Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3232
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3232, 713 aa
1>>>pF1KB3232 713 - 713 aa - 713 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.3092+/-0.0011; mu= 10.5921+/- 0.065
mean_var=181.2332+/-37.176, 0's: 0 Z-trim(108.4): 195 B-trim: 172 in 1/52
Lambda= 0.095270
statistics sampled from 9992 (10217) to 9992 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.672), E-opt: 0.2 (0.314), width: 16
Scan time: 3.220
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1448.1 LRRN2 gene_id:10446|Hs108|chr1 ( 713) 4794 672.3 6.8e-193
CCDS33685.1 LRRN1 gene_id:57633|Hs108|chr3 ( 716) 2174 312.2 1.7e-84
CCDS5754.1 LRRN3 gene_id:54674|Hs108|chr7 ( 708) 2134 306.7 7.7e-83
CCDS10446.1 IGFALS gene_id:3483|Hs108|chr16 ( 605) 450 75.2 3.3e-13
CCDS53982.1 IGFALS gene_id:3483|Hs108|chr16 ( 643) 450 75.2 3.4e-13
CCDS61194.1 LGR5 gene_id:8549|Hs108|chr12 ( 883) 441 74.1 1e-12
CCDS3306.1 LRRC15 gene_id:131578|Hs108|chr3 ( 581) 428 72.1 2.6e-12
CCDS46984.1 LRRC15 gene_id:131578|Hs108|chr3 ( 587) 428 72.1 2.6e-12
CCDS9000.1 LGR5 gene_id:8549|Hs108|chr12 ( 907) 419 71.1 8.3e-12
CCDS10514.1 VASN gene_id:114990|Hs108|chr16 ( 673) 412 70.0 1.3e-11
CCDS31449.1 LGR4 gene_id:55366|Hs108|chr11 ( 951) 407 69.5 2.7e-11
>>CCDS1448.1 LRRN2 gene_id:10446|Hs108|chr1 (713 aa)
initn: 4794 init1: 4794 opt: 4794 Z-score: 3576.6 bits: 672.3 E(32554): 6.8e-193
Smith-Waterman score: 4794; 99.9% identity (100.0% similar) in 713 aa overlap (1-713:1-713)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MRLLVAPLLLAWVAGATATVPVVPWHVPCPPQCACQIRPWYTPRSSYREATTVDCNDLFL
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CCDS14 MRLLVAPLLLAWVAGATAAVPVVPWHVPCPPQCACQIRPWYTPRSSYREATTVDCNDLFL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 TAVPPALPAGTQTLLLQSNSIVRVDQSELGYLANLTELDLSQNSFSDARDCDFHALPQLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TAVPPALPAGTQTLLLQSNSIVRVDQSELGYLANLTELDLSQNSFSDARDCDFHALPQLL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 SLHLEENQLTRLEDHSFAGLASLQELYLNHNQLYRIAPRAFSGLSNLLRLHLNSNLLRAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 SLHLEENQLTRLEDHSFAGLASLQELYLNHNQLYRIAPRAFSGLSNLLRLHLNSNLLRAI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 DSRWFEMLPNLEILMIGGNKVDAILDMNFRPLANLRSLVLAGMNLREISDYALEGLQSLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 DSRWFEMLPNLEILMIGGNKVDAILDMNFRPLANLRSLVLAGMNLREISDYALEGLQSLE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 SLSFYDNQLARVPRRALEQVPGLKFLDLNKNPLQRVGPGDFANMLHLKELGLNNMEELVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 SLSFYDNQLARVPRRALEQVPGLKFLDLNKNPLQRVGPGDFANMLHLKELGLNNMEELVS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 IDKFALVNLPELTKLDITNNPRLSFIHPRAFHHLPQMETLMLNNNALSALHQQTVESLPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 IDKFALVNLPELTKLDITNNPRLSFIHPRAFHHLPQMETLMLNNNALSALHQQTVESLPN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 LQEVGLHGNPIRCDCVIRWANATGTRVRFIEPQSTLCAEPPDLQRLPVREVPFREMTDHC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LQEVGLHGNPIRCDCVIRWANATGTRVRFIEPQSTLCAEPPDLQRLPVREVPFREMTDHC
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 LPLISPRSFPPSLQVASGESMVLHCRALAEPEPEIYWVTPAGLRLTPAHAGRRYRVYPEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LPLISPRSFPPSLQVASGESMVLHCRALAEPEPEIYWVTPAGLRLTPAHAGRRYRVYPEG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 TLELRRVTAEEAGLYTCVAQNLVGADTKTVSVVVGRALLQPGRDEGQGLELRVQETHPYH
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CCDS14 TLELRRVTAEEAGLYTCVAQNLVGADTKTVSVVVGRALLQPGRDEGQGLELRVQETHPYH
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 ILLSWVTPPNTVSTNLTWSSASSLRGQGATALARLPRGTHSYNITRLLQATEYWACLQVA
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CCDS14 ILLSWVTPPNTVSTNLTWSSASSLRGQGATALARLPRGTHSYNITRLLQATEYWACLQVA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 FADAHTQLACVWARTKEATSCHRALGDRPGLIAILALAVLLLAAGLAAHLGTGQPRKGVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 FADAHTQLACVWARTKEATSCHRALGDRPGLIAILALAVLLLAAGLAAHLGTGQPRKGVG
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710
pF1KB3 GRRPLPPAWAFWGWSAPSVRVVSAPLVLPWNPGRKLPRSSEGETLLPPLSQNS
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CCDS14 GRRPLPPAWAFWGWSAPSVRVVSAPLVLPWNPGRKLPRSSEGETLLPPLSQNS
670 680 690 700 710
>>CCDS33685.1 LRRN1 gene_id:57633|Hs108|chr3 (716 aa)
initn: 1923 init1: 1724 opt: 2174 Z-score: 1630.4 bits: 312.2 E(32554): 1.7e-84
Smith-Waterman score: 2174; 55.7% identity (79.1% similar) in 592 aa overlap (29-618:32-617)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MRLLVAPLLLAWVAGATATVPVVPWHVPCPPQCACQIRPWYTPRSSYREATTVDCNDL
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CCDS33 ARMSFVIAACQLVLGLLMTSLTESSIQNSECPQLCVCEIRPWFTPQSTYREATTVDCNDL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 FLTAVPPALPAGTQTLLLQSNSIVR-VDQSELGYLANLTELDLSQNSFSDARDCDFHALP
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CCDS33 RLTRIPSNLSSDTQVLLLQSNNIAKTVD--ELQQLFNLTELDFSQNNFTNIKEVGLANLT
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 QLLSLHLEENQLTRLEDHSFAGLASLQELYLNHNQLYRIAPRAFSGLSNLLRLHLNSNLL
:: .:::::::.:.. :. . :..:::::.::::. :. .::.::.:::::::::: :
CCDS33 QLTTLHLEENQITEMTDYCLQDLSNLQELYINHNQISTISAHAFAGLKNLLRLHLNSNKL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 RAIDSRWFEMLPNLEILMIGGNKVDAILDMNFRPLANLRSLVLAGMNLREISDYALEGLQ
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CCDS33 KVIDSRWFDSTPNLEILMIGENPVIGILDMNFKPLANLRSLVLAGMYLTDIPGNALVGLD
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 SLESLSFYDNQLARVPRRALEQVPGLKFLDLNKNPLQRVGPGDFANMLHLKELGLNNMEE
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CCDS33 SLESLSFYDNKLVKVPQLALQKVPNLKFLDLNKNPIHKIQEGDFKNMLRLKELGINNMGE
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 LVSIDKFALVNLPELTKLDITNNPRLSFIHPRAFHHLPQMETLMLNNNALSALHQQTVES
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CCDS33 LVSVDRYALDNLPELTKLEATNNPKLSYIHRLAFRSVPALESLMLNNNALNAIYQKTVES
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 LPNLQEVGLHGNPIRCDCVIRWANATGTRVRFIEPQSTLCAEPPDLQRLPVREVPFREMT
::::.:...:.::.::::::.: :.. : .::.:: : .:: ::. . :.:: ... .
CCDS33 LPNLREISIHSNPLRCDCVIHWINSNKTNIRFMEPLSMFCAMPPEYKGHQVKEVLIQDSS
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 DHCLPLISPRSFPPSLQVASGESMVLHCRALAEPEPEIYWVTPAGLRLTPAHAGRRYRVY
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CCDS33 EQCLPMISHDSFPNRLNVDIGTTVFLDCRAMAEPEPEIYWVTPIGNKITVETLSDKYKLS
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 PEGTLELRRVTAEEAGLYTCVAQNLVGADTKTVSVVVGRALLQPGRDEGQGLELRVQETH
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CCDS33 SEGTLEISNIQIEDSGRYTCVAQNVQGADTRVATIKVNGTLL----DGTQVLKIYVKQTE
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KB3 PYHILLSWVTPPNTVSTNLTWSSAS-SLRGQGATALARLPRGTHSYNITRLLQATEYWAC
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CCDS33 SHSILVSWKVNSNVMTSNLKWSSATMKIDNPHITYTARVPVDVHEYNLTHLQPSTDYEVC
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KB3 LQVAFADAHTQLACVWARTKEATSCHRALGDRPGLIAILALAVLLLAAGLAAHLGTGQPR
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CCDS33 LTVSNIHQQTQKSCVNVTTKNAAFAVDISDQETSTALAAVMGSMFAVISLASIAVYFAKR
600 610 620 630 640 650
>>CCDS5754.1 LRRN3 gene_id:54674|Hs108|chr7 (708 aa)
initn: 2329 init1: 1738 opt: 2134 Z-score: 1600.7 bits: 306.7 E(32554): 7.7e-83
Smith-Waterman score: 2134; 52.1% identity (77.6% similar) in 612 aa overlap (7-616:5-612)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MRLLVAPLLLAWVAG--ATATVPVVPWHVPCPPQCACQIRPWYTPRSSYREATTVDCNDL
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CCDS57 MKDMPLRIHVLLGLAITTLVQAVDKKVDCPRLCTCEIRPWFTPRSIYMEASTVDCNDL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 FLTAVPPALPAGTQTLLLQSNSIVRVDQSELGYLANLTELDLSQNSFSDARDCDFHALPQ
: . : :::.:: ::::.:.:.... : . .::: ::::::..:.. . . . .::
CCDS57 GLLTFPARLPANTQILLLQTNNIAKIEYST-DFPVNLTGLDLSQNNLSSVTNINVKKMPQ
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 LLSLHLEENQLTRLEDHSFAGLASLQELYLNHNQLYRIAPRAFSGLSNLLRLHLNSNLLR
:::..::::.::.: .. .. :..:::::.::: : :.: :: :: :::::::::: :.
CCDS57 LLSVYLEENKLTELPEKCLSELSNLQELYINHNLLSTISPGAFIGLHNLLRLHLNSNRLQ
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 AIDSRWFEMLPNLEILMIGGNKVDAILDMNFRPLANLRSLVLAGMNLREISDYALEGLQS
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CCDS57 MINSKWFDALPNLEILMIGENPIIRIKDMNFKPLINLRSLVIAGINLTEIPDNALVGLEN
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 LESLSFYDNQLARVPRRALEQVPGLKFLDLNKNPLQRVGPGDFANMLHLKELGLNNMEEL
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CCDS57 LESISFYDNRLIKVPHVALQKVVNLKFLDLNKNPINRIRRGDFSNMLHLKELGINNMPEL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 VSIDKFALVNLPELTKLDITNNPRLSFIHPRAFHHLPQMETLMLNNNALSALHQQTVESL
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CCDS57 ISIDSLAVDNLPDLRKIEATNNPRLSYIHPNAFFRLPKLESLMLNSNALSALYHGTIESL
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 PNLQEVGLHGNPIRCDCVIRWANATGTRVRFIEPQSTLCAEPPDLQRLPVREVPFREMTD
:::.:...:.::::::::::: : . : .::.::.: .:..::..: ::.: ::.: .
CCDS57 PNLKEISIHSNPIRCDCVIRWMNMNKTNIRFMEPDSLFCVDPPEFQGQNVRQVHFRDMME
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 HCLPLISPRSFPPSLQVASGESMVLHCRALAEPEPEIYWVTPAGLRLTPAHAGRRYRVYP
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CCDS57 ICLPLIAPESFPSNLNVEAGSYVSFHCRATAEPQPEIYWITPSGQKLLPNTLTDKFYVHS
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 EGTLELRRVTAEEAGLYTCVAQNLVGADTKTVSVVVGRALLQPGRDEGQGLELRVQETHP
::::.. :: .:.:::::.: :::::: :.: . : .. : :.. .:...... .
CCDS57 EGTLDINGVTPKEGGLYTCIATNLVGADLKSVMIKVDGSFPQ---DNNGSLNIKIRDIQA
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KB3 YHILLSWVTPPNTVSTNLTWSSASSLRGQGATALARLPRGTHSYNITRLLQATEYWACLQ
.:.:: . . ..... :.. . ... :. ::.: .. ::.:.: .::: :..
CCDS57 NSVLVSWKASSKILKSSVKWTAFVKTENSHAAQSARIPSDVKVYNLTHLNPSTEYKICID
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KB3 VAFADAHTQLACVWARTKEATSCHRALGDRPGLIAILALAVLLLAAGLAAHLGTGQPRKG
. ... :: . ::
CCDS57 IPTIYQKNRKKCVNVTTKGLHPDQKEYEKNNTTTLMACLGGLLGIIGVICLISCLSPEMN
600 610 620 630 640 650
>>CCDS10446.1 IGFALS gene_id:3483|Hs108|chr16 (605 aa)
initn: 336 init1: 336 opt: 450 Z-score: 350.7 bits: 75.2 E(32554): 3.3e-13
Smith-Waterman score: 450; 30.0% identity (58.6% similar) in 377 aa overlap (3-372:8-375)
10 20 30 40
pF1KB3 MRLLVAPLLLAWVA-------GATATVPVVPWHVPCPPQCACQIRPWYTPRSSYR
: .: :::.::: :: .: :: :.:. : .
CCDS10 MALRKGGLALALLLLSWVALGPRSLEGADPGTPGEAEGPACPAACVCS----YDDDA---
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 EATTVDCNDLFLTAVPPALPAGTQTLLLQSNSIVRVDQSELGYLANLTELDLSQNSFSDA
. .: :.. :: .: ..:.:::.: :..:.. : . . :..: :.:. .....
CCDS10 DELSVFCSSRNLTRLPDGVPGGTQALWLDGNNLSSVPPAAFQNLSSLGFLNLQGGQLGSL
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 RDCDFHALPQLLSLHLEENQLTRLEDHSFAGLASLQELYLNHNQLYRIAPRAFSGLSNLL
. . .: .: ::::.::: : .:: .: : :..:.: :. : ::..:
CCDS10 EPQALLGLENLCHLHLERNQLRSLALGTFAHTPALASLGLSNNRLSRLEDGLFEGLGSLW
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 RLHLNSNLLRAIDSRWFEMLPNLEILMIGGNKVDAILDMNFRPLANLRSLVLAGMNLREI
:.:. : : .. . :. : .:. :...::.. . : ::.:: : :. :: :
CCDS10 DLNLGWNSLAVLPDAAFRGLGSLRELVLAGNRLAYLQPALFSGLAELRELDLSRNALRAI
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 SDYALEGLQSLESLSFYDNQLARVPRRALEQVPGLKFLDLNKNPLQRVGPGDFANMLHLK
. .. : :..: . : .: : :. . .:..:::..: . . : ..: :.
CCDS10 KANVFVQLPRLQKLYLDRNLIAAVAPGAFLGLKALRWLDLSHNRVAGLLEDTFPGLLGLR
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 ELGLNNMEELVSIDKFALVNLPELTKLDITNNPRLSFIHPRAFHHLPQMETLMLNNNALS
: :.. . ..:. .. .: : .:.. .: :. . :.:. : :.:.: :..: :.
CCDS10 VLRLSH-NAIASLRPRTFKDLHFLEELQLGHN-RIRQLAERSFEGLGQLEVLTLDHNQLQ
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 ALHQQTVESLPNLQEVGLHGNPIRCDCVIRWANATGTRVRFIEPQSTLCAEPPDLQRLPV
.. . .: :. ..: :: .:
CCDS10 EVKAGAFLGLTNVAVMNLSGNCLRNLPEQVFRGLGKLHSLHLEGSCLGRIRPHTFTGLSG
360 370 380 390 400 410
>>CCDS53982.1 IGFALS gene_id:3483|Hs108|chr16 (643 aa)
initn: 336 init1: 336 opt: 450 Z-score: 350.3 bits: 75.2 E(32554): 3.4e-13
Smith-Waterman score: 450; 30.0% identity (58.6% similar) in 377 aa overlap (3-372:46-413)
10 20
pF1KB3 MRLLVAPLLLAWVA-------GATATVPVVPW
: .: :::.::: :: .:
CCDS53 ERRFRLCWYQAHSGRALLGPPPQASPPAGGLALALLLLSWVALGPRSLEGADPGTPGEAE
20 30 40 50 60 70
30 40 50 60 70 80
pF1KB3 HVPCPPQCACQIRPWYTPRSSYREATTVDCNDLFLTAVPPALPAGTQTLLLQSNSIVRVD
:: :.:. : . . .: :.. :: .: ..:.:::.: :..:.. :
CCDS53 GPACPAACVCS----YDDDA---DELSVFCSSRNLTRLPDGVPGGTQALWLDGNNLSSVP
80 90 100 110 120
90 100 110 120 130 140
pF1KB3 QSELGYLANLTELDLSQNSFSDARDCDFHALPQLLSLHLEENQLTRLEDHSFAGLASLQE
. . :..: :.:. ..... . . .: .: ::::.::: : .:: .:
CCDS53 PAAFQNLSSLGFLNLQGGQLGSLEPQALLGLENLCHLHLERNQLRSLALGTFAHTPALAS
130 140 150 160 170 180
150 160 170 180 190 200
pF1KB3 LYLNHNQLYRIAPRAFSGLSNLLRLHLNSNLLRAIDSRWFEMLPNLEILMIGGNKVDAIL
: :..:.: :. : ::..: :.:. : : .. . :. : .:. :...::.. .
CCDS53 LGLSNNRLSRLEDGLFEGLGSLWDLNLGWNSLAVLPDAAFRGLGSLRELVLAGNRLAYLQ
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250 260
pF1KB3 DMNFRPLANLRSLVLAGMNLREISDYALEGLQSLESLSFYDNQLARVPRRALEQVPGLKF
: ::.:: : :. :: :. .. : :..: . : .: : :. . .:..
CCDS53 PALFSGLAELRELDLSRNALRAIKANVFVQLPRLQKLYLDRNLIAAVAPGAFLGLKALRW
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270 280 290 300 310 320
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:::..: . . : ..: :. : :.. . ..:. .. .: : .:.. .: :.
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. :.:. : :.:.: :..: :. .. . .: :. ..: :: .:
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... . : . .:: :: .. ..: . . ..::....: :. : : : .
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CCDS10 LHAKPYI
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]