Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3441
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3441, 340 aa
1>>>pF1KB3441 340 - 340 aa - 340 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0994+/-0.00128; mu= 6.4559+/- 0.074
mean_var=122.9278+/-25.653, 0's: 0 Z-trim(103.9): 218 B-trim: 6 in 1/48
Lambda= 0.115678
statistics sampled from 7404 (7650) to 7404 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.597), E-opt: 0.2 (0.235), width: 16
Scan time: 2.460
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS34.1 GNB1 gene_id:2782|Hs108|chr1 ( 340) 2322 399.3 2.4e-111
CCDS5703.1 GNB2 gene_id:2783|Hs108|chr7 ( 340) 2155 371.4 5.9e-103
CCDS3230.1 GNB4 gene_id:59345|Hs108|chr3 ( 340) 2152 370.9 8.4e-103
CCDS8564.1 GNB3 gene_id:2784|Hs108|chr12 ( 340) 2027 350.0 1.6e-96
CCDS73427.1 GNB3 gene_id:2784|Hs108|chr12 ( 339) 2002 345.9 2.9e-95
CCDS72685.1 GNB1 gene_id:2782|Hs108|chr1 ( 240) 1664 289.4 2.1e-78
CCDS45261.1 GNB5 gene_id:10681|Hs108|chr15 ( 353) 1271 223.9 1.6e-58
CCDS10149.1 GNB5 gene_id:10681|Hs108|chr15 ( 395) 1271 223.9 1.7e-58
CCDS2470.1 DAW1 gene_id:164781|Hs108|chr2 ( 415) 428 83.2 4e-16
CCDS6981.1 WDR5 gene_id:11091|Hs108|chr9 ( 334) 419 81.7 9.6e-16
CCDS59142.1 PRPF4 gene_id:9128|Hs108|chr9 ( 521) 417 81.5 1.7e-15
CCDS6791.1 PRPF4 gene_id:9128|Hs108|chr9 ( 522) 417 81.5 1.7e-15
CCDS3012.1 WDR5B gene_id:54554|Hs108|chr3 ( 330) 407 79.7 3.8e-15
CCDS43876.1 WDR38 gene_id:401551|Hs108|chr9 ( 314) 403 79.0 5.8e-15
CCDS75898.1 WDR38 gene_id:401551|Hs108|chr9 ( 315) 403 79.0 5.8e-15
CCDS7547.1 TAF5 gene_id:6877|Hs108|chr10 ( 800) 408 80.1 7e-15
CCDS1581.1 TAF5L gene_id:27097|Hs108|chr1 ( 589) 369 73.5 4.9e-13
CCDS34324.1 RACK1 gene_id:10399|Hs108|chr5 ( 317) 363 72.3 6e-13
CCDS76785.1 WDR61 gene_id:80349|Hs108|chr15 ( 212) 344 69.0 3.9e-12
CCDS10300.1 WDR61 gene_id:80349|Hs108|chr15 ( 305) 344 69.1 5.2e-12
CCDS55859.1 POC1B gene_id:282809|Hs108|chr12 ( 436) 343 69.1 7.8e-12
CCDS31869.1 POC1B gene_id:282809|Hs108|chr12 ( 478) 343 69.1 8.4e-12
CCDS10788.1 KATNB1 gene_id:10300|Hs108|chr16 ( 655) 335 67.8 2.8e-11
CCDS340.1 SNRNP40 gene_id:9410|Hs108|chr1 ( 357) 329 66.7 3.4e-11
CCDS47340.1 FBXW11 gene_id:23291|Hs108|chr5 ( 508) 330 66.9 4e-11
CCDS47341.1 FBXW11 gene_id:23291|Hs108|chr5 ( 529) 330 66.9 4.1e-11
CCDS34289.1 FBXW11 gene_id:23291|Hs108|chr5 ( 542) 330 67.0 4.2e-11
CCDS7511.1 BTRC gene_id:8945|Hs108|chr10 ( 569) 330 67.0 4.4e-11
CCDS73183.1 BTRC gene_id:8945|Hs108|chr10 ( 579) 330 67.0 4.4e-11
CCDS7512.1 BTRC gene_id:8945|Hs108|chr10 ( 605) 330 67.0 4.6e-11
CCDS34078.1 FBXW7 gene_id:55294|Hs108|chr4 ( 589) 329 66.8 5.1e-11
CCDS3778.1 FBXW7 gene_id:55294|Hs108|chr4 ( 627) 329 66.8 5.3e-11
CCDS3777.1 FBXW7 gene_id:55294|Hs108|chr4 ( 707) 329 66.9 5.9e-11
CCDS54592.1 POC1A gene_id:25886|Hs108|chr3 ( 359) 324 65.8 6e-11
CCDS2846.1 POC1A gene_id:25886|Hs108|chr3 ( 407) 324 65.9 6.7e-11
CCDS54591.1 POC1A gene_id:25886|Hs108|chr3 ( 369) 323 65.7 6.9e-11
>>CCDS34.1 GNB1 gene_id:2782|Hs108|chr1 (340 aa)
initn: 2322 init1: 2322 opt: 2322 Z-score: 2112.4 bits: 399.3 E(32554): 2.4e-111
Smith-Waterman score: 2322; 100.0% identity (100.0% similar) in 340 aa overlap (1-340:1-340)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MSELDQLRQEAEQLKNQIRDARKACADATLSQITNNIDPVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MSELDQLRQEAEQLKNQIRDARKACADATLSQITNNIDPVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 MHWGTDSRLLVSASQDGKLIIWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGGLDNI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MHWGTDSRLLVSASQDGKLIIWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGGLDNI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 CSIYNLKTREGNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSSGDTTCALWDIETGQQTTTF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 CSIYNLKTREGNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSSGDTTCALWDIETGQQTTTF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 TGHTGDVMSLSLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TGHTGDVMSLSLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 FATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 FATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDAL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340
pF1KB3 KADRAGVLAGHDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 KADRAGVLAGHDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWN
310 320 330 340
>>CCDS5703.1 GNB2 gene_id:2783|Hs108|chr7 (340 aa)
initn: 2155 init1: 2155 opt: 2155 Z-score: 1961.8 bits: 371.4 E(32554): 5.9e-103
Smith-Waterman score: 2155; 90.3% identity (97.1% similar) in 340 aa overlap (1-340:1-340)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MSELDQLRQEAEQLKNQIRDARKACADATLSQITNNIDPVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYA
::::.:::::::::.::::::::::.:.::.::: ..:::::::::::::::::::::::
CCDS57 MSELEQLRQEAEQLRNQIRDARKACGDSTLTQITAGLDPVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 MHWGTDSRLLVSASQDGKLIIWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGGLDNI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::
CCDS57 MHWGTDSRLLVSASQDGKLIIWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNFVACGGLDNI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 CSIYNLKTREGNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSSGDTTCALWDIETGQQTTTF
::::.:::::::::::::: :::::::::::::::::.:::::::::::::::::::. :
CCDS57 CSIYSLKTREGNVRVSRELPGHTGYLSCCRFLDDNQIITSSGDTTCALWDIETGQQTVGF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 TGHTGDVMSLSLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNA
.::.::::::::::: : ::::::::: ::::::..:::::: ::::::::. ::::: :
CCDS57 AGHSGDVMSLSLAPDGRTFVSGACDASIKLWDVRDSMCRQTFIGHESDINAVAFFPNGYA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 FATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDAL
:.:::::::::::::::::::. :::::::::::::.::.:::::::::::::::.:::.
CCDS57 FTTGSDDATCRLFDLRADQELLMYSHDNIICGITSVAFSRSGRLLLAGYDDFNCNIWDAM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340
pF1KB3 KADRAGVLAGHDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWN
:.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 KGDRAGVLAGHDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWN
310 320 330 340
>>CCDS3230.1 GNB4 gene_id:59345|Hs108|chr3 (340 aa)
initn: 2152 init1: 2152 opt: 2152 Z-score: 1959.1 bits: 370.9 E(32554): 8.4e-103
Smith-Waterman score: 2152; 90.9% identity (96.8% similar) in 340 aa overlap (1-340:1-340)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MSELDQLRQEAEQLKNQIRDARKACADATLSQITNNIDPVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYA
::::.:::::::::.:::.:::::: :::: :::.:.: :::::::::::::::::::::
CCDS32 MSELEQLRQEAEQLRNQIQDARKACNDATLVQITSNMDSVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 MHWGTDSRLLVSASQDGKLIIWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGGLDNI
:::: ::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MHWGYDSRLLVSASQDGKLIIWDSYTTNKMHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGGLDNI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 CSIYNLKTREGNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSSGDTTCALWDIETGQQTTTF
::::::::::::::::::: ::::::::::::::.::::::::::::::::::.::::::
CCDS32 CSIYNLKTREGNVRVSRELPGHTGYLSCCRFLDDSQIVTSSGDTTCALWDIETAQQTTTF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 TGHTGDVMSLSLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNA
:::.::::::::.:: : :::::::::.::::.:.:::::.:::: :::::. ::::: :
CCDS32 TGHSGDVMSLSLSPDMRTFVSGACDASSKLWDIRDGMCRQSFTGHVSDINAVSFFPNGYA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 FATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDAL
:::::::::::::::::::::. :::::::::::::.:::::::::::::::::::::.:
CCDS32 FATGSDDATCRLFDLRADQELLLYSHDNIICGITSVAFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDTL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340
pF1KB3 KADRAGVLAGHDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWN
:.::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::
CCDS32 KGDRAGVLAGHDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLRIWN
310 320 330 340
>>CCDS8564.1 GNB3 gene_id:2784|Hs108|chr12 (340 aa)
initn: 2027 init1: 2027 opt: 2027 Z-score: 1846.4 bits: 350.0 E(32554): 1.6e-96
Smith-Waterman score: 2027; 83.2% identity (96.8% similar) in 340 aa overlap (1-340:1-340)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MSELDQLRQEAEQLKNQIRDARKACADATLSQITNNIDPVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYA
:.:..::::::::::.:: ::::::::.::........ :::.:::::::::::::::::
CCDS85 MGEMEQLRQEAEQLKKQIADARKACADVTLAELVSGLEVVGRVQMRTRRTLRGHLAKIYA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 MHWGTDSRLLVSASQDGKLIIWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGGLDNI
:::.:::.::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::.::::::::.
CCDS85 MHWATDSKLLVSASQDGKLIVWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNFVACGGLDNM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 CSIYNLKTREGNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSSGDTTCALWDIETGQQTTTF
:::::::.:::::.:::::..::::::::::::::.:::::::::::::::::::: :.:
CCDS85 CSIYNLKSREGNVKVSRELSAHTGYLSCCRFLDDNNIVTSSGDTTCALWDIETGQQKTVF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 TGHTGDVMSLSLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNA
.::::: :::...:: ::.:::::::::::::::: :::::::::::::::::::::.:
CCDS85 VGHTGDCMSLAVSPDFNLFISGACDASAKLWDVREGTCRQTFTGHESDINAICFFPNGEA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 FATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDAL
. ::::::.::::::::::::. .::..::::::::.:: :::::.::::::::::::..
CCDS85 ICTGSDDASCRLFDLRADQELICFSHESIICGITSVAFSLSGRLLFAGYDDFNCNVWDSM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340
pF1KB3 KADRAGVLAGHDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWN
:..:.:.:.:::::::::::: ::::::::::::::::::
CCDS85 KSERVGILSGHDNRVSCLGVTADGMAVATGSWDSFLKIWN
310 320 330 340
>>CCDS73427.1 GNB3 gene_id:2784|Hs108|chr12 (339 aa)
initn: 1093 init1: 1061 opt: 2002 Z-score: 1823.8 bits: 345.9 E(32554): 2.9e-95
Smith-Waterman score: 2002; 82.9% identity (96.5% similar) in 340 aa overlap (1-340:1-339)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MSELDQLRQEAEQLKNQIRDARKACADATLSQITNNIDPVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYA
:.:..::::::::::.:: ::::::::.::........ :::.:::::::::::::::::
CCDS73 MGEMEQLRQEAEQLKKQIADARKACADVTLAELVSGLEVVGRVQMRTRRTLRGHLAKIYA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 MHWGTDSRLLVSASQDGKLIIWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGGLDNI
:::.:::.::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::.::::::::.
CCDS73 MHWATDSKLLVSASQDGKLIVWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNFVACGGLDNM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 CSIYNLKTREGNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSSGDTTCALWDIETGQQTTTF
:::::::.:::::.:::::..::::::::::::::.::::::::: :::::::::: :.:
CCDS73 CSIYNLKSREGNVKVSRELSAHTGYLSCCRFLDDNNIVTSSGDTT-ALWDIETGQQKTVF
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 TGHTGDVMSLSLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNA
.::::: :::...:: ::.:::::::::::::::: :::::::::::::::::::::.:
CCDS73 VGHTGDCMSLAVSPDFNLFISGACDASAKLWDVREGTCRQTFTGHESDINAICFFPNGEA
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 FATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDAL
. ::::::.::::::::::::. .::..::::::::.:: :::::.::::::::::::..
CCDS73 ICTGSDDASCRLFDLRADQELICFSHESIICGITSVAFSLSGRLLFAGYDDFNCNVWDSM
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340
pF1KB3 KADRAGVLAGHDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWN
:..:.:.:.:::::::::::: ::::::::::::::::::
CCDS73 KSERVGILSGHDNRVSCLGVTADGMAVATGSWDSFLKIWN
300 310 320 330
>>CCDS72685.1 GNB1 gene_id:2782|Hs108|chr1 (240 aa)
initn: 1664 init1: 1664 opt: 1664 Z-score: 1521.2 bits: 289.4 E(32554): 2.1e-78
Smith-Waterman score: 1664; 100.0% identity (100.0% similar) in 240 aa overlap (101-340:1-240)
80 90 100 110 120 130
pF1KB3 VSASQDGKLIIWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGGLDNICSIYNLKTRE
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 MTCAYAPSGNYVACGGLDNICSIYNLKTRE
10 20 30
140 150 160 170 180 190
pF1KB3 GNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSSGDTTCALWDIETGQQTTTFTGHTGDVMSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 GNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSSGDTTCALWDIETGQQTTTFTGHTGDVMSL
40 50 60 70 80 90
200 210 220 230 240 250
pF1KB3 SLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNAFATGSDDATC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 SLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNAFATGSDDATC
100 110 120 130 140 150
260 270 280 290 300 310
pF1KB3 RLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDALKADRAGVLAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 RLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDALKADRAGVLAG
160 170 180 190 200 210
320 330 340
pF1KB3 HDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWN
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 HDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWN
220 230 240
>>CCDS45261.1 GNB5 gene_id:10681|Hs108|chr15 (353 aa)
initn: 1333 init1: 615 opt: 1271 Z-score: 1164.3 bits: 223.9 E(32554): 1.6e-58
Smith-Waterman score: 1271; 52.8% identity (78.6% similar) in 341 aa overlap (4-339:12-352)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MSELDQLRQEAEQLKNQIRDARKACADATLSQITNNIDPVGRIQMRTRRTLR
: .:..:::.::..... : :. : :... .. .:.. :.:::::.
CCDS45 MATEGLHENETLASLKSEAESLKGKLEEERAKLHDVELHQVAERVEALGQFVMKTRRTLK
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 GHLAKIYAMHWGTDSRLLVSASQDGKLIIWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYV
:: :. : : :.: .::.:::::.:.:::.:::: ::. . .:::.::::::: .
CCDS45 GHGNKVLCMDWCKDKRRIVSSSQDGKVIVWDSFTTNKEHAVTMPCTWVMACAYAPSGCAI
70 80 90 100 110 120
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170 180 190 200 210 220
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CCDS24 EGHEGEISKISFNPQGNHLLTGSSDKTARIWDAQTGQCLQVLEGHTDEIFSCAFNYKGNI
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CCDS69 SDDKTLKIWDVSSGKCLKTLKGHSNYVFCCNFNPQSNLIVSGSFDESVRIWDVKTGKCLK
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]