Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3331
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3331, 514 aa
1>>>pF1KB3331 514 - 514 aa - 514 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.0369+/-0.00118; mu= 5.0900+/- 0.069
mean_var=178.8258+/-38.102, 0's: 0 Z-trim(107.5): 191 B-trim: 6 in 1/50
Lambda= 0.095909
statistics sampled from 9367 (9587) to 9367 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.659), E-opt: 0.2 (0.294), width: 16
Scan time: 3.260
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS34083.1 PLRG1 gene_id:5356|Hs108|chr4 ( 514) 3484 495.0 8.2e-140
CCDS56341.1 PLRG1 gene_id:5356|Hs108|chr4 ( 505) 2770 396.2 4.5e-110
CCDS6981.1 WDR5 gene_id:11091|Hs108|chr9 ( 334) 501 82.1 1e-15
CCDS3012.1 WDR5B gene_id:54554|Hs108|chr3 ( 330) 486 80.1 4.4e-15
CCDS10788.1 KATNB1 gene_id:10300|Hs108|chr16 ( 655) 462 77.0 7.4e-14
CCDS43876.1 WDR38 gene_id:401551|Hs108|chr9 ( 314) 431 72.4 8.2e-13
CCDS75898.1 WDR38 gene_id:401551|Hs108|chr9 ( 315) 419 70.8 2.6e-12
CCDS32528.1 PAFAH1B1 gene_id:5048|Hs108|chr17 ( 410) 392 67.1 4.3e-11
CCDS34078.1 FBXW7 gene_id:55294|Hs108|chr4 ( 589) 390 67.0 6.8e-11
CCDS3778.1 FBXW7 gene_id:55294|Hs108|chr4 ( 627) 390 67.0 7.2e-11
CCDS59142.1 PRPF4 gene_id:9128|Hs108|chr9 ( 521) 388 66.7 7.5e-11
CCDS6791.1 PRPF4 gene_id:9128|Hs108|chr9 ( 522) 388 66.7 7.5e-11
CCDS3777.1 FBXW7 gene_id:55294|Hs108|chr4 ( 707) 390 67.0 7.8e-11
>>CCDS34083.1 PLRG1 gene_id:5356|Hs108|chr4 (514 aa)
initn: 3484 init1: 3484 opt: 3484 Z-score: 2623.5 bits: 495.0 E(32554): 8.2e-140
Smith-Waterman score: 3484; 100.0% identity (100.0% similar) in 514 aa overlap (1-514:1-514)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MVEEVQKHSVHTLVFRSLKRTHDMFVADNGKPVPLDEESHKRKMAIKLRNEYGPVLHMPT
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CCDS34 MVEEVQKHSVHTLVFRSLKRTHDMFVADNGKPVPLDEESHKRKMAIKLRNEYGPVLHMPT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 SKENLKEKGPQNATDSYVHKQYPANQGQEVEYFVAGTHPYPPGPGVALTADTKIQRMPSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SKENLKEKGPQNATDSYVHKQYPANQGQEVEYFVAGTHPYPPGPGVALTADTKIQRMPSE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 SAAQSLAVALPLQTKADANRTAPSGSEYRHPGASDRPQPTAMNSIVMETGNTKNSALMAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SAAQSLAVALPLQTKADANRTAPSGSEYRHPGASDRPQPTAMNSIVMETGNTKNSALMAK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 KAPTMPKPQWHPPWKLYRVISGHLGWVRCIAVEPGNQWFVTGSADRTIKIWDLASGKLKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 KAPTMPKPQWHPPWKLYRVISGHLGWVRCIAVEPGNQWFVTGSADRTIKIWDLASGKLKL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 SLTGHISTVRGVIVSTRSPYLFSCGEDKQVKCWDLEYNKVIRHYHGHLSAVYGLDLHPTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SLTGHISTVRGVIVSTRSPYLFSCGEDKQVKCWDLEYNKVIRHYHGHLSAVYGLDLHPTI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 DVLVTCSRDSTARIWDVRTKASVHTLSGHTNAVATVRCQAAEPQIITGSHDTTIRLWDLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 DVLVTCSRDSTARIWDVRTKASVHTLSGHTNAVATVRCQAAEPQIITGSHDTTIRLWDLV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 AGKTRVTLTNHKKSVRAVVLHPRHYTFASGSPDNIKQWKFPDGSFIQNLSGHNAIINTLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 AGKTRVTLTNHKKSVRAVVLHPRHYTFASGSPDNIKQWKFPDGSFIQNLSGHNAIINTLT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 VNSDGVLVSGADNGTMHLWDWRTGYNFQRVHAAVQPGSLDSESGIFACAFDQSESRLLTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 VNSDGVLVSGADNGTMHLWDWRTGYNFQRVHAAVQPGSLDSESGIFACAFDQSESRLLTA
430 440 450 460 470 480
490 500 510
pF1KB3 EADKTIKVYREDDTATEETHPVSWKPEIIKRKRF
::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 EADKTIKVYREDDTATEETHPVSWKPEIIKRKRF
490 500 510
>>CCDS56341.1 PLRG1 gene_id:5356|Hs108|chr4 (505 aa)
initn: 2770 init1: 2770 opt: 2770 Z-score: 2089.7 bits: 396.2 E(32554): 4.5e-110
Smith-Waterman score: 3377; 98.2% identity (98.2% similar) in 514 aa overlap (1-514:1-505)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MVEEVQKHSVHTLVFRSLKRTHDMFVADNGKPVPLDEESHKRKMAIKLRNEYGPVLHMPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MVEEVQKHSVHTLVFRSLKRTHDMFVADNGKPVPLDEESHKRKMAIKLRNEYGPVLHMPT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 SKENLKEKGPQNATDSYVHKQYPANQGQEVEYFVAGTHPYPPGPGVALTADTKIQRMPSE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::
CCDS56 SKENLKEKGPQNATDSYVHKQYPANQGQEVEYFVAG---------VALTADTKIQRMPSE
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 SAAQSLAVALPLQTKADANRTAPSGSEYRHPGASDRPQPTAMNSIVMETGNTKNSALMAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 SAAQSLAVALPLQTKADANRTAPSGSEYRHPGASDRPQPTAMNSIVMETGNTKNSALMAK
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 KAPTMPKPQWHPPWKLYRVISGHLGWVRCIAVEPGNQWFVTGSADRTIKIWDLASGKLKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 KAPTMPKPQWHPPWKLYRVISGHLGWVRCIAVEPGNQWFVTGSADRTIKIWDLASGKLKL
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 SLTGHISTVRGVIVSTRSPYLFSCGEDKQVKCWDLEYNKVIRHYHGHLSAVYGLDLHPTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 SLTGHISTVRGVIVSTRSPYLFSCGEDKQVKCWDLEYNKVIRHYHGHLSAVYGLDLHPTI
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 DVLVTCSRDSTARIWDVRTKASVHTLSGHTNAVATVRCQAAEPQIITGSHDTTIRLWDLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 DVLVTCSRDSTARIWDVRTKASVHTLSGHTNAVATVRCQAAEPQIITGSHDTTIRLWDLV
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 AGKTRVTLTNHKKSVRAVVLHPRHYTFASGSPDNIKQWKFPDGSFIQNLSGHNAIINTLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 AGKTRVTLTNHKKSVRAVVLHPRHYTFASGSPDNIKQWKFPDGSFIQNLSGHNAIINTLT
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 VNSDGVLVSGADNGTMHLWDWRTGYNFQRVHAAVQPGSLDSESGIFACAFDQSESRLLTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 VNSDGVLVSGADNGTMHLWDWRTGYNFQRVHAAVQPGSLDSESGIFACAFDQSESRLLTA
420 430 440 450 460 470
490 500 510
pF1KB3 EADKTIKVYREDDTATEETHPVSWKPEIIKRKRF
::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 EADKTIKVYREDDTATEETHPVSWKPEIIKRKRF
480 490 500
>>CCDS6981.1 WDR5 gene_id:11091|Hs108|chr9 (334 aa)
initn: 371 init1: 371 opt: 501 Z-score: 395.4 bits: 82.1 E(32554): 1e-15
Smith-Waterman score: 501; 26.7% identity (60.6% similar) in 348 aa overlap (153-492:2-333)
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 AQSLAVALPLQTKADANRTAPSGSEYRHPGASDRPQPTAMNSIVMETGNTKNSALMAKKA
:... .: . . .. : .. :: ..: .
CCDS69 MATEEKKPETEAARAQPTPSS--SATQSKPT
10 20
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 PTMPKPQWHPPWKLYRVISGHLGWVRCIAVEPGNQWFVTGSADRTIKIWDLASGKLKLSL
:. :. . : ...:: : . :...:....:::. :::: .::.. ..
CCDS69 PVKPN------YALKFTLAGHTKAVSSVKFSPNGEWLASSSADKLIKIWGAYDGKFEKTI
30 40 50 60 70 80
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 TGHISTVRGVIVSTRSPYLFSCGEDKQVKCWDLEYNKVIRHYHGHLSAVYGLDLHPTIDV
.:: . : :. : : : ..:: .: ::. .: .. .:: . :. ...: ..
CCDS69 SGHKLGISDVAWSSDSNLLVSASDDKTLKIWDVSSGKCLKTLKGHSNYVFCCNFNPQSNL
90 100 110 120 130 140
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 LVTCSRDSTARIWDVRTKASVHTLSGHTNAVATVRCQAAEPQIITGSHDTTIRLWDLVAG
.:. : : ..:::::.: ..:: .:.. :..:. . :...:.: :.:: ..:
CCDS69 IVSGSFDESVRIWDVKTGKCLKTLPAHSDPVSAVHFNRDGSLIVSSSYDGLCRIWDTASG
150 160 170 180 190 200
370 380 390 400 410
pF1KB3 KTRVTLTNHKKS-VRAVVLHPR-HYTFASGSPDNIKQWKFPDGSFIQNLSGHNA----II
. :: . . : : . : .: .:. ...: : . :. ... .::. :.
CCDS69 QCLKTLIDDDNPPVSFVKFSPNGKYILAATLDNTLKLWDYSKGKCLKTYTGHKNEKYCIF
210 220 230 240 250 260
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 NTLTVNSDGVLVSGADNGTMHLWDWRTGYNFQRVHAAVQPGSLDSESGIFACAFDQSESR
...:.. .:::.... ...:. .: :... : : ... : .:.
CCDS69 ANFSVTGGKWIVSGSEDNLVYIWNLQTKEIVQKLQ-----GHTDV---VISTACHPTENI
270 280 290 300 310
480 490 500 510
pF1KB3 LLTA--EADKTIKVYREDDTATEETHPVSWKPEIIKRKRF
. .: : :::::... :
CCDS69 IASAALENDKTIKLWKSDC
320 330
>>CCDS3012.1 WDR5B gene_id:54554|Hs108|chr3 (330 aa)
initn: 372 init1: 372 opt: 486 Z-score: 384.3 bits: 80.1 E(32554): 4.4e-15
Smith-Waterman score: 486; 27.0% identity (60.0% similar) in 330 aa overlap (168-489:5-326)
140 150 160 170 180 190
pF1KB3 ANRTAPSGSEYRHPGASDRPQPTAMNSIVMETGNTKNSALMAKKAPTMPKPQWHPPWKLY
:. ..: . ....: . .: . :
CCDS30 MATKESRDAKAQLALSSSANQSKEVPENPNYALK
10 20 30
200 210 220 230 240 250
pF1KB3 RVISGHLGWVRCIAVEPGNQWFVTGSADRTIKIWDLASGKLKLSLTGHISTVRGVIVSTR
.. :: : . :...:....:::: : :: .:: . .: :: . : :.
CCDS30 CTLVGHTEAVSSVKFSPNGEWLASSSADRLIIIWGAYDGKYEKTLYGHNLEISDVAWSSD
40 50 60 70 80 90
260 270 280 290 300 310
pF1KB3 SPYLFSCGEDKQVKCWDLEYNKVIRHYHGHLSAVYGLDLHPTIDVLVTCSRDSTARIWDV
: : : ..:: .: ::.. .: .. .:: . :. ...: ..... : : :..::.:
CCDS30 SSRLVSASDDKTLKLWDVRSGKCLKTLKGHSNYVFCCNFNPPSNLIISGSFDETVKIWEV
100 110 120 130 140 150
320 330 340 350 360 370
pF1KB3 RTKASVHTLSGHTNAVATVRCQAAEPQIITGSHDTTIRLWDLVAGKTRVTLTNHKKS-VR
.: ..:::.:.. :..:. . . :..::.: :.:: ..:. ::.. . :
CCDS30 KTGKCLKTLSAHSDPVSAVHFNCSGSLIVSGSYDGLCRIWDAASGQCLKTLVDDDNPPVS
160 170 180 190 200 210
380 390 400 410 420 430
pF1KB3 AVVLHPRHYTFASGSPDN-IKQWKFPDGSFIQNLSGHNA----IINTLTVNSDGVLVSGA
: . : . ... :: .: : . : ... .::. :. ...:.. .:::.
CCDS30 FVKFSPNGKYILTATLDNTLKLWDYSRGRCLKTYTGHKNEKYCIFANFSVTGGKWIVSGS
220 230 240 250 260 270
440 450 460 470 480
pF1KB3 DNGTMHLWDWRTGYNFQRVHAAVQPGSLDSESGIFACAFDQSESRLLTA--EADKTIKVY
... ...:. .: :... : : ... : .:. . .: : :::::..
CCDS30 EDNLVYIWNLQTKEIVQKLQ-----GHTDV---VISAACHPTENLIASAALENDKTIKLW
280 290 300 310 320
490 500 510
pF1KB3 REDDTATEETHPVSWKPEIIKRKRF
CCDS30 MSNH
330
>>CCDS10788.1 KATNB1 gene_id:10300|Hs108|chr16 (655 aa)
initn: 728 init1: 409 opt: 462 Z-score: 362.2 bits: 77.0 E(32554): 7.4e-14
Smith-Waterman score: 462; 28.5% identity (63.1% similar) in 260 aa overlap (194-450:11-268)
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 SIVMETGNTKNSALMAKKAPTMPKPQWHPPWKLYRVISGHLGWVRCIAV-EPGNQWFVTG
::: .... : . : ... . ... ..::
CCDS10 MATPVVTKTAWKLQEIVA-HASNVSSLVLGKASGRLLATG
10 20 30
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 SADRTIKIWDLASGKLKLSLTGHISTVRGVIVSTRSPYLFSCGEDKQVKCWDLEYNKVIR
. : ...:.. . . .::::: : :..: ..: . . ... ... :::: :..:
CCDS10 GDDCRVNLWSINKPNCIMSLTGHTSPVESVRLNTPEELIVAGSQSGSIRVWDLEAAKILR
40 50 60 70 80 90
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 HYHGHLSAVYGLDLHPTIDVLVTCSRDSTARIWDVRTKASVHTLSGHTNAVATVRCQAAE
:: . . .::.:: . ... :.:.. ..::.: :. : ::..:: .: .
CCDS10 TLMGHKANICSLDFHPYGEFVASGSQDTNIKLWDIRRKGCVFRYRGHSQAVRCLRFSPDG
100 110 120 130 140 150
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 PQIITGSHDTTIRLWDLVAGKTRVTLTNHKKSVRAVVLHPRHYTFASGSPD-NIKQWKFP
. ... : :..::::.::: . .: : .: .:: .: .:::: : .:. : .
CCDS10 KWLASAADDHTVKLWDLTAGKMMSEFPGHTGPVNVVEFHPNEYLLASGSSDRTIRFWDLE
160 170 180 190 200 210
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 DGSFIQNLSGHNAIINTLTVNSDGV-LVSGADNGTMHLWDWRTGYNFQRVHAAVQPGSLD
. .. . :. . . .. : :: : :: .. ..... :. :. :
CCDS10 KFQVVSCIEGEPGPVRSVLFNPDGCCLYSGCQD-SLRVYGWEPERCFDVVLVNWGKVADL
220 230 240 250 260 270
470 480 490 500 510
pF1KB3 SESGIFACAFDQSESRLLTAEADKTIKVYREDDTATEETHPVSWKPEIIKRKRF
CCDS10 AICNDQLIGVAFSQSNVSSYVVDLTRVTRTGTVARDPVQDHRPLAQPLPNPSAPLRRIYE
280 290 300 310 320 330
>>CCDS43876.1 WDR38 gene_id:401551|Hs108|chr9 (314 aa)
initn: 435 init1: 272 opt: 431 Z-score: 343.5 bits: 72.4 E(32554): 8.2e-13
Smith-Waterman score: 431; 32.8% identity (60.3% similar) in 247 aa overlap (194-435:57-298)
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 SIVMETGNTKNSALMAKKAPTMPKPQWHPPWKLYRVISGHLGWVRCIAVEPGNQWFVTGS
:.: .:: : :. : .. :...:
CCDS43 SAFSPDGQMLLTGSEDGCVYGWETRSGQLLWRL----GGHTGPVKFCRFSPDGHLFASAS
30 40 50 60 70 80
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 ADRTIKIWDLASGKLKLSLTGHISTVRGVIVSTRSPYLFSCGEDKQVKCWDLEYNKVIRH
: :...::.: .: : :: .:. : : : : : : ::.: ::.. ....:
CCDS43 CDCTVRLWDVARAKCLRVLKGHQRSVETVSFSPDSRQLASGGWDKRVMLWDVQSGQMLRL
90 100 110 120 130 140
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 YHGHLSAVYGLDLHPTIDVLVTCSRDSTARIWDVR--TKASVH-TLSGHTNAVATVRCQA
:: ... . :. ::.. :.: : :::..:::.: : : : .: ::. .. . : .
CCDS43 LVGHRDSIQSSDFSPTVNCLATGSWDSTVHIWDLRMVTPAVSHQALEGHSANISCL-CYS
150 160 170 180 190 200
350 360 370 380 390
pF1KB3 AEPQIITGSHDTTIRLWDLVAGKTRVTLTNHKKSVRAVVLHPRHYTFAS-GSPDNIKQWK
: . .:: : ::..: .... . : .: :..... : . .:: : .: :
CCDS43 ASGLLASGSWDKTIHIWKPTTSSLLIQLKGHVTWVKSIAFSPDELWLASAGYSRMVKVWD
210 220 230 240 250 260
400 410 420 430 440 450
pF1KB3 FPDGSFIQNLSGHNAIINTLTVNSDG-VLVSGADNGTMHLWDWRTGYNFQRVHAAVQPGS
:. ...:.: . .: . . :: .::::: . :
CCDS43 CNTGKCLETLKGVLDVAHTCAFTPDGKILVSGAADQTRRQISRTSKSPRDPQT
270 280 290 300 310
460 470 480 490 500 510
pF1KB3 LDSESGIFACAFDQSESRLLTAEADKTIKVYREDDTATEETHPVSWKPEIIKRKRF
>>CCDS75898.1 WDR38 gene_id:401551|Hs108|chr9 (315 aa)
initn: 272 init1: 272 opt: 419 Z-score: 334.5 bits: 70.8 E(32554): 2.6e-12
Smith-Waterman score: 419; 32.7% identity (60.1% similar) in 248 aa overlap (194-435:57-299)
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 SIVMETGNTKNSALMAKKAPTMPKPQWHPPWKLYRVISGHLGWVRCIAVEPGNQWFVTGS
:.: .:: : :. : .. :...:
CCDS75 SAFSPDGQMLLTGSEDGCVYGWETRSGQLLWRL----GGHTGPVKFCRFSPDGHLFASAS
30 40 50 60 70 80
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 ADRTIKIWDLASGKLKLSLTGHISTVRGVIVSTRSPYLFSCGEDKQVKCWDLEYNKVIRH
: :...::.: .: : :: .:. : : : : : : ::.: ::.. ....:
CCDS75 CDCTVRLWDVARAKCLRVLKGHQRSVETVSFSPDSRQLASGGWDKRVMLWDVQSGQMLRL
90 100 110 120 130 140
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 YHGHLSAVYGLDLHPTIDVLVTCSRDSTARIWDVR--TKASVH-TLSGHTNAVATVRCQA
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CCDS75 LVGHRDSIQSSDFSPTVNCLATGSWDSTVHIWDLRMVTPAVSHQALEGHSANISCL-CYS
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