Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3477
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3477, 201 aa
1>>>pF1KB3477 201 - 201 aa - 201 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7368+/-0.00102; mu= 11.3092+/- 0.062
mean_var=81.5372+/-16.124, 0's: 0 Z-trim(105.1): 222 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.142035
statistics sampled from 7985 (8227) to 7985 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.613), E-opt: 0.2 (0.253), width: 16
Scan time: 1.640
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 1317 279.4 1e-75
CCDS53836.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 152) 768 166.9 5.8e-42
CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 699 152.8 1.3e-37
CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 694 151.8 2.7e-37
CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 654 143.6 7.9e-35
CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 653 143.4 9.1e-35
CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 651 143.0 1.2e-34
CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 650 142.8 1.4e-34
CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 212) 612 135.0 3.2e-32
CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 580 128.4 3.2e-30
CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 578 128.0 4.1e-30
CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 ( 219) 574 127.2 7.3e-30
CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 567 125.8 2e-29
CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 556 123.6 1.1e-28
CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 545 121.3 4.3e-28
CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 543 120.8 5.6e-28
CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 535 119.2 1.9e-27
CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 533 118.8 2.5e-27
CCDS14621.1 RAB33A gene_id:9363|Hs108|chrX ( 237) 533 118.8 2.6e-27
CCDS76806.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 190) 531 118.4 2.9e-27
CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 531 118.4 3.2e-27
CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 527 117.6 5.3e-27
CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 527 117.6 6e-27
CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 521 116.4 1.5e-26
CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 514 114.9 3.6e-26
CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 512 114.5 4.8e-26
CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 509 113.9 7.4e-26
CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 502 112.4 2e-25
CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 501 112.2 2.3e-25
CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 498 111.6 3.5e-25
CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 488 109.6 1.4e-24
CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 471 106.1 1.6e-23
CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 155) 465 104.8 2.9e-23
CCDS3747.1 RAB33B gene_id:83452|Hs108|chr4 ( 229) 464 104.7 4.6e-23
CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 463 104.5 5.1e-23
CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 457 103.2 1.2e-22
CCDS9768.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 208) 454 102.6 1.8e-22
CCDS11816.1 RAB40B gene_id:10966|Hs108|chr17 ( 278) 455 102.9 1.9e-22
CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 ( 215) 452 102.2 2.4e-22
CCDS9003.1 RAB21 gene_id:23011|Hs108|chr12 ( 225) 447 101.2 5.1e-22
CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 444 100.6 7.5e-22
CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 444 100.6 7.5e-22
CCDS2520.1 RAB17 gene_id:64284|Hs108|chr2 ( 212) 442 100.2 9.8e-22
CCDS45826.1 RAB31 gene_id:11031|Hs108|chr18 ( 195) 441 99.9 1.1e-21
CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 216) 441 100.0 1.2e-21
CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 249) 441 100.0 1.3e-21
CCDS44803.1 CRACR2A gene_id:84766|Hs108|chr12 ( 731) 447 101.5 1.3e-21
CCDS10413.1 RAB40C gene_id:57799|Hs108|chr16 ( 281) 440 99.8 1.6e-21
CCDS4962.1 RAB23 gene_id:51715|Hs108|chr6 ( 237) 437 99.2 2.2e-21
CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 431 97.9 4.6e-21
>>CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 (201 aa)
initn: 1317 init1: 1317 opt: 1317 Z-score: 1473.0 bits: 279.4 E(32554): 1e-75
Smith-Waterman score: 1317; 100.0% identity (100.0% similar) in 201 aa overlap (1-201:1-201)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MARDYDHLFKLLIIGDSGVGKSSLLLRFADNTFSGSYITTIGVDFKIRTVEINGEKVKLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 MARDYDHLFKLLIIGDSGVGKSSLLLRFADNTFSGSYITTIGVDFKIRTVEINGEKVKLQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 IWDTAGQERFRTITSTYYRGTHGVIVVYDVTSAESFVNVKRWLHEINQNCDDVCRILVGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 IWDTAGQERFRTITSTYYRGTHGVIVVYDVTSAESFVNVKRWLHEINQNCDDVCRILVGN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 KNDDPERKVVETEDAYKFAGQMGIQLFETSAKENVNVEEMFNCITELVLRAKKDNLAKQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 KNDDPERKVVETEDAYKFAGQMGIQLFETSAKENVNVEEMFNCITELVLRAKKDNLAKQQ
130 140 150 160 170 180
190 200
pF1KB3 QQQQNDVVKLTKNSKRKKRCC
:::::::::::::::::::::
CCDS41 QQQQNDVVKLTKNSKRKKRCC
190 200
>>CCDS53836.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 (152 aa)
initn: 768 init1: 768 opt: 768 Z-score: 866.8 bits: 166.9 E(32554): 5.8e-42
Smith-Waterman score: 768; 100.0% identity (100.0% similar) in 117 aa overlap (1-117:1-117)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MARDYDHLFKLLIIGDSGVGKSSLLLRFADNTFSGSYITTIGVDFKIRTVEINGEKVKLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 MARDYDHLFKLLIIGDSGVGKSSLLLRFADNTFSGSYITTIGVDFKIRTVEINGEKVKLQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 IWDTAGQERFRTITSTYYRGTHGVIVVYDVTSAESFVNVKRWLHEINQNCDDVCRILVGN
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 IWDTAGQERFRTITSTYYRGTHGVIVVYDVTSAESFVNVKRWLHEINQNCDDVCRILDVQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 KNDDPERKVVETEDAYKFAGQMGIQLFETSAKENVNVEEMFNCITELVLRAKKDNLAKQQ
CCDS53 LHHGAGPPSKERQPGKTAAATTERCGEAHEEQ
130 140 150
>>CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 (205 aa)
initn: 694 init1: 551 opt: 699 Z-score: 788.5 bits: 152.8 E(32554): 1.3e-37
Smith-Waterman score: 699; 54.0% identity (77.2% similar) in 202 aa overlap (1-201:4-205)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MARDYDHLFKLLIIGDSGVGKSSLLLRFADNTFSGSYITTIGVDFKIRTVEINGEKV
: .::.:::::.::::::::: :::::::.:.. :::.::::::::::.:..:. .
CCDS46 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 KLQIWDTAGQERFRTITSTYYRGTHGVIVVYDVTSAESFVNVKRWLHEINQ-NCDDVCRI
::::::::::::::::::.::::.::.:::::::. ::: :::.::.::.. ..: ..
CCDS46 KLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEIDRYASENVNKL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 LVGNKNDDPERKVVETEDAYKFAGQMGIQLFETSAKENVNVEEMFNCITELVLRAKKDNL
::::: : .:::. : .:: ..:: ..:::::. .:::. : .. . . .
CCDS46 LVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQSFMTMAAEIKKRMGPGA
130 140 150 160 170 180
180 190 200
pF1KB3 AKQQQQQQNDVVKLTKNSKRKKRCC
. ...: .. : .. ::
CCDS46 TAGGAEKSNVKIQSTPVKQSGGGCC
190 200
>>CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 (201 aa)
initn: 683 init1: 558 opt: 694 Z-score: 783.1 bits: 151.8 E(32554): 2.7e-37
Smith-Waterman score: 694; 54.0% identity (77.7% similar) in 202 aa overlap (1-201:1-201)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MARDYDHLFKLLIIGDSGVGKSSLLLRFADNTFSGSYITTIGVDFKIRTVEINGEKVKLQ
: .::.:::::.::::::::: :::::::.:.. :::.::::::::::.:..:. .:::
CCDS31 MNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTIKLQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB3 IWDTAGQERFRTITSTYYRGTHGVIVVYDVTSAESFVNVKRWLHEINQ-NCDDVCRILVG
:::::::::::::::.::::.::.:::::::. ::..:::.::.::.. ..: ..:::
CCDS31 IWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESYANVKQWLQEIDRYASENVNKLLVG
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 NKNDDPERKVVETEDAYKFAGQMGIQLFETSAKENVNVEEMFNCITELVLRAKKDNLAKQ
::.: .:::.. : .:: ..:: ..:::::. .:::. : .. . . . : .
CCDS31 NKSDLTTKKVVDNTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQAFMTMAAEI-KKRMGPGAAS
130 140 150 160 170
180 190 200
pF1KB3 QQQQQNDVVKLTKNSKRKKRCC
.. : . : . ::
CCDS31 GGERPNLKIDSTPVKPAGGGCC
180 190 200
>>CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 (203 aa)
initn: 652 init1: 517 opt: 654 Z-score: 738.7 bits: 143.6 E(32554): 7.9e-35
Smith-Waterman score: 654; 48.8% identity (80.1% similar) in 201 aa overlap (1-200:1-200)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MARDYDHLFKLLIIGDSGVGKSSLLLRFADNTFSGSYITTIGVDFKIRTVEINGEKVKLQ
::. ::::::::.::::::::. :..:::...:...::.:::.:::::::.:.:.:.:::
CCDS10 MAKAYDHLFKLLLIGDSGVGKTCLIIRFAEDNFNNTYISTIGIDFKIRTVDIEGKKIKLQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB3 IWDTAGQERFRTITSTYYRGTHGVIVVYDVTSAESFVNVKRWLHEINQNCD-DVCRILVG
.:::::::::.:::..::::. :.:.:::.:. .:: :.. :.. :..: . : :.:.:
CCDS10 VWDTAGQERFKTITTAYYRGAMGIILVYDITDEKSFENIQNWMKSIKENASAGVERLLLG
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 NKNDDPERKVVETEDAYKFAGQMGIQLFETSAKENVNVEEMFNCITELVLRAKKDNLAKQ
:: : .. :. :.: :.: . ::..:::::: ..::.: :. ... .: . . .
CCDS10 NKCDMEAKRKVQKEQADKLAREHGIRFFETSAKSSMNVDEAFSSLARDILLKSGGRRSGN
130 140 150 160 170 180
180 190 200
pF1KB3 QQQQQNDVVKLTKNSKRKKRCC
.. . .: : ..: ..:
CCDS10 GNKPPSTDLK-TCDKKNTNKCSLG
190 200
>>CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 (200 aa)
initn: 656 init1: 485 opt: 653 Z-score: 737.7 bits: 143.4 E(32554): 9.1e-35
Smith-Waterman score: 653; 47.5% identity (80.5% similar) in 200 aa overlap (3-201:4-200)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MARDYDHLFKLLIIGDSGVGKSSLLLRFADNTFSGSYITTIGVDFKIRTVEINGEKVKL
. :: :::::.::::::::. .:.::.:..:. ..:.:::.::::.:::..:.:.::
CCDS17 MAKKTYDLLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSDDAFNTTFISTIGIDFKIKTVELQGKKIKL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 QIWDTAGQERFRTITSTYYRGTHGVIVVYDVTSAESFVNVKRWLHEINQNCD-DVCRILV
:::::::::::.:::..::::. :...:::.:...:: :...::..:... . :: :.:.
CCDS17 QIWDTAGQERFHTITTSYYRGAMGIMLVYDITNGKSFENISKWLRNIDEHANEDVERMLL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 GNKNDDPERKVVETEDAYKFAGQMGIQLFETSAKENVNVEEMFNCITELVLRAKKDNLAK
::: : ...:: . ..: . ::..:::::: :.:.:. : ..: .:: .:
CCDS17 GNKCDMDDKRVVPKGKGEQIAREHGIRFFETSAKANINIEKAFLTLAEDILRKTP---VK
130 140 150 160 170
180 190 200
pF1KB3 QQQQQQNDVVKLTKNSKRKKRCC
. .... :. . . :..::
CCDS17 EPNSENVDISSGGGVTGWKSKCC
180 190 200
>>CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 (207 aa)
initn: 640 init1: 496 opt: 651 Z-score: 735.3 bits: 143.0 E(32554): 1.2e-34
Smith-Waterman score: 651; 47.3% identity (82.9% similar) in 205 aa overlap (1-200:1-204)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MARDYDHLFKLLIIGDSGVGKSSLLLRFADNTFSGSYITTIGVDFKIRTVEINGEKVKLQ
::. ::.:::::.::::::::. .:.::....:....:.:::.::::::.:..:...:::
CCDS12 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFISTIGIDFKIRTIELDGKRIKLQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB3 IWDTAGQERFRTITSTYYRGTHGVIVVYDVTSAESFVNVKRWLHEINQNCD-DVCRILVG
::::::::::::::..::::. :...:::.:. .:: :.. :...:... . :: ....:
CCDS12 IWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIRNWIRNIEEHASADVEKMILG
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 NKNDDPERKVVETEDAYKFAGQMGIQLFETSAKENVNVEEMFNCITELVLRAKKDN-LAK
:: : ... : : . :.: ..::...::::: :.:::. : ... . .:: :. :
CCDS12 NKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAKANINVENAFFTLARDI-KAKMDKKLEG
130 140 150 160 170
180 190 200
pF1KB3 QQQQQQNDVVKLTKNSKRKK---RCC
.. : .:. ::.: ...... ::
CCDS12 NSPQGSNQGVKITPDQQKRSSFFRCVLL
180 190 200
>>CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 (207 aa)
initn: 626 init1: 504 opt: 650 Z-score: 734.2 bits: 142.8 E(32554): 1.4e-34
Smith-Waterman score: 650; 47.5% identity (80.4% similar) in 204 aa overlap (1-200:1-204)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MARDYDHLFKLLIIGDSGVGKSSLLLRFADNTFSGSYITTIGVDFKIRTVEINGEKVKLQ
::. ::.:::::.::::::::. ::.::....:. ..:.:::.::::::.:..:.:.:::
CCDS10 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCLLFRFSEDAFNTTFISTIGIDFKIRTIELDGKKIKLQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB3 IWDTAGQERFRTITSTYYRGTHGVIVVYDVTSAESFVNVKRWLHEINQNCD-DVCRILVG
::::::::::::::..::::. :...:::.:. .:: :.: :...:... . :: :...:
CCDS10 IWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIKNWIRNIEEHASSDVERMILG
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 NKNDDPERKVVETEDAYKFAGQMGIQLFETSAKENVNVEEMFNCITELVLRAKKDNLAKQ
:: : ... : : . :.: ..::...::::: ..:::: : ... .. . .. .
CCDS10 NKCDMNDKRQVSKERGEKLAIDYGIKFLETSAKSSANVEEAFFTLARDIMTKLNRKMNDS
130 140 150 160 170 180
180 190 200
pF1KB3 QQQQQNDVVKLTKNSKRKK---RCC
.. . ::.:.: ..: ::
CCDS10 NSAGAGGPVKITENRSKKTSFFRCSLL
190 200
>>CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 (212 aa)
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10 20 30 40 50 60
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::..:: ::.::.::::::::. :: ::.:: : .:.:.:::::::..:.:..: ::..:
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CCDS76 IWDTAGQERYQTITKQYYRRAQGIFLVYDISSERSYQHIMKWVSDVDEYAPEGVQKILIG
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:: :. ... : :.. ..: ..:....:::: :.:..: :. .:::::.:.. .:
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... .:..
CCDS76 RMRASNELALAELEEEEGKPEGPANSSKTCWC
190 200 210
>>CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 (227 aa)
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Smith-Waterman score: 580; 42.4% identity (76.4% similar) in 203 aa overlap (3-201:25-227)
10 20 30
pF1KB3 MARDYDHLFKLLIIGDSGVGKSSLLLRFADNTFSGSYI
...:..:::::::.:.:::.:.:.:.::..:.....
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.:.:.:::..:: : ...::::::::::::.::::..::::. : :..::.:. :::
CCDS39 STVGIDFKVKTVFKNEKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNA
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:. : .:. :.. :::::: : ...:. :: . ... :.:...::::::.:.::
CCDS39 VQDWSTQIKTYSWDNAQVILVGNKCDMEDERVISTERGQHLGEQLGFEFFETSAKDNINV
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.. :. ..... ...: . .:: .: : . . :
CCDS39 KQTFERLVDIICDKMSESLETDPAITAAKQNTRLKETPPPPQPNCAC
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201 residues in 1 query sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]