Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3072
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3072, 622 aa
1>>>pF1KB3072 622 - 622 aa - 622 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.5046+/-0.000997; mu= -2.5081+/- 0.060
mean_var=313.9237+/-64.070, 0's: 0 Z-trim(114.7): 77 B-trim: 524 in 1/55
Lambda= 0.072387
statistics sampled from 15181 (15254) to 15181 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.777), E-opt: 0.2 (0.469), width: 16
Scan time: 4.240
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS44299.1 SOX13 gene_id:9580|Hs108|chr1 ( 622) 4224 454.8 1.5e-127
CCDS81672.1 SOX5 gene_id:6660|Hs108|chr12 ( 728) 836 101.1 5.6e-21
CCDS44844.1 SOX5 gene_id:6660|Hs108|chr12 ( 750) 836 101.1 5.7e-21
CCDS58217.1 SOX5 gene_id:6660|Hs108|chr12 ( 753) 836 101.1 5.8e-21
CCDS8699.1 SOX5 gene_id:6660|Hs108|chr12 ( 763) 836 101.1 5.8e-21
CCDS58216.1 SOX5 gene_id:6660|Hs108|chr12 ( 642) 820 99.3 1.6e-20
CCDS41761.1 SOX5 gene_id:6660|Hs108|chr12 ( 377) 813 98.4 1.8e-20
CCDS53604.1 SOX6 gene_id:55553|Hs108|chr11 ( 801) 739 91.0 6.8e-18
CCDS53605.1 SOX6 gene_id:55553|Hs108|chr11 ( 804) 739 91.0 6.8e-18
CCDS7821.1 SOX6 gene_id:55553|Hs108|chr11 ( 808) 739 91.0 6.8e-18
>>CCDS44299.1 SOX13 gene_id:9580|Hs108|chr1 (622 aa)
initn: 4224 init1: 4224 opt: 4224 Z-score: 2403.2 bits: 454.8 E(32554): 1.5e-127
Smith-Waterman score: 4224; 100.0% identity (100.0% similar) in 622 aa overlap (1-622:1-622)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MSMRSPISAQLALDGVGTMVNCTIKSEEKKEPCHEAPQGSATAAEPQPGDPARASQDSAD
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CCDS44 MSMRSPISAQLALDGVGTMVNCTIKSEEKKEPCHEAPQGSATAAEPQPGDPARASQDSAD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 PQAPAQGNFRGSWDCSSPEGNGSPEPKRPGVSEAASGSQEKLDFNRNLKEVVPAIEKLLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 PQAPAQGNFRGSWDCSSPEGNGSPEPKRPGVSEAASGSQEKLDFNRNLKEVVPAIEKLLS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 SDWKERFLGRNSMEAKDVKGTQESLAEKELQLLVMIHQLSTLRDQLLTAHSEQKNMAAML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 SDWKERFLGRNSMEAKDVKGTQESLAEKELQLLVMIHQLSTLRDQLLTAHSEQKNMAAML
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 FEKQQQQMELARQQQEQIAKQQQQLIQQQHKINLLQQQIQQVNMPYVMIPAFPPSHQPLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 FEKQQQQMELARQQQEQIAKQQQQLIQQQHKINLLQQQIQQVNMPYVMIPAFPPSHQPLP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 VTPDSQLALPIQPIPCKPVEYPLQLLHSPPAPVVKRPGAMATHHPLQEPSQPLNLTAKPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 VTPDSQLALPIQPIPCKPVEYPLQLLHSPPAPVVKRPGAMATHHPLQEPSQPLNLTAKPK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 APELPNTSSSPSLKMSSCVPRPPSHGGPTRDLQSSPPSLPLGFLGEGDAVTKAIQDARQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 APELPNTSSSPSLKMSSCVPRPPSHGGPTRDLQSSPPSLPLGFLGEGDAVTKAIQDARQL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 LHSHSGALDGSPNTPFRKDLISLDSSPAKERLEDGCVHPLEEAMLSCDMDGSRHFPESRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 LHSHSGALDGSPNTPFRKDLISLDSSPAKERLEDGCVHPLEEAMLSCDMDGSRHFPESRN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 SSHIKRPMNAFMVWAKDERRKILQAFPDMHNSSISKILGSRWKSMTNQEKQPYYEEQARL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 SSHIKRPMNAFMVWAKDERRKILQAFPDMHNSSISKILGSRWKSMTNQEKQPYYEEQARL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 SRQHLEKYPDYKYKPRPKRTCIVEGKRLRVGEYKALMRTRRQDARQSYVIPPQAGQVQMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 SRQHLEKYPDYKYKPRPKRTCIVEGKRLRVGEYKALMRTRRQDARQSYVIPPQAGQVQMS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 SSDVLYPRAAGMPLAQPLVEHYVPRSLDPNMPVIVNTCSLREEGEGTDDRHSVADGEMYR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 SSDVLYPRAAGMPLAQPLVEHYVPRSLDPNMPVIVNTCSLREEGEGTDDRHSVADGEMYR
550 560 570 580 590 600
610 620
pF1KB3 YSEDEDSEGEEKSDGELVVLTD
::::::::::::::::::::::
CCDS44 YSEDEDSEGEEKSDGELVVLTD
610 620
>>CCDS81672.1 SOX5 gene_id:6660|Hs108|chr12 (728 aa)
initn: 1270 init1: 679 opt: 836 Z-score: 490.1 bits: 101.1 E(32554): 5.6e-21
Smith-Waterman score: 1476; 44.8% identity (65.2% similar) in 652 aa overlap (58-616:72-720)
30 40 50 60 70 80
pF1KB3 EKKEPCHEAPQGSATAAEPQPGDPARASQDSADPQAPAQGNFRGSWDCSSPEGNGSPEPK
:..:: .:. : : . : . :.:: .
CCDS81 EESDGLPAFHLPLHEVDGNKVMSSFAPHNSSTSPQKAEEGG-RQSGESLSSTALGTPERR
50 60 70 80 90 100
90 100 110 120 130 140
pF1KB3 RPGVSEAASG-SQEKLD-FNRNLKEVVPAIEKLLSSDWKERFLGRNSMEAKDVKGTQESL
. ....... .:.:.. . .: : .:.::::::.:::...:. .: . ..::: :::
CCDS81 KGSLADVVDTLKQRKMEELIKNEPEETPSIEKLLSKDWKDKLLAMGSGNFGEIKGTPESL
110 120 130 140 150 160
150 160 170 180 190 200
pF1KB3 AEKELQLLVMIHQLSTLRDQLLTAHSEQKNMAAMLFEKQQQQMELARQQQEQIAKQQQQL
:::: ::. ::.::..::.:::.::.:::..:: .:::.::::::.:::::::.:::::
CCDS81 AEKERQLMGMINQLTSLREQLLAAHDEQKKLAASQIEKQRQQMELAKQQQEQIARQQQQL
170 180 190 200 210 220
210 220 230 240 250
pF1KB3 IQQQHKINLLQQQIQ-QVNMPYVMIPAFPPSHQPLPVTPDSQLALP--------------
.:::::::::::::: : ..: .:::.:::... : .. .. . ::
CCDS81 LQQQHKINLLQQQIQVQGQLPPLMIPVFPPDQRTLAAAAQQGFLLPPGFSYKAGCSDPYP
230 240 250 260 270 280
260 270
pF1KB3 IQPIPCK--------PVEYPLQLLHSPPA--------PVVKRPGA---------------
.: :: : :::: . : : : ::
CCDS81 VQLIPTTMAAAAAATPGLGPLQLQQLYAAQLAAMQVSPGGKLPGIPQGNLGAAVSPTSIH
290 300 310 320 330 340
280 290 300 310 320
pF1KB3 --MATHHP----LQEPSQPLNLTAKPK-----APELPNTSSSPSLKMSSCVPRPPSHGGP
.:. : .: .:::::.:::: .: :.. :.:...: . : . . :
CCDS81 TDKSTNSPPPKSKDEVAQPLNLSAKPKTSDGKSPTSPTSPHMPALRINSGAG-PLKASVP
350 360 370 380 390
330 340 350 360 370
pF1KB3 TRDLQSSPPSLPLGFLGEGDAVTKAIQDARQL---LHSHSGALDGS---------PNTPF
. . : .:.:.. ::::::::.:::. :. .. .:::. :
CCDS81 AALASPSARVSTIGYLNDHDAVTKAIQEARQMKEQLRREQQVLDGKVAVVNSLGLNNCRT
400 410 420 430 440 450
380 390 400 410 420
pF1KB3 RKDLISLDSSP----AKERLEDGCVHPLEEAMLSCDMDGSRHFPESR----------NSS
.:. .:.: .:. : : . . :: : ::: ::: :
CCDS81 EKEKTTLESLTQQLAVKQNEEGKFSHAMMDFNLSGDSDGSAGVSESRIYRESRGRGSNEP
460 470 480 490 500 510
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 HIKRPMNAFMVWAKDERRKILQAFPDMHNSSISKILGSRWKSMTNQEKQPYYEEQARLSR
::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::.::: :::::::::::::.
CCDS81 HIKRPMNAFMVWAKDERRKILQAFPDMHNSNISKILGSRWKAMTNLEKQPYYEEQARLSK
520 530 540 550 560 570
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 QHLEKYPDYKYKPRPKRTCIVEGKRLRVGEYKALMRTRRQDARQSYVIPPQAGQVQMSSS
:::::::::::::::::::.:.::.::.:::::.::.:::. :: . . :: :. ....
CCDS81 QHLEKYPDYKYKPRPKRTCLVDGKKLRIGEYKAIMRNRRQEMRQYFNVGQQA-QIPIATA
580 590 600 610 620 630
550 560 570 580 590
pF1KB3 DVLYPRA---AGMPLAQPLVEHY-VPRSLDPNMPVIVNTCSLREEGEGTDDRHSVAD--G
:.:: : :::: . :: : : .:.:::: .: ... : .. .. : :
CCDS81 GVVYPGAIAMAGMPSPHLPSEHSSVSSSPEPGMPVIQSTYGVKGEEPHIKEEIQAEDING
640 650 660 670 680 690
600 610 620
pF1KB3 EMY-RYSEDEDSEG-EEKSDGELVVLTD
:.: .:.:.::. . ::.:
CCDS81 EIYDEYDEEEDDPDVDYGSDSENHIAGQAN
700 710 720
>>CCDS44844.1 SOX5 gene_id:6660|Hs108|chr12 (750 aa)
initn: 1270 init1: 679 opt: 836 Z-score: 489.9 bits: 101.1 E(32554): 5.7e-21
Smith-Waterman score: 1476; 44.8% identity (65.2% similar) in 652 aa overlap (58-616:94-742)
30 40 50 60 70 80
pF1KB3 EKKEPCHEAPQGSATAAEPQPGDPARASQDSADPQAPAQGNFRGSWDCSSPEGNGSPEPK
:..:: .:. : : . : . :.:: .
CCDS44 TCGHRTPTSQHNTMEVDGNKVMSSFAPHNSSTSPQKAEEGG-RQSGESLSSTALGTPERR
70 80 90 100 110 120
90 100 110 120 130 140
pF1KB3 RPGVSEAASG-SQEKLD-FNRNLKEVVPAIEKLLSSDWKERFLGRNSMEAKDVKGTQESL
. ....... .:.:.. . .: : .:.::::::.:::...:. .: . ..::: :::
CCDS44 KGSLADVVDTLKQRKMEELIKNEPEETPSIEKLLSKDWKDKLLAMGSGNFGEIKGTPESL
130 140 150 160 170 180
150 160 170 180 190 200
pF1KB3 AEKELQLLVMIHQLSTLRDQLLTAHSEQKNMAAMLFEKQQQQMELARQQQEQIAKQQQQL
:::: ::. ::.::..::.:::.::.:::..:: .:::.::::::.:::::::.:::::
CCDS44 AEKERQLMGMINQLTSLREQLLAAHDEQKKLAASQIEKQRQQMELAKQQQEQIARQQQQL
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250
pF1KB3 IQQQHKINLLQQQIQ-QVNMPYVMIPAFPPSHQPLPVTPDSQLALP--------------
.:::::::::::::: : ..: .:::.:::... : .. .. . ::
CCDS44 LQQQHKINLLQQQIQVQGQLPPLMIPVFPPDQRTLAAAAQQGFLLPPGFSYKAGCSDPYP
250 260 270 280 290 300
260 270
pF1KB3 IQPIPCK--------PVEYPLQLLHSPPA--------PVVKRPGA---------------
.: :: : :::: . : : : ::
CCDS44 VQLIPTTMAAAAAATPGLGPLQLQQLYAAQLAAMQVSPGGKLPGIPQGNLGAAVSPTSIH
310 320 330 340 350 360
280 290 300 310 320
pF1KB3 --MATHHP----LQEPSQPLNLTAKPK-----APELPNTSSSPSLKMSSCVPRPPSHGGP
.:. : .: .:::::.:::: .: :.. :.:...: . : . . :
CCDS44 TDKSTNSPPPKSKDEVAQPLNLSAKPKTSDGKSPTSPTSPHMPALRINSGAG-PLKASVP
370 380 390 400 410 420
330 340 350 360 370
pF1KB3 TRDLQSSPPSLPLGFLGEGDAVTKAIQDARQL---LHSHSGALDGS---------PNTPF
. . : .:.:.. ::::::::.:::. :. .. .:::. :
CCDS44 AALASPSARVSTIGYLNDHDAVTKAIQEARQMKEQLRREQQVLDGKVAVVNSLGLNNCRT
430 440 450 460 470 480
380 390 400 410 420
pF1KB3 RKDLISLDSSP----AKERLEDGCVHPLEEAMLSCDMDGSRHFPESR----------NSS
.:. .:.: .:. : : . . :: : ::: ::: :
CCDS44 EKEKTTLESLTQQLAVKQNEEGKFSHAMMDFNLSGDSDGSAGVSESRIYRESRGRGSNEP
490 500 510 520 530 540
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 HIKRPMNAFMVWAKDERRKILQAFPDMHNSSISKILGSRWKSMTNQEKQPYYEEQARLSR
::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::.::: :::::::::::::.
CCDS44 HIKRPMNAFMVWAKDERRKILQAFPDMHNSNISKILGSRWKAMTNLEKQPYYEEQARLSK
550 560 570 580 590 600
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 QHLEKYPDYKYKPRPKRTCIVEGKRLRVGEYKALMRTRRQDARQSYVIPPQAGQVQMSSS
:::::::::::::::::::.:.::.::.:::::.::.:::. :: . . :: :. ....
CCDS44 QHLEKYPDYKYKPRPKRTCLVDGKKLRIGEYKAIMRNRRQEMRQYFNVGQQA-QIPIATA
610 620 630 640 650 660
550 560 570 580 590
pF1KB3 DVLYPRA---AGMPLAQPLVEHY-VPRSLDPNMPVIVNTCSLREEGEGTDDRHSVAD--G
:.:: : :::: . :: : : .:.:::: .: ... : .. .. : :
CCDS44 GVVYPGAIAMAGMPSPHLPSEHSSVSSSPEPGMPVIQSTYGVKGEEPHIKEEIQAEDING
670 680 690 700 710 720
600 610 620
pF1KB3 EMY-RYSEDEDSEG-EEKSDGELVVLTD
:.: .:.:.::. . ::.:
CCDS44 EIYDEYDEEEDDPDVDYGSDSENHIAGQAN
730 740 750
>>CCDS58217.1 SOX5 gene_id:6660|Hs108|chr12 (753 aa)
initn: 1270 init1: 679 opt: 836 Z-score: 489.9 bits: 101.1 E(32554): 5.8e-21
Smith-Waterman score: 1476; 44.8% identity (65.2% similar) in 652 aa overlap (58-616:97-745)
30 40 50 60 70 80
pF1KB3 EKKEPCHEAPQGSATAAEPQPGDPARASQDSADPQAPAQGNFRGSWDCSSPEGNGSPEPK
:..:: .:. : : . : . :.:: .
CCDS58 TCGHRTPTSQHNTMEVDGNKVMSSFAPHNSSTSPQKAEEGG-RQSGESLSSTALGTPERR
70 80 90 100 110 120
90 100 110 120 130 140
pF1KB3 RPGVSEAASG-SQEKLD-FNRNLKEVVPAIEKLLSSDWKERFLGRNSMEAKDVKGTQESL
. ....... .:.:.. . .: : .:.::::::.:::...:. .: . ..::: :::
CCDS58 KGSLADVVDTLKQRKMEELIKNEPEETPSIEKLLSKDWKDKLLAMGSGNFGEIKGTPESL
130 140 150 160 170 180
150 160 170 180 190 200
pF1KB3 AEKELQLLVMIHQLSTLRDQLLTAHSEQKNMAAMLFEKQQQQMELARQQQEQIAKQQQQL
:::: ::. ::.::..::.:::.::.:::..:: .:::.::::::.:::::::.:::::
CCDS58 AEKERQLMGMINQLTSLREQLLAAHDEQKKLAASQIEKQRQQMELAKQQQEQIARQQQQL
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250
pF1KB3 IQQQHKINLLQQQIQ-QVNMPYVMIPAFPPSHQPLPVTPDSQLALP--------------
.:::::::::::::: : ..: .:::.:::... : .. .. . ::
CCDS58 LQQQHKINLLQQQIQVQGQLPPLMIPVFPPDQRTLAAAAQQGFLLPPGFSYKAGCSDPYP
250 260 270 280 290 300
260 270
pF1KB3 IQPIPCK--------PVEYPLQLLHSPPA--------PVVKRPGA---------------
.: :: : :::: . : : : ::
CCDS58 VQLIPTTMAAAAAATPGLGPLQLQQLYAAQLAAMQVSPGGKLPGIPQGNLGAAVSPTSIH
310 320 330 340 350 360
280 290 300 310 320
pF1KB3 --MATHHP----LQEPSQPLNLTAKPK-----APELPNTSSSPSLKMSSCVPRPPSHGGP
.:. : .: .:::::.:::: .: :.. :.:...: . : . . :
CCDS58 TDKSTNSPPPKSKDEVAQPLNLSAKPKTSDGKSPTSPTSPHMPALRINSGAG-PLKASVP
370 380 390 400 410 420
330 340 350 360 370
pF1KB3 TRDLQSSPPSLPLGFLGEGDAVTKAIQDARQL---LHSHSGALDGS---------PNTPF
. . : .:.:.. ::::::::.:::. :. .. .:::. :
CCDS58 AALASPSARVSTIGYLNDHDAVTKAIQEARQMKEQLRREQQVLDGKVAVVNSLGLNNCRT
430 440 450 460 470 480
380 390 400 410 420
pF1KB3 RKDLISLDSSP----AKERLEDGCVHPLEEAMLSCDMDGSRHFPESR----------NSS
.:. .:.: .:. : : . . :: : ::: ::: :
CCDS58 EKEKTTLESLTQQLAVKQNEEGKFSHAMMDFNLSGDSDGSAGVSESRIYRESRGRGSNEP
490 500 510 520 530 540
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 HIKRPMNAFMVWAKDERRKILQAFPDMHNSSISKILGSRWKSMTNQEKQPYYEEQARLSR
::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::.::: :::::::::::::.
CCDS58 HIKRPMNAFMVWAKDERRKILQAFPDMHNSNISKILGSRWKAMTNLEKQPYYEEQARLSK
550 560 570 580 590 600
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 QHLEKYPDYKYKPRPKRTCIVEGKRLRVGEYKALMRTRRQDARQSYVIPPQAGQVQMSSS
:::::::::::::::::::.:.::.::.:::::.::.:::. :: . . :: :. ....
CCDS58 QHLEKYPDYKYKPRPKRTCLVDGKKLRIGEYKAIMRNRRQEMRQYFNVGQQA-QIPIATA
610 620 630 640 650 660
550 560 570 580 590
pF1KB3 DVLYPRA---AGMPLAQPLVEHY-VPRSLDPNMPVIVNTCSLREEGEGTDDRHSVAD--G
:.:: : :::: . :: : : .:.:::: .: ... : .. .. : :
CCDS58 GVVYPGAIAMAGMPSPHLPSEHSSVSSSPEPGMPVIQSTYGVKGEEPHIKEEIQAEDING
670 680 690 700 710 720
600 610 620
pF1KB3 EMY-RYSEDEDSEG-EEKSDGELVVLTD
:.: .:.:.::. . ::.:
CCDS58 EIYDEYDEEEDDPDVDYGSDSENHIAGQAN
730 740 750
>>CCDS8699.1 SOX5 gene_id:6660|Hs108|chr12 (763 aa)
initn: 1270 init1: 679 opt: 836 Z-score: 489.8 bits: 101.1 E(32554): 5.8e-21
Smith-Waterman score: 1476; 44.8% identity (65.2% similar) in 652 aa overlap (58-616:107-755)
30 40 50 60 70 80
pF1KB3 EKKEPCHEAPQGSATAAEPQPGDPARASQDSADPQAPAQGNFRGSWDCSSPEGNGSPEPK
:..:: .:. : : . : . :.:: .
CCDS86 TCGHRTPTSQHNTMEVDGNKVMSSFAPHNSSTSPQKAEEGG-RQSGESLSSTALGTPERR
80 90 100 110 120 130
90 100 110 120 130 140
pF1KB3 RPGVSEAASG-SQEKLD-FNRNLKEVVPAIEKLLSSDWKERFLGRNSMEAKDVKGTQESL
. ....... .:.:.. . .: : .:.::::::.:::...:. .: . ..::: :::
CCDS86 KGSLADVVDTLKQRKMEELIKNEPEETPSIEKLLSKDWKDKLLAMGSGNFGEIKGTPESL
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150 160 170 180 190 200
pF1KB3 AEKELQLLVMIHQLSTLRDQLLTAHSEQKNMAAMLFEKQQQQMELARQQQEQIAKQQQQL
:::: ::. ::.::..::.:::.::.:::..:: .:::.::::::.:::::::.:::::
CCDS86 AEKERQLMGMINQLTSLREQLLAAHDEQKKLAASQIEKQRQQMELAKQQQEQIARQQQQL
200 210 220 230 240 250
210 220 230 240 250
pF1KB3 IQQQHKINLLQQQIQ-QVNMPYVMIPAFPPSHQPLPVTPDSQLALP--------------
.:::::::::::::: : ..: .:::.:::... : .. .. . ::
CCDS86 LQQQHKINLLQQQIQVQGQLPPLMIPVFPPDQRTLAAAAQQGFLLPPGFSYKAGCSDPYP
260 270 280 290 300 310
260 270
pF1KB3 IQPIPCK--------PVEYPLQLLHSPPA--------PVVKRPGA---------------
.: :: : :::: . : : : ::
CCDS86 VQLIPTTMAAAAAATPGLGPLQLQQLYAAQLAAMQVSPGGKLPGIPQGNLGAAVSPTSIH
320 330 340 350 360 370
280 290 300 310 320
pF1KB3 --MATHHP----LQEPSQPLNLTAKPK-----APELPNTSSSPSLKMSSCVPRPPSHGGP
.:. : .: .:::::.:::: .: :.. :.:...: . : . . :
CCDS86 TDKSTNSPPPKSKDEVAQPLNLSAKPKTSDGKSPTSPTSPHMPALRINSGAG-PLKASVP
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330 340 350 360 370
pF1KB3 TRDLQSSPPSLPLGFLGEGDAVTKAIQDARQL---LHSHSGALDGS---------PNTPF
. . : .:.:.. ::::::::.:::. :. .. .:::. :
CCDS86 AALASPSARVSTIGYLNDHDAVTKAIQEARQMKEQLRREQQVLDGKVAVVNSLGLNNCRT
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pF1KB3 RKDLISLDSSP----AKERLEDGCVHPLEEAMLSCDMDGSRHFPESR----------NSS
.:. .:.: .:. : : . . :: : ::: ::: :
CCDS86 EKEKTTLESLTQQLAVKQNEEGKFSHAMMDFNLSGDSDGSAGVSESRIYRESRGRGSNEP
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430 440 450 460 470 480
pF1KB3 HIKRPMNAFMVWAKDERRKILQAFPDMHNSSISKILGSRWKSMTNQEKQPYYEEQARLSR
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CCDS86 HIKRPMNAFMVWAKDERRKILQAFPDMHNSNISKILGSRWKAMTNLEKQPYYEEQARLSK
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pF1KB3 QHLEKYPDYKYKPRPKRTCIVEGKRLRVGEYKALMRTRRQDARQSYVIPPQAGQVQMSSS
:::::::::::::::::::.:.::.::.:::::.::.:::. :: . . :: :. ....
CCDS86 QHLEKYPDYKYKPRPKRTCLVDGKKLRIGEYKAIMRNRRQEMRQYFNVGQQA-QIPIATA
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pF1KB3 DVLYPRA---AGMPLAQPLVEHY-VPRSLDPNMPVIVNTCSLREEGEGTDDRHSVAD--G
:.:: : :::: . :: : : .:.:::: .: ... : .. .. : :
CCDS86 GVVYPGAIAMAGMPSPHLPSEHSSVSSSPEPGMPVIQSTYGVKGEEPHIKEEIQAEDING
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pF1KB3 EMY-RYSEDEDSEG-EEKSDGELVVLTD
:.: .:.:.::. . ::.:
CCDS86 EIYDEYDEEEDDPDVDYGSDSENHIAGQAN
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60 70 80 90 100 110
pF1KB3 -QDSADPQAPAQGNFRGSWDCSSPEGNGSPEPKRPGVSEAASG-SQEKLD-FNRNLKEVV
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CCDS58 HNSSTSPQKAEEGG-RQSGESLSSTALGTPERRKGSLADVVDTLKQRKMEELIKNEPEET
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pF1KB3 QKNMAAMLFEKQQQQMELARQQQEQIAKQQQQLIQQQHKINLLQQQIQ-QVNMPYVMIPA
::..:: .:::.::::::.:::::::.:::::.:::::::::::::: : ..: .:::.
CCDS58 QKKLAASQIEKQRQQMELAKQQQEQIARQQQQLLQQQHKINLLQQQIQVQGQLPPLMIPV
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240 250 260 270 280 290
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CCDS58 FPPDQRTLAAAAQQGFLLP-------P-GFSYKAGCSDPYPVQLIPTTMAAAAAATPGLG
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::.: . : .: . ::. :. :..: : :: . . :
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. .:. ... . :.. . : :: .. : .. :.: : . . :: : :
CCDS58 S--------IHTDKSTNSPPPKSKEKTTLESLTQQLAVKQNEEGKFSHAMMDFNLSGDSD
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CCDS58 TYGVKGEEPHIKEEIQAEDINGEIYDEYDEEEDDPDVDYGSDSENHIAGQAN
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. . :: :. .... :.:: : :::: . :: : : .:.:::: .: ...
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pF1KB3 EGEGTDDRHSVAD--GEMY-RYSEDEDSEG-EEKSDGELVVLTD
: .. .. : ::.: .:.:.::. . ::.:
CCDS41 EEPHIKEEIQAEDINGEIYDEYDEEEDDPDVDYGSDSENHIAGQAN
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260 270 280
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310 320 330 340
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...:: .: .: .: : .: : :. :: : : ...:. :
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:: . : :.: : :.:: : . ..:.
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pF1KB3 S----HIKRPMNAFMVWAKDERRKILQAFPDMHNSSISKILGSRWKSMTNQEKQPYYEEQ
. ::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::.:::::::::::
CCDS53 ASSEPHIKRPMNAFMVWAKDERRKILQAFPDMHNSNISKILGSRWKSMSNQEKQPYYEEQ
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CCDS53 ARLSKIHLEKYPNYKYKPRPKRTCIVDGKKLRIGEYKQLMRSRRQEMRQFFTVGQQP-QI
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... . :.:: : : . : . . : .:..::: .: ... .: :. .
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pF1KB3 SVADGE--MYRYSEDEDSEGEEKSDGELVVLTD
. .:: : :.. :: . :::
CCDS53 EMINGEDEMEMYDDYED---DPKSDYSSENEAPEAVSAN
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pF1KB3 WDCSSPEGNGSPEPKRPGVSEAASGSQEKLDFNRNLKEVVPAIEKLLSSDWKERFLGRNS
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CCDS53 SELLGEIKGTPESLAEKERQLSTMITQLISLREQLLAAHDEQKKLAASQIEKQRQQMDLA
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CCDS53 RQQQEQIARQQQQLLQQQHKINLLQQQIQVQGHMPPLMIPIFPHDQRTLAAAAAAQQGFL
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260 270 280
pF1KB3 IQP-IPCKPVE-YPLQLLHSPPAPVVKR---------------------PGAMATHHPLQ
. : : :: . ::.:.. : : .. ::: : :
CCDS53 FPPGITYKPGDNYPVQFIPSTMAAAAASGLSPLQLQQLYAAQLASMQVSPGAKMPSTP-Q
300 310 320 330 340 350
290 300
pF1KB3 EPS-----------------------------QPLNLTAKPKAPE------------LPN
:. :::::...::. : .:
CCDS53 PPNTAGTVSPTGIKNEKRGTSPVTQVKDEAAAQPLNLSSRPKTAEPVKSPTSPTQNLFPA
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pF1KB3 TSSSP-SLKMSSCVPRP---------------PSHGGPTR--DLQSSPPSLPLGFLGEGD
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CCDS53 SKTSPVNLPNKSSIPSPIGGSLGRGSSLGKWKSQHQEETYELDILSSLNS-P-ALFGDQD
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pF1KB3 AVTKAIQDARQL--------LHSHSGALDGSPNTPFRKDLISLDSSPAKERLE-------
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CCDS53 TVMKAIQEARKMREQIQREQQQQQPHGVDGKLSSINNMGLNSCRNEKERTRFENLGPQLT
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CCDS53 GKSNEDGKLGPGVIDLTRPEDAEGSKAMNGSAAKLQQYYCWPTGGATVAEARVYRDARGR
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. ::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::.:::::::::::
CCDS53 ASSEPHIKRPMNAFMVWAKDERRKILQAFPDMHNSNISKILGSRWKSMSNQEKQPYYEEQ
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CCDS53 ARLSKIHLEKYPNYKYKPRPKRTCIVDGKKLRIGEYKQLMRSRRQEMRQFFTVGQQP-QI
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pF1KB3 QMSS-SDVLYPRAAGMPLAQPLVEHY-----VPRSLDPNMPVIVNTCSLREEGEGTDDRH
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CCDS53 PITTGTGVVYPGAITMATTTPSPQMTSDCSSTSASPEPSLPVIQSTYGMKTDG-GSLAGN
710 720 730 740 750 760
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pF1KB3 SVADGE--MYRYSEDEDSEGEEKSDGELVVLTD
. .:: : :.. :: . :::
CCDS53 EMINGEDEMEMYDDYED---DPKSDYSSENEAPEAVSAN
770 780 790 800
>>CCDS7821.1 SOX6 gene_id:55553|Hs108|chr11 (808 aa)
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pF1KB3 EPKRPGVSEAASGSQEKLDFNRNLKEVVPAIEKLLSSDWKERFLGRNSMEA-KDVKGTQE
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CCDS78 RKGSLADVVDTLKQKKLEEMTRTEQEDSSCMEKLLSKDWKEKMERLNTSELLGEIKGTPE
130 140 150 160 170 180
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pF1KB3 SLAEKELQLLVMIHQLSTLRDQLLTAHSEQKNMAAMLFEKQQQQMELARQQQEQIAKQQQ
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CCDS78 SLAEKERQLSTMITQLISLREQLLAAHDEQKKLAASQIEKQRQQMDLARQQQEQIARQQQ
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::: : : :.
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