Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3279
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3279, 950 aa
1>>>pF1KB3279 950 - 950 aa - 950 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.5785+/-0.00102; mu= 11.1216+/- 0.061
mean_var=131.2900+/-25.691, 0's: 0 Z-trim(108.0): 194 B-trim: 90 in 1/50
Lambda= 0.111933
statistics sampled from 9717 (9914) to 9717 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.654), E-opt: 0.2 (0.305), width: 16
Scan time: 4.210
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS54920.1 PCDHA9 gene_id:9752|Hs108|chr5 ( 950) 6201 1013.5 0
CCDS54916.1 PCDHA4 gene_id:56144|Hs108|chr5 ( 947) 5205 852.7 0
CCDS54915.1 PCDHA3 gene_id:56145|Hs108|chr5 ( 950) 5120 838.9 0
CCDS4240.1 PCDHA13 gene_id:56136|Hs108|chr5 ( 950) 5011 821.3 0
CCDS54913.1 PCDHA1 gene_id:56147|Hs108|chr5 ( 950) 5006 820.5 0
CCDS47281.1 PCDHA6 gene_id:56142|Hs108|chr5 ( 950) 4986 817.3 0
CCDS54919.1 PCDHA8 gene_id:56140|Hs108|chr5 ( 950) 4959 813.0 0
CCDS54921.1 PCDHA10 gene_id:56139|Hs108|chr5 ( 948) 4952 811.8 0
CCDS54914.1 PCDHA2 gene_id:56146|Hs108|chr5 ( 948) 4910 805.0 0
CCDS47284.1 PCDHA11 gene_id:56138|Hs108|chr5 ( 949) 4876 799.5 0
CCDS54918.1 PCDHA7 gene_id:56141|Hs108|chr5 ( 937) 4505 739.6 6.5e-213
CCDS54917.1 PCDHA5 gene_id:56143|Hs108|chr5 ( 936) 3916 644.5 2.8e-184
CCDS75325.1 PCDHA10 gene_id:56139|Hs108|chr5 ( 844) 3907 643.0 6.9e-184
CCDS64269.1 PCDHA2 gene_id:56146|Hs108|chr5 ( 808) 3865 636.2 7.4e-182
CCDS75326.1 PCDHA11 gene_id:56138|Hs108|chr5 ( 810) 3831 630.8 3.3e-180
CCDS47285.1 PCDHA12 gene_id:56137|Hs108|chr5 ( 941) 3823 629.5 9.2e-180
CCDS75327.1 PCDHA12 gene_id:56137|Hs108|chr5 ( 792) 3803 626.2 7.5e-179
CCDS34255.1 PCDHA10 gene_id:56139|Hs108|chr5 ( 685) 2614 434.2 4.2e-121
CCDS54912.1 PCDHA1 gene_id:56147|Hs108|chr5 ( 686) 2605 432.7 1.1e-120
CCDS47282.1 PCDHA6 gene_id:56142|Hs108|chr5 ( 686) 2575 427.9 3.3e-119
CCDS4261.1 PCDHGC3 gene_id:5098|Hs108|chr5 ( 934) 2031 340.1 1.2e-92
CCDS75348.1 PCDHGC3 gene_id:5098|Hs108|chr5 ( 863) 1993 334.0 7.8e-91
CCDS75350.1 PCDHGC5 gene_id:56097|Hs108|chr5 ( 878) 1953 327.5 7e-89
CCDS54928.1 PCDHGB4 gene_id:8641|Hs108|chr5 ( 923) 1947 326.6 1.4e-88
CCDS4263.1 PCDHGC5 gene_id:56097|Hs108|chr5 ( 944) 1947 326.6 1.5e-88
CCDS47292.1 PCDHGA10 gene_id:56106|Hs108|chr5 ( 936) 1938 325.1 4e-88
CCDS75343.1 PCDHGA10 gene_id:56106|Hs108|chr5 ( 850) 1937 324.9 4.1e-88
CCDS75336.1 PCDHGA7 gene_id:56108|Hs108|chr5 ( 817) 1925 323.0 1.5e-87
CCDS54927.1 PCDHGA7 gene_id:56108|Hs108|chr5 ( 932) 1925 323.0 1.7e-87
CCDS75346.1 PCDHGA12 gene_id:26025|Hs108|chr5 ( 820) 1912 320.9 6.5e-87
CCDS75331.1 PCDHGA4 gene_id:56111|Hs108|chr5 ( 851) 1912 320.9 6.7e-87
CCDS4260.1 PCDHGA12 gene_id:26025|Hs108|chr5 ( 932) 1912 320.9 7.2e-87
CCDS58980.1 PCDHGB3 gene_id:56102|Hs108|chr5 ( 929) 1907 320.1 1.3e-86
CCDS58979.2 PCDHGA4 gene_id:56111|Hs108|chr5 ( 962) 1904 319.6 1.8e-86
CCDS54923.1 PCDHGB1 gene_id:56104|Hs108|chr5 ( 927) 1896 318.3 4.3e-86
CCDS75330.1 PCDHGB1 gene_id:56104|Hs108|chr5 ( 810) 1892 317.6 6e-86
CCDS47289.1 PCDHGA2 gene_id:56113|Hs108|chr5 ( 932) 1889 317.2 9.5e-86
CCDS47294.1 PCDHGA11 gene_id:56105|Hs108|chr5 ( 935) 1888 317.0 1.1e-85
CCDS75345.1 PCDHGA11 gene_id:56105|Hs108|chr5 ( 837) 1881 315.9 2.1e-85
CCDS75338.1 PCDHGA8 gene_id:9708|Hs108|chr5 ( 820) 1862 312.8 1.7e-84
CCDS47291.1 PCDHGA8 gene_id:9708|Hs108|chr5 ( 932) 1862 312.8 1.9e-84
CCDS75333.1 PCDHGA5 gene_id:56110|Hs108|chr5 ( 813) 1858 312.2 2.7e-84
CCDS54925.1 PCDHGA5 gene_id:56110|Hs108|chr5 ( 931) 1858 312.2 3e-84
CCDS75334.1 PCDHGB3 gene_id:56102|Hs108|chr5 ( 814) 1856 311.8 3.4e-84
CCDS47293.1 PCDHGB7 gene_id:56099|Hs108|chr5 ( 929) 1857 312.0 3.4e-84
CCDS58981.1 PCDHGA9 gene_id:56107|Hs108|chr5 ( 932) 1837 308.8 3.2e-83
CCDS75335.1 PCDHGA6 gene_id:56109|Hs108|chr5 ( 818) 1836 308.6 3.2e-83
CCDS75341.1 PCDHGA9 gene_id:56107|Hs108|chr5 ( 828) 1836 308.6 3.2e-83
CCDS54926.1 PCDHGA6 gene_id:56109|Hs108|chr5 ( 932) 1836 308.6 3.6e-83
CCDS4257.1 PCDHB15 gene_id:56121|Hs108|chr5 ( 787) 1833 308.1 4.3e-83
>>CCDS54920.1 PCDHA9 gene_id:9752|Hs108|chr5 (950 aa)
initn: 6201 init1: 6201 opt: 6201 Z-score: 5416.1 bits: 1013.5 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6201; 100.0% identity (100.0% similar) in 950 aa overlap (1-950:1-950)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MLYSSRGDPEGQPLLLSLLILAMWVVGSGQLHYSVPEEAEHGTFVGRIAQDLGLELAELV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MLYSSRGDPEGQPLLLSLLILAMWVVGSGQLHYSVPEEAEHGTFVGRIAQDLGLELAELV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 PRLFQLDSKGRGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 PRLFQLDSKGRGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 VEVKDINDNPPVFPATQKNLFIAESRPLDSRFPLEGASDADIGENALLTYRLSPNEYFFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 VEVKDINDNPPVFPATQKNLFIAESRPLDSRFPLEGASDADIGENALLTYRLSPNEYFFL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 DVPTSNQQVKPLGLVLRKLLDREETPELHLLLTATDGGKPELTGTVQLLITVLDNNDNAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 DVPTSNQQVKPLGLVLRKLLDREETPELHLLLTATDGGKPELTGTVQLLITVLDNNDNAP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 VFDRTLYTVKLPENVSIGTLVIHPNASDLDEGLNGDIIYSFSSDVSPDIKSKFHMDPLSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 VFDRTLYTVKLPENVSIGTLVIHPNASDLDEGLNGDIIYSFSSDVSPDIKSKFHMDPLSG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 AITVIGHMDFEESRAHKIPVEAVDKGFPPLAGHCTLLVEVVDVNDNAPQLTIKTLSVPVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 AITVIGHMDFEESRAHKIPVEAVDKGFPPLAGHCTLLVEVVDVNDNAPQLTIKTLSVPVK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 EDAQLGTVIALISVIDLDADANGQVTCSLTPHVPFKLVSTYKNYYSLVLDRALDRESVSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 EDAQLGTVIALISVIDLDADANGQVTCSLTPHVPFKLVSTYKNYYSLVLDRALDRESVSA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 YELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQSEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 YELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQSEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 DADAQENALVSYSLVERRLGERSLSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 DADAQENALVSYSLVERRLGERSLSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLTPRMRGTDGAVSEMVLRSVGAGVVVGKVRAVDAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLTPRMRGTDGAVSEMVLRSVGAGVVVGKVRAVDAD
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 SGYNAWLSYELQPETASASIPFRVGLYTGEISTTRALDETDAPRQRLLVLVKDHGEPALT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SGYNAWLSYELQPETASASIPFRVGLYTGEISTTRALDETDAPRQRLLVLVKDHGEPALT
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 ATATVLVSLVESGQAPKSSSRASVGATGPEVTLVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 ATATVLVSLVESGQAPKSSSRASVGATGPEVTLVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTV
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 LRCSAMPTEGECAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVCSGEGKQKTDLMAFSPGLSPCA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LRCSAMPTEGECAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVCSGEGKQKTDLMAFSPGLSPCA
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 GSTERTGEPSASSDSTGKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 GSTERTGEPSASSDSTGKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950
pF1KB3 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
910 920 930 940 950
>>CCDS54916.1 PCDHA4 gene_id:56144|Hs108|chr5 (947 aa)
initn: 5204 init1: 4152 opt: 5205 Z-score: 4546.8 bits: 852.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5205; 84.5% identity (92.5% similar) in 950 aa overlap (1-950:1-947)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MLYSSRGDPEGQPLLLSLLILAMWVVGSGQLHYSVPEEAEHGTFVGRIAQDLGLELAELV
: .: . :.. ::: ::.:: : .:.::::::: :::.::::::::::::::::::::
CCDS54 MEFSWGSGQESRRLLLLLLLLAAWEAGNGQLHYSVSEEAKHGTFVGRIAQDLGLELAELV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 PRLFQLDSKGRGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVD
::::.. ::::: ::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::
CCDS54 PRLFRVASKGRGGLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCRRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 VEVKDINDNPPVFPATQKNLFIAESRPLDSRFPLEGASDADIGENALLTYRLSPNEYFFL
:::.:::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :
CCDS54 VEVRDINDNPPVFPATQKNLSIAESRPLDSRFPLEGASDADIGENALLTYRLSPNEYFSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 DVPTSNQQVKPLGLVLRKLLDREETPELHLLLTATDGGKPELTGTVQLLITVLDNNDNAP
. : ... :: :::.::: :::::.::. :.::::::::::::::::::::::: :::::
CCDS54 EKPPDDELVKGLGLILRKSLDREEAPEIFLVLTATDGGKPELTGTVQLLITVLDANDNAP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 VFDRTLYTVKLPENVSIGTLVIHPNASDLDEGLNGDIIYSFSSDVSPDIKSKFHMDPLSG
.::::.: :.: ::: :::::. :::::::::::::.::::.:.::..:::::.::..:
CCDS54 AFDRTIYKVRLLENVPNGTLVIKLNASDLDEGLNGDIVYSFSNDISPNVKSKFHIDPITG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 AITVIGHMDFEESRAHKIPVEAVDKGFPPLAGHCTLLVEVVDVNDNAPQLTIKTLSVPVK
: : :..:::::....: ::..::: ::.::: ..::: : :::.:.: .:.::.:..
CCDS54 QIIVKGYIDFEESKSYEIIVEGIDKGQLPLSGHCRVIVEVEDNNDNVPDLEFKSLSLPIR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 EDAQLGTVIALISVIDLDADANGQVTCSLTPHVPFKLVSTYKNYYSLVLDRALDRESVSA
::: :::::::::: : : .:: :::::: :::::::::.::::::::: :::::::::
CCDS54 EDAPLGTVIALISVSDKDMGVNGLVTCSLTSHVPFKLVSTFKNYYSLVLDSALDRESVSA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 YELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQSEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
::::::::::::::::::: ::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::
CCDS54 YELVVTARDGGSPSLWATASVSVEVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAW
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 DADAQENALVSYSLVERRLGERSLSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
::::::::::::::::::.:::.::::::::::::::::::::::::::::::::.::::
CCDS54 DADAQENALVSYSLVERRVGERALSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVTARDA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLTPRMRGTDGAVSEMVLRSVGAGVVVGKVRAVDAD
::::::::::::::::::::::::::.:: :: :::::.: :::.: ::.::::::::
CCDS54 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLAPRAGGTGGAVSELVPWSVGVGHVVAKVRAVDAD
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 SGYNAWLSYELQPETASASIPFRVGLYTGEISTTRALDETDAPRQRLLVLVKDHGEPALT
::::::::::::: :..: :::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::
CCDS54 SGYNAWLSYELQPGTGGARIPFRVGLYTGEISTTRALDETDAPRHRLLVLVKDHGEPALT
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 ATATVLVSLVESGQAPKSSSRASVGATGPEVTLVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTV
:::::::::::::::::.:::: :::.::...:::::::::::::::::::::::::::.
CCDS54 ATATVLVSLVESGQAPKASSRALVGAVGPDAALVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTA
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 LRCSAMPTEGECAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVCSGEGKQKTDLMAFSPGLSPCA
:::::.:::: :::::::::::::::::::::::: ::::::: :::::::::.: :
CCDS54 LRCSALPTEGACAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRPRVCSGEGPPKTDLMAFSPSL-P--
730 740 750 760 770
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 GSTERTGEPSASSDSTGKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
: .: . ... .: .:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 DSRDREDQLQTTEESFAKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
780 790 800 810 820 830
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
840 850 860 870 880 890
910 920 930 940 950
pF1KB3 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
900 910 920 930 940
>>CCDS54915.1 PCDHA3 gene_id:56145|Hs108|chr5 (950 aa)
initn: 5120 init1: 5120 opt: 5120 Z-score: 4472.6 bits: 838.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5120; 82.6% identity (92.4% similar) in 950 aa overlap (1-950:1-950)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MLYSSRGDPEGQPLLLSLLILAMWVVGSGQLHYSVPEEAEHGTFVGRIAQDLGLELAELV
::.: : :: .: ::::::.:: :::::::::: :::.::::::::::::::::::::
CCDS54 MLFSWREDPGAQCLLLSLLLLAASEVGSGQLHYSVSEEAKHGTFVGRIAQDLGLELAELV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 PRLFQLDSKGRGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVD
::::.. :: .::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
CCDS54 PRLFRVASKRHGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 VEVKDINDNPPVFPATQKNLFIAESRPLDSRFPLEGASDADIGENALLTYRLSPNEYFFL
::::::::: :::: . :::::.::: ::: :::::::::: :.:::: :. .::: :
CCDS54 VEVKDINDNAPVFPMAVKNLFISESRQPGSRFSLEGASDADIGTNSLLTYSLDSTEYFTL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 DVPTSNQQVKPLGLVLRKLLDREETPELHLLLTATDGGKPELTGTVQLLITVLDNNDNAP
:: .....: :::::.: :.::.::. .::.:: ::::::::::.:: ::::: :::::
CCDS54 DVKRNDEEIKSLGLVLKKNLNREDTPKHYLLITAIDGGKPELTGTTQLKITVLDVNDNAP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 VFDRTLYTVKLPENVSIGTLVIHPNASDLDEGLNGDIIYSFSSDVSPDIKSKFHMDPLSG
.:.::.: :.: ::. ::::. ::.:::::.: :: :::..:.: :: ::::.::..:
CCDS54 AFERTIYKVRLLENAPNGTLVVTVNATDLDEGVNKDIAYSFNTDMSADILSKFHLDPVNG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 AITVIGHMDFEESRAHKIPVEAVDKGFPPLAGHCTLLVEVVDVNDNAPQLTIKTLSVPVK
:.: :..:::::....: :::.::: ::.. :::.:.:.::.:::.:.:.:..::.::
CCDS54 QISVKGNIDFEESKSYEIQVEATDKGNPPMSDHCTVLLEIVDINDNVPELVIQSLSLPVL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 EDAQLGTVIALISVIDLDADANGQVTCSLTPHVPFKLVSTYKNYYSLVLDRALDRESVSA
::. :.:::::::: : :. .:::::::::::::::::::.::::::::: ::::::::
CCDS54 EDSPLSTVIALISVSDRDSGVNGQVTCSLTPHVPFKLVSTFKNYYSLVLDSPLDRESVSA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 YELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQSEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
::::::::::::::::::: :::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::
CCDS54 YELVVTARDGGSPSLWATASVSVEVADVNDNAPAFSQSEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
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490 500 510 520 530 540
pF1KB3 DADAQENALVSYSLVERRLGERSLSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
::::::::::::::::::.:::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 DADAQENALVSYSLVERRVGERALSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLTPRMRGTDGAVSEMVLRSVGAGVVVGKVRAVDAD
:::::::::::::::::::::::::: ::. : :::::.: :::::: ::.::::::::
CCDS54 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLMPRVGGIGGAVSELVPRSVGAGHVVAKVRAVDAD
550 560 570 580 590 600
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pF1KB3 SGYNAWLSYELQPETASASIPFRVGLYTGEISTTRALDETDAPRQRLLVLVKDHGEPALT
::::::::::::: :..: ::::::::::::::::::::.::::.::::::::::::.::
CCDS54 SGYNAWLSYELQPGTGGARIPFRVGLYTGEISTTRALDEVDAPRHRLLVLVKDHGEPSLT
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pF1KB3 ATATVLVSLVESGQAPKSSSRASVGATGPEVTLVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTV
:::::::::::::::::.::.::.::::::..:::::::::.:::::::::::::::::.
CCDS54 ATATVLVSLVESGQAPKASSQASAGATGPEAALVDVNVYLIVAICAVSSLLVLTLLLYTA
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pF1KB3 LRCSAMPTEGECAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVCSGEGKQKTDLMAFSPGLSPCA
::::: ::::.:.:::::::::::::::::::::.:::::::: :::::::::.: ::
CCDS54 LRCSAPPTEGDCGPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRQQRVCSGEGLPKTDLMAFSPSLPPCP
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pF1KB3 GSTERTGEPSASSDSTGKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
: .: . ... : ..:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 ISRDREEKQDVDVDLSAKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
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pF1KB3 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
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910 920 930 940 950
pF1KB3 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
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>>CCDS4240.1 PCDHA13 gene_id:56136|Hs108|chr5 (950 aa)
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:: : .: :. . ::: ::::: : .:::::::::::::.::::::::::::::::::::
CCDS42 MLSSWQGGPRPRQLLLWLLILAAWETGSGQLHYSVPEEAKHGTFVGRIAQDLGLELAELV
10 20 30 40 50 60
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pF1KB3 PRLFQLDSKGRGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVD
::::.. :: .::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
CCDS42 PRLFRVASKRHGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVE
70 80 90 100 110 120
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pF1KB3 VEVKDINDNPPVFPATQKNLFIAESRPLDSRFPLEGASDADIGENALLTYRLSPNEYFFL
:.:.:::::::.:: ..: ..:::::: ..::::.:::::::: :. :::::.::.:: :
CCDS42 VKVRDINDNPPIFPESKKRIIIAESRPPETRFPLDGASDADIGVNSALTYRLDPNDYFTL
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pF1KB3 DVPTSNQQVKPLGLVLRKLLDREETPELHLLLTATDGGKPELTGTVQLLITVLDNNDNAP
:. .: .:.. :.::::: ::::: : :::::.::::::::::::::::.:: :::::
CCDS42 DAQNSLEQMSSLSLVLRKTLDREEIQEHSLLLTASDGGKPELTGTVQLLITILDVNDNAP
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: ...: : . ::. :::::. ::.: :.: ::::.::: : : . : ..: .:
CCDS42 EFYQSVYKVTVLENAFNGTLVIKLNATDPDDGTNGDIVYSFRRPVWPAVVYAFTINPNNG
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: . :..::::.. ..: ::::::: :.::::::::::.:::::::..:: .::.:..
CCDS42 EIRTKGKLDFEEKKLYEISVEAVDKGNIPMAGHCTLLVEVLDVNDNAPEVTITSLSLPIR
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::.: ...:::::: : :. .::::::.:::::::::::::::::::::: :::::::::
CCDS42 EDTQPSAIIALISVSDRDSGSNGQVTCTLTPHVPFKLVSTYKNYYSLVLDSALDRESVSA
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CCDS42 YELVVTARDGGSPSLWATASVSVGVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAQ
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CCDS42 DADAQENALVSYSLVERRVGERALSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDS
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:::::::::::::::::::::::::::: .. :.:::.. :::::: ::.::::::::
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pF1KB3 SGYNAWLSYELQPETASASIPFRVGLYTGEISTTRALDETDAPRQRLLVLVKDHGEPALT
:::::::::::: ...: :::::::::::::::: :::.:::..:::::::::::::::
CCDS42 SGYNAWLSYELQLAAVGARIPFRVGLYTGEISTTRPLDEVDAPHHRLLVLVKDHGEPALT
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pF1KB3 ATATVLVSLVESGQAPKSSSRASVGATGPEVTLVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTV
::::::.:::::::::..:::::.::.:::..:::::::::::::::::::::::::::.
CCDS42 ATATVLLSLVESGQAPQASSRASAGAVGPEAALVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTA
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pF1KB3 LRCSAMPTEGECAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVCSGEGKQKTDLMAFSPGLSPCA
::::: :::: :::::::::::::.:::::::::: ::::::: .:::::::::.: ::
CCDS42 LRCSAPPTEGACAPGKPTLVCSSAAGSWSYSQQRRPRVCSGEGPHKTDLMAFSPSLPPCL
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pF1KB3 GSTERTGEPSASSDSTGKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
::.: ::. .:. .::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 GSAEGTGQREEDSECLKEPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
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pF1KB3 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
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pF1KB3 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
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>>CCDS54913.1 PCDHA1 gene_id:56147|Hs108|chr5 (950 aa)
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CCDS54 PRLFRVASKTHRDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCQWSAECSIHLELIADRPLQVFHVE
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pF1KB3 VEVKDINDNPPVFPATQKNLFIAESRPLDSRFPLEGASDADIGENALLTYRLSPNEYFFL
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CCDS54 VKVKDINDNPPVFRGREQIIFIPESRLLNSRFPIEGAADADIGANALLTYTLSPSDYFSL
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pF1KB3 DVPTSNQQVKPLGLVLRKLLDREETPELHLLLTATDGGKPELTGTVQLLITVLDNNDNAP
:: .:.. : : : ::: ::::::::::::::::::::::: :::.::::::: :::::
CCDS54 DVEASDELSKSLWLELRKYLDREETPELHLLLTATDGGKPELQGTVELLITVLDVNDNAP
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pF1KB3 VFDRTLYTVKLPENVSIGTLVIHPNASDLDEGLNGDIIYSFSSDVSPDIKSKFHMDPLSG
.::...: :.: :... :::: :::: :::.::....::.: .: ::. ::..: ::
CCDS54 LFDQAVYRVHLLETTANGTLVTTLNASDADEGVNGEVVFSFDSGISRDIQEKFKVDSSSG
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pF1KB3 AITVIGHMDFEESRAHKIPVEAVDKGFPPLAGHCTLLVEVVDVNDNAPQLTIKTLSVPVK
: .: ..:.::.....: :.::::: ::...:: .::.:.:::::::.:.. .: .:..
CCDS54 EIRLIDKLDYEETKSYEIQVKAVDKGSPPMSNHCKVLVKVLDVNDNAPELAVTSLYLPIR
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pF1KB3 EDAQLGTVIALISVIDLDADANGQVTCSLTPHVPFKLVSTYKNYYSLVLDRALDRESVSA
::: :.::::::.: : :. ::::::::: ::::::::::.::::::::: ::::::.:.
CCDS54 EDAPLSTVIALITVSDRDSGANGQVTCSLMPHVPFKLVSTFKNYYSLVLDSALDRESLSV
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pF1KB3 YELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQSEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::
CCDS54 YELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
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pF1KB3 DADAQENALVSYSLVERRLGERSLSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
::::::::::::::::::.:::.::.::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 DADAQENALVSYSLVERRVGERALSNYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
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pF1KB3 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLTPRMRGTDGAVSEMVLRSVGAGVVVGKVRAVDAD
::::::::::::::::::::::::::.::. :: :::::.: : :::: ::.::::::::
CCDS54 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLAPRVGGTIGAVSELVPRLVGAGHVVAKVRAVDAD
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pF1KB3 SGYNAWLSYELQPETASASIPFRVGLYTGEISTTRALDETDAPRQRLLVLVKDHGEPALT
::::::::::::: ...: ::::::::::::::::.:::.: : :::::::::::::::
CCDS54 SGYNAWLSYELQPAAGGARIPFRVGLYTGEISTTRVLDEADLSRYRLLVLVKDHGEPALT
610 620 630 640 650 660
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pF1KB3 ATATVLVSLVESGQAPKSSSRASVGATGPEVTLVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTV
:::::::::::::::::.:::::::..:::..:::::::::::::::::::::::::::.
CCDS54 ATATVLVSLVESGQAPKASSRASVGVAGPEAALVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTA
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pF1KB3 LRCSAMPTEGECAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVCSGEGKQKTDLMAFSPGLSPCA
::::. :::: .:::::::::::.:::: ::::::::::.:: :::::::::::::
CCDS54 LRCSVPPTEGAYVPGKPTLVCSSALGSWSNSQQRRQRVCSSEGPPKTDLMAFSPGLSPSL
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 GSTERTGEPSASSDSTGKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
...::. .: :. : .:.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 NTSERNEQPEANLDLSGNPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950
pF1KB3 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
910 920 930 940 950
>>CCDS47281.1 PCDHA6 gene_id:56142|Hs108|chr5 (950 aa)
initn: 4985 init1: 4985 opt: 4986 Z-score: 4355.7 bits: 817.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4986; 80.2% identity (91.1% similar) in 950 aa overlap (1-950:1-950)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MLYSSRGDPEGQPLLLSLLILAMWVVGSGQLHYSVPEEAEHGTFVGRIAQDLGLELAELV
:... . : ::: ::.:: : ::::::::::::::.::::::::::::::::::::
CCDS47 MVFTPEDRLGKQCLLLPLLLLAAWKVGSGQLHYSVPEEAKHGTFVGRIAQDLGLELAELV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 PRLFQLDSKGRGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVD
::::.. :: : ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PRLFRMASKDREDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 VEVKDINDNPPVFPATQKNLFIAESRPLDSRFPLEGASDADIGENALLTYRLSPNEYFFL
:::.:::::::.::. .. ..: ::: :: ::::::::::.: :..:::.:: .::: :
CCDS47 VEVRDINDNPPLFPVEEQRVLIYESRLPDSVFPLEGASDADVGSNSILTYKLSSSEYFGL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 DVPTSNQQVKPLGLVLRKLLDREETPELHLLLTATDGGKPELTGTVQLLITVLDNNDNAP
:: .... : .::.:.: :::::.: .:.::::::::::::::::::.:::: :::::
CCDS47 DVKINSDDNKQIGLLLKKSLDREEAPAHNLFLTATDGGKPELTGTVQLLVTVLDVNDNAP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 VFDRTLYTVKLPENVSIGTLVIHPNASDLDEGLNGDIIYSFSSDVSPDIKSKFHMDPLSG
.:... : :.. ::.. :: ::. :::: ::: :: : :::.: :. . ..: .: .:
CCDS47 TFEQSEYEVRIFENADNGTTVIRLNASDRDEGANGAISYSFNSLVAAMVIDHFSIDRNTG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 AITVIGHMDFEESRAHKIPVEAVDKGFPPLAGHCTLLVEVVDVNDNAPQLTIKTLSVPVK
:.. :..:::. .:: ..:.::: ::.:::::.::...: :::.:.... .::.::.
CCDS47 EIVIRGNLDFEQENLYKILIDATDKGHPPMAGHCTVLVRILDKNDNVPEIALTSLSLPVR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 EDAQLGTVIALISVIDLDADANGQVTCSLTPHVPFKLVSTYKNYYSLVLDRALDRESVSA
::::.::::::::: :::. :::::.::::::::::::::.::::::::: :::::::::
CCDS47 EDAQFGTVIALISVNDLDSGANGQVNCSLTPHVPFKLVSTFKNYYSLVLDSALDRESVSA
370 380 390 400 410 420
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pF1KB3 YELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQSEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
::::::::::::::::::: .::::::.::::::::: ::::::::::::::::::::::
CCDS47 YELVVTARDGGSPSLWATASLSVEVADMNDNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 DADAQENALVSYSLVERRLGERSLSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
::::::::::::::::::.:::.::::.::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 DADAQENALVSYSLVERRVGERALSSYISVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLTPRMRGTDGAVSEMVLRSVGAGVVVGKVRAVDAD
::::::::::::::::::::::::::.::. :: :::::.: ::.::: ::.::::::::
CCDS47 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLAPRVGGTGGAVSELVPRSLGAGQVVAKVRAVDAD
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 SGYNAWLSYELQPETASASIPFRVGLYTGEISTTRALDETDAPRQRLLVLVKDHGEPALT
::::::::::::: ..:: .:::::::::::::::.:::.:.::.:::::::::::::::
CCDS47 SGYNAWLSYELQPPASSARFPFRVGLYTGEISTTRVLDEADSPRHRLLVLVKDHGEPALT
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 ATATVLVSLVESGQAPKSSSRASVGATGPEVTLVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTV
:::::::::::::::::.::::::::.:::..:::::::::::::::::::::::::::.
CCDS47 ATATVLVSLVESGQAPKASSRASVGAAGPEAALVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTA
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 LRCSAMPTEGECAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVCSGEGKQKTDLMAFSPGLSPCA
::::: :::: :. :::::::::::::::::::::::::::: : :::::::.::::
CCDS47 LRCSAPPTEGACTADKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVCSGEGPPKMDLMAFSPSLSPCP
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 GSTERTGEPSASSDSTGKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
.. . . . : .:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 IMMGKAENQDLNEDHDAKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950
pF1KB3 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
910 920 930 940 950
>>CCDS54919.1 PCDHA8 gene_id:56140|Hs108|chr5 (950 aa)
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Smith-Waterman score: 4959; 80.3% identity (90.5% similar) in 950 aa overlap (1-950:1-950)
10 20 30 40 50 60
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: : ::. . ::: ::.:: : ::::::::::::::.::::::::::::::::::::
CCDS54 MDYHWRGELGSWRLLLLLLLLAAWKVGSGQLHYSVPEEAKHGTFVGRIAQDLGLELAELV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 PRLFQLDSKGRGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVD
::::.. :: . :::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 PRLFRVASKRHRDLLEVSLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVD
70 80 90 100 110 120
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pF1KB3 VEVKDINDNPPVFPATQKNLFIAESRPLDSRFPLEGASDADIGENALLTYRLSPNEYFFL
:::::.::::::: . ...::..::: :::::::::::::.: :..:::::: ..::.:
CCDS54 VEVKDVNDNPPVFRVKDQKLFVSESRMPDSRFPLEGASDADVGANSVLTYRLSSHDYFML
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 DVPTSNQQVKPLGLVLRKLLDREETPELHLLLTATDGGKPELTGTVQLLITVLDNNDNAP
:: ..:.. : . ::::: ::::..: ::.::::::::::::::::::.:::: :::::
CCDS54 DVNSKNDENKLVELVLRKSLDREDAPAHHLFLTATDGGKPELTGTVQLLVTVLDVNDNAP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 VFDRTLYTVKLPENVSIGTLVIHPNASDLDEGLNGDIIYSFSSDVSPDIKSKFHMDPLSG
.:... : :.. ::.. :: ::. :::: ::: :: : :::.: : . ..: .: .:
CCDS54 TFEQSEYEVRIFENADNGTTVIKLNASDPDEGANGAISYSFNSLVETMVIDHFSIDRNTG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 AITVIGHMDFEESRAHKIPVEAVDKGFPPLAGHCTLLVEVVDVNDNAPQLTIKTLSVPVK
:.. :..:::. .:: ..:.::: ::.:::::.::...: :::.:.... .::.::.
CCDS54 EIVIRGNLDFEQENLYKILIDATDKGHPPMAGHCTVLVRILDKNDNVPEIALTSLSLPVR
310 320 330 340 350 360
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pF1KB3 EDAQLGTVIALISVIDLDADANGQVTCSLTPHVPFKLVSTYKNYYSLVLDRALDRESVSA
::::.::::::::: :::. ::::::::: ::::::::::.::::::::: ::::: :::
CCDS54 EDAQFGTVIALISVNDLDSGANGQVTCSLMPHVPFKLVSTFKNYYSLVLDSALDRERVSA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 YELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQSEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
::::::::::::::::::: .:::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::
CCDS54 YELVVTARDGGSPSLWATASLSVEVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
430 440 450 460 470 480
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pF1KB3 DADAQENALVSYSLVERRLGERSLSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
::::::::::::::::::.::::::::.:::.::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 DADAQENALVSYSLVERRVGERSLSSYISVHTESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLTPRMRGTDGAVSEMVLRSVGAGVVVGKVRAVDAD
:::::::::::::::::::::::::: ::. :: ::.:..: :::::: ::.::::::::
CCDS54 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLEPRVGGTGGAASKLVPRSVGAGHVVAKVRAVDAD
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 SGYNAWLSYELQPETASASIPFRVGLYTGEISTTRALDETDAPRQRLLVLVKDHGEPALT
::::::::::::: ..: ::::::::::::::::.:::.:.::.:::::::::::::::
CCDS54 SGYNAWLSYELQPAASSPRIPFRVGLYTGEISTTRVLDEADSPRHRLLVLVKDHGEPALT
610 620 630 640 650 660
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pF1KB3 ATATVLVSLVESGQAPKSSSRASVGATGPEVTLVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTV
:::::::::::::::::.::: :.:. :::..:::::::::::::::::::::::::::.
CCDS54 ATATVLVSLVESGQAPKASSRQSAGVLGPEAALVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTA
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 LRCSAMPTEGECAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVCSGEGKQKTDLMAFSPGLSPCA
:::::.:::: : :::::::::::::::::::. :::::::: ::::::::: : :
CCDS54 LRCSALPTEGGCRAGKPTLVCSSAVGSWSYSQQQPQRVCSGEGPPKTDLMAFSPCLPPDL
730 740 750 760 770 780
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pF1KB3 GSTERTGEPSASSDSTGKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
::.. : . . : :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 GSVDVGEEQDLNVDHGLKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950
pF1KB3 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
910 920 930 940 950
>>CCDS54921.1 PCDHA10 gene_id:56139|Hs108|chr5 (948 aa)
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Smith-Waterman score: 4952; 82.2% identity (91.2% similar) in 940 aa overlap (12-950:11-948)
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pF1KB3 MLYSSRGDPEGQPLLLSLLILAMWVVGSGQLHYSVPEEAEHGTFVGRIAQDLGLELAELV
: ::::::.:: : :::::::::: :::.::::::::::::::::::::
CCDS54 MVSRCSCLGVQCLLLSLLLLAAWEVGSGQLHYSVYEEARHGTFVGRIAQDLGLELAELV
10 20 30 40 50
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pF1KB3 PRLFQLDSKGRGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVD
:::.. :: .::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::
CCDS54 QRLFRVASKRHGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSVECSIHLEVIVDRPLQVFHVD
60 70 80 90 100 110
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pF1KB3 VEVKDINDNPPVFPATQKNLFIAESRPLDSRFPLEGASDADIGENALLTYRLSPNEYFFL
::::::::::: : .:...: : ::: ::::::::::::::.::::::::.::::::: :
CCDS54 VEVKDINDNPPRFSVTEQKLSIPESRLLDSRFPLEGASDADVGENALLTYKLSPNEYFVL
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 DVPTSNQQVKPLGLVLRKLLDREETPELHLLLTATDGGKPELTGTVQLLITVLDNNDNAP
:. ..... : :::::::::::.:.:.::::::::::::.::.:.::: ::: :::::
CCDS54 DIINKKDKDKFPVLVLRKLLDREENPQLKLLLTATDGGKPEFTGSVSLLILVLDANDNAP
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 VFDRTLYTVKLPENVSIGTLVIHPNASDLDEGLNGDIIYSFSSDVSPDIKSKFHMDPLSG
.::: .: ::. :: ::::. :::: :::.: ...::::: : : :. :: .. .:
CCDS54 IFDRPVYEVKMYENQVNQTLVIRLNASDSDEGINKEMMYSFSSLVPPTIRRKFWINERTG
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 AITVIGHMDFEESRAHKIPVEAVDKGFPPLAGHCTLLVEVVDVNDNAPQLTIKTLSVPVK
: : .:::.: ...: :...::: ::..::::.:::..: :::.:.. . .::.:::
CCDS54 EIKVNDAIDFEDSNTYEIHVDVTDKGNPPMVGHCTVLVELLDENDNSPEVIVTSLSLPVK
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 EDAQLGTVIALISVIDLDADANGQVTCSLTPHVPFKLVSTYKNYYSLVLDRALDRESVSA
::::.::::::::: : :. :::::::::::::::::::::::::::::: ::::: :::
CCDS54 EDAQVGTVIALISVSDHDSGANGQVTCSLTPHVPFKLVSTYKNYYSLVLDSALDRERVSA
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 YELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQSEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
::::::::::::: ::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 YELVVTARDGGSPPLWATASVSVEVADVNDNAPAFAQSEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAW
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 DADAQENALVSYSLVERRLGERSLSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
CCDS54 DADAQENALVSYSLVERRLGERSLSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDG
480 490 500 510 520 530
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLTPRMRGTDGAVSEMVLRSVGAGVVVGKVRAVDAD
::::::::.:::::::::::::::::. .. :::::.::::: :: ::.::::::::
CCDS54 GVPPLGSNLTLQVFVLDENDNAPALLASPAGSAGGAVSELVLRSVVAGHVVAKVRAVDAD
540 550 560 570 580 590
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 SGYNAWLSYELQPETASASIPFRVGLYTGEISTTRALDETDAPRQRLLVLVKDHGEPALT
:::::::::::: ...: ::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::.::
CCDS54 SGYNAWLSYELQSAAVGARIPFRVGLYTGEISTTRALDETDSPRQRLLVLVKDHGEPSLT
600 610 620 630 640 650
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 ATATVLVSLVESGQAPKSSSRASVGATGPEVTLVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTV
:::::::::::..::::.:::::::.. :::.:::::::::::::::::::::::::::.
CCDS54 ATATVLVSLVEGSQAPKASSRASVGVA-PEVALVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTA
660 670 680 690 700 710
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 LRCSAMPTEGECAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVCSGEGKQKTDLMAFSPGLSPCA
::::: :::: :.: :::::::::::::::::::::::::::: :.:::::::.: ::
CCDS54 LRCSAAPTEGACGPVKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVCSGEGLPKADLMAFSPSLPPCP
720 730 740 750 760 770
790 800 810 820 830
pF1KB3 GSTERTGEP-SASSDSTGKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQW
.. :: : ..: . ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 -MVDVDGEDQSIGGDHSRKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQW
780 790 800 810 820 830
840 850 860 870 880 890
pF1KB3 PTVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 PTVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISI
840 850 860 870 880 890
900 910 920 930 940 950
pF1KB3 RQEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 RQEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
900 910 920 930 940
>>CCDS54914.1 PCDHA2 gene_id:56146|Hs108|chr5 (948 aa)
initn: 4913 init1: 3863 opt: 4910 Z-score: 4289.4 bits: 805.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4910; 80.9% identity (91.8% similar) in 936 aa overlap (15-950:15-948)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MLYSSRGDPEGQPLLLSLLILAMWVVGSGQLHYSVPEEAEHGTFVGRIAQDLGLELAELV
:::::.:: : ::::::.:::::::.:::::::::::::::: :::
CCDS54 MASSIRRGRGAWTRLLSLLLLAAWEVGSGQLRYSVPEEAKHGTFVGRIAQDLGLELEELV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 PRLFQLDSKGRGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVD
::::.. :: .::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::.
CCDS54 PRLFRVASKRHGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHVEVIVDRPLQVFHVE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 VEVKDINDNPPVFPATQKNLFIAESRPLDSRFPLEGASDADIGENALLTYRLSPNEYFFL
:::::::::::.:: : :.. . ::: :::::::::::::::: ::::.:.:: .:.:::
CCDS54 VEVKDINDNPPIFPMTVKTIRFPESRLLDSRFPLEGASDADIGVNALLSYKLSSSEFFFL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 DVPTSNQQVKPLGLVLRKLLDREETPELHLLLTATDGGKPELTGTVQLLITVLDNNDNAP
:. .... . :.::: : :::::: :..:::.::::::::::::::.:: ::: ::: :
CCDS54 DIQANDELSESLSLVLGKSLDREETAEVNLLLVATDGGKPELTGTVQILIKVLDVNDNEP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 VFDRTLYTVKLPENVSIGTLVIHPNASDLDEGLNGDIIYSFSSDVSPDIKSKFHMDPLSG
.: ...: ::: ::.. ::::.. :::: ::: :..:.::..:::: :..:: .::.::
CCDS54 TFAQSVYKVKLLENTANGTLVVKLNASDADEGPNSEIVYSLGSDVSSTIQTKFTIDPISG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 AITVIGHMDFEESRAHKIPVEAVDKGFPPLAGHCTLLVEVVDVNDNAPQLTIKTLSVPVK
: . :..:.::.....: : :.::: : ..::: . ...::.:::.:...: .::.:..
CCDS54 EIRTKGKLDYEEAKSYEIQVTATDKGTPSMSGHCKISLKLVDINDNTPEVSITSLSLPIS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 EDAQLGTVIALISVIDLDADANGQVTCSLTPHVPFKLVSTYKNYYSLVLDRALDRESVSA
:.:.::::::::.: : :. .::.::::::::::::::::.::::::::: :::::::::
CCDS54 ENASLGTVIALITVSDRDSGTNGHVTCSLTPHVPFKLVSTFKNYYSLVLDSALDRESVSA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 YELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQSEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
::::::::::::::::::. ::.:::::::::::::: :::::::::::::::::::::
CCDS54 YELVVTARDGGSPSLWATTSVSIEVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAW
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 DADAQENALVSYSLVERRLGERSLSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
::::::::::::::::::.:::.::::::::::::::::::::::::.::::::::::::
CCDS54 DADAQENALVSYSLVERRVGERALSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEEVELLQFQVSARDA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLTPRMRGTDGAVSEMVLRSVGAGVVVGKVRAVDAD
::::::::::::::::::::::::::.:: . :::::.: ::::: ::.::::::::
CCDS54 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLAPRAGTAAGAVSELVPWSVGAGHVVAKVRAVDAD
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 SGYNAWLSYELQPETASASIPFRVGLYTGEISTTRALDETDAPRQRLLVLVKDHGEPALT
:::::::::::: :.:: ::::::::::::::::::::.:.::.:::::::::::::::
CCDS54 SGYNAWLSYELQLGTGSARIPFRVGLYTGEISTTRALDEADSPRHRLLVLVKDHGEPALT
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 ATATVLVSLVESGQAPKSSSRASVGATGPEVTLVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTV
:::::::::::::::::.:::: :::.: :.:::::::::::::::::::::::.::::.
CCDS54 ATATVLVSLVESGQAPKASSRAWVGAAGSEATLVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTVLLYTA
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 LRCSAMPTEGECAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVCSGEGKQKTDLMAFSPGLSPCA
::::. :::: :::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::.::
CCDS54 LRCSVPPTEGARAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVCSGEDPPKTDLMAFSPSLSQGP
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 GSTERTGEPSASSDSTGKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
:.:. . . :. .::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 DSAEE--KQLSESEYVGKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
790 800 810 820 830
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]