Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3092
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3092, 716 aa
1>>>pF1KB3092 716 - 716 aa - 716 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7324+/-0.00116; mu= 17.9622+/- 0.070
mean_var=79.4927+/-15.656, 0's: 0 Z-trim(103.2): 60 B-trim: 49 in 1/51
Lambda= 0.143850
statistics sampled from 7240 (7299) to 7240 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.581), E-opt: 0.2 (0.224), width: 16
Scan time: 2.880
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7151.1 YME1L1 gene_id:10730|Hs108|chr10 ( 716) 4629 971.1 0
CCDS7152.1 YME1L1 gene_id:10730|Hs108|chr10 ( 773) 4285 899.7 0
CCDS58072.1 YME1L1 gene_id:10730|Hs108|chr10 ( 683) 3669 771.8 0
CCDS11859.1 AFG3L2 gene_id:10939|Hs108|chr18 ( 797) 1143 247.6 5.3e-65
CCDS10977.1 SPG7 gene_id:6687|Hs108|chr16 ( 795) 1015 221.1 5.2e-57
CCDS56043.1 PSMC5 gene_id:5705|Hs108|chr17 ( 398) 619 138.7 1.6e-32
CCDS11645.1 PSMC5 gene_id:5705|Hs108|chr17 ( 406) 619 138.7 1.6e-32
CCDS5731.1 PSMC2 gene_id:5701|Hs108|chr7 ( 433) 588 132.3 1.5e-30
CCDS6573.1 VCP gene_id:7415|Hs108|chr9 ( 806) 584 131.6 4.4e-30
CCDS9710.2 PSMC6 gene_id:5706|Hs108|chr14 ( 403) 564 127.3 4.4e-29
CCDS81837.1 PSMC1 gene_id:5700|Hs108|chr14 ( 367) 551 124.6 2.7e-28
CCDS32139.1 PSMC1 gene_id:5700|Hs108|chr14 ( 440) 551 124.6 3.1e-28
CCDS7935.1 PSMC3 gene_id:5702|Hs108|chr11 ( 439) 543 123.0 9.8e-28
CCDS1542.1 NVL gene_id:4931|Hs108|chr1 ( 750) 528 120.0 1.3e-26
CCDS58063.1 NVL gene_id:4931|Hs108|chr1 ( 765) 528 120.0 1.3e-26
CCDS1541.1 NVL gene_id:4931|Hs108|chr1 ( 856) 528 120.0 1.5e-26
CCDS46076.1 PSMC4 gene_id:5704|Hs108|chr19 ( 387) 523 118.8 1.6e-26
CCDS12547.1 PSMC4 gene_id:5704|Hs108|chr19 ( 418) 523 118.8 1.7e-26
CCDS3730.1 SPATA5 gene_id:166378|Hs108|chr4 ( 893) 526 119.6 2e-26
CCDS10978.1 SPG7 gene_id:6687|Hs108|chr16 ( 489) 522 118.6 2.2e-26
CCDS58062.1 NVL gene_id:4931|Hs108|chr1 ( 667) 517 117.7 5.8e-26
CCDS5217.1 KATNA1 gene_id:11104|Hs108|chr6 ( 491) 508 115.7 1.6e-25
CCDS31956.1 KATNAL1 gene_id:84056|Hs108|chr13 ( 490) 505 115.1 2.5e-25
CCDS4877.1 PEX6 gene_id:5190|Hs108|chr6 ( 980) 502 114.7 6.9e-25
CCDS64710.1 PEX1 gene_id:5189|Hs108|chr7 (1226) 490 112.2 4.7e-24
CCDS5627.1 PEX1 gene_id:5189|Hs108|chr7 (1283) 490 112.2 4.9e-24
CCDS81877.1 SPATA5L1 gene_id:79029|Hs108|chr15 ( 620) 483 110.6 7.3e-24
CCDS10123.1 SPATA5L1 gene_id:79029|Hs108|chr15 ( 753) 483 110.7 8.6e-24
CCDS11983.1 VPS4B gene_id:9525|Hs108|chr18 ( 444) 462 106.2 1.1e-22
CCDS45517.1 VPS4A gene_id:27183|Hs108|chr16 ( 437) 451 103.9 5.5e-22
CCDS1779.1 SPAST gene_id:6683|Hs108|chr2 ( 584) 442 102.1 2.5e-21
CCDS1778.1 SPAST gene_id:6683|Hs108|chr2 ( 616) 442 102.1 2.6e-21
CCDS6343.1 ATAD2 gene_id:29028|Hs108|chr8 (1390) 442 102.3 5.2e-21
CCDS46227.1 ATAD2B gene_id:54454|Hs108|chr2 (1458) 440 101.9 7.2e-21
CCDS5510.1 FIGNL1 gene_id:63979|Hs108|chr7 ( 674) 429 99.4 1.8e-20
CCDS7386.1 ATAD1 gene_id:84896|Hs108|chr10 ( 361) 397 92.6 1.1e-18
CCDS32828.1 KATNAL2 gene_id:83473|Hs108|chr18 ( 466) 390 91.2 3.7e-18
CCDS56456.1 KATNA1 gene_id:11104|Hs108|chr6 ( 311) 356 84.1 3.5e-16
CCDS2221.2 FIGN gene_id:55137|Hs108|chr2 ( 759) 297 72.1 3.6e-12
CCDS42354.1 NSF gene_id:4905|Hs108|chr17 ( 744) 279 68.3 4.7e-11
>>CCDS7151.1 YME1L1 gene_id:10730|Hs108|chr10 (716 aa)
initn: 4629 init1: 4629 opt: 4629 Z-score: 5191.1 bits: 971.1 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4629; 100.0% identity (100.0% similar) in 716 aa overlap (1-716:1-716)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MFSLSSTVQPQVTVPLSHLINAFHTPKNTSVSLSGVSVSQNQHRDVVPEHEAPSSEPSLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 MFSLSSTVQPQVTVPLSHLINAFHTPKNTSVSLSGVSVSQNQHRDVVPEHEAPSSEPSLN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 LRDLGLSELKIGQIDQLVENLLPGFCKGKNISSHWHTSHVSAQSFFENKYGNLDIFSTLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 LRDLGLSELKIGQIDQLVENLLPGFCKGKNISSHWHTSHVSAQSFFENKYGNLDIFSTLR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 SSCLYRHHSRALQSICSDLQYWPVFIQSRGFKTLKSRTRRLQSTSERLAETQNIAPSFVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 SSCLYRHHSRALQSICSDLQYWPVFIQSRGFKTLKSRTRRLQSTSERLAETQNIAPSFVK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 GFLLRDRGSDVESLDKLMKTKNIPEAHQDAFKTGFAEGFLKAQALTQKTNDSLRRTRLIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 GFLLRDRGSDVESLDKLMKTKNIPEAHQDAFKTGFAEGFLKAQALTQKTNDSLRRTRLIL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 FVLLLFGIYGLLKNPFLSVRFRTTTGLDSAVDPVQMKNVTFEHVKGVEEAKQELQEVVEF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 FVLLLFGIYGLLKNPFLSVRFRTTTGLDSAVDPVQMKNVTFEHVKGVEEAKQELQEVVEF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 LKNPQKFTILGGKLPKGILLVGPPGTGKTLLARAVAGEADVPFYYASGSEFDEMFVGVGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 LKNPQKFTILGGKLPKGILLVGPPGTGKTLLARAVAGEADVPFYYASGSEFDEMFVGVGA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 SRIRNLFREAKANAPCVIFIDELDSVGGKRIESPMHPYSRQTINQLLAEMDGFKPNEGVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 SRIRNLFREAKANAPCVIFIDELDSVGGKRIESPMHPYSRQTINQLLAEMDGFKPNEGVI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 IIGATNFPEALDNALIRPGRFDMQVTVPRPDVKGRTEILKWYLNKIKFDQSVDPEIIARG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 IIGATNFPEALDNALIRPGRFDMQVTVPRPDVKGRTEILKWYLNKIKFDQSVDPEIIARG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 TVGFSGAELENLVNQAALKAAVDGKEMVTMKELEFSKDKILMGPERRSVEIDNKNKTITA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 TVGFSGAELENLVNQAALKAAVDGKEMVTMKELEFSKDKILMGPERRSVEIDNKNKTITA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 YHESGHAIIAYYTKDAMPINKATIMPRGPTLGHVSLLPENDRWNETRAQLLAQMDVSMGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 YHESGHAIIAYYTKDAMPINKATIMPRGPTLGHVSLLPENDRWNETRAQLLAQMDVSMGG
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 RVAEELIFGTDHITTGASSDFDNATKIAKRMVTKFGMSEKLGVMTYSDTGKLSPETQSAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 RVAEELIFGTDHITTGASSDFDNATKIAKRMVTKFGMSEKLGVMTYSDTGKLSPETQSAI
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710
pF1KB3 EQEIRILLRDSYERAKHILKTHAKEHKNLAEALLTYETLDAKEIQIVLEGKKLEVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 EQEIRILLRDSYERAKHILKTHAKEHKNLAEALLTYETLDAKEIQIVLEGKKLEVR
670 680 690 700 710
>>CCDS7152.1 YME1L1 gene_id:10730|Hs108|chr10 (773 aa)
initn: 4282 init1: 4282 opt: 4285 Z-score: 4804.8 bits: 899.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4346; 92.4% identity (92.4% similar) in 748 aa overlap (26-716:26-773)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MFSLSSTVQPQVTVPLSHLINAFHTPKNTSVSLSGVSVSQNQHRDVVPEHEAPSSE----
:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 MFSLSSTVQPQVTVPLSHLINAFHTPKNTSVSLSGVSVSQNQHRDVVPEHEAPSSECMFS
10 20 30 40 50 60
60
pF1KB3 -----------------------------------------------------PSLNLRD
:::::::
CCDS71 DFLTKLNIVSIGKGKIFEGYRSMFMEPAKRMKKSLDTTDNWHIRPEPFSLSIPPSLNLRD
70 80 90 100 110 120
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 LGLSELKIGQIDQLVENLLPGFCKGKNISSHWHTSHVSAQSFFENKYGNLDIFSTLRSSC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 LGLSELKIGQIDQLVENLLPGFCKGKNISSHWHTSHVSAQSFFENKYGNLDIFSTLRSSC
130 140 150 160 170 180
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 LYRHHSRALQSICSDLQYWPVFIQSRGFKTLKSRTRRLQSTSERLAETQNIAPSFVKGFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 LYRHHSRALQSICSDLQYWPVFIQSRGFKTLKSRTRRLQSTSERLAETQNIAPSFVKGFL
190 200 210 220 230 240
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 LRDRGSDVESLDKLMKTKNIPEAHQDAFKTGFAEGFLKAQALTQKTNDSLRRTRLILFVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 LRDRGSDVESLDKLMKTKNIPEAHQDAFKTGFAEGFLKAQALTQKTNDSLRRTRLILFVL
250 260 270 280 290 300
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 LLFGIYGLLKNPFLSVRFRTTTGLDSAVDPVQMKNVTFEHVKGVEEAKQELQEVVEFLKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 LLFGIYGLLKNPFLSVRFRTTTGLDSAVDPVQMKNVTFEHVKGVEEAKQELQEVVEFLKN
310 320 330 340 350 360
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 PQKFTILGGKLPKGILLVGPPGTGKTLLARAVAGEADVPFYYASGSEFDEMFVGVGASRI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 PQKFTILGGKLPKGILLVGPPGTGKTLLARAVAGEADVPFYYASGSEFDEMFVGVGASRI
370 380 390 400 410 420
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 RNLFREAKANAPCVIFIDELDSVGGKRIESPMHPYSRQTINQLLAEMDGFKPNEGVIIIG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 RNLFREAKANAPCVIFIDELDSVGGKRIESPMHPYSRQTINQLLAEMDGFKPNEGVIIIG
430 440 450 460 470 480
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 ATNFPEALDNALIRPGRFDMQVTVPRPDVKGRTEILKWYLNKIKFDQSVDPEIIARGTVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 ATNFPEALDNALIRPGRFDMQVTVPRPDVKGRTEILKWYLNKIKFDQSVDPEIIARGTVG
490 500 510 520 530 540
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 FSGAELENLVNQAALKAAVDGKEMVTMKELEFSKDKILMGPERRSVEIDNKNKTITAYHE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 FSGAELENLVNQAALKAAVDGKEMVTMKELEFSKDKILMGPERRSVEIDNKNKTITAYHE
550 560 570 580 590 600
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 SGHAIIAYYTKDAMPINKATIMPRGPTLGHVSLLPENDRWNETRAQLLAQMDVSMGGRVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 SGHAIIAYYTKDAMPINKATIMPRGPTLGHVSLLPENDRWNETRAQLLAQMDVSMGGRVA
610 620 630 640 650 660
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 EELIFGTDHITTGASSDFDNATKIAKRMVTKFGMSEKLGVMTYSDTGKLSPETQSAIEQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 EELIFGTDHITTGASSDFDNATKIAKRMVTKFGMSEKLGVMTYSDTGKLSPETQSAIEQE
670 680 690 700 710 720
670 680 690 700 710
pF1KB3 IRILLRDSYERAKHILKTHAKEHKNLAEALLTYETLDAKEIQIVLEGKKLEVR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 IRILLRDSYERAKHILKTHAKEHKNLAEALLTYETLDAKEIQIVLEGKKLEVR
730 740 750 760 770
>>CCDS58072.1 YME1L1 gene_id:10730|Hs108|chr10 (683 aa)
initn: 4379 init1: 3668 opt: 3669 Z-score: 4114.7 bits: 771.8 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4317; 95.4% identity (95.4% similar) in 716 aa overlap (1-716:1-683)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MFSLSSTVQPQVTVPLSHLINAFHTPKNTSVSLSGVSVSQNQHRDVVPEHEAPSSEPSLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MFSLSSTVQPQVTVPLSHLINAFHTPKNTSVSLSGVSVSQNQHRDVVPEHEAPSSEPSLN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 LRDLGLSELKIGQIDQLVENLLPGFCKGKNISSHWHTSHVSAQSFFENKYGNLDIFSTLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LRDLGLSELKIGQIDQLVENLLPGFCKGKNISSHWHTSHVSAQSFFENKY----------
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 SSCLYRHHSRALQSICSDLQYWPVFIQSRGFKTLKSRTRRLQSTSERLAETQNIAPSFVK
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 -----------------------VFIQSRGFKTLKSRTRRLQSTSERLAETQNIAPSFVK
120 130 140
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 GFLLRDRGSDVESLDKLMKTKNIPEAHQDAFKTGFAEGFLKAQALTQKTNDSLRRTRLIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 GFLLRDRGSDVESLDKLMKTKNIPEAHQDAFKTGFAEGFLKAQALTQKTNDSLRRTRLIL
150 160 170 180 190 200
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 FVLLLFGIYGLLKNPFLSVRFRTTTGLDSAVDPVQMKNVTFEHVKGVEEAKQELQEVVEF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 FVLLLFGIYGLLKNPFLSVRFRTTTGLDSAVDPVQMKNVTFEHVKGVEEAKQELQEVVEF
210 220 230 240 250 260
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 LKNPQKFTILGGKLPKGILLVGPPGTGKTLLARAVAGEADVPFYYASGSEFDEMFVGVGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LKNPQKFTILGGKLPKGILLVGPPGTGKTLLARAVAGEADVPFYYASGSEFDEMFVGVGA
270 280 290 300 310 320
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 SRIRNLFREAKANAPCVIFIDELDSVGGKRIESPMHPYSRQTINQLLAEMDGFKPNEGVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SRIRNLFREAKANAPCVIFIDELDSVGGKRIESPMHPYSRQTINQLLAEMDGFKPNEGVI
330 340 350 360 370 380
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 IIGATNFPEALDNALIRPGRFDMQVTVPRPDVKGRTEILKWYLNKIKFDQSVDPEIIARG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 IIGATNFPEALDNALIRPGRFDMQVTVPRPDVKGRTEILKWYLNKIKFDQSVDPEIIARG
390 400 410 420 430 440
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 TVGFSGAELENLVNQAALKAAVDGKEMVTMKELEFSKDKILMGPERRSVEIDNKNKTITA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 TVGFSGAELENLVNQAALKAAVDGKEMVTMKELEFSKDKILMGPERRSVEIDNKNKTITA
450 460 470 480 490 500
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 YHESGHAIIAYYTKDAMPINKATIMPRGPTLGHVSLLPENDRWNETRAQLLAQMDVSMGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 YHESGHAIIAYYTKDAMPINKATIMPRGPTLGHVSLLPENDRWNETRAQLLAQMDVSMGG
510 520 530 540 550 560
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 RVAEELIFGTDHITTGASSDFDNATKIAKRMVTKFGMSEKLGVMTYSDTGKLSPETQSAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 RVAEELIFGTDHITTGASSDFDNATKIAKRMVTKFGMSEKLGVMTYSDTGKLSPETQSAI
570 580 590 600 610 620
670 680 690 700 710
pF1KB3 EQEIRILLRDSYERAKHILKTHAKEHKNLAEALLTYETLDAKEIQIVLEGKKLEVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 EQEIRILLRDSYERAKHILKTHAKEHKNLAEALLTYETLDAKEIQIVLEGKKLEVR
630 640 650 660 670 680
>>CCDS11859.1 AFG3L2 gene_id:10939|Hs108|chr18 (797 aa)
initn: 1138 init1: 495 opt: 1143 Z-score: 1280.5 bits: 247.6 E(32554): 5.3e-65
Smith-Waterman score: 1199; 43.7% identity (74.4% similar) in 449 aa overlap (278-712:304-748)
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 IYGLLKNPFLSVRFRTTTGLDSAVDPVQMKNVTFEHVKGVEEAKQELQEVVEFLKNPQKF
.: :. : : :::: :..: :.:::::...
CCDS11 GPAGIGRTGRGMGGLFSVGETTAKVLKDEIDVKFKDVAGCEEAKLEIMEFVNFLKNPKQY
280 290 300 310 320 330
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 TILGGKLPKGILLVGPPGTGKTLLARAVAGEADVPFYYASGSEFDEMFVGVGASRIRNLF
::.:.::: .:.:::::::::::.:.::::.::: .::::: ::::::: .:.:.::
CCDS11 QDLGAKIPKGAILTGPPGTGKTLLAKATAGEANVPFITVSGSEFLEMFVGVGPARVRDLF
340 350 360 370 380 390
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 REAKANAPCVIFIDELDSVGGKRIESPMHPYSRQ--TINQLLAEMDGFKPNEGVIIIGAT
:. ::::..::::.:.:: :: .. . :.: :.::::.:::::. . .:.:...:
CCDS11 ALARKNAPCILFIDEIDAVGRKRGRGNFGGQSEQENTLNQLLVEMDGFNTTTNVVILAGT
400 410 420 430 440 450
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 NFPEALDNALIRPGRFDMQVTVPRPDVKGRTEILKWYLNKIKFDQSVDPEIIARG----T
: :. :: ::.:::::: :. . ::.:::. :.: .: .:.:.... . .:: :
CCDS11 NRPDILDPALLRPGRFDRQIFIGPPDIKGRASIFKVHLRPLKLDSTLEKDKLARKLASLT
460 470 480 490 500 510
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 VGFSGAELENLVNQAALKAAVDGKEMVTMKELEFSKDKILMGPERRSVEIDNKNKTITAY
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CCDS11 PGFSGADVANVCNEAALIAARHLSDSINQKHFEQAIERVIGGLEKKTQVLQPEEKKTVAY
520 530 540 550 560 570
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 HESGHAIIAYYTKDAMPINKATIMPRGPTLGHVSLLPENDRWNETRAQLLAQMDVSMGGR
::.:::. ..: . : :. :..:.::: ::... ::. ... :. ::: .: ...:::
CCDS11 HEAGHAVAGWYLEHADPLLKVSIIPRGKGLGYAQYLPK-EQYLYTKEQLLDRMCMTLGGR
580 590 600 610 620 630
610 620 630 640 650
pF1KB3 VAEELIFGTDHITTGASSDFDNATKIAKRMVTKFGMSEKLGVMTYS--DTGKL------S
:.::..:: .:::::..:. ..:. : ....:::.::.: .... : . :
CCDS11 VSEEIFFG--RITTGAQDDLRKVTQSAYAQIVQFGMNEKVGQISFDLPRQGDMVLEKPYS
640 650 660 670 680 690
660 670 680 690 700 710
pF1KB3 PETQSAIEQEIRILLRDSYERAKHILKTHAKEHKNLAEALLTYETLDAKEIQIVLEGKKL
: :..:.:::. :.:.:. .: . . ...: :: :.:: ... . : : .
CCDS11 EATARLIDDEVRILINDAYKRTVALLTEKKADVEKVALLLLEKEVLDKNDM-VELLGPRP
700 710 720 730 740
pF1KB3 EVR
CCDS11 FAEKSTYEEFVEGTGSLDEDTSLPEGLKDWNKEREKEKEEPPGEKVAN
750 760 770 780 790
>>CCDS10977.1 SPG7 gene_id:6687|Hs108|chr16 (795 aa)
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240 250 260 270 280 290
pF1KB3 ILFVLLLFGIYGLLKNPFLSVRFRTTTGLDSAVDPVQMKNVTFEHVKGVEEAKQELQEVV
. :: . :.:.:. : :..::: :..: :
CCDS10 AILWYVFRLAGMTGREGGFSAFNQLKMARFTIVDGKMGKGVSFKDVAGMHEAKLEVREFV
270 280 290 300 310 320
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 EFLKNPQKFTILGGKLPKGILLVGPPGTGKTLLARAVAGEADVPFYYASGSEFDEMFVGV
..::.:..: ::.:.::: ::.:::: ::::::.::: ::.::: .: :: :.. :.
CCDS10 DYLKSPERFLQLGAKVPKGALLLGPPGCGKTLLAKAVATEAQVPFLAMAGPEFVEVIGGL
330 340 350 360 370 380
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 GASRIRNLFREAKANAPCVIFIDELDSVGGKRIESPMHPYS----RQTINQLLAEMDGFK
::.:.:.::.::.: :::...:::.:.:: :: . : .: .::.::::.::::.
CCDS10 GAARVRSLFKEARARAPCIVYIDEIDAVGKKR-STTMSGFSNTEEEQTLNQLLVEMDGMG
390 400 410 420 430 440
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 PNEGVIIIGATNFPEALDNALIRPGRFDMQVTVPRPDVKGRTEILKWYLNKIKFDQSVD-
.. ::....:: . ::.::.::::.: .: . : .. : ::.. .:...:. ::
CCDS10 TTDHVIVLASTNRADILDGALMRPGRLDRHVFIDLPTLQERREIFEQHLKSLKLTQSSTF
450 460 470 480 490 500
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 -PEIIARGTVGFSGAELENLVNQAALKAAVDGKEMVTMKELEFSKDKILMGPERRSVEID
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CCDS10 YSQRLAELTPGFSGADIANICNEAALHAAREGHTSVHTLNFEYAVERVLAGTAKKSKILS
510 520 530 540 550 560
540 550 560 570 580 590
pF1KB3 NKNKTITAYHESGHAIIAYYTKDAMPINKATIMPR-GPTLGHVSLLPENDRWNETRAQLL
.... ..:.::::::..... . . . :..: :: . .:: ...::. :. :. ::.
CCDS10 KEEQKVVAFHESGHALVGWMLEHTEAVMKVSITPRTNAALGFAQMLPR-DQHLFTKEQLF
570 580 590 600 610 620
600 610 620 630 640
pF1KB3 AQMDVSMGGRVAEELIFGTDHITTGASSDFDNATKIAKRMVTKFGMSEKLGVMTYSDT--
.: ...:::..: : : ...:.::..:. ..:.:: :: .:::. .: ... ..
CCDS10 ERMCMALGGRASEALSF--NEVTSGAQDDLRKVTRIAYSMVKQFGMAPGIGPISFPEAQE
630 640 650 660 670 680
650 660 670 680 690 700
pF1KB3 -----GK--LSPETQSAIEQEIRILLRDSYERAKHILKTHAKEHKNLAEALLTYETLDAK
:. .: :. ...: :.:. .:......:. . . . ::.::: :... .
CCDS10 GLMGIGRRPFSQGLQQMMDHEARLLVAKAYRHTEKVLQDNLDKLQALANALLEKEVINYE
690 700 710 720 730 740
710
pF1KB3 EIQIVLEGKKLEVR
.:. ..
CCDS10 DIEALIGPPPHGPKKMIAPQRWIDAQREKQDLGEEETEETQQPPLGGEEPTWPK
750 760 770 780 790
>>CCDS56043.1 PSMC5 gene_id:5705|Hs108|chr17 (398 aa)
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Smith-Waterman score: 619; 37.1% identity (70.5% similar) in 275 aa overlap (267-531:119-393)
240 250 260 270 280
pF1KB3 RLILFVLLLFGIYGLLKNPFLSVRFRTTTGLDSAVDPV-------QMKNVTFEHVKGVEE
: . :::. .. . :.: . :...
CCDS56 VDVDKNIDINDVTPNCRVALRNDSYTLHKILPNKVDPLVSLMMVEKVPDSTYEMIGGLDK
90 100 110 120 130 140
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 AKQELQEVVEF-LKNPQKFTILGGKLPKGILLVGPPGTGKTLLARAVAGEADVPFYYASG
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CCDS56 QIKEIKEVIELPVKHPELFEALGIAQPKGVLLYGPPGTGKTLLARAVAHHTDCTFIRVSG
150 160 170 180 190 200
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 SEFDEMFVGVGASRIRNLFREAKANAPCVIFIDELDSVGGKRIESPMHPYS--RQTINQL
::. . :.: :: .:.:: :. .:: .::.::.::.:..:.:. : ..:. .:
CCDS56 SELVQKFIGEGARMVRELFVMAREHAPSIIFMDEIDSIGSSRLEGGSGGDSEVQRTMLEL
210 220 230 240 250 260
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 LAEMDGFKPNEGVIIIGATNFPEALDNALIRPGRFDMQVTVPRPDVKGRTEILKWYLNKI
: ..:::. .... .: ::: . ::.::.::::.: .. : :. ..: .::: . :.
CCDS56 LNQLDGFEATKNIKVIMATNRIDILDSALLRPGRIDRKIEFPPPNEEARLDILKIHSRKM
270 280 290 300 310 320
470 480 490 500 510 520
pF1KB3 KFDQSVDPEIIARGTVGFSGAELENLVNQAALKAAVDGKEMVTMKELEFSKDKILMGPER
.. .... . ::. : ::::.... ..:.. : . . ::....:.. :... .
CCDS56 NLTRGINLRKIAELMPGASGAEVKGVCTEAGMYALRERRVHVTQEDFEMAVAKVMQKDSE
330 340 350 360 370 380
530 540 550 560 570 580
pF1KB3 RSVEIDNKNKTITAYHESGHAIIAYYTKDAMPINKATIMPRGPTLGHVSLLPENDRWNET
... :
CCDS56 KNMSIKKLWK
390
>>CCDS11645.1 PSMC5 gene_id:5705|Hs108|chr17 (406 aa)
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Smith-Waterman score: 619; 37.1% identity (70.5% similar) in 275 aa overlap (267-531:127-401)
240 250 260 270 280
pF1KB3 RLILFVLLLFGIYGLLKNPFLSVRFRTTTGLDSAVDPV-------QMKNVTFEHVKGVEE
: . :::. .. . :.: . :...
CCDS11 VDVDKNIDINDVTPNCRVALRNDSYTLHKILPNKVDPLVSLMMVEKVPDSTYEMIGGLDK
100 110 120 130 140 150
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 AKQELQEVVEF-LKNPQKFTILGGKLPKGILLVGPPGTGKTLLARAVAGEADVPFYYASG
.:..::.:. .:.:. : :: :::.:: ::::::::::::::: ..: : .::
CCDS11 QIKEIKEVIELPVKHPELFEALGIAQPKGVLLYGPPGTGKTLLARAVAHHTDCTFIRVSG
160 170 180 190 200 210
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 SEFDEMFVGVGASRIRNLFREAKANAPCVIFIDELDSVGGKRIESPMHPYS--RQTINQL
::. . :.: :: .:.:: :. .:: .::.::.::.:..:.:. : ..:. .:
CCDS11 SELVQKFIGEGARMVRELFVMAREHAPSIIFMDEIDSIGSSRLEGGSGGDSEVQRTMLEL
220 230 240 250 260 270
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 LAEMDGFKPNEGVIIIGATNFPEALDNALIRPGRFDMQVTVPRPDVKGRTEILKWYLNKI
: ..:::. .... .: ::: . ::.::.::::.: .. : :. ..: .::: . :.
CCDS11 LNQLDGFEATKNIKVIMATNRIDILDSALLRPGRIDRKIEFPPPNEEARLDILKIHSRKM
280 290 300 310 320 330
470 480 490 500 510 520
pF1KB3 KFDQSVDPEIIARGTVGFSGAELENLVNQAALKAAVDGKEMVTMKELEFSKDKILMGPER
.. .... . ::. : ::::.... ..:.. : . . ::....:.. :... .
CCDS11 NLTRGINLRKIAELMPGASGAEVKGVCTEAGMYALRERRVHVTQEDFEMAVAKVMQKDSE
340 350 360 370 380 390
530 540 550 560 570 580
pF1KB3 RSVEIDNKNKTITAYHESGHAIIAYYTKDAMPINKATIMPRGPTLGHVSLLPENDRWNET
... :
CCDS11 KNMSIKKLWK
400
>>CCDS5731.1 PSMC2 gene_id:5701|Hs108|chr7 (433 aa)
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Smith-Waterman score: 588; 35.3% identity (70.5% similar) in 278 aa overlap (250-521:141-417)
220 230 240 250 260 270
pF1KB3 LKAQALTQKTNDSLRRTRLILFVLLLFGIYGLLKNPFLSVRFRTTTGLDSAVDPVQMK--
:. .: . .... .: .: .:..
CCDS57 YIINVKQFAKFVVDLSDQVAPTDIEEGMRVGVDRNKY-QIHIPLPPKIDPTVTMMQVEEK
120 130 140 150 160
280 290 300 310 320 330
pF1KB3 -NVTFEHVKGVEEAKQELQEVVEF-LKNPQKFTILGGKLPKGILLVGPPGTGKTLLARAV
.::. : : .: ..:.:::: : .:..:. :: . :::.:: ::::::::: ::::
CCDS57 PDVTYSDVGGCKEQIEKLREVVETPLLHPERFVNLGIEPPKGVLLFGPPGTGKTLCARAV
170 180 190 200 210 220
340 350 360 370 380 390
pF1KB3 AGEADVPFYYASGSEFDEMFVGVGASRIRNLFREAKANAPCVIFIDELDSVGGKRIESPM
:...:. : . :::. . .:: :: .:.::. :... :.::.::.:..:: :...
CCDS57 ANRTDACFIRVIGSELVQKYVGEGARMVRELFEMARTKKACLIFFDEIDAIGGARFDDGA
230 240 250 260 270 280
400 410 420 430 440 450
pF1KB3 HPYS--RQTINQLLAEMDGFKPNEGVIIIGATNFPEALDNALIRPGRFDMQVTVPRPDVK
. ..:. .:. ..::: : .. .. ::: :..:: ::.::::.: .. ::..
CCDS57 GGDNEVQRTMLELINQLDGFDPRGNIKVLMATNRPDTLDPALMRPGRLDRKIEFSLPDLE
290 300 310 320 330 340
460 470 480 490 500 510
pF1KB3 GRTEILKWYLNKIKFDQSVDPEIIARGTVGFSGAELENLVNQAALKAAVDGKEMVTMKEL
:::.:.: . ... .... :..:: . .:::.... ..:.. : ....: :..
CCDS57 GRTHIFKIHARSMSVERDIRFELLARLCPNSTGAEIRSVCTEAGMFAIRARRKIATEKDF
350 360 370 380 390 400
520 530 540 550 560 570
pF1KB3 EFSKDKILMGPERRSVEIDNKNKTITAYHESGHAIIAYYTKDAMPINKATIMPRGPTLGH
. .:..
CCDS57 LEAVNKVIKSYAKFSATPRYMTYN
410 420 430
>>CCDS6573.1 VCP gene_id:7415|Hs108|chr9 (806 aa)
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pF1KB3 LLFGIYGLLKNPFLSVRFRTTTGLDSAVDPVQMKNVTFEHVKGVEEAKQELQEVVEF-LK
:.. .::.: . :.:..:.::::.:.. ..
CCDS65 AEVMNSLAVTMDDFRWALSQSNPSALRETVVEVPQVTWEDIGGLEDVKRELQELVQYPVE
440 450 460 470 480 490
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 NPQKFTILGGKLPKGILLVGPPGTGKTLLARAVAGEADVPFYYASGSEFDEMFVGVGASR
.:.:: .: ::.:. :::: ::::::.:.:.: .. : .: :. :. : . .
CCDS65 HPDKFLKFGMTPSKGVLFYGPPGCGKTLLAKAIANECQANFISIKGPELLTMWFGESEAN
500 510 520 530 540 550
370 380 390 400 410
pF1KB3 IRNLFREAKANAPCVIFIDELDSVG---GKRIESPMHPYSRQTINQLLAEMDGFKPNEGV
.:..: .:. ::::.:.:::::.. : : . .: .:::.:.::::.. ...:
CCDS65 VREIFDKARQAAPCVLFFDELDSIAKARGGNIGDGGGAADR-VINQILTEMDGMSTKKNV
560 570 580 590 600 610
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 IIIGATNFPEALDNALIRPGRFDMQVTVPRPDVKGRTEILKWYLNKIKFDQSVDPEIIAR
.:::::: :. .: :..::::.:. . .: :: :.:. ::: : : ..:: :..:.
CCDS65 FIIGATNRPDIIDPAILRPGRLDQLIYIPLPDEKSRVAILKANLRKSPVAKDVDLEFLAK
620 630 640 650 660 670
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pF1KB3 GTVGFSGAELENLVNQAALKAAVDGKEMVTMKELEFSKDKILMGPERRSVEIDNKNKTIT
: :::::.: . . : : : :. .: . .:.. ... .: :: :. :
CCDS65 MTNGFSGADLTE-ICQRACKLAI--RESIE-SEIRRERER-QTNPSAMEVEEDDPVPEIR
680 690 700 710 720 730
540 550 560 570 580 590
pF1KB3 AYHESGHAIIAYYTKDAMPINKATIMPRGPTLGHVSLLPENDRWNETRAQLLAQMDVSMG
:
CCDS65 RDHFEEAMRFARRSVSDNDIRKYEMFAQTLQQSRGFGSFRFPSGNQGGAGPSQGSGGGTG
740 750 760 770 780 790
>--
initn: 578 init1: 297 opt: 584 Z-score: 653.5 bits: 131.6 E(32554): 4.4e-30
Smith-Waterman score: 584; 40.8% identity (69.7% similar) in 238 aa overlap (276-512:198-434)
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pF1KB3 FGIYGLLKNPFLSVRFRTTTGLDSAVDPVQMKNVTFEHVKGVEEAKQELQEVVEF-LKNP
...: .. . : .. ...:.::. :..:
CCDS65 TDPSPYCIVAPDTVIHCEGEPIKREDEEESLNEVGYDDIGGCRKQLAQIKEMVELPLRHP
170 180 190 200 210 220
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 QKFTILGGKLPKGILLVGPPGTGKTLLARAVAGEADVPFYYASGSEFDEMFVGVGASRIR
: .: : :.:::: :::::::::.:::::.:. . :. .: :. ..: . : .:
CCDS65 ALFKAIGVKPPRGILLYGPPGTGKTLIARAVANETGAFFFLINGPEIMSKLAGESESNLR
230 240 250 260 270 280
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 NLFREAKANAPCVIFIDELDSVGGKRIESPMHPYSRQTINQLLAEMDGFKPNEGVIIIGA
. :.::. ::: .:::::::... :: :. :. ..:::. :::.: ::...:
CCDS65 KAFEEAEKNAPAIIFIDELDAIAPKR-EKTHGEVERRIVSQLLTLMDGLKQRAHVIVMAA
290 300 310 320 330 340
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 TNFPEALDNALIRPGRFDMQVTVPRPDVKGRTEILKWYLNKIKFDQSVDPEIIARGTVGF
:: :...: :: : :::: .: . ::. :: :::. . ...:. ..:: : .: : :
CCDS65 TNRPNSIDPALRRFGRFDREVDIGIPDATGRLEILQIHTKNMKLADDVDLEQVANETHGH
350 360 370 380 390 400
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 SGAELENLVNQAALKAAVDGKEMVTMKELEFSKDKILMGPERRSVEIDNKNKTITAYHES
::.: : ..:::.: ... ...
CCDS65 VGADLAALCSEAALQAIRKKMDLIDLEDETIDAEVMNSLAVTMDDFRWALSQSNPSALRE
410 420 430 440 450 460
>>CCDS9710.2 PSMC6 gene_id:5706|Hs108|chr14 (403 aa)
initn: 505 init1: 290 opt: 564 Z-score: 635.5 bits: 127.3 E(32554): 4.4e-29
Smith-Waterman score: 564; 38.9% identity (69.0% similar) in 239 aa overlap (278-513:143-381)
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 IYGLLKNPFLSVRFRTTTGLDSAVDPVQMKNVTFEHVKGVEEAKQELQEVVEF-LKNPQK
::.. .. :. : .::.::.:. : ::.
CCDS97 ALDMTTLTIMRYLPREVDPLVYNMSHEDPGNVSYSEIGGLSEQIRELREVIELPLTNPEL
120 130 140 150 160 170
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 FTILGGKLPKGILLVGPPGTGKTLLARAVAGEADVPFYYASGSEFDEMFVGVGASRIRNL
: .: ::: :: :::::::::::::::.. : : . .: . . ..: .: ::..
CCDS97 FQRVGIIPPKGCLLYGPPGTGKTLLARAVASQLDCNFLKVVSSSIVDKYIGESARLIREM
180 190 200 210 220 230
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 FREAKANAPCVIFIDELDSVGGKRIE--SPMHPYSRQTINQLLAEMDGFKPNEGVIIIGA
: :. . ::.::.::.:..::.:. . ..:. .:: .:::: . : .: :
CCDS97 FNYARDHQPCIIFMDEIDAIGGRRFSEGTSADREIQRTLMELLNQMDGFDTLHRVKMIMA
240 250 260 270 280 290
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 TNFPEALDNALIRPGRFDMQVTVPRPDVKGRTEILKWYLNKIKFDQSVDPEIIARGTVGF
:: :..:: ::.::::.: .. . :. ..: .::: . . : .: : :.. . ::
CCDS97 TNRPDTLDPALLRPGRLDRKIHIDLPNEQARLDILKIHAGPITKHGEIDYEAIVKLSDGF
300 310 320 330 340 350
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 SGAELENLVNQAALKAAVDGKEMVTMKELEFSKDKILMGPERRSVEIDNKNKTITAYHES
.::.:.:. ..:.. : ...:.....
CCDS97 NGADLRNVCTEAGMFAIRADHDFVVQEDFMKAVRKVADSKKLESKLDYKPV
360 370 380 390 400
716 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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