Result of FASTA (omim) for
pF1KB3356
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3356, 859 aa
1>>>pF1KB3356 859 - 859 aa - 859 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5023+/-0.000419; mu= 16.2030+/- 0.026
mean_var=150.9341+/-30.180, 0's: 0 Z-trim(116.7): 301 B-trim: 10 in 1/51
Lambda= 0.104395
statistics sampled from 27659 (28038) to 27659 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.684), E-opt: 0.2 (0.329), width: 16
Scan time: 11.900
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_002324 (OMIM: 603159) low-density lipoprotein r ( 770) 1735 274.1 1.7e-72
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NP_054764 (OMIM: 609921) low-density lipoprotein r ( 713) 926 152.3 7.7e-36
XP_005267567 (OMIM: 609921) PREDICTED: low-density ( 721) 926 152.3 7.7e-36
NP_001316155 (OMIM: 609921) low-density lipoprotei ( 556) 900 148.2 9.8e-35
XP_011509486 (OMIM: 222448,600073) PREDICTED: low- (3892) 372 69.6 3.2e-10
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XP_011518973 (OMIM: 603507,610947,616724) PREDICTE (1462) 355 66.6 9.7e-10
NP_002327 (OMIM: 603507,610947,616724) low-density (1613) 355 66.6 1e-09
XP_006719141 (OMIM: 603507,610947,616724) PREDICTE (1613) 355 66.6 1e-09
XP_016873225 (OMIM: 133780,144750,166710,259770,60 ( 833) 347 65.1 1.5e-09
NP_001278831 (OMIM: 133780,144750,166710,259770,60 (1034) 347 65.2 1.8e-09
XP_016873224 (OMIM: 133780,144750,166710,259770,60 (1072) 347 65.2 1.8e-09
XP_016873223 (OMIM: 212780,604270,614305,616304) P (1809) 350 65.9 1.9e-09
NP_002325 (OMIM: 212780,604270,614305,616304) low- (1905) 350 66.0 1.9e-09
XP_011543333 (OMIM: 133780,144750,166710,259770,60 (1600) 347 65.4 2.4e-09
NP_002326 (OMIM: 133780,144750,166710,259770,60181 (1615) 347 65.4 2.4e-09
XP_011543332 (OMIM: 133780,144750,166710,259770,60 (1624) 347 65.4 2.4e-09
XP_005274051 (OMIM: 133780,144750,166710,259770,60 (1653) 347 65.4 2.4e-09
XP_011543331 (OMIM: 133780,144750,166710,259770,60 (1662) 347 65.4 2.4e-09
XP_016859831 (OMIM: 608766) PREDICTED: low-density (2883) 344 65.2 4.8e-09
XP_016859830 (OMIM: 608766) PREDICTED: low-density (4469) 344 65.4 6.5e-09
NP_061027 (OMIM: 608766) low-density lipoprotein r (4599) 344 65.5 6.6e-09
NP_001265515 (OMIM: 605236,614595) atrial natriure ( 734) 331 62.7 7.4e-09
NP_001265514 (OMIM: 605236,614595) atrial natriure ( 938) 328 62.3 1.2e-08
NP_006578 (OMIM: 605236,614595) atrial natriuretic (1042) 328 62.4 1.3e-08
XP_011530516 (OMIM: 606742,613087) PREDICTED: toll ( 837) 322 61.4 2.1e-08
XP_016864059 (OMIM: 606742,613087) PREDICTED: toll ( 964) 322 61.4 2.3e-08
NP_036596 (OMIM: 606742,613087) tolloid-like prote (1013) 322 61.4 2.4e-08
NP_002323 (OMIM: 107770) prolow-density lipoprotei (4544) 330 63.3 2.8e-08
XP_016874792 (OMIM: 107770) PREDICTED: prolow-dens (4561) 330 63.3 2.8e-08
NP_036597 (OMIM: 606743) tolloid-like protein 2 pr (1015) 309 59.5 9.2e-08
NP_113621 (OMIM: 606227,609549,611040) membrane fr ( 579) 302 58.2 1.3e-07
NP_006120 (OMIM: 112264,614856) bone morphogenetic ( 986) 291 56.8 5.9e-07
XP_011509485 (OMIM: 222448,600073) PREDICTED: low- (4612) 276 55.2 8e-06
NP_004516 (OMIM: 222448,600073) low-density lipopr (4655) 276 55.2 8.1e-06
NP_001190 (OMIM: 112264,614856) bone morphogenetic ( 730) 257 51.5 1.7e-05
NP_005520 (OMIM: 142461,224410,255800) basement me (4391) 268 54.0 1.8e-05
NP_001278789 (OMIM: 142461,224410,255800) basement (4392) 268 54.0 1.8e-05
XP_016856611 (OMIM: 142461,224410,255800) PREDICTE (4438) 268 54.0 1.8e-05
XP_016856610 (OMIM: 142461,224410,255800) PREDICTE (4439) 268 54.0 1.8e-05
XP_016856609 (OMIM: 142461,224410,255800) PREDICTE (4456) 268 54.0 1.8e-05
XP_011539620 (OMIM: 142461,224410,255800) PREDICTE (4574) 268 54.0 1.8e-05
NP_001182732 (OMIM: 143890,606945) low-density lip ( 682) 250 50.4 3.3e-05
XP_011528291 (OMIM: 206200,609862) PREDICTED: tran ( 680) 244 49.5 6.2e-05
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NP_705837 (OMIM: 206200,609862) transmembrane prot ( 811) 244 49.6 7e-05
NP_001275929 (OMIM: 206200,609862) transmembrane p ( 824) 244 49.6 7.1e-05
XP_011541269 (OMIM: 104300,602005) PREDICTED: sort (1158) 246 50.1 7.2e-05
XP_016868501 (OMIM: 608399) PREDICTED: CUB and sus (3463) 253 51.6 7.3e-05
>>NP_002324 (OMIM: 603159) low-density lipoprotein recep (770 aa)
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Smith-Waterman score: 2157; 44.4% identity (66.6% similar) in 748 aa overlap (10-726:12-737)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MACRWSTKESPRWRSALLLLFLAGVYGNGALAEHSENVHISGVSTACGETPEQIRAPS
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10 20 30 40 50
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pF1KB3 GIITSPGWPSEYPAKINCSWFIRANPGEIITISFQDFDIQGSRRCNLDWLTI--ETYKNI
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NP_002 GVIYSPAWPLNYPPGTNCSWYIQGDRGDMITISFRNFDVEESHQCSLDWLLLGPAAPPRQ
60 70 80 90 100 110
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pF1KB3 ESYRACGSTIPPPYISSQDHIWIRFHSDDNIS--RKGFRLAYFSGKSEEPNCACDQFRCG
:..: :::.::: .::..::.:: :::: . : .::::.:. :: . .: :.:::
NP_002 EAFRLCGSAIPPAFISARDHVWIFFHSDASSSGQAQGFRLSYIRGKLGQASCQADEFRCD
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 NGKCIPEAWKCNNMDECGDSSDEEICAKEANPPTAAAFQPCAYNQFQCL-SRFTKVYTCL
::::.: :.::..:::::.::: :. :. : .. : . : : .: :. ::
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pF1KB3 PESLKCDGNIDCLDLGDEIDCDVPTCGQWLKYFYGTFNSPNY--PDFYPPGSNCTWLIDT
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pF1KB3 GDHRKVILRFTDFKLDGTGYGDYVKIYDGLEENPHKLLRVLTAFDSHAPLTVVSSSGQIR
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: . : .:..:::::::: :.::::: ::: :. ::..: :::::.:::
NP_002 VAYHARARSAGHGFNATYQVKGYCLPWEQPCGSSSDSDGGSLGDQGCFSEPQRCDGWWHC
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pF1KB3 PNGRDETNCTMCQKEEFPC-SRNGVCYPRSDRCNYQNHCPNGSDEKNCFFCQPGNFHCKN
.:::: .: : ...:: . .:.:: .:::: :. ::.:.:::::: ::::.::: .
NP_002 ASGRDEQGCPACPPDQYPCEGGSGLCYTPADRCNNQKSCPDGADEKNCFSCQPGTFHCGT
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pF1KB3 NRCVFESWVCDSQDDCGDGSDEENCPVIVPTRVITAAVIGSLICGLLLVIALGCTCKLYS
: :.::.: ::.:.:: :::::..: . :: .:::::.::::.:::::::::::. ::::
NP_002 NLCIFETWRCDGQEDCQDGSDEHGCLAAVPRKVITAALIGSLVCGLLLVIALGCAFKLYS
470 480 490 500 510 520
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pF1KB3 LRMFERRSFETQLSRVEAELLRREAPPSYGQLIAQGLIPPVEDFPVCSPNQASVLENLRL
:: : :.::::..:.:::..::::::::::::::::::::::::: : .:::::.:::
NP_002 LRTQEYRAFETQMTRLEAEFVRREAPPSYGQLIAQGLIPPVEDFPVYSASQASVLQNLRT
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pF1KB3 AVRSQLG-FTSVRLPMAGRSSNIWNRIFNFARSRHSGSLALVSAD-------GDEVV-PS
:.: :. .: : : : . .:::.:. :. :.. :..: :: . :.
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640 650 660 670 680
pF1KB3 QSTSREPERNHTHRSLFSVESDDTDTENERRDMAGASGGVAAPLPQKV--PPTTAVEATV
... .: . . .: . : .: :: :::. . : :.
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pF1KB3 GACASSSTQSTRGGHADNGRDVTSVE-P-PSVSPARHQLTSALSRMTQGLRWVRFTLGRS
.: ... . :: :. :.. : :.:: : :
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>>XP_005259002 (OMIM: 603159) PREDICTED: low-density lip (785 aa)
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10 20 30 40 50
pF1KB3 MACRWSTKESPRWRSALLLLFLAGVYGNGALAEHSENVHISGVSTACGETPEQIRAPS
.: :. : .. :.... .: :. . .::. ::
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pF1KB3 GIITSPGWPSEYPAKINCSWFIRANPGEIITISFQDFDIQGSRRCNLDWLTI--ETYKNI
:.: ::.:: .:: ::::.:... :..:::::..::.. :..:.:::: . .
XP_005 GVIYSPAWPLNYPPGTNCSWYIQGDRGDMITISFRNFDVEESHQCSLDWLLLGPAAPPRQ
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pF1KB3 ESYRACGSTIPPPYISSQDHIWIRFHSDDNIS--RKGFRLAYFSGKSEEPNCACDQFRCG
:..: :::.::: .::..::.:: :::: . : .::::.:. :: . .: :.:::
XP_005 EAFRLCGSAIPPAFISARDHVWIFFHSDASSSGQAQGFRLSYIRGKLGQASCQADEFRCD
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 NGKCIPEAWKCNNMDECGDSSDEEICAKEANPPTAAAFQPCAYNQFQCL-SRFTKVYTCL
::::.: :.::..:::::.::: :. :. : .. : . : : .: :. ::
XP_005 NGKCLPGPWQCNTVDECGDGSDEGNCSAPASEPPGSL---CPGGTFPCSGARSTR---CL
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pF1KB3 PESLKCDGNIDCLDLGDEIDCDVPTCGQWLKYFYGTFNSPNY--PDFYPPGSNCTWLIDT
: .::: :: : .:: : .::. : :::.: ::. : .::::.::
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pF1KB3 GDHRKVILRFTDFKLDGTGYGDYVKIYDGLEENPHKLLRVLTAFDSHAPLTVVSSSGQIR
: :.:.:.. ...: :: :::..:.:: : .::..:. ..: :... ...:..
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pF1KB3 VHFCADKVNAARGFNATYQVDGFCLPWEIPCG----------GNWGCYTEQQRCDGYWHC
: . : .:..:::::::: :.::::: ::: :. ::..: :::::.:::
XP_005 VAYHARARSAGHGFNATYQVKGYCLPWEQPCGSSSDSDGGSLGDQGCFSEPQRCDGWWHC
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pF1KB3 PNGRDETNCTMCQKEEFPC-SRNGVCYPRSDRCNYQNHCPNGSDEKNCFFCQPGNFHCKN
.:::: .: : ...:: . .:.:: .:::: :. ::.:.:::::: ::::.::: .
XP_005 ASGRDEQGCPACPPDQYPCEGGSGLCYTPADRCNNQKSCPDGADEKNCFSCQPGTFHCGT
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pF1KB3 NRCVFESWVCDSQDDCGDGSDEENCPVIVPTRVITAAVIGSLICGLLLVIALGCTCKLYS
: :.::.: ::.:.:: :::::..: . :: .:::::.::::.:::::::::::. ::::
XP_005 NLCIFETWRCDGQEDCQDGSDEHGCLAAVPRKVITAALIGSLVCGLLLVIALGCAFKLYS
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pF1KB3 LRMFERRS---------------FETQLSRVEAELLRREAPPSYGQLIAQGLIPPVEDFP
:: : :: ::::..:.:::..::::::::::::::::::::::::
XP_005 LRTQEYRSRAAQSCRPPPTASRAFETQMTRLEAEFVRREAPPSYGQLIAQGLIPPVEDFP
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pF1KB3 VCSPNQASVLENLRLAVRSQLG-FTSVRLPMAGRSSNIWNRIFNFARSRHSGSLALVSAD
: : .:::::.::: :.: :. .: : : : . .:::.:. :. :.. :..:
XP_005 VYSASQASVLQNLRTAMRRQMRRHASRRGPSRRRLGRLWNRLFHRPRA-PRGQIPLLTAA
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pF1KB3 -------GDEVV-PSQSTSREPERNHTHRSLFSVESDDTDTENERRDMAGASGGVAAPLP
:: . :. ... .: . . .: . : .: :: :::
XP_005 RPSQTVLGDGFLQPAPGAAPDPPAPLMDTGSTRAAGDRPPSAPGRAPEVGPSG---PPLP
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pF1KB3 QKV--PPTTAVEATVGACASSSTQSTRGGHADNGRDVTSVE-P-PSVSPARHQLTSALSR
. . : :. .: ... . :: :. :.. : :.:: : :
XP_005 SGLRDPECRPVDKDRKVCREPLVDGP--APADAPREPCSAQDPHPQVSTASSTLGPHSPE
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pF1KB3 MTQGLRWVRFTLGRSSSLSQNQSPLRQLDNGVSGREDDDDVEMLIPISDGSSDFDVNDCS
XP_005 PLGVCRNPPPPCSPMLEASDDEALLVC
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>>NP_054764 (OMIM: 609921) low-density lipoprotein recep (713 aa)
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Smith-Waterman score: 1377; 35.5% identity (55.7% similar) in 795 aa overlap (16-781:4-698)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MACRWSTKESPRWRSALLLLFLAGVYGNGALAEHSENVHISGVSTACGETPEQIRAPSGI
: :::.: : :::: : . . . . :: . : . .:
NP_054 MLLATLLLLLLG----GALA-HPDRIIFP--NHACEDPPAVLLEVQGT
10 20 30 40
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pF1KB3 ITSPGWPSEYPAKINCSWFIRANPGEIITISFQDFDIQGSRRCNLDWLTIETYKNIESYR
. : . . ::.:.: .. . .:: :: . . :. . ::... ..
NP_054 LQRPLVRDSRTSPANCTWLILGSKEQTVTIRFQKLHLA----CGSERLTLRS--PLQPLI
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pF1KB3 ACGSTIPPPYISSQDHIWIRFHSDDNISR--KGFRLAYFSGKSEEPNCACDQFRCGNGKC
. . : : .. : . . .:: :.: ... : ..:.: : .:
NP_054 SLCEAPPSPLQLPGGNVTITYSYAGARAPMGQGFLLSY---SQDWLMCLQEEFQCLNHRC
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180 190 200 210 220 230
pF1KB3 IPEAWKCNNMDECGDSSDEEICAKEANPPTAAAFQPCAYNQFQCLSRFTKVYTCLPESLK
. . .:...: :::.::: :... : .. : . ::
NP_054 VSAVQRCDGVDACGDGSDEAGCSSDPFP----GLTP-------------RPVPSLP----
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:.: :. :::.:.::.: . : : : ::.: : :
NP_054 ---------------CNVT-----LEDFYGVFSSPGYTHLASVSHPQS-CHWLLDPHDGR
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pF1KB3 KVILRFTDFKLDGTGYGDYVKIYDGL-EENPHKLLRVLTAFDSHAPLTVVSSSGQIRVHF
.. .::: . : :.:: :..::: . .::: :: :.. .:: . ::: : .
NP_054 RLAVRFTALDL---GFGDAVHVYDGPGPPESSRLLRSLTHFSNGKAVTVETLSGQAVVSY
240 250 260 270 280
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. . .:::::::.: :.::::. ::: . : ::.: ::::: : : .:
NP_054 HTVAWSNGRGFNATYHVRGYCLPWDRPCGLGSGLGAGEGLGERCYSEAQRCDGSWDCADG
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:: .: : .:::. :. :: .::::::. : .:.::. : ::::::.:.
NP_054 TDEEDCPGCPPGHFPCGAAGTSGATACYLPADRCNYQTFCADGADERRCRHCQPGNFRCR
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...::.:.::::.: ::.::::: .: ..: .::::::::::.::::::::::::::::
NP_054 DEKCVYETWVCDGQPDCADGSDEWDCSYVLPRKVITAAVIGSLVCGLLLVIALGCTCKLY
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..: : : . :::.:::.....:::::::::::: ::::::::. .::. ::: :::
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pF1KB3 --LAVRSQLGFTSVRLPMAGRSSN--IWNRIFNFARSRHSGSLALVSADGDEVVPSQSTS
: . : .: : : : . . :. : :. : : ... :....
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:... : .:. : : :. : : .: : ::: :.: :.
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::.: : : : :. :. : :: ..:.:: . .:: .
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. .: ..: . ::.::: .:.:...
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. . : : .. : . . .:: :.: . : : . : ..:.:
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: .:. . .:...: :::.::: :... : .. : . :
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: . . . .:::::::.: :.::::. ::: . : ::.: ::::: :
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: .: :: .: : .:::. :. :: .::::::. : .:.::. : ::::
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::.:....::.:.::::.: ::.::::: .: ..: .::::::::::.:::::::::::
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:::::..: : : . :::.:::.....:::::::::::: ::::::::. .::. ::
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.... :... : .:. : : :. : : .: : ::: :.: :.
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::.: : : : :. :. : :: ..:.:: . .::
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. . : : .. : . . .:: :.: ... : ..:.: : .:
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. . .:...: :::.::: :... : .. : . ::
NP_001 VSAVQRCDGVDACGDGSDEAGCSSDPFP----GLTP-------------RPVPSLP----
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. . .:::::::.: :.::::. ::: . : ::.: ::::: : : .:
NP_001 HTVAWSNGRGFNATYHVRGYCLPWDRPCGLGSGLGAGEGLGERCYSEAQRCDGSWDCADG
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NP_001 TDEEDCPGCPPGHFPCGAAGTSGATACYLPADRCNYQTFCADGADERRCRHCQPGNFRCR
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NP_001 DEKCVYETWVCDGQPDCADGSDEWDCSYVLPRKVITAAVIGSLVCGLLLVIALGCTCKLY
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NP_001 AIRTQEYSIF-APLSRMEAEIVQQQAPPSYGQLIAQGAIPPVEDFPTENPNDNSVLGNLR
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XP_011 PNGAECQCPHEGNWYLANNRKHCIVDNGERCGASSFTCSNGRCISEEWKCDNDNDCGDGS
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:: .:: .. ::: : : . :. : .:: :: : .::
XP_011 DEMESVCALHTCSPTA----------FTCANG-----RCVQYSYRCDYYNDCGDGSDEAG
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: :. ... . : : .: : . .:.:... : . .
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pF1KB3 DYV--KIY---------DGLEENPHKLLRVLTAFDSHAPLTVVSSSGQIRVHFCADKVN-
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XP_011 NICIPRVYLCDGDNDCGDNSDENP---TYCTTHTCSSSEFQCASGRCIPQHWYCDQETDC
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:. : . .. :: :.: : : :. : :..:
XP_011 FDASDEPASCGHSERTCLADEFKCDGGRCIPSEWICDGDNDCGDMSDEDKRHQCQNQNCS
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::: : .: ::. ::: :...:: :. :.: :.
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::. .: : . :::..:.. :: ..: :.:.::. ...::: ..:::::::: . :
XP_011 IFRCDRHNDCGDYSDERGCLYQTCQQNQFTCQNGRCISKTFVCDEDNDCGDGSDELMHLC
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pF1KB3 PVIVPTRVITAAVIGSLICGLLLVIALGCTCKLYSLRMFERRSFETQLSRVEAELLRREA
. ::
XP_011 HTPEPTCPPHEFKCDNGRCIEMMKLCNHLDDCLDNSDEKGCGINECHDPSISGCDHNCTD
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>--
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::.. . :. .. : .:: :: ::
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pF1KB3 TIETYKNIESYRACGSTIPPPYISS--QDHIWIRFHSDDNISRKGFRLAYFSGKSEEPNC
:. : . . : .: : .. .:. :. ... .: . .: :.
XP_011 ---THPNGDCSHFC---FPVPNFQRVCGCPYGMRLASN-HLTCEG------DPTNEPPTE
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pF1KB3 ACDQFR--CGNGKCIPEAWKCNNMDECGDSSDEEICAKEANPPTAAAFQPCAYNQFQCLS
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pF1KB3 RFTKVYTCLPESLKCDGNIDCLDLGDEIDCDVPTCGQWLKYFYGTFNSPNYPDFYPPGSN
:.: .:: ::.: .:: .: :: . :.:
XP_011 -------CIPAHWRCDKRNDCVDGSDEHNC--PT--------------------HAPAS-
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XP_011 -NHRCIDLSFVCDGDKDCVDGSDEVGCVLN-CTASQFKCASGDKCIGVTNRCDGVFDCSD
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410 420 430 440 450
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. ::..: ::...:: :...:.: : .:. . : ::::.: : : .
XP_011 NSDEAGCPTRPPGMCHSDEFQCQEDGICIPNFWECDGHPDCLYGSDEHNACVPKTCPSSY
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460 470 480 490 500 510
pF1KB3 FHCKNNRCVFESWVCDSQDDCGDGSDEENCPVIVPTRVITAA--VIGSLICGLLLVIALG
::: :. :. ..:.:: ..:::: :::..::. : : . .: :: : :. :
XP_011 FHCDNGNCIHRAWLCDRDNDCGDMSDEKDCPTQ-PFRCPSWQWQCLGHNICVNLSVVCDG
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XP_011 IFDCPNGTDESPLCNGNSCSDFNGGCTHECVQEPFGAKCLCPLGFLLANDSKTCEDIDEC
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>--
initn: 411 init1: 178 opt: 321 Z-score: 263.0 bits: 61.9 E(85289): 6.5e-08
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