FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3356, 859 aa
1>>>pF1KB3356 859 - 859 aa - 859 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5246+/-0.00104; mu= 16.1436+/- 0.062
mean_var=144.4139+/-28.038, 0's: 0 Z-trim(109.5): 137 B-trim: 17 in 1/49
Lambda= 0.106726
statistics sampled from 10746 (10902) to 10746 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.694), E-opt: 0.2 (0.335), width: 16
Scan time: 3.750
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6303.1 LRP12 gene_id:29967|Hs108|chr8 ( 859) 6106 952.8 0
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>>CCDS6303.1 LRP12 gene_id:29967|Hs108|chr8 (859 aa)
initn: 6106 init1: 6106 opt: 6106 Z-score: 5089.5 bits: 952.8 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6106; 100.0% identity (100.0% similar) in 859 aa overlap (1-859:1-859)
10 20 30 40 50 60
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CCDS63 MACRWSTKESPRWRSALLLLFLAGVYGNGALAEHSENVHISGVSTACGETPEQIRAPSGI
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 ITSPGWPSEYPAKINCSWFIRANPGEIITISFQDFDIQGSRRCNLDWLTIETYKNIESYR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 ACGSTIPPPYISSQDHIWIRFHSDDNISRKGFRLAYFSGKSEEPNCACDQFRCGNGKCIP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 EAWKCNNMDECGDSSDEEICAKEANPPTAAAFQPCAYNQFQCLSRFTKVYTCLPESLKCD
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 GNIDCLDLGDEIDCDVPTCGQWLKYFYGTFNSPNYPDFYPPGSNCTWLIDTGDHRKVILR
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310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 FTDFKLDGTGYGDYVKIYDGLEENPHKLLRVLTAFDSHAPLTVVSSSGQIRVHFCADKVN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 AARGFNATYQVDGFCLPWEIPCGGNWGCYTEQQRCDGYWHCPNGRDETNCTMCQKEEFPC
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430 440 450 460 470 480
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 SRNGVCYPRSDRCNYQNHCPNGSDEKNCFFCQPGNFHCKNNRCVFESWVCDSQDDCGDGS
430 440 450 460 470 480
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 DEENCPVIVPTRVITAAVIGSLICGLLLVIALGCTCKLYSLRMFERRSFETQLSRVEAEL
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550 560 570 580 590 600
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 LRREAPPSYGQLIAQGLIPPVEDFPVCSPNQASVLENLRLAVRSQLGFTSVRLPMAGRSS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 NIWNRIFNFARSRHSGSLALVSADGDEVVPSQSTSREPERNHTHRSLFSVESDDTDTENE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 NIWNRIFNFARSRHSGSLALVSADGDEVVPSQSTSREPERNHTHRSLFSVESDDTDTENE
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 RRDMAGASGGVAAPLPQKVPPTTAVEATVGACASSSTQSTRGGHADNGRDVTSVEPPSVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 RRDMAGASGGVAAPLPQKVPPTTAVEATVGACASSSTQSTRGGHADNGRDVTSVEPPSVS
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 PARHQLTSALSRMTQGLRWVRFTLGRSSSLSQNQSPLRQLDNGVSGREDDDDVEMLIPIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 PARHQLTSALSRMTQGLRWVRFTLGRSSSLSQNQSPLRQLDNGVSGREDDDDVEMLIPIS
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 DGSSDFDVNDCSRPLLDLASDQGQGLRQPYNATNPGVRPSNRDGPCERCGIVHTAQIPDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 DGSSDFDVNDCSRPLLDLASDQGQGLRQPYNATNPGVRPSNRDGPCERCGIVHTAQIPDT
790 800 810 820 830 840
850
pF1KB3 CLEVTLKNETSDDEALLLC
:::::::::::::::::::
CCDS63 CLEVTLKNETSDDEALLLC
850
>>CCDS47907.1 LRP12 gene_id:29967|Hs108|chr8 (840 aa)
initn: 5804 init1: 5804 opt: 5806 Z-score: 4839.9 bits: 906.6 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5938; 97.8% identity (97.8% similar) in 859 aa overlap (1-859:1-840)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MACRWSTKESPRWRSALLLLFLAGVYGNGALAEHSENVHISGVSTACGETPEQIRAPSGI
:::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::
CCDS47 MACRWSTKESPRWRSALLLLFLAGVY-------------------ACGETPEQIRAPSGI
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 ITSPGWPSEYPAKINCSWFIRANPGEIITISFQDFDIQGSRRCNLDWLTIETYKNIESYR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 ITSPGWPSEYPAKINCSWFIRANPGEIITISFQDFDIQGSRRCNLDWLTIETYKNIESYR
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 ACGSTIPPPYISSQDHIWIRFHSDDNISRKGFRLAYFSGKSEEPNCACDQFRCGNGKCIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 ACGSTIPPPYISSQDHIWIRFHSDDNISRKGFRLAYFSGKSEEPNCACDQFRCGNGKCIP
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 EAWKCNNMDECGDSSDEEICAKEANPPTAAAFQPCAYNQFQCLSRFTKVYTCLPESLKCD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 EAWKCNNMDECGDSSDEEICAKEANPPTAAAFQPCAYNQFQCLSRFTKVYTCLPESLKCD
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 GNIDCLDLGDEIDCDVPTCGQWLKYFYGTFNSPNYPDFYPPGSNCTWLIDTGDHRKVILR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 GNIDCLDLGDEIDCDVPTCGQWLKYFYGTFNSPNYPDFYPPGSNCTWLIDTGDHRKVILR
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 FTDFKLDGTGYGDYVKIYDGLEENPHKLLRVLTAFDSHAPLTVVSSSGQIRVHFCADKVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 FTDFKLDGTGYGDYVKIYDGLEENPHKLLRVLTAFDSHAPLTVVSSSGQIRVHFCADKVN
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 AARGFNATYQVDGFCLPWEIPCGGNWGCYTEQQRCDGYWHCPNGRDETNCTMCQKEEFPC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 AARGFNATYQVDGFCLPWEIPCGGNWGCYTEQQRCDGYWHCPNGRDETNCTMCQKEEFPC
350 360 370 380 390 400
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 SRNGVCYPRSDRCNYQNHCPNGSDEKNCFFCQPGNFHCKNNRCVFESWVCDSQDDCGDGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SRNGVCYPRSDRCNYQNHCPNGSDEKNCFFCQPGNFHCKNNRCVFESWVCDSQDDCGDGS
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pF1KB3 DEENCPVIVPTRVITAAVIGSLICGLLLVIALGCTCKLYSLRMFERRSFETQLSRVEAEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 DEENCPVIVPTRVITAAVIGSLICGLLLVIALGCTCKLYSLRMFERRSFETQLSRVEAEL
470 480 490 500 510 520
550 560 570 580 590 600
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LRREAPPSYGQLIAQGLIPPVEDFPVCSPNQASVLENLRLAVRSQLGFTSVRLPMAGRSS
530 540 550 560 570 580
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pF1KB3 NIWNRIFNFARSRHSGSLALVSADGDEVVPSQSTSREPERNHTHRSLFSVESDDTDTENE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 NIWNRIFNFARSRHSGSLALVSADGDEVVPSQSTSREPERNHTHRSLFSVESDDTDTENE
590 600 610 620 630 640
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 RRDMAGASGGVAAPLPQKVPPTTAVEATVGACASSSTQSTRGGHADNGRDVTSVEPPSVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 RRDMAGASGGVAAPLPQKVPPTTAVEATVGACASSSTQSTRGGHADNGRDVTSVEPPSVS
650 660 670 680 690 700
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 PARHQLTSALSRMTQGLRWVRFTLGRSSSLSQNQSPLRQLDNGVSGREDDDDVEMLIPIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PARHQLTSALSRMTQGLRWVRFTLGRSSSLSQNQSPLRQLDNGVSGREDDDDVEMLIPIS
710 720 730 740 750 760
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pF1KB3 DGSSDFDVNDCSRPLLDLASDQGQGLRQPYNATNPGVRPSNRDGPCERCGIVHTAQIPDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 DGSSDFDVNDCSRPLLDLASDQGQGLRQPYNATNPGVRPSNRDGPCERCGIVHTAQIPDT
770 780 790 800 810 820
850
pF1KB3 CLEVTLKNETSDDEALLLC
:::::::::::::::::::
CCDS47 CLEVTLKNETSDDEALLLC
830 840
>>CCDS12430.1 LRP3 gene_id:4037|Hs108|chr19 (770 aa)
initn: 2024 init1: 847 opt: 1735 Z-score: 1452.8 bits: 279.7 E(32554): 1.3e-74
Smith-Waterman score: 2157; 44.4% identity (66.6% similar) in 748 aa overlap (10-726:12-737)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MACRWSTKESPRWRSALLLLFLAGVYGNGALAEHSENVHISGVSTACGETPEQIRAPS
.: :. : .. :.... .: :. . .::. ::
CCDS12 MEKRAAAGLEGAPGARAQLAVVCLVNIFLTGRLSSAVPAL------AACSGKLEQHTERR
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 GIITSPGWPSEYPAKINCSWFIRANPGEIITISFQDFDIQGSRRCNLDWLTI--ETYKNI
:.: ::.:: .:: ::::.:... :..:::::..::.. :..:.:::: . .
CCDS12 GVIYSPAWPLNYPPGTNCSWYIQGDRGDMITISFRNFDVEESHQCSLDWLLLGPAAPPRQ
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 ESYRACGSTIPPPYISSQDHIWIRFHSDDNIS--RKGFRLAYFSGKSEEPNCACDQFRCG
:..: :::.::: .::..::.:: :::: . : .::::.:. :: . .: :.:::
CCDS12 EAFRLCGSAIPPAFISARDHVWIFFHSDASSSGQAQGFRLSYIRGKLGQASCQADEFRCD
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 NGKCIPEAWKCNNMDECGDSSDEEICAKEANPPTAAAFQPCAYNQFQCL-SRFTKVYTCL
::::.: :.::..:::::.::: :. :. : .. : . : : .: :. ::
CCDS12 NGKCLPGPWQCNTVDECGDGSDEGNCSAPASEPPGSL---CPGGTFPCSGARSTR---CL
180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 PESLKCDGNIDCLDLGDEIDCDVPTCGQWLKYFYGTFNSPNY--PDFYPPGSNCTWLIDT
: .::: :: : .:: : .::. : :::.: ::. : .::::.::
CCDS12 PVERRCDGLQDCGDGSDEAGCPDLACGRRLGSFYGSFASPDLFGAARGPSDLHCTWLVDT
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 GDHRKVILRFTDFKLDGTGYGDYVKIYDGLEENPHKLLRVLTAFDSHAPLTVVSSSGQIR
: :.:.:.. ...: :: :::..:.:: : .::..:. ..: :... ...:..
CCDS12 QDSRRVLLQL-ELRL---GYDDYVQVYEGLGERGDRLLQTLSYRSNHRPVSLEAAQGRLT
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400
pF1KB3 VHFCADKVNAARGFNATYQVDGFCLPWEIPCG----------GNWGCYTEQQRCDGYWHC
: . : .:..:::::::: :.::::: ::: :. ::..: :::::.:::
CCDS12 VAYHARARSAGHGFNATYQVKGYCLPWEQPCGSSSDSDGGSLGDQGCFSEPQRCDGWWHC
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 PNGRDETNCTMCQKEEFPC-SRNGVCYPRSDRCNYQNHCPNGSDEKNCFFCQPGNFHCKN
.:::: .: : ...:: . .:.:: .:::: :. ::.:.:::::: ::::.::: .
CCDS12 ASGRDEQGCPACPPDQYPCEGGSGLCYTPADRCNNQKSCPDGADEKNCFSCQPGTFHCGT
410 420 430 440 450 460
470 480 490 500 510 520
pF1KB3 NRCVFESWVCDSQDDCGDGSDEENCPVIVPTRVITAAVIGSLICGLLLVIALGCTCKLYS
: :.::.: ::.:.:: :::::..: . :: .:::::.::::.:::::::::::. ::::
CCDS12 NLCIFETWRCDGQEDCQDGSDEHGCLAAVPRKVITAALIGSLVCGLLLVIALGCAFKLYS
470 480 490 500 510 520
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pF1KB3 LRMFERRSFETQLSRVEAELLRREAPPSYGQLIAQGLIPPVEDFPVCSPNQASVLENLRL
:: : :.::::..:.:::..::::::::::::::::::::::::: : .:::::.:::
CCDS12 LRTQEYRAFETQMTRLEAEFVRREAPPSYGQLIAQGLIPPVEDFPVYSASQASVLQNLRT
530 540 550 560 570 580
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pF1KB3 AVRSQLG-FTSVRLPMAGRSSNIWNRIFNFARSRHSGSLALVSAD-------GDEVV-PS
:.: :. .: : : : . .:::.:. :. :.. :..: :: . :.
CCDS12 AMRRQMRRHASRRGPSRRRLGRLWNRLFHRPRA-PRGQIPLLTAARPSQTVLGDGFLQPA
590 600 610 620 630 640
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pF1KB3 QSTSREPERNHTHRSLFSVESDDTDTENERRDMAGASGGVAAPLPQKV--PPTTAVEATV
... .: . . .: . : .: :: :::. . : :.
CCDS12 PGAAPDPPAPLMDTGSTRAAGDRPPSAPGRAPEVGPSG---PPLPSGLRDPECRPVDKDR
650 660 670 680 690 700
690 700 710 720 730 740
pF1KB3 GACASSSTQSTRGGHADNGRDVTSVE-P-PSVSPARHQLTSALSRMTQGLRWVRFTLGRS
.: ... . :: :. :.. : :.:: : :
CCDS12 KVCREPLVDGP--APADAPREPCSAQDPHPQVSTASSTLGPHSPEPLGVCRNPPPPCSPM
710 720 730 740 750
750 760 770 780 790 800
pF1KB3 SSLSQNQSPLRQLDNGVSGREDDDDVEMLIPISDGSSDFDVNDCSRPLLDLASDQGQGLR
CCDS12 LEASDDEALLVC
760 770
>>CCDS9578.1 LRP10 gene_id:26020|Hs108|chr14 (713 aa)
initn: 1146 init1: 527 opt: 926 Z-score: 780.0 bits: 155.1 E(32554): 4e-37
Smith-Waterman score: 1377; 35.5% identity (55.7% similar) in 795 aa overlap (16-781:4-698)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MACRWSTKESPRWRSALLLLFLAGVYGNGALAEHSENVHISGVSTACGETPEQIRAPSGI
: :::.: : :::: : . . . . :: . : . .:
CCDS95 MLLATLLLLLLG----GALA-HPDRIIFP--NHACEDPPAVLLEVQGT
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 ITSPGWPSEYPAKINCSWFIRANPGEIITISFQDFDIQGSRRCNLDWLTIETYKNIESYR
. : . . ::.:.: .. . .:: :: . . :. . ::... ..
CCDS95 LQRPLVRDSRTSPANCTWLILGSKEQTVTIRFQKLHLA----CGSERLTLRS--PLQPLI
50 60 70 80 90
130 140 150 160 170
pF1KB3 ACGSTIPPPYISSQDHIWIRFHSDDNISR--KGFRLAYFSGKSEEPNCACDQFRCGNGKC
. . : : .. : . . .:: :.: ... : ..:.: : .:
CCDS95 SLCEAPPSPLQLPGGNVTITYSYAGARAPMGQGFLLSY---SQDWLMCLQEEFQCLNHRC
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 IPEAWKCNNMDECGDSSDEEICAKEANPPTAAAFQPCAYNQFQCLSRFTKVYTCLPESLK
. . .:...: :::.::: :... : .. : . ::
CCDS95 VSAVQRCDGVDACGDGSDEAGCSSDPFP----GLTP-------------RPVPSLP----
160 170 180 190
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 CDGNIDCLDLGDEIDCDVPTCGQWLKYFYGTFNSPNYPDFYP---PGSNCTWLIDTGDHR
:.: :. :::.:.::.: . : : : ::.: : :
CCDS95 ---------------CNVT-----LEDFYGVFSSPGYTHLASVSHPQS-CHWLLDPHDGR
200 210 220 230
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 KVILRFTDFKLDGTGYGDYVKIYDGL-EENPHKLLRVLTAFDSHAPLTVVSSSGQIRVHF
.. .::: . : :.:: :..::: . .::: :: :.. .:: . ::: : .
CCDS95 RLAVRFTALDL---GFGDAVHVYDGPGPPESSRLLRSLTHFSNGKAVTVETLSGQAVVSY
240 250 260 270 280
360 370 380 390 400
pF1KB3 CADKVNAARGFNATYQVDGFCLPWEIPCGGNWG----------CYTEQQRCDGYWHCPNG
. . .:::::::.: :.::::. ::: . : ::.: ::::: : : .:
CCDS95 HTVAWSNGRGFNATYHVRGYCLPWDRPCGLGSGLGAGEGLGERCYSEAQRCDGSWDCADG
290 300 310 320 330 340
410 420 430 440 450
pF1KB3 RDETNCTMCQKEEFPCSRNGV-----CYPRSDRCNYQNHCPNGSDEKNCFFCQPGNFHCK
:: .: : .:::. :. :: .::::::. : .:.::. : ::::::.:.
CCDS95 TDEEDCPGCPPGHFPCGAAGTSGATACYLPADRCNYQTFCADGADERRCRHCQPGNFRCR
350 360 370 380 390 400
460 470 480 490 500 510
pF1KB3 NNRCVFESWVCDSQDDCGDGSDEENCPVIVPTRVITAAVIGSLICGLLLVIALGCTCKLY
...::.:.::::.: ::.::::: .: ..: .::::::::::.::::::::::::::::
CCDS95 DEKCVYETWVCDGQPDCADGSDEWDCSYVLPRKVITAAVIGSLVCGLLLVIALGCTCKLY
410 420 430 440 450 460
520 530 540 550 560 570
pF1KB3 SLRMFERRSFETQLSRVEAELLRREAPPSYGQLIAQGLIPPVEDFPVCSPNQASVLENLR
..: : : . :::.:::.....:::::::::::: ::::::::. .::. ::: :::
CCDS95 AIRTQEYSIF-APLSRMEAEIVQQQAPPSYGQLIAQGAIPPVEDFPTENPNDNSVLGNLR
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pF1KB3 --LAVRSQLGFTSVRLPMAGRSSN--IWNRIFNFARSRHSGSLALVSADGDEVVPSQSTS
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CCDS95 SLLQILRQ-DMTPGGGPGARRRQRGRLMRRLVR--RLRRWGLLPRTNT------PARASE
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pF1KB3 REPERNHTHRSLFSVESDDTDTENERRDMA--GASGGVAAPLPQKVP-PTTAVEATVGAC
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CCDS95 ---ARSQVTPSAAPLEALDGGTGPAREGGAVGGQDGEQAPPLPIKAPLPS----------
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CCDS95 ASTSPAPT-----------TVPEAPGPLPSLPLEPSLLSGVVQALRGRLLPSLGPPGPTR
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