FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB3024, 1352 aa 1>>>pF1KB3024 1352 - 1352 aa - 1352 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.0782+/-0.000566; mu= 0.7790+/- 0.035 mean_var=745.5216+/-167.238, 0's: 0 Z-trim(120.7): 812 B-trim: 2116 in 1/54 Lambda= 0.046973 statistics sampled from 35233 (36267) to 35233 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.736), E-opt: 0.2 (0.425), width: 16 Scan time: 16.530 The best scores are: opt bits E(85289) NP_004439 (OMIM: 137800,164870,211980,613659) rece (1255) 8835 616.1 5.1e-175 NP_001276865 (OMIM: 137800,164870,211980,613659) r (1240) 8696 606.6 3.4e-172 NP_001005862 (OMIM: 137800,164870,211980,613659) r (1225) 8630 602.2 7.6e-171 NP_001276866 (OMIM: 137800,164870,211980,613659) r (1055) 7402 518.8 7.9e-146 NP_001276867 (OMIM: 137800,164870,211980,613659) r ( 603) 4364 312.6 5.6e-84 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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 DIDETEYHADGGKVPIKWMALESILRRRFTHQSDVWSYGVTVWELMTFGAKPYDGIPARE 880 890 900 910 920 930 1030 1040 1050 1060 1070 1080 pF1KB3 IPDLLEKGERLPQPPICTIDVYMIMVKCWMIDSECRPRFRELVSEFSRMARDPQRFVVIQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 IPDLLEKGERLPQPPICTIDVYMIMVKCWMIDSECRPRFRELVSEFSRMARDPQRFVVIQ 940 950 960 970 980 990 1090 1100 1110 1120 1130 1140 pF1KB3 NEDLGPASPLDSTFYRSLLEDDDMGDLVDAEEYLVPQQGFFCPDPAPGAGGMVHHRHRSS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 NEDLGPASPLDSTFYRSLLEDDDMGDLVDAEEYLVPQQGFFCPDPAPGAGGMVHHRHRSS 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1150 1160 1170 1180 1190 1200 pF1KB3 STRSGGGDLTLGLEPSEEEAPRSPLAPSEGAGSDVFDGDLGMGAAKGLQSLPTHDPSPLQ :::. NP_001 STRNM >>NP_001276867 (OMIM: 137800,164870,211980,613659) recep (603 aa) initn: 4364 init1: 4364 opt: 4364 Z-score: 1628.7 bits: 312.6 E(85289): 5.6e-84 Smith-Waterman score: 4364; 100.0% identity (100.0% similar) in 603 aa overlap (128-730:1-603) 100 110 120 130 140 150 pF1KB3 MELAALCRWGLLLALLPPGAASTQVCTGTDMKLRLPASPETHLDMLRHLYQGCQVVQGNL :::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 MKLRLPASPETHLDMLRHLYQGCQVVQGNL 10 20 30 160 170 180 190 200 210 pF1KB3 ELTYLPTNASLSFLQDIQEVQGYVLIAHNQVRQVPLQRLRIVRGTQLFEDNYALAVLDNG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 ELTYLPTNASLSFLQDIQEVQGYVLIAHNQVRQVPLQRLRIVRGTQLFEDNYALAVLDNG 40 50 60 70 80 90 220 230 240 250 260 270 pF1KB3 DPLNNTTPVTGASPGGLRELQLRSLTEILKGGVLIQRNPQLCYQDTILWKDIFHKNNQLA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 DPLNNTTPVTGASPGGLRELQLRSLTEILKGGVLIQRNPQLCYQDTILWKDIFHKNNQLA 100 110 120 130 140 150 280 290 300 310 320 330 pF1KB3 LTLIDTNRSRACHPCSPMCKGSRCWGESSEDCQSLTRTVCAGGCARCKGPLPTDCCHEQC :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 LTLIDTNRSRACHPCSPMCKGSRCWGESSEDCQSLTRTVCAGGCARCKGPLPTDCCHEQC 160 170 180 190 200 210 340 350 360 370 380 390 pF1KB3 AAGCTGPKHSDCLACLHFNHSGICELHCPALVTYNTDTFESMPNPEGRYTFGASCVTACP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 AAGCTGPKHSDCLACLHFNHSGICELHCPALVTYNTDTFESMPNPEGRYTFGASCVTACP 220 230 240 250 260 270 400 410 420 430 440 450 pF1KB3 YNYLSTDVGSCTLVCPLHNQEVTAEDGTQRCEKCSKPCARVCYGLGMEHLREVRAVTSAN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 YNYLSTDVGSCTLVCPLHNQEVTAEDGTQRCEKCSKPCARVCYGLGMEHLREVRAVTSAN 280 290 300 310 320 330 460 470 480 490 500 510 pF1KB3 IQEFAGCKKIFGSLAFLPESFDGDPASNTAPLQPEQLQVFETLEEITGYLYISAWPDSLP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 IQEFAGCKKIFGSLAFLPESFDGDPASNTAPLQPEQLQVFETLEEITGYLYISAWPDSLP 340 350 360 370 380 390 520 530 540 550 560 570 pF1KB3 DLSVFQNLQVIRGRILHNGAYSLTLQGLGISWLGLRSLRELGSGLALIHHNTHLCFVHTV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 DLSVFQNLQVIRGRILHNGAYSLTLQGLGISWLGLRSLRELGSGLALIHHNTHLCFVHTV 400 410 420 430 440 450 580 590 600 610 620 630 pF1KB3 PWDQLFRNPHQALLHTANRPEDECVGEGLACHQLCARGHCWGPGPTQCVNCSQFLRGQEC :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 PWDQLFRNPHQALLHTANRPEDECVGEGLACHQLCARGHCWGPGPTQCVNCSQFLRGQEC 460 470 480 490 500 510 640 650 660 670 680 690 pF1KB3 VEECRVLQGLPREYVNARHCLPCHPECQPQNGSVTCFGPEADQCVACAHYKDPPFCVARC :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 VEECRVLQGLPREYVNARHCLPCHPECQPQNGSVTCFGPEADQCVACAHYKDPPFCVARC 520 530 540 550 560 570 700 710 720 730 740 750 pF1KB3 PSGVKPDLSYMPIWKFPDEEGACQPCPINCTHSCVDLDDKGCPAEQRASPLTSIISAVVG ::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 PSGVKPDLSYMPIWKFPDEEGACQPCPINCTHS 580 590 600 760 770 780 790 800 810 pF1KB3 ILLVVVLGVVFGILIKRRQQKIRKYTMRRLLQETELVEPLTPSGAMPNQAQMRILKETEL >>NP_001036064 (OMIM: 600543,615515) receptor tyrosine-p (1292 aa) initn: 3387 init1: 1682 opt: 3921 Z-score: 1463.4 bits: 283.1 E(85289): 9e-75 Smith-Waterman score: 3966; 47.6% identity (71.0% similar) in 1287 aa overlap (106-1346:10-1269) 80 90 100 110 120 130 pF1KB3 PAPRALPAGSSRSHGAGAAVSTMELAALCRW-GLLLA--LLPPGAASTQVCTGTDMKLRL : .::.: . : . : .::.::. :: NP_001 MKPATGLWVWVSLLVAAGTVQP-SDSQSVCAGTENKLSS 10 20 30 140 150 160 170 180 190 pF1KB3 PASPETHLDMLRHLYQGCQVVQGNLELTYLPTNASLSFLQDIQEVQGYVLIAHNQVRQVP .. : . ::. :..:.::.::::.: . : .::::....:: ::::.: :: : .: NP_001 LSDLEQQYRALRKYYENCEVVMGNLEITSIEHNRDLSFLRSVREVTGYVLVALNQFRYLP 40 50 60 70 80 90 200 210 220 230 240 250 pF1KB3 LQRLRIVRGTQLFEDNYALAVLDNGDPLNNTTPVTGASPGGLRELQLRSLTEILKGGVLI :. :::.:::.:.:: ::::.. : .: ::.:: :..:::::.::: . 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