Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3471
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3471, 534 aa
1>>>pF1KB3471 534 - 534 aa - 534 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4773+/-0.00098; mu= 18.5655+/- 0.059
mean_var=86.2232+/-17.234, 0's: 0 Z-trim(106.2): 32 B-trim: 49 in 1/51
Lambda= 0.138122
statistics sampled from 8835 (8864) to 8835 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.635), E-opt: 0.2 (0.272), width: 16
Scan time: 3.360
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8084.1 EHD1 gene_id:10938|Hs108|chr11 ( 534) 3552 718.1 6.4e-207
CCDS73315.1 EHD1 gene_id:10938|Hs108|chr11 ( 548) 3552 718.1 6.5e-207
CCDS1774.1 EHD3 gene_id:30845|Hs108|chr2 ( 535) 3188 645.5 4.4e-185
CCDS10081.1 EHD4 gene_id:30844|Hs108|chr15 ( 541) 2759 560.1 2.4e-159
CCDS12704.1 EHD2 gene_id:30846|Hs108|chr19 ( 543) 2608 530.0 2.7e-150
CCDS81943.1 SRL gene_id:6345|Hs108|chr16 ( 431) 765 162.6 8.2e-40
CCDS42113.1 SRL gene_id:6345|Hs108|chr16 ( 473) 765 162.7 8.8e-40
CCDS557.1 EPS15 gene_id:2060|Hs108|chr1 ( 896) 344 79.0 2.6e-14
CCDS59363.1 EPS15L1 gene_id:58513|Hs108|chr19 ( 601) 326 75.3 2.3e-13
CCDS58653.1 EPS15L1 gene_id:58513|Hs108|chr19 ( 754) 326 75.4 2.7e-13
CCDS32944.1 EPS15L1 gene_id:58513|Hs108|chr19 ( 864) 326 75.4 3e-13
CCDS58654.1 EPS15L1 gene_id:58513|Hs108|chr19 ( 910) 326 75.4 3.1e-13
>>CCDS8084.1 EHD1 gene_id:10938|Hs108|chr11 (534 aa)
initn: 3552 init1: 3552 opt: 3552 Z-score: 3828.4 bits: 718.1 E(32554): 6.4e-207
Smith-Waterman score: 3552; 100.0% identity (100.0% similar) in 534 aa overlap (1-534:1-534)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MFSWVSKDARRKKEPELFQTVAEGLRQLYAQKLLPLEEHYRFHEFHSPALEDADFDNKPM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 MFSWVSKDARRKKEPELFQTVAEGLRQLYAQKLLPLEEHYRFHEFHSPALEDADFDNKPM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 VLLVGQYSTGKTTFIRHLIEQDFPGMRIGPEPTTDSFIAVMHGPTEGVVPGNALVVDPRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 VLLVGQYSTGKTTFIRHLIEQDFPGMRIGPEPTTDSFIAVMHGPTEGVVPGNALVVDPRR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 PFRKLNAFGNAFLNRFMCAQLPNPVLDSISIIDTPGILSGEKQRISRGYDFAAVLEWFAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 PFRKLNAFGNAFLNRFMCAQLPNPVLDSISIIDTPGILSGEKQRISRGYDFAAVLEWFAE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 RVDRIILLFDAHKLDISDEFSEVIKALKNHEDKIRVVLNKADQIETQQLMRVYGALMWSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 RVDRIILLFDAHKLDISDEFSEVIKALKNHEDKIRVVLNKADQIETQQLMRVYGALMWSL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 GKIINTPEVVRVYIGSFWSHPLLIPDNRKLFEAEEQDLFKDIQSLPRNAALRKLNDLIKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 GKIINTPEVVRVYIGSFWSHPLLIPDNRKLFEAEEQDLFKDIQSLPRNAALRKLNDLIKR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 ARLAKVHAYIISSLKKEMPNVFGKESKKKELVNNLGEIYQKIEREHQISPGDFPSLRKMQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 ARLAKVHAYIISSLKKEMPNVFGKESKKKELVNNLGEIYQKIEREHQISPGDFPSLRKMQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 ELLQTQDFSKFQALKPKLLDTVDDMLANDIARLMVMVRQEESLMPSQVVKGGAFDGTMNG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 ELLQTQDFSKFQALKPKLLDTVDDMLANDIARLMVMVRQEESLMPSQVVKGGAFDGTMNG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 PFGHGYGEGAGEGIDDVEWVVGKDKPTYDEIFYTLSPVNGKITGANAKKEMVKSKLPNTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 PFGHGYGEGAGEGIDDVEWVVGKDKPTYDEIFYTLSPVNGKITGANAKKEMVKSKLPNTV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530
pF1KB3 LGKIWKLADVDKDGLLDDEEFALANHLIKVKLEGHELPADLPPHLVPPSKRRHE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 LGKIWKLADVDKDGLLDDEEFALANHLIKVKLEGHELPADLPPHLVPPSKRRHE
490 500 510 520 530
>>CCDS73315.1 EHD1 gene_id:10938|Hs108|chr11 (548 aa)
initn: 3552 init1: 3552 opt: 3552 Z-score: 3828.2 bits: 718.1 E(32554): 6.5e-207
Smith-Waterman score: 3552; 100.0% identity (100.0% similar) in 534 aa overlap (1-534:15-548)
10 20 30 40
pF1KB3 MFSWVSKDARRKKEPELFQTVAEGLRQLYAQKLLPLEEHYRFHEFH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 MEQPGTAASPVSGSMFSWVSKDARRKKEPELFQTVAEGLRQLYAQKLLPLEEHYRFHEFH
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 SPALEDADFDNKPMVLLVGQYSTGKTTFIRHLIEQDFPGMRIGPEPTTDSFIAVMHGPTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 SPALEDADFDNKPMVLLVGQYSTGKTTFIRHLIEQDFPGMRIGPEPTTDSFIAVMHGPTE
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 GVVPGNALVVDPRRPFRKLNAFGNAFLNRFMCAQLPNPVLDSISIIDTPGILSGEKQRIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 GVVPGNALVVDPRRPFRKLNAFGNAFLNRFMCAQLPNPVLDSISIIDTPGILSGEKQRIS
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 RGYDFAAVLEWFAERVDRIILLFDAHKLDISDEFSEVIKALKNHEDKIRVVLNKADQIET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 RGYDFAAVLEWFAERVDRIILLFDAHKLDISDEFSEVIKALKNHEDKIRVVLNKADQIET
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 QQLMRVYGALMWSLGKIINTPEVVRVYIGSFWSHPLLIPDNRKLFEAEEQDLFKDIQSLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 QQLMRVYGALMWSLGKIINTPEVVRVYIGSFWSHPLLIPDNRKLFEAEEQDLFKDIQSLP
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 RNAALRKLNDLIKRARLAKVHAYIISSLKKEMPNVFGKESKKKELVNNLGEIYQKIEREH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 RNAALRKLNDLIKRARLAKVHAYIISSLKKEMPNVFGKESKKKELVNNLGEIYQKIEREH
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 QISPGDFPSLRKMQELLQTQDFSKFQALKPKLLDTVDDMLANDIARLMVMVRQEESLMPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 QISPGDFPSLRKMQELLQTQDFSKFQALKPKLLDTVDDMLANDIARLMVMVRQEESLMPS
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 QVVKGGAFDGTMNGPFGHGYGEGAGEGIDDVEWVVGKDKPTYDEIFYTLSPVNGKITGAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 QVVKGGAFDGTMNGPFGHGYGEGAGEGIDDVEWVVGKDKPTYDEIFYTLSPVNGKITGAN
430 440 450 460 470 480
470 480 490 500 510 520
pF1KB3 AKKEMVKSKLPNTVLGKIWKLADVDKDGLLDDEEFALANHLIKVKLEGHELPADLPPHLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 AKKEMVKSKLPNTVLGKIWKLADVDKDGLLDDEEFALANHLIKVKLEGHELPADLPPHLV
490 500 510 520 530 540
530
pF1KB3 PPSKRRHE
::::::::
CCDS73 PPSKRRHE
>>CCDS1774.1 EHD3 gene_id:30845|Hs108|chr2 (535 aa)
initn: 3220 init1: 3188 opt: 3188 Z-score: 3436.3 bits: 645.5 E(32554): 4.4e-185
Smith-Waterman score: 3188; 87.0% identity (97.2% similar) in 532 aa overlap (1-532:1-532)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MFSWVSKDARRKKEPELFQTVAEGLRQLYAQKLLPLEEHYRFHEFHSPALEDADFDNKPM
::::.. : ::.:.::.::::.:::..:: .:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS17 MFSWLGTDDRRRKDPEVFQTVSEGLKKLYKSKLLPLEEHYRFHEFHSPALEDADFDNKPM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 VLLVGQYSTGKTTFIRHLIEQDFPGMRIGPEPTTDSFIAVMHGPTEGVVPGNALVVDPRR
::::::::::::::::.:.::::::::::::::::::::::.: ::..:::::::::..
CCDS17 VLLVGQYSTGKTTFIRYLLEQDFPGMRIGPEPTTDSFIAVMQGDMEGIIPGNALVVDPKK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 PFRKLNAFGNAFLNRFMCAQLPNPVLDSISIIDTPGILSGEKQRISRGYDFAAVLEWFAE
::::::::::::::::.:::::::::.:::.:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS17 PFRKLNAFGNAFLNRFVCAQLPNPVLESISVIDTPGILSGEKQRISRGYDFAAVLEWFAE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 RVDRIILLFDAHKLDISDEFSEVIKALKNHEDKIRVVLNKADQIETQQLMRVYGALMWSL
:::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::
CCDS17 RVDRIILLFDAHKLDISDEFSEVIKALKNHEDKMRVVLNKADQIETQQLMRVYGALMWSL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 GKIINTPEVVRVYIGSFWSHPLLIPDNRKLFEAEEQDLFKDIQSLPRNAALRKLNDLIKR
:::.:::::.:::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::
CCDS17 GKIVNTPEVIRVYIGSFWSHPLLIPDNRKLFEAEEQDLFRDIQSLPRNAALRKLNDLIKR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 ARLAKVHAYIISSLKKEMPNVFGKESKKKELVNNLGEIYQKIEREHQISPGDFPSLRKMQ
:::::::::::::::::::.::::..:::::::::.::: .:::::::::::::.:..::
CCDS17 ARLAKVHAYIISSLKKEMPSVFGKDNKKKELVNNLAEIYGRIEREHQISPGDFPNLKRMQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 ELLQTQDFSKFQALKPKLLDTVDDMLANDIARLMVMVRQEESLMPSQVVKGGAFDGTMNG
. ::.::::::: :: :::..::::::.:::.:::.:::::: : :.::::::.::..:
CCDS17 DQLQAQDFSKFQPLKSKLLEVVDDMLAHDIAQLMVLVRQEESQRPIQMVKGGAFEGTLHG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 PFGHGYGEGAGEGIDDVEWVVGKDKPTYDEIFYTLSPVNGKITGANAKKEMVKSKLPNTV
::::::::::::::::.::::..::: :::::::::::.:::::::::::::.:::::.:
CCDS17 PFGHGYGEGAGEGIDDAEWVVARDKPMYDEIFYTLSPVDGKITGANAKKEMVRSKLPNSV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530
pF1KB3 LGKIWKLADVDKDGLLDDEEFALANHLIKVKLEGHELPADLPPHLVPPSKRRHE
:::::::::.::::.:::.::::::::::::::::::: .:: ::.:::::.
CCDS17 LGKIWKLADIDKDGMLDDDEFALANHLIKVKLEGHELPNELPAHLLPPSKRKVAE
490 500 510 520 530
>>CCDS10081.1 EHD4 gene_id:30844|Hs108|chr15 (541 aa)
initn: 2795 init1: 2732 opt: 2759 Z-score: 2974.3 bits: 560.1 E(32554): 2.4e-159
Smith-Waterman score: 2759; 75.0% identity (91.6% similar) in 535 aa overlap (1-532:1-535)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MFSWVSKDA---RRKKEPELFQTVAEGLRQLYAQKLLPLEEHYRFHEFHSPALEDADFDN
::::....: .: . :::. :::.:: .:.::::: ::::::::::::::::.:
CCDS10 MFSWMGRQAGGRERAGGADAVQTVTGGLRSLYLRKVLPLEEAYRFHEFHSPALEDADFEN
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 KPMVLLVGQYSTGKTTFIRHLIEQDFPGMRIGPEPTTDSFIAVMHGPTEGVVPGNALVVD
:::.:::::::::::::::.:.::::::::::::::::::::::.: ::: .::::::::
CCDS10 KPMILLVGQYSTGKTTFIRYLLEQDFPGMRIGPEPTTDSFIAVMYGETEGSTPGNALVVD
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 PRRPFRKLNAFGNAFLNRFMCAQLPNPVLDSISIIDTPGILSGEKQRISRGYDFAAVLEW
:..:::::. :::::::::::.:::: :: :::.::.::::::::::::::::: ::.:
CCDS10 PKKPFRKLSRFGNAFLNRFMCSQLPNQVLKSISVIDSPGILSGEKQRISRGYDFCQVLQW
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 FAERVDRIILLFDAHKLDISDEFSEVIKALKNHEDKIRVVLNKADQIETQQLMRVYGALM
:::::::::::::::::::::::::.:::.....::::::::::::..::::::::::::
CCDS10 FAERVDRIILLFDAHKLDISDEFSEAIKAFRGQDDKIRVVLNKADQVDTQQLMRVYGALM
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 WSLGKIINTPEVVRVYIGSFWSHPLLIPDNRKLFEAEEQDLFKDIQSLPRNAALRKLNDL
:::::.::::::.::::::::..:: :::.::::: ::::.::::::..::.::::::
CCDS10 WSLGKVINTPEVLRVYIGSFWAQPLQNTDNRRLFEAEAQDLFRDIQSLPQKAAVRKLNDL
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 IKRARLAKVHAYIISSLKKEMPNVFGKESKKKELVNNLGEIYQKIEREHQISPGDFPSLR
::::::::::::::: ::::::.:::::.::.::.. : ::: ...::.::: :::: ..
CCDS10 IKRARLAKVHAYIISYLKKEMPSVFGKENKKRELISRLPEIYIQLQREYQISAGDFPEVK
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 KMQELLQTQDFSKFQALKPKLLDTVDDMLANDIARLMVMVRQEESLMPSQVVKGGAFDGT
::: :.. ::.::..:::::...::.::.: :. :: .. :::. :.:.:.:::::::
CCDS10 AMQEQLENYDFTKFHSLKPKLIEAVDNMLSNKISPLMNLISQEETSTPTQLVQGGAFDGT
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 MNGPFGHGYGEGAGEGIDDVEWVVGKDKPTYDEIFYTLSPVNGKITGANAKKEMVKSKLP
.:::..:::::: :: :. ::::.::::.:::.::::::.::::.:.::::::: ::::
CCDS10 TEGPFNQGYGEGAKEGADEEEWVVAKDKPVYDELFYTLSPINGKISGVNAKKEMVTSKLP
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 NTVLGKIWKLADVDKDGLLDDEEFALANHLIKVKLEGHELPADLPPHLVPPSKRRHE
:.:::::::::: : ::.::.::::::.::::.::.:.:::..:::::::::.:.
CCDS10 NSVLGKIWKLADCDCDGMLDEEEFALAKHLIKIKLDGYELPSSLPPHLVPPSHRKSLPKA
490 500 510 520 530 540
CCDS10 D
>>CCDS12704.1 EHD2 gene_id:30846|Hs108|chr19 (543 aa)
initn: 2598 init1: 2122 opt: 2608 Z-score: 2811.6 bits: 530.0 E(32554): 2.7e-150
Smith-Waterman score: 2608; 71.5% identity (90.0% similar) in 540 aa overlap (1-534:1-539)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MFSWVSKDARRKKEPELFQTVAEGLRQLYAQKLLPLEEHYRFHEFHSPALEDADFDNKPM
::::... . : ..:: ..::. .:..:: ::::::::::: ::::::::::::.:::
CCDS12 MFSWLKRGGARGQQPEAIRTVTSALKELYRTKLLPLEEHYRFGAFHSPALEDADFDGKPM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 VLLVGQYSTGKTTFIRHLIEQDFPGMRIGPEPTTDSFIAVMHGPTEGVVPGNALVVDPRR
::..::::::::.::..:.::. :: :.::::::: :.::::: :::.:::::::::: .
CCDS12 VLVAGQYSTGKTSFIQYLLEQEVPGSRVGPEPTTDCFVAVMHGDTEGTVPGNALVVDPDK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 PFRKLNAFGNAFLNRFMCAQLPNPVLDSISIIDTPGILSGEKQRISRGYDFAAVLEWFAE
:::::: :::.:::::::::::: ::.::::::::::::: :::.:::::: :::.::::
CCDS12 PFRKLNPFGNTFLNRFMCAQLPNQVLESISIIDTPGILSGAKQRVSRGYDFPAVLRWFAE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 RVDRIILLFDAHKLDISDEFSEVIKALKNHEDKIRVVLNKADQIETQQLMRVYGALMWSL
::: ::::::::::.:::::::.: ::..:::::::::::::..::::::::::::::.:
CCDS12 RVDLIILLFDAHKLEISDEFSEAIGALRGHEDKIRVVLNKADMVETQQLMRVYGALMWAL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 GKIINTPEVVRVYIGSFWSHPLLIPDNRKLFEAEEQDLFKDIQSLPRNAALRKLNDLIKR
::...::::.:::::::::.:::.::::.::: ::::::.:::.:::.:::::::::.::
CCDS12 GKVVGTPEVLRVYIGSFWSQPLLVPDNRRLFELEEQDLFRDIQGLPRHAALRKLNDLVKR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 ARLAKVHAYIISSLKKEMPNVFGKESKKKELVNNLGEIYQKIEREHQISPGDFPSLRKMQ
:::..::::::: ::::::.:::::.:::.:. .: :. ::. ::.:::::::. .:::
CCDS12 ARLVRVHAYIISYLKKEMPSVFGKENKKKQLILKLPVIFAKIQLEHHISPGDFPDCQKMQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KB3 ELLQTQDFSKFQALKPKLLDTVDDMLANDIARLMVMVRQEESLMPSQV-VKGGAFDGTMN
:::...::.::..::::::...:.::..:::.:: ..:::: : ..: :.::::.::
CCDS12 ELLMAHDFTKFHSLKPKLLEALDEMLTHDIAKLMPLLRQEE-LESTEVGVQGGAFEGTHM
370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 GPF---GHGYG-EGAGEGIDD-VEWVVGKDKPTYDEIFYTLSPVNGKITGANAKKEMVKS
::: : . : . :: :: .:::: ::: ::::::.:.:..::..:..:: :: .
CCDS12 GPFVERGPDEAMEDGEEGSDDEAEWVVTKDKSKYDEIFYNLAPADGKLSGSKAKTWMVGT
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 KLPNTVLGKIWKLADVDKDGLLDDEEFALANHLIKVKLEGHELPADLPPHLVPPSKRRHE
::::.:::.::::.:::.::.:::::::::.:::..::::: :::.:: .:::::::::.
CCDS12 KLPNSVLGRIWKLSDVDRDGMLDDEEFALASHLIEAKLEGHGLPANLPRRLVPPSKRRHK
480 490 500 510 520 530
CCDS12 GSAE
540
>>CCDS81943.1 SRL gene_id:6345|Hs108|chr16 (431 aa)
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10 20 30 40 50 60
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: . ...: . ::..: ... :::. :...:... . :... .:::
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::..: .:.::.:.: .:. :. . : ::::. : ..:::: .. : ....:
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.:.: :...:: :::.. :. ... ::..:..::..:::::.. ::.::::::::.:
CCDS81 IDRADLIFVVFDPTKLDVGLELEMLFRQLKGRESQIRIILNKADNLATQMLMRVYGALFW
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::. .::. : :::..::: . ...:: :: .:..:.... .: :. .
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..: ...:: ... . : .: : :..:.. . :.. : . ..: :
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.:. . ..... . .:.:. :. .
CCDS81 LPNREAYKDFFGINPISSFKLLSQQCSYMGGCFLEKIERAITQELPGLLGSLGLGKNPGA
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>>CCDS42113.1 SRL gene_id:6345|Hs108|chr16 (473 aa)
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Smith-Waterman score: 765; 33.2% identity (69.4% similar) in 373 aa overlap (13-377:48-419)
10 20 30 40
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: . ...: . ::..: ... :::. :..
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.:... . :... .:::::..: .:.::.:.: .:. :. . : ::::. : ..
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:::: .. : ....: : : :. ::. ::.... ..:. .:. ....:::::. .
CCDS42 MHGPKLKTIEGIVMAADSARSFSPLEKFGQNFLEKLIGIEVPHKLLERVTFVDTPGIIEN
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.::. ::: : : .:: .:.: :...:: :::.. :. ... ::..:..::..:::
CCDS42 RKQQ-ERGYPFNDVCQWFIDRADLIFVVFDPTKLDVGLELEMLFRQLKGRESQIRIILNK
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230 240 250 260 270 280
pF1KB3 ADQIETQQLMRVYGALMWSLGKIINTPEVVRVYIGSFWSHPLLIPDNRKLFEAEEQDLFK
::.. ::.::::::::.:::. .::. : :::..::: . ...:: :: .:..
CCDS42 ADNLATQMLMRVYGALFWSLAPLINVTEPPRVYVSSFWPQEYKPDTHQELFLQEEISLLE
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290 300 310 320 330
pF1KB3 DIQSLPRNAALRKLNDLIKRARLAKVHAYIIS----SLKKEMPNVFGKESKKKELVNNLG
:.... .: :. . ..: ...:: ... . : .: : :..:..
CCDS42 DLNQVIENRLENKIAFIRQHAIRVRIHALLVDRYLQTYKDKMTFFSDGELVFKDIVEDPD
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. :.. : . ..: :.:. . ..... . .:.:. :. .
CCDS42 KFYIFKTILAKTNVSKFDLPNREAYKDFFGINPISSFKLLSQQCSYMGGCFLEKIERAIT
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400 410 420 430 440 450
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CCDS42 QELPGLLGSLGLGKNPGALNCDKTGCSETPKNRYRKH
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>>CCDS557.1 EPS15 gene_id:2060|Hs108|chr1 (896 aa)
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:: ..: ..: ...:::: .::..:.:.:.:.::.:: .:::.: :. :: . .:
CCDS55 NGFLSGDKVKPVLLNSKLPVDILGRVWELSDIDHDGMLDRDEFAVAMFLVYCALEKEPVP
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.::: :::::::.
CCDS55 MSLPPALVPPSKRKTWVVSPAEKAKYDEIFLKTDKDMDGFVSGLEVREIFLKTGLPSTLL
210 220 230 240 250 260
>>CCDS59363.1 EPS15L1 gene_id:58513|Hs108|chr19 (601 aa)
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CCDS59 DKVKPVLMNSKLPLDVLGRVWDLSDIDKDGHLDRDEFAVAMHLVYRALEKEPVPSALPPS
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:.:::::.
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>>CCDS58653.1 EPS15L1 gene_id:58513|Hs108|chr19 (754 aa)
initn: 422 init1: 303 opt: 326 Z-score: 352.1 bits: 75.4 E(32554): 2.7e-13
Smith-Waterman score: 326; 46.9% identity (75.5% similar) in 98 aa overlap (436-532:118-215)
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 SQVVKGGAFDGTMNGPFGHGYGEGAGEGIDDVEWVVG-KDKPTYDEIFYTLSPVNGKITG
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CCDS58 EVTLSNLNLSMPPPKFHDTSSPLMVTPPSAEAHWAVRVEEKAKFDGIFESLLPINGLLSG
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]