FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB3126, 968 aa 1>>>pF1KB3126 968 - 968 aa - 968 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.8673+/-0.00154; mu= 5.9737+/- 0.092 mean_var=280.2664+/-56.756, 0's: 0 Z-trim(107.6): 157 B-trim: 0 in 0/51 Lambda= 0.076611 statistics sampled from 9553 (9702) to 9553 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.636), E-opt: 0.2 (0.298), width: 16 Scan time: 3.610 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS54783.1 NFKB1 gene_id:4790|Hs108|chr4 ( 968) 6407 723.2 6.2e-208 CCDS3657.1 NFKB1 gene_id:4790|Hs108|chr4 ( 969) 6395 721.8 1.6e-207 CCDS41565.1 NFKB2 gene_id:4791|Hs108|chr10 ( 899) 923 117.0 1.7e-25 CCDS41564.1 NFKB2 gene_id:4791|Hs108|chr10 ( 900) 923 117.0 1.7e-25 CCDS46110.1 RELB gene_id:5971|Hs108|chr19 ( 579) 529 73.2 1.6e-12 >>CCDS54783.1 NFKB1 gene_id:4790|Hs108|chr4 (968 aa) initn: 6407 init1: 6407 opt: 6407 Z-score: 3846.5 bits: 723.2 E(32554): 6.2e-208 Smith-Waterman score: 6407; 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CCDS41 QRKRRKALPTFSQPFGGGSHMGGGSGGAAGGYGGAGGGGSLG----F----FPS--SLAY 340 350 360 370 380 420 430 440 450 460 470 pF1KB3 HPGTTKSNAGMKHGTMDTESKKDPEGCDKSDDKNTVNLFGKVIETTEQDQEPSEATVGNG : .:.:: : :: . .. .. .. . .. .: .: .. CCDS41 SP--YQSGAG-------------PMGCYPGGGGGA--QMAATVPSRDSGEEAAEPSAP-- 390 400 410 420 480 490 500 510 520 530 pF1KB3 EVTLTYATGTKEESAGVQDNLFLEKAMQLAKRHANALFDYAVTGDVKMLLAVQRHLTAVQ . : . . . . . ::.: : ::.::.::.:.. ::: :::: ..: CCDS41 --SRTPQCEPQAPEMLQRAREYNARLFGLAQRSARALLDYGVTADARALLAGQRHLLTAQ 430 440 450 460 470 480 540 550 560 570 580 590 pF1KB3 DENGDSVLHLAIIHLHSQLVRDLLEVTSGLISDDIINMRNDLYQTPLHLAVITKQEDVVE :::::. ::::::: ......... : . ..:. : :.:::::::::: : .:: CCDS41 DENGDTPLHLAIIHGQTSVIEQIVYVIHHAQDLGVVNLTNHLHQTPLHLAVITGQTSVVS 490 500 510 520 530 540 600 610 620 630 640 650 pF1KB3 DLLRAGADLSLLDRLGNSVLHLA--AKEGHDKVLSILLKHKKAAL--LLDHPNGDGLNAI :::.::: .:::: :.:..::: : : ..: ::. :. :: :. .:: . 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