Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3091
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3091, 934 aa
1>>>pF1KB3091 934 - 934 aa - 934 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2950+/-0.00139; mu= 16.0279+/- 0.083
mean_var=77.0764+/-14.973, 0's: 0 Z-trim(99.3): 40 B-trim: 0 in 0/49
Lambda= 0.146088
statistics sampled from 5652 (5673) to 5652 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.509), E-opt: 0.2 (0.174), width: 16
Scan time: 3.730
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1834.1 MSH2 gene_id:4436|Hs108|chr2 ( 934) 6015 1278.4 0
CCDS58709.1 MSH2 gene_id:4436|Hs108|chr2 ( 868) 5587 1188.1 0
CCDS34195.1 MSH3 gene_id:4437|Hs108|chr5 (1137) 778 174.6 9.3e-43
CCDS670.1 MSH4 gene_id:4438|Hs108|chr1 ( 936) 752 169.1 3.5e-41
CCDS62907.1 MSH6 gene_id:2956|Hs108|chr2 (1058) 590 135.0 7.4e-31
CCDS62906.1 MSH6 gene_id:2956|Hs108|chr2 (1230) 590 135.0 8.5e-31
CCDS1836.1 MSH6 gene_id:2956|Hs108|chr2 (1360) 590 135.0 9.3e-31
CCDS4720.1 MSH5 gene_id:4439|Hs108|chr6 ( 834) 554 127.4 1.1e-28
CCDS34410.1 MSH5 gene_id:4439|Hs108|chr6 ( 835) 544 125.3 4.9e-28
CCDS34409.2 MSH5 gene_id:4439|Hs108|chr6 ( 822) 500 116.0 3e-25
>>CCDS1834.1 MSH2 gene_id:4436|Hs108|chr2 (934 aa)
initn: 6015 init1: 6015 opt: 6015 Z-score: 6847.7 bits: 1278.4 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6015; 100.0% identity (100.0% similar) in 934 aa overlap (1-934:1-934)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MAVQPKETLQLESAAEVGFVRFFQGMPEKPTTTVRLFDRGDFYTAHGEDALLAAREVFKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 MAVQPKETLQLESAAEVGFVRFFQGMPEKPTTTVRLFDRGDFYTAHGEDALLAAREVFKT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 QGVIKYMGPAGAKNLQSVVLSKMNFESFVKDLLLVRQYRVEVYKNRAGNKASKENDWYLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 QGVIKYMGPAGAKNLQSVVLSKMNFESFVKDLLLVRQYRVEVYKNRAGNKASKENDWYLA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 YKASPGNLSQFEDILFGNNDMSASIGVVGVKMSAVDGQRQVGVGYVDSIQRKLGLCEFPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 YKASPGNLSQFEDILFGNNDMSASIGVVGVKMSAVDGQRQVGVGYVDSIQRKLGLCEFPD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 NDQFSNLEALLIQIGPKECVLPGGETAGDMGKLRQIIQRGGILITERKKADFSTKDIYQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 NDQFSNLEALLIQIGPKECVLPGGETAGDMGKLRQIIQRGGILITERKKADFSTKDIYQD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 LNRLLKGKKGEQMNSAVLPEMENQVAVSSLSAVIKFLELLSDDSNFGQFELTTFDFSQYM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 LNRLLKGKKGEQMNSAVLPEMENQVAVSSLSAVIKFLELLSDDSNFGQFELTTFDFSQYM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 KLDIAAVRALNLFQGSVEDTTGSQSLAALLNKCKTPQGQRLVNQWIKQPLMDKNRIEERL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 KLDIAAVRALNLFQGSVEDTTGSQSLAALLNKCKTPQGQRLVNQWIKQPLMDKNRIEERL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 NLVEAFVEDAELRQTLQEDLLRRFPDLNRLAKKFQRQAANLQDCYRLYQGINQLPNVIQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 NLVEAFVEDAELRQTLQEDLLRRFPDLNRLAKKFQRQAANLQDCYRLYQGINQLPNVIQA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 LEKHEGKHQKLLLAVFVTPLTDLRSDFSKFQEMIETTLDMDQVENHEFLVKPSFDPNLSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 LEKHEGKHQKLLLAVFVTPLTDLRSDFSKFQEMIETTLDMDQVENHEFLVKPSFDPNLSE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 LREIMNDLEKKMQSTLISAARDLGLDPGKQIKLDSSAQFGYYFRVTCKEEKVLRNNKNFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 LREIMNDLEKKMQSTLISAARDLGLDPGKQIKLDSSAQFGYYFRVTCKEEKVLRNNKNFS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 TVDIQKNGVKFTNSKLTSLNEEYTKNKTEYEEAQDAIVKEIVNISSGYVEPMQTLNDVLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 TVDIQKNGVKFTNSKLTSLNEEYTKNKTEYEEAQDAIVKEIVNISSGYVEPMQTLNDVLA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 QLDAVVSFAHVSNGAPVPYVRPAILEKGQGRIILKASRHACVEVQDEIAFIPNDVYFEKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 QLDAVVSFAHVSNGAPVPYVRPAILEKGQGRIILKASRHACVEVQDEIAFIPNDVYFEKD
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 KQMFHIITGPNMGGKSTYIRQTGVIVLMAQIGCFVPCESAEVSIVDCILARVGAGDSQLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 KQMFHIITGPNMGGKSTYIRQTGVIVLMAQIGCFVPCESAEVSIVDCILARVGAGDSQLK
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 GVSTFMAEMLETASILRSATKDSLIIIDELGRGTSTYDGFGLAWAISEYIATKIGAFCMF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 GVSTFMAEMLETASILRSATKDSLIIIDELGRGTSTYDGFGLAWAISEYIATKIGAFCMF
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 ATHFHELTALANQIPTVNNLHVTALTTEETLTMLYQVKKGVCDQSFGIHVAELANFPKHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 ATHFHELTALANQIPTVNNLHVTALTTEETLTMLYQVKKGVCDQSFGIHVAELANFPKHV
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 IECAKQKALELEEFQYIGESQGYDIMEPAAKKCYLEREQGEKIIQEFLSKVKQMPFTEMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 IECAKQKALELEEFQYIGESQGYDIMEPAAKKCYLEREQGEKIIQEFLSKVKQMPFTEMS
850 860 870 880 890 900
910 920 930
pF1KB3 EENITIKLKQLKAEVIAKNNSFVNEIISRIKVTT
::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 EENITIKLKQLKAEVIAKNNSFVNEIISRIKVTT
910 920 930
>>CCDS58709.1 MSH2 gene_id:4436|Hs108|chr2 (868 aa)
initn: 5587 init1: 5587 opt: 5587 Z-score: 6360.7 bits: 1188.1 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5587; 100.0% identity (100.0% similar) in 868 aa overlap (67-934:1-868)
40 50 60 70 80 90
pF1KB3 FDRGDFYTAHGEDALLAAREVFKTQGVIKYMGPAGAKNLQSVVLSKMNFESFVKDLLLVR
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MGPAGAKNLQSVVLSKMNFESFVKDLLLVR
10 20 30
100 110 120 130 140 150
pF1KB3 QYRVEVYKNRAGNKASKENDWYLAYKASPGNLSQFEDILFGNNDMSASIGVVGVKMSAVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 QYRVEVYKNRAGNKASKENDWYLAYKASPGNLSQFEDILFGNNDMSASIGVVGVKMSAVD
40 50 60 70 80 90
160 170 180 190 200 210
pF1KB3 GQRQVGVGYVDSIQRKLGLCEFPDNDQFSNLEALLIQIGPKECVLPGGETAGDMGKLRQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 GQRQVGVGYVDSIQRKLGLCEFPDNDQFSNLEALLIQIGPKECVLPGGETAGDMGKLRQI
100 110 120 130 140 150
220 230 240 250 260 270
pF1KB3 IQRGGILITERKKADFSTKDIYQDLNRLLKGKKGEQMNSAVLPEMENQVAVSSLSAVIKF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 IQRGGILITERKKADFSTKDIYQDLNRLLKGKKGEQMNSAVLPEMENQVAVSSLSAVIKF
160 170 180 190 200 210
280 290 300 310 320 330
pF1KB3 LELLSDDSNFGQFELTTFDFSQYMKLDIAAVRALNLFQGSVEDTTGSQSLAALLNKCKTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LELLSDDSNFGQFELTTFDFSQYMKLDIAAVRALNLFQGSVEDTTGSQSLAALLNKCKTP
220 230 240 250 260 270
340 350 360 370 380 390
pF1KB3 QGQRLVNQWIKQPLMDKNRIEERLNLVEAFVEDAELRQTLQEDLLRRFPDLNRLAKKFQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 QGQRLVNQWIKQPLMDKNRIEERLNLVEAFVEDAELRQTLQEDLLRRFPDLNRLAKKFQR
280 290 300 310 320 330
400 410 420 430 440 450
pF1KB3 QAANLQDCYRLYQGINQLPNVIQALEKHEGKHQKLLLAVFVTPLTDLRSDFSKFQEMIET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 QAANLQDCYRLYQGINQLPNVIQALEKHEGKHQKLLLAVFVTPLTDLRSDFSKFQEMIET
340 350 360 370 380 390
460 470 480 490 500 510
pF1KB3 TLDMDQVENHEFLVKPSFDPNLSELREIMNDLEKKMQSTLISAARDLGLDPGKQIKLDSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 TLDMDQVENHEFLVKPSFDPNLSELREIMNDLEKKMQSTLISAARDLGLDPGKQIKLDSS
400 410 420 430 440 450
520 530 540 550 560 570
pF1KB3 AQFGYYFRVTCKEEKVLRNNKNFSTVDIQKNGVKFTNSKLTSLNEEYTKNKTEYEEAQDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 AQFGYYFRVTCKEEKVLRNNKNFSTVDIQKNGVKFTNSKLTSLNEEYTKNKTEYEEAQDA
460 470 480 490 500 510
580 590 600 610 620 630
pF1KB3 IVKEIVNISSGYVEPMQTLNDVLAQLDAVVSFAHVSNGAPVPYVRPAILEKGQGRIILKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 IVKEIVNISSGYVEPMQTLNDVLAQLDAVVSFAHVSNGAPVPYVRPAILEKGQGRIILKA
520 530 540 550 560 570
640 650 660 670 680 690
pF1KB3 SRHACVEVQDEIAFIPNDVYFEKDKQMFHIITGPNMGGKSTYIRQTGVIVLMAQIGCFVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SRHACVEVQDEIAFIPNDVYFEKDKQMFHIITGPNMGGKSTYIRQTGVIVLMAQIGCFVP
580 590 600 610 620 630
700 710 720 730 740 750
pF1KB3 CESAEVSIVDCILARVGAGDSQLKGVSTFMAEMLETASILRSATKDSLIIIDELGRGTST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 CESAEVSIVDCILARVGAGDSQLKGVSTFMAEMLETASILRSATKDSLIIIDELGRGTST
640 650 660 670 680 690
760 770 780 790 800 810
pF1KB3 YDGFGLAWAISEYIATKIGAFCMFATHFHELTALANQIPTVNNLHVTALTTEETLTMLYQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 YDGFGLAWAISEYIATKIGAFCMFATHFHELTALANQIPTVNNLHVTALTTEETLTMLYQ
700 710 720 730 740 750
820 830 840 850 860 870
pF1KB3 VKKGVCDQSFGIHVAELANFPKHVIECAKQKALELEEFQYIGESQGYDIMEPAAKKCYLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 VKKGVCDQSFGIHVAELANFPKHVIECAKQKALELEEFQYIGESQGYDIMEPAAKKCYLE
760 770 780 790 800 810
880 890 900 910 920 930
pF1KB3 REQGEKIIQEFLSKVKQMPFTEMSEENITIKLKQLKAEVIAKNNSFVNEIISRIKVTT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 REQGEKIIQEFLSKVKQMPFTEMSEENITIKLKQLKAEVIAKNNSFVNEIISRIKVTT
820 830 840 850 860
>>CCDS34195.1 MSH3 gene_id:4437|Hs108|chr5 (1137 aa)
initn: 742 init1: 476 opt: 778 Z-score: 881.1 bits: 174.6 E(32554): 9.3e-43
Smith-Waterman score: 871; 28.2% identity (61.2% similar) in 735 aa overlap (161-852:388-1094)
140 150 160 170 180 190
pF1KB3 FEDILFGNNDMSASIGVVGVKMSAVDGQRQVGVGYVDSIQRKLGLCEFPDNDQFSNLEAL
.:. :. .. . : :. . :.::.
CCDS34 EIMTDTSTSYLLCISENKENVRDKKKGNIFIGIVGVQPATGEVVFDSFQDSASRSELETR
360 370 380 390 400 410
200 210 220 230 240
pF1KB3 LIQIGPKECVLPGG---ETAGDMGKLRQI-IQRGGILITERKKADFSTKDIYQDLNRLLK
. .. : : .::.. .: . . . .. .: : . . . : . .: ....
CCDS34 MSSLQPVELLLPSALSEQTEALIHRATSVSVQDDRIRVERMDNIYFEYSHAFQAVTEFYA
420 430 440 450 460 470
250 260 270 280 290
pF1KB3 GK----KGEQMNSAVLPEMENQVAVSSLSAVIKFLE------LLSDDSNFGQFELTTFDF
:: :. :... ..:. : . ::.:.::.:. .:: :: :. . ..:
CCDS34 KDTVDIKGSQIISGIV-NLEKPV-ICSLAAIIKYLKEFNLEKMLSKPENFKQLS-SKMEF
480 490 500 510 520 530
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 SQYMKLDIAAVRALNLFQGSVEDTTGSQSLAALLNKCKTPQGQRLVNQWIKQPLMDKNRI
: .. ...: :...:... : . :: .:.. :: :.: ...:. :::. .:
CCDS34 ---MTINGTTLRNLEILQNQT-DMKTKGSLLWVLDHTKTSFGRRKLKKWVTQPLLKLREI
540 550 560 570 580 590
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 EERLNLVEAFVEDAELRQTLQEDLLRRFPDLNRLAKKFQRQAANLQDCYRLYQGINQLPN
. ::. : ... :. ::..::..: .. .. . :. . . . . .: .
CCDS34 NARLDAVSEVLHSESSVFGQIENHLRKLPDIERGLCSIYHKKCSTQEFFLIVKTLYHLKS
600 610 620 630 640 650
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 VIQALEKHEGKH-QKLLLAVFVTPLTDLRSDFSKFQEMIETTLDMDQVENHEFLVKPSFD
.::. ..: :. :: . . . .: : .. .... . .: .. : :
CCDS34 EFQAIIPAVNSHIQSDLLRTVILEIPELLSPVEHYLKILNE--QAAKVGDKTELFK----
660 670 680 690 700
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 PNLSELREIMNDLEKKMQSTLISAARDLGLDPGKQIKLDSSAQFGYYFRVTCKEEKVLRN
.::.. ... . ..:. .:. : . :. ..: . :::. :: . .. . .
CCDS34 -DLSDF-PLIKKRKDEIQG-VIDEIR-MHLQEIRKILKNPSAQY-----VTVSGQEFMIE
710 720 730 740 750
540 550 560 570 580
pF1KB3 NKNFSTVDIQKNGVKFTNSKLTS-LNEEY-TKNKTEYEEAQDAIV----KEIVNISSGYV
:: .. : . :: ..: .: .. . ..: . .. .. .: : ... .
CCDS34 IKNSAVSCIPTDWVKVGSTKAVSRFHSPFIVENYRHLNQLREQLVLDCSAEWLDFLEKFS
760 770 780 790 800 810
590 600 610 620 630 640
pF1KB3 EPMQTLNDV---LAQLDAVVSFAHVSNGAPVPYVRPAILEKGQGRIILKASRHACVEV--
: ...: . :: .: . :.:.:.. . : ::.. : . .:..: .:: ..:
CCDS34 EHYHSLCKAVHHLATVDCIFSLAKVAKQGD--YCRPTVQE--ERKIVIKNGRHPVIDVLL
820 830 840 850 860 870
650 660 670 680 690 700
pF1KB3 --QDEIAFIPNDVYFEKDKQMFHIITGPNMGGKSTYIRQTGVIVLMAQIGCFVPCESAEV
::. ..::.. . .:.. :::::::::::.::.:...:..::::: .:: : : .
CCDS34 GEQDQ--YVPNNTDLSEDSERVMIITGPNMGGKSSYIKQVALITIMAQIGSYVPAEEATI
880 890 900 910 920
710 720 730 740 750 760
pF1KB3 SIVDCILARVGAGDSQLKGVSTFMAEMLETASILRSATKDSLIIIDELGRGTSTYDGFGL
.::: :..:.::.:. :: :::: :. .:: :.:.::..::.:.:::::::::.::...
CCDS34 GIVDGIFTRMGAADNIYKGQSTFMEELTDTAEIIRKATSQSLVILDELGRGTSTHDGIAI
930 940 950 960 970 980
770 780 790 800 810
pF1KB3 AWAISEYIATKIGAFCMFATHFHELTALA-NQIPTVNNLHVTALTTEET-----------
:.: ::. . .. .:.::. . : : :.: :. :..:.
CCDS34 AYATLEYFIRDVKSLTLFVTHYPPVCELEKNYSHQVGNYHMGFLVSEDESKLDPGAAEQV
990 1000 1010 1020 1030 1040
820 830 840 850 860
pF1KB3 ---LTMLYQVKKGVCDQSFGIHVAELANFPKHVIECAKQKALELEEFQYIGESQGYDIME
.:.:::. .:. .:.:..::.::. : .... : .:. :::
CCDS34 PDFVTFLYQITRGIAARSYGLNVAKLADVPGEILKKAAHKSKELEGLINTKRKRLKYFAK
1050 1060 1070 1080 1090 1100
870 880 890 900 910 920
pF1KB3 PAAKKCYLEREQGEKIIQEFLSKVKQMPFTEMSEENITIKLKQLKAEVIAKNNSFVNEII
CCDS34 LWTMHNAQDLQKWTEEFNMEETQTSLLH
1110 1120 1130
>>CCDS670.1 MSH4 gene_id:4438|Hs108|chr1 (936 aa)
initn: 564 init1: 329 opt: 752 Z-score: 852.9 bits: 169.1 E(32554): 3.5e-41
Smith-Waterman score: 752; 27.1% identity (60.1% similar) in 716 aa overlap (160-846:170-863)
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 QFEDILFGNNDMSASIGVVGVKMSAVDGQRQVGVGYVDSIQRKLGLCEFPDNDQFSNLEA
..:.. .: . .. : .: :: .... .
CCDS67 GYSASSSSAISAHSPSVIVAVVEGRGLARGEIGMASIDLKNPQIILSQFADNTTYAKVIT
140 150 160 170 180 190
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 LLIQIGPKECVLPGGETAGDMGKLRQIIQRGGILITER-KKADFSTKDIYQDLNRLLKGK
: ..: : .. ..:: .:. ... :::: :...:.: : . ::
CCDS67 KLKILSPLEIIM--SNTACAVGNSTKLFT----LITENFKNVNFTT--IQRKYFNETKGL
200 210 220 230 240 250
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 KG-EQMN----SAVLPEMENQV-AVSSLSAVIKFLELLSDDSNFGQFELTTFDFS-QYMK
. ::. :.:: :.... .....:..:..:..... . :. : :
CCDS67 EYIEQLCIAEFSTVLMEVQSKYYCLAAVAALLKYVEFIQNSVYAPKSLKICFQGSEQTAM
260 270 280 290 300 310
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 LDIAAVRALNLFQGSVEDTTGSQSLAALLNKCKTPQGQRLVNQWIKQPLMDKNRIEERLN
.: .... :.:. .. .: ....: ..:: ::: :.: . . : .::.: . :. ::.
CCDS67 IDSSSAQNLELLINN-QDYRNNHTLFGVLNYTKTPGGSRRLRSNILEPLVDIETINMRLD
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370 380 390 400 410
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