Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3466
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3466, 577 aa
1>>>pF1KB3466 577 - 577 aa - 577 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 15.3481+/-0.00186; mu= -26.3058+/- 0.110
mean_var=644.7059+/-131.237, 0's: 0 Z-trim(108.7): 116 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.050512
statistics sampled from 10299 (10381) to 10299 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.627), E-opt: 0.2 (0.319), width: 16
Scan time: 3.350
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS14382.1 MSN gene_id:4478|Hs108|chrX ( 577) 3721 286.8 5e-77
CCDS8343.1 RDX gene_id:5962|Hs108|chr11 ( 583) 3117 242.8 9e-64
CCDS58174.1 RDX gene_id:5962|Hs108|chr11 ( 604) 3117 242.8 9.3e-64
CCDS5258.1 EZR gene_id:7430|Hs108|chr6 ( 586) 2484 196.7 7e-50
CCDS58172.1 RDX gene_id:5962|Hs108|chr11 ( 447) 2192 175.3 1.4e-43
CCDS13861.1 NF2 gene_id:4771|Hs108|chr22 ( 595) 1688 138.7 2e-32
CCDS13862.1 NF2 gene_id:4771|Hs108|chr22 ( 590) 1663 136.8 7.2e-32
CCDS13863.1 NF2 gene_id:4771|Hs108|chr22 ( 548) 1432 120.0 7.9e-27
CCDS13865.1 NF2 gene_id:4771|Hs108|chr22 ( 507) 1256 107.1 5.4e-23
CCDS13864.1 NF2 gene_id:4771|Hs108|chr22 ( 549) 1251 106.8 7.4e-23
CCDS58171.1 RDX gene_id:5962|Hs108|chr11 ( 257) 988 87.4 2.4e-17
>>CCDS14382.1 MSN gene_id:4478|Hs108|chrX (577 aa)
initn: 3721 init1: 3721 opt: 3721 Z-score: 1496.3 bits: 286.8 E(32554): 5e-77
Smith-Waterman score: 3721; 100.0% identity (100.0% similar) in 577 aa overlap (1-577:1-577)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MPKTISVRVTTMDAELEFAIQPNTTGKQLFDQVVKTIGLREVWFFGLQYQDTKGFSTWLK
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CCDS14 MPKTISVRVTTMDAELEFAIQPNTTGKQLFDQVVKTIGLREVWFFGLQYQDTKGFSTWLK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 LNKKVTAQDVRKESPLLFKFRAKFYPEDVSEELIQDITQRLFFLQVKEGILNDDIYCPPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LNKKVTAQDVRKESPLLFKFRAKFYPEDVSEELIQDITQRLFFLQVKEGILNDDIYCPPE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 TAVLLASYAVQSKYGDFNKEVHKSGYLAGDKLLPQRVLEQHKLNKDQWEERIQVWHEEHR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TAVLLASYAVQSKYGDFNKEVHKSGYLAGDKLLPQRVLEQHKLNKDQWEERIQVWHEEHR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 GMLREDAVLEYLKIAQDLEMYGVNYFSIKNKKGSELWLGVDALGLNIYEQNDRLTPKIGF
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CCDS14 GMLREDAVLEYLKIAQDLEMYGVNYFSIKNKKGSELWLGVDALGLNIYEQNDRLTPKIGF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 PWSEIRNISFNDKKFVIKPIDKKAPDFVFYAPRLRINKRILALCMGNHELYMRRRKPDTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 PWSEIRNISFNDKKFVIKPIDKKAPDFVFYAPRLRINKRILALCMGNHELYMRRRKPDTI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 EVQQMKAQAREEKHQKQMERAMLENEKKKREMAEKEKEKIEREKEELMERLKQIEEQTKK
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CCDS14 EVQQMKAQAREEKHQKQMERAMLENEKKKREMAEKEKEKIEREKEELMERLKQIEEQTKK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 AQQELEEQTRRALELEQERKRAQSEAEKLAKERQEAEEAKEALLQASRDQKKTQEQLALE
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CCDS14 AQQELEEQTRRALELEQERKRAQSEAEKLAKERQEAEEAKEALLQASRDQKKTQEQLALE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 MAELTARISQLEMARQKKESEAVEWQQKAQMVQEDLEKTRAELKTAMSTPHVAEPAENEQ
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CCDS14 MAELTARISQLEMARQKKESEAVEWQQKAQMVQEDLEKTRAELKTAMSTPHVAEPAENEQ
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 DEQDENGAEASADLRADAMAKDRSEEERTTEAEKNERVQKHLKALTSELANARDESKKTA
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CCDS14 DEQDENGAEASADLRADAMAKDRSEEERTTEAEKNERVQKHLKALTSELANARDESKKTA
490 500 510 520 530 540
550 560 570
pF1KB3 NDMIHAENMRLGRDKYKTLRQIRQGNTKQRIDEFESM
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 NDMIHAENMRLGRDKYKTLRQIRQGNTKQRIDEFESM
550 560 570
>>CCDS8343.1 RDX gene_id:5962|Hs108|chr11 (583 aa)
initn: 3252 init1: 2675 opt: 3117 Z-score: 1258.4 bits: 242.8 E(32554): 9e-64
Smith-Waterman score: 3117; 81.0% identity (93.5% similar) in 583 aa overlap (1-577:1-583)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MPKTISVRVTTMDAELEFAIQPNTTGKQLFDQVVKTIGLREVWFFGLQYQDTKGFSTWLK
::: :.::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::: :.::.:::::
CCDS83 MPKPINVRVTTMDAELEFAIQPNTTGKQLFDQVVKTVGLREVWFFGLQYVDSKGYSTWLK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 LNKKVTAQDVRKESPLLFKFRAKFYPEDVSEELIQDITQRLFFLQVKEGILNDDIYCPPE
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CCDS83 LNKKVTQQDVKKENPLQFKFRAKFFPEDVSEELIQEITQRLFFLQVKEAILNDEIYCPPE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 TAVLLASYAVQSKYGDFNKEVHKSGYLAGDKLLPQRVLEQHKLNKDQWEERIQVWHEEHR
:::::::::::.::::.:::.:: ::::.:.::::::::::::.:.::::::: ::::::
CCDS83 TAVLLASYAVQAKYGDYNKEIHKPGYLANDRLLPQRVLEQHKLTKEQWEERIQNWHEEHR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 GMLREDAVLEYLKIAQDLEMYGVNYFSIKNKKGSELWLGVDALGLNIYEQNDRLTPKIGF
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CCDS83 GMLREDSMMEYLKIAQDLEMYGVNYFEIKNKKGTELWLGVDALGLNIYEHDDKLTPKIGF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 PWSEIRNISFNDKKFVIKPIDKKAPDFVFYAPRLRINKRILALCMGNHELYMRRRKPDTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 PWSEIRNISFNDKKFVIKPIDKKAPDFVFYAPRLRINKRILALCMGNHELYMRRRKPDTI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 EVQQMKAQAREEKHQKQMERAMLENEKKKREMAEKEKEKIEREKEELMERLKQIEEQTKK
:::::::::::::::::.:::.:::::::::.::::::.::::::::::::::::::: :
CCDS83 EVQQMKAQAREEKHQKQLERAQLENEKKKREIAEKEKERIEREKEELMERLKQIEEQTIK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 AQQELEEQTRRALELEQERKRAQSEAEKLAKERQEAEEAKEALLQASRDQKKTQEQLALE
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CCDS83 AQKELEEQTRKALELDQERKRAKEEAERLEKERRAAEEAKSAIAKQAADQMKNQEQLAAE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KB3 MAELTARISQLEMARQKKESEAVEWQQKAQMVQEDLEKTRAELKTAMSTPH------VAE
.::.::.:. :: :..::: ::.:::.:: .:::::::. ::::.::.: :
CCDS83 LAEFTAKIALLEEAKKKKEEEATEWQHKAFAAQEDLEKTKEELKTVMSAPPPPPPPPVIP
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 PAENEQDEQDENGAEASADLRADAMAKDRSEEERTTEAEKNERVQKHLKALTSELANARD
:.:::.::.:::.:::::.: ... . ::::::.::..:::::.:.:.::.::::.:::
CCDS83 PTENEHDEHDENNAEASAELSNEGVMNHRSEEERVTETQKNERVKKQLQALSSELAQARD
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570
pF1KB3 ESKKTANDMIHAENMRLGRDKYKTLRQIRQGNTKQRIDEFESM
:.::: ::..::::.. ::::::::::::::::::::::::.:
CCDS83 ETKKTQNDVLHAENVKAGRDKYKTLRQIRQGNTKQRIDEFEAM
550 560 570 580
>>CCDS58174.1 RDX gene_id:5962|Hs108|chr11 (604 aa)
initn: 3252 init1: 2675 opt: 3117 Z-score: 1258.2 bits: 242.8 E(32554): 9.3e-64
Smith-Waterman score: 3117; 81.0% identity (93.5% similar) in 583 aa overlap (1-577:1-583)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MPKTISVRVTTMDAELEFAIQPNTTGKQLFDQVVKTIGLREVWFFGLQYQDTKGFSTWLK
::: :.::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::: :.::.:::::
CCDS58 MPKPINVRVTTMDAELEFAIQPNTTGKQLFDQVVKTVGLREVWFFGLQYVDSKGYSTWLK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 LNKKVTAQDVRKESPLLFKFRAKFYPEDVSEELIQDITQRLFFLQVKEGILNDDIYCPPE
:::::: :::.::.:: :::::::.::::::::::.::::::::::::.::::.::::::
CCDS58 LNKKVTQQDVKKENPLQFKFRAKFFPEDVSEELIQEITQRLFFLQVKEAILNDEIYCPPE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 TAVLLASYAVQSKYGDFNKEVHKSGYLAGDKLLPQRVLEQHKLNKDQWEERIQVWHEEHR
:::::::::::.::::.:::.:: ::::.:.::::::::::::.:.::::::: ::::::
CCDS58 TAVLLASYAVQAKYGDYNKEIHKPGYLANDRLLPQRVLEQHKLTKEQWEERIQNWHEEHR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 GMLREDAVLEYLKIAQDLEMYGVNYFSIKNKKGSELWLGVDALGLNIYEQNDRLTPKIGF
::::::...::::::::::::::::: ::::::.:::::::::::::::..:.:::::::
CCDS58 GMLREDSMMEYLKIAQDLEMYGVNYFEIKNKKGTELWLGVDALGLNIYEHDDKLTPKIGF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 PWSEIRNISFNDKKFVIKPIDKKAPDFVFYAPRLRINKRILALCMGNHELYMRRRKPDTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 PWSEIRNISFNDKKFVIKPIDKKAPDFVFYAPRLRINKRILALCMGNHELYMRRRKPDTI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 EVQQMKAQAREEKHQKQMERAMLENEKKKREMAEKEKEKIEREKEELMERLKQIEEQTKK
:::::::::::::::::.:::.:::::::::.::::::.::::::::::::::::::: :
CCDS58 EVQQMKAQAREEKHQKQLERAQLENEKKKREIAEKEKERIEREKEELMERLKQIEEQTIK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 AQQELEEQTRRALELEQERKRAQSEAEKLAKERQEAEEAKEALLQASRDQKKTQEQLALE
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CCDS58 AQKELEEQTRKALELDQERKRAKEEAERLEKERRAAEEAKSAIAKQAADQMKNQEQLAAE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KB3 MAELTARISQLEMARQKKESEAVEWQQKAQMVQEDLEKTRAELKTAMSTPH------VAE
.::.::.:. :: :..::: ::.:::.:: .:::::::. ::::.::.: :
CCDS58 LAEFTAKIALLEEAKKKKEEEATEWQHKAFAAQEDLEKTKEELKTVMSAPPPPPPPPVIP
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 PAENEQDEQDENGAEASADLRADAMAKDRSEEERTTEAEKNERVQKHLKALTSELANARD
:.:::.::.:::.:::::.: ... . ::::::.::..:::::.:.:.::.::::.:::
CCDS58 PTENEHDEHDENNAEASAELSNEGVMNHRSEEERVTETQKNERVKKQLQALSSELAQARD
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570
pF1KB3 ESKKTANDMIHAENMRLGRDKYKTLRQIRQGNTKQRIDEFESM
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CCDS58 ETKKTQNDVLHAENVKAGRDKYKTLRQIRQGNTKQRIDEFEAMWGPKLYALFQMRSCQSS
550 560 570 580 590 600
CCDS58 IKQM
>>CCDS5258.1 EZR gene_id:7430|Hs108|chr6 (586 aa)
initn: 2983 init1: 2457 opt: 2484 Z-score: 1009.0 bits: 196.7 E(32554): 7e-50
Smith-Waterman score: 2852; 73.6% identity (90.1% similar) in 587 aa overlap (1-577:1-586)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MPKTISVRVTTMDAELEFAIQPNTTGKQLFDQVVKTIGLREVWFFGLQYQDTKGFSTWLK
::: :.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::.: :.::: ::::
CCDS52 MPKPINVRVTTMDAELEFAIQPNTTGKQLFDQVVKTIGLREVWYFGLHYVDNKGFPTWLK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 LNKKVTAQDVRKESPLLFKFRAKFYPEDVSEELIQDITQRLFFLQVKEGILNDDIYCPPE
:.:::.::.::::.:: ::::::::::::.:::::::::.:::::::::::.:.::::::
CCDS52 LDKKVSAQEVRKENPLQFKFRAKFYPEDVAEELIQDITQKLFFLQVKEGILSDEIYCPPE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 TAVLLASYAVQSKYGDFNKEVHKSGYLAGDKLLPQRVLEQHKLNKDQWEERIQVWHEEHR
:::::.:::::.:.::.::::::::::....:.::::..::::..::::.:::::: :::
CCDS52 TAVLLGSYAVQAKFGDYNKEVHKSGYLSSERLIPQRVMDQHKLTRDQWEDRIQVWHAEHR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 GMLREDAVLEYLKIAQDLEMYGVNYFSIKNKKGSELWLGVDALGLNIYEQNDRLTPKIGF
:::...:.::::::::::::::.::: ::::::..::::::::::::::..:.:::::::
CCDS52 GMLKDNAMLEYLKIAQDLEMYGINYFEIKNKKGTDLWLGVDALGLNIYEKDDKLTPKIGF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 PWSEIRNISFNDKKFVIKPIDKKAPDFVFYAPRLRINKRILALCMGNHELYMRRRKPDTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::
CCDS52 PWSEIRNISFNDKKFVIKPIDKKAPDFVFYAPRLRINKRILQLCMGNHELYMRRRKPDTI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 EVQQMKAQAREEKHQKQMERAMLENEKKKREMAEKEKEKIEREKEELMERLKQIEEQTKK
:::::::::::::::::.:: .::.:::.:: .:.:::.. ::::::: ::.. ::.:::
CCDS52 EVQQMKAQAREEKHQKQLERQQLETEKKRRETVEREKEQMMREKEELMLRLQDYEEKTKK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 AQQELEEQTRRALELEQERKRAQSEAEKLAKERQEAEEAKEALLQASRDQKKTQEQLALE
:..:: :: .:::.::.:::::: :::.: .:. : .::: : . . :: :.::::: :
CCDS52 AERELSEQIQRALQLEEERKRAQEEAERLEADRMAALRAKEELERQAVDQIKSQEQLAAE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KB3 MAELTARISQLEMARQKKESEAVEWQQKAQMVQEDLEKTRAELKTAMSTPH-----VAEP
.:: ::.:. :: ::..::.:. :::..:. .:.:: ::. ::. .:..: : ::
CCDS52 LAEYTAKIALLEEARRRKEDEVEEWQHRAKEAQDDLVKTKEELHLVMTAPPPPPPPVYEP
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 AENEQDE--QDENGAEA---SADLRADAMAKDRSEEERTTEAEKNERVQKHLKALTSELA
. . .: ::: ::: ::.: .... ::.::.: ::::::::::..: .:.:::.
CCDS52 VSYHVQESLQDE-GAEPTGYSAELSSEGIRDDRNEEKRITEAEKNERVQRQLLTLSSELS
490 500 510 520 530
540 550 560 570
pF1KB3 NARDESKKTANDMIHAENMRLGRDKYKTLRQIRQGNTKQRIDEFESM
.::::.:.: ::.:: :::: ::::::::::::::::::::::::..
CCDS52 QARDENKRTHNDIIHNENMRQGRDKYKTLRQIRQGNTKQRIDEFEAL
540 550 560 570 580
>>CCDS58172.1 RDX gene_id:5962|Hs108|chr11 (447 aa)
initn: 2327 init1: 1750 opt: 2192 Z-score: 895.7 bits: 175.3 E(32554): 1.4e-43
Smith-Waterman score: 2192; 78.7% identity (92.3% similar) in 427 aa overlap (157-577:21-447)
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 SYAVQSKYGDFNKEVHKSGYLAGDKLLPQRVLEQHKLNKDQWEERIQVWHEEHRGMLRED
:::::::.:.::::::: ::::::::::::
CCDS58 MLSWNLPFSPIQLANNFLTSVLEQHKLTKEQWEERIQNWHEEHRGMLRED
10 20 30 40 50
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 AVLEYLKIAQDLEMYGVNYFSIKNKKGSELWLGVDALGLNIYEQNDRLTPKIGFPWSEIR
...::::::::::::::::: ::::::.:::::::::::::::..:.:::::::::::::
CCDS58 SMMEYLKIAQDLEMYGVNYFEIKNKKGTELWLGVDALGLNIYEHDDKLTPKIGFPWSEIR
60 70 80 90 100 110
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 NISFNDKKFVIKPIDKKAPDFVFYAPRLRINKRILALCMGNHELYMRRRKPDTIEVQQMK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 NISFNDKKFVIKPIDKKAPDFVFYAPRLRINKRILALCMGNHELYMRRRKPDTIEVQQMK
120 130 140 150 160 170
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 AQAREEKHQKQMERAMLENEKKKREMAEKEKEKIEREKEELMERLKQIEEQTKKAQQELE
:::::::::::.:::.:::::::::.::::::.::::::::::::::::::: :::.:::
CCDS58 AQAREEKHQKQLERAQLENEKKKREIAEKEKERIEREKEELMERLKQIEEQTIKAQKELE
180 190 200 210 220 230
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 EQTRRALELEQERKRAQSEAEKLAKERQEAEEAKEALLQASRDQKKTQEQLALEMAELTA
::::.::::.::::::. :::.: :::. ::::: :. . . :: :.::::: :.::.::
CCDS58 EQTRKALELDQERKRAKEEAERLEKERRAAEEAKSAIAKQAADQMKNQEQLAAELAEFTA
240 250 260 270 280 290
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 RISQLEMARQKKESEAVEWQQKAQMVQEDLEKTRAELKTAMSTPH------VAEPAENEQ
.:. :: :..::: ::.:::.:: .:::::::. ::::.::.: : :.:::.
CCDS58 KIALLEEAKKKKEEEATEWQHKAFAAQEDLEKTKEELKTVMSAPPPPPPPPVIPPTENEH
300 310 320 330 340 350
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 DEQDENGAEASADLRADAMAKDRSEEERTTEAEKNERVQKHLKALTSELANARDESKKTA
::.:::.:::::.: ... . ::::::.::..:::::.:.:.::.::::.::::.:::
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CCDS13 FEEL
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CCDS13 CIGNHDLFMRRRKADSLEVQQMKAQAREEKARKQMERQRLAREKQMREEAERTRDELER-
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pF1KB3 LRQIR-QGNTKQRIDEFESM
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CCDS13 CIGNHDLFMRRRKADSLEVQQMKAQAREEKARKQMERQRLAREKQMREEAERTRDELER-
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CCDS13 GLHIYDPENRLTPKISFPWNEIRNISYSDKEFTIKPLDKKIDVFKFNSSKLRVNKLILQL
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pF1KB3 CMGNHELYMRRRKPDTIEVQQMKAQAREEKHQKQMERAMLENEKKKREMAEKEKEKIERE
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CCDS13 KATAIRTEEEKRLMEQKVLEAEVLALKMAE-ESERRAKEADQLKQDLQEAREAERRAKQK
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CCDS13 SKHLQEQLNELKTEIEALKLKERETALDILHNENSDRGGSSKHNTIKKPQAQGRRPICI
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pF1KB3 EFESM
577 residues in 1 query sequences
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