Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3508
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3508, 328 aa
1>>>pF1KB3508 328 - 328 aa - 328 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5830+/-0.00104; mu= 13.9673+/- 0.062
mean_var=66.6819+/-13.315, 0's: 0 Z-trim(103.6): 26 B-trim: 0 in 0/47
Lambda= 0.157062
statistics sampled from 7469 (7492) to 7469 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.609), E-opt: 0.2 (0.23), width: 16
Scan time: 2.210
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS32684.1 CA10 gene_id:56934|Hs108|chr17 ( 328) 2216 511.3 4.2e-145
CCDS12729.1 CA11 gene_id:770|Hs108|chr19 ( 328) 1223 286.3 2.3e-77
CCDS10821.1 CA7 gene_id:766|Hs108|chr16 ( 264) 523 127.6 1.1e-29
CCDS6239.1 CA2 gene_id:760|Hs108|chr8 ( 260) 498 122.0 5.3e-28
CCDS6236.1 CA13 gene_id:377677|Hs108|chr8 ( 262) 494 121.1 1e-27
CCDS10965.1 CA5A gene_id:763|Hs108|chr16 ( 305) 484 118.8 5.5e-27
CCDS14171.1 CA5B gene_id:11238|Hs108|chrX ( 317) 484 118.8 5.7e-27
CCDS6238.1 CA3 gene_id:761|Hs108|chr8 ( 260) 469 115.4 5.1e-26
CCDS6174.1 CA8 gene_id:767|Hs108|chr8 ( 290) 468 115.2 6.5e-26
CCDS6237.1 CA1 gene_id:759|Hs108|chr8 ( 261) 464 114.3 1.1e-25
CCDS42173.1 CA7 gene_id:766|Hs108|chr16 ( 208) 450 111.1 8.2e-25
CCDS10186.1 CA12 gene_id:771|Hs108|chr15 ( 343) 437 108.2 9.8e-24
CCDS10185.1 CA12 gene_id:771|Hs108|chr15 ( 354) 436 108.0 1.2e-23
CCDS947.1 CA14 gene_id:23632|Hs108|chr1 ( 337) 409 101.9 7.8e-22
CCDS57970.1 CA6 gene_id:765|Hs108|chr1 ( 313) 399 99.6 3.5e-21
CCDS30578.1 CA6 gene_id:765|Hs108|chr1 ( 308) 379 95.0 8.1e-20
CCDS76767.1 CA12 gene_id:771|Hs108|chr15 ( 283) 378 94.8 8.8e-20
CCDS6585.1 CA9 gene_id:768|Hs108|chr9 ( 459) 372 93.5 3.4e-19
CCDS2895.1 PTPRG gene_id:5793|Hs108|chr3 (1445) 355 89.9 1.4e-17
CCDS11624.1 CA4 gene_id:762|Hs108|chr17 ( 312) 346 87.6 1.5e-17
CCDS57971.1 CA6 gene_id:765|Hs108|chr1 ( 248) 298 76.6 2.2e-14
CCDS56505.1 PTPRZ1 gene_id:5803|Hs108|chr7 (1448) 307 79.0 2.6e-14
CCDS34740.1 PTPRZ1 gene_id:5803|Hs108|chr7 (2315) 307 79.1 3.9e-14
>>CCDS32684.1 CA10 gene_id:56934|Hs108|chr17 (328 aa)
initn: 2216 init1: 2216 opt: 2216 Z-score: 2718.5 bits: 511.3 E(32554): 4.2e-145
Smith-Waterman score: 2216; 100.0% identity (100.0% similar) in 328 aa overlap (1-328:1-328)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MEIVWEVLFLLQANFIVCISAQQNSPKIHEGWWAYKEVVQGSFVPVPSFWGLVNSAWNLC
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CCDS32 MEIVWEVLFLLQANFIVCISAQQNSPKIHEGWWAYKEVVQGSFVPVPSFWGLVNSAWNLC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 SVGKRQSPVNIETSHMIFDPFLTPLRINTGGRKVSGTMYNTGRHVSLRLDKEHLVNISGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SVGKRQSPVNIETSHMIFDPFLTPLRINTGGRKVSGTMYNTGRHVSLRLDKEHLVNISGG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 PMTYSHRLEEIRLHFGSEDSQGSEHLLNGQAFSGEVQLIHYNHELYTNVTEAAKSPNGLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 PMTYSHRLEEIRLHFGSEDSQGSEHLLNGQAFSGEVQLIHYNHELYTNVTEAAKSPNGLV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 VVSIFIKVSDSSNPFLNRMLNRDTITRITYKNDAYLLQGLNIEELYPETSSFITYDGSMT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 VVSIFIKVSDSSNPFLNRMLNRDTITRITYKNDAYLLQGLNIEELYPETSSFITYDGSMT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 IPPCYETASWIIMNKPVYITRMQMHSLRLLSQNQPSQIFLSMSDNFRPVQPLNNRCIRTN
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CCDS32 IPPCYETASWIIMNKPVYITRMQMHSLRLLSQNQPSQIFLSMSDNFRPVQPLNNRCIRTN
250 260 270 280 290 300
310 320
pF1KB3 INFSLQGKDCPNNRAQKLQYRVNEWLLK
::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 INFSLQGKDCPNNRAQKLQYRVNEWLLK
310 320
>>CCDS12729.1 CA11 gene_id:770|Hs108|chr19 (328 aa)
initn: 1210 init1: 1210 opt: 1223 Z-score: 1502.4 bits: 286.3 E(32554): 2.3e-77
Smith-Waterman score: 1223; 58.9% identity (84.0% similar) in 287 aa overlap (30-314:32-318)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MEIVWEVLFLLQANFIVCISAQQNSPKIHEGWWAYKEVVQGSFVPVPSFWGLVNSAWNL
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CCDS12 GAAARLSAPRALVLWAALGAAAHIGPAPDPEDWWSYKDNLQGNFVPGPPFWGLVNAAWSL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 CSVGKRQSPVNIETSHMIFDPFLTPLRINTGGRKVSGTMYNTGRHVSLRLDKEHLVNISG
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CCDS12 CAVGKRQSPVDVELKRVLYDPFLPPLRLSTGGEKLRGTLYNTGRHVSFLPAPRPVVNVSG
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 GPMTYSHRLEEIRLHFGSEDSQGSEHLLNGQAFSGEVQLIHYNHELYTNVTEAAKSPNGL
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CCDS12 GPLLYSHRLSELRLLFGARDGAGSEHQINHQGFSAEVQLIHFNQELYGNFSAASRGPNGL
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 VVVSIFIKVSDSSNPFLNRMLNRDTITRITYKNDAYLLQGLNIEELYPETSSFITYDGSM
...:.:..:...:::::.:.:::::::::.::::::.:: :..: :.::. .::::.::.
CCDS12 AILSLFVNVASTSNPFLSRLLNRDTITRISYKNDAYFLQDLSLELLFPESFGFITYQGSL
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 TIPPCYETASWIIMNKPVYITRMQMHSLRLLSQNQPSQIFLSMSDNFRPVQPLNNRCIRT
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CCDS12 STPPCSETVTWILIDRALNITSLQMHSLRLLSQNPPSQIFQSLSGNSRPLQPLAHRALRG
250 260 270 280 290 300
300 310 320
pF1KB3 NINFSLQGKDC--PNNRAQKLQYRVNEWLLK
: . . : :: :
CCDS12 NRDPRHPERRCRGPNYRLHVDGVPHGR
310 320
>>CCDS10821.1 CA7 gene_id:766|Hs108|chr16 (264 aa)
initn: 470 init1: 284 opt: 523 Z-score: 646.7 bits: 127.6 E(32554): 1.1e-29
Smith-Waterman score: 526; 31.1% identity (68.9% similar) in 273 aa overlap (29-300:4-261)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MEIVWEVLFLLQANFIVCISAQQNSPKIHEGWWAYKEVVQGSFVPVPSFWGLVNSAWNLC
:.:: .. .: :: : .. . .
CCDS10 MTGHHGWGYGQD--DG-----PSHW---HKLYPIA
10 20
70 80 90 100 110
pF1KB3 SVGKRQSPVNIETSHMIFDPFLTPLRINTGGRKVSGTMYNTGRHVSLRL-DKEHLVNISG
. : ::::.:: .:. ...: : ::... . .: .. :.:. :.. . :.. . ..:
CCDS10 Q-GDRQSPINIISSQAVYSPSLQPLELSYEA-CMSLSITNNGHSVQVDFNDSDDRTVVTG
30 40 50 60 70 80
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 GPMTYSHRLEEIRLHFGSEDSQGSEHLLNGQAFSGEVQLIHYNHELYTNVTEAAKSPNGL
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CCDS10 GPLEGPYRLKQFHFHWGKKHDVGSEHTVDGKSFPSELHLVHWNAKKYSTFGEAASAPDGL
90 100 110 120 130 140
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 VVVSIFIKVSDSSNPFLNRMLNRDTITRITYKNDAYLLQGLNIEELYPETSSFITYDGSM
.::..:....: .: .::. :.. . .:. .. .: . : : . . :: ::.
CCDS10 AVVGVFLETGDE-HPSMNRLT--DALYMVRFKGTKAQFSCFNPKCLLPASRHYWTYPGSL
150 160 170 180 190 200
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 TIPPCYETASWIIMNKPVYITRMQMHSLRLLSQNQPSQIFLSMSDNFRPVQPLNNRCIRT
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CCDS10 TTPPLSESVTWIVLREPICISERQMGKFRSLLFTSEDDERIHMVNNFRPPQPLKGRVVKA
210 220 230 240 250 260
300 310 320
pF1KB3 NINFSLQGKDCPNNRAQKLQYRVNEWLLK
.
CCDS10 SFRA
>>CCDS6239.1 CA2 gene_id:760|Hs108|chr8 (260 aa)
initn: 423 init1: 204 opt: 498 Z-score: 616.2 bits: 122.0 E(32554): 5.3e-28
Smith-Waterman score: 498; 33.5% identity (71.5% similar) in 239 aa overlap (63-300:25-258)
40 50 60 70 80 90
pF1KB3 WAYKEVVQGSFVPVPSFWGLVNSAWNLCSVGKRQSPVNIETSHMIFDPFLTPLRINTGGR
:.:::::.:.: .:: : :: .. .
CCDS62 MSHHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYD-Q
10 20 30 40 50
100 110 120 130 140 150
pF1KB3 KVSGTMYNTGRHVSLRLD-KEHLVNISGGPMTYSHRLEEIRLHFGSEDSQGSEHLLNGQA
.: . :.:. ....: .. . ..:::. ..:: ....:.:: :.::::: .. .
CCDS62 ATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKK
60 70 80 90 100 110
160 170 180 190 200 210
pF1KB3 FSGEVQLIHYNHELYTNVTEAAKSPNGLVVVSIFIKVSDSSNPFLNRMLNRDTITRITYK
...:..:.:.: . : . .:...:.::.:..::.::. :..: :.... :.. : :
CCDS62 YAAELHLVHWNTK-YGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVG-SAKPGLQKVV--DVLDSIKTK
120 130 140 150 160
220 230 240 250 260 270
pF1KB3 NDAYLLQGLNIEELYPETSSFITYDGSMTIPPCYETASWIIMNKPVYITRMQMHSLRLLS
. . . ... . : ::. .. :: ::.: :: : ..::....:. .. :. ..: :.
CCDS62 GKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLN
170 180 190 200 210 220
280 290 300 310 320
pF1KB3 QNQPSQIFLSMSDNFRPVQPLNNRCIRTNINFSLQGKDCPNNRAQKLQYRVNEWLLK
: .. : ::.::.:::.:: :...
CCDS62 FNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK
230 240 250 260
>>CCDS6236.1 CA13 gene_id:377677|Hs108|chr8 (262 aa)
initn: 450 init1: 290 opt: 494 Z-score: 611.2 bits: 121.1 E(32554): 1e-27
Smith-Waterman score: 494; 31.1% identity (70.5% similar) in 241 aa overlap (63-302:26-262)
40 50 60 70 80 90
pF1KB3 WAYKEVVQGSFVPVPSFWGLVNSAWNLCSVGKRQSPVNIETSHMIFDPFLTPLRINTGGR
: .:::..:.:... .: : :: :.
CCDS62 MSRLSWGYREHNGPIHWKEFFPIADGDQQSPIEIKTKEVKYDSSLRPLSIKYDPS
10 20 30 40 50
100 110 120 130 140 150
pF1KB3 KVSGTMYNTGRHVSLRLDK-EHLVNISGGPMTYSHRLEEIRLHFGSEDSQGSEHLLNGQA
... . :.:. .. .: :. . :::.: :.::....::.:: :..::::...: .
CCDS62 SAK-IISNSGHSFNVDFDDTENKSVLRGGPLTGSYRLRQVHLHWGSADDHGSEHIVDGVS
60 70 80 90 100 110
160 170 180 190 200 210
pF1KB3 FSGEVQLIHYNHELYTNVTEAAKSPNGLVVVSIFIKVSDSSNPFLNRMLNRDTITRITYK
...:....:.: . : . .:::. :.::.:...:..... : :... ::. : :
CCDS62 YAAELHVVHWNSDKYPSFVEAAHEPDGLAVLGVFLQIGEP-NSQLQKIT--DTLDSIKEK
120 130 140 150 160 170
220 230 240 250 260 270
pF1KB3 NDAYLLQGLNIEELYPETSSFITYDGSMTIPPCYETASWIIMNKPVYITRMQMHSLRLLS
. . .... : : . .. :: ::.:.:: :...::....:. :. .:. ..: :
CCDS62 GKQTRFTNFDLLSLLPPSWDYWTYPGSLTVPPLLESVTWIVLKQPINISSQQLAKFRSLL
180 190 200 210 220 230
280 290 300 310 320
pF1KB3 QNQPSQIFLSMSDNFRPVQPLNNRCIRTNINFSLQGKDCPNNRAQKLQYRVNEWLLK
. .. . .: :: :::..: .:....
CCDS62 CTAEGEAAAFLVSNHRPPQPLKGRKVRASFH
240 250 260
>>CCDS10965.1 CA5A gene_id:763|Hs108|chr16 (305 aa)
initn: 440 init1: 268 opt: 484 Z-score: 597.9 bits: 118.8 E(32554): 5.5e-27
Smith-Waterman score: 484; 32.3% identity (66.5% similar) in 248 aa overlap (63-307:61-302)
40 50 60 70 80 90
pF1KB3 WAYKEVVQGSFVPVPSFWGLVNSAWNLCSVGKRQSPVNIETSHMIFDPFLTPLRINTGGR
: ::::.::. ..:: : :::..
CCDS10 GRWCSQRSCAWQTSNNTLHPLWTVPVSVPGGTRQSPINIQWRDSVYDPQLKPLRVS---Y
40 50 60 70 80
100 110 120 130 140
pF1KB3 KVSGTMY--NTGRHVSLRLDKEHLVN-ISGGPMTYSHRLEEIRLHFGSEDSQGSEHLLNG
.... .: ::: ....: .. :::::. .::.....:.:. . :::: ..:
CCDS10 EAASCLYIWNTGYLFQVEFDDATEASGISGGPLENHYRLKQFHFHWGAVNEGGSEHTVDG
90 100 110 120 130 140
150 160 170 180 190 200
pF1KB3 QAFSGEVQLIHYNHELYTNVTEAAKSPNGLVVVSIFIKVSDSSNPFLNRMLNRDTITRIT
.:. .:..:.:.: : : ::. . :::.:...:.:.. . . :.:.. : . .:
CCDS10 HAYPAELHLVHWNSVKYQNYKEAVVGENGLAVIGVFLKLG-AHHQTLQRLV--DILPEIK
150 160 170 180 190 200
210 220 230 240 250 260
pF1KB3 YKNDAYLLQGLNIEELYPETSSFITYDGSMTIPPCYETASWIIMNKPVYITRMQMHSLRL
.:. .. .. : : .. :: ::.: :: :...:::...:: .. :. ..:
CCDS10 HKDARAAMRPFDPSTLLPTCWDYWTYAGSLTTPPLTESVTWIIQKEPVEVAPSQLSAFRT
210 220 230 240 250 260
270 280 290 300 310 320
pF1KB3 LSQNQPSQIFLSMSDNFRPVQPLNNRCIRTNINFSLQGKDCPNNRAQKLQYRVNEWLLK
: . .. : .:.::.::: :: . .... . .:
CCDS10 LLFSALGEEEKMMVNNYRPLQPLMNRKVWASFQATNEGTRS
270 280 290 300
>>CCDS14171.1 CA5B gene_id:11238|Hs108|chrX (317 aa)
initn: 446 init1: 265 opt: 484 Z-score: 597.7 bits: 118.8 E(32554): 5.7e-27
Smith-Waterman score: 484; 31.7% identity (65.3% similar) in 259 aa overlap (58-311:56-310)
30 40 50 60 70 80
pF1KB3 IHEGWWAYKEVVQGSFVPVPSFWGLVNSAWNLCSVGKRQSPVNIETSHMIFDPFLTPLRI
.: : ::::.::. ..:: : :: :
CCDS14 PRFMPARPCSLYTCTYKTRNRALHPLWESVDLVPGGDRQSPINIRWRDSVYDPGLKPLTI
30 40 50 60 70 80
90 100 110 120 130 140
pF1KB3 NTGGRKVSGTMYNTGRHVSLRL-DKEHLVNISGGPMTYSHRLEEIRLHFGSEDSQGSEHL
. . ..:.: ... :. :.:::. ...::.....:.:. :. ::::
CCDS14 SYDP-ATCLHVWNNGYSFLVEFEDSTDKSVIKGGPLEHNYRLKQFHFHWGAIDAWGSEHT
90 100 110 120 130 140
150 160 170 180 190 200
pF1KB3 LNGQAFSGEVQLIHYNHELYTNVTEAAKSPNGLVVVSIFIKVSDSSNPFLNRMLNRDTIT
.... : .:..:.:.: . : .:: :::.:...:.:.. . . :.... ::.
CCDS14 VDSKCFPAELHLVHWNAVRFENFEDAALEENGLAVIGVFLKLG-KHHKELQKLV--DTLP
150 160 170 180 190 200
210 220 230 240 250 260
pF1KB3 RITYKNDAYLLQGLNIEELYPETSSFITYDGSMTIPPCYETASWIIMNKPVYITRMQMHS
: .:. . ... :.: .. ::.::.: :: :...::: ..:: . . :...
CCDS14 SIKHKDALVEFGSFDPSCLMPTCPDYWTYSGSLTTPPLSESVTWIIKKQPVEVDHDQLEQ
210 220 230 240 250 260
270 280 290 300 310 320
pF1KB3 LRLLSQNQPSQIFLSMSDNFRPVQPLNNRCIRTNIN----FSLQGKDCPNNRAQKLQYRV
.: : .. .. : :::::.::: :: .:... ...:.: :
CCDS14 FRTLLFTSEGEKEKRMVDNFRPLQPLMNRTVRSSFRHDYVLNVQAKPKPATSQATP
270 280 290 300 310
pF1KB3 NEWLLK
>>CCDS6238.1 CA3 gene_id:761|Hs108|chr8 (260 aa)
initn: 393 init1: 201 opt: 469 Z-score: 580.7 bits: 115.4 E(32554): 5.1e-26
Smith-Waterman score: 469; 31.0% identity (66.9% similar) in 239 aa overlap (63-300:25-258)
40 50 60 70 80 90
pF1KB3 WAYKEVVQGSFVPVPSFWGLVNSAWNLCSVGKRQSPVNIETSHMIFDPFLTPLRINTGGR
:. ::::...:. . :: : : .. :
CCDS62 MAKEWGYASHNGPDHWHELFPNAKGENQSPVELHTKDIRHDPSLQPWSVSYDGG
10 20 30 40 50
100 110 120 130 140 150
pF1KB3 KVSGTMYNTGRHVSLRLDKEHLVNI-SGGPMTYSHRLEEIRLHFGSEDSQGSEHLLNGQA
... :. :.:. . .: . .. :::. .::....::.:: :..:::: ..:
CCDS62 SAK-TILNNGKTCRVVFDDTYDRSMLRGGPLPGPYRLRQFHLHWGSSDDHGSEHTVDGVK
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