Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3118
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3118, 848 aa
1>>>pF1KB3118 848 - 848 aa - 848 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8891+/-0.00113; mu= 13.1354+/- 0.068
mean_var=103.1620+/-20.351, 0's: 0 Z-trim(106.1): 75 B-trim: 223 in 1/49
Lambda= 0.126274
statistics sampled from 8737 (8811) to 8737 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.629), E-opt: 0.2 (0.271), width: 16
Scan time: 4.080
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5366.1 AHR gene_id:196|Hs108|chr7 ( 848) 5770 1062.5 0
CCDS56355.1 AHRR gene_id:57491|Hs108|chr5 ( 701) 1006 194.6 5.3e-49
CCDS43297.1 AHRR gene_id:57491|Hs108|chr5 ( 719) 838 164.0 8.8e-40
CCDS12694.1 NPAS1 gene_id:4861|Hs108|chr19 ( 590) 406 85.2 3.6e-16
CCDS3500.1 CLOCK gene_id:9575|Hs108|chr4 ( 846) 336 72.5 3.4e-12
>>CCDS5366.1 AHR gene_id:196|Hs108|chr7 (848 aa)
initn: 5770 init1: 5770 opt: 5770 Z-score: 5682.4 bits: 1062.5 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5770; 100.0% identity (100.0% similar) in 848 aa overlap (1-848:1-848)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MNSSSANITYASRKRRKPVQKTVKPIPAEGIKSNPSKRHRDRLNTELDRLASLLPFPQDV
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CCDS53 MNSSSANITYASRKRRKPVQKTVKPIPAEGIKSNPSKRHRDRLNTELDRLASLLPFPQDV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 INKLDKLSVLRLSVSYLRAKSFFDVALKSSPTERNGGQDNCRAANFREGLNLQEGEFLLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 INKLDKLSVLRLSVSYLRAKSFFDVALKSSPTERNGGQDNCRAANFREGLNLQEGEFLLQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 ALNGFVLVVTTDALVFYASSTIQDYLGFQQSDVIHQSVYELIHTEDRAEFQRQLHWALNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 ALNGFVLVVTTDALVFYASSTIQDYLGFQQSDVIHQSVYELIHTEDRAEFQRQLHWALNP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 SQCTESGQGIEEATGLPQTVVCYNPDQIPPENSPLMERCFICRLRCLLDNSSGFLAMNFQ
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CCDS53 SQCTESGQGIEEATGLPQTVVCYNPDQIPPENSPLMERCFICRLRCLLDNSSGFLAMNFQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 GKLKYLHGQKKKGKDGSILPPQLALFAIATPLQPPSILEIRTKNFIFRTKHKLDFTPIGC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 GKLKYLHGQKKKGKDGSILPPQLALFAIATPLQPPSILEIRTKNFIFRTKHKLDFTPIGC
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 DAKGRIVLGYTEAELCTRGSGYQFIHAADMLYCAESHIRMIKTGESGMIVFRLLTKNNRW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 DAKGRIVLGYTEAELCTRGSGYQFIHAADMLYCAESHIRMIKTGESGMIVFRLLTKNNRW
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 TWVQSNARLLYKNGRPDYIIVTQRPLTDEEGTEHLRKRNTKLPFMFTTGEAVLYEATNPF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 TWVQSNARLLYKNGRPDYIIVTQRPLTDEEGTEHLRKRNTKLPFMFTTGEAVLYEATNPF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 PAIMDPLPLRTKNGTSGKDSATTSTLSKDSLNPSSLLAAMMQQDESIYLYPASSTSSTAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 PAIMDPLPLRTKNGTSGKDSATTSTLSKDSLNPSSLLAAMMQQDESIYLYPASSTSSTAP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 FENNFFNESMNECRNWQDNTAPMGNDTILKHEQIDQPQDVNSFAGGHPGLFQDSKNSDLY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 FENNFFNESMNECRNWQDNTAPMGNDTILKHEQIDQPQDVNSFAGGHPGLFQDSKNSDLY
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 SIMKNLGIDFEDIRHMQNEKFFRNDFSGEVDFRDIDLTDEILTYVQDSLSKSPFIPSDYQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SIMKNLGIDFEDIRHMQNEKFFRNDFSGEVDFRDIDLTDEILTYVQDSLSKSPFIPSDYQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 QQQSLALNSSCMVQEHLHLEQQQQHHQKQVVVEPQQQLCQKMKHMQVNGMFENWNSNQFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 QQQSLALNSSCMVQEHLHLEQQQQHHQKQVVVEPQQQLCQKMKHMQVNGMFENWNSNQFV
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 PFNCPQQDPQQYNVFTDLHGISQEFPYKSEMDSMPYTQNFISCNQPVLPQHSKCTELDYP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 PFNCPQQDPQQYNVFTDLHGISQEFPYKSEMDSMPYTQNFISCNQPVLPQHSKCTELDYP
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 MGSFEPSPYPTTSSLEDFVTCLQLPENQKHGLNPQSAIITPQTCYAGAVSMYQCQPEPQH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 MGSFEPSPYPTTSSLEDFVTCLQLPENQKHGLNPQSAIITPQTCYAGAVSMYQCQPEPQH
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 THVGQMQYNPVLPGQQAFLNKFQNGVLNETYPAELNNINNTQTTTHLQPLHHPSEARPFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 THVGQMQYNPVLPGQQAFLNKFQNGVLNETYPAELNNINNTQTTTHLQPLHHPSEARPFP
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 DLTSSGFL
::::::::
CCDS53 DLTSSGFL
>>CCDS56355.1 AHRR gene_id:57491|Hs108|chr5 (701 aa)
initn: 1085 init1: 608 opt: 1006 Z-score: 993.3 bits: 194.6 E(32554): 5.3e-49
Smith-Waterman score: 1065; 43.5% identity (65.2% similar) in 457 aa overlap (9-456:12-430)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MNSSSANITYASRKRRKPVQKTVKPIPAEGIKSNPSKRHRDRLNTELDRLASLLPFP
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CCDS56 MPRTMIPPGECTYAGRKRRRPLQKQRPAVGAE--KSNPSKRHRDRLNAELDHLASLLPFP
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 QDVINKLDKLSVLRLSVSYLRAKSFFDVALKSSPTERNGGQ----DNCRAANFREGLNLQ
:.:.::::::::::::::::.::::.:. ..: . .: :.: : : .
CCDS56 PDIISKLDKLSVLRLSVSYLRVKSFFQVVQEQSSRQPAAGAPSPGDSCPLA----GSAVL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 EGEFLLQALNGFVLVVTTDALVFYASSTIQDYLGFQQSDVIHQSVYELIHTEDRAEFQRQ
::..::..::::.:::.... .::::.:: :::::.:.::.::..:. ::..:: .: ::
CCDS56 EGRLLLESLNGFALVVSAEGTIFYASATIVDYLGFHQTDVMHQNIYDYIHVDDRQDFCRQ
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KB3 LHWALNPSQCTESGQGIEEATG----LPQTVVCYN-PDQIPPENSPLMERCFICRLRCLL
::::..: : . :: :: : . . . : : : .. ::::::.::::
CCDS56 LHWAMDPPQVVF-GQPPPLETGDDAILGRLLRAQEWGTGTPTEYSAFLTRCFICRVRCLL
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 DNSSGFLAMNFQGKLKYLHGQKKKGKDGSILPPQLALFAIATPLQPPSILEIRTKNFIFR
:..::::.:.::::::.: :::::. .:..:::.:.:: ::.:. :: :.. .. ..:
CCDS56 DSTSGFLTMQFQGKLKFLFGQKKKAPSGAMLPPRLSLFCIAAPVLLPSAAEMKMRSALLR
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 TKHKLDFTPIGCDAKGRIVLGYTEAELCTRGSGYQFIHAADMLYCAESHIRMIKTGESGM
.: . : : ::: . . . :.:: . . : : : :::.
CCDS56 AKPRAD-TAATADAKVKATTSLCESELHGKPN-----------YSAGRSSR-----ESGV
300 310 320 330
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 IVFRLLTKNNRWTWVQSNARLLYKNGRPDYIIVTQRPLTDEEGTEHLRKRNTKLPFMFTT
.:.: : .::. : . : : : :: .. . :.: .: :..
CCDS56 LVLREQTDAGRWAQVPARAPCLCLRGGPDLVLDPKGGSGDREEEQHR---------MLSR
340 350 360 370 380
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 GEAVLYEATNPFPAIMDPLPLRTKNGTSGKDSATTSTLSKDSLNPSSLLAAMMQQDESIY
. .: . .: :. ::: . : ..:.: :. .. .: ::
CCDS56 ASGVTGRRETPGPT--KPLPWTA--GKHSEDGARPR-LQPSKNDPPSLRPMPRGSCLPCP
390 400 410 420 430 440
470 480 490 500 510 520
pF1KB3 LYPASSTSSTAPFENNFFNESMNECRNWQDNTAPMGNDTILKHEQIDQPQDVNSFAGGHP
CCDS56 CVQGTFRNSPISHPPSPSPSAYSSRTSRPMRDVGEDQVHPPLCHFPQRSLQHQLPQPGAQ
450 460 470 480 490 500
>>CCDS43297.1 AHRR gene_id:57491|Hs108|chr5 (719 aa)
initn: 1089 init1: 608 opt: 838 Z-score: 827.7 bits: 164.0 E(32554): 8.8e-40
Smith-Waterman score: 1024; 42.1% identity (62.7% similar) in 475 aa overlap (9-456:12-448)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MNSSSANITYASRKRRKPVQKTVKPIPAEGIKSNPSKRHRDRLNTELDRLASLLPFP
:::.::::.:.:: . :: :::::::::::::.:::.::::::::
CCDS43 MPRTMIPPGECTYAGRKRRRPLQKQRPAVGAE--KSNPSKRHRDRLNAELDHLASLLPFP
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 QDVINKLDKLSVLRLSVSYLRAKSFFDVALKSSPTERNGGQ----DNCRAANFREGLNLQ
:.:.::::::::::::::::.::::.:. ..: . .: :.: : : .
CCDS43 PDIISKLDKLSVLRLSVSYLRVKSFFQVVQEQSSRQPAAGAPSPGDSCPLA----GSAVL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 EGEFLLQALNGFVLVVTTDALVFYASSTIQDYLGFQQSDVIHQSVYELIHTEDRAEFQRQ
::..::..::::.:::.... .::::.:: :::::.:.::.::..:. ::..:: .: ::
CCDS43 EGRLLLESLNGFALVVSAEGTIFYASATIVDYLGFHQTDVMHQNIYDYIHVDDRQDFCRQ
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KB3 LHWALNPSQCTESGQGIEEATG----LPQTVVCYN-PDQIPPENSPLMERCFICRLRCLL
::::..: : . :: :: : . . . : : : .. ::::::.::::
CCDS43 LHWAMDPPQVVF-GQPPPLETGDDAILGRLLRAQEWGTGTPTEYSAFLTRCFICRVRCLL
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270
pF1KB3 DNSSGFLA------------------MNFQGKLKYLHGQKKKGKDGSILPPQLALFAIAT
:..::::: :.::::::.: :::::. .:..:::.:.:: ::.
CCDS43 DSTSGFLARGSQAWQLRLCCPEPLMTMQFQGKLKFLFGQKKKAPSGAMLPPRLSLFCIAA
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB3 PLQPPSILEIRTKNFIFRTKHKLDFTPIGCDAKGRIVLGYTEAELCTRGSGYQFIHAADM
:. :: :.. .. ..:.: . : : ::: . . . :.:: . .
CCDS43 PVLLPSAAEMKMRSALLRAKPRAD-TAATADAKVKATTSLCESELHGKPN----------
300 310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KB3 LYCAESHIRMIKTGESGMIVFRLLTKNNRWTWVQSNARLLYKNGRPDYIIVTQRPLTDEE
: : : :::..:.: : .::. : . : : : :: .. . :.:
CCDS43 -YSAGRSSR-----ESGVLVLREQTDAGRWAQVPARAPCLCLRGGPDLVLDPKGGSGDRE
350 360 370 380 390
400 410 420 430 440 450
pF1KB3 GTEHLRKRNTKLPFMFTTGEAVLYEATNPFPAIMDPLPLRTKNGTSGKDSATTSTLSKDS
.: :.. . .: . .: :. ::: . : ..:.: :. ..
CCDS43 EEQHR---------MLSRASGVTGRRETPGPT--KPLPWTA--GKHSEDGARPR-LQPSK
400 410 420 430 440
460 470 480 490 500 510
pF1KB3 LNPSSLLAAMMQQDESIYLYPASSTSSTAPFENNFFNESMNECRNWQDNTAPMGNDTILK
.: ::
CCDS43 NDPPSLRPMPRGSCLPCPCVQGTFRNSPISHPPSPSPSAYSSRTSRPMRDVGEDQVHPPL
450 460 470 480 490 500
>>CCDS12694.1 NPAS1 gene_id:4861|Hs108|chr19 (590 aa)
initn: 364 init1: 143 opt: 406 Z-score: 403.7 bits: 85.2 E(32554): 3.6e-16
Smith-Waterman score: 425; 24.2% identity (54.3% similar) in 492 aa overlap (34-505:52-518)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 SSANITYASRKRRKPVQKTVKPIPAEGIKSNPSKRHRDRLNTELDRLASLLPFPQDVINK
: .. .: . : :. .::.:::.: . ..
CCDS12 ASVPWDFLPGLMVKAPSGPCLQAQRKEKSRNAARSRRGKENLEFFELAKLLPLPGAISSQ
30 40 50 60 70 80
70 80 90 100 110
pF1KB3 LDKLSVLRLSVSYLRAKSFFDVALKSSP-TERNGGQDNCRAANFR-------EGLNLQEG
::: :..::::.::: . : .:: . : : .: : . : : .. . :
CCDS12 LDKASIVRLSVTYLRLRRF--AALGAPPWGLRAAGPPAGLAPGRRGPAALVSEVFEQHLG
90 100 110 120 130
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 EFLLQALNGFVLVVTTDALVFYASSTIQDYLGFQQSDVIHQSVYELIHTEDRAEFQRQLH
.::.:.:::.... .. .: : :.. :::..: .. .::.. :: :..: .::
CCDS12 GHILQSLDGFVFALNQEGKFLYISETVSIYLGLSQVEMTGSSVFDYIHPGDHSEVLEQLG
140 150 160 170 180 190
180 190 200 210 220
pF1KB3 WAL------NPSQCTESGQGIEEATGLPQTVVCYNPDQIPPENSPLMERCFICRLRCLLD
.: . . :... . :. . . ..:: .: ..:: :. :.. :
CCDS12 LRTPTPGPPTPPSVSSSSSSSSSLADTPE--IEASLTKVPP-SSLVQERSFFVRMKSTLT
200 210 220 230 240 250
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 NSSGFLAMNFQGKLKYLHGQKKKGKDGSILPPQLALFAIATPLQPPSILEIRTKNFIFRT
. . : .. .: : .: : . :.: :.. : : . :. .. ..
CCDS12 KRG--LHVKASG-YKVIH------VTGRLRAHALGLVALGHTLPPAPLAELPLHGHMIVF
260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 KHKLDFTPIGCDAKGRIVLGYTEAELCTRGSGYQFIHAADMLYCAESHIRMIKTGESGMI
. .: .: ..:... . .:: : : :::.:. : .::. .. :.
CCDS12 RLSLGLTILACESRVSDHMDLGPSELVGR-SCYQFVHGQDATRIRQSHVDLLDKGQVMTG
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 VFRLLTKNNRWTWVQSNARLLYKNGRPD--YIIVTQRPLTDEEGTEHLRKRNTKLPFMFT
.: : . . ..:.:: : . .. : ... ... :.. :: . : : .
CCDS12 YYRWLQRAGGFVWLQSVATVAGSGKSPGEHHVLWVSHVLSQAEGGQ------TPLDAFQL
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 TGEAVLYEATNPFPAIMDPLP-LRTKNGTSGKDSATTSTLSKDSLNPSSLLAAMMQQDES
. .. ::..: : .: : . :... ... : . .. ...:. ...:
CCDS12 PASVACEEASSPGPEPTEPEPPTEGKQAAPAENEAPQTQGKRIKVEPGP--RETKGSEDS
430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KB3 IYLYPASSTSSTAPFENNFFNESM---NECRNWQDNTAPMGNDTILKHEQIDQPQDVNSF
:.: .. : .. . .. . : : . :: :.
CCDS12 GDEDPSSHPATPRPEFTSVIRAGVLKQDPVRPW--GLAPPGDPPPTLLHAGFLPPVVRGL
480 490 500 510 520 530
530 540 550 560 570 580
pF1KB3 AGGHPGLFQDSKNSDLYSIMKNLGIDFEDIRHMQNEKFFRNDFSGEVDFRDIDLTDEILT
CCDS12 CTPGTIRYGPAELGLVYPHLQRLGPGPALPEAFYPPLGLPYPGPAGTRLPRKGD
540 550 560 570 580 590
>>CCDS3500.1 CLOCK gene_id:9575|Hs108|chr4 (846 aa)
initn: 246 init1: 125 opt: 336 Z-score: 332.3 bits: 72.5 E(32554): 3.4e-12
Smith-Waterman score: 431; 21.0% identity (53.0% similar) in 858 aa overlap (28-838:34-845)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MNSSSANITYASRKRRKPVQKTVKPIPAEGIKSNPS-KRHRDRLNTELDRLASLLPF
:. .. : : :..::..:. . .:.:.::
CCDS35 TVSCSKMSSIVDRDDSSIFDGLVEEDDKDKAKRVSRNKSEKKRRDQFNVLIKELGSMLP-
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 PQDVINKLDKLSVLRLSVSYLRAKSFFDVALKSSPTERNGGQDNCRAANFREGLNLQEGE
:.:: .::. :...:: .. ... .:. .: :: .: : . .
CCDS35 --GNARKMDKSTVLQKSIDFLRKHK--EITAQSDASEIR--QD--WKPTFLS--NEEFTQ
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 FLLQALNGFVLVVTTDALVFYASSTIQDYLGFQQSDVIHQSVYELIHTEDRAEFQRQLHW
..:.::.:: :.. ::. ..:.: .. . : ::.. ::....: ...: . :
CCDS35 LMLEALDGFFLAIMTDGSIIYVSESVTSLLEHLPSDLVDQSIFNFIPEGEHSEVYKILST
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 ALNPSQCTESGQGIEEATGLPQTVVCYN-PDQIPPENSPLMERC-FICRLRCLLDNSSGF
: :. . . . .. . : :. : :.. .: :: .. : :: .
CCDS35 HLLESD-SLTPEYLKSKNQLE--FCCHMLRGTIDPKEPSTYEYVKFIGNFKSL--NSVSS
180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 LAMN-FQGKLKYLHGQKKKGKDGSILPPQLALFAIATPLQPPSILEIRTKNFIFRTKHKL
: : :.: .. : . . .: . .: .::: . .. : : ..:.:
CCDS35 SAHNGFEGTIQRTH--RPSYEDRVCF---VATVRLATPQFIKEMCTVEEPNEEFTSRHSL
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 DFTPIGCDAKGRIVLGYTEAELCTRGSGYQFIHAADMLYCAESHIRMIKTGESGMIVFRL
.. . : .. ..:: :. :::.. :. :. :. : .... :.. .:.
CCDS35 EWKFLFLDHRAPPIIGYLPFEVLGT-SGYDYYHVDDLENLAKCHEHLMQYGKGKSCYYRF
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 LTKNNRWTWVQSNARLLYK--NGRPDYIIVTQRPLTDEEGTEHLRKRNTKLPFMFTTGEA
:::...: :.:.. . :. :.::..:. :. .. : .. :.:. . . :
CCDS35 LTKGQQWIWLQTHYYITYHQWNSRPEFIVCTHTVVSYAE-VRAERRRELGIEESLPETAA
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