Result of FASTA (ccds) for pF1KB3356
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB3356, 859 aa
  1>>>pF1KB3356 859 - 859 aa - 859 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5246+/-0.00104; mu= 16.1436+/- 0.062
 mean_var=144.4139+/-28.038, 0's: 0 Z-trim(109.5): 137  B-trim: 17 in 1/49
 Lambda= 0.106726
 statistics sampled from 10746 (10902) to 10746 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.694), E-opt: 0.2 (0.335), width:  16
 Scan time:  3.750

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS6303.1 LRP12 gene_id:29967|Hs108|chr8          ( 859) 6106 952.8       0
CCDS47907.1 LRP12 gene_id:29967|Hs108|chr8         ( 840) 5806 906.6       0
CCDS12430.1 LRP3 gene_id:4037|Hs108|chr19          ( 770) 1735 279.7 1.3e-74
CCDS9578.1 LRP10 gene_id:26020|Hs108|chr14         ( 713)  926 155.1   4e-37


>>CCDS6303.1 LRP12 gene_id:29967|Hs108|chr8               (859 aa)
 initn: 6106 init1: 6106 opt: 6106  Z-score: 5089.5  bits: 952.8 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 6106; 100.0% identity (100.0% similar) in 859 aa overlap (1-859:1-859)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MACRWSTKESPRWRSALLLLFLAGVYGNGALAEHSENVHISGVSTACGETPEQIRAPSGI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 MACRWSTKESPRWRSALLLLFLAGVYGNGALAEHSENVHISGVSTACGETPEQIRAPSGI
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 ITSPGWPSEYPAKINCSWFIRANPGEIITISFQDFDIQGSRRCNLDWLTIETYKNIESYR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 ITSPGWPSEYPAKINCSWFIRANPGEIITISFQDFDIQGSRRCNLDWLTIETYKNIESYR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 ACGSTIPPPYISSQDHIWIRFHSDDNISRKGFRLAYFSGKSEEPNCACDQFRCGNGKCIP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 ACGSTIPPPYISSQDHIWIRFHSDDNISRKGFRLAYFSGKSEEPNCACDQFRCGNGKCIP
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 EAWKCNNMDECGDSSDEEICAKEANPPTAAAFQPCAYNQFQCLSRFTKVYTCLPESLKCD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 EAWKCNNMDECGDSSDEEICAKEANPPTAAAFQPCAYNQFQCLSRFTKVYTCLPESLKCD
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB3 GNIDCLDLGDEIDCDVPTCGQWLKYFYGTFNSPNYPDFYPPGSNCTWLIDTGDHRKVILR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 GNIDCLDLGDEIDCDVPTCGQWLKYFYGTFNSPNYPDFYPPGSNCTWLIDTGDHRKVILR
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB3 FTDFKLDGTGYGDYVKIYDGLEENPHKLLRVLTAFDSHAPLTVVSSSGQIRVHFCADKVN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 FTDFKLDGTGYGDYVKIYDGLEENPHKLLRVLTAFDSHAPLTVVSSSGQIRVHFCADKVN
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB3 AARGFNATYQVDGFCLPWEIPCGGNWGCYTEQQRCDGYWHCPNGRDETNCTMCQKEEFPC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 AARGFNATYQVDGFCLPWEIPCGGNWGCYTEQQRCDGYWHCPNGRDETNCTMCQKEEFPC
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB3 SRNGVCYPRSDRCNYQNHCPNGSDEKNCFFCQPGNFHCKNNRCVFESWVCDSQDDCGDGS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 SRNGVCYPRSDRCNYQNHCPNGSDEKNCFFCQPGNFHCKNNRCVFESWVCDSQDDCGDGS
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB3 DEENCPVIVPTRVITAAVIGSLICGLLLVIALGCTCKLYSLRMFERRSFETQLSRVEAEL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 DEENCPVIVPTRVITAAVIGSLICGLLLVIALGCTCKLYSLRMFERRSFETQLSRVEAEL
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB3 LRREAPPSYGQLIAQGLIPPVEDFPVCSPNQASVLENLRLAVRSQLGFTSVRLPMAGRSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 LRREAPPSYGQLIAQGLIPPVEDFPVCSPNQASVLENLRLAVRSQLGFTSVRLPMAGRSS
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB3 NIWNRIFNFARSRHSGSLALVSADGDEVVPSQSTSREPERNHTHRSLFSVESDDTDTENE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 NIWNRIFNFARSRHSGSLALVSADGDEVVPSQSTSREPERNHTHRSLFSVESDDTDTENE
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB3 RRDMAGASGGVAAPLPQKVPPTTAVEATVGACASSSTQSTRGGHADNGRDVTSVEPPSVS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 RRDMAGASGGVAAPLPQKVPPTTAVEATVGACASSSTQSTRGGHADNGRDVTSVEPPSVS
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB3 PARHQLTSALSRMTQGLRWVRFTLGRSSSLSQNQSPLRQLDNGVSGREDDDDVEMLIPIS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 PARHQLTSALSRMTQGLRWVRFTLGRSSSLSQNQSPLRQLDNGVSGREDDDDVEMLIPIS
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB3 DGSSDFDVNDCSRPLLDLASDQGQGLRQPYNATNPGVRPSNRDGPCERCGIVHTAQIPDT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 DGSSDFDVNDCSRPLLDLASDQGQGLRQPYNATNPGVRPSNRDGPCERCGIVHTAQIPDT
              790       800       810       820       830       840

              850         
pF1KB3 CLEVTLKNETSDDEALLLC
       :::::::::::::::::::
CCDS63 CLEVTLKNETSDDEALLLC
              850         

>>CCDS47907.1 LRP12 gene_id:29967|Hs108|chr8              (840 aa)
 initn: 5804 init1: 5804 opt: 5806  Z-score: 4839.9  bits: 906.6 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 5938; 97.8% identity (97.8% similar) in 859 aa overlap (1-859:1-840)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MACRWSTKESPRWRSALLLLFLAGVYGNGALAEHSENVHISGVSTACGETPEQIRAPSGI
       ::::::::::::::::::::::::::                   :::::::::::::::
CCDS47 MACRWSTKESPRWRSALLLLFLAGVY-------------------ACGETPEQIRAPSGI
               10        20                           30        40 

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 ITSPGWPSEYPAKINCSWFIRANPGEIITISFQDFDIQGSRRCNLDWLTIETYKNIESYR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 ITSPGWPSEYPAKINCSWFIRANPGEIITISFQDFDIQGSRRCNLDWLTIETYKNIESYR
              50        60        70        80        90       100 

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 ACGSTIPPPYISSQDHIWIRFHSDDNISRKGFRLAYFSGKSEEPNCACDQFRCGNGKCIP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 ACGSTIPPPYISSQDHIWIRFHSDDNISRKGFRLAYFSGKSEEPNCACDQFRCGNGKCIP
             110       120       130       140       150       160 

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 EAWKCNNMDECGDSSDEEICAKEANPPTAAAFQPCAYNQFQCLSRFTKVYTCLPESLKCD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 EAWKCNNMDECGDSSDEEICAKEANPPTAAAFQPCAYNQFQCLSRFTKVYTCLPESLKCD
             170       180       190       200       210       220 

              250       260       270       280       290       300
pF1KB3 GNIDCLDLGDEIDCDVPTCGQWLKYFYGTFNSPNYPDFYPPGSNCTWLIDTGDHRKVILR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 GNIDCLDLGDEIDCDVPTCGQWLKYFYGTFNSPNYPDFYPPGSNCTWLIDTGDHRKVILR
             230       240       250       260       270       280 

              310       320       330       340       350       360
pF1KB3 FTDFKLDGTGYGDYVKIYDGLEENPHKLLRVLTAFDSHAPLTVVSSSGQIRVHFCADKVN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 FTDFKLDGTGYGDYVKIYDGLEENPHKLLRVLTAFDSHAPLTVVSSSGQIRVHFCADKVN
             290       300       310       320       330       340 

              370       380       390       400       410       420
pF1KB3 AARGFNATYQVDGFCLPWEIPCGGNWGCYTEQQRCDGYWHCPNGRDETNCTMCQKEEFPC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 AARGFNATYQVDGFCLPWEIPCGGNWGCYTEQQRCDGYWHCPNGRDETNCTMCQKEEFPC
             350       360       370       380       390       400 

              430       440       450       460       470       480
pF1KB3 SRNGVCYPRSDRCNYQNHCPNGSDEKNCFFCQPGNFHCKNNRCVFESWVCDSQDDCGDGS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SRNGVCYPRSDRCNYQNHCPNGSDEKNCFFCQPGNFHCKNNRCVFESWVCDSQDDCGDGS
             410       420       430       440       450       460 

              490       500       510       520       530       540
pF1KB3 DEENCPVIVPTRVITAAVIGSLICGLLLVIALGCTCKLYSLRMFERRSFETQLSRVEAEL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 DEENCPVIVPTRVITAAVIGSLICGLLLVIALGCTCKLYSLRMFERRSFETQLSRVEAEL
             470       480       490       500       510       520 

              550       560       570       580       590       600
pF1KB3 LRREAPPSYGQLIAQGLIPPVEDFPVCSPNQASVLENLRLAVRSQLGFTSVRLPMAGRSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LRREAPPSYGQLIAQGLIPPVEDFPVCSPNQASVLENLRLAVRSQLGFTSVRLPMAGRSS
             530       540       550       560       570       580 

              610       620       630       640       650       660
pF1KB3 NIWNRIFNFARSRHSGSLALVSADGDEVVPSQSTSREPERNHTHRSLFSVESDDTDTENE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 NIWNRIFNFARSRHSGSLALVSADGDEVVPSQSTSREPERNHTHRSLFSVESDDTDTENE
             590       600       610       620       630       640 

              670       680       690       700       710       720
pF1KB3 RRDMAGASGGVAAPLPQKVPPTTAVEATVGACASSSTQSTRGGHADNGRDVTSVEPPSVS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 RRDMAGASGGVAAPLPQKVPPTTAVEATVGACASSSTQSTRGGHADNGRDVTSVEPPSVS
             650       660       670       680       690       700 

              730       740       750       760       770       780
pF1KB3 PARHQLTSALSRMTQGLRWVRFTLGRSSSLSQNQSPLRQLDNGVSGREDDDDVEMLIPIS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PARHQLTSALSRMTQGLRWVRFTLGRSSSLSQNQSPLRQLDNGVSGREDDDDVEMLIPIS
             710       720       730       740       750       760 

              790       800       810       820       830       840
pF1KB3 DGSSDFDVNDCSRPLLDLASDQGQGLRQPYNATNPGVRPSNRDGPCERCGIVHTAQIPDT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 DGSSDFDVNDCSRPLLDLASDQGQGLRQPYNATNPGVRPSNRDGPCERCGIVHTAQIPDT
             770       780       790       800       810       820 

              850         
pF1KB3 CLEVTLKNETSDDEALLLC
       :::::::::::::::::::
CCDS47 CLEVTLKNETSDDEALLLC
             830       840

>>CCDS12430.1 LRP3 gene_id:4037|Hs108|chr19               (770 aa)
 initn: 2024 init1: 847 opt: 1735  Z-score: 1452.8  bits: 279.7 E(32554): 1.3e-74
Smith-Waterman score: 2157; 44.4% identity (66.6% similar) in 748 aa overlap (10-726:12-737)

                 10        20        30        40        50        
pF1KB3   MACRWSTKESPRWRSALLLLFLAGVYGNGALAEHSENVHISGVSTACGETPEQIRAPS
                  .:  :. : .. :.... .: :.     .      .::.   ::     
CCDS12 MEKRAAAGLEGAPGARAQLAVVCLVNIFLTGRLSSAVPAL------AACSGKLEQHTERR
               10        20        30        40              50    

       60        70        80        90       100       110        
pF1KB3 GIITSPGWPSEYPAKINCSWFIRANPGEIITISFQDFDIQGSRRCNLDWLTI--ETYKNI
       :.: ::.:: .::   ::::.:... :..:::::..::.. :..:.:::: .   .    
CCDS12 GVIYSPAWPLNYPPGTNCSWYIQGDRGDMITISFRNFDVEESHQCSLDWLLLGPAAPPRQ
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CCDS12 AMRRQMRRHASRRGPSRRRLGRLWNRLFHRPRA-PRGQIPLLTAARPSQTVLGDGFLQPA
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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