Result of FASTA (omim) for pF1KB3091
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB3091, 934 aa
  1>>>pF1KB3091 934 - 934 aa - 934 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3434+/-0.000613; mu= 16.4629+/- 0.038
 mean_var=91.1918+/-18.937, 0's: 0 Z-trim(106.4): 78  B-trim: 858 in 1/52
 Lambda= 0.134306
 statistics sampled from 14462 (14520) to 14462 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.496), E-opt: 0.2 (0.17), width:  16
 Scan time: 12.440

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_000242 (OMIM: 120435,158320,276300,609309) DNA  ( 934) 6015 1177.0       0
XP_011531169 (OMIM: 120435,158320,276300,609309) P ( 924) 5681 1112.3       0
XP_005264389 (OMIM: 120435,158320,276300,609309) P ( 974) 5681 1112.3       0
NP_001245210 (OMIM: 120435,158320,276300,609309) D ( 868) 5587 1094.1       0
NP_002430 (OMIM: 600887,608089,617100) DNA mismatc (1137)  778 162.3 1.2e-38
NP_002431 (OMIM: 602105) mutS protein homolog 4 [H ( 936)  752 157.2 3.5e-37
NP_001268423 (OMIM: 276300,600678,608089,614350) D (1058)  590 125.9 1.1e-27
NP_001268422 (OMIM: 276300,600678,608089,614350) D (1058)  590 125.9 1.1e-27
NP_001268421 (OMIM: 276300,600678,608089,614350) D (1230)  590 125.9 1.2e-27
XP_011531101 (OMIM: 276300,600678,608089,614350) P (1261)  590 125.9 1.3e-27
XP_011531100 (OMIM: 276300,600678,608089,614350) P (1299)  590 125.9 1.3e-27
NP_000170 (OMIM: 276300,600678,608089,614350) DNA  (1360)  590 125.9 1.3e-27
NP_751898 (OMIM: 603382) mutS protein homolog 5 is ( 834)  554 118.8 1.1e-25
NP_002432 (OMIM: 603382) mutS protein homolog 5 is ( 834)  554 118.8 1.1e-25
NP_751897 (OMIM: 603382) mutS protein homolog 5 is ( 835)  544 116.9 4.3e-25
NP_079535 (OMIM: 603382) mutS protein homolog 5 is ( 822)  500 108.4 1.6e-22


>>NP_000242 (OMIM: 120435,158320,276300,609309) DNA mism  (934 aa)
 initn: 6015 init1: 6015 opt: 6015  Z-score: 6299.9  bits: 1177.0 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 6015; 100.0% identity (100.0% similar) in 934 aa overlap (1-934:1-934)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MAVQPKETLQLESAAEVGFVRFFQGMPEKPTTTVRLFDRGDFYTAHGEDALLAAREVFKT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MAVQPKETLQLESAAEVGFVRFFQGMPEKPTTTVRLFDRGDFYTAHGEDALLAAREVFKT
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 QGVIKYMGPAGAKNLQSVVLSKMNFESFVKDLLLVRQYRVEVYKNRAGNKASKENDWYLA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 QGVIKYMGPAGAKNLQSVVLSKMNFESFVKDLLLVRQYRVEVYKNRAGNKASKENDWYLA
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 YKASPGNLSQFEDILFGNNDMSASIGVVGVKMSAVDGQRQVGVGYVDSIQRKLGLCEFPD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 YKASPGNLSQFEDILFGNNDMSASIGVVGVKMSAVDGQRQVGVGYVDSIQRKLGLCEFPD
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 NDQFSNLEALLIQIGPKECVLPGGETAGDMGKLRQIIQRGGILITERKKADFSTKDIYQD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 NDQFSNLEALLIQIGPKECVLPGGETAGDMGKLRQIIQRGGILITERKKADFSTKDIYQD
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB3 LNRLLKGKKGEQMNSAVLPEMENQVAVSSLSAVIKFLELLSDDSNFGQFELTTFDFSQYM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LNRLLKGKKGEQMNSAVLPEMENQVAVSSLSAVIKFLELLSDDSNFGQFELTTFDFSQYM
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB3 KLDIAAVRALNLFQGSVEDTTGSQSLAALLNKCKTPQGQRLVNQWIKQPLMDKNRIEERL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 KLDIAAVRALNLFQGSVEDTTGSQSLAALLNKCKTPQGQRLVNQWIKQPLMDKNRIEERL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB3 NLVEAFVEDAELRQTLQEDLLRRFPDLNRLAKKFQRQAANLQDCYRLYQGINQLPNVIQA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 NLVEAFVEDAELRQTLQEDLLRRFPDLNRLAKKFQRQAANLQDCYRLYQGINQLPNVIQA
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB3 LEKHEGKHQKLLLAVFVTPLTDLRSDFSKFQEMIETTLDMDQVENHEFLVKPSFDPNLSE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LEKHEGKHQKLLLAVFVTPLTDLRSDFSKFQEMIETTLDMDQVENHEFLVKPSFDPNLSE
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB3 LREIMNDLEKKMQSTLISAARDLGLDPGKQIKLDSSAQFGYYFRVTCKEEKVLRNNKNFS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LREIMNDLEKKMQSTLISAARDLGLDPGKQIKLDSSAQFGYYFRVTCKEEKVLRNNKNFS
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB3 TVDIQKNGVKFTNSKLTSLNEEYTKNKTEYEEAQDAIVKEIVNISSGYVEPMQTLNDVLA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 TVDIQKNGVKFTNSKLTSLNEEYTKNKTEYEEAQDAIVKEIVNISSGYVEPMQTLNDVLA
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB3 QLDAVVSFAHVSNGAPVPYVRPAILEKGQGRIILKASRHACVEVQDEIAFIPNDVYFEKD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 QLDAVVSFAHVSNGAPVPYVRPAILEKGQGRIILKASRHACVEVQDEIAFIPNDVYFEKD
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB3 KQMFHIITGPNMGGKSTYIRQTGVIVLMAQIGCFVPCESAEVSIVDCILARVGAGDSQLK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 KQMFHIITGPNMGGKSTYIRQTGVIVLMAQIGCFVPCESAEVSIVDCILARVGAGDSQLK
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB3 GVSTFMAEMLETASILRSATKDSLIIIDELGRGTSTYDGFGLAWAISEYIATKIGAFCMF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GVSTFMAEMLETASILRSATKDSLIIIDELGRGTSTYDGFGLAWAISEYIATKIGAFCMF
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB3 ATHFHELTALANQIPTVNNLHVTALTTEETLTMLYQVKKGVCDQSFGIHVAELANFPKHV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 ATHFHELTALANQIPTVNNLHVTALTTEETLTMLYQVKKGVCDQSFGIHVAELANFPKHV
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB3 IECAKQKALELEEFQYIGESQGYDIMEPAAKKCYLEREQGEKIIQEFLSKVKQMPFTEMS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 IECAKQKALELEEFQYIGESQGYDIMEPAAKKCYLEREQGEKIIQEFLSKVKQMPFTEMS
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930    
pF1KB3 EENITIKLKQLKAEVIAKNNSFVNEIISRIKVTT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 EENITIKLKQLKAEVIAKNNSFVNEIISRIKVTT
              910       920       930    

>>XP_011531169 (OMIM: 120435,158320,276300,609309) PREDI  (924 aa)
 initn: 5681 init1: 5681 opt: 5681  Z-score: 5950.2  bits: 1112.3 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 5681; 100.0% identity (100.0% similar) in 878 aa overlap (1-878:1-878)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MAVQPKETLQLESAAEVGFVRFFQGMPEKPTTTVRLFDRGDFYTAHGEDALLAAREVFKT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MAVQPKETLQLESAAEVGFVRFFQGMPEKPTTTVRLFDRGDFYTAHGEDALLAAREVFKT
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 QGVIKYMGPAGAKNLQSVVLSKMNFESFVKDLLLVRQYRVEVYKNRAGNKASKENDWYLA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QGVIKYMGPAGAKNLQSVVLSKMNFESFVKDLLLVRQYRVEVYKNRAGNKASKENDWYLA
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 YKASPGNLSQFEDILFGNNDMSASIGVVGVKMSAVDGQRQVGVGYVDSIQRKLGLCEFPD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YKASPGNLSQFEDILFGNNDMSASIGVVGVKMSAVDGQRQVGVGYVDSIQRKLGLCEFPD
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 NDQFSNLEALLIQIGPKECVLPGGETAGDMGKLRQIIQRGGILITERKKADFSTKDIYQD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NDQFSNLEALLIQIGPKECVLPGGETAGDMGKLRQIIQRGGILITERKKADFSTKDIYQD
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB3 LNRLLKGKKGEQMNSAVLPEMENQVAVSSLSAVIKFLELLSDDSNFGQFELTTFDFSQYM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LNRLLKGKKGEQMNSAVLPEMENQVAVSSLSAVIKFLELLSDDSNFGQFELTTFDFSQYM
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB3 KLDIAAVRALNLFQGSVEDTTGSQSLAALLNKCKTPQGQRLVNQWIKQPLMDKNRIEERL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KLDIAAVRALNLFQGSVEDTTGSQSLAALLNKCKTPQGQRLVNQWIKQPLMDKNRIEERL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB3 NLVEAFVEDAELRQTLQEDLLRRFPDLNRLAKKFQRQAANLQDCYRLYQGINQLPNVIQA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NLVEAFVEDAELRQTLQEDLLRRFPDLNRLAKKFQRQAANLQDCYRLYQGINQLPNVIQA
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB3 LEKHEGKHQKLLLAVFVTPLTDLRSDFSKFQEMIETTLDMDQVENHEFLVKPSFDPNLSE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LEKHEGKHQKLLLAVFVTPLTDLRSDFSKFQEMIETTLDMDQVENHEFLVKPSFDPNLSE
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB3 LREIMNDLEKKMQSTLISAARDLGLDPGKQIKLDSSAQFGYYFRVTCKEEKVLRNNKNFS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LREIMNDLEKKMQSTLISAARDLGLDPGKQIKLDSSAQFGYYFRVTCKEEKVLRNNKNFS
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB3 TVDIQKNGVKFTNSKLTSLNEEYTKNKTEYEEAQDAIVKEIVNISSGYVEPMQTLNDVLA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TVDIQKNGVKFTNSKLTSLNEEYTKNKTEYEEAQDAIVKEIVNISSGYVEPMQTLNDVLA
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB3 QLDAVVSFAHVSNGAPVPYVRPAILEKGQGRIILKASRHACVEVQDEIAFIPNDVYFEKD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QLDAVVSFAHVSNGAPVPYVRPAILEKGQGRIILKASRHACVEVQDEIAFIPNDVYFEKD
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB3 KQMFHIITGPNMGGKSTYIRQTGVIVLMAQIGCFVPCESAEVSIVDCILARVGAGDSQLK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KQMFHIITGPNMGGKSTYIRQTGVIVLMAQIGCFVPCESAEVSIVDCILARVGAGDSQLK
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB3 GVSTFMAEMLETASILRSATKDSLIIIDELGRGTSTYDGFGLAWAISEYIATKIGAFCMF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GVSTFMAEMLETASILRSATKDSLIIIDELGRGTSTYDGFGLAWAISEYIATKIGAFCMF
              730       740       750       760       770       780

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pF1KB3 ATHFHELTALANQIPTVNNLHVTALTTEETLTMLYQVKKGVCDQSFGIHVAELANFPKHV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ATHFHELTALANQIPTVNNLHVTALTTEETLTMLYQVKKGVCDQSFGIHVAELANFPKHV
              790       800       810       820       830       840

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pF1KB3 IECAKQKALELEEFQYIGESQGYDIMEPAAKKCYLEREQGEKIIQEFLSKVKQMPFTEMS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::                      
XP_011 IECAKQKALELEEFQYIGESQGYDIMEPAAKKCYLERENLRVTEPKDQCLILLTWKRKLR
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930    
pF1KB3 EENITIKLKQLKAEVIAKNNSFVNEIISRIKVTT
                                         
XP_011 GGKRSACSRPERQNQGSATPSASA          
              910       920              

>>XP_005264389 (OMIM: 120435,158320,276300,609309) PREDI  (974 aa)
 initn: 5681 init1: 5681 opt: 5681  Z-score: 5949.9  bits: 1112.3 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 5681; 100.0% identity (100.0% similar) in 878 aa overlap (1-878:1-878)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MAVQPKETLQLESAAEVGFVRFFQGMPEKPTTTVRLFDRGDFYTAHGEDALLAAREVFKT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MAVQPKETLQLESAAEVGFVRFFQGMPEKPTTTVRLFDRGDFYTAHGEDALLAAREVFKT
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 QGVIKYMGPAGAKNLQSVVLSKMNFESFVKDLLLVRQYRVEVYKNRAGNKASKENDWYLA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 QGVIKYMGPAGAKNLQSVVLSKMNFESFVKDLLLVRQYRVEVYKNRAGNKASKENDWYLA
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pF1KB3 YKASPGNLSQFEDILFGNNDMSASIGVVGVKMSAVDGQRQVGVGYVDSIQRKLGLCEFPD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 YKASPGNLSQFEDILFGNNDMSASIGVVGVKMSAVDGQRQVGVGYVDSIQRKLGLCEFPD
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pF1KB3 NDQFSNLEALLIQIGPKECVLPGGETAGDMGKLRQIIQRGGILITERKKADFSTKDIYQD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 NDQFSNLEALLIQIGPKECVLPGGETAGDMGKLRQIIQRGGILITERKKADFSTKDIYQD
              190       200       210       220       230       240

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pF1KB3 LNRLLKGKKGEQMNSAVLPEMENQVAVSSLSAVIKFLELLSDDSNFGQFELTTFDFSQYM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LNRLLKGKKGEQMNSAVLPEMENQVAVSSLSAVIKFLELLSDDSNFGQFELTTFDFSQYM
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              310       320       330       340       350       360
pF1KB3 KLDIAAVRALNLFQGSVEDTTGSQSLAALLNKCKTPQGQRLVNQWIKQPLMDKNRIEERL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KLDIAAVRALNLFQGSVEDTTGSQSLAALLNKCKTPQGQRLVNQWIKQPLMDKNRIEERL
              310       320       330       340       350       360

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pF1KB3 NLVEAFVEDAELRQTLQEDLLRRFPDLNRLAKKFQRQAANLQDCYRLYQGINQLPNVIQA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 NLVEAFVEDAELRQTLQEDLLRRFPDLNRLAKKFQRQAANLQDCYRLYQGINQLPNVIQA
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pF1KB3 LEKHEGKHQKLLLAVFVTPLTDLRSDFSKFQEMIETTLDMDQVENHEFLVKPSFDPNLSE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LEKHEGKHQKLLLAVFVTPLTDLRSDFSKFQEMIETTLDMDQVENHEFLVKPSFDPNLSE
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pF1KB3 LREIMNDLEKKMQSTLISAARDLGLDPGKQIKLDSSAQFGYYFRVTCKEEKVLRNNKNFS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LREIMNDLEKKMQSTLISAARDLGLDPGKQIKLDSSAQFGYYFRVTCKEEKVLRNNKNFS
              490       500       510       520       530       540

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pF1KB3 TVDIQKNGVKFTNSKLTSLNEEYTKNKTEYEEAQDAIVKEIVNISSGYVEPMQTLNDVLA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TVDIQKNGVKFTNSKLTSLNEEYTKNKTEYEEAQDAIVKEIVNISSGYVEPMQTLNDVLA
              550       560       570       580       590       600

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pF1KB3 QLDAVVSFAHVSNGAPVPYVRPAILEKGQGRIILKASRHACVEVQDEIAFIPNDVYFEKD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 QLDAVVSFAHVSNGAPVPYVRPAILEKGQGRIILKASRHACVEVQDEIAFIPNDVYFEKD
              610       620       630       640       650       660

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pF1KB3 KQMFHIITGPNMGGKSTYIRQTGVIVLMAQIGCFVPCESAEVSIVDCILARVGAGDSQLK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KQMFHIITGPNMGGKSTYIRQTGVIVLMAQIGCFVPCESAEVSIVDCILARVGAGDSQLK
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pF1KB3 GVSTFMAEMLETASILRSATKDSLIIIDELGRGTSTYDGFGLAWAISEYIATKIGAFCMF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GVSTFMAEMLETASILRSATKDSLIIIDELGRGTSTYDGFGLAWAISEYIATKIGAFCMF
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pF1KB3 ATHFHELTALANQIPTVNNLHVTALTTEETLTMLYQVKKGVCDQSFGIHVAELANFPKHV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ATHFHELTALANQIPTVNNLHVTALTTEETLTMLYQVKKGVCDQSFGIHVAELANFPKHV
              790       800       810       820       830       840

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pF1KB3 IECAKQKALELEEFQYIGESQGYDIMEPAAKKCYLEREQGEKIIQEFLSKVKQMPFTEMS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::                      
XP_005 IECAKQKALELEEFQYIGESQGYDIMEPAAKKCYLERENLRVTEPKDQCLILLTWKRKLR
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930                              
pF1KB3 EENITIKLKQLKAEVIAKNNSFVNEIISRIKVTT                          
                                                                   
XP_005 GGKRSACSRPERQNQGSGGDFKRKSLVVCKATNPALKWIVPSPLNEFSFIHLEKHSLVLS
              910       920       930       940       950       960

>>NP_001245210 (OMIM: 120435,158320,276300,609309) DNA m  (868 aa)
 initn: 5587 init1: 5587 opt: 5587  Z-score: 5852.2  bits: 1094.1 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 5587; 100.0% identity (100.0% similar) in 868 aa overlap (67-934:1-868)

         40        50        60        70        80        90      
pF1KB3 FDRGDFYTAHGEDALLAAREVFKTQGVIKYMGPAGAKNLQSVVLSKMNFESFVKDLLLVR
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001                               MGPAGAKNLQSVVLSKMNFESFVKDLLLVR
                                             10        20        30

        100       110       120       130       140       150      
pF1KB3 QYRVEVYKNRAGNKASKENDWYLAYKASPGNLSQFEDILFGNNDMSASIGVVGVKMSAVD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QYRVEVYKNRAGNKASKENDWYLAYKASPGNLSQFEDILFGNNDMSASIGVVGVKMSAVD
               40        50        60        70        80        90

        160       170       180       190       200       210      
pF1KB3 GQRQVGVGYVDSIQRKLGLCEFPDNDQFSNLEALLIQIGPKECVLPGGETAGDMGKLRQI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GQRQVGVGYVDSIQRKLGLCEFPDNDQFSNLEALLIQIGPKECVLPGGETAGDMGKLRQI
              100       110       120       130       140       150

        220       230       240       250       260       270      
pF1KB3 IQRGGILITERKKADFSTKDIYQDLNRLLKGKKGEQMNSAVLPEMENQVAVSSLSAVIKF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IQRGGILITERKKADFSTKDIYQDLNRLLKGKKGEQMNSAVLPEMENQVAVSSLSAVIKF
              160       170       180       190       200       210

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pF1KB3 LELLSDDSNFGQFELTTFDFSQYMKLDIAAVRALNLFQGSVEDTTGSQSLAALLNKCKTP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LELLSDDSNFGQFELTTFDFSQYMKLDIAAVRALNLFQGSVEDTTGSQSLAALLNKCKTP
              220       230       240       250       260       270

        340       350       360       370       380       390      
pF1KB3 QGQRLVNQWIKQPLMDKNRIEERLNLVEAFVEDAELRQTLQEDLLRRFPDLNRLAKKFQR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QGQRLVNQWIKQPLMDKNRIEERLNLVEAFVEDAELRQTLQEDLLRRFPDLNRLAKKFQR
              280       290       300       310       320       330

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pF1KB3 QAANLQDCYRLYQGINQLPNVIQALEKHEGKHQKLLLAVFVTPLTDLRSDFSKFQEMIET
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QAANLQDCYRLYQGINQLPNVIQALEKHEGKHQKLLLAVFVTPLTDLRSDFSKFQEMIET
              340       350       360       370       380       390

        460       470       480       490       500       510      
pF1KB3 TLDMDQVENHEFLVKPSFDPNLSELREIMNDLEKKMQSTLISAARDLGLDPGKQIKLDSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TLDMDQVENHEFLVKPSFDPNLSELREIMNDLEKKMQSTLISAARDLGLDPGKQIKLDSS
              400       410       420       430       440       450

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pF1KB3 AQFGYYFRVTCKEEKVLRNNKNFSTVDIQKNGVKFTNSKLTSLNEEYTKNKTEYEEAQDA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AQFGYYFRVTCKEEKVLRNNKNFSTVDIQKNGVKFTNSKLTSLNEEYTKNKTEYEEAQDA
              460       470       480       490       500       510

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pF1KB3 IVKEIVNISSGYVEPMQTLNDVLAQLDAVVSFAHVSNGAPVPYVRPAILEKGQGRIILKA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IVKEIVNISSGYVEPMQTLNDVLAQLDAVVSFAHVSNGAPVPYVRPAILEKGQGRIILKA
              520       530       540       550       560       570

        640       650       660       670       680       690      
pF1KB3 SRHACVEVQDEIAFIPNDVYFEKDKQMFHIITGPNMGGKSTYIRQTGVIVLMAQIGCFVP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SRHACVEVQDEIAFIPNDVYFEKDKQMFHIITGPNMGGKSTYIRQTGVIVLMAQIGCFVP
              580       590       600       610       620       630

        700       710       720       730       740       750      
pF1KB3 CESAEVSIVDCILARVGAGDSQLKGVSTFMAEMLETASILRSATKDSLIIIDELGRGTST
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CESAEVSIVDCILARVGAGDSQLKGVSTFMAEMLETASILRSATKDSLIIIDELGRGTST
              640       650       660       670       680       690

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pF1KB3 YDGFGLAWAISEYIATKIGAFCMFATHFHELTALANQIPTVNNLHVTALTTEETLTMLYQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YDGFGLAWAISEYIATKIGAFCMFATHFHELTALANQIPTVNNLHVTALTTEETLTMLYQ
              700       710       720       730       740       750

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pF1KB3 VKKGVCDQSFGIHVAELANFPKHVIECAKQKALELEEFQYIGESQGYDIMEPAAKKCYLE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VKKGVCDQSFGIHVAELANFPKHVIECAKQKALELEEFQYIGESQGYDIMEPAAKKCYLE
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        880       890       900       910       920       930    
pF1KB3 REQGEKIIQEFLSKVKQMPFTEMSEENITIKLKQLKAEVIAKNNSFVNEIISRIKVTT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 REQGEKIIQEFLSKVKQMPFTEMSEENITIKLKQLKAEVIAKNNSFVNEIISRIKVTT
              820       830       840       850       860        

>>NP_002430 (OMIM: 600887,608089,617100) DNA mismatch re  (1137 aa)
 initn: 742 init1: 476 opt: 778  Z-score: 814.5  bits: 162.3 E(85289): 1.2e-38
Smith-Waterman score: 871; 28.2% identity (61.2% similar) in 735 aa overlap (161-852:388-1094)

              140       150       160       170       180       190
pF1KB3 FEDILFGNNDMSASIGVVGVKMSAVDGQRQVGVGYVDSIQRKLGLCEFPDNDQFSNLEAL
                                     .:.  :.    .. .  : :. . :.::. 
NP_002 EIMTDTSTSYLLCISENKENVRDKKKGNIFIGIVGVQPATGEVVFDSFQDSASRSELETR
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pF1KB3 LIQIGPKECVLPGG---ETAGDMGKLRQI-IQRGGILITERKKADFSTKDIYQDLNRLLK
       . .. : : .::..   .: . . .  .. .:   : . .  .  :  .  .: ....  
NP_002 MSSLQPVELLLPSALSEQTEALIHRATSVSVQDDRIRVERMDNIYFEYSHAFQAVTEFYA
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pF1KB3 GK----KGEQMNSAVLPEMENQVAVSSLSAVIKFLE------LLSDDSNFGQFELTTFDF
             :: :. :... ..:. : . ::.:.::.:.      .::   :: :.  . ..:
NP_002 KDTVDIKGSQIISGIV-NLEKPV-ICSLAAIIKYLKEFNLEKMLSKPENFKQLS-SKMEF
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pF1KB3 SQYMKLDIAAVRALNLFQGSVEDTTGSQSLAALLNKCKTPQGQRLVNQWIKQPLMDKNRI
          : .. ...: :...:... :   . ::  .:.. ::  :.: ...:. :::.   .:
NP_002 ---MTINGTTLRNLEILQNQT-DMKTKGSLLWVLDHTKTSFGRRKLKKWVTQPLLKLREI
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pF1KB3 EERLNLVEAFVEDAELRQTLQEDLLRRFPDLNRLAKKFQRQAANLQDCYRLYQGINQLPN
       . ::. :   ...        :. ::..::..:   .. ..  . :. . . . . .: .
NP_002 NARLDAVSEVLHSESSVFGQIENHLRKLPDIERGLCSIYHKKCSTQEFFLIVKTLYHLKS
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pF1KB3 VIQALEKHEGKH-QKLLLAVFVTPLTDLRSDFSKFQEMIETTLDMDQVENHEFLVKPSFD
        .::.    ..: :. :: . .  . .: :   .. ....   .  .: ..  : :    
NP_002 EFQAIIPAVNSHIQSDLLRTVILEIPELLSPVEHYLKILNE--QAAKVGDKTELFK----
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pF1KB3 PNLSELREIMNDLEKKMQSTLISAARDLGLDPGKQIKLDSSAQFGYYFRVTCKEEKVLRN
        .::..  ...  . ..:. .:.  : . :.  ..:  . :::.     :: . .. . .
NP_002 -DLSDF-PLIKKRKDEIQG-VIDEIR-MHLQEIRKILKNPSAQY-----VTVSGQEFMIE
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pF1KB3 NKNFSTVDIQKNGVKFTNSKLTS-LNEEY-TKNKTEYEEAQDAIV----KEIVNISSGYV
        :: ..  :  . ::  ..: .: ..  . ..:  . .. .. .:     : ...   . 
NP_002 IKNSAVSCIPTDWVKVGSTKAVSRFHSPFIVENYRHLNQLREQLVLDCSAEWLDFLEKFS
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pF1KB3 EPMQTLNDV---LAQLDAVVSFAHVSNGAPVPYVRPAILEKGQGRIILKASRHACVEV--
       : ...:  .   :: .: . :.:.:.. .   : ::.. :  . .:..: .::  ..:  
NP_002 EHYHSLCKAVHHLATVDCIFSLAKVAKQGD--YCRPTVQE--ERKIVIKNGRHPVIDVLL
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pF1KB3 --QDEIAFIPNDVYFEKDKQMFHIITGPNMGGKSTYIRQTGVIVLMAQIGCFVPCESAEV
         ::.  ..::.. . .:..   :::::::::::.::.:...:..::::: .:: : : .
NP_002 GEQDQ--YVPNNTDLSEDSERVMIITGPNMGGKSSYIKQVALITIMAQIGSYVPAEEATI
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pF1KB3 SIVDCILARVGAGDSQLKGVSTFMAEMLETASILRSATKDSLIIIDELGRGTSTYDGFGL
       .::: :..:.::.:.  :: :::: :. .:: :.:.::..::.:.:::::::::.::...
NP_002 GIVDGIFTRMGAADNIYKGQSTFMEELTDTAEIIRKATSQSLVILDELGRGTSTHDGIAI
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pF1KB3 AWAISEYIATKIGAFCMFATHFHELTALA-NQIPTVNNLHVTALTTEET-----------
       :.:  ::.   . .. .:.::.  .  :  :    :.: :.  :..:.            
NP_002 AYATLEYFIRDVKSLTLFVTHYPPVCELEKNYSHQVGNYHMGFLVSEDESKLDPGAAEQV
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pF1KB3 ---LTMLYQVKKGVCDQSFGIHVAELANFPKHVIECAKQKALELEEFQYIGESQGYDIME
          .:.:::. .:.  .:.:..::.::. : .... : .:. :::               
NP_002 PDFVTFLYQITRGIAARSYGLNVAKLADVPGEILKKAAHKSKELEGLINTKRKRLKYFAK
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pF1KB3 PAAKKCYLEREQGEKIIQEFLSKVKQMPFTEMSEENITIKLKQLKAEVIAKNNSFVNEII
                                                                   
NP_002 LWTMHNAQDLQKWTEEFNMEETQTSLLH                                
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>>NP_002431 (OMIM: 602105) mutS protein homolog 4 [Homo   (936 aa)
 initn: 564 init1: 329 opt: 752  Z-score: 788.6  bits: 157.2 E(85289): 3.5e-37
Smith-Waterman score: 752; 27.1% identity (60.1% similar) in 716 aa overlap (160-846:170-863)

     130       140       150       160       170       180         
pF1KB3 QFEDILFGNNDMSASIGVVGVKMSAVDGQRQVGVGYVDSIQRKLGLCEFPDNDQFSNLEA
                                     ..:.. .:  . .. : .: ::  .... .
NP_002 GYSASSSSAISAHSPSVIVAVVEGRGLARGEIGMASIDLKNPQIILSQFADNTTYAKVIT
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pF1KB3 LLIQIGPKECVLPGGETAGDMGKLRQIIQRGGILITER-KKADFSTKDIYQDLNRLLKGK
        :  ..: : ..  ..::  .:.  ...     ::::  :...:.:  : .      :: 
NP_002 KLKILSPLEIIM--SNTACAVGNSTKLFT----LITENFKNVNFTT--IQRKYFNETKGL
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pF1KB3 KG-EQMN----SAVLPEMENQV-AVSSLSAVIKFLELLSDDSNFGQFELTTFDFS-QYMK
       .  ::.     :.:: :....   .....:..:..:.....    .     :. : :   
NP_002 EYIEQLCIAEFSTVLMEVQSKYYCLAAVAALLKYVEFIQNSVYAPKSLKICFQGSEQTAM
             260       270       280       290       300       310 

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pF1KB3 LDIAAVRALNLFQGSVEDTTGSQSLAALLNKCKTPQGQRLVNQWIKQPLMDKNRIEERLN
       .: .... :.:. .. .:  ....: ..::  ::: :.: . . : .::.: . :. ::.
NP_002 IDSSSAQNLELLINN-QDYRNNHTLFGVLNYTKTPGGSRRLRSNILEPLVDIETINMRLD
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pF1KB3 LVEAFVEDAELRQTLQEDLLRRFPDLNRLAK---KFQRQ----AANLQDCYRLYQGINQL
        :. ...: ::   :: ... :: : ..: .   .. .:    ::. .    .:  ... 
NP_002 CVQELLQDEELFFGLQ-SVISRFLDTEQLLSVLVQIPKQDTVNAAESKITNLIY--LKHT
              380        390       400       410       420         

          420       430       440       450            460         
pF1KB3 PNVIQALEKHEGKHQKLLLAVFVTPLTDLRSDFSKFQEMIETTLD-----MDQVENHEFL
        .... :.    . .  :: ..   : : :  :. . : :.:...     :    : .  
NP_002 LELVDPLKIAMKNCNTPLLRAYYGSLEDKR--FGIILEKIKTVINDDARYMKGCLNMRTQ
       430       440       450         460       470       480     

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pF1KB3 VKPSFDPNLSELREIMNDLEKKMQSTLISAARDLGLDPGKQIKLDSSAQFGYYFRVT--C
          .   :..:. .:      .. . . .   .::   .  .. . :.  :.....:  :
NP_002 KCYAVRSNINEFLDIARRTYTEIVDDIAGMISQLGEKYSLPLRTSFSSARGFFIQMTTDC
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pF1KB3 KEEKVLRNNKNFSTVDIQKNGVKFTNSKLTSLNEEYTKNKTEYEEAQDAIVKEIVNISSG
             .  ..:  ..  ::. .::.. : ..::.  ..  :  .    :: ....    
NP_002 IALPSDQLPSEFIKISKVKNSYSFTSADLIKMNERCQESLREIYHMTYMIVCKLLSEIYE
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pF1KB3 YVEPMQTLNDVLAQLDAVVSFAHVSNGAPVPYVRPAILEKGQGRIILKASRHACVEVQDE
       ... .  :.:....:: ..::::. . .   :::: . .     . .: . :  .:  . 
NP_002 HIHCLYKLSDTVSMLDMLLSFAHACTLS--DYVRPEFTDT----LAIKQGWHPILEKISA
         610       620       630         640           650         

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pF1KB3 IAFIPNDVYFEKDKQMFHIITGPNMGGKSTYIRQTGVIVLMAQIGCFVPCESAEVSIVDC
          : :..:  . .. : :::::::.:::::..: ..  .::::: .:: : .   :.  
NP_002 EKPIANNTYVTEGSN-FLIITGPNMSGKSTYLKQIALCQIMAQIGSYVPAEYSSFRIAKQ
     660       670        680       690       700       710        

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pF1KB3 ILARVGAGDSQLKGVSTFMAEMLETASILRSATKDSLIIIDELGRGTSTYDGFGLAWAIS
       :..:... :.   . :::: :: : : ::..:.  :::.::::::::.: .:.:. .:. 
NP_002 IFTRISTDDDIETNSSTFMKEMKEIAYILHNANDKSLILIDELGRGTNTEEGIGICYAVC
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pF1KB3 EYIATKIGAFCMFATHFHELTALANQIPTVNNLHVTAL------TTEETLTMLYQVKKGV
       ::. . . :: .::::: ::  .    :.:.:.:  .        ..:.. . :...::.
NP_002 EYLLS-LKAFTLFATHFLELCHIDALYPNVENMHFEVQHVKNTSRNKEAILYTYKLSKGL
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pF1KB3 CDQ-SFGIHVAELANFPKHVIECAKQKALELEEFQYIGESQGYDIMEPAAKKCYLEREQG
        .. ..:...::....:  ..  ::.                                  
NP_002 TEEKNYGLKAAEVSSLPPSIVLDAKEITTQITRQILQNQRSTPEMERQRAVYHLATRLVQ
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>>NP_001268423 (OMIM: 276300,600678,608089,614350) DNA m  (1058 aa)
 initn: 678 init1: 428 opt: 590  Z-score: 618.1  bits: 125.9 E(85289): 1.1e-27
Smith-Waterman score: 833; 27.8% identity (57.7% similar) in 823 aa overlap (129-853:219-1023)

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pF1KB3 RVEVYKNRAGNKASKENDWYLAYKASPGNLSQFEDILFGNNDMSASIGVVGVKMSAVDGQ
                                     .:  ..: :. . . :  ....: .  :..
NP_001 MMEARCRKMAHISKYDRVVRREICRIITKGTQTYSVLEGDPSENYSKYLLSLKEKEEDSS
      190       200       210       220       230       240        

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pF1KB3 ---RQVGVGYVDSIQRKLGLCEFPDNDQFSNLEALLIQIGPKECVLPGGETAGDM-----
          :  :: .::.   :. . .: :. . : ...:. .  : . ..  :. . .      
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       ..:   .:.: :  ..   :. . . . ..              : ..:::  .:. . .
NP_001 SSLSCSLQEGLIPGSQFWDASKTLRTLLEEEYFREKLSDGIGVMLPQVLKGMTSESDSIG
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       . :  ....:.:.:.. . .:       ::::  .:: ..     :          :.  
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        : : :: ...  :..: .:.  .: :.  :   .. :.:: :.::..::.  :: ..  
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pF1KB3 EMLETASILRSATKDSLIIIDELGRGTSTYDGFGLAWAISEYIATKIGAFCMFATHFHEL
       :. ::::::  ::  ::...:::::::.:.:: ..: :. . .:  :    .:.::.: :
NP_001 ELSETASILMHATAHSLVLVDELGRGTATFDGTAIANAVVKELAETIKCRTLFSTHYHSL
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       :. ...:: :.:.                                               
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pF1KB3 GKLRQIIQRGGILITERKKADFSTKDIYQD--------------LNRLLKGKKGEQMNSA
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NP_001 IQKGHRKAREFEKMNQSLRLFREVCLASERSTVDAEAVHKLLTLIKEL            
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>>NP_001268421 (OMIM: 276300,600678,608089,614350) DNA m  (1230 aa)
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       ..:   .:.: :  ..   :. . . . ..              : ..:::  .:. . .
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       . :  ....:.:.:.. . .:       ::::  .:: ..     :          :.  
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        : : :: ...  :..: .:.  .: :.  :   .. :.:: :.::..::.  :: ..  
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       .   .:  .:   :.. ..       ..::.:.::.  ::.: .:.:...:.:::.:..:
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pF1KB3 IECAKQKALELEEFQYIGESQGYDIMEPAAKKCYLEREQGEKIIQEFLSKVKQMPFTEMS
       :. ...:: :.:.                                               
NP_001 IQKGHRKAREFEKMNQSLRLFREVCLASERSTVDAEAVHKLLTLIKEL            
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>>XP_011531101 (OMIM: 276300,600678,608089,614350) PREDI  (1261 aa)
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pF1KB3 GKLRQIIQRGGILITERKKADFSTKDIYQD--------------LNRLLKGKKGEQMNSA
       ..:   .:.: :  ..   :. . . . ..              : ..:::  .:. . .
XP_011 SSLSCSLQEGLIPGSQFWDASKTLRTLLEEEYFREKLSDGIGVMLPQVLKGMTSESDSIG
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pF1KB3 -QYMKLDIAAVRALNLF-QGSVEDTTGSQSLAALLNKCKTPQGQRLVNQWIKQPLMDKNR
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            :. :.      . ::       .::.: ..      :.  :  .   :.  :.  
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XP_011 IQKGHRKAREFEKMNQSLRLFREVCLASERSTVDAEAVHKLLTLIKEL            
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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