Result of FASTA (omim) for
pF1KB3206
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3206, 795 aa
1>>>pF1KB3206 795 - 795 aa - 795 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4917+/-0.000451; mu= 19.2884+/- 0.028
mean_var=82.4389+/-16.924, 0's: 0 Z-trim(110.7): 410 B-trim: 44 in 1/49
Lambda= 0.141256
statistics sampled from 18638 (19061) to 18638 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.577), E-opt: 0.2 (0.223), width: 16
Scan time: 12.420
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_061755 (OMIM: 606338) protocadherin beta-12 pre ( 795) 5157 1061.8 0
NP_061754 (OMIM: 606337) protocadherin beta-11 pre ( 797) 4568 941.8 0
NP_061757 (OMIM: 606340) protocadherin beta-14 pre ( 798) 3962 818.3 0
NP_061763 (OMIM: 606333) protocadherin beta-7 prec ( 793) 3883 802.2 0
NP_061760 (OMIM: 606329) protocadherin beta-3 prec ( 796) 3877 801.0 0
NP_061761 (OMIM: 606330) protocadherin beta-4 prec ( 795) 3866 798.7 0
NP_056484 (OMIM: 606331) protocadherin beta-5 prec ( 795) 3854 796.3 0
NP_061759 (OMIM: 606328) protocadherin beta-2 prec ( 798) 3853 796.1 0
NP_066008 (OMIM: 606345) protocadherin beta-16 pre ( 776) 3852 795.9 0
NP_061756 (OMIM: 606339) protocadherin beta-13 pre ( 798) 3809 787.1 0
NP_061758 (OMIM: 606341) protocadherin beta-15 pre ( 787) 3805 786.3 0
NP_061993 (OMIM: 606334) protocadherin beta-8 prec ( 801) 3794 784.0 0
NP_061992 (OMIM: 606335) protocadherin beta-9 prec ( 797) 3764 777.9 0
NP_061753 (OMIM: 606336) protocadherin beta-10 pre ( 800) 3724 769.8 0
NP_061762 (OMIM: 606332) protocadherin beta-6 isof ( 794) 3700 764.9 0
NP_001290074 (OMIM: 606332) protocadherin beta-6 i ( 658) 3212 665.4 2.3e-190
NP_037472 (OMIM: 606327) protocadherin beta-1 prec ( 818) 2589 538.5 4.4e-152
NP_114382 (OMIM: 606288) protocadherin gamma-A1 is ( 823) 2117 442.3 4e-123
NP_061735 (OMIM: 606288) protocadherin gamma-A1 is ( 931) 2117 442.3 4.4e-123
NP_115267 (OMIM: 606300) protocadherin gamma-B2 is ( 811) 2109 440.7 1.2e-122
NP_061746 (OMIM: 606300) protocadherin gamma-B2 is ( 931) 2109 440.7 1.4e-122
NP_114476 (OMIM: 606294) protocadherin gamma-A7 is ( 817) 2106 440.0 1.9e-122
NP_061743 (OMIM: 606294) protocadherin gamma-A7 is ( 932) 2106 440.1 2.1e-122
NP_114443 (OMIM: 606292) protocadherin gamma-A5 is ( 813) 2092 437.2 1.4e-121
NP_061741 (OMIM: 606292) protocadherin gamma-A5 is ( 931) 2092 437.2 1.5e-121
NP_115271 (OMIM: 606303) protocadherin gamma-B6 is ( 820) 2075 433.7 1.5e-120
NP_061749 (OMIM: 606303) protocadherin gamma-B6 is ( 930) 2075 433.8 1.7e-120
NP_114398 (OMIM: 606289) protocadherin gamma-A2 is ( 823) 2069 432.5 3.5e-120
NP_061738 (OMIM: 606289) protocadherin gamma-A2 is ( 932) 2069 432.6 3.9e-120
NP_114479 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 i ( 850) 2067 432.1 4.8e-120
NP_061736 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 i ( 936) 2067 432.1 5.2e-120
NP_114442 (OMIM: 606291) protocadherin gamma-A4 is ( 851) 2057 430.1 2e-119
NP_061740 (OMIM: 606291) protocadherin gamma-A4 is ( 962) 2057 430.1 2.2e-119
NP_115270 (OMIM: 606302) protocadherin gamma-B5 is ( 818) 2055 429.7 2.5e-119
NP_061748 (OMIM: 606302) protocadherin gamma-B5 is ( 923) 2055 429.7 2.8e-119
NP_114478 (OMIM: 606296) protocadherin gamma-A9 is ( 828) 2051 428.8 4.5e-119
NP_061744 (OMIM: 606296) protocadherin gamma-A9 is ( 932) 2051 428.9 4.9e-119
NP_115272 (OMIM: 606304) protocadherin gamma-B7 is ( 808) 2049 428.4 5.9e-119
NP_061750 (OMIM: 606304) protocadherin gamma-B7 is ( 929) 2049 428.5 6.5e-119
NP_115265 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 i ( 820) 2047 428.0 7.9e-119
NP_003726 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 i ( 932) 2047 428.1 8.7e-119
NP_114475 (OMIM: 606293) protocadherin gamma-A6 is ( 818) 2046 427.8 9e-119
NP_061742 (OMIM: 606293) protocadherin gamma-A6 is ( 932) 2046 427.9 1e-118
NP_115269 (OMIM: 603058) protocadherin gamma-B4 is ( 803) 2034 425.4 4.9e-118
NP_003727 (OMIM: 603058) protocadherin gamma-B4 is ( 923) 2034 425.4 5.4e-118
NP_114480 (OMIM: 606298) protocadherin gamma-A11 i ( 837) 2016 421.7 6.4e-117
NP_061737 (OMIM: 606298) protocadherin gamma-A11 i ( 935) 2016 421.8 7e-117
NP_115266 (OMIM: 606299) protocadherin gamma-B1 is ( 810) 2011 420.7 1.3e-116
NP_061745 (OMIM: 606299) protocadherin gamma-B1 is ( 927) 2011 420.7 1.4e-116
NP_115268 (OMIM: 606301) protocadherin gamma-B3 is ( 814) 2002 418.9 4.5e-116
>>NP_061755 (OMIM: 606338) protocadherin beta-12 precurs (795 aa)
initn: 5157 init1: 5157 opt: 5157 Z-score: 5679.8 bits: 1061.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5157; 100.0% identity (100.0% similar) in 795 aa overlap (1-795:1-795)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MENGGAGTLQIRQVLLFFVLLGMSQAGSETGNFLVMEELQSGSFVGNLAKTLGLEVSELS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 MENGGAGTLQIRQVLLFFVLLGMSQAGSETGNFLVMEELQSGSFVGNLAKTLGLEVSELS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 SRGARVVSNDNKECLQLDTNTGDLLLREMLDREELCGSNEPCVLYFQVLMKNPTQFLQIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SRGARVVSNDNKECLQLDTNTGDLLLREMLDREELCGSNEPCVLYFQVLMKNPTQFLQIE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 LQVRDINDHSPVFLEKEMLLEIPENSPVGAVFLLESAKDLDVGINAVKSYTINPNSHFHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 LQVRDINDHSPVFLEKEMLLEIPENSPVGAVFLLESAKDLDVGINAVKSYTINPNSHFHV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 KIRVNPDNRKYPELVLDKALDYEERPELSFILTALDGGSPPRSGTALVRVVVVDINDNSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 KIRVNPDNRKYPELVLDKALDYEERPELSFILTALDGGSPPRSGTALVRVVVVDINDNSP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 EFEQAFYEVKILENSILGSLVVTVSAWDLDSGTNSELSYTFSHASEDIRKTFEINQKSGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 EFEQAFYEVKILENSILGSLVVTVSAWDLDSGTNSELSYTFSHASEDIRKTFEINQKSGD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 ITLTAPLDFEAIESYSIIIQATDGGGLFGKSTVRIQVMDVNDNAPEITVSSITSPIPENT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 ITLTAPLDFEAIESYSIIIQATDGGGLFGKSTVRIQVMDVNDNAPEITVSSITSPIPENT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 PETVVMVFRIRDRDSGDNGKMVCSIPEDIPFVLKSSVNNYYTLETERPLDRESRAEYNIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PETVVMVFRIRDRDSGDNGKMVCSIPEDIPFVLKSSVNNYYTLETERPLDRESRAEYNIT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 ITVTDLGTPRLKTEHNITVLVSDVNDNAPAFTQTSYALFVRENNSPALHIGSISATDRDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 ITVTDLGTPRLKTEHNITVLVSDVNDNAPAFTQTSYALFVRENNSPALHIGSISATDRDS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 GTNAQVNYSLLPSQDPHLPLASLVSINADNGHLFALRSLDYEALQGFQFRVGATDHGSPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 GTNAQVNYSLLPSQDPHLPLASLVSINADNGHLFALRSLDYEALQGFQFRVGATDHGSPA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 LSSEALVRVLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPWAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 LSSEALVRVLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPWAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 WLSYQLLKATEPGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 WLSYQLLKATEPGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLHV
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 LLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 LLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAA
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 PVGRCSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYHYEVCVTGGSRSNKFKFLKPIIPNFLPQSTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PVGRCSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYHYEVCVTGGSRSNKFKFLKPIIPNFLPQSTG
730 740 750 760 770 780
790
pF1KB3 SEVEENPPFQNNLGF
:::::::::::::::
NP_061 SEVEENPPFQNNLGF
790
>>NP_061754 (OMIM: 606337) protocadherin beta-11 precurs (797 aa)
initn: 4568 init1: 4568 opt: 4568 Z-score: 5031.1 bits: 941.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4568; 88.8% identity (95.3% similar) in 795 aa overlap (1-795:1-795)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MENGGAGTLQIRQVLLFFVLLGMSQAGSETGNFLVMEELQSGSFVGNLAKTLGLEVSELS
::: :. : :::::::.::::::::::::: .: : ::.::::::::::: :::.: :::
NP_061 MENQGTRTQQIRQVLLLFVLLGMSQAGSETWSFSVAEEMQSGSFVGNLAKDLGLKVRELS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 SRGARVVSNDNKECLQLDTNTGDLLLREMLDREELCGSNEPCVLYFQVLMKNPTQFLQIE
::::::::::.:. :::: ::::::: : ::::::::: :::::..::::.:::::::::
NP_061 SRGARVVSNDKKQRLQLDINTGDLLLSETLDREELCGSIEPCVLHLQVLMQNPTQFLQIE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 LQVRDINDHSPVFLEKEMLLEIPENSPVGAVFLLESAKDLDVGINAVKSYTINPNSHFHV
:::::::::::.: ::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::.
NP_061 LQVRDINDHSPIFSEKQMLLEIPENSPVGAVFLLESAKDLDVGINAVKSYTISPNSHFHI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 KIRVNPDNRKYPELVLDKALDYEERPELSFILTALDGGSPPRSGTALVRVVVVDINDNSP
:.:: ::::::::::::::::::: :::::::.:::::::::::::::::::::::::::
NP_061 KMRVIPDNRKYPELVLDKALDYEELPELSFILSALDGGSPPRSGTALVRVVVVDINDNSP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 EFEQAFYEVKILENSILGSLVVTVSAWDLDSGTNSELSYTFSHASEDIRKTFEINQKSGD
::::::::::: ::::::::.. :::::::::::.:. :::::::::::::::::::::.
NP_061 EFEQAFYEVKIRENSILGSLILIVSAWDLDSGTNGEICYTFSHASEDIRKTFEINQKSGE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 ITLTAPLDFEAIESYSIIIQATDGGGLFGKSTVRIQVMDVNDNAPEITVSSITSPIPENT
::: ::::::.:::::::::::::::::::::: :.:.::::::::::::::::::::::
NP_061 ITLRAPLDFETIESYSIIIQATDGGGLFGKSTVIIHVIDVNDNAPEITVSSITSPIPENT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 PETVVMVFRIRDRDSGDNGKMVCSIPEDIPFVLKSSVNNYYTLETERPLDRESRAEYNIT
:::::::: :.: ::::::..:::::::.::::::::.::::::::::::::: ::::::
NP_061 PETVVMVFSIQDIDSGDNGRIVCSIPEDLPFVLKSSVENYYTLETERPLDRESTAEYNIT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 ITVTDLGTPRLKTEHNITVLVSDVNDNAPAFTQTSYALFVRENNSPALHIGSISATDRDS
::::::: :::::::: ::::::::::::.::::::.:::::::::::::::.:::::::
NP_061 ITVTDLGIPRLKTEHNTTVLVSDVNDNAPTFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 GTNAQVNYSLLPSQDPHLPLASLVSINADNGHLFALRSLDYEALQGFQFRVGATDHGSPA
:::::::::::: :: :::::::::::.:::::::::::::::::.:.:::::::.::::
NP_061 GTNAQVNYSLLPPQDLHLPLASLVSINTDNGHLFALRSLDYEALQAFDFRVGATDRGSPA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 LSSEALVRVLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPWAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::
NP_061 LSSEALVRVLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 WLSYQLLKATEPGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:
NP_061 WLSYQLLKATEPGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLQV
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 LLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 LLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAA
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 PVGRCSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYHYEVCVTGGSRSNKFKFLKPIIPNFLPQSTG
:: ::::.::::::::::::::::::::.::::.::::..:.::::::.:::. .. :
NP_061 SVGSCSVPKGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYEVCLTGGSETNEFKFLKPVIPNIQAKGLG
730 740 750 760 770 780
790
pF1KB3 SEVEENPPFQNNLGF
.. ::: :.:..::
NP_061 KNSEENSTFRNSFGFNF
790
>>NP_061757 (OMIM: 606340) protocadherin beta-14 precurs (798 aa)
initn: 4157 init1: 3941 opt: 3962 Z-score: 4363.7 bits: 818.3 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 3962; 76.0% identity (90.8% similar) in 795 aa overlap (1-795:1-795)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MENGGAGTLQIRQVLLFFVLLGMSQAGSETGNFLVMEELQSGSFVGNLAKTLGLEVSELS
:: :: :. ::::.:.::::.:.::.:.... : :: . ::::.:::. ::: : :::
NP_061 MEIRGALDLRKRQVLIFLVLLGLSRAGTESAHYSVAEETEIGSFVANLARDLGLGVEELS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 SRGARVVSNDNKECLQLDTNTGDLLLREMLDREELCGSNEPCVLYFQVLMKNPTQFLQIE
:: :::::.:::. :.:: ::.::: : :::.:::::.:::::.:::...:: ::...:
NP_061 SREARVVSDDNKKYLHLDLLTGNLLLNEKLDRDELCGSTEPCVLHFQVVLENPLQFFRFE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 LQVRDINDHSPVFLEKEMLLEIPENSPVGAVFLLESAKDLDVGINAVKSYTINPNSHFHV
: :.:::::::.::.::.:..: :.. :::.::.:::.::::: :....:::.:::::..
NP_061 LCVKDINDHSPTFLDKEILIKISEGTTVGATFLMESAQDLDVGSNSLQNYTISPNSHFYI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 KIRVNPDNRKYPELVLDKALDYEERPELSFILTALDGGSPPRSGTALVRVVVVDINDNSP
:: . : . :::::::.:::::.. :: . :::.::::::.:::.:: . :.:::::.:
NP_061 KIPDSSDRKIYPELVLDRALDYEQEAELRLTLTAVDGGSPPKSGTTLVLIKVLDINDNAP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 EFEQAFYEVKILENSILGSLVVTVSAWDLDSGTNSELSYTFSHASEDIRKTFEINQKSGD
:: :..:::.. :. ::: ..:.:: :::.:. ...:::: ::::::::::::: ::.
NP_061 EFPQSLYEVQVPEDRPLGSWIATISAKDLDAGNYGKISYTFFHASEDIRKTFEINPISGE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 ITLTAPLDFEAIESYSIIIQATDGGGLFGKSTVRIQVMDVNDNAPEITVSSITSPIPENT
..: .:::::.:.::.: ::::::::: :: :. ..:::.::: ::.:.::::. ::::.
NP_061 VNLRSPLDFEVIQSYTINIQATDGGGLSGKCTLLVKVMDINDNPPEVTISSITKRIPENA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 PETVVMVFRIRDRDSGDNGKMVCSIPEDIPFVLKSSVNNYYTLETERPLDRESRAEYNIT
::.: .: : :.::::::.:.::: ...:: :: . .:..:: .:. :::::.::::::
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NP_061 LLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADLLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAA
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790
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NP_061 PETVVSIFRIRDRDSGENGKMICSIPDNLPFILKPTLKNFYTLVTERPLDRETSAEYNIT
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NP_061 LSSEALVRVLVLDTNDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNA
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NP_061 LLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAA
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NP_061 SVGRCSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYEVCLTGDSGTGEFKFLKPIFPNLLVQDTG
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pF1KB3 SEVEENPPFQNNLGF
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NP_061 REVKENPKFRNSLVFS
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pF1KB3 MENGGAGTLQIRQVLLFFVLLGMSQAGSETGNFLVMEELQSGSFVGNLAKTLGLEVSELS
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NP_056 METALAKTPQKRQVMFLAILLLLWEAGSEAVRYSIPEETESGYSVANLAKDLGLGVGELA
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NP_056 TRGARMHYKGNKELLQLDIKTGNLLLYEKLDREVMCGATEPCILHFQLLLENPVQFFQTD
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NP_056 LQLTDINDHAPEFPEKEMLLKIPESTQPGTVFPLKIAQDFDIGSNTVQNYTISPNSHFHV
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pF1KB3 KIRVNPDNRKYPELVLDKALDYEERPELSFILTALDGGSPPRSGTALVRVVVVDINDNSP
. :.::::::::::::: :::::::. :::::::.::::::. .:.::.: :::.:
NP_056 ATHNRGDGRKYPELVLDKALDREERPELSLTLTALDGGAPPRSGTTTIRIVVLDNNDNAP
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NP_061 APETVVALFSVSDLDSGENGKISCSIQEDLPFLLKSA-ENFYTLLTERPLDRESRAEYNI
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NP_061 GKEIQGNSTFPNNFGFNIQ
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]