Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3124
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3124, 556 aa
1>>>pF1KB3124 556 - 556 aa - 556 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8731+/-0.000864; mu= 16.1255+/- 0.052
mean_var=75.2612+/-14.777, 0's: 0 Z-trim(106.9): 13 B-trim: 78 in 1/51
Lambda= 0.147839
statistics sampled from 9253 (9263) to 9253 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.655), E-opt: 0.2 (0.285), width: 16
Scan time: 3.140
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS14637.1 GPC4 gene_id:2239|Hs108|chrX ( 556) 3749 809.1 0
CCDS9469.1 GPC6 gene_id:10082|Hs108|chr13 ( 555) 2422 526.1 4.2e-149
CCDS5689.1 GPC2 gene_id:221914|Hs108|chr7 ( 579) 1387 305.4 1.3e-82
CCDS2534.1 GPC1 gene_id:2817|Hs108|chr2 ( 558) 1158 256.5 6.1e-68
CCDS9468.1 GPC5 gene_id:2262|Hs108|chr13 ( 572) 712 161.4 2.7e-39
CCDS14638.1 GPC3 gene_id:2719|Hs108|chrX ( 580) 591 135.6 1.6e-31
CCDS55496.1 GPC3 gene_id:2719|Hs108|chrX ( 603) 523 121.1 3.9e-27
CCDS55495.1 GPC3 gene_id:2719|Hs108|chrX ( 526) 456 106.8 6.9e-23
>>CCDS14637.1 GPC4 gene_id:2239|Hs108|chrX (556 aa)
initn: 3749 init1: 3749 opt: 3749 Z-score: 4319.9 bits: 809.1 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3749; 100.0% identity (100.0% similar) in 556 aa overlap (1-556:1-556)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MARFGLPALLCTLAVLSAALLAAELKSKSCSEVRRLYVSKGFNKNDAPLHEINGDHLKIC
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CCDS14 MARFGLPALLCTLAVLSAALLAAELKSKSCSEVRRLYVSKGFNKNDAPLHEINGDHLKIC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 PQGSTCCSQEMEEKYSLQSKDDFKSVVSEQCNHLQAVFASRYKKFDEFFKELLENAEKSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 PQGSTCCSQEMEEKYSLQSKDDFKSVVSEQCNHLQAVFASRYKKFDEFFKELLENAEKSL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 NDMFVKTYGHLYMQNSELFKDLFVELKRYYVVGNVNLEEMLNDFWARLLERMFRLVNSQY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 NDMFVKTYGHLYMQNSELFKDLFVELKRYYVVGNVNLEEMLNDFWARLLERMFRLVNSQY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 HFTDEYLECVSKYTEQLKPFGDVPRKLKLQVTRAFVAARTFAQGLAVAGDVVSKVSVVNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 HFTDEYLECVSKYTEQLKPFGDVPRKLKLQVTRAFVAARTFAQGLAVAGDVVSKVSVVNP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 TAQCTHALLKMIYCSHCRGLVTVKPCYNYCSNIMRGCLANQGDLDFEWNNFIDAMLMVAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TAQCTHALLKMIYCSHCRGLVTVKPCYNYCSNIMRGCLANQGDLDFEWNNFIDAMLMVAE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 RLEGPFNIESVMDPIDVKISDAIMNMQDNSVQVSQKVFQGCGPPKPLPAGRISRSISESA
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CCDS14 RLEGPFNIESVMDPIDVKISDAIMNMQDNSVQVSQKVFQGCGPPKPLPAGRISRSISESA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 FSARFRPHHPEERPTTAAGTSLDRLVTDVKEKLKQAKKFWSSLPSNVCNDERMAAGNGNE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 FSARFRPHHPEERPTTAAGTSLDRLVTDVKEKLKQAKKFWSSLPSNVCNDERMAAGNGNE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 DDCWNGKGKSRYLFAVTGNGLANQGNNPEVQVDTSKPDILILRQIMALRVMTSKMKNAYN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 DDCWNGKGKSRYLFAVTGNGLANQGNNPEVQVDTSKPDILILRQIMALRVMTSKMKNAYN
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 GNDVDFFDISDESSGEGSGSGCEYQQCPSEFDYNATDHAGKSANEKADSAGVRPGAQAYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 GNDVDFFDISDESSGEGSGSGCEYQQCPSEFDYNATDHAGKSANEKADSAGVRPGAQAYL
490 500 510 520 530 540
550
pF1KB3 LTVFCILFLVMQREWR
::::::::::::::::
CCDS14 LTVFCILFLVMQREWR
550
>>CCDS9469.1 GPC6 gene_id:10082|Hs108|chr13 (555 aa)
initn: 2398 init1: 1676 opt: 2422 Z-score: 2790.3 bits: 526.1 E(32554): 4.2e-149
Smith-Waterman score: 2422; 64.8% identity (85.6% similar) in 549 aa overlap (6-553:10-552)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MARFGLPALLCTLAVLSAALLAAELKSKSCSEVRRLYVSKGFNKNDAPLHEINGDH
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CCDS94 MPSWIGAVILP-LLGLLLSLPAG---ADVKARSCGEVRQAYGAKGFSLADIPYQEIAGEH
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 LKICPQGSTCCSQEMEEKYSLQSKDDFKSVVSEQCNHLQAVFASRYKKFDEFFKELLENA
:.:::: :::. :::.: : ::: .:...: : . ....:.::.:::::::.::::::
CCDS94 LRICPQEYTCCTTEMEDKLSQQSKLEFENLVEETSHFVRTTFVSRHKKFDEFFRELLENA
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 EKSLNDMFVKTYGHLYMQNSELFKDLFVELKRYYVVGNVNLEEMLNDFWARLLERMFRLV
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CCDS94 EKSLNDMFVRTYGMLYMQNSEVFQDLFTELKRYYTGGNVNLEEMLNDFWARLLERMFQLI
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 NSQYHFTDEYLECVSKYTEQLKPFGDVPRKLKLQVTRAFVAARTFAQGLAVAGDVVSKVS
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CCDS94 NPQYHFSEDYLECVSKYTDQLKPFGDVPRKLKIQVTRAFIAARTFVQGLTVGREVANRVS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 VVNPTAQCTHALLKMIYCSHCRGLVTVKPCYNYCSNIMRGCLANQGDLDFEWNNFIDAML
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CCDS94 KVSPTPGCIRALMKMLYCPYCRGLPTVRPCNNYCLNVMKGCLANQADLDTEWNLFIDAML
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 MVAERLEGPFNIESVMDPIDVKISDAIMNMQDNSVQVSQKVFQGCGPPKPLPAGRISRSI
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CCDS94 LVAERLEGPFNIESVMDPIDVKISEAIMNMQENSMQVSAKVFQGCGQPKPAPALRSARSA
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 SESAFSARFRPHHPEERPTTAAGTSLDRLVTDVKEKLKQAKKFWSSLPSNVCNDERMAAG
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CCDS94 PEN-FNTRFRPYNPEERPTTAAGTSLDRLVTDIKEKLKLSKKVWSALPYTICKDESVTAG
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 NGNEDDCWNGKGKSRYLFAVTGNGLANQGNNPEVQVDTSKPDILILRQIMALRVMTSKMK
..::..::::..:.::: . ..::.:: :::::.:: ..:: .: .:::::::::.:.:
CCDS94 TSNEEECWNGHSKARYLPEIMNDGLTNQINNPEVDVDITRPDTFIRQQIMALRVMTNKLK
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 NAYNGNDVDFFDISDESSGEGSGSGCEYQQCPSEFDYNATDHAGKSANEK-ADSAGVRPG
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CCDS94 NAYNGNDVNFQDTSDESSGSGSGSGCMDDVCPTEFEFVTTEAPAVDPDRREVDSSAAQRG
480 490 500 510 520 530
540 550
pF1KB3 AQAYLLTVFCILFLVMQREWR
. .. ::. :..::
CCDS94 HSLLSWSLTCIV-LALQRLCR
540 550
>>CCDS5689.1 GPC2 gene_id:221914|Hs108|chr7 (579 aa)
initn: 1250 init1: 474 opt: 1387 Z-score: 1596.9 bits: 305.4 E(32554): 1.3e-82
Smith-Waterman score: 1387; 42.6% identity (74.7% similar) in 479 aa overlap (27-499:29-505)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MARFGLPALLCTLAVLSAALLAAELKSKSCSEVRRLYVSKGFNKNDAPLHEINGDHLK
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CCDS56 MSALRPLLLLLLPLCPGPGPGPGSEAKVTRSCAETRQVLGARGYSLNLIPPALISGEHLR
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 ICPQGSTCCSQEMEEKYSLQSKDDFKSVVSEQCNHLQAVFASRYKKFDEFFKELLENAEK
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CCDS56 VCPQEYTCCSSETEQRLIRETEATFRGLVEDSGSFLVHTLAARHRKFDEFFLEMLSVAQH
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 SLNDMFVKTYGHLYMQNSELFKDLFVELKRYYVVGNVNLEEMLNDFWARLLERMFRLVNS
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CCDS56 SLTQLFSHSYGRLYAQHALIFNGLFSRLRDFYGESGEGLDDTLADFWAQLLERVFPLLHP
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 QYHFTDEYLECVSKYTEQ----LKPFGDVPRKLKLQVTRAFVAARTFAQGLAVAGDVVSK
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CCDS56 QYSFPPDYLLCLSRLASSTDGSLQPFGDSPRRLRLQITRTLVAARAFVQGLETGRNVVSE
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 VSVVNPTAQCTHALLKMIYCSHCRGLVTVKPCYNYCSNIMRGCLANQGDLDFEWNNFIDA
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CCDS56 ALKVPVSEGCSQALMRLIGCPLCRGVPSLMPCQGFCLNVVRGCLSSRG-LEPDWGNYLDG
250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 MLMVAERLEGPFNIESVMDPIDVKISDAIMNMQDNSVQVSQKVFQGCGPPKPLPAGRISR
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CCDS56 LLILADKLQGPFSFELTAESIGVKISEGLMYLQENSAKVSAQVFQECGPPDPVPA-RNRR
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 SISESAFSARFRPH-HPEERPTTAAGTSLDRLVTDVKEKLKQAKKFWSSLPSNVCNDERM
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CCDS56 APPPREEAGRLWSMVTEEERPTTAAGTNLHRLVWELRERLARMRGFWARLSLTVCGDSRM
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 AAGNGNED-DCWNGKGKSRYLFAVTGNGLANQGNNPEVQVDTSKPDILILRQIMALRVMT
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CCDS56 AADASLEAAPCWTGAGRGRYLPPVVGGSPAEQVNNPELKVDASGPDVPTRRRRLQLRAAT
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 SKMKNAYNGNDVDFFDISDESSGEGSGSGCEYQQCPSEFDYNATDHAGKSANEKADSAGV
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CCDS56 ARMKTAALGHDLDGQDADEDASGSGGGQQYADDWMAGAVAPPARPPRPPYPPRRDGSGGK
480 490 500 510 520 530
>>CCDS2534.1 GPC1 gene_id:2817|Hs108|chr2 (558 aa)
initn: 1516 init1: 1128 opt: 1158 Z-score: 1333.2 bits: 256.5 E(32554): 6.1e-68
Smith-Waterman score: 1640; 43.9% identity (75.0% similar) in 560 aa overlap (9-556:10-558)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MARFGLPALLCTLAVLSA-ALLAAELKSKSCSEVRRLYVSKGFNKNDAPLHEINGDHLK
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CCDS25 MELRARGWWLLCAAAALVACARGDPASKSRSCGEVRQIYGAKGFSLSDVPQAEISGEHLR
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 ICPQGSTCCSQEMEEKYSLQSKDDFKSVVSEQCNHLQAVFASRYKKFDEFFKELLENAEK
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CCDS25 ICPQGYTCCTSEMEENLANRSHAELETALRDSSRVLQAMLATQLRSFDDHFQHLLNDSER
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 SLNDMFVKTYGHLYMQNSELFKDLFVELKRYYVVGNVNLEEMLNDFWARLLERMFRLVNS
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CCDS25 TLQATFPGAFGELYTQNARAFRDLYSELRLYYRGANLHLEETLAEFWARLLERLFKQLHP
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 QYHFTDEYLECVSKYTEQLKPFGDVPRKLKLQVTRAFVAARTFAQGLAVAGDVVSKVSVV
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CCDS25 QLLLPDDYLDCLGKQAEALRPFGEAPRELRLRATRAFVAARSFVQGLGVASDVVRKVAQV
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 NPTAQCTHALLKMIYCSHCRGLVTVKPCYNYCSNIMRGCLANQGDLDFEWNNFIDAMLMV
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CCDS25 PLGPECSRAVMKLVYCAHCLGVPGARPCPDYCRNVLKGCLANQADLDAEWRNLLDSMVLI
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 AERLEGPFNIESVMDPIDVKISDAIMNMQDNSVQVSQKVFQGCGPPKPLPAGRISRSISE
.... : ..:::. . . ...:: .::: .. ::.:::: :: : :
CCDS25 TDKFWGTSGVESVIGSVHTWLAEAINALQDNRDTLTAKVIQGCGNPKVNPQG-------P
310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 SAFSARFRPH-HPEERPTTAAGTSLDRLVTDVKEKLKQAKKFWSSLPSNVCNDERMAAGN
. : : . :.::: . :: :..::...: .:.... :: :::...:. :.:: ..
CCDS25 GPEEKRRRGKLAPRERPPS--GT-LEKLVSEAKAQLRDVQDFWISLPGTLCS-EKMALST
360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 GNEDDCWNGKGKSRYLFAVTGNGLANQGNNPEVQVDTSKPDILILRQIMALRVMTSKMKN
...: :::: ...::: : :.::::: :::::.:: .:::. : .::: :..::.....
CCDS25 ASDDRCWNGMARGRYLPEVMGDGLANQINNPEVEVDITKPDMTIRQQIMQLKIMTNRLRS
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520
pF1KB3 AYNGNDVDFFDISDESSGEGSGSGCEYQQCPSEFDYNATD------HA--GKSANE-KAD
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CCDS25 AYNGNDVDFQDASDDGSGSGSGDGCLDDLCSRKVSRKSSSSRTPLTHALPGLSEQEGQKT
470 480 490 500 510 520
530 540 550
pF1KB3 SAGVRPGAQAYLLTVFCILFLVMQR-EWR
::. : ..:: .. .: :.. : .::
CCDS25 SAASCPQPPTFLLPLLLFLALTVARPRWR
530 540 550
>>CCDS9468.1 GPC5 gene_id:2262|Hs108|chr13 (572 aa)
initn: 706 init1: 426 opt: 712 Z-score: 818.9 bits: 161.4 E(32554): 2.7e-39
Smith-Waterman score: 750; 27.7% identity (62.8% similar) in 494 aa overlap (28-501:28-510)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MARFGLPALLCTLAVLSAALLAAELKSKSCSEVRRLYVSKGFNK-NDAPLHEINGDHLKI
..: :::.:. . .. : : :..
CCDS94 MDAQTWPVGFRCLLLLALVGSARSEGVQTCEEVRKLFQWRLLGAVRGLPDSPRAGPDLQV
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 C-PQGSTCCSQEMEEKYSLQSKDDFKSVVSEQCNHLQAVFASRYKKFDEFFKELLENAEK
: . :::...:::.:.. ...:... .. . . :. ... :.: .. :...::.
CCDS94 CISKKPTCCTRKMEERYQIAARQDMQQFLQTSSSTLKFLISRNAAAFQETLETLIKQAEN
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 SLNDMFVKTYGHLYMQNSELFKDLFVELKRYYVVGNVNLEEMLNDFWARLLERMF-RLVN
. .: .:: .. .. . ...:... : ..:: ::..: :. :. .. .:.:
CCDS94 YTSILFCSTYRNMALEAAASVQEFFTDVGLYLFGADVNPEEFVNRFFDSLFPLVYNHLIN
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 SQYHFTD---EYLECVSKYTEQLKPFGDVPRKLKLQVTRAFVAARTFAQGLAVAGDVVSK
:: :: ::. ....:::..:... :. :... .::: :.: .. .:..
CCDS94 PG--VTDSSLEYSECIRMARRDVSPFGNIPQRVMGQMGRSLLPSRTFLQALNLGIEVINT
190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 VSVVNPTAQCTHALLKMIYCSHCRGLVTVKPCYNYCSNIMRGCLANQGDLDFEWNNFIDA
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CCDS94 TDYLHFSKECSRALLKMQYCPHCQGLALTKPCMGYCLNVMRGCLAHMAELNPHWHAYIRS
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 MLMVAERLEGPFNIESVMDPIDVKISDAIMNMQDNSVQVSQKVFQGCGPPKPLPAGRISR
. ... ..: ..: :. . . ..::... . :. .. ..: . :: : :.
CCDS94 LEELSDAMHGTYDIGHVLLNFHLLVNDAVLQAHLNGQKLLEQVNRICGRPVRTPTQSPRC
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 SISESAFSARFRPHHPEERPTTAAGTSLDRLVTDVKEKLKQAKKFWSSLPSNVCNDERMA
:...: . .: . : . .: . ..:. ..:...: ...: .: .:
CCDS94 SFDQS------KEKHGMKTTTRNSEETLANRRKEFINSLRLYRSFYGGLADQLCANE-LA
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460
pF1KB3 AGNGNEDDCWNGKGKSR-YLFAVTGNGLANQGNNPEVQVDTSKPDI--LI--LRQIMALR
:..: ::::. . : :.:::. :..::::.: : : .: :.... :
CCDS94 AADGLP--CWNGEDIVKSYTQRVVGNGIKAQSGNPEVKVKGIDPVINQIIDKLKHVVQLL
420 430 440 450 460
470 480 490 500 510 520
pF1KB3 VMTSKMKNAYN-------GNDVDFF--DISDESSGEGSGSGCEYQQCPSEFDYNATDHAG
: . .. :. :. : .::.. :::::
CCDS94 QGRSPKPDKWELLQLGSGGGMVEQVSGDCDDEDGCGGSGSGEVKRTLKITDWMPDDMNFS
470 480 490 500 510 520
530 540 550
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