Result of FASTA (ccds) for pF1KB3126
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB3126, 968 aa
  1>>>pF1KB3126 968 - 968 aa - 968 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.8673+/-0.00154; mu= 5.9737+/- 0.092
 mean_var=280.2664+/-56.756, 0's: 0 Z-trim(107.6): 157  B-trim: 0 in 0/51
 Lambda= 0.076611
 statistics sampled from 9553 (9702) to 9553 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.636), E-opt: 0.2 (0.298), width:  16
 Scan time:  3.610

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS54783.1 NFKB1 gene_id:4790|Hs108|chr4          ( 968) 6407 723.2 6.2e-208
CCDS3657.1 NFKB1 gene_id:4790|Hs108|chr4           ( 969) 6395 721.8 1.6e-207
CCDS41565.1 NFKB2 gene_id:4791|Hs108|chr10         ( 899)  923 117.0 1.7e-25
CCDS41564.1 NFKB2 gene_id:4791|Hs108|chr10         ( 900)  923 117.0 1.7e-25
CCDS46110.1 RELB gene_id:5971|Hs108|chr19          ( 579)  529 73.2 1.6e-12


>>CCDS54783.1 NFKB1 gene_id:4790|Hs108|chr4               (968 aa)
 initn: 6407 init1: 6407 opt: 6407  Z-score: 3846.5  bits: 723.2 E(32554): 6.2e-208
Smith-Waterman score: 6407; 100.0% identity (100.0% similar) in 968 aa overlap (1-968:1-968)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MAEDDPYLGRPEQMFHLDPSLTHTIFNPEVFQPQMALPTDGPYLQILEQPKQRGFRFRYV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MAEDDPYLGRPEQMFHLDPSLTHTIFNPEVFQPQMALPTDGPYLQILEQPKQRGFRFRYV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 CEGPSHGGLPGASSEKNKKSYPQVKICNYVGPAKVIVQLVTNGKNIHLHAHSLVGKHCED
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 CEGPSHGGLPGASSEKNKKSYPQVKICNYVGPAKVIVQLVTNGKNIHLHAHSLVGKHCED
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 GICTVTAGPKDMVVGFANLGILHVTKKKVFETLEARMTEACIRGYNPGLLVHPDLAYLQA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 GICTVTAGPKDMVVGFANLGILHVTKKKVFETLEARMTEACIRGYNPGLLVHPDLAYLQA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 EGGGDRQLGDREKELIRQAALQQTKEMDLSVVRLMFTAFLPDSTGSFTRRLEPVVSDAIY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 EGGGDRQLGDREKELIRQAALQQTKEMDLSVVRLMFTAFLPDSTGSFTRRLEPVVSDAIY
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB3 DSKAPNASNLKIVRMDRTAGCVTGGEEIYLLCDKVQKDDIQIRFYEEEENGGVWEGFGDF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 DSKAPNASNLKIVRMDRTAGCVTGGEEIYLLCDKVQKDDIQIRFYEEEENGGVWEGFGDF
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB3 SPTDVHRQFAIVFKTPKYKDINITKPASVFVQLRRKSDLETSEPKPFLYYPEIKDKEEVQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SPTDVHRQFAIVFKTPKYKDINITKPASVFVQLRRKSDLETSEPKPFLYYPEIKDKEEVQ
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB3 RKRQKLMPNFSDSFGGGSGAGAGGGGMFGSGGGGGGTGSTGPGYSFPHYGFPTYGGITFH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 RKRQKLMPNFSDSFGGGSGAGAGGGGMFGSGGGGGGTGSTGPGYSFPHYGFPTYGGITFH
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB3 PGTTKSNAGMKHGTMDTESKKDPEGCDKSDDKNTVNLFGKVIETTEQDQEPSEATVGNGE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 PGTTKSNAGMKHGTMDTESKKDPEGCDKSDDKNTVNLFGKVIETTEQDQEPSEATVGNGE
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB3 VTLTYATGTKEESAGVQDNLFLEKAMQLAKRHANALFDYAVTGDVKMLLAVQRHLTAVQD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 VTLTYATGTKEESAGVQDNLFLEKAMQLAKRHANALFDYAVTGDVKMLLAVQRHLTAVQD
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB3 ENGDSVLHLAIIHLHSQLVRDLLEVTSGLISDDIINMRNDLYQTPLHLAVITKQEDVVED
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 ENGDSVLHLAIIHLHSQLVRDLLEVTSGLISDDIINMRNDLYQTPLHLAVITKQEDVVED
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB3 LLRAGADLSLLDRLGNSVLHLAAKEGHDKVLSILLKHKKAALLLDHPNGDGLNAIHLAMM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LLRAGADLSLLDRLGNSVLHLAAKEGHDKVLSILLKHKKAALLLDHPNGDGLNAIHLAMM
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB3 SNSLPCLLLLVAAGADVNAQEQKSGRTALHLAVEHDNISLAGCLLLEGDAHVDSTTYDGT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SNSLPCLLLLVAAGADVNAQEQKSGRTALHLAVEHDNISLAGCLLLEGDAHVDSTTYDGT
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB3 TPLHIAAGRGSTRLAALLKAAGADPLVENFEPLYDLDDSWENAGEDEGVVPGTTPLDMAT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TPLHIAAGRGSTRLAALLKAAGADPLVENFEPLYDLDDSWENAGEDEGVVPGTTPLDMAT
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB3 SWQVFDILNGKPYEPEFTSDDLLAQGDMKQLAEDVKLQLYKLLEIPDPDKNWATLAQKLG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SWQVFDILNGKPYEPEFTSDDLLAQGDMKQLAEDVKLQLYKLLEIPDPDKNWATLAQKLG
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB3 LGILNNAFRLSPAPSKTLMDNYEVSGGTVRELVEALRQMGYTEAIEVIQAASSPVKTTSQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LGILNNAFRLSPAPSKTLMDNYEVSGGTVRELVEALRQMGYTEAIEVIQAASSPVKTTSQ
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KB3 AHSLPLSPASTRQQIDELRDSDSVCDSGVETSFRKLSFTESLTSGASLLTLNKMPHDYGQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 AHSLPLSPASTRQQIDELRDSDSVCDSGVETSFRKLSFTESLTSGASLLTLNKMPHDYGQ
              910       920       930       940       950       960

               
pF1KB3 EGPLEGKI
       ::::::::
CCDS54 EGPLEGKI
               

>>CCDS3657.1 NFKB1 gene_id:4790|Hs108|chr4                (969 aa)
 initn: 6393 init1: 6129 opt: 6395  Z-score: 3839.4  bits: 721.8 E(32554): 1.6e-207
Smith-Waterman score: 6395; 99.9% identity (99.9% similar) in 969 aa overlap (1-968:1-969)

               10        20        30         40        50         
pF1KB3 MAEDDPYLGRPEQMFHLDPSLTHTIFNPEVFQPQMALPT-DGPYLQILEQPKQRGFRFRY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::
CCDS36 MAEDDPYLGRPEQMFHLDPSLTHTIFNPEVFQPQMALPTADGPYLQILEQPKQRGFRFRY
               10        20        30        40        50        60

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB3 VCEGPSHGGLPGASSEKNKKSYPQVKICNYVGPAKVIVQLVTNGKNIHLHAHSLVGKHCE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 VCEGPSHGGLPGASSEKNKKSYPQVKICNYVGPAKVIVQLVTNGKNIHLHAHSLVGKHCE
               70        80        90       100       110       120

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB3 DGICTVTAGPKDMVVGFANLGILHVTKKKVFETLEARMTEACIRGYNPGLLVHPDLAYLQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 DGICTVTAGPKDMVVGFANLGILHVTKKKVFETLEARMTEACIRGYNPGLLVHPDLAYLQ
              130       140       150       160       170       180

     180       190       200       210       220       230         
pF1KB3 AEGGGDRQLGDREKELIRQAALQQTKEMDLSVVRLMFTAFLPDSTGSFTRRLEPVVSDAI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 AEGGGDRQLGDREKELIRQAALQQTKEMDLSVVRLMFTAFLPDSTGSFTRRLEPVVSDAI
              190       200       210       220       230       240

     240       250       260       270       280       290         
pF1KB3 YDSKAPNASNLKIVRMDRTAGCVTGGEEIYLLCDKVQKDDIQIRFYEEEENGGVWEGFGD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 YDSKAPNASNLKIVRMDRTAGCVTGGEEIYLLCDKVQKDDIQIRFYEEEENGGVWEGFGD
              250       260       270       280       290       300

     300       310       320       330       340       350         
pF1KB3 FSPTDVHRQFAIVFKTPKYKDINITKPASVFVQLRRKSDLETSEPKPFLYYPEIKDKEEV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 FSPTDVHRQFAIVFKTPKYKDINITKPASVFVQLRRKSDLETSEPKPFLYYPEIKDKEEV
              310       320       330       340       350       360

     360       370       380       390       400       410         
pF1KB3 QRKRQKLMPNFSDSFGGGSGAGAGGGGMFGSGGGGGGTGSTGPGYSFPHYGFPTYGGITF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 QRKRQKLMPNFSDSFGGGSGAGAGGGGMFGSGGGGGGTGSTGPGYSFPHYGFPTYGGITF
              370       380       390       400       410       420

     420       430       440       450       460       470         
pF1KB3 HPGTTKSNAGMKHGTMDTESKKDPEGCDKSDDKNTVNLFGKVIETTEQDQEPSEATVGNG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 HPGTTKSNAGMKHGTMDTESKKDPEGCDKSDDKNTVNLFGKVIETTEQDQEPSEATVGNG
              430       440       450       460       470       480

     480       490       500       510       520       530         
pF1KB3 EVTLTYATGTKEESAGVQDNLFLEKAMQLAKRHANALFDYAVTGDVKMLLAVQRHLTAVQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 EVTLTYATGTKEESAGVQDNLFLEKAMQLAKRHANALFDYAVTGDVKMLLAVQRHLTAVQ
              490       500       510       520       530       540

     540       550       560       570       580       590         
pF1KB3 DENGDSVLHLAIIHLHSQLVRDLLEVTSGLISDDIINMRNDLYQTPLHLAVITKQEDVVE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 DENGDSVLHLAIIHLHSQLVRDLLEVTSGLISDDIINMRNDLYQTPLHLAVITKQEDVVE
              550       560       570       580       590       600

     600       610       620       630       640       650         
pF1KB3 DLLRAGADLSLLDRLGNSVLHLAAKEGHDKVLSILLKHKKAALLLDHPNGDGLNAIHLAM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 DLLRAGADLSLLDRLGNSVLHLAAKEGHDKVLSILLKHKKAALLLDHPNGDGLNAIHLAM
              610       620       630       640       650       660

     660       670       680       690       700       710         
pF1KB3 MSNSLPCLLLLVAAGADVNAQEQKSGRTALHLAVEHDNISLAGCLLLEGDAHVDSTTYDG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 MSNSLPCLLLLVAAGADVNAQEQKSGRTALHLAVEHDNISLAGCLLLEGDAHVDSTTYDG
              670       680       690       700       710       720

     720       730       740       750       760       770         
pF1KB3 TTPLHIAAGRGSTRLAALLKAAGADPLVENFEPLYDLDDSWENAGEDEGVVPGTTPLDMA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 TTPLHIAAGRGSTRLAALLKAAGADPLVENFEPLYDLDDSWENAGEDEGVVPGTTPLDMA
              730       740       750       760       770       780

     780       790       800       810       820       830         
pF1KB3 TSWQVFDILNGKPYEPEFTSDDLLAQGDMKQLAEDVKLQLYKLLEIPDPDKNWATLAQKL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 TSWQVFDILNGKPYEPEFTSDDLLAQGDMKQLAEDVKLQLYKLLEIPDPDKNWATLAQKL
              790       800       810       820       830       840

     840       850       860       870       880       890         
pF1KB3 GLGILNNAFRLSPAPSKTLMDNYEVSGGTVRELVEALRQMGYTEAIEVIQAASSPVKTTS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 GLGILNNAFRLSPAPSKTLMDNYEVSGGTVRELVEALRQMGYTEAIEVIQAASSPVKTTS
              850       860       870       880       890       900

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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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     960        
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CCDS36 QEGPLEGKI
                

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CCDS41 SP--YQSGAG-------------PMGCYPGGGGGA--QMAATVPSRDSGEEAAEPSAP--
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       :::. . :  :: ::: .::.:.: :...::::::::.: ....:.  :. .  :.:.. 
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CCDS41 RSSFRGHTPLDLTCSTKVKTLLLNAAQNTMEPPLTPPS--PAGPGLSLGDTALQNLEQLL
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CCDS41 DGPEAQGSWAELAERLGLRSLVDTYRQTTSPSGSLLRSYELAGGDLAGLLEALSDMGLEE
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>>CCDS41564.1 NFKB2 gene_id:4791|Hs108|chr10              (900 aa)
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CCDS41 QRKRRKALPTFSQPFGGGSHMGGGSGGAAGGYGGAGGGGSLG----F----FPS--SLAY
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CCDS41 SP--YQSGAG-------------PMGCYPGGGGGA--QMAATVPSRDSGEEAAEPSAP--
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pF1KB3 EVTLTYATGTKEESAGVQDNLFLEKAMQLAKRHANALFDYAVTGDVKMLLAVQRHLTAVQ
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CCDS41 --SRTPQCEPQAPEMLQRAREYNARLFGLAQRSARALLDYGVTADARALLAGQRHLLTAQ
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pF1KB3 DENGDSVLHLAIIHLHSQLVRDLLEVTSGLISDDIINMRNDLYQTPLHLAVITKQEDVVE
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CCDS41 DENGDTPLHLAIIHGQTSVIEQIVYVIHHAQDLGVVNLTNHLHQTPLHLAVITGQTSVVS
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