FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB3356, 859 aa 1>>>pF1KB3356 859 - 859 aa - 859 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5246+/-0.00104; mu= 16.1436+/- 0.062 mean_var=144.4139+/-28.038, 0's: 0 Z-trim(109.5): 137 B-trim: 17 in 1/49 Lambda= 0.106726 statistics sampled from 10746 (10902) to 10746 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.694), E-opt: 0.2 (0.335), width: 16 Scan time: 3.750 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS6303.1 LRP12 gene_id:29967|Hs108|chr8 ( 859) 6106 952.8 0 CCDS47907.1 LRP12 gene_id:29967|Hs108|chr8 ( 840) 5806 906.6 0 CCDS12430.1 LRP3 gene_id:4037|Hs108|chr19 ( 770) 1735 279.7 1.3e-74 CCDS9578.1 LRP10 gene_id:26020|Hs108|chr14 ( 713) 926 155.1 4e-37 >>CCDS6303.1 LRP12 gene_id:29967|Hs108|chr8 (859 aa) initn: 6106 init1: 6106 opt: 6106 Z-score: 5089.5 bits: 952.8 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 6106; 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CCDS12 GVIYSPAWPLNYPPGTNCSWYIQGDRGDMITISFRNFDVEESHQCSLDWLLLGPAAPPRQ 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KB3 ESYRACGSTIPPPYISSQDHIWIRFHSDDNIS--RKGFRLAYFSGKSEEPNCACDQFRCG :..: :::.::: .::..::.:: :::: . : .::::.:. :: . .: :.::: CCDS12 EAFRLCGSAIPPAFISARDHVWIFFHSDASSSGQAQGFRLSYIRGKLGQASCQADEFRCD 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KB3 NGKCIPEAWKCNNMDECGDSSDEEICAKEANPPTAAAFQPCAYNQFQCL-SRFTKVYTCL ::::.: :.::..:::::.::: :. :. : .. : . : : .: :. :: CCDS12 NGKCLPGPWQCNTVDECGDGSDEGNCSAPASEPPGSL---CPGGTFPCSGARSTR---CL 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KB3 PESLKCDGNIDCLDLGDEIDCDVPTCGQWLKYFYGTFNSPNY--PDFYPPGSNCTWLIDT : .::: :: : .:: : .::. : :::.: ::. : .::::.:: CCDS12 PVERRCDGLQDCGDGSDEAGCPDLACGRRLGSFYGSFASPDLFGAARGPSDLHCTWLVDT 230 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 350 pF1KB3 GDHRKVILRFTDFKLDGTGYGDYVKIYDGLEENPHKLLRVLTAFDSHAPLTVVSSSGQIR : :.:.:.. ...: :: :::..:.:: : .::..:. ..: :... ...:.. CCDS12 QDSRRVLLQL-ELRL---GYDDYVQVYEGLGERGDRLLQTLSYRSNHRPVSLEAAQGRLT 290 300 310 320 330 340 360 370 380 390 400 pF1KB3 VHFCADKVNAARGFNATYQVDGFCLPWEIPCG----------GNWGCYTEQQRCDGYWHC : . : .:..:::::::: :.::::: ::: :. ::..: :::::.::: CCDS12 VAYHARARSAGHGFNATYQVKGYCLPWEQPCGSSSDSDGGSLGDQGCFSEPQRCDGWWHC 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 pF1KB3 PNGRDETNCTMCQKEEFPC-SRNGVCYPRSDRCNYQNHCPNGSDEKNCFFCQPGNFHCKN .:::: .: : ...:: . .:.:: .:::: :. ::.:.:::::: ::::.::: . 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CCDS12 PGAAPDPPAPLMDTGSTRAAGDRPPSAPGRAPEVGPSG---PPLPSGLRDPECRPVDKDR 650 660 670 680 690 700 690 700 710 720 730 740 pF1KB3 GACASSSTQSTRGGHADNGRDVTSVE-P-PSVSPARHQLTSALSRMTQGLRWVRFTLGRS .: ... . :: :. :.. : :.:: : : CCDS12 KVCREPLVDGP--APADAPREPCSAQDPHPQVSTASSTLGPHSPEPLGVCRNPPPPCSPM 710 720 730 740 750 750 760 770 780 790 800 pF1KB3 SSLSQNQSPLRQLDNGVSGREDDDDVEMLIPISDGSSDFDVNDCSRPLLDLASDQGQGLR CCDS12 LEASDDEALLVC 760 770 >>CCDS9578.1 LRP10 gene_id:26020|Hs108|chr14 (713 aa) initn: 1146 init1: 527 opt: 926 Z-score: 780.0 bits: 155.1 E(32554): 4e-37 Smith-Waterman score: 1377; 35.5% identity (55.7% similar) in 795 aa overlap (16-781:4-698) 10 20 30 40 50 60 pF1KB3 MACRWSTKESPRWRSALLLLFLAGVYGNGALAEHSENVHISGVSTACGETPEQIRAPSGI : :::.: : :::: : . . . . :: . : . .: CCDS95 MLLATLLLLLLG----GALA-HPDRIIFP--NHACEDPPAVLLEVQGT 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KB3 ITSPGWPSEYPAKINCSWFIRANPGEIITISFQDFDIQGSRRCNLDWLTIETYKNIESYR . : . . ::.:.: .. . .:: :: . . :. . ::... .. CCDS95 LQRPLVRDSRTSPANCTWLILGSKEQTVTIRFQKLHLA----CGSERLTLRS--PLQPLI 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 pF1KB3 ACGSTIPPPYISSQDHIWIRFHSDDNISR--KGFRLAYFSGKSEEPNCACDQFRCGNGKC . . : : .. : . . .:: :.: ... : ..:.: : .: CCDS95 SLCEAPPSPLQLPGGNVTITYSYAGARAPMGQGFLLSY---SQDWLMCLQEEFQCLNHRC 100 110 120 130 140 150 180 190 200 210 220 230 pF1KB3 IPEAWKCNNMDECGDSSDEEICAKEANPPTAAAFQPCAYNQFQCLSRFTKVYTCLPESLK . . .:...: :::.::: :... : .. : . :: CCDS95 VSAVQRCDGVDACGDGSDEAGCSSDPFP----GLTP-------------RPVPSLP---- 160 170 180 190 240 250 260 270 280 290 pF1KB3 CDGNIDCLDLGDEIDCDVPTCGQWLKYFYGTFNSPNYPDFYP---PGSNCTWLIDTGDHR :.: :. :::.:.::.: . : : : ::.: : : CCDS95 ---------------CNVT-----LEDFYGVFSSPGYTHLASVSHPQS-CHWLLDPHDGR 200 210 220 230 300 310 320 330 340 350 pF1KB3 KVILRFTDFKLDGTGYGDYVKIYDGL-EENPHKLLRVLTAFDSHAPLTVVSSSGQIRVHF .. .::: . : :.:: :..::: . .::: :: :.. .:: . ::: : . 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