Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3348
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3348, 703 aa
1>>>pF1KB3348 703 - 703 aa - 703 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8258+/-0.000953; mu= 17.5670+/- 0.057
mean_var=82.1628+/-16.535, 0's: 0 Z-trim(107.0): 79 B-trim: 61 in 1/50
Lambda= 0.141494
statistics sampled from 9232 (9311) to 9232 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.641), E-opt: 0.2 (0.286), width: 16
Scan time: 4.120
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS78129.1 TAP2 gene_id:6891|Hs108|chr6 ( 686) 4513 931.4 0
CCDS4755.1 TAP2 gene_id:6891|Hs108|chr6 ( 653) 4256 878.9 0
CCDS9241.1 ABCB9 gene_id:23457|Hs108|chr12 ( 766) 1602 337.2 5.4e-92
CCDS58287.1 ABCB9 gene_id:23457|Hs108|chr12 ( 681) 1491 314.5 3.2e-85
CCDS58288.1 ABCB9 gene_id:23457|Hs108|chr12 ( 683) 1491 314.5 3.3e-85
CCDS4758.1 TAP1 gene_id:6890|Hs108|chr6 ( 808) 1415 299.1 1.7e-80
CCDS1580.1 ABCB10 gene_id:23456|Hs108|chr1 ( 738) 1147 244.3 4.8e-64
CCDS5913.1 ABCB8 gene_id:11194|Hs108|chr7 ( 718) 1105 235.7 1.8e-61
CCDS64799.1 ABCB8 gene_id:11194|Hs108|chr7 ( 735) 1105 235.7 1.8e-61
CCDS64798.1 ABCB8 gene_id:11194|Hs108|chr7 ( 630) 1085 231.6 2.7e-60
CCDS64800.1 ABCB8 gene_id:11194|Hs108|chr7 ( 693) 1014 217.2 6.8e-56
CCDS55090.1 ABCB5 gene_id:340273|Hs108|chr7 (1257) 937 201.6 5.9e-51
CCDS5608.1 ABCB1 gene_id:5243|Hs108|chr7 (1280) 850 183.8 1.3e-45
CCDS5607.1 ABCB4 gene_id:5244|Hs108|chr7 (1232) 843 182.4 3.5e-45
CCDS5605.1 ABCB4 gene_id:5244|Hs108|chr7 (1279) 843 182.4 3.6e-45
CCDS5606.1 ABCB4 gene_id:5244|Hs108|chr7 (1286) 843 182.4 3.6e-45
CCDS46444.1 ABCB11 gene_id:8647|Hs108|chr2 (1321) 791 171.8 5.8e-42
CCDS2436.1 ABCB6 gene_id:10058|Hs108|chr2 ( 842) 724 158.0 5.2e-38
CCDS58286.1 ABCB9 gene_id:23457|Hs108|chr12 ( 703) 719 156.9 9.2e-38
CCDS4896.1 ABCC10 gene_id:89845|Hs108|chr6 (1464) 675 148.1 8.5e-35
CCDS56430.1 ABCC10 gene_id:89845|Hs108|chr6 (1492) 675 148.2 8.6e-35
CCDS43176.1 ABCC5 gene_id:10057|Hs108|chr3 (1437) 594 131.6 7.9e-30
CCDS65290.1 ABCB7 gene_id:22|Hs108|chrX ( 712) 580 128.6 3.2e-29
CCDS75994.1 ABCB7 gene_id:22|Hs108|chrX ( 713) 580 128.6 3.2e-29
CCDS65291.1 ABCB7 gene_id:22|Hs108|chrX ( 752) 580 128.6 3.4e-29
CCDS14428.1 ABCB7 gene_id:22|Hs108|chrX ( 753) 580 128.6 3.4e-29
CCDS10568.1 ABCC6 gene_id:368|Hs108|chr16 (1503) 568 126.3 3.3e-28
CCDS8694.1 ABCC9 gene_id:10060|Hs108|chr12 (1549) 568 126.3 3.3e-28
CCDS8693.1 ABCC9 gene_id:10060|Hs108|chr12 (1549) 563 125.3 6.8e-28
CCDS7484.1 ABCC2 gene_id:1244|Hs108|chr10 (1545) 552 123.1 3.2e-27
CCDS42122.1 ABCC1 gene_id:4363|Hs108|chr16 (1531) 548 122.2 5.6e-27
CCDS10730.1 ABCC12 gene_id:94160|Hs108|chr16 (1359) 513 115.1 7.2e-25
CCDS10732.1 ABCC11 gene_id:85320|Hs108|chr16 (1382) 508 114.0 1.5e-24
CCDS32681.1 ABCC3 gene_id:8714|Hs108|chr17 (1527) 487 109.8 3.1e-23
CCDS5371.1 ABCB5 gene_id:340273|Hs108|chr7 ( 812) 438 99.6 1.9e-20
CCDS55092.1 ABCB5 gene_id:340273|Hs108|chr7 ( 126) 359 83.0 2.9e-16
CCDS55091.1 ABCB5 gene_id:340273|Hs108|chr7 ( 131) 359 83.0 3e-16
CCDS10733.1 ABCC11 gene_id:85320|Hs108|chr16 (1344) 321 75.9 4.5e-13
>>CCDS78129.1 TAP2 gene_id:6891|Hs108|chr6 (686 aa)
initn: 4513 init1: 4513 opt: 4513 Z-score: 4977.2 bits: 931.4 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4513; 99.9% identity (100.0% similar) in 686 aa overlap (1-686:1-686)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MRLPDLRPWTSLLLVDAALLWLLQGPLGTLLPQGLPGLWLEGTLRLGGLWGLLKLRGLLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 MRLPDLRPWTSLLLVDAALLWLLQGPLGTLLPQGLPGLWLEGTLRLGGLWGLLKLRGLLG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 FVGTLLLPLCLATPLTVSLRALVAGASRAPPARVASAPWSWLLVGYGAAGLSWSLWAVLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 FVGTLLLPLCLATPLTVSLRALVAGASRAPPARVASAPWSWLLVGYGAAGLSWSLWAVLS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 PPGAQEKEQDQVNNKVLMWRLLKLSRPDLPLLVAAFFFLVLAVLGETLIPHYSGRVIDIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 PPGAQEKEQDQVNNKVLMWRLLKLSRPDLPLLVAAFFFLVLAVLGETLIPHYSGRVIDIL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 GGDFDPHAFASAIFFMCLFSFGSSLSAGCRGGCFTYTMSRINLRIREQLFSSLLRQDLGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 GGDFDPHAFASAIFFMCLFSFGSSLSAGCRGGCFTYTMSRINLRIREQLFSSLLRQDLGF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 FQETKTGELNSRLSSDTTLMSNWLPLNANVLLRSLVKVVGLYGFMLSISPRLTLLSLLHM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 FQETKTGELNSRLSSDTTLMSNWLPLNANVLLRSLVKVVGLYGFMLSISPRLTLLSLLHM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 PFTIAAEKVYNTRHQEVLREIQDAVARAGQVVREAVGGLQTVRSFGAEEHEVCRYKEALE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 PFTIAAEKVYNTRHQEVLREIQDAVARAGQVVREAVGGLQTVRSFGAEEHEVCRYKEALE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 QCRQLYWRRDLERALYLLVRRVLHLGVQMLMLSCGLQQMQDGELTQGSLLSFMIYQESVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 QCRQLYWRRDLERALYLLVRRVLHLGVQMLMLSCGLQQMQDGELTQGSLLSFMIYQESVG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 SYVQTLVYIYGDMLSNVGAAEKVFSYMDRQPNLPSPGTLAPTTLQGVVKFQDVSFAYPNR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 SYVQTLVYIYGDMLSNVGAAEKVFSYMDRQPNLPSPGTLAPTTLQGVVKFQDVSFAYPNR
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 PDRPVLKGLTFTLRPGEVTALVGPNGSGKSTVAALLQNLYQPTGGQVLLDEKPISQYEHC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 PDRPVLKGLTFTLRPGEVTALVGPNGSGKSTVAALLQNLYQPTGGQVLLDEKPISQYEHC
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 YLHSQVVSVGQEPVLFSGSVRNNIAYGLQSCEDDKVMAAAQAAHADDFIQEMEHGIYTDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 YLHSQVVSVGQEPVLFSGSVRNNIAYGLQSCEDDKVMAAAQAAHADDFIQEMEHGIYTDV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 GEKGSQLAAGQKQRLAIARALVRDPRVLILDEATSALDVQCEQALQDWNSRGDRTVLVIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 GEKGSQLAAGQKQRLAIARALVRDPRVLILDEATSALDVQCEQALQDWNSRGDRTVLVIA
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700
pF1KB3 HRLQAVQRAHQILVLQEGKLQKLAQLQEGQDLYSRLVQQRLMD
::::.:::::::::::::::::::::
CCDS78 HRLQTVQRAHQILVLQEGKLQKLAQL
670 680
>>CCDS4755.1 TAP2 gene_id:6891|Hs108|chr6 (653 aa)
initn: 4249 init1: 4249 opt: 4256 Z-score: 4694.0 bits: 878.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4256; 99.5% identity (99.5% similar) in 648 aa overlap (1-648:1-648)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MRLPDLRPWTSLLLVDAALLWLLQGPLGTLLPQGLPGLWLEGTLRLGGLWGLLKLRGLLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 FVGTLLLPLCLATPLTVSLRALVAGASRAPPARVASAPWSWLLVGYGAAGLSWSLWAVLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 FVGTLLLPLCLATPLTVSLRALVAGASRAPPARVASAPWSWLLVGYGAAGLSWSLWAVLS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 PPGAQEKEQDQVNNKVLMWRLLKLSRPDLPLLVAAFFFLVLAVLGETLIPHYSGRVIDIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PPGAQEKEQDQVNNKVLMWRLLKLSRPDLPLLVAAFFFLVLAVLGETLIPHYSGRVIDIL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 GGDFDPHAFASAIFFMCLFSFGSSLSAGCRGGCFTYTMSRINLRIREQLFSSLLRQDLGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 GGDFDPHAFASAIFFMCLFSFGSSLSAGCRGGCFTYTMSRINLRIREQLFSSLLRQDLGF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 FQETKTGELNSRLSSDTTLMSNWLPLNANVLLRSLVKVVGLYGFMLSISPRLTLLSLLHM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 FQETKTGELNSRLSSDTTLMSNWLPLNANVLLRSLVKVVGLYGFMLSISPRLTLLSLLHM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 PFTIAAEKVYNTRHQEVLREIQDAVARAGQVVREAVGGLQTVRSFGAEEHEVCRYKEALE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PFTIAAEKVYNTRHQEVLREIQDAVARAGQVVREAVGGLQTVRSFGAEEHEVCRYKEALE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 QCRQLYWRRDLERALYLLVRRVLHLGVQMLMLSCGLQQMQDGELTQGSLLSFMIYQESVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 QCRQLYWRRDLERALYLLVRRVLHLGVQMLMLSCGLQQMQDGELTQGSLLSFMIYQESVG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB3 PDRPVLKGLTFTLRPGEVTALVGPNGSGKSTVAALLQNLYQPTGGQVLLDEKPISQYEHC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PDRPVLKGLTFTLRPGEVTALVGPNGSGKSTVAALLQNLYQPTGGQVLLDEKPISQYEHC
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pF1KB3 YLHSQVVSVGQEPVLFSGSVRNNIAYGLQSCEDDKVMAAAQAAHADDFIQEMEHGIYTDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 YLHSQVVSVGQEPVLFSGSVRNNIAYGLQSCEDDKVMAAAQAAHADDFIQEMEHGIYTDV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 GEKGSQLAAGQKQRLAIARALVRDPRVLILDEATSALDVQCEQALQDWNSRGDRTVLVIA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :
CCDS47 GEKGSQLAAGQKQRLAIARALVRDPRVLILDEATSALDVQCEQAKTLWKFMIF
610 620 630 640 650
670 680 690 700
pF1KB3 HRLQAVQRAHQILVLQEGKLQKLAQLQEGQDLYSRLVQQRLMD
>>CCDS9241.1 ABCB9 gene_id:23457|Hs108|chr12 (766 aa)
initn: 1652 init1: 1478 opt: 1602 Z-score: 1765.1 bits: 337.2 E(32554): 5.4e-92
Smith-Waterman score: 1627; 40.9% identity (72.9% similar) in 663 aa overlap (69-702:89-743)
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pF1KB3 WLEGTLRLGGLWGLLKLRGLLGFVGTLLLPLCLATPLTVSLRALVAGASRAPPARVASAP
.:: . . . .. :. . : : :
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100 110 120 130
pF1KB3 WSWLL-----VGYGAAGLSWSLWAVLSP----------------PGAQEKEQDQVNNKVL
: : : .. ::. : : : ... : ::. . .:... .:
CCDS92 WFWALFVWTYISLGASFLLWWLLSTVRPGTQALEPGAATEAEGFPGSGRPPPEQASGATL
120 130 140 150 160 170
140 150 160 170 180 190
pF1KB3 MWRLLKLSRPDLPLLVAAFFFLVLAVLGETLIPHYSGRVID--ILGGDFDPHAFASAIFF
. .::. ..::. .:::: :::..:.::::..:.:.::.:: .. ..: :..:. .
CCDS92 Q-KLLSYTKPDVAFLVAASFFLIVAALGETFLPYYTGRAIDGIVIQKSMDQ--FSTAVVI
180 190 200 210 220 230
200 210 220 230 240 250
pF1KB3 MCLFSFGSSLSAGCRGGCFTYTMSRINLRIREQLFSSLLRQDLGFFQETKTGELNSRLSS
.::...:::..:: ::: :: ..:.:.:.:. :: ::. :. .::.:..::.: :::.:
CCDS92 VCLLAIGSSFAAGIRGGIFTLIFARLNIRLRNCLFRSLVSQETSFFDENRTGDLISRLTS
240 250 260 270 280 290
260 270 280 290 300 310
pF1KB3 DTTLMSNWLPLNANVLLRSLVKVVGLYGFMLSISPRLTLLSLLHMPFTIAAEKVYNTRHQ
:::..:. . : ::.::. :::.:. ::.:.: .:.:.... .:. . . ..:. ..
CCDS92 DTTMVSDLVSQNINVFLRNTVKVTGVVVFMFSLSWQLSLVTFMGFPIIMMVSNIYGKYYK
300 310 320 330 340 350
320 330 340 350 360 370
pF1KB3 EVLREIQDAVARAGQVVREAVGGLQTVRSFGAEEHEVCRYKEALEQCRQLYWRRDLERAL
.. .:.:.:.:::.....:......:::::. ::.:. : . :.: .: ..
CCDS92 RLSKEVQNALARASNTAEETISAMKTVRSFANEEEEAEVYLRKLQQVYKLNRKEAAAYMY
360 370 380 390 400 410
380 390 400 410 420 430
pF1KB3 YLLVRRVLHLGVQMLMLSCGLQQMQDGELTQGSLLSFMIYQESVGSYVQTLVYIYGDMLS
:. . : ::. .: : . . .:..:.:.:..:.::. .:. .... .:. ...
CCDS92 YVWGSGLTLLVVQVSILYYGGHLVISGQMTSGNLIAFIIYEFVLGDCMESVGSVYSGLMQ
420 430 440 450 460 470
440 450 460 470 480 490
pF1KB3 NVGAAEKVFSYMDRQPNLPSPGTLAPTTLQGVVKFQDVSFAYPNRPDRPVLKGLTFTLRP
.:::::::: ..::::.. :.::: :.: : :..:.:.: .:: ::....:.: :
CCDS92 GVGAAEKVFEFIDRQPTMVHDGSLAPDHLEGRVDFENVTFTYRTRPHTQVLQNVSFSLSP
480 490 500 510 520 530
500 510 520 530 540 550
pF1KB3 GEVTALVGPNGSGKSTVAALLQNLYQPTGGQVLLDEKPISQYEHCYLHSQVVSVGQEPVL
:.:::::::.:::::. . .:.:.: ::.:::: :::: :.: ::: . :.:::::
CCDS92 GKVTALVGPSGSGKSSCVNILENFYPLEGGRVLLDGKPISAYDHKYLHRVISLVSQEPVL
540 550 560 570 580 590
560 570 580 590 600 610
pF1KB3 FSGSVRNNIAYGLQSCEDDKVMAAAQAAHADDFIQEMEHGIYTDVGEKGSQLAAGQKQRL
:. :. .::.::: . . :. ::: :.: ::.:.. : :..::::.::..:::::.
CCDS92 FARSITDNISYGLPTVPFEMVVEAAQKANAHGFIMELQDGYSTETGEKGAQLSGGQKQRV
600 610 620 630 640 650
620 630 640 650 660 670
pF1KB3 AIARALVRDPRVLILDEATSALDVQCEQALQDWNSRGD---RTVLVIAHRLQAVQRAHQI
:.::::::.: ::::::::::::.. : .:. .:. .:::.:::::..:..:: :
CCDS92 AMARALVRNPPVLILDEATSALDAESEYLIQQ-AIHGNLQKHTVLIIAHRLSTVEHAHLI
660 670 680 690 700 710
680 690 700
pF1KB3 LVLQEGKLQKLA---QLQEGQDLYSRLVQQRLMD
.::..:.. . . :: ::..:::....
CCDS92 VVLDKGRVVQQGTHQQLLAQGGLYAKLVQRQMLGLQPAADFTAGHNEPVANGSHKA
720 730 740 750 760
>>CCDS58287.1 ABCB9 gene_id:23457|Hs108|chr12 (681 aa)
initn: 1528 init1: 1472 opt: 1491 Z-score: 1643.4 bits: 314.5 E(32554): 3.2e-85
Smith-Waterman score: 1516; 41.3% identity (72.9% similar) in 595 aa overlap (69-642:89-678)
40 50 60 70 80 90
pF1KB3 WLEGTLRLGGLWGLLKLRGLLGFVGTLLLPLCLATPLTVSLRALVAGASRAPPARVASAP
.:: . . . .. :. . : : :
CCDS58 CLLLGATIGVAKNSALGPRRLRASWLVITLVCLFVGIYAMVKLLLFSEVRRP----IRDP
60 70 80 90 100 110
100 110 120 130
pF1KB3 WSWLL-----VGYGAAGLSWSLWAVLSP----------------PGAQEKEQDQVNNKVL
: : : .. ::. : : : ... : ::. . .:... .:
CCDS58 WFWALFVWTYISLGASFLLWWLLSTVRPGTQALEPGAATEAEGFPGSGRPPPEQASGATL
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140 150 160 170 180 190
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CCDS59 LGPMVLSKHPHLCLVALCEAEEAPPASSTP---HVVGSRFNWKLFWQFLHPHLLVLGVAV
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CCDS59 VLALGAALVNVQIPLLLGQLVEVVAKYTRDHVGSFMTESQNLSTHLLILYGVQGLLTFG-
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CCDS59 QGLRSCTQVAGCLVSLSMLSTRLTLLLMVATPALMGVGTLMGSGLRKLSRQCQEQIARAM
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