Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3511
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3511, 467 aa
1>>>pF1KB3511 467 - 467 aa - 467 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7562+/-0.000761; mu= 11.4904+/- 0.046
mean_var=93.1399+/-18.649, 0's: 0 Z-trim(111.6): 20 B-trim: 552 in 2/50
Lambda= 0.132894
statistics sampled from 12455 (12474) to 12455 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.741), E-opt: 0.2 (0.383), width: 16
Scan time: 2.870
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1492.1 IRF6 gene_id:3664|Hs108|chr1 ( 467) 3279 638.5 4.5e-183
CCDS55681.1 IRF6 gene_id:3664|Hs108|chr1 ( 372) 2599 508.0 6.5e-144
CCDS4469.1 IRF4 gene_id:3662|Hs108|chr6 ( 451) 667 137.7 2.5e-32
CCDS56512.1 IRF5 gene_id:3663|Hs108|chr7 ( 412) 628 130.2 4.1e-30
CCDS43645.1 IRF5 gene_id:3663|Hs108|chr7 ( 514) 597 124.3 3.1e-28
CCDS5808.1 IRF5 gene_id:3663|Hs108|chr7 ( 498) 595 123.9 3.9e-28
CCDS9615.1 IRF9 gene_id:10379|Hs108|chr14 ( 393) 402 86.8 4.3e-17
CCDS3835.1 IRF2 gene_id:3660|Hs108|chr4 ( 349) 392 84.9 1.5e-16
CCDS10956.1 IRF8 gene_id:3394|Hs108|chr16 ( 426) 391 84.7 2e-16
CCDS56099.1 IRF3 gene_id:3661|Hs108|chr19 ( 300) 378 82.2 8.2e-16
CCDS12775.1 IRF3 gene_id:3661|Hs108|chr19 ( 427) 373 81.3 2.2e-15
CCDS59409.1 IRF3 gene_id:3661|Hs108|chr19 ( 452) 373 81.3 2.3e-15
CCDS4155.1 IRF1 gene_id:3659|Hs108|chr5 ( 325) 360 78.8 9.7e-15
CCDS7703.1 IRF7 gene_id:3665|Hs108|chr11 ( 503) 350 76.9 5.4e-14
CCDS7705.1 IRF7 gene_id:3665|Hs108|chr11 ( 516) 350 76.9 5.5e-14
CCDS7704.1 IRF7 gene_id:3665|Hs108|chr11 ( 474) 349 76.7 5.9e-14
CCDS59408.1 IRF3 gene_id:3661|Hs108|chr19 ( 281) 291 65.5 8.2e-11
>>CCDS1492.1 IRF6 gene_id:3664|Hs108|chr1 (467 aa)
initn: 3279 init1: 3279 opt: 3279 Z-score: 3400.2 bits: 638.5 E(32554): 4.5e-183
Smith-Waterman score: 3279; 100.0% identity (100.0% similar) in 467 aa overlap (1-467:1-467)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MALHPRRVRLKPWLVAQVDSGLYPGLIWLHRDSKRFQIPWKHATRHSPQQEEENTIFKAW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MALHPRRVRLKPWLVAQVDSGLYPGLIWLHRDSKRFQIPWKHATRHSPQQEEENTIFKAW
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 AVETGKYQEGVDDPDPAKWKAQLRCALNKSREFNLMYDGTKEVPMNPVKIYQVCDIPQPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 AVETGKYQEGVDDPDPAKWKAQLRCALNKSREFNLMYDGTKEVPMNPVKIYQVCDIPQPQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 GSIINPGSTGSAPWDEKDNDVDEEDEEDELDQSQHHVPIQDTFPFLNINGSPMAPASVGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 GSIINPGSTGSAPWDEKDNDVDEEDEEDELDQSQHHVPIQDTFPFLNINGSPMAPASVGN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 CSVGNCSPEAVWPKTEPLEMEVPQAPIQPFYSSPELWISSLPMTDLDIKFQYRGKEYGQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 CSVGNCSPEAVWPKTEPLEMEVPQAPIQPFYSSPELWISSLPMTDLDIKFQYRGKEYGQT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 MTVSNPQGCRLFYGDLGPMPDQEELFGPVSLEQVKFPGPEHITNEKQKLFTSKLLDVMDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MTVSNPQGCRLFYGDLGPMPDQEELFGPVSLEQVKFPGPEHITNEKQKLFTSKLLDVMDR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 GLILEVSGHAIYAIRLCQCKVYWSGPCAPSLVAPNLIERQKKVKLFCLETFLSDLIAHQK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 GLILEVSGHAIYAIRLCQCKVYWSGPCAPSLVAPNLIERQKKVKLFCLETFLSDLIAHQK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 GQIEKQPPFEIYLCFGEEWPDGKPLERKLILVQVIPVVARMIYEMFSGDFTRSFDSGSVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 GQIEKQPPFEIYLCFGEEWPDGKPLERKLILVQVIPVVARMIYEMFSGDFTRSFDSGSVR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460
pF1KB3 LQISTPDIKDNIVAQLKQLYRILQTQESWQPMQPTPSMQLPPALPPQ
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LQISTPDIKDNIVAQLKQLYRILQTQESWQPMQPTPSMQLPPALPPQ
430 440 450 460
>>CCDS55681.1 IRF6 gene_id:3664|Hs108|chr1 (372 aa)
initn: 2599 init1: 2599 opt: 2599 Z-score: 2697.1 bits: 508.0 E(32554): 6.5e-144
Smith-Waterman score: 2599; 100.0% identity (100.0% similar) in 372 aa overlap (96-467:1-372)
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 KYQEGVDDPDPAKWKAQLRCALNKSREFNLMYDGTKEVPMNPVKIYQVCDIPQPQGSIIN
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MYDGTKEVPMNPVKIYQVCDIPQPQGSIIN
10 20 30
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 PGSTGSAPWDEKDNDVDEEDEEDELDQSQHHVPIQDTFPFLNINGSPMAPASVGNCSVGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 PGSTGSAPWDEKDNDVDEEDEEDELDQSQHHVPIQDTFPFLNINGSPMAPASVGNCSVGN
40 50 60 70 80 90
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 CSPEAVWPKTEPLEMEVPQAPIQPFYSSPELWISSLPMTDLDIKFQYRGKEYGQTMTVSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 CSPEAVWPKTEPLEMEVPQAPIQPFYSSPELWISSLPMTDLDIKFQYRGKEYGQTMTVSN
100 110 120 130 140 150
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 PQGCRLFYGDLGPMPDQEELFGPVSLEQVKFPGPEHITNEKQKLFTSKLLDVMDRGLILE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 PQGCRLFYGDLGPMPDQEELFGPVSLEQVKFPGPEHITNEKQKLFTSKLLDVMDRGLILE
160 170 180 190 200 210
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 VSGHAIYAIRLCQCKVYWSGPCAPSLVAPNLIERQKKVKLFCLETFLSDLIAHQKGQIEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VSGHAIYAIRLCQCKVYWSGPCAPSLVAPNLIERQKKVKLFCLETFLSDLIAHQKGQIEK
220 230 240 250 260 270
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 QPPFEIYLCFGEEWPDGKPLERKLILVQVIPVVARMIYEMFSGDFTRSFDSGSVRLQIST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 QPPFEIYLCFGEEWPDGKPLERKLILVQVIPVVARMIYEMFSGDFTRSFDSGSVRLQIST
280 290 300 310 320 330
430 440 450 460
pF1KB3 PDIKDNIVAQLKQLYRILQTQESWQPMQPTPSMQLPPALPPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 PDIKDNIVAQLKQLYRILQTQESWQPMQPTPSMQLPPALPPQ
340 350 360 370
>>CCDS4469.1 IRF4 gene_id:3662|Hs108|chr6 (451 aa)
initn: 721 init1: 397 opt: 667 Z-score: 693.9 bits: 137.7 E(32554): 2.5e-32
Smith-Waterman score: 803; 33.9% identity (60.9% similar) in 443 aa overlap (9-427:23-438)
10 20 30 40
pF1KB3 MALHPRRVRLKPWLVAQVDSGLYPGLIWLHRDSKRFQIPWKHATRH
.:. ::. :.::: ::::.: ..... :.:::::: ..
CCDS44 MNLEGGGRGGEFGMSAVSCGNGKLRQWLIDQIDSGKYPGLVWENEEKSIFRIPWKHAGKQ
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 SPQQEEENTIFKAWAVETGKYQEGVDDPDPAKWKAQLRCALNKSREFNLMYDGTKEVPMN
. ..::. ..:::::. ::..::.: ::: ::..:::::::: .:. . . .. .
CCDS44 DYNREEDAALFKAWALFKGKFREGIDKPDPPTWKTRLRCALNKSNDFEELVERSQLDISD
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140
pF1KB3 PVKIYQVCD-----------IPQPQGSIINPGSTG----SAPWDEKDN----DVDEEDEE
: :.:.. . .:: :. .: . : : .. : .:. ..
CCDS44 PYKVYRIVPEGAKKGAKQLTLEDPQMSMSHPYTMTTPYPSLPAQQVHNYMMPPLDRSWRD
130 140 150 160 170 180
150 160 170 180 190 200
pF1KB3 DELDQSQHHVPIQDTFPFLNINGSPMAPASVGNCSVGNCSPEAVWPKTEPLEMEVPQAPI
:: . ..: : . : . ..:: : : :. ... : : ..: .:
CCDS44 YVPDQPHPEIPYQCPMTFGPRGHHWQGPA----CENG-CQVTGTFYACAPPESQAPGVPT
190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KB3 QPFYSSPELWISSLPMTD--LDIKFQYRGKEYGQTMTVSNPQGCRLFYGDLGPMPDQEEL
.: : : .: ..: : : . :: . . .:.:.:.:::. .: .
CCDS44 EPSIRSAE----ALAFSDCRLHICLYYR-EILVKELTTSSPEGCRISHG---------HT
240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KB3 FGPVSLEQVKFPGPEHITNEKQKLFTSKLLDVMDRGLILEVSGHAIYAIRLCQCKVYWSG
. .:.:: :: :: .. :. :::. ..::..: .. ..:: :::: ..::.:
CCDS44 YDASNLDQVLFPYPE---DNGQRKNIEKLLSHLERGVVLWMAPDGLYAKRLCQSRIYWDG
290 300 310 320 330
330 340 350 360 370 380
pF1KB3 PCAPSLVAPNLIERQKKVKLFCLETFLSDLIAHQKGQIEKQPPFEIYLCFGEEWPDGKPL
: : :: .::.. ::: . :::.: : . . .. : :.. ::::::.:: .
CCDS44 PLALCNDRPNKLERDQTCKLFDTQQFLSELQAFAH-HGRSLPRFQVTLCFGEEFPDPQR-
340 350 360 370 380 390
390 400 410 420 430 440
pF1KB3 ERKLILVQVIPVVARMIY---EMFSGDFTRSFDSGSVRLQISTPDIKDNIVAQLKQLYRI
.:::: ..: :..::..: .. :: : :..: . .::.:.
CCDS44 QRKLITAHVEPLLARQLYYFAQQNSGHFLRGYD---LPEHISNPEDYHRSIRHSSIQE
400 410 420 430 440 450
450 460
pF1KB3 LQTQESWQPMQPTPSMQLPPALPPQ
>>CCDS56512.1 IRF5 gene_id:3663|Hs108|chr7 (412 aa)
initn: 1491 init1: 569 opt: 628 Z-score: 654.1 bits: 130.2 E(32554): 4.1e-30
Smith-Waterman score: 1447; 50.8% identity (70.2% similar) in 453 aa overlap (5-456:12-392)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MALHPRRVRLKPWLVAQVDSGLYPGLIWLHRDSKRFQIPWKHATRHSPQQEEE
::::::::::::::.: :::: :.. ..: : :::.:::::.:.:. .
CCDS56 MNQSIPVAPTPPRRVRLKPWLVAQVNSCQYPGLQWVNGEKKLFCIPWRHATRHGPSQDGD
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 NTIFKAWAVETGKYQEGVDDPDPAKWKAQLRCALNKSREFNLMYDGTKEVPMNPVKIYQV
:::::::: ::::: ::::. :::::::.:::::::::.: :.::: ...: .: :::.:
CCDS56 NTIFKAWAKETGKYTEGVDEADPAKWKANLRCALNKSRDFRLIYDGPRDMPPQPYKIYEV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 CDIPQPQGSIINPGSTGSAPWDEKDNDVDEEDEEDELDQSQHHVPIQDTFPFLNINGSPM
:. .: :. : : : .. . . ::.::.: .: .: :
CCDS56 CS----NG----PAPTDSQPPEDYSFGAGEEEEEEE--------ELQRMLPSL-------
130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 APASVGNCSVGNCSPEAVWPKTEPLEMEVPQAPIQPFYSSPELWISSLPMTDLDIKFQYR
:: .:::.::::::
CCDS56 ----------------------------------------------SLTVTDLEIKFQYR
160 170
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 GKEYGQTMTVSNPQGCRLFYGDLGPMPDQEELFGPVSLEQVKFPGPEHITNEKQKLFTSK
:. ...:.:::.::::::..: .: :::::.:::::.::.:: : ..::...:..
CCDS56 GRP-PRALTISNPHGCRLFYSQLEATQEQVELFGPISLEQVRFPSPEDIPSDKQRFYTNQ
180 190 200 210 220 230
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 LLDVMDRGLILEVSGHAIYAIRLCQCKVYWSGPCAPSLVA-PNLIERQKKVKLFCLETFL
::::.::::::...:. .::::::::::.:::::: . . :: :.:. :.::: :: ::
CCDS56 LLDVLDRGLILQLQGQDLYAIRLCQCKVFWSGPCASAHDSCPNPIQREVKTKLFSLEHFL
240 250 260 270 280 290
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 SDLIAHQKGQIEKQPPFEIYLCFGEEWPDGKPLERKLILVQVIPVVARMIYEMFSGDFTR
..:: :::: . :::::..:::::::: :: :.::: :::.::.::.. :::::...
CCDS56 NELILFQKGQTNTPPPFEIFFCFGEEWPDRKPREKKLITVQVVPVAARLLLEMFSGELSW
300 310 320 330 340 350
420 430 440 450 460
pF1KB3 SFDSGSVRLQISTPDIKDNIVAQLKQLYRILQTQESWQPMQPTPSMQLPPALPPQ
: :: .:::::.::.:: .: :.:.:..: :.:. ::. .:
CCDS56 SADS--IRLQISNPDLKDRMVEQFKELHHIWQSQQRLQPVAQAPPGAGLGVGQGPWPMHP
360 370 380 390 400
CCDS56 AGMQ
410
>>CCDS43645.1 IRF5 gene_id:3663|Hs108|chr7 (514 aa)
initn: 1491 init1: 569 opt: 597 Z-score: 620.5 bits: 124.3 E(32554): 3.1e-28
Smith-Waterman score: 1524; 49.4% identity (70.7% similar) in 498 aa overlap (5-456:12-494)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MALHPRRVRLKPWLVAQVDSGLYPGLIWLHRDSKRFQIPWKHATRHSPQQEEE
::::::::::::::.: :::: :.. ..: : :::.:::::.:.:. .
CCDS43 MNQSIPVAPTPPRRVRLKPWLVAQVNSCQYPGLQWVNGEKKLFCIPWRHATRHGPSQDGD
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 NTIFKAWAVETGKYQEGVDDPDPAKWKAQLRCALNKSREFNLMYDGTKEVPMNPVKIYQV
:::::::: ::::: ::::. :::::::.:::::::::.: :.::: ...: .: :::.:
CCDS43 NTIFKAWAKETGKYTEGVDEADPAKWKANLRCALNKSRDFRLIYDGPRDMPPQPYKIYEV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 C-DIPQPQGSIINPGSTGSAPWDEKDNDVDEEDEEDELDQSQHHVPIQDTFPFLNINGSP
: . : : : .: : : . . .::.::.::.. . . :. .:
CCDS43 CSNGPAPTDS--QP------PEDYSFGAGEEEEEEEELQRMLPSLSLTDAVQ----SGPH
130 140 150 160
180 190 200 210
pF1KB3 MAPASVGNCSVG---NCSPEAVWPKT-EPLEMEVP---------QAPIQPFYSSP-----
:.: :. . .: . .: .. : : .: .. : .:. : ..:
CCDS43 MTPYSLLKEDVKWPPTLQPPTLRPPTLQPPTLQPPVVLGPPAPDPSPLAPPPGNPAGFRE
170 180 190 200 210 220
220 230 240
pF1KB3 ------------------------ELWISS--LPMTDLDIKFQYRGKEYGQTMTVSNPQG
.: :: ::.:::.:::::::. ...:.:::.:
CCDS43 LLSEVLEPGPLPASLPPAGEQLLPDLLISPHMLPLTDLEIKFQYRGRP-PRALTISNPHG
230 240 250 260 270 280
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 CRLFYGDLGPMPDQEELFGPVSLEQVKFPGPEHITNEKQKLFTSKLLDVMDRGLILEVSG
:::::..: .: :::::.:::::.::.:: : ..::...:..::::.::::::...:
CCDS43 CRLFYSQLEATQEQVELFGPISLEQVRFPSPEDIPSDKQRFYTNQLLDVLDRGLILQLQG
290 300 310 320 330 340
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 HAIYAIRLCQCKVYWSGPCAPSLVA-PNLIERQKKVKLFCLETFLSDLIAHQKGQIEKQP
. .::::::::::.:::::: . . :: :.:. :.::: :: ::..:: :::: . :
CCDS43 QDLYAIRLCQCKVFWSGPCASAHDSCPNPIQREVKTKLFSLEHFLNELILFQKGQTNTPP
350 360 370 380 390 400
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 PFEIYLCFGEEWPDGKPLERKLILVQVIPVVARMIYEMFSGDFTRSFDSGSVRLQISTPD
::::..:::::::: :: :.::: :::.::.::.. :::::... : :: .:::::.::
CCDS43 PFEIFFCFGEEWPDRKPREKKLITVQVVPVAARLLLEMFSGELSWSADS--IRLQISNPD
410 420 430 440 450 460
430 440 450 460
pF1KB3 IKDNIVAQLKQLYRILQTQESWQPMQPTPSMQLPPALPPQ
.:: .: :.:.:..: :.:. ::. .:
CCDS43 LKDRMVEQFKELHHIWQSQQRLQPVAQAPPGAGLGVGQGPWPMHPAGMQ
470 480 490 500 510
>>CCDS5808.1 IRF5 gene_id:3663|Hs108|chr7 (498 aa)
initn: 1491 init1: 569 opt: 595 Z-score: 618.6 bits: 123.9 E(32554): 3.9e-28
Smith-Waterman score: 1542; 51.1% identity (71.9% similar) in 481 aa overlap (5-456:12-478)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MALHPRRVRLKPWLVAQVDSGLYPGLIWLHRDSKRFQIPWKHATRHSPQQEEE
::::::::::::::.: :::: :.. ..: : :::.:::::.:.:. .
CCDS58 MNQSIPVAPTPPRRVRLKPWLVAQVNSCQYPGLQWVNGEKKLFCIPWRHATRHGPSQDGD
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 NTIFKAWAVETGKYQEGVDDPDPAKWKAQLRCALNKSREFNLMYDGTKEVPMNPVKIYQV
:::::::: ::::: ::::. :::::::.:::::::::.: :.::: ...: .: :::.:
CCDS58 NTIFKAWAKETGKYTEGVDEADPAKWKANLRCALNKSRDFRLIYDGPRDMPPQPYKIYEV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160
pF1KB3 C-DIPQPQGSIINPGSTGSAPWDEKDNDVDEEDEEDELDQSQHHVPIQDTF---PFLN--
: . : : : .: : : . . .::.::.::.. . . . : :.
CCDS58 CSNGPAPTDS--QP------PEDYSFGAGEEEEEEEELQRMLPSLSLTEDVKWPPTLQPP
130 140 150 160 170
170 180 190 200
pF1KB3 ------INGSPMAPASVGNCSVGNCSPEAVWPKTE--------------PLEMEVPQAPI
.. . : : . . . :: : : . :: .: :
CCDS58 TLRPPTLQPPTLQPPVVLGPPAPDPSPLAPPPGNPAGFRELLSEVLEPGPLPASLPPAGE
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
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330 340 350 360 370 380
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::: . . :: :.:. :.::: :: ::..:: :::: . :::::..:::::::: ::
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450 460
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.:. ::. .:
CCDS58 SQQRLQPVAQAPPGAGLGVGQGPWPMHPAGMQ
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... . ..:. : . . :: :. .. .::.: : :. . : .: . : :
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CCDS96 LSLV
390
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CCDS10 V-MQAPEEPPPDQVFRMFPDICASHQRSFFRENQQITV
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CCDS56 FSQPDTS---PDTNGGG----STSDT-QEDILDELLGNMVLAPLPDPGPPSLAVAPEP-C
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