDRKQWWKVRNASGDSGFVPNNILDIVR
.. : :.: :::.::: .:::::::..::.:.: .::::.:. ::..:.:: ::: .:
NP_073 AMAK-YVKILYDFTARNANELSVLKDEVLEVLEDGRQWWKLRSRSGQAGYVPCNILGEAR
500 510 520 530 540 550
590 600 610 620 630 640
pF1KB3 PPESGLGRADPPYTHTIQKQRMEYGPRPADTPPAPSPPPTPAPVPVPLPPSTPAPVPVSK
: ..: :. .. :: .:: :: :::: :
NP_073 PEDAG-----APFEQAGQKY---WGP----------ASPTHK-----LPPSFP-------
560 570 580
650 660 670 680 690 700
pF1KB3 VPANITRQNSSSSDSGGSIVRDSQRHKQLPVDRRKSQMEEVQDELIHRLTIGRSAAQKKF
:.. :. ..:.::.::::.... :. :..:
NP_073 ---------------GNK-------------DELMQHMDEVNDELIRKISNIRAQPQRHF
590 600 610
710 720 730 740 750 760
pF1KB3 HVPRQNVPVIN-ITYDSTPEDVKTWLQSKGFNPVTVNSLGVLNGAQLFSLNKDELRTVC-
.: :.. :: . .::.: :..:..::..:.:.: :..::.:.: :::::::.::. ::
NP_073 RVERSQ-PVSQPLTYESGPDEVRAWLEAKAFSPRIVENLGILTGPQLFSLNKEELKKVCG
620 630 640 650 660 670
770 780 790 800 810 820
pF1KB3 PEGARVYSQITVQKAALEDSSGSSELQEIMRRRQEKISAAASDSGVESFDEGSSH
::.:::::.:.::: :: ....:::.:.: .
NP_073 EEGVRVYSQLTMQKAFLEKQQSGSELEELMNKFHSMNQRRGEDS
680 690 700 710
>>XP_016873619 (OMIM: 614988) PREDICTED: epidermal growt (715 aa)
initn: 1928 init1: 778 opt: 1384 Z-score: 742.6 bits: 148.2 E(85289): 1.3e-34
Smith-Waterman score: 1918; 42.8% identity (68.5% similar) in 796 aa overlap (17-799:2-703)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MNGHISNHPSSFGMYPSQMNGYGSSP--TFSQTDREHG-SKTSAKALYEQRKNYARDSVS
:: .. . : : .. : : .: : : :.::::.:. ..:
XP_016 MSQSGAVSCCPGATNGSLGRSDGVAKMSPKDLFEQRKKYSNSNVI
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 SVSDISQYRVEHLTTFVLDRKDAMITVDDGIRKLKLLDAKGKVWTQDMILQVDDRAVSLI
. . :::.:.::.::..:...:. .:::.:::: :..: :.:::.:.:::.:... :.
XP_016 -MHETSQYHVQHLATFIMDKSEAITSVDDAIRKLVQLSSKEKIWTQEMLLQVNDQSLRLL
50 60 70 80 90 100
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. .. . ::.. . ::. :. :: :: ..:::.: :::.:. :
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. ... :: .:::.:: ::... ::..:.::::. .:..:. .. : .::
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:.:: .: .::.: .. .: : : : . :. :
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: .:: . :.: ::: ::.:.. . ::.:: :.:: :.: .: ::..:.:::.
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..: : .:
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]