Result of FASTA (omim) for
pF1KB3061
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3061, 555 aa
1>>>pF1KB3061 555 - 555 aa - 555 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6874+/-0.000793; mu= 13.7318+/- 0.049
mean_var=321.5680+/-65.521, 0's: 0 Z-trim(113.1): 2056 B-trim: 98 in 2/49
Lambda= 0.071522
statistics sampled from 19993 (22353) to 19993 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.592), E-opt: 0.2 (0.262), width: 16
Scan time: 10.040
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 1806 201.6 5.8e-51
XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 1806 201.7 5.8e-51
XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 1806 201.7 5.8e-51
XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 658) 1806 201.7 6e-51
NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 1806 201.7 6e-51
NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 670) 1806 201.7 6e-51
XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1806 201.7 6e-51
XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1806 201.7 6e-51
XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1806 201.7 6e-51
NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 682) 1806 201.7 6.1e-51
XP_005272399 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 542) 1794 200.3 1.3e-50
XP_011515600 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1794 200.5 1.4e-50
NP_001025147 (OMIM: 601262) zinc finger protein 16 ( 682) 1794 200.5 1.4e-50
NP_008889 (OMIM: 601262) zinc finger protein 16 [H ( 682) 1794 200.5 1.4e-50
XP_005272398 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1794 200.5 1.4e-50
NP_115799 (OMIM: 615580) zinc finger protein 528 [ ( 628) 1768 197.7 8.8e-50
NP_001291422 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 585) 1767 197.6 9.2e-50
NP_001291423 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 585) 1767 197.6 9.2e-50
NP_001291421 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 643) 1767 197.7 9.6e-50
NP_666016 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 is ( 643) 1767 197.7 9.6e-50
XP_016881868 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1751 195.9 2.7e-49
NP_001317411 (OMIM: 613904) zinc finger protein 56 ( 527) 1751 195.9 2.7e-49
XP_016881869 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1751 195.9 2.7e-49
XP_016881871 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1751 195.9 2.7e-49
XP_016882851 (OMIM: 615580) PREDICTED: zinc finger ( 618) 1752 196.1 2.8e-49
XP_016882852 (OMIM: 615580) PREDICTED: zinc finger ( 618) 1752 196.1 2.8e-49
XP_016882853 (OMIM: 615580) PREDICTED: zinc finger ( 618) 1752 196.1 2.8e-49
XP_016881867 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 650) 1751 196.0 3e-49
XP_016881866 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1751 196.1 3.1e-49
XP_016881865 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1751 196.1 3.1e-49
NP_689697 (OMIM: 613904) zinc finger protein 569 i ( 686) 1751 196.1 3.1e-49
XP_011524841 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1751 196.1 3.1e-49
XP_011524840 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1751 196.1 3.2e-49
XP_006723110 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1751 196.1 3.2e-49
XP_006723111 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1751 196.1 3.2e-49
XP_006723109 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1751 196.1 3.2e-49
NP_001092096 (OMIM: 603980) zinc finger protein 98 ( 572) 1736 194.4 8.3e-49
NP_001264880 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1725 193.2 1.7e-48
NP_001099019 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1725 193.2 1.7e-48
NP_001099022 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1725 193.2 1.7e-48
NP_001099021 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1725 193.2 1.7e-48
NP_001264876 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1725 193.2 1.7e-48
NP_001264877 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1725 193.2 1.7e-48
XP_016882440 (OMIM: 194558) PREDICTED: zinc finger ( 516) 1725 193.2 1.7e-48
NP_060770 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 [H ( 516) 1725 193.2 1.7e-48
NP_001264875 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1725 193.2 1.7e-48
NP_001264881 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1725 193.2 1.7e-48
NP_001264874 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1725 193.2 1.7e-48
NP_001264878 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1725 193.2 1.7e-48
NP_001099020 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1725 193.2 1.7e-48
>>NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 is (616 aa)
initn: 7012 init1: 1800 opt: 1806 Z-score: 1035.9 bits: 201.6 E(85289): 5.8e-51
Smith-Waterman score: 1856; 53.6% identity (73.2% similar) in 481 aa overlap (88-552:78-558)
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 LPGSKPDIISQLERGEDPWVLDRKGAKKSQGLWSDYSDNLKYDHTTACTQQDSLSCP---
::: ... . .: . .::. :
NP_001 RPKVKLSVLKQGISEEISNSVILVERFLWDGLWYCRGEDTEGHWEWSCESLESLAVPVAF
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160
pF1KB3 ----------WECETKGE--SQNTDLSPKPLISEQTVILGKTPLGRIDQENNETKQSFCL
:. . :: : : :: .:. :. :. .. . .. :. :.
NP_001 TPVKTPVLEQWQRNGFGENISLNPDLPHQPMTPERQSPHTWGTRGKREKPDLNVLQKTCV
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 SPNSVDHREV-QVLSQSMPLTPHQAVPSGERPYMCVECGKCFGRSSHLLQHQRIHTGEKP
. . .: ...:.: : :. . .::::: : :: : : :: : .::::::::::
NP_001 KEKPYKCQECGKAFSHSSALIEHHRTHTGERPYECHECLKGFRNSSALTKHQRIHTGEKP
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 YVCSVCGKAFSQSSVLSKHRRIHTGEKPYECNECGKAFRVSSDLAQHHKIHTGEKPHECL
: :. ::..:.: . : .:.: :::::::::.::::.: :...::.. ::::::.::
NP_001 YKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSECGKSFSFRSSFSQHERTHTGEKPYECS
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 ECRKAFTQLSHLIQHQRIHTGERPYVCPLCGKAFNHSTVLRSHQRVHTGEKPHRCNECGK
:: ::: : :: :: ::::::.:: : :::::.::. : .:::.::::::..:.::::
NP_001 ECGKAFRQSIHLTQHLRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECHECGK
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 TFSVKRTLLQHQRIHTGEKPYTCSECGKAFSDRSVLIQHHNVHTGEKPYECSECGKTFSH
.:. :.:::: ::::::: :.:::::::. ..: .:. .::::::: :.::::::::
NP_001 AFTQITPLIQHQRTHTGEKPYECGECGKAFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYGCNECGKTFSH
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 RSTLMNHERIHTEEKPYACYECGKAFVQHSHLIQHQRVHTGEKPYVCGECGHAFSARRSL
:.: .::: :: :::: : .::::: : .:: ::::.::::::: :..::.::: ::
NP_001 SSSLSQHERTHTGEKPYECSQCGKAFRQSTHLTQHQRIHTGEKPYECNDCGKAFSHSSSL
410 420 430 440 450 460
470 480 490 500 510 520
pF1KB3 IQHERIHTGEKPFQCTECGKAFSLKATLIVHLRTHTGEKPYECNSCGKAFSQYSVLIQHQ
.:.::::::::..:..::.::: : :: : : ::::::::::.::.:::: :.::.::
NP_001 TKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQLAPLIQHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQSSLLIEHQ
470 480 490 500 510 520
530 540 550
pF1KB3 RIHTGEKPYECGECGRAFNQHGHLIQHQKVHRKL
:::: :::: :.:::..:.. . : ::...:
NP_001 RIHTKEKPYGCNECGKSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECHDCGKSFRQSTHLTQHRRIHT
530 540 550 560 570 580
NP_001 GEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHTG
590 600 610
>>XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro (621 aa)
initn: 7012 init1: 1800 opt: 1806 Z-score: 1035.9 bits: 201.7 E(85289): 5.8e-51
Smith-Waterman score: 1865; 52.9% identity (72.5% similar) in 495 aa overlap (76-552:69-563)
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 MMETYGNVVSLGLPGSKPDIISQLERGEDPWVLDRKGAKKS--QGLWSDYSDNLKYDHTT
: :: :. . .::: ... .
XP_016 RQSCGRWSLDFPKACTQRLRDISSFCFFQTWKLDPKSNCQFLWDGLWYCRGEDTEGHWEW
40 50 60 70 80 90
110 120 130 140
pF1KB3 ACTQQDSLSCP-------------WECETKGE--SQNTDLSPKPLISEQTVILGKTPLGR
.: . .::. : :. . :: : : :: .:. :. :.
XP_016 SCESLESLAVPVAFTPVKTPVLEQWQRNGFGENISLNPDLPHQPMTPERQSPHTWGTRGK
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150 160 170 180 190 200
pF1KB3 IDQENNETKQSFCLSPNSVDHREV-QVLSQSMPLTPHQAVPSGERPYMCVECGKCFGRSS
.. . .. :. :.. . .: ...:.: : :. . .::::: : :: : : ::
XP_016 REKPDLNVLQKTCVKEKPYKCQECGKAFSHSSALIEHHRTHTGERPYECHECLKGFRNSS
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210 220 230 240 250 260
pF1KB3 HLLQHQRIHTGEKPYVCSVCGKAFSQSSVLSKHRRIHTGEKPYECNECGKAFRVSSDLAQ
: .::::::::::: :. ::..:.: . : .:.: :::::::::.::::.: :...:
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270 280 290 300 310 320
pF1KB3 HHKIHTGEKPHECLECRKAFTQLSHLIQHQRIHTGERPYVCPLCGKAFNHSTVLRSHQRV
:.. ::::::.:: :: ::: : :: :: ::::::.:: : :::::.::. : .:::.
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330 340 350 360 370 380
pF1KB3 HTGEKPHRCNECGKTFSVKRTLLQHQRIHTGEKPYTCSECGKAFSDRSVLIQHHNVHTGE
::::::..:.::::.:. :.:::: ::::::: :.:::::::. ..: .:. .::::
XP_016 HTGEKPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTHTGEKPYECGECGKAFSQSTLLTEHRRIHTGE
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390 400 410 420 430 440
pF1KB3 KPYECSECGKTFSHRSTLMNHERIHTEEKPYACYECGKAFVQHSHLIQHQRVHTGEKPYV
::: :.:::::::: :.: .::: :: :::: : .::::: : .:: ::::.:::::::
XP_016 KPYGCNECGKTFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECSQCGKAFRQSTHLTQHQRIHTGEKPYE
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450 460 470 480 490 500
pF1KB3 CGECGHAFSARRSLIQHERIHTGEKPFQCTECGKAFSLKATLIVHLRTHTGEKPYECNSC
:..::.::: :: .:.::::::::..:..::.::: : :: : : ::::::::::.:
XP_016 CNDCGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQLAPLIQHQRIHTGEKPYECNQC
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510 520 530 540 550
pF1KB3 GKAFSQYSVLIQHQRIHTGEKPYECGECGRAFNQHGHLIQHQKVHRKL
:.:::: :.::.:::::: :::: :.:::..:.. . : ::...:
XP_016 GRAFSQSSLLIEHQRIHTKEKPYGCNECGKSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECHDCGKSF
520 530 540 550 560 570
XP_016 RQSTHLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHTG
580 590 600 610 620
>>XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro (628 aa)
initn: 7012 init1: 1800 opt: 1806 Z-score: 1035.9 bits: 201.7 E(85289): 5.8e-51
Smith-Waterman score: 1856; 53.6% identity (73.2% similar) in 481 aa overlap (88-552:90-570)
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 LPGSKPDIISQLERGEDPWVLDRKGAKKSQGLWSDYSDNLKYDHTTACTQQDSLSCP---
::: ... . .: . .::. :
XP_016 RPKVKLSVLKQGISEEISNSVILVERFLWDGLWYCRGEDTEGHWEWSCESLESLAVPVAF
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KB3 ----------WECETKGE--SQNTDLSPKPLISEQTVILGKTPLGRIDQENNETKQSFCL
:. . :: : : :: .:. :. :. .. . .. :. :.
XP_016 TPVKTPVLEQWQRNGFGENISLNPDLPHQPMTPERQSPHTWGTRGKREKPDLNVLQKTCV
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 SPNSVDHREV-QVLSQSMPLTPHQAVPSGERPYMCVECGKCFGRSSHLLQHQRIHTGEKP
. . .: ...:.: : :. . .::::: : :: : : :: : .::::::::::
XP_016 KEKPYKCQECGKAFSHSSALIEHHRTHTGERPYECHECLKGFRNSSALTKHQRIHTGEKP
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 YVCSVCGKAFSQSSVLSKHRRIHTGEKPYECNECGKAFRVSSDLAQHHKIHTGEKPHECL
: :. ::..:.: . : .:.: :::::::::.::::.: :...::.. ::::::.::
XP_016 YKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSECGKSFSFRSSFSQHERTHTGEKPYECS
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 ECRKAFTQLSHLIQHQRIHTGERPYVCPLCGKAFNHSTVLRSHQRVHTGEKPHRCNECGK
:: ::: : :: :: ::::::.:: : :::::.::. : .:::.::::::..:.::::
XP_016 ECGKAFRQSIHLTQHLRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECHECGK
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 TFSVKRTLLQHQRIHTGEKPYTCSECGKAFSDRSVLIQHHNVHTGEKPYECSECGKTFSH
.:. :.:::: ::::::: :.:::::::. ..: .:. .::::::: :.::::::::
XP_016 AFTQITPLIQHQRTHTGEKPYECGECGKAFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYGCNECGKTFSH
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:.: .::: :: :::: : .::::: : .:: ::::.::::::: :..::.::: ::
XP_016 SSSLSQHERTHTGEKPYECSQCGKAFRQSTHLTQHQRIHTGEKPYECNDCGKAFSHSSSL
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pF1KB3 IQHERIHTGEKPFQCTECGKAFSLKATLIVHLRTHTGEKPYECNSCGKAFSQYSVLIQHQ
.:.::::::::..:..::.::: : :: : : ::::::::::.::.:::: :.::.::
XP_016 TKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQLAPLIQHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQSSLLIEHQ
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pF1KB3 RIHTGEKPYECGECGRAFNQHGHLIQHQKVHRKL
:::: :::: :.:::..:.. . : ::...:
XP_016 RIHTKEKPYGCNECGKSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECHDCGKSFRQSTHLTQHRRIHT
540 550 560 570 580 590
XP_016 GEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHTG
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>>XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro (658 aa)
initn: 7012 init1: 1800 opt: 1806 Z-score: 1035.7 bits: 201.7 E(85289): 6e-51
Smith-Waterman score: 1856; 53.6% identity (73.2% similar) in 481 aa overlap (88-552:120-600)
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 LPGSKPDIISQLERGEDPWVLDRKGAKKSQGLWSDYSDNLKYDHTTACTQQDSLSCP---
::: ... . .: . .::. :
XP_016 RPKVKLSVLKQGISEEISNSVILVERFLWDGLWYCRGEDTEGHWEWSCESLESLAVPVAF
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120 130 140 150 160
pF1KB3 ----------WECETKGE--SQNTDLSPKPLISEQTVILGKTPLGRIDQENNETKQSFCL
:. . :: : : :: .:. :. :. .. . .. :. :.
XP_016 TPVKTPVLEQWQRNGFGENISLNPDLPHQPMTPERQSPHTWGTRGKREKPDLNVLQKTCV
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