Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3440
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3440, 258 aa
1>>>pF1KB3440 258 - 258 aa - 258 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2805+/-0.000889; mu= 15.0262+/- 0.053
mean_var=72.1925+/-14.364, 0's: 0 Z-trim(106.4): 68 B-trim: 3 in 1/50
Lambda= 0.150948
statistics sampled from 8897 (8976) to 8897 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.66), E-opt: 0.2 (0.276), width: 16
Scan time: 1.540
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4765.1 DPB1 gene_id:3115|Hs108|chr6 ( 258) 1717 383.0 1.1e-106
CCDS47409.1 DRB1 gene_id:3123|Hs108|chr6 ( 266) 1094 247.3 8e-66
CCDS59006.1 DQB1 gene_id:3119|Hs108|chr6 ( 269) 1087 245.8 2.3e-65
CCDS43451.1 DQB1 gene_id:3119|Hs108|chr6 ( 261) 1083 244.9 4.1e-65
CCDS78128.1 DQB2 gene_id:3120|Hs108|chr6 ( 264) 1057 239.2 2.1e-63
CCDS4751.1 DRB5 gene_id:3127|Hs108|chr6 ( 266) 1043 236.2 1.8e-62
CCDS4754.1 DOB gene_id:3112|Hs108|chr6 ( 273) 929 211.4 5.3e-55
CCDS56419.1 DQB2 gene_id:3120|Hs108|chr6 ( 227) 907 206.5 1.3e-53
CCDS4580.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 260) 313 77.2 1.2e-14
CCDS1342.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1 ( 341) 293 72.9 3.2e-13
CCDS4760.1 DMB gene_id:3109|Hs108|chr6 ( 263) 283 70.7 1.2e-12
CCDS4763.1 DOA gene_id:3111|Hs108|chr6 ( 250) 273 68.5 5e-12
CCDS47387.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 325) 274 68.8 5.3e-12
CCDS4578.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 348) 274 68.8 5.6e-12
CCDS4764.1 DPA1 gene_id:3113|Hs108|chr6 ( 260) 271 68.1 7e-12
CCDS5680.1 AZGP1 gene_id:563|Hs108|chr7 ( 298) 266 67.0 1.7e-11
CCDS75412.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 337) 265 66.8 2.1e-11
CCDS34373.1 A gene_id:3105|Hs108|chr6 ( 365) 258 65.3 6.6e-11
CCDS43438.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6 ( 346) 257 65.1 7.3e-11
CCDS43437.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6 ( 442) 257 65.2 8.9e-11
>>CCDS4765.1 DPB1 gene_id:3115|Hs108|chr6 (258 aa)
initn: 1717 init1: 1717 opt: 1717 Z-score: 2028.7 bits: 383.0 E(32554): 1.1e-106
Smith-Waterman score: 1717; 98.8% identity (99.2% similar) in 258 aa overlap (1-258:1-258)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MMVLQVSAAPRTVALTALLMVLLTSVVQGRATPENYLFQGRQECYAFNGTQRFLERYIYN
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CCDS47 MMVLQVSAAPRTVALTALLMVLLTSVVQGRATPENYLFQGRQECYAFNGTQRFLERYIYN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 REEFVRFDSDVGEFRAVTELGRPDEEYWNSQKDILEEKRAVPDRMCRHNYELGGPMTLQR
::::.:::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 REEFARFDSDVGEFRAVTELGRPAAEYWNSQKDILEEKRAVPDRMCRHNYELGGPMTLQR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 RVQPRVNVSPSKKGPLQHHNLLVCHVTDFYPGSIQVRWFLNGQEETAGVVSTNLIRNGDW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 RVQPRVNVSPSKKGPLQHHNLLVCHVTDFYPGSIQVRWFLNGQEETAGVVSTNLIRNGDW
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 TFQILVMLEMTPQQGDVYTCQVEHTSLDSPVTVEWKAQSDSARSKTLTGAGGFVLGLIIC
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CCDS47 TFQILVMLEMTPQQGDVYTCQVEHTSLDSPVTVEWKAQSDSARSKTLTGAGGFVLGLIIC
190 200 210 220 230 240
250
pF1KB3 GVGIFMHRRSKKVQRGSA
::::::::::::::::::
CCDS47 GVGIFMHRRSKKVQRGSA
250
>>CCDS47409.1 DRB1 gene_id:3123|Hs108|chr6 (266 aa)
initn: 1093 init1: 1005 opt: 1094 Z-score: 1295.2 bits: 247.3 E(32554): 8e-66
Smith-Waterman score: 1094; 62.8% identity (83.7% similar) in 258 aa overlap (1-256:1-258)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MMVLQVSAAPRTVALTALLMVLLTSVVQGRATPENYLFQGRQECYAFNGTQR--FLERYI
:. :.. .. .:::. :::: . .. . : .:.: ..::. ::::.: ::.::.
CCDS47 MVCLKLPGGSCMTALTVTLMVLSSPLALSGDTRPRFLWQPKRECHFFNGTERVRFLDRYF
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 YNREEFVRFDSDVGEFRAVTELGRPDEEYWNSQKDILEEKRAVPDRMCRHNYELGGPMTL
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CCDS47 YNQEESVRFDSDVGEFRAVTELGRPDAEYWNSQKDILEQARAAVDTYCRHNYGVVESFTV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 QRRVQPRVNVSPSKKGPLQHHNLLVCHVTDFYPGSIQVRWFLNGQEETAGVVSTNLIRNG
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CCDS47 QRRVQPKVTVYPSKTQPLQHHNLLVCSVSGFYPGSIEVRWFLNGQEEKAGMVSTGLIQNG
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 DWTFQILVMLEMTPQQGDVYTCQVEHTSLDSPVTVEWKAQSDSARSKTLTGAGGFVLGLI
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CCDS47 DWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRARSESAQSKMLSGVGGFVLGLL
190 200 210 220 230 240
240 250
pF1KB3 ICGVGIFMHRRSKKVQRGSA
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CCDS47 FLGAGLFIYFRNQKGHSGLQPTGFLS
250 260
>>CCDS59006.1 DQB1 gene_id:3119|Hs108|chr6 (269 aa)
initn: 1076 init1: 976 opt: 1087 Z-score: 1286.9 bits: 245.8 E(32554): 2.3e-65
Smith-Waterman score: 1087; 64.4% identity (85.0% similar) in 247 aa overlap (13-256:15-261)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MMVLQVSAAPRTVALTALLMVLLTSVV-QGRATPENYLFQGRQECYAFNGTQR--FLE
:: ..:....:.:.. .:: .::...:: . :: :::.: ..
CCDS59 MSWKKALRIPGDLRVATVTLMLAMLSSLLAEGRDSPEDFVFQFKGMCYFTNGTERVRLVT
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 RYIYNREEFVRFDSDVGEFRAVTELGRPDEEYWNSQKDILEEKRAVPDRMCRHNYELGGP
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CCDS59 RYIYNREEYARFDSDVGVYRAVTPQGRPDAEYWNSQKEVLEGTRAELDTVCRHNYEVAFR
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 MTLQRRVQPRVNVSPSKKGPLQHHNLLVCHVTDFYPGSIQVRWFLNGQEETAGVVSTNLI
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CCDS59 GILQRRVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPGQIKVRWFRNDQEETAGVVSTPLI
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 RNGDWTFQILVMLEMTPQQGDVYTCQVEHTSLDSPVTVEWKAQSDSARSKTLTGAGGFVL
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CCDS59 RNGDWTFQILVMLEMTPQRGDVYTCHVEHPSLQSPITVEWRAQSESAQSKMLSGVGGFVL
190 200 210 220 230 240
240 250
pF1KB3 GLIICGVGIFMHRRSKKVQRGSA
:::. :.:.....::.: .:
CCDS59 GLIFLGLGLIIRQRSQKGPQGPPPAGLLH
250 260
>>CCDS43451.1 DQB1 gene_id:3119|Hs108|chr6 (261 aa)
initn: 1076 init1: 976 opt: 1083 Z-score: 1282.4 bits: 244.9 E(32554): 4.1e-65
Smith-Waterman score: 1083; 65.0% identity (85.6% similar) in 243 aa overlap (13-252:15-257)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MMVLQVSAAPRTVALTALLMVLLTSVV-QGRATPENYLFQGRQECYAFNGTQR--FLE
:: ..:....:.:.. .:: .::...:: . :: :::.: ..
CCDS43 MSWKKALRIPGDLRVATVTLMLAMLSSLLAEGRDSPEDFVFQFKGMCYFTNGTERVRLVT
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 RYIYNREEFVRFDSDVGEFRAVTELGRPDEEYWNSQKDILEEKRAVPDRMCRHNYELGGP
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CCDS43 RYIYNREEYARFDSDVGVYRAVTPQGRPDAEYWNSQKEVLEGTRAELDTVCRHNYEVAFR
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 MTLQRRVQPRVNVSPSKKGPLQHHNLLVCHVTDFYPGSIQVRWFLNGQEETAGVVSTNLI
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CCDS43 GILQRRVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPGQIKVRWFRNDQEETAGVVSTPLI
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 RNGDWTFQILVMLEMTPQQGDVYTCQVEHTSLDSPVTVEWKAQSDSARSKTLTGAGGFVL
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CCDS43 RNGDWTFQILVMLEMTPQRGDVYTCHVEHPSLQSPITVEWRAQSESAQSKMLSGVGGFVL
190 200 210 220 230 240
240 250
pF1KB3 GLIICGVGIFMHRRSKKVQRGSA
:::. :.:.....::.:
CCDS43 GLIFLGLGLIIRQRSQKGLLH
250 260
>>CCDS78128.1 DQB2 gene_id:3120|Hs108|chr6 (264 aa)
initn: 836 init1: 805 opt: 1057 Z-score: 1251.7 bits: 239.2 E(32554): 2.1e-63
Smith-Waterman score: 1057; 61.5% identity (84.0% similar) in 257 aa overlap (2-256:1-256)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MMVLQVSAAPRTVALTALLMVLLTSVVQGRATPENYLFQGRQECYAFNGTQRF--LERYI
:.::. .. ..:.:..:..: : :...: :...: : . :: :::.: . :::
CCDS78 MALQIPGGFWAAAVTVMLVMLSTPVAEARDFPKDFLVQFKGMCYFTNGTERVRGVARYI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 YNREEFVRFDSDVGEFRAVTELGRPDEEYWNSQKDILEEKRAVPDRMCRHNYELGGPMTL
:::::. :::::::::.::::::: :. ::. ::.::..::. :..:::::: ::
CCDS78 YNREEYGRFDSDVGEFQAVTELGRSIED-WNNYKDFLEQERAAVDKVCRHNYEAELRTTL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 QRRVQPRVNVSPSKKGPLQHHNLLVCHVTDFYPGSIQVRWFLNGQEETAGVVSTNLIRNG
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CCDS78 QRQVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPAQIKVRWFRNDQEETAGVVSTSLIRNG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 DWTFQILVMLEMTPQQGDVYTCQVEHTSLDSPVTVEWKAQSDSARSKTLTGAGGFVLGLI
:::::::::::.:::.::.::::::: ::.::.::::.:::.::.:: :.: ::::::::
CCDS78 DWTFQILVMLEITPQRGDIYTCQVEHPSLQSPITVEWRAQSESAQSKMLSGIGGFVLGLI
180 190 200 210 220 230
240 250
pF1KB3 ICGVGIFMHRRSKKVQRGSA
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CCDS78 FLGLGLIIRHRGQKGPRGPPPAGLLH
240 250 260
>>CCDS4751.1 DRB5 gene_id:3127|Hs108|chr6 (266 aa)
initn: 1058 init1: 963 opt: 1043 Z-score: 1235.2 bits: 236.2 E(32554): 1.8e-62
Smith-Waterman score: 1043; 59.7% identity (82.2% similar) in 258 aa overlap (1-256:1-258)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MMVLQVSAAPRTVALTALLMVLLTSVVQGRATPENYLFQGRQECYAFNGTQR--FLERYI
:. :.. .. . ::. :::: . .. . : .: : . ::. ::::.: ::.: :
CCDS47 MVCLKLPGGSYMAKLTVTLMVLSSPLALAGDTRPRFLQQDKYECHFFNGTERVRFLHRDI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 YNREEFVRFDSDVGEFRAVTELGRPDEEYWNSQKDILEEKRAVPDRMCRHNYELGGPMTL
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CCDS47 YNQEEDLRFDSDVGEYRAVTELGRPDAEYWNSQKDFLEDRRAAVDTYCRHNYGVGESFTV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 QRRVQPRVNVSPSKKGPLQHHNLLVCHVTDFYPGSIQVRWFLNGQEETAGVVSTNLIRNG
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CCDS47 QRRVEPKVTVYPARTQTLQHHNLLVCSVNGFYPGSIEVRWFRNSQEEKAGVVSTGLIQNG
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 DWTFQILVMLEMTPQQGDVYTCQVEHTSLDSPVTVEWKAQSDSARSKTLTGAGGFVLGLI
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CCDS47 DWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRAQSESAQSKMLSGVGGFVLGLL
190 200 210 220 230 240
240 250
pF1KB3 ICGVGIFMHRRSKKVQRGSA
. :.:.:.. ...: . :
CCDS47 FLGAGLFIYFKNQKGHSGLHPTGLVS
250 260
>>CCDS4754.1 DOB gene_id:3112|Hs108|chr6 (273 aa)
initn: 892 init1: 797 opt: 929 Z-score: 1100.9 bits: 211.4 E(32554): 5.3e-55
Smith-Waterman score: 929; 55.5% identity (80.4% similar) in 245 aa overlap (10-252:7-251)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MMVLQVSAAPRTVALTALLMVLLTSVVQGRATPENYLFQGRQECYAFNGTQR--FLERYI
: .::: . : : .:..:: .::....:.. .:: :::.. :. :.:
CCDS47 MGSGWVPWVVALLVNLTRLDSSMTQGTDSPEDFVIQAKADCYFTNGTEKVQFVVRFI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 YNREEFVRFDSDVGEFRAVTELGRPDEEYWNSQKDILEEKRAVPDRMCRHNYELGGPMTL
.: ::.:::::::: : :.:.::.:: : :::. :.::..: . : .:::::.::.:.:.
CCDS47 FNLEEYVRFDSDVGMFVALTKLGQPDAEQWNSRLDLLERSRQAVDGVCRHNYRLGAPFTV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 QRRVQPRVNVSPSKKGPLQHHNLLVCHVTDFYPGSIQVRWFLNGQEETAGVVSTNLIRNG
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CCDS47 GRKVQPEVTVYPERTPLLHQHNLLHCSVTGFYPGDIKIKWFLNGQEERAGVMSTGPIRNG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 DWTFQILVMLEMTPQQGDVYTCQVEHTSLDSPVTVEWKAQSDSARSKTLTGAGGFVLGLI
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CCDS47 DWTFQTVVMLEMTPELGHVYTCLVDHSSLLSPVSVEWRAQSEYSWRKMLSGIAAFLLGLI
180 190 200 210 220 230
240 250
pF1KB3 ICGVGIFMHRRSKKVQRGSA
. ::: .. :..:
CCDS47 FLLVGIVIQLRAQKGYVRTQMSGNEVSRAVLLPQSC
240 250 260 270
>>CCDS56419.1 DQB2 gene_id:3120|Hs108|chr6 (227 aa)
initn: 869 init1: 652 opt: 907 Z-score: 1076.1 bits: 206.5 E(32554): 1.3e-53
Smith-Waterman score: 907; 62.2% identity (83.4% similar) in 217 aa overlap (2-216:1-216)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MMVLQVSAAPRTVALTALLMVLLTSVVQGRATPENYLFQGRQECYAFNGTQRF--LERYI
:.::. .. ..:.:..:..: : :...: :...: : . :: :::.: . :::
CCDS56 MALQIPGGFWAAAVTVMLVMLSTPVAEARDFPKDFLVQFKGMCYFTNGTERVRGVARYI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 YNREEFVRFDSDVGEFRAVTELGRPDEEYWNSQKDILEEKRAVPDRMCRHNYELGGPMTL
:::::. :::::::::.::::::: :. ::. ::.::..::. :..:::::: ::
CCDS56 YNREEYGRFDSDVGEFQAVTELGRSIED-WNNYKDFLEQERAAVDKVCRHNYEAELRTTL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 QRRVQPRVNVSPSKKGPLQHHNLLVCHVTDFYPGSIQVRWFLNGQEETAGVVSTNLIRNG
::.:.: :..:::. :.::::::: ::::::..:.:::: : ::::::::::.:::::
CCDS56 QRQVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPAQIKVRWFRNDQEETAGVVSTSLIRNG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 DWTFQILVMLEMTPQQGDVYTCQVEHTSLDSPVTVEWKAQSDSARSKTLTGAGGFVLGLI
:::::::::::.:::.::.::::::: ::.::.::::.
CCDS56 DWTFQILVMLEITPQRGDIYTCQVEHPSLQSPITVEWRPRGPPPAGLLH
180 190 200 210 220
240 250
pF1KB3 ICGVGIFMHRRSKKVQRGSA
>>CCDS4580.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 (260 aa)
initn: 226 init1: 134 opt: 313 Z-score: 376.2 bits: 77.2 E(32554): 1.2e-14
Smith-Waterman score: 313; 28.9% identity (59.0% similar) in 256 aa overlap (10-257:3-250)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MMVLQVSAAPRTVALTALLMVLLTSVVQGRATPENYLFQGRQECYAF--NGTQRFLERYI
::. :::.: :.:.::: ... .: : :.:. . .:
CCDS45 MGPRARPALLLLMLLQTAVLQGRLL-QSHTLQVILGCEMQEDNSTEGYW-KYG
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 YNREEFVRFDSDVGEFRAVTELGRPDEEYWNSQKDILEEKRAVPDRMC----RHNYELGG
:. .. ..: :. ..::. . : . :. .: ...:: .: : .. :::
CCDS45 YDGQDHLEFCPDTLDWRAAEPRAWPTKLEWERHKIRARQNRAYLERDCPAQLQQLLELGR
60 70 80 90 100 110
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