Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3236
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3236, 572 aa
1>>>pF1KB3236 572 - 572 aa - 572 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9959+/-0.00101; mu= 14.5276+/- 0.061
mean_var=62.5709+/-12.433, 0's: 0 Z-trim(103.1): 30 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.162139
statistics sampled from 7260 (7272) to 7260 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.596), E-opt: 0.2 (0.223), width: 16
Scan time: 3.160
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS34492.1 ME1 gene_id:4199|Hs108|chr6 ( 572) 3772 891.3 0
CCDS8277.1 ME3 gene_id:10873|Hs108|chr11 ( 604) 2840 673.3 2.3e-193
CCDS11948.1 ME2 gene_id:4200|Hs108|chr18 ( 584) 2199 523.4 3e-148
CCDS54187.1 ME2 gene_id:4200|Hs108|chr18 ( 479) 1861 444.3 1.6e-124
>>CCDS34492.1 ME1 gene_id:4199|Hs108|chr6 (572 aa)
initn: 3772 init1: 3772 opt: 3772 Z-score: 4763.7 bits: 891.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3772; 100.0% identity (100.0% similar) in 572 aa overlap (1-572:1-572)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MEPEAPRRRHTHQRGYLLTRNPHLNKDLAFTLEERQQLNIHGLLPPSFNSQEIQVLRVVK
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CCDS34 MEPEAPRRRHTHQRGYLLTRNPHLNKDLAFTLEERQQLNIHGLLPPSFNSQEIQVLRVVK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 NFEHLNSDFDRYLLLMDLQDRNEKLFYRVLTSDIEKFMPIVYTPTVGLACQQYSLVFRKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 NFEHLNSDFDRYLLLMDLQDRNEKLFYRVLTSDIEKFMPIVYTPTVGLACQQYSLVFRKP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 RGLFITIHDRGHIASVLNAWPEDVIKAIVVTDGERILGLGDLGCNGMGIPVGKLALYTAC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 RGLFITIHDRGHIASVLNAWPEDVIKAIVVTDGERILGLGDLGCNGMGIPVGKLALYTAC
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 GGMNPQECLPVILDVGTENEELLKDPLYIGLRQRRVRGSEYDDFLDEFMEAVSSKYGMNC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 GGMNPQECLPVILDVGTENEELLKDPLYIGLRQRRVRGSEYDDFLDEFMEAVSSKYGMNC
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 LIQFEDFANVNAFRLLNKYRNQYCTFNDDIQGTASVAVAGLLAALRITKNKLSDQTILFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LIQFEDFANVNAFRLLNKYRNQYCTFNDDIQGTASVAVAGLLAALRITKNKLSDQTILFQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 GAGEAALGIAHLIVMALEKEGLPKEKAIKKIWLVDSKGLIVKGRASLTQEKEKFAHEHEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 GAGEAALGIAHLIVMALEKEGLPKEKAIKKIWLVDSKGLIVKGRASLTQEKEKFAHEHEE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 MKNLEAIVQEIKPTALIGVAAIGGAFSEQILKDMAAFNERPIIFALSNPTSKAECSAEQC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MKNLEAIVQEIKPTALIGVAAIGGAFSEQILKDMAAFNERPIIFALSNPTSKAECSAEQC
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 YKITKGRAIFASGSPFDPVTLPNGQTLYPGQGNNSYVFPGVALGVVACGLRQITDNIFLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 YKITKGRAIFASGSPFDPVTLPNGQTLYPGQGNNSYVFPGVALGVVACGLRQITDNIFLT
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 TAEVIAQQVSDKHLEEGRLYPPLNTIRDVSLKIAEKIVKDAYQEKTATVYPEPQNKEAFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TAEVIAQQVSDKHLEEGRLYPPLNTIRDVSLKIAEKIVKDAYQEKTATVYPEPQNKEAFV
490 500 510 520 530 540
550 560 570
pF1KB3 RSQMYSTDYDQILPDCYSWPEEVQKIQTKVDQ
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 RSQMYSTDYDQILPDCYSWPEEVQKIQTKVDQ
550 560 570
>>CCDS8277.1 ME3 gene_id:10873|Hs108|chr11 (604 aa)
initn: 2836 init1: 2836 opt: 2840 Z-score: 3585.1 bits: 673.3 E(32554): 2.3e-193
Smith-Waterman score: 2840; 71.6% identity (92.1% similar) in 567 aa overlap (2-568:37-603)
10 20 30
pF1KB3 MEPEAPRRRHTHQRGYLLTRNPHLNKDLAFT
.: : ..::: .:::::::: .:::
CCDS82 TGTRLAPWPGRACGALPRWTPTAPAQGCHSKPGPARPVPLKKRGYDVTRNPHLNKGMAFT
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB3 LEERQQLNIHGLLPPSFNSQEIQVLRVVKNFEHLNSDFDRYLLLMDLQDRNEKLFYRVLT
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CCDS82 LEERLQLGIHGLIPPCFLSQDVQLLRIMRYYERQQSDLDKYIILMTLQDRNEKLFYRVLT
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB3 SDIEKFMPIVYTPTVGLACQQYSLVFRKPRGLFITIHDRGHIASVLNAWPEDVIKAIVVT
::.:::::::::::::::::.:.:.::.::::::::::.::.:..::.:::: :::.:::
CCDS82 SDVEKFMPIVYTPTVGLACQHYGLTFRRPRGLFITIHDKGHLATMLNSWPEDNIKAVVVT
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KB3 DGERILGLGDLGCNGMGIPVGKLALYTACGGMNPQECLPVILDVGTENEELLKDPLYIGL
::::::::::::: :::::::::::::::::.:::.::::.:::::.:::::.:::::::
CCDS82 DGERILGLGDLGCYGMGIPVGKLALYTACGGVNPQQCLPVLLDVGTNNEELLRDPLYIGL
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KB3 RQRRVRGSEYDDFLDEFMEAVSSKYGMNCLIQFEDFANVNAFRLLNKYRNQYCTFNDDIQ
...::.:. :::.:::::.::..:.:.:::::::::::.:::::::::::.:: ::::::
CCDS82 KHQRVHGKAYDDLLDEFMQAVTDKFGINCLIQFEDFANANAFRLLNKYRNKYCMFNDDIQ
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KB3 GTASVAVAGLLAALRITKNKLSDQTILFQGAGEAALGIAHLIVMALEKEGLPKEKAIKKI
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CCDS82 GTASVAVAGILAALRITKNKLSNHVFVFQGAGEAAMGIAHLLVMALEKEGVPKAEATRKI
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KB3 WLVDSKGLIVKGRASLTQEKEKFAHEHEEMKNLEAIVQEIKPTALIGVAAIGGAFSEQIL
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CCDS82 WMVDSKGLIVKGRSHLNHEKEMFAQDHPEVNSLEEVVRLVKPTAIIGVAAIAGAFTEQIL
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KB3 KDMAAFNERPIIFALSNPTSKAECSAEQCYKITKGRAIFASGSPFDPVTLPNGQTLYPGQ
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CCDS82 RDMASFHERPIIFALSNPTSKAECTAEKCYRVTEGRGIFASGSPFKSVTLEDGKTFIPGQ
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500 510
pF1KB3 GNNSYVFPGVALGVVACGLRQITDNIFLTTAEVIAQQVSDKHLEEGRLYPPLNTIRDVSL
:::.::::::::::.: :.:.: :.::: ::: :::.::..:: .:::::::.:::::::
CCDS82 GNNAYVFPGVALGVIAGGIRHIPDEIFLLTAEQIAQEVSEQHLSQGRLYPPLSTIRDVSL
490 500 510 520 530 540
520 530 540 550 560 570
pF1KB3 KIAEKIVKDAYQEKTATVYPEPQNKEAFVRSQMYSTDYDQILPDCYSWPEEVQKIQTKVD
.:: :.. ::... :. ::::..::::::: .:. :::.. : :.::.:....::
CCDS82 RIAIKVLDYAYKHNLASYYPEPKDKEAFVRSLVYTPDYDSFTLDSYTWPKEAMNVQTV
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 Q
>>CCDS11948.1 ME2 gene_id:4200|Hs108|chr18 (584 aa)
initn: 2162 init1: 1441 opt: 2199 Z-score: 2775.0 bits: 523.4 E(32554): 3e-148
Smith-Waterman score: 2199; 55.5% identity (83.9% similar) in 560 aa overlap (5-561:15-574)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MEPEAPRRRHTHQRGYLLTRNPHLNKDLAFTLEERQQLNIHGLLPPSFNS
: :. : ...: : ::. :: .::::.:::.:...:::::....
CCDS11 MLSRLRVVSTTCTLACRHLHIKEKGKPLMLNPRTNKGMAFTLQERQMLGLQGLLPPKIET
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 QEIQVLRVVKNFEHLNSDFDRYLLLMDLQDRNEKLFYRVLTSDIEKFMPIVYTPTVGLAC
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CCDS11 QDIQALRFHRNLKKMTSPLEKYIYIMGIQERNEKLFYRILQDDIESLMPIVYTPTVGLAC
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 QQYSLVFRKPRGLFITIHDRGHIASVLNAWPEDVIKAIVVTDGERILGLGDLGCNGMGIP
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CCDS11 SQYGHIFRRPKGLFISISDRGHVRSIVDNWPENHVKAVVVTDGERILGLGDLGVYGMGIP
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 VGKLALYTACGGMNPQECLPVILDVGTENEELLKDPLYIGLRQRRVRGSEYDDFLDEFME
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CCDS11 VGKLCLYTACAGIRPDRCLPVCIDVGTDNIALLKDPFYMGLYQKRDRTQQYDDLIDEFMK
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 AVSSKYGMNCLIQFEDFANVNAFRLLNKYRNQYCTFNDDIQGTASVAVAGLLAALRITKN
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CCDS11 AITDRYGRNTLIQFEDFGNHNAFRFLRKYREKYCTFNDDIQGTAAVALAGLLAAQKVISK
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340
pF1KB3 KLSDQTILFQGAGEAALGIAHLIVMALEKEGLPKEKAIKKIWLVDSKGLIVKGR-ASLTQ
.:.. ::: ::::::::::.::::.. ..:: ...: ::::. :. ::.:::: :.. .
CCDS11 PISEHKILFLGAGEAALGIANLIVMSMVENGLSEQEAQKKIWMFDKYGLLVKGRKAKIDS
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 EKEKFAHEHEEM--KNLEAIVQEIKPTALIGVAAIGGAFSEQILKDMAAFNERPIIFALS
.: :.: : ..: :. .::...::::. : :. .... ::..::::.:::::
CCDS11 YQEPFTHSAPESIPDTFEDAVNILKPSTIIGVAGAGRLFTPDVIRAMASINERPVIFALS
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 NPTSKAECSAEQCYKITKGRAIFASGSPFDPVTLPNGQTLYPGQGNNSYVFPGVALGVVA
:::..:::.::. : .:.:: .::::::: :: : .:... :::::: :.::::::.:.
CCDS11 NPTAQAECTAEEAYTLTEGRCLFASGSPFGPVKLTDGRVFTPGQGNNVYIFPGVALAVIL
430 440 450 460 470 480
470 480 490 500 510 520
pF1KB3 CGLRQITDNIFLTTAEVIAQQVSDKHLEEGRLYPPLNTIRDVSLKIAEKIVKDAYQEKTA
:. :.:.:..:: .:.....:..:..: .::::::: .:..::..:: :... : .: :
CCDS11 CNTRHISDSVFLEAAKALTSQLTDEELAQGRLYPPLANIQEVSINIAIKVTEYLYANKMA
490 500 510 520 530 540
530 540 550 560 570
pF1KB3 TVYPEPQNKEAFVRSQMYSTDYDQILPDCYSWPEEVQKIQTKVDQ
::::..: .:. . . ..::..::: : :::
CCDS11 FRYPEPEDKAKYVKERTWRSEYDSLLPDVYEWPESASSPPVITE
550 560 570 580
>>CCDS54187.1 ME2 gene_id:4200|Hs108|chr18 (479 aa)
initn: 1824 init1: 1441 opt: 1861 Z-score: 2349.2 bits: 444.3 E(32554): 1.6e-124
Smith-Waterman score: 1861; 57.3% identity (84.1% similar) in 464 aa overlap (5-465:15-478)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MEPEAPRRRHTHQRGYLLTRNPHLNKDLAFTLEERQQLNIHGLLPPSFNS
: :. : ...: : ::. :: .::::.:::.:...:::::....
CCDS54 MLSRLRVVSTTCTLACRHLHIKEKGKPLMLNPRTNKGMAFTLQERQMLGLQGLLPPKIET
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 QEIQVLRVVKNFEHLNSDFDRYLLLMDLQDRNEKLFYRVLTSDIEKFMPIVYTPTVGLAC
:.::.:: .:.....: ...:. .: .:.::::::::.: .:::..:::::::::::::
CCDS54 QDIQALRFHRNLKKMTSPLEKYIYIMGIQERNEKLFYRILQDDIESLMPIVYTPTVGLAC
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 QQYSLVFRKPRGLFITIHDRGHIASVLNAWPEDVIKAIVVTDGERILGLGDLGCNGMGIP
.::. .::.:.::::.: ::::. :... :::. .::.::::::::::::::: :::::
CCDS54 SQYGHIFRRPKGLFISISDRGHVRSIVDNWPENHVKAVVVTDGERILGLGDLGVYGMGIP
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 VGKLALYTACGGMNPQECLPVILDVGTENEELLKDPLYIGLRQRRVRGSEYDDFLDEFME
:::: :::::.:. :..:::: .::::.: :::::.:.:: :.: : ..:::..::::.
CCDS54 VGKLCLYTACAGIRPDRCLPVCIDVGTDNIALLKDPFYMGLYQKRDRTQQYDDLIDEFMK
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 AVSSKYGMNCLIQFEDFANVNAFRLLNKYRNQYCTFNDDIQGTASVAVAGLLAALRITKN
:....:: : :::::::.: ::::.: :::..::::::::::::.::.:::::: .. ..
CCDS54 AITDRYGRNTLIQFEDFGNHNAFRFLRKYREKYCTFNDDIQGTAAVALAGLLAAQKVISK
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340
pF1KB3 KLSDQTILFQGAGEAALGIAHLIVMALEKEGLPKEKAIKKIWLVDSKGLIVKGR-ASLTQ
.:.. ::: ::::::::::.::::.. ..:: ...: ::::. :. ::.:::: :.. .
CCDS54 PISEHKILFLGAGEAALGIANLIVMSMVENGLSEQEAQKKIWMFDKYGLLVKGRKAKIDS
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 EKEKFAHEHEEM--KNLEAIVQEIKPTALIGVAAIGGAFSEQILKDMAAFNERPIIFALS
.: :.: : ..: :. .::...::::. : :. .... ::..::::.:::::
CCDS54 YQEPFTHSAPESIPDTFEDAVNILKPSTIIGVAGAGRLFTPDVIRAMASINERPVIFALS
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 NPTSKAECSAEQCYKITKGRAIFASGSPFDPVTLPNGQTLYPGQGNNSYVFPGVALGVVA
:::..:::.::. : .:.:: .::::::: :: : .:... :::::: :.::: . .
CCDS54 NPTAQAECTAEEAYTLTEGRCLFASGSPFGPVKLTDGRVFTPGQGNNVYIFPGYRIPIC
430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KB3 CGLRQITDNIFLTTAEVIAQQVSDKHLEEGRLYPPLNTIRDVSLKIAEKIVKDAYQEKTA
572 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 04:53:32 2016 done: Sat Nov 5 04:53:32 2016
Total Scan time: 3.160 Total Display time: 0.040
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]