Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3499
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3499, 1072 aa
1>>>pF1KB3499 1072 - 1072 aa - 1072 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.3823+/-0.00154; mu= -3.6124+/- 0.087
mean_var=478.4783+/-113.165, 0's: 0 Z-trim(107.6): 311 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.058633
statistics sampled from 9366 (9656) to 9366 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.649), E-opt: 0.2 (0.297), width: 16
Scan time: 3.780
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS53525.1 RET gene_id:5979|Hs108|chr10 (1072) 7286 633.2 9e-181
CCDS7200.1 RET gene_id:5979|Hs108|chr10 (1114) 7226 628.2 3.1e-179
CCDS55221.1 FGFR1 gene_id:2260|Hs108|chr8 ( 812) 1129 112.2 4.6e-24
CCDS55222.1 FGFR1 gene_id:2260|Hs108|chr8 ( 820) 1129 112.2 4.6e-24
CCDS43731.1 FGFR1 gene_id:2260|Hs108|chr8 ( 731) 1120 111.4 7.3e-24
CCDS43730.1 FGFR1 gene_id:2260|Hs108|chr8 ( 733) 1120 111.4 7.4e-24
CCDS43732.1 FGFR1 gene_id:2260|Hs108|chr8 ( 820) 1120 111.5 7.9e-24
CCDS6107.2 FGFR1 gene_id:2260|Hs108|chr8 ( 822) 1120 111.5 7.9e-24
CCDS55223.1 FGFR1 gene_id:2260|Hs108|chr8 ( 853) 1120 111.5 8.1e-24
CCDS81514.1 FGFR2 gene_id:2263|Hs108|chr10 ( 593) 1115 110.9 8.7e-24
CCDS7620.2 FGFR2 gene_id:2263|Hs108|chr10 ( 822) 1118 111.3 8.9e-24
CCDS44486.1 FGFR2 gene_id:2263|Hs108|chr10 ( 709) 1115 111.0 9.7e-24
CCDS73210.1 FGFR2 gene_id:2263|Hs108|chr10 ( 732) 1115 111.0 9.9e-24
CCDS44485.1 FGFR2 gene_id:2263|Hs108|chr10 ( 704) 1114 110.9 1e-23
CCDS31298.1 FGFR2 gene_id:2263|Hs108|chr10 ( 821) 1115 111.1 1.1e-23
CCDS4410.1 FGFR4 gene_id:2264|Hs108|chr5 ( 802) 1114 111.0 1.1e-23
CCDS81515.1 FGFR2 gene_id:2263|Hs108|chr10 ( 819) 1114 111.0 1.1e-23
CCDS44487.1 FGFR2 gene_id:2263|Hs108|chr10 ( 705) 1108 110.4 1.5e-23
CCDS3354.1 FGFR3 gene_id:2261|Hs108|chr4 ( 694) 1102 109.9 2e-23
CCDS3353.1 FGFR3 gene_id:2261|Hs108|chr4 ( 806) 1102 110.0 2.2e-23
CCDS54706.1 FGFR3 gene_id:2261|Hs108|chr4 ( 808) 1102 110.0 2.2e-23
CCDS44488.1 FGFR2 gene_id:2263|Hs108|chr10 ( 680) 1099 109.6 2.4e-23
CCDS44489.1 FGFR2 gene_id:2263|Hs108|chr10 ( 769) 1099 109.7 2.6e-23
CCDS53584.1 FGFR2 gene_id:2263|Hs108|chr10 ( 707) 1096 109.4 2.9e-23
CCDS4411.1 FGFR4 gene_id:2264|Hs108|chr5 ( 762) 1090 108.9 4.4e-23
CCDS78096.1 FGFR4 gene_id:2264|Hs108|chr5 ( 734) 1032 104.0 1.3e-21
CCDS75874.1 MUSK gene_id:4593|Hs108|chr9 ( 783) 773 82.1 5.2e-15
CCDS48005.1 MUSK gene_id:4593|Hs108|chr9 ( 869) 773 82.2 5.6e-15
CCDS626.1 ROR1 gene_id:4919|Hs108|chr1 ( 937) 673 73.7 2.1e-12
CCDS4690.1 DDR1 gene_id:780|Hs108|chr6 ( 876) 660 72.6 4.2e-12
CCDS56411.1 DDR1 gene_id:780|Hs108|chr6 ( 894) 660 72.6 4.3e-12
CCDS34385.1 DDR1 gene_id:780|Hs108|chr6 ( 913) 660 72.6 4.3e-12
CCDS3495.1 PDGFRA gene_id:5156|Hs108|chr4 (1089) 660 72.7 4.8e-12
CCDS482.1 TIE1 gene_id:7075|Hs108|chr1 (1138) 649 71.8 9.5e-12
CCDS3497.1 KDR gene_id:3791|Hs108|chr4 (1356) 648 71.8 1.1e-11
CCDS47058.1 KIT gene_id:3815|Hs108|chr4 ( 972) 631 70.2 2.5e-11
CCDS3496.1 KIT gene_id:3815|Hs108|chr4 ( 976) 631 70.2 2.5e-11
CCDS9330.1 FLT1 gene_id:2321|Hs108|chr13 (1338) 634 70.7 2.5e-11
CCDS4302.1 CSF1R gene_id:1436|Hs108|chr5 ( 972) 627 69.9 3.1e-11
CCDS78389.1 TEK gene_id:7010|Hs108|chr9 ( 976) 627 69.9 3.1e-11
CCDS75825.1 TEK gene_id:7010|Hs108|chr9 (1081) 627 69.9 3.3e-11
CCDS6519.1 TEK gene_id:7010|Hs108|chr9 (1124) 627 70.0 3.4e-11
CCDS43412.1 FLT4 gene_id:2324|Hs108|chr5 (1298) 622 69.6 5e-11
CCDS4457.1 FLT4 gene_id:2324|Hs108|chr5 (1363) 622 69.6 5.1e-11
CCDS4303.1 PDGFRB gene_id:5159|Hs108|chr5 (1106) 610 68.5 9.2e-11
CCDS75419.1 DDR1 gene_id:780|Hs108|chr6 ( 767) 606 68.0 9.3e-11
>>CCDS53525.1 RET gene_id:5979|Hs108|chr10 (1072 aa)
initn: 7286 init1: 7286 opt: 7286 Z-score: 3358.9 bits: 633.2 E(32554): 9e-181
Smith-Waterman score: 7286; 100.0% identity (100.0% similar) in 1072 aa overlap (1-1072:1-1072)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MAKATSGAAGLRLLLLLLLPLLGKVALGLYFSRDAYWEKLYVDQAAGTPLLYVHALRDAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 MAKATSGAAGLRLLLLLLLPLLGKVALGLYFSRDAYWEKLYVDQAAGTPLLYVHALRDAP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 EEVPSFRLGQHLYGTYRTRLHENNWICIQEDTGLLYLNRSLDHSSWEKLSVRNRGFPLLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 EEVPSFRLGQHLYGTYRTRLHENNWICIQEDTGLLYLNRSLDHSSWEKLSVRNRGFPLLT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 VYLKVFLSPTSLREGECQWPGCARVYFSFFNTSFPACSSLKPRELCFPETRPSFRIRENR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 VYLKVFLSPTSLREGECQWPGCARVYFSFFNTSFPACSSLKPRELCFPETRPSFRIRENR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 PPGTFHQFRLLPVQFLCPNISVAYRLLEGEGLPFRCAPDSLEVSTRWALDREQREKYELV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 PPGTFHQFRLLPVQFLCPNISVAYRLLEGEGLPFRCAPDSLEVSTRWALDREQREKYELV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 AVCTVHAGAREEVVMVPFPVTVYDEDDSAPTFPAGVDTASAVVEFKRKEDTVVATLRVFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 AVCTVHAGAREEVVMVPFPVTVYDEDDSAPTFPAGVDTASAVVEFKRKEDTVVATLRVFD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 ADVVPASGELVRRYTSTLLPGDTWAQQTFRVEHWPNETSVQANGSFVRATVHDYRLVLNR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 ADVVPASGELVRRYTSTLLPGDTWAQQTFRVEHWPNETSVQANGSFVRATVHDYRLVLNR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 NLSISENRTMQLAVLVNDSDFQGPGAGVLLLHFNVSVLPVSLHLPSTYSLSVSRRARRFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 NLSISENRTMQLAVLVNDSDFQGPGAGVLLLHFNVSVLPVSLHLPSTYSLSVSRRARRFA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 QIGKVCVENCQAFSGINVQYKLHSSGANCSTLGVVTSAEDTSGILFVNDTKALRRPKCAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 QIGKVCVENCQAFSGINVQYKLHSSGANCSTLGVVTSAEDTSGILFVNDTKALRRPKCAE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 LHYMVVATDQQTSRQAQAQLLVTVEGSYVAEEAGCPLSCAVSKRRLECEECGGLGSPTGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 LHYMVVATDQQTSRQAQAQLLVTVEGSYVAEEAGCPLSCAVSKRRLECEECGGLGSPTGR
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 CEWRQGDGKGITRNFSTCSPSTKTCPDGHCDVVETQDINICPQDCLRGSIVGGHEPGEPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 CEWRQGDGKGITRNFSTCSPSTKTCPDGHCDVVETQDINICPQDCLRGSIVGGHEPGEPR
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 GIKAGYGTCNCFPEEEKCFCEPEDIQDPLCDELCRTVIAAAVLFSFIVSVLLSAFCIHCY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 GIKAGYGTCNCFPEEEKCFCEPEDIQDPLCDELCRTVIAAAVLFSFIVSVLLSAFCIHCY
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 HKFAHKPPISSAEMTFRRPAQAFPVSYSSSGARRPSLDSMENQVSVDAFKILEDPKWEFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 HKFAHKPPISSAEMTFRRPAQAFPVSYSSSGARRPSLDSMENQVSVDAFKILEDPKWEFP
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 RKNLVLGKTLGEGEFGKVVKATAFHLKGRAGYTTVAVKMLKENASPSELRDLLSEFNVLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 RKNLVLGKTLGEGEFGKVVKATAFHLKGRAGYTTVAVKMLKENASPSELRDLLSEFNVLK
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 QVNHPHVIKLYGACSQDGPLLLIVEYAKYGSLRGFLRESRKVGPGYLGSGGSRNSSSLDH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 QVNHPHVIKLYGACSQDGPLLLIVEYAKYGSLRGFLRESRKVGPGYLGSGGSRNSSSLDH
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 PDERALTMGDLISFAWQISQGMQYLAEMKLVHRDLAARNILVAEGRKMKISDFGLSRDVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 PDERALTMGDLISFAWQISQGMQYLAEMKLVHRDLAARNILVAEGRKMKISDFGLSRDVY
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB3 EEDSYVKRSQGRIPVKWMAIESLFDHIYTTQSDVWSFGVLLWEIVTLGGNPYPGIPPERL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 EEDSYVKRSQGRIPVKWMAIESLFDHIYTTQSDVWSFGVLLWEIVTLGGNPYPGIPPERL
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB3 FNLLKTGHRMERPDNCSEEMYRLMLQCWKQEPDKRPVFADISKDLEKMMVKRRDYLDLAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 FNLLKTGHRMERPDNCSEEMYRLMLQCWKQEPDKRPVFADISKDLEKMMVKRRDYLDLAA
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070
pF1KB3 STPSDSLIYDDGLSEEETPLVDCNNAPLPRALPSTWIENKLYGRISHAFTRF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 STPSDSLIYDDGLSEEETPLVDCNNAPLPRALPSTWIENKLYGRISHAFTRF
1030 1040 1050 1060 1070
>>CCDS7200.1 RET gene_id:5979|Hs108|chr10 (1114 aa)
initn: 7226 init1: 7226 opt: 7226 Z-score: 3331.3 bits: 628.2 E(32554): 3.1e-179
Smith-Waterman score: 7226; 100.0% identity (100.0% similar) in 1063 aa overlap (1-1063:1-1063)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MAKATSGAAGLRLLLLLLLPLLGKVALGLYFSRDAYWEKLYVDQAAGTPLLYVHALRDAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 MAKATSGAAGLRLLLLLLLPLLGKVALGLYFSRDAYWEKLYVDQAAGTPLLYVHALRDAP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 EEVPSFRLGQHLYGTYRTRLHENNWICIQEDTGLLYLNRSLDHSSWEKLSVRNRGFPLLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 EEVPSFRLGQHLYGTYRTRLHENNWICIQEDTGLLYLNRSLDHSSWEKLSVRNRGFPLLT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 VYLKVFLSPTSLREGECQWPGCARVYFSFFNTSFPACSSLKPRELCFPETRPSFRIRENR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 VYLKVFLSPTSLREGECQWPGCARVYFSFFNTSFPACSSLKPRELCFPETRPSFRIRENR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 PPGTFHQFRLLPVQFLCPNISVAYRLLEGEGLPFRCAPDSLEVSTRWALDREQREKYELV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 PPGTFHQFRLLPVQFLCPNISVAYRLLEGEGLPFRCAPDSLEVSTRWALDREQREKYELV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 AVCTVHAGAREEVVMVPFPVTVYDEDDSAPTFPAGVDTASAVVEFKRKEDTVVATLRVFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 AVCTVHAGAREEVVMVPFPVTVYDEDDSAPTFPAGVDTASAVVEFKRKEDTVVATLRVFD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 ADVVPASGELVRRYTSTLLPGDTWAQQTFRVEHWPNETSVQANGSFVRATVHDYRLVLNR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 ADVVPASGELVRRYTSTLLPGDTWAQQTFRVEHWPNETSVQANGSFVRATVHDYRLVLNR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 NLSISENRTMQLAVLVNDSDFQGPGAGVLLLHFNVSVLPVSLHLPSTYSLSVSRRARRFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 NLSISENRTMQLAVLVNDSDFQGPGAGVLLLHFNVSVLPVSLHLPSTYSLSVSRRARRFA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 QIGKVCVENCQAFSGINVQYKLHSSGANCSTLGVVTSAEDTSGILFVNDTKALRRPKCAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 QIGKVCVENCQAFSGINVQYKLHSSGANCSTLGVVTSAEDTSGILFVNDTKALRRPKCAE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 LHYMVVATDQQTSRQAQAQLLVTVEGSYVAEEAGCPLSCAVSKRRLECEECGGLGSPTGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 LHYMVVATDQQTSRQAQAQLLVTVEGSYVAEEAGCPLSCAVSKRRLECEECGGLGSPTGR
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 CEWRQGDGKGITRNFSTCSPSTKTCPDGHCDVVETQDINICPQDCLRGSIVGGHEPGEPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 CEWRQGDGKGITRNFSTCSPSTKTCPDGHCDVVETQDINICPQDCLRGSIVGGHEPGEPR
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 GIKAGYGTCNCFPEEEKCFCEPEDIQDPLCDELCRTVIAAAVLFSFIVSVLLSAFCIHCY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 GIKAGYGTCNCFPEEEKCFCEPEDIQDPLCDELCRTVIAAAVLFSFIVSVLLSAFCIHCY
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 HKFAHKPPISSAEMTFRRPAQAFPVSYSSSGARRPSLDSMENQVSVDAFKILEDPKWEFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 HKFAHKPPISSAEMTFRRPAQAFPVSYSSSGARRPSLDSMENQVSVDAFKILEDPKWEFP
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 RKNLVLGKTLGEGEFGKVVKATAFHLKGRAGYTTVAVKMLKENASPSELRDLLSEFNVLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 RKNLVLGKTLGEGEFGKVVKATAFHLKGRAGYTTVAVKMLKENASPSELRDLLSEFNVLK
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 QVNHPHVIKLYGACSQDGPLLLIVEYAKYGSLRGFLRESRKVGPGYLGSGGSRNSSSLDH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 QVNHPHVIKLYGACSQDGPLLLIVEYAKYGSLRGFLRESRKVGPGYLGSGGSRNSSSLDH
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 PDERALTMGDLISFAWQISQGMQYLAEMKLVHRDLAARNILVAEGRKMKISDFGLSRDVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 PDERALTMGDLISFAWQISQGMQYLAEMKLVHRDLAARNILVAEGRKMKISDFGLSRDVY
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB3 EEDSYVKRSQGRIPVKWMAIESLFDHIYTTQSDVWSFGVLLWEIVTLGGNPYPGIPPERL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 EEDSYVKRSQGRIPVKWMAIESLFDHIYTTQSDVWSFGVLLWEIVTLGGNPYPGIPPERL
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB3 FNLLKTGHRMERPDNCSEEMYRLMLQCWKQEPDKRPVFADISKDLEKMMVKRRDYLDLAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 FNLLKTGHRMERPDNCSEEMYRLMLQCWKQEPDKRPVFADISKDLEKMMVKRRDYLDLAA
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070
pF1KB3 STPSDSLIYDDGLSEEETPLVDCNNAPLPRALPSTWIENKLYGRISHAFTRF
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 STPSDSLIYDDGLSEEETPLVDCNNAPLPRALPSTWIENKLYGMSDPNWPGESPVPLTRA
1030 1040 1050 1060 1070 1080
CCDS72 DGTNTGFPRYPNDSVYANWMLSPSAAKLMDTFDS
1090 1100 1110
>>CCDS55221.1 FGFR1 gene_id:2260|Hs108|chr8 (812 aa)
initn: 1079 init1: 746 opt: 1129 Z-score: 545.5 bits: 112.2 E(32554): 4.6e-24
Smith-Waterman score: 1134; 44.8% identity (71.8% similar) in 426 aa overlap (645-1049:376-792)
620 630 640 650 660 670
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CCDS61 S---HNPEEQLSSKDLVSCAYQVARGMEYLASKKCIHRDLAARNVLVTEDNVMKIADFGL
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