Result of FASTA (omim) for
pF1KB3091
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3091, 934 aa
1>>>pF1KB3091 934 - 934 aa - 934 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3434+/-0.000613; mu= 16.4629+/- 0.038
mean_var=91.1918+/-18.937, 0's: 0 Z-trim(106.4): 78 B-trim: 858 in 1/52
Lambda= 0.134306
statistics sampled from 14462 (14520) to 14462 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.496), E-opt: 0.2 (0.17), width: 16
Scan time: 12.440
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_000242 (OMIM: 120435,158320,276300,609309) DNA ( 934) 6015 1177.0 0
XP_011531169 (OMIM: 120435,158320,276300,609309) P ( 924) 5681 1112.3 0
XP_005264389 (OMIM: 120435,158320,276300,609309) P ( 974) 5681 1112.3 0
NP_001245210 (OMIM: 120435,158320,276300,609309) D ( 868) 5587 1094.1 0
NP_002430 (OMIM: 600887,608089,617100) DNA mismatc (1137) 778 162.3 1.2e-38
NP_002431 (OMIM: 602105) mutS protein homolog 4 [H ( 936) 752 157.2 3.5e-37
NP_001268423 (OMIM: 276300,600678,608089,614350) D (1058) 590 125.9 1.1e-27
NP_001268422 (OMIM: 276300,600678,608089,614350) D (1058) 590 125.9 1.1e-27
NP_001268421 (OMIM: 276300,600678,608089,614350) D (1230) 590 125.9 1.2e-27
XP_011531101 (OMIM: 276300,600678,608089,614350) P (1261) 590 125.9 1.3e-27
XP_011531100 (OMIM: 276300,600678,608089,614350) P (1299) 590 125.9 1.3e-27
NP_000170 (OMIM: 276300,600678,608089,614350) DNA (1360) 590 125.9 1.3e-27
NP_751898 (OMIM: 603382) mutS protein homolog 5 is ( 834) 554 118.8 1.1e-25
NP_002432 (OMIM: 603382) mutS protein homolog 5 is ( 834) 554 118.8 1.1e-25
NP_751897 (OMIM: 603382) mutS protein homolog 5 is ( 835) 544 116.9 4.3e-25
NP_079535 (OMIM: 603382) mutS protein homolog 5 is ( 822) 500 108.4 1.6e-22
>>NP_000242 (OMIM: 120435,158320,276300,609309) DNA mism (934 aa)
initn: 6015 init1: 6015 opt: 6015 Z-score: 6299.9 bits: 1177.0 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6015; 100.0% identity (100.0% similar) in 934 aa overlap (1-934:1-934)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MAVQPKETLQLESAAEVGFVRFFQGMPEKPTTTVRLFDRGDFYTAHGEDALLAAREVFKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MAVQPKETLQLESAAEVGFVRFFQGMPEKPTTTVRLFDRGDFYTAHGEDALLAAREVFKT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 QGVIKYMGPAGAKNLQSVVLSKMNFESFVKDLLLVRQYRVEVYKNRAGNKASKENDWYLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 QGVIKYMGPAGAKNLQSVVLSKMNFESFVKDLLLVRQYRVEVYKNRAGNKASKENDWYLA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 YKASPGNLSQFEDILFGNNDMSASIGVVGVKMSAVDGQRQVGVGYVDSIQRKLGLCEFPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 YKASPGNLSQFEDILFGNNDMSASIGVVGVKMSAVDGQRQVGVGYVDSIQRKLGLCEFPD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 NDQFSNLEALLIQIGPKECVLPGGETAGDMGKLRQIIQRGGILITERKKADFSTKDIYQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 NDQFSNLEALLIQIGPKECVLPGGETAGDMGKLRQIIQRGGILITERKKADFSTKDIYQD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 LNRLLKGKKGEQMNSAVLPEMENQVAVSSLSAVIKFLELLSDDSNFGQFELTTFDFSQYM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LNRLLKGKKGEQMNSAVLPEMENQVAVSSLSAVIKFLELLSDDSNFGQFELTTFDFSQYM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 KLDIAAVRALNLFQGSVEDTTGSQSLAALLNKCKTPQGQRLVNQWIKQPLMDKNRIEERL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 KLDIAAVRALNLFQGSVEDTTGSQSLAALLNKCKTPQGQRLVNQWIKQPLMDKNRIEERL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 NLVEAFVEDAELRQTLQEDLLRRFPDLNRLAKKFQRQAANLQDCYRLYQGINQLPNVIQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 NLVEAFVEDAELRQTLQEDLLRRFPDLNRLAKKFQRQAANLQDCYRLYQGINQLPNVIQA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 LEKHEGKHQKLLLAVFVTPLTDLRSDFSKFQEMIETTLDMDQVENHEFLVKPSFDPNLSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LEKHEGKHQKLLLAVFVTPLTDLRSDFSKFQEMIETTLDMDQVENHEFLVKPSFDPNLSE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 LREIMNDLEKKMQSTLISAARDLGLDPGKQIKLDSSAQFGYYFRVTCKEEKVLRNNKNFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LREIMNDLEKKMQSTLISAARDLGLDPGKQIKLDSSAQFGYYFRVTCKEEKVLRNNKNFS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 TVDIQKNGVKFTNSKLTSLNEEYTKNKTEYEEAQDAIVKEIVNISSGYVEPMQTLNDVLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 TVDIQKNGVKFTNSKLTSLNEEYTKNKTEYEEAQDAIVKEIVNISSGYVEPMQTLNDVLA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 QLDAVVSFAHVSNGAPVPYVRPAILEKGQGRIILKASRHACVEVQDEIAFIPNDVYFEKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 QLDAVVSFAHVSNGAPVPYVRPAILEKGQGRIILKASRHACVEVQDEIAFIPNDVYFEKD
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 KQMFHIITGPNMGGKSTYIRQTGVIVLMAQIGCFVPCESAEVSIVDCILARVGAGDSQLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 KQMFHIITGPNMGGKSTYIRQTGVIVLMAQIGCFVPCESAEVSIVDCILARVGAGDSQLK
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 GVSTFMAEMLETASILRSATKDSLIIIDELGRGTSTYDGFGLAWAISEYIATKIGAFCMF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GVSTFMAEMLETASILRSATKDSLIIIDELGRGTSTYDGFGLAWAISEYIATKIGAFCMF
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 ATHFHELTALANQIPTVNNLHVTALTTEETLTMLYQVKKGVCDQSFGIHVAELANFPKHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 ATHFHELTALANQIPTVNNLHVTALTTEETLTMLYQVKKGVCDQSFGIHVAELANFPKHV
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 IECAKQKALELEEFQYIGESQGYDIMEPAAKKCYLEREQGEKIIQEFLSKVKQMPFTEMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 IECAKQKALELEEFQYIGESQGYDIMEPAAKKCYLEREQGEKIIQEFLSKVKQMPFTEMS
850 860 870 880 890 900
910 920 930
pF1KB3 EENITIKLKQLKAEVIAKNNSFVNEIISRIKVTT
::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 EENITIKLKQLKAEVIAKNNSFVNEIISRIKVTT
910 920 930
>>XP_011531169 (OMIM: 120435,158320,276300,609309) PREDI (924 aa)
initn: 5681 init1: 5681 opt: 5681 Z-score: 5950.2 bits: 1112.3 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5681; 100.0% identity (100.0% similar) in 878 aa overlap (1-878:1-878)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MAVQPKETLQLESAAEVGFVRFFQGMPEKPTTTVRLFDRGDFYTAHGEDALLAAREVFKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MAVQPKETLQLESAAEVGFVRFFQGMPEKPTTTVRLFDRGDFYTAHGEDALLAAREVFKT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 QGVIKYMGPAGAKNLQSVVLSKMNFESFVKDLLLVRQYRVEVYKNRAGNKASKENDWYLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QGVIKYMGPAGAKNLQSVVLSKMNFESFVKDLLLVRQYRVEVYKNRAGNKASKENDWYLA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 YKASPGNLSQFEDILFGNNDMSASIGVVGVKMSAVDGQRQVGVGYVDSIQRKLGLCEFPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YKASPGNLSQFEDILFGNNDMSASIGVVGVKMSAVDGQRQVGVGYVDSIQRKLGLCEFPD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 NDQFSNLEALLIQIGPKECVLPGGETAGDMGKLRQIIQRGGILITERKKADFSTKDIYQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NDQFSNLEALLIQIGPKECVLPGGETAGDMGKLRQIIQRGGILITERKKADFSTKDIYQD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 LNRLLKGKKGEQMNSAVLPEMENQVAVSSLSAVIKFLELLSDDSNFGQFELTTFDFSQYM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LNRLLKGKKGEQMNSAVLPEMENQVAVSSLSAVIKFLELLSDDSNFGQFELTTFDFSQYM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 KLDIAAVRALNLFQGSVEDTTGSQSLAALLNKCKTPQGQRLVNQWIKQPLMDKNRIEERL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KLDIAAVRALNLFQGSVEDTTGSQSLAALLNKCKTPQGQRLVNQWIKQPLMDKNRIEERL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 NLVEAFVEDAELRQTLQEDLLRRFPDLNRLAKKFQRQAANLQDCYRLYQGINQLPNVIQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NLVEAFVEDAELRQTLQEDLLRRFPDLNRLAKKFQRQAANLQDCYRLYQGINQLPNVIQA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 LEKHEGKHQKLLLAVFVTPLTDLRSDFSKFQEMIETTLDMDQVENHEFLVKPSFDPNLSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LEKHEGKHQKLLLAVFVTPLTDLRSDFSKFQEMIETTLDMDQVENHEFLVKPSFDPNLSE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 LREIMNDLEKKMQSTLISAARDLGLDPGKQIKLDSSAQFGYYFRVTCKEEKVLRNNKNFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LREIMNDLEKKMQSTLISAARDLGLDPGKQIKLDSSAQFGYYFRVTCKEEKVLRNNKNFS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 TVDIQKNGVKFTNSKLTSLNEEYTKNKTEYEEAQDAIVKEIVNISSGYVEPMQTLNDVLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TVDIQKNGVKFTNSKLTSLNEEYTKNKTEYEEAQDAIVKEIVNISSGYVEPMQTLNDVLA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 QLDAVVSFAHVSNGAPVPYVRPAILEKGQGRIILKASRHACVEVQDEIAFIPNDVYFEKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QLDAVVSFAHVSNGAPVPYVRPAILEKGQGRIILKASRHACVEVQDEIAFIPNDVYFEKD
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 KQMFHIITGPNMGGKSTYIRQTGVIVLMAQIGCFVPCESAEVSIVDCILARVGAGDSQLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KQMFHIITGPNMGGKSTYIRQTGVIVLMAQIGCFVPCESAEVSIVDCILARVGAGDSQLK
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 GVSTFMAEMLETASILRSATKDSLIIIDELGRGTSTYDGFGLAWAISEYIATKIGAFCMF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GVSTFMAEMLETASILRSATKDSLIIIDELGRGTSTYDGFGLAWAISEYIATKIGAFCMF
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 ATHFHELTALANQIPTVNNLHVTALTTEETLTMLYQVKKGVCDQSFGIHVAELANFPKHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ATHFHELTALANQIPTVNNLHVTALTTEETLTMLYQVKKGVCDQSFGIHVAELANFPKHV
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 IECAKQKALELEEFQYIGESQGYDIMEPAAKKCYLEREQGEKIIQEFLSKVKQMPFTEMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IECAKQKALELEEFQYIGESQGYDIMEPAAKKCYLERENLRVTEPKDQCLILLTWKRKLR
850 860 870 880 890 900
910 920 930
pF1KB3 EENITIKLKQLKAEVIAKNNSFVNEIISRIKVTT
XP_011 GGKRSACSRPERQNQGSATPSASA
910 920
>>XP_005264389 (OMIM: 120435,158320,276300,609309) PREDI (974 aa)
initn: 5681 init1: 5681 opt: 5681 Z-score: 5949.9 bits: 1112.3 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5681; 100.0% identity (100.0% similar) in 878 aa overlap (1-878:1-878)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MAVQPKETLQLESAAEVGFVRFFQGMPEKPTTTVRLFDRGDFYTAHGEDALLAAREVFKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MAVQPKETLQLESAAEVGFVRFFQGMPEKPTTTVRLFDRGDFYTAHGEDALLAAREVFKT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 QGVIKYMGPAGAKNLQSVVLSKMNFESFVKDLLLVRQYRVEVYKNRAGNKASKENDWYLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 QGVIKYMGPAGAKNLQSVVLSKMNFESFVKDLLLVRQYRVEVYKNRAGNKASKENDWYLA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 YKASPGNLSQFEDILFGNNDMSASIGVVGVKMSAVDGQRQVGVGYVDSIQRKLGLCEFPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 YKASPGNLSQFEDILFGNNDMSASIGVVGVKMSAVDGQRQVGVGYVDSIQRKLGLCEFPD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 NDQFSNLEALLIQIGPKECVLPGGETAGDMGKLRQIIQRGGILITERKKADFSTKDIYQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 NDQFSNLEALLIQIGPKECVLPGGETAGDMGKLRQIIQRGGILITERKKADFSTKDIYQD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 LNRLLKGKKGEQMNSAVLPEMENQVAVSSLSAVIKFLELLSDDSNFGQFELTTFDFSQYM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LNRLLKGKKGEQMNSAVLPEMENQVAVSSLSAVIKFLELLSDDSNFGQFELTTFDFSQYM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 KLDIAAVRALNLFQGSVEDTTGSQSLAALLNKCKTPQGQRLVNQWIKQPLMDKNRIEERL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KLDIAAVRALNLFQGSVEDTTGSQSLAALLNKCKTPQGQRLVNQWIKQPLMDKNRIEERL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 NLVEAFVEDAELRQTLQEDLLRRFPDLNRLAKKFQRQAANLQDCYRLYQGINQLPNVIQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 NLVEAFVEDAELRQTLQEDLLRRFPDLNRLAKKFQRQAANLQDCYRLYQGINQLPNVIQA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 LEKHEGKHQKLLLAVFVTPLTDLRSDFSKFQEMIETTLDMDQVENHEFLVKPSFDPNLSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LEKHEGKHQKLLLAVFVTPLTDLRSDFSKFQEMIETTLDMDQVENHEFLVKPSFDPNLSE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 LREIMNDLEKKMQSTLISAARDLGLDPGKQIKLDSSAQFGYYFRVTCKEEKVLRNNKNFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LREIMNDLEKKMQSTLISAARDLGLDPGKQIKLDSSAQFGYYFRVTCKEEKVLRNNKNFS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 TVDIQKNGVKFTNSKLTSLNEEYTKNKTEYEEAQDAIVKEIVNISSGYVEPMQTLNDVLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TVDIQKNGVKFTNSKLTSLNEEYTKNKTEYEEAQDAIVKEIVNISSGYVEPMQTLNDVLA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 QLDAVVSFAHVSNGAPVPYVRPAILEKGQGRIILKASRHACVEVQDEIAFIPNDVYFEKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 QLDAVVSFAHVSNGAPVPYVRPAILEKGQGRIILKASRHACVEVQDEIAFIPNDVYFEKD
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 KQMFHIITGPNMGGKSTYIRQTGVIVLMAQIGCFVPCESAEVSIVDCILARVGAGDSQLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KQMFHIITGPNMGGKSTYIRQTGVIVLMAQIGCFVPCESAEVSIVDCILARVGAGDSQLK
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 GVSTFMAEMLETASILRSATKDSLIIIDELGRGTSTYDGFGLAWAISEYIATKIGAFCMF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GVSTFMAEMLETASILRSATKDSLIIIDELGRGTSTYDGFGLAWAISEYIATKIGAFCMF
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 ATHFHELTALANQIPTVNNLHVTALTTEETLTMLYQVKKGVCDQSFGIHVAELANFPKHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ATHFHELTALANQIPTVNNLHVTALTTEETLTMLYQVKKGVCDQSFGIHVAELANFPKHV
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 IECAKQKALELEEFQYIGESQGYDIMEPAAKKCYLEREQGEKIIQEFLSKVKQMPFTEMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 IECAKQKALELEEFQYIGESQGYDIMEPAAKKCYLERENLRVTEPKDQCLILLTWKRKLR
850 860 870 880 890 900
910 920 930
pF1KB3 EENITIKLKQLKAEVIAKNNSFVNEIISRIKVTT
XP_005 GGKRSACSRPERQNQGSGGDFKRKSLVVCKATNPALKWIVPSPLNEFSFIHLEKHSLVLS
910 920 930 940 950 960
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..: .:.: : .. :. . . . .. : ..::: .:. . .
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. : ....:.:.:.. . .: :::: .:: .. : :.
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:. :. . :: .::.: .. :. : . :. :.
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