Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3338
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3338, 1161 aa
1>>>pF1KB3338 1161 - 1161 aa - 1161 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8540+/-0.00106; mu= 18.6936+/- 0.064
mean_var=71.7161+/-14.292, 0's: 0 Z-trim(102.7): 62 B-trim: 10 in 1/49
Lambda= 0.151449
statistics sampled from 7001 (7063) to 7001 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.57), E-opt: 0.2 (0.217), width: 16
Scan time: 5.200
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS32438.1 ITGAD gene_id:3681|Hs108|chr16 (1161) 7665 1685.0 0
CCDS67014.1 ITGAX gene_id:3687|Hs108|chr16 (1169) 4978 1098.0 0
CCDS10711.1 ITGAX gene_id:3687|Hs108|chr16 (1163) 4975 1097.3 0
CCDS45470.1 ITGAM gene_id:3684|Hs108|chr16 (1152) 4479 988.9 0
CCDS54004.1 ITGAM gene_id:3684|Hs108|chr16 (1153) 4467 986.3 0
CCDS32433.1 ITGAL gene_id:3683|Hs108|chr16 (1170) 1799 403.4 1.7e-111
CCDS45461.1 ITGAL gene_id:3683|Hs108|chr16 (1086) 1506 339.3 2.9e-92
CCDS32531.1 ITGAE gene_id:3682|Hs108|chr17 (1179) 1255 284.5 1e-75
CCDS45291.1 ITGA11 gene_id:22801|Hs108|chr15 (1188) 1101 250.9 1.4e-65
CCDS76204.1 ITGA10 gene_id:8515|Hs108|chr1 (1024) 1062 242.3 4.4e-63
CCDS72869.1 ITGA10 gene_id:8515|Hs108|chr1 (1167) 1062 242.3 5e-63
CCDS3957.1 ITGA2 gene_id:3673|Hs108|chr5 (1181) 741 172.2 6.5e-42
CCDS42788.1 ITGA4 gene_id:3676|Hs108|chr2 (1032) 658 154.0 1.7e-36
CCDS2669.1 ITGA9 gene_id:3680|Hs108|chr3 (1035) 635 149.0 5.4e-35
CCDS3955.1 ITGA1 gene_id:3672|Hs108|chr5 (1179) 591 139.4 4.8e-32
CCDS11558.1 ITGA3 gene_id:3675|Hs108|chr17 (1051) 573 135.5 6.6e-31
CCDS8880.1 ITGA5 gene_id:3678|Hs108|chr12 (1049) 564 133.5 2.6e-30
CCDS46471.1 ITGAV gene_id:3685|Hs108|chr2 (1002) 556 131.7 8.3e-30
CCDS46470.1 ITGAV gene_id:3685|Hs108|chr2 (1012) 556 131.7 8.4e-30
CCDS2292.1 ITGAV gene_id:3685|Hs108|chr2 (1048) 556 131.8 8.6e-30
CCDS31155.1 ITGA8 gene_id:8516|Hs108|chr10 (1063) 535 127.2 2.1e-28
CCDS32665.1 ITGA2B gene_id:3674|Hs108|chr17 (1039) 528 125.6 5.9e-28
CCDS82534.1 ITGA6 gene_id:3655|Hs108|chr2 ( 954) 441 106.6 2.9e-22
CCDS8888.1 ITGA7 gene_id:3679|Hs108|chr12 (1137) 434 105.1 9.8e-22
CCDS44914.1 ITGA7 gene_id:3679|Hs108|chr12 (1044) 430 104.2 1.7e-21
CCDS55832.1 ITGA7 gene_id:3679|Hs108|chr12 (1141) 430 104.2 1.8e-21
CCDS2249.1 ITGA6 gene_id:3655|Hs108|chr2 (1073) 424 102.9 4.2e-21
CCDS46451.1 ITGA6 gene_id:3655|Hs108|chr2 (1091) 424 102.9 4.3e-21
CCDS336.1 MATN1 gene_id:4146|Hs108|chr1 ( 496) 317 79.4 2.3e-14
CCDS34938.1 COL14A1 gene_id:7373|Hs108|chr8 (1796) 311 78.3 1.8e-13
CCDS83309.1 MATN2 gene_id:4147|Hs108|chr8 ( 915) 292 74.1 1.8e-12
CCDS55265.1 MATN2 gene_id:4147|Hs108|chr8 ( 937) 292 74.1 1.8e-12
CCDS55264.1 MATN2 gene_id:4147|Hs108|chr8 ( 956) 292 74.1 1.8e-12
CCDS46226.1 MATN3 gene_id:4148|Hs108|chr2 ( 486) 275 70.2 1.3e-11
>>CCDS32438.1 ITGAD gene_id:3681|Hs108|chr16 (1161 aa)
initn: 7665 init1: 7665 opt: 7665 Z-score: 9042.2 bits: 1685.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 7665; 100.0% identity (100.0% similar) in 1161 aa overlap (1-1161:1-1161)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MTFGTVLLLSVLASYHGFNLDVEEPTIFQEDAGGFGQSVVQFGGSRLVVGAPLEVVAANQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MTFGTVLLLSVLASYHGFNLDVEEPTIFQEDAGGFGQSVVQFGGSRLVVGAPLEVVAANQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 TGRLYDCAAATGMCQPIPLHIRPEAVNMSLGLTLAASTNGSRLLACGPTLHRVCGENSYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 TGRLYDCAAATGMCQPIPLHIRPEAVNMSLGLTLAASTNGSRLLACGPTLHRVCGENSYS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 KGSCLLLGSRWEIIQTVPDATPECPHQEMDIVFLIDGSGSIDQNDFNQMKGFVQAVMGQF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 KGSCLLLGSRWEIIQTVPDATPECPHQEMDIVFLIDGSGSIDQNDFNQMKGFVQAVMGQF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 EGTDTLFALMQYSNLLKIHFTFTQFRTSPSQQSLVDPIVQLKGLTFTATGILTVVTQLFH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 EGTDTLFALMQYSNLLKIHFTFTQFRTSPSQQSLVDPIVQLKGLTFTATGILTVVTQLFH
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 HKNGARKSAKKILIVITDGQKYKDPLEYSDVIPQAEKAGIIRYAIGVGHAFQGPTARQEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 HKNGARKSAKKILIVITDGQKYKDPLEYSDVIPQAEKAGIIRYAIGVGHAFQGPTARQEL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 NTISSAPPQDHVFKVDNFAALGSIQKQLQEKIYAVEGTQSRASSSFQHEMSQEGFSTALT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 NTISSAPPQDHVFKVDNFAALGSIQKQLQEKIYAVEGTQSRASSSFQHEMSQEGFSTALT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 MDGLFLGAVGSFSWSGGAFLYPPNMSPTFINMSQENVDMRDSYLGYSTELALWKGVQNLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MDGLFLGAVGSFSWSGGAFLYPPNMSPTFINMSQENVDMRDSYLGYSTELALWKGVQNLV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 LGAPRYQHTGKAVIFTQVSRQWRKKAEVTGTQIGSYFGASLCSVDVDSDGSTDLILIGAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LGAPRYQHTGKAVIFTQVSRQWRKKAEVTGTQIGSYFGASLCSVDVDSDGSTDLILIGAP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 HYYEQTRGGQVSVCPLPRGRVQWQCDAVLRGEQGHPWGRFGAALTVLGDVNEDKLIDVAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 HYYEQTRGGQVSVCPLPRGRVQWQCDAVLRGEQGHPWGRFGAALTVLGDVNEDKLIDVAI
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 GAPGEQENRGAVYLFHGASESGISPSHSQRIASSQLSPRLQYFGQALSGGQDLTQDGLMD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 GAPGEQENRGAVYLFHGASESGISPSHSQRIASSQLSPRLQYFGQALSGGQDLTQDGLMD
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 LAVGARGQVLLLRSLPVLKVGVAMRFSPVEVAKAVYRCWEEKPSALEAGDATVCLTIQKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LAVGARGQVLLLRSLPVLKVGVAMRFSPVEVAKAVYRCWEEKPSALEAGDATVCLTIQKS
610 620 630 640 650 660
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pF1KB3 SLDQLGDIQSSVRFDLALDPGRLTSRAIFNETKNPTLTRRKTLGLGIHCETLKLLLPDCV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SLDQLGDIQSSVRFDLALDPGRLTSRAIFNETKNPTLTRRKTLGLGIHCETLKLLLPDCV
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pF1KB3 EDVVSPIILHLNFSLVREPIPSPQNLRPVLAVGSQDLFTASLPFEKNCGQDGLCEGDLGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 EDVVSPIILHLNFSLVREPIPSPQNLRPVLAVGSQDLFTASLPFEKNCGQDGLCEGDLGV
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pF1KB3 TLSFSGLQTLTVGSSLELNVIVTVWNAGEDSYGTVVSLYYPAGLSHRRVSGAQKQPHQSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 TLSFSGLQTLTVGSSLELNVIVTVWNAGEDSYGTVVSLYYPAGLSHRRVSGAQKQPHQSA
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850 860 870 880 890 900
pF1KB3 LRLACETVPTEDEGLRSSRCSVNHPIFHEGSNGTFIVTFDVSYKATLGDRMLMRASASSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LRLACETVPTEDEGLRSSRCSVNHPIFHEGSNGTFIVTFDVSYKATLGDRMLMRASASSE
850 860 870 880 890 900
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pF1KB3 NNKASSSKATFQLELPVKYAVYTMISRQEESTKYFNFATSDEKKMKEAEHRYRVNNLSQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 NNKASSSKATFQLELPVKYAVYTMISRQEESTKYFNFATSDEKKMKEAEHRYRVNNLSQR
910 920 930 940 950 960
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pF1KB3 DLAISINFWVPVLLNGVAVWDVVMEAPSQSLPCVSERKPPQHSDFLTQISRSPMLDCSIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 DLAISINFWVPVLLNGVAVWDVVMEAPSQSLPCVSERKPPQHSDFLTQISRSPMLDCSIA
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB3 DCLQFRCDVPSFSVQEELDFTLKGNLSFGWVRETLQKKVLVVSVAEITFDTSVYSQLPGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 DCLQFRCDVPSFSVQEELDFTLKGNLSFGWVRETLQKKVLVVSVAEITFDTSVYSQLPGQ
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB3 EAFMRAQMEMVLEEDEVYNAIPIIMGSSVGALLLLALITATLYKLGFFKRHYKEMLEDKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 EAFMRAQMEMVLEEDEVYNAIPIIMGSSVGALLLLALITATLYKLGFFKRHYKEMLEDKP
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160
pF1KB3 EDTATFSGDDFSCVAPNVPLS
:::::::::::::::::::::
CCDS32 EDTATFSGDDFSCVAPNVPLS
1150 1160
>>CCDS67014.1 ITGAX gene_id:3687|Hs108|chr16 (1169 aa)
initn: 4949 init1: 2496 opt: 4978 Z-score: 5869.2 bits: 1098.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4978; 65.3% identity (84.6% similar) in 1163 aa overlap (2-1159:4-1165)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MTFGTVLLLSVLASYHGFNLDVEEPTIFQEDAGGFGQSVVQFGGSRLVVGAPLEVVAA
: ...::...::. :::::.:: : :. :..:::.::::...: .::::: ...::
CCDS67 MTRTRAALLLFTALATSLGFNLDTEELTAFRVDSAGFGDSVVQYANSWVVVGAPQKITAA
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pF1KB3 NQTGRLYDCAAATGMCQPIPLHIRPEAVNMSLGLTLAASTNGSRLLACGPTLHRVCGENS
:::: ::.:. .:: :.:: :.. ::::::::::.::..:. :.:::::::.:. ::.:
CCDS67 NQTGGLYQCGYSTGACEPIGLQVPPEAVNMSLGLSLASTTSPSQLLACGPTVHHECGRNM
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pF1KB3 YSKGSCLLLGSRWEIIQTVPDATPECPHQEMDIVFLIDGSGSIDQNDFNQMKGFVQAVMG
: : :.::: .. : .: . :::.::.::::::::::::.. .: : .::.::..
CCDS67 YLTGLCFLLGPT-QLTQRLPVSRQECPRQEQDIVFLIDGSGSISSRNFATMMNFVRAVIS
130 140 150 160 170
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pF1KB3 QFEGTDTLFALMQYSNLLKIHFTFTQFRTSPSQQSLVDPIVQLKGLTFTATGILTVVTQL
::. .: :.:::.:: .. :::: .:: : . ::. . ::.:.:.:::.: .:: .:
CCDS67 QFQRPSTQFSLMQFSNKFQTHFTFEEFRRSSNPLSLLASVHQLQGFTYTATAIQNVVHRL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 FHHKNGARKSAKKILIVITDGQKYKDPLEYSDVIPQAEKAGIIRYAIGVGHAFQGPTARQ
:: . :::..: :::::::::.: : :.:.::::.:. ::::::::::: :::. .. .
CCDS67 FHASYGARRDAAKILIVITDGKKEGDSLDYKDVIPMADAAGIIRYAIGVGLAFQNRNSWK
240 250 260 270 280 290
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pF1KB3 ELNTISSAPPQDHVFKVDNFAALGSIQKQLQEKIYAVEGTQSRASSSFQHEMSQEGFSTA
::: :.: : :.:.:::..: :: .::.::.:::.:.:::.. .::::. ::.:::::..
CCDS67 ELNDIASKPSQEHIFKVEDFDALKDIQNQLKEKIFAIEGTETTSSSSFELEMAQEGFSAV
300 310 320 330 340 350
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pF1KB3 LTMDGLFLGAVGSFSWSGGAFLYPPNMSPTFINMSQENVDMRDSYLGYSTELALWKGVQN
.: :: :::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
CCDS67 FTPDGPVLGAVGSFTWSGGAFLYPPNMSPTFINMSQENVDMRDSYLGYSTELALWKGVQS
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pF1KB3 LVLGAPRYQHTGKAVIFTQVSRQWRKKAEVTGTQIGSYFGASLCSVDVDSDGSTDLILIG
::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::.:::
CCDS67 LVLGAPRYQHTGKAVIFTQVSRQWRMKAEVTGTQIGSYFGASLCSVDVDSDGSTDLVLIG
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pF1KB3 APHYYEQTRGGQVSVCPLPRGRVQWQCDAVLRGEQGHPWGRFGAALTVLGDVNEDKLIDV
::::::::::::::::::::: .: ::::: ::::::::::::::::::::: ::: ::
CCDS67 APHYYEQTRGGQVSVCPLPRGWRRWWCDAVLYGEQGHPWGRFGAALTVLGDVNGDKLTDV
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pF1KB3 AIGAPGEQENRGAVYLFHGASESGISPSHSQRIASSQLSPRLQYFGQALSGGQDLTQDGL
.::::::.:::::::::::. .::::::::::.:::: ::::::::::::::::::::
CCDS67 VIGAPGEEENRGAVYLFHGVLGPSISPSHSQRIAGSQLSSRLQYFGQALSGGQDLTQDGL
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pF1KB3 MDLAVGARGQVLLLRSLPVLKVGVAMRFSPVEVAKAVYRCWEEKPSALEAGDATVCLTIQ
.::::::::::::::. ::: :::.:.: :.:. .....: :. : ....:: :.
CCDS67 VDLAVGARGQVLLLRTRPVLWVGVSMQFIPAEIPRSAFECREQVVSEQTLVQSNICLYID
600 610 620 630 640 650
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pF1KB3 KSSLDQLG--DIQSSVRFDLALDPGRLTSRAIFNETKNPTLTRRKTLGLGIHCETLKLLL
: : . :: :.:::: .:::::::::. :: :.:::: .:.: ..::: :::...:::
CCDS67 KRSKNLLGSRDLQSSVTLDLALDPGRLSPRATFQETKNRSLSRVRVLGLKAHCENFNLLL
660 670 680 690 700 710
720 730 740 750 760 770
pF1KB3 PDCVEDVVSPIILHLNFSLVREPIPSPQNLRPVLAVGSQDLFTASLPFEKNCGQDGLCEG
:.:::: :.:: :.:::.:: .:. . .::::.::. .: :::::::::::: : .:.
CCDS67 PSCVEDSVTPITLRLNFTLVGKPLLAFRNLRPMLAADAQRYFTASLPFEKNCGADHICQD
720 730 740 750 760 770
780 790 800 810 820 830
pF1KB3 DLGVTLSFSGLQTLTVGSSLELNVIVTVWNAGEDSYGTVVSLYYPAGLSHRRVSGAQKQP
.::...:: ::..: :::.::::. : ::: :::::::.... .:::::.: :. .:::
CCDS67 NLGISFSFPGLKSLLVGSNLELNAEVMVWNDGEDSYGTTITFSHPAGLSYRYVAEGQKQG
780 790 800 810 820 830
840 850 860 870 880 890
pF1KB3 HQSALRLACETVPTEDEGLRSSRCSVNHPIFHEGSNGTFIVTFDVSYKATLGDRMLMRAS
. .:.:.:...:. ..: :. : .:: ::. :.. ::..::::: ::.::::.:. :.
CCDS67 QLRSLHLTCDSAPVGSQGTWSTSCRINHLIFRGGAQITFLATFDVSPKAVLGDRLLLTAN
840 850 860 870 880 890
900 910 920 930 940 950
pF1KB3 ASSENNKASSSKATFQLELPVKYAVYTMISRQEESTKYFNFATSDEKKMKEAEHRYRVNN
.::::: .::.::::::::::::::..: .:. :::.::. :.::. . : :::.:::
CCDS67 VSSENNTPRTSKTTFQLELPVKYAVYTVVSSHEQFTKYLNFSESEEKESHVAMHRYQVNN
900 910 920 930 940 950
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pF1KB3 LSQRDLAISINFWVPVLLNGVAVW-DVVMEAPSQ-SLPCVSERKPPQHSDFLTQISRSPM
:.:::: .:::::::: :: ::: :: . :.. :: : ::. : ::::..:...:.
CCDS67 LGQRDLPVSINFWVPVELNQEAVWMDVEVSHPQNPSLRCSSEKIAPPASDFLAHIQKNPV
960 970 980 990 1000 1010
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pF1KB3 LDCSIADCLQFRCDVPSFSVQEELDFTLKGNLSFGWVRETLQKKVLVVSVAEITFDTSVY
:::::: ::.::::::::::::::::::::::::::::. ::::: ::::::::::::::
CCDS67 LDCSIAGCLRFRCDVPSFSVQEELDFTLKGNLSFGWVRQILQKKVSVVSVAEITFDTSVY
1020 1030 1040 1050 1060 1070
1080 1090 1100 1110 1120 1130
pF1KB3 SQLPGQEAFMRAQMEMVLEEDEVYNAIPIIMGSSVGALLLLALITATLYKLGFFKRHYKE
::::::::::::: :::. .:.: :.:.:::.:.:::::::::.:::.:::::.:::
CCDS67 SQLPGQEAFMRAQTTTVLEKYKVHNPTPLIVGSSIGGLLLLALITAVLYKVGFFKRQYKE
1080 1090 1100 1110 1120 1130
1140 1150 1160
pF1KB3 MLEDKPEDTATFSGDDF-SCVAPNVPLS
:.:. . : .: . : .:. :
CCDS67 MMEEANGQIAPENGTQTPSPPTPHYPQDNV
1140 1150 1160
>>CCDS10711.1 ITGAX gene_id:3687|Hs108|chr16 (1163 aa)
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CCDS10 VSSENNTPRTSKTTFQLELPVKYAVYTVVSSHEQFTKYLNFSESEEKESHVAMHRYQVNN
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CCDS10 LGQRDLPVSINFWVPVELNQEAVWMDVEVSHPQNPSLRCSSEKIAPPASDFLAHIQKNPV
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CCDS10 SQLPGQEAFMRAQTTTVLEKYKVHNPTPLIVGSSIGGLLLLALITAVLYKVGFFKRQYKE
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CCDS10 MMEEANGQIAPENGTQTPSPPSEK
1140 1150 1160
>>CCDS45470.1 ITGAM gene_id:3684|Hs108|chr16 (1152 aa)
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CCDS45 RGSLYQCDYSTGSCEPIRLQVPVEAVNMSLGLSLAATTSPPQLLACGPTVHQTCSENTYV
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pF1KB3 KGSCLLLGSRW-EIIQTVPDATPECPHQEMDIVFLIDGSGSIDQNDFNQMKGFVQAVMGQ
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CCDS45 KGLCFLFGSNLRQQPQKFPEALRGCPQEDSDIAFLIDGSGSIIPHDFRRMKEFVSTVMEQ
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pF1KB3 FEGTDTLFALMQYSNLLKIHFTFTQFRTSPSQQSLVDPIVQLKGLTFTATGILTVVTQLF
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CCDS45 LKKSKTLFSLMQYSEEFRIHFTFKEFQNNPNPRSLVKPITQLLGRTHTATGIRKVVRELF
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pF1KB3 HHKNGARKSAKKILIVITDGQKYKDPLEYSDVIPQAEKAGIIRYAIGVGHAFQGPTARQE
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CCDS45 NITNGARKNAFKILVVITDGEKFGDPLGYEDVIPEADREGVIRYVIGVGDAFRSEKSRQE
240 250 260 270 280 290
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pF1KB3 LNTISSAPPQDHVFKVDNFAALGSIQKQLQEKIYAVEGTQSRASSSFQHEMSQEGFSTAL
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CCDS45 LNTIASKPPRDHVFQVNNFEALKTIQNQLREKIFAIEGTQTGSSSSFEHEMSQEGFSAAI
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CCDS45 TSNGPLLSTVGSYDWAGGVFLYTSKEKSTFINMTRVDSDMNDAYLGYAAAIILRNRVQSL
360 370 380 390 400 410
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CCDS45 IGAPGEEDNRGAVYLFHGTSGSGISPSHSQRIAGSKLSPRLQYFGQSLSGGQDLTMDGLV
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pF1KB3 DLAVGARGQVLLLRSLPVLKVGVAMRFSPVEVAKAVYRCWEEKPSALEAGDATVCLTIQK
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CCDS45 DLTVGAQGHVLLLRSQPVLRVKAIMEFNPREVARNVFECNDQVVKGKEAGEVRVCLHVQK
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CCDS45 STRDRLREGQIQSVVTYDLALDSGRPHSRAVFNETKNSTRRQTQVLGLTQTCETLKLQLP
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pF1KB3 DCVEDVVSPIILHLNFSLVREPIPSPQNLRPVLAVGSQDLFTASLPFEKNCGQDGLCEGD
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pF1KB3 LGVTLSFSGLQTLTVGSSLELNVIVTVWNAGEDSYGTVVSLYYPAGLSHRRVSGAQKQPH
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CCDS45 LSITFSFMSLDCLVVGGPREFNVTVTVRNDGEDSYRTQVTFFFPLDLSYRKVSTLQNQRS
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CCDS45 QRSWRLACESASSTEVSGALKSTSCSINHPIFPENSEVTFNITFDVDSKASLGNKLLLKA
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CCDS45 NLGQRSLPISLVFLVPVRLNQTVIWDRPQVTFSENLSSTCHTKERLPSHSDFLAELRKAP
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CCDS45 VVNCSIAVCQRIQCDIPFFGIQEEFNATLKGNLSFDWYIKTSHNHLLIVSTAEILFNDSV
1020 1030 1040 1050 1060 1070
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pF1KB3 YSQLPGQEAFMRAQMEMVLEEDEVYNAIPIIMGSSVGALLLLALITATLYKLGFFKRHYK
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CCDS45 FTLLPGQGAFVRSQTETKVEPFEVPNPLPLIVGSSVGGLLLLALITAALYKLGFFKRQYK
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pF1KB3 EMLEDKPEDTATFSGDDFSCVAPNVPLS
.:. .
CCDS45 DMMSEGGPPGAEPQ
1140 1150
>>CCDS54004.1 ITGAM gene_id:3684|Hs108|chr16 (1153 aa)
initn: 3564 init1: 1515 opt: 4467 Z-score: 5265.9 bits: 986.3 E(32554): 0
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10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MTFGTVLLLSVLASYHGFNLDVEEPTIFQEDAGGFGQSVVQFGGSRLVVGAPLEVVAANQ
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CCDS54 MALRVLLLTALTLCHGFNLDTENAMTFQENARGFGQSVVQLQGSRVVVGAPQEIVAANQ
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pF1KB3 TGRLYDCAAATGMCQPIPLHIRPEAVNMSLGLTLAASTNGSRLLACGPTLHRVCGENSYS
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CCDS54 RGSLYQCDYSTGSCEPIRLQVPVEAVNMSLGLSLAATTSPPQLLACGPTVHQTCSENTYV
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pF1KB3 KGSCLLLGSRW-EIIQTVPDATPECPHQEMDIVFLIDGSGSIDQNDFNQMKGFVQAVMGQ
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CCDS54 KGLCFLFGSNLRQQPQKFPEALRGCPQEDSDIAFLIDGSGSIIPHDFRRMKEFVSTVMEQ
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pF1KB3 FEGTDTLFALMQYSNLLKIHFTFTQFRTSPSQQSLVDPIVQLKGLTFTATGILTVVTQLF
.. . :::.:::::. ..::::: .:...:. .::: ::.:: : : ::::: :: .::
CCDS54 LKKSKTLFSLMQYSEEFRIHFTFKEFQNNPNPRSLVKPITQLLGRTHTATGIRKVVRELF
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 HHKNGARKSAKKILIVITDGQKYKDPLEYSDVIPQAEKAGIIRYAIGVGHAFQGPTARQE
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CCDS54 NITNGARKNAFKILVVITDGEKFGDPLGYEDVIPEADREGVIRYVIGVGDAFRSEKSRQE
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CCDS54 LNTIASKPPRDHVFQVNNFEALKTIQNQLREKIFAIEGTQTGSSSSFEHEMSQEGFSAAI
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pF1KB3 TMDGLFLGAVGSFSWSGGAFLYPPNMSPTFINMSQENVDMRDSYLGYSTELALWKGVQNL
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CCDS54 TSNGPLLSTVGSYDWAGGVFLYTSKEKSTFINMTRVDSDMNDAYLGYAAAIILRNRVQSL
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CCDS54 VLGAPRYQHIGLVAMFRQNTGMWESNANVKGTQIGAYFGASLCSVDVDSNGSTDLVLIGA
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CCDS54 PHYYEQTRGGQVSVCPLPRGQRARWQCDAVLYGEQGQPWGRFGAALTVLGDVNGDKLTDV
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CCDS54 AIGAPGEEDNRGAVYLFHGTSGSGISPSHSQRIAGSKLSPRLQYFGQSLSGGQDLTMDGL
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CCDS54 VDLTVGAQGHVLLLRSQPVLRVKAIMEFNPREVARNVFECNDQVVKGKEAGEVRVCLHVQ
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CCDS54 KSTRDRLREGQIQSVVTYDLALDSGRPHSRAVFNETKNSTRRQTQVLGLTQTCETLKLQL
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