Result of FASTA (omim) for
pF1KB3028
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3028, 1184 aa
1>>>pF1KB3028 1184 - 1184 aa - 1184 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7050+/-0.000439; mu= 11.1865+/- 0.027
mean_var=156.9086+/-31.544, 0's: 0 Z-trim(115.3): 415 B-trim: 54 in 1/55
Lambda= 0.102388
statistics sampled from 25267 (25695) to 25267 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.646), E-opt: 0.2 (0.301), width: 16
Scan time: 17.930
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_057664 (OMIM: 605622) protocadherin-12 precurso (1184) 7769 1160.9 0
XP_016863800 (OMIM: 608287) PREDICTED: protocadher ( 915) 1521 237.9 2.3e-61
XP_006714302 (OMIM: 608287) PREDICTED: protocadher ( 916) 1521 237.9 2.3e-61
NP_001287757 (OMIM: 608287) protocadherin-18 isofo (1134) 1521 237.9 2.7e-61
NP_061908 (OMIM: 608287) protocadherin-18 isoform (1135) 1521 237.9 2.7e-61
NP_065817 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-19 i (1100) 1483 232.3 1.3e-59
NP_001098713 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-1 (1101) 1483 232.3 1.3e-59
XP_011529299 (OMIM: 300088,300460) PREDICTED: prot (1147) 1483 232.3 1.3e-59
NP_001171809 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-1 (1148) 1483 232.3 1.3e-59
NP_114089 (OMIM: 606321) protocadherin alpha-C2 is ( 884) 1381 217.2 3.7e-55
NP_061722 (OMIM: 606321) protocadherin alpha-C2 is (1007) 1381 217.2 4.1e-55
NP_115782 (OMIM: 606305) protocadherin gamma-C4 is ( 871) 1316 207.6 2.9e-52
NP_061751 (OMIM: 606305) protocadherin gamma-C4 is ( 938) 1316 207.6 3e-52
NP_115272 (OMIM: 606304) protocadherin gamma-B7 is ( 808) 1313 207.1 3.7e-52
NP_061750 (OMIM: 606304) protocadherin gamma-B7 is ( 929) 1313 207.2 4.1e-52
NP_114382 (OMIM: 606288) protocadherin gamma-A1 is ( 823) 1310 206.7 5.1e-52
NP_061735 (OMIM: 606288) protocadherin gamma-A1 is ( 931) 1310 206.7 5.6e-52
NP_115267 (OMIM: 606300) protocadherin gamma-B2 is ( 811) 1308 206.4 6.2e-52
NP_061746 (OMIM: 606300) protocadherin gamma-B2 is ( 931) 1308 206.4 6.9e-52
NP_115265 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 i ( 820) 1306 206.1 7.6e-52
NP_003726 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 i ( 932) 1306 206.1 8.4e-52
NP_114398 (OMIM: 606289) protocadherin gamma-A2 is ( 823) 1298 204.9 1.7e-51
NP_061738 (OMIM: 606289) protocadherin gamma-A2 is ( 932) 1298 204.9 1.9e-51
NP_115778 (OMIM: 603627) protocadherin gamma-C3 is ( 863) 1297 204.8 2e-51
NP_002579 (OMIM: 603627) protocadherin gamma-C3 is ( 934) 1297 204.8 2.1e-51
NP_114062 (OMIM: 606314) protocadherin alpha-8 iso ( 814) 1295 204.5 2.3e-51
NP_061734 (OMIM: 606314) protocadherin alpha-8 iso ( 950) 1295 204.5 2.6e-51
NP_061993 (OMIM: 606334) protocadherin beta-8 prec ( 801) 1290 203.7 3.8e-51
NP_115269 (OMIM: 603058) protocadherin gamma-B4 is ( 803) 1290 203.7 3.9e-51
NP_003727 (OMIM: 603058) protocadherin gamma-B4 is ( 923) 1290 203.8 4.3e-51
NP_054723 (OMIM: 606295) protocadherin gamma-A8 is ( 820) 1286 203.1 5.9e-51
NP_114477 (OMIM: 606295) protocadherin gamma-A8 is ( 932) 1286 203.2 6.5e-51
NP_061754 (OMIM: 606337) protocadherin beta-11 pre ( 797) 1280 202.2 1.1e-50
NP_113689 (OMIM: 606311) protocadherin alpha-5 iso ( 816) 1278 201.9 1.3e-50
NP_114036 (OMIM: 606312) protocadherin alpha-6 iso ( 803) 1277 201.8 1.5e-50
NP_061731 (OMIM: 606311) protocadherin alpha-5 iso ( 936) 1278 202.0 1.5e-50
NP_113688 (OMIM: 606310) protocadherin alpha-4 iso ( 798) 1276 201.6 1.6e-50
NP_061732 (OMIM: 606312) protocadherin alpha-6 iso ( 950) 1277 201.8 1.7e-50
NP_113598 (OMIM: 606307) protocadherin alpha-1 iso ( 807) 1275 201.5 1.8e-50
NP_114443 (OMIM: 606292) protocadherin gamma-A5 is ( 813) 1275 201.5 1.8e-50
NP_061730 (OMIM: 606310) protocadherin alpha-4 iso ( 947) 1276 201.7 1.8e-50
NP_061756 (OMIM: 606339) protocadherin beta-13 pre ( 798) 1274 201.3 2e-50
NP_061741 (OMIM: 606292) protocadherin gamma-A5 is ( 931) 1275 201.5 2e-50
NP_061723 (OMIM: 606307) protocadherin alpha-1 iso ( 950) 1275 201.5 2e-50
NP_114476 (OMIM: 606294) protocadherin gamma-A7 is ( 817) 1271 200.9 2.7e-50
NP_061743 (OMIM: 606294) protocadherin gamma-A7 is ( 932) 1271 200.9 3e-50
NP_114475 (OMIM: 606293) protocadherin gamma-A6 is ( 818) 1267 200.3 4.1e-50
NP_061742 (OMIM: 606293) protocadherin gamma-A6 is ( 932) 1267 200.4 4.6e-50
NP_114071 (OMIM: 606319) protocadherin alpha-13 is ( 807) 1261 199.4 7.5e-50
NP_115271 (OMIM: 606303) protocadherin gamma-B6 is ( 820) 1261 199.4 7.6e-50
>>NP_057664 (OMIM: 605622) protocadherin-12 precursor [H (1184 aa)
initn: 7769 init1: 7769 opt: 7769 Z-score: 6209.0 bits: 1160.9 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 7769; 99.9% identity (100.0% similar) in 1184 aa overlap (1-1184:1-1184)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MMQLLQLLLGLLGPGGYLFLLGDCQEVTTLTVKYQVSEEVPSGTVIGKLSQELGREERRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 MMQLLQLLLGLLGPGGYLFLLGDCQEVTTLTVKYQVSEEVPSGTVIGKLSQELGREERRR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 QAGAAFQVLQLPQALPIQVDSEEGLLSTGRRLDREQLCRQWDPCLVSFDVLATGDLALIH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 QAGAAFQVLQLPQALPIQVDSEEGLLSTGRRLDREQLCRQWDPCLVSFDVLATGDLALIH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 VEIQVLDINDHQPRFPKGEQELEISESASLRTRIPLDRALDPDTGPNTLHTYTLSPSEHF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 VEIQVLDINDHQPRFPKGEQELEISESASLRTRIPLDRALDPDTGPNTLHTYTLSPSEHF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 ALDVIVGPDETKHAELIVVKELDREIHSFFDLVLTAYDNGNPPKSGTSLVKVNVLDSNDN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 ALDVIVGPDETKHAELIVVKELDREIHSFFDLVLTAYDNGNPPKSGTSLVKVNVLDSNDN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 SPAFAESSLALEIQEDAAPGTLLIKLTATDPDQGPNGEVEFFLSKHMPPEVLDTFSIDAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 SPAFAESSLALEIQEDAAPGTLLIKLTATDPDQGPNGEVEFFLSKHMPPEVLDTFSIDAK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 TGQVILRRPLDYEKNPAYEVDVQARDLGPNPIPAHCKVLIKVLDVNDNIPSIHVTWASQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 TGQVILRRPLDYEKNPAYEVDVQARDLGPNPIPAHCKVLIKVLDVNDNIPSIHVTWASQP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 SLVSEALPKDSFIALVMADDLDSGHNGLVHCWLSQELGHFRLKRTNGNTYMLLTNATLDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 SLVSEALPKDSFIALVMADDLDSGHNGLVHCWLSQELGHFRLKRTNGNTYMLLTNATLDR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 EQWPKYTLTLLAQDQGLQPLSAKKQLSIQISDINDNAPVFEKSRYEVSTRENNLPSLHLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 EQWPKYTLTLLAQDQGLQPLSAKKQLSIQISDINDNAPVFEKSRYEVSTRENNLPSLHLI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 TIKAHDADLGINGKVSYRIQDSPVAHLVAIDSNTGEVTAQRSLNYEEMAGFEFQVIAEDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 TIKAHDADLGINGKVSYRIQDSPVAHLVAIDSNTGEVTAQRSLNYEEMAGFEFQVIAEDS
490 500 510 520 530 540
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pF1KB3 GQPMLASSVSVWVSLLDANDNAPEVVQPVLSDGKASLSVLVNASTGHLLVPIETPNGLGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 GQPMLASSVSVWVSLLDANDNAPEVVQPVLSDGKASLSVLVNASTGHLLVPIETPNGLGP
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 AGTDTPPLATHSSRPFLLTTIVARDADSGANGEPLYSIRNGNEAHLFILNPHTGQLFVNV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::
NP_057 AGTDTPPLATHSSRPFLLTTIVARDADSGANGEPLYSIRSGNEAHLFILNPHTGQLFVNV
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 TNASSLIGSEWELEIVVEDQGSPPLQTRALLRVMFVTSVDHLRDSARKPGALSMSMLTVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 TNASSLIGSEWELEIVVEDQGSPPLQTRALLRVMFVTSVDHLRDSARKPGALSMSMLTVI
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 CLAVLLGIFGLILALFMSICRTEKKDNRAYNCREAESTYRQQPKRPQKHIQKADIHLVPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 CLAVLLGIFGLILALFMSICRTEKKDNRAYNCREAESTYRQQPKRPQKHIQKADIHLVPV
730 740 750 760 770 780
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pF1KB3 LRGQAGEPCEVGQSHKDVDKEAMMEAGWDPCLQAPFHLTPTLYRTLRNQGNQGAPAESRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 LRGQAGEPCEVGQSHKDVDKEAMMEAGWDPCLQAPFHLTPTLYRTLRNQGNQGAPAESRE
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 VLQDTVNLLFNHPRQRNASRENLNLPEPQPATGQPRSRPLKVAGSPTGRLAGDQGSEEAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 VLQDTVNLLFNHPRQRNASRENLNLPEPQPATGQPRSRPLKVAGSPTGRLAGDQGSEEAP
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910 920 930 940 950 960
pF1KB3 QRPPASSATLRRQRHLNGKVSPEKESGPRQILRSLVRLSVAAFAERNPVEELTVDSPPVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 QRPPASSATLRRQRHLNGKVSPEKESGPRQILRSLVRLSVAAFAERNPVEELTVDSPPVQ
910 920 930 940 950 960
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pF1KB3 QISQLLSLLHQGQFQPKPNHRGNKYLAKPGGSRSAIPDTDGPSARAGGQTDPEQEEGPLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 QISQLLSLLHQGQFQPKPNHRGNKYLAKPGGSRSAIPDTDGPSARAGGQTDPEQEEGPLD
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB3 PEEDLSVKQLLEEELSSLLDPSTGLALDRLSAPDPAWMARLSLPLTTNYRDNVISPDAAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 PEEDLSVKQLLEEELSSLLDPSTGLALDRLSAPDPAWMARLSLPLTTNYRDNVISPDAAA
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB3 TEEPRTFQTFGKAEAPELSPTGTRLASTFVSEMSSLLEMLLEQRSSMPVEAASEALRRLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 TEEPRTFQTFGKAEAPELSPTGTRLASTFVSEMSSLLEMLLEQRSSMPVEAASEALRRLS
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180
pF1KB3 VCGRTLSLDLATSAASGMKVQGDPGGKTGTEGKSRGSSSSSRCL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 VCGRTLSLDLATSAASGMKVQGDPGGKTGTEGKSRGSSSSSRCL
1150 1160 1170 1180
>>XP_016863800 (OMIM: 608287) PREDICTED: protocadherin-1 (915 aa)
initn: 1681 init1: 894 opt: 1521 Z-score: 1222.7 bits: 237.9 E(85289): 2.3e-61
Smith-Waterman score: 2012; 37.0% identity (62.8% similar) in 1039 aa overlap (18-1039:16-904)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MMQLLQLLLGLLGPGGYLFLLGDCQEVTTLTVKYQVSEEVPSGTVIGKLSQELGREERR-
:.... ..: ..::.. :: :.::..::.... .
XP_016 MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 -RQAGAAFQVLQLPQALPIQVDSEEGLLSTGRRLDREQLCRQWDPCLVSFDV--LATGDL
. . :...: .. . :. ..: .: : .::::::.. : . ::: : : :
XP_016 PNPSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 ALIHVEIQVLDINDHQPRFPKGEQELEISESASLRTRIPLDRALDPDTGPNTLHTYTLSP
:.:.:..::::::..:.: .. .::::::.. :::::: :.:::.: :.::::.::
XP_016 QLFHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSA
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 SEHFALDVIVGPDETKHAELIVVKELDREIHSFFDLVLTAYDNGNPPKSGTSLVKVNVLD
.. : ..: . : .:.::::::.:::::..: ..: ::: : : : .::.:..:... :
XP_016 NDFFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISD
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 SNDNSPAFAESSLALEIQEDAAPGTLLIKLTATDPDQGPNGEVEFFLSKHMPPEVLDTFS
:::::::: ..: ... :.. ::::. :.:::::.: ::.. . .:.:. :....::.
XP_016 SNDNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFK
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 IDAKTGQVILRRPLDYEKNPAYEVDVQARDLGPNPIPAHCKVLIKVLDVNDNIPSIHVTW
::.. :.. : . .::: . .::.::::.::::: ::::::..:::.::::: : :...
XP_016 IDSERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININL
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 AS----QPSLVSEALPKDSFIALVMADDLDSGHNGLVHCWLSQELGHFRLKRTNGNTYML
: . : . :. : :.:.::: ..: ::: :: . : : . :::.:..: :.:..
XP_016 MSPGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGH-GHFKLQKTYENNYLI
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 LTNATLDREQWPKYTLTLLAQDQGLQPLSAKKQLSIQISDINDNAPVFEKSRYEVSTREN
:::::::::. .:.::..:.:.: ::. :....::.::::: : :..:::: ::
XP_016 LTNATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISEN
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520
pF1KB3 NLPSLHLITIKAHDADLGINGKVSYRIQDS-----PVAHLVAIDSNTGEVTAQRSLNYEE
: :. .. :. : : ::: ::.:.: : .: .. :.:: ..: . : : ...::
XP_016 NSPGAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEE
480 490 500 510 520 530
530 540 550 560 570 580
pF1KB3 MAGFEFQVIAEDSGQP-MLASSVSVWVSLLDANDNAPEVVQPVLSDGKASLSVLVNASTG
.. . : : :.:.:.: .:.:...: ....: :::.: :. :.: .. : ...
XP_016 VSQITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEITI-------
540 550 560 570 580 590
590 600 610 620 630 640
pF1KB3 HLLVPIETPNGLGPAGTDTPPLATHSSRPFLLTTIVARDADSGANGEPLYSIRNGNEAHL
: :... : .: : : : :::.:.: .: ::: ..
XP_016 -------------PKGAESG---------FHVTRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENI
600 610 620
650 660 670 680 690 700
pF1KB3 FILNPHTGQLFVNVTNASSLIGSEWELEIVVEDQGSPPLQTRALLRVM---FVTSVDHLR
::..:.. .. .::. .:. .:::: ....:.:.: :.:..::. : .. ::
XP_016 FIIDPRSCDIHTNVS-MDSVPYTEWELSVIIQDKGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTA
630 640 650 660 670 680
710 720 730 740 750 760
pF1KB3 DSARKPGALSMSMLTVICLAVLLGIFGLILALFMSICRTEKKDNRAYNCREAESTYRQQP
.. . ..:..::. .: :... ... .:..:: . : ::::.:.:::: :::::...:
XP_016 MTSVSQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVLFATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHP
690 700 710 720 730 740
770 780 790 800 810 820
pF1KB3 KRPQKHIQKADIHLVPVLRGQAGEPCEVGQSHKDVDKEAMMEAGWDPCLQAPFHLTPTLY
:::...:.:.:: :::.. : ::
XP_016 KRPSRQIHKGDITLVPTING-------------------------------------TL-
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