Result of FASTA (omim) for
pF1KB3472
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3472, 783 aa
1>>>pF1KB3472 783 - 783 aa - 783 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.4473+/-0.000572; mu= -3.7655+/- 0.036
mean_var=313.4046+/-61.586, 0's: 0 Z-trim(116.0): 129 B-trim: 85 in 1/55
Lambda= 0.072447
statistics sampled from 26760 (26889) to 26760 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.654), E-opt: 0.2 (0.315), width: 16
Scan time: 11.240
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_004719 (OMIM: 606357) nucleolar RNA helicase 2 ( 783) 5128 550.8 8.1e-156
NP_001243839 (OMIM: 606357) nucleolar RNA helicase ( 715) 4703 506.4 1.8e-142
XP_011538638 (OMIM: 606357) PREDICTED: nucleolar R ( 729) 3019 330.4 1.7e-89
NP_076950 (OMIM: 610373) ATP-dependent RNA helicas ( 737) 2676 294.5 1.1e-78
XP_016872115 (OMIM: 610373) PREDICTED: ATP-depende ( 737) 2676 294.5 1.1e-78
XP_016872117 (OMIM: 610373) PREDICTED: ATP-depende ( 672) 2665 293.3 2.2e-78
XP_016872116 (OMIM: 610373) PREDICTED: ATP-depende ( 672) 2665 293.3 2.2e-78
XP_005270205 (OMIM: 610373) PREDICTED: ATP-depende ( 672) 2665 293.3 2.2e-78
XP_016872118 (OMIM: 610373) PREDICTED: ATP-depende ( 672) 2665 293.3 2.2e-78
XP_011538446 (OMIM: 610373) PREDICTED: ATP-depende ( 672) 2665 293.3 2.2e-78
XP_016872399 (OMIM: 606357) PREDICTED: nucleolar R ( 661) 2594 285.9 3.8e-76
XP_016872119 (OMIM: 610373) PREDICTED: ATP-depende ( 443) 1793 202.0 4.5e-51
NP_006377 (OMIM: 608469) probable ATP-dependent RN ( 729) 732 91.3 1.6e-17
NP_001091974 (OMIM: 608469) probable ATP-dependent ( 731) 732 91.3 1.6e-17
NP_001307525 (OMIM: 180630) probable ATP-dependent ( 614) 725 90.5 2.3e-17
NP_001307526 (OMIM: 180630) probable ATP-dependent ( 614) 725 90.5 2.3e-17
NP_004387 (OMIM: 180630) probable ATP-dependent RN ( 614) 725 90.5 2.3e-17
NP_001307524 (OMIM: 180630) probable ATP-dependent ( 614) 725 90.5 2.3e-17
NP_001160006 (OMIM: 605281) probable ATP-dependent ( 575) 696 87.5 1.8e-16
XP_011541799 (OMIM: 605281) PREDICTED: probable AT ( 678) 696 87.5 2e-16
NP_001136021 (OMIM: 605281) probable ATP-dependent ( 690) 696 87.5 2e-16
XP_011541797 (OMIM: 605281) PREDICTED: probable AT ( 698) 696 87.5 2.1e-16
NP_001160005 (OMIM: 605281) probable ATP-dependent ( 704) 696 87.5 2.1e-16
NP_077726 (OMIM: 605281) probable ATP-dependent RN ( 724) 696 87.6 2.1e-16
XP_016866492 (OMIM: 606286) PREDICTED: probable AT ( 439) 686 86.3 3e-16
XP_011534230 (OMIM: 606286) PREDICTED: probable AT ( 529) 686 86.4 3.5e-16
XP_011534229 (OMIM: 606286) PREDICTED: probable AT ( 529) 686 86.4 3.5e-16
XP_011534228 (OMIM: 606286) PREDICTED: probable AT ( 604) 686 86.5 3.8e-16
NP_061135 (OMIM: 606286) probable ATP-dependent RN ( 648) 686 86.5 4e-16
NP_006764 (OMIM: 606355) ATP-dependent RNA helicas ( 670) 650 82.7 5.6e-15
NP_004389 (OMIM: 601235) probable ATP-dependent RN ( 875) 632 80.9 2.5e-14
XP_006721720 (OMIM: 613369) PREDICTED: ATP-depende ( 938) 629 80.6 3.3e-14
XP_016879600 (OMIM: 613369) PREDICTED: ATP-depende ( 938) 629 80.6 3.3e-14
NP_987095 (OMIM: 613369) ATP-dependent RNA helicas ( 938) 629 80.6 3.3e-14
NP_031398 (OMIM: 613369) ATP-dependent RNA helicas ( 938) 629 80.6 3.3e-14
XP_016879601 (OMIM: 613369) PREDICTED: ATP-depende ( 775) 620 79.6 5.5e-14
NP_060365 (OMIM: 616621) probable ATP-dependent RN ( 796) 618 79.4 6.5e-14
NP_055555 (OMIM: 268305,608546) eukaryotic initiat ( 411) 591 76.4 2.8e-13
NP_076977 (OMIM: 611665) ATP-dependent RNA helicas ( 881) 596 77.2 3.4e-13
NP_001104792 (OMIM: 611665) ATP-dependent RNA heli ( 882) 596 77.2 3.4e-13
XP_011522561 (OMIM: 613369) PREDICTED: ATP-depende ( 674) 593 76.8 3.5e-13
XP_016884803 (OMIM: 300160,300958) PREDICTED: ATP- ( 475) 566 73.8 1.9e-12
XP_016884802 (OMIM: 300160,300958) PREDICTED: ATP- ( 476) 566 73.8 1.9e-12
XP_011542194 (OMIM: 300160,300958) PREDICTED: ATP- ( 598) 566 73.9 2.3e-12
NP_001180346 (OMIM: 300160,300958) ATP-dependent R ( 646) 566 73.9 2.4e-12
NP_001289481 (OMIM: 400010,415000) ATP-dependent R ( 657) 566 73.9 2.4e-12
NP_004651 (OMIM: 400010,415000) ATP-dependent RNA ( 660) 566 73.9 2.4e-12
NP_001116137 (OMIM: 400010,415000) ATP-dependent R ( 660) 566 73.9 2.4e-12
NP_001180345 (OMIM: 300160,300958) ATP-dependent R ( 661) 566 73.9 2.4e-12
NP_001347 (OMIM: 300160,300958) ATP-dependent RNA ( 662) 566 73.9 2.4e-12
>>NP_004719 (OMIM: 606357) nucleolar RNA helicase 2 isof (783 aa)
initn: 5128 init1: 5128 opt: 5128 Z-score: 2918.5 bits: 550.8 E(85289): 8.1e-156
Smith-Waterman score: 5128; 100.0% identity (100.0% similar) in 783 aa overlap (1-783:1-783)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MPGKLRSDAGLESDTAMKKGETLRKQTEEKEKKEKPKSDKTEEIAEEEETVFPKAKQVKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 MPGKLRSDAGLESDTAMKKGETLRKQTEEKEKKEKPKSDKTEEIAEEEETVFPKAKQVKK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 KAEPSEVDMNSPKSKKAKKKEEPSQNDISPKTKSLRKKKEPIEKKVVSSKTKKVTKNEEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 KAEPSEVDMNSPKSKKAKKKEEPSQNDISPKTKSLRKKKEPIEKKVVSSKTKKVTKNEEP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 SEEEIDAPKPKKMKKEKEMNGETREKSPKLKNGFPHPEPDCNPSEAASEESNSEIEQEIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SEEEIDAPKPKKMKKEKEMNGETREKSPKLKNGFPHPEPDCNPSEAASEESNSEIEQEIP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 VEQKEGAFSNFPISEETIKLLKGRGVTFLFPIQAKTFHHVYSGKDLIAQARTGTGKTFSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 VEQKEGAFSNFPISEETIKLLKGRGVTFLFPIQAKTFHHVYSGKDLIAQARTGTGKTFSF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 AIPLIEKLHGELQDRKRGRAPQVLVLAPTRELANQVSKDFSDITKKLSVACFYGGTPYGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 AIPLIEKLHGELQDRKRGRAPQVLVLAPTRELANQVSKDFSDITKKLSVACFYGGTPYGG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 QFERMRNGIDILVGTPGRIKDHIQNGKLDLTKLKHVVLDEVDQMLDMGFADQVEEILSVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 QFERMRNGIDILVGTPGRIKDHIQNGKLDLTKLKHVVLDEVDQMLDMGFADQVEEILSVA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 YKKDSEDNPQTLLFSATCPHWVFNVAKKYMKSTYEQVDLIGKKTQKTAITVEHLAIKCHW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 YKKDSEDNPQTLLFSATCPHWVFNVAKKYMKSTYEQVDLIGKKTQKTAITVEHLAIKCHW
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 TQRAAVIGDVIRVYSGHQGRTIIFCETKKEAQELSQNSAIKQDAQSLHGDIPQKQREITL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 TQRAAVIGDVIRVYSGHQGRTIIFCETKKEAQELSQNSAIKQDAQSLHGDIPQKQREITL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 KGFRNGSFGVLVATNVAARGLDIPEVDLVIQSSPPKDVESYIHRSGRTGRAGRTGVCICF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 KGFRNGSFGVLVATNVAARGLDIPEVDLVIQSSPPKDVESYIHRSGRTGRAGRTGVCICF
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 YQHKEEYQLVQVEQKAGIKFKRIGVPSATEIIKASSKDAIRLLDSVPPTAISHFKQSAEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 YQHKEEYQLVQVEQKAGIKFKRIGVPSATEIIKASSKDAIRLLDSVPPTAISHFKQSAEK
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 LIEEKGAVEALAAALAHISGATSVDQRSLINSNVGFVTMILQCSIEMPNISYAWKELKEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LIEEKGAVEALAAALAHISGATSVDQRSLINSNVGFVTMILQCSIEMPNISYAWKELKEQ
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 LGEEIDSKVKGMVFLKGKLGVCFDVPTASVTEIQEKWHDSRRWQLSVATEQPELEGPREG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LGEEIDSKVKGMVFLKGKLGVCFDVPTASVTEIQEKWHDSRRWQLSVATEQPELEGPREG
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 YGGFRGQREGSRGFRGQRDGNRRFRGQREGSRGPRGQRSGGGNKSNRSQNKGQKRSFSKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 YGGFRGQREGSRGFRGQRDGNRRFRGQREGSRGPRGQRSGGGNKSNRSQNKGQKRSFSKA
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 FGQ
:::
NP_004 FGQ
>>NP_001243839 (OMIM: 606357) nucleolar RNA helicase 2 i (715 aa)
initn: 4703 init1: 4703 opt: 4703 Z-score: 2678.9 bits: 506.4 E(85289): 1.8e-142
Smith-Waterman score: 4703; 100.0% identity (100.0% similar) in 715 aa overlap (69-783:1-715)
40 50 60 70 80 90
pF1KB3 DKTEEIAEEEETVFPKAKQVKKKAEPSEVDMNSPKSKKAKKKEEPSQNDISPKTKSLRKK
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MNSPKSKKAKKKEEPSQNDISPKTKSLRKK
10 20 30
100 110 120 130 140 150
pF1KB3 KEPIEKKVVSSKTKKVTKNEEPSEEEIDAPKPKKMKKEKEMNGETREKSPKLKNGFPHPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KEPIEKKVVSSKTKKVTKNEEPSEEEIDAPKPKKMKKEKEMNGETREKSPKLKNGFPHPE
40 50 60 70 80 90
160 170 180 190 200 210
pF1KB3 PDCNPSEAASEESNSEIEQEIPVEQKEGAFSNFPISEETIKLLKGRGVTFLFPIQAKTFH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PDCNPSEAASEESNSEIEQEIPVEQKEGAFSNFPISEETIKLLKGRGVTFLFPIQAKTFH
100 110 120 130 140 150
220 230 240 250 260 270
pF1KB3 HVYSGKDLIAQARTGTGKTFSFAIPLIEKLHGELQDRKRGRAPQVLVLAPTRELANQVSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HVYSGKDLIAQARTGTGKTFSFAIPLIEKLHGELQDRKRGRAPQVLVLAPTRELANQVSK
160 170 180 190 200 210
280 290 300 310 320 330
pF1KB3 DFSDITKKLSVACFYGGTPYGGQFERMRNGIDILVGTPGRIKDHIQNGKLDLTKLKHVVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DFSDITKKLSVACFYGGTPYGGQFERMRNGIDILVGTPGRIKDHIQNGKLDLTKLKHVVL
220 230 240 250 260 270
340 350 360 370 380 390
pF1KB3 DEVDQMLDMGFADQVEEILSVAYKKDSEDNPQTLLFSATCPHWVFNVAKKYMKSTYEQVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DEVDQMLDMGFADQVEEILSVAYKKDSEDNPQTLLFSATCPHWVFNVAKKYMKSTYEQVD
280 290 300 310 320 330
400 410 420 430 440 450
pF1KB3 LIGKKTQKTAITVEHLAIKCHWTQRAAVIGDVIRVYSGHQGRTIIFCETKKEAQELSQNS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LIGKKTQKTAITVEHLAIKCHWTQRAAVIGDVIRVYSGHQGRTIIFCETKKEAQELSQNS
340 350 360 370 380 390
460 470 480 490 500 510
pF1KB3 AIKQDAQSLHGDIPQKQREITLKGFRNGSFGVLVATNVAARGLDIPEVDLVIQSSPPKDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AIKQDAQSLHGDIPQKQREITLKGFRNGSFGVLVATNVAARGLDIPEVDLVIQSSPPKDV
400 410 420 430 440 450
520 530 540 550 560 570
pF1KB3 ESYIHRSGRTGRAGRTGVCICFYQHKEEYQLVQVEQKAGIKFKRIGVPSATEIIKASSKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ESYIHRSGRTGRAGRTGVCICFYQHKEEYQLVQVEQKAGIKFKRIGVPSATEIIKASSKD
460 470 480 490 500 510
580 590 600 610 620 630
pF1KB3 AIRLLDSVPPTAISHFKQSAEKLIEEKGAVEALAAALAHISGATSVDQRSLINSNVGFVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AIRLLDSVPPTAISHFKQSAEKLIEEKGAVEALAAALAHISGATSVDQRSLINSNVGFVT
520 530 540 550 560 570
640 650 660 670 680 690
pF1KB3 MILQCSIEMPNISYAWKELKEQLGEEIDSKVKGMVFLKGKLGVCFDVPTASVTEIQEKWH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MILQCSIEMPNISYAWKELKEQLGEEIDSKVKGMVFLKGKLGVCFDVPTASVTEIQEKWH
580 590 600 610 620 630
700 710 720 730 740 750
pF1KB3 DSRRWQLSVATEQPELEGPREGYGGFRGQREGSRGFRGQRDGNRRFRGQREGSRGPRGQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DSRRWQLSVATEQPELEGPREGYGGFRGQREGSRGFRGQRDGNRRFRGQREGSRGPRGQR
640 650 660 670 680 690
760 770 780
pF1KB3 SGGGNKSNRSQNKGQKRSFSKAFGQ
:::::::::::::::::::::::::
NP_001 SGGGNKSNRSQNKGQKRSFSKAFGQ
700 710
>>XP_011538638 (OMIM: 606357) PREDICTED: nucleolar RNA h (729 aa)
initn: 3354 init1: 3019 opt: 3019 Z-score: 1727.6 bits: 330.4 E(85289): 1.7e-89
Smith-Waterman score: 4659; 93.1% identity (93.1% similar) in 783 aa overlap (1-783:1-729)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MPGKLRSDAGLESDTAMKKGETLRKQTEEKEKKEKPKSDKTEEIAEEEETVFPKAKQVKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MPGKLRSDAGLESDTAMKKGETLRKQTEEKEKKEKPKSDKTEEIAEEEETVFPKAKQVKK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 KAEPSEVDMNSPKSKKAKKKEEPSQNDISPKTKSLRKKKEPIEKKVVSSKTKKVTKNEEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KAEPSEVDMNSPKSKKAKKKEEPSQNDISPKTKSLRKKKEPIEKKVVSSKTKKVTKNEEP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 SEEEIDAPKPKKMKKEKEMNGETREKSPKLKNGFPHPEPDCNPSEAASEESNSEIEQEIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SEEEIDAPKPKKMKKEKEMNGETREKSPKLKNGFPHPEPDCNPSEAASEESNSEIEQEIP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 VEQKEGAFSNFPISEETIKLLKGRGVTFLFPIQAKTFHHVYSGKDLIAQARTGTGKTFSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VEQKEGAFSNFPISEETIKLLKGRGVTFLFPIQAKTFHHVYSGKDLIAQARTGTGKTFSF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 AIPLIEKLHGELQDRKRGRAPQVLVLAPTRELANQVSKDFSDITKKLSVACFYGGTPYGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AIPLIEKLHGELQDRKRGRAPQVLVLAPTRELANQVSKDFSDITKKLSVACFYGGTPYGG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 QFERMRNGIDILVGTPGRIKDHIQNGKLDLTKLKHVVLDEVDQMLDMGFADQVEEILSVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QFERMRNGIDILVGTPGRIKDHIQNGKLDLTKLKHVVLDEVDQMLDMGFADQVEEILSVA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 YKKDSEDNPQTLLFSATCPHWVFNVAKKYMKSTYEQVDLIGKKTQKTAITVEHLAIKCHW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YKKDSEDNPQTLLFSATCPHWVFNVAKKYMKSTYEQVDLIGKKTQKTAITVEHLAIKCHW
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 TQRAAVIGDVIRVYSGHQGRTIIFCETKKEAQELSQNSAIKQDAQSLHGDIPQKQREITL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TQRAAVIGDVIRVYSGHQGRTIIFCETKKEAQELSQNSAIKQD-----------------
430 440 450 460
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 KGFRNGSFGVLVATNVAARGLDIPEVDLVIQSSPPKDVESYIHRSGRTGRAGRTGVCICF
:::::::::::::::::::::::
XP_011 -------------------------------------VESYIHRSGRTGRAGRTGVCICF
470 480
550 560 570 580 590 600
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XP_011 LIEEKGAVEALAAALAHISGATSVDQRSLINSNVGFVTMILQCSIEMPNISYAWKELKEQ
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..: .:::: : ::: .. ::.: .: .:. . : : : : :.:.:
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..: .:::: : ::: .. ::.: .: .:. . : : : : :.:.:
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XP_016 GRQSRQGSRSGSRQDGRRRSG-NR-NRSRSGGHKRSFD
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pF1KB3 KVVSSKTKKVTKNEEPSEEEIDAPKPKKMKKEKEMNGETREKSPKLKNGFPH--------
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XP_016 MKEK-LNGDTEEGFNRLSDEFSKSHKSRRKD
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XP_016 VLAPTRELANQVAKDFKDITRKLSVACFYGGTSYQSQINHIRNGIDILVGTPGRIKDHLQ
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XP_016 SGRLDLSKLRHVVLDEVDQMLDLGFAEQVEDIIHESYKTDSEDNPQTLLFSATCPQWVYK
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XP_011 GRSGGRSGRQSRQGSRSGSRQDGRRRSGNR-NRSRSGGHKRSFD
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60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]