FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB3518, 760 aa 1>>>pF1KB3518 760 - 760 aa - 760 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.0313+/-0.000909; mu= 6.9647+/- 0.055 mean_var=281.5035+/-58.517, 0's: 0 Z-trim(115.3): 49 B-trim: 0 in 0/52 Lambda= 0.076442 statistics sampled from 15844 (15891) to 15844 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.775), E-opt: 0.2 (0.488), width: 16 Scan time: 5.050 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS42581.1 STRN4 gene_id:29888|Hs108|chr19 ( 760) 5129 579.3 7.9e-165 CCDS12690.1 STRN4 gene_id:29888|Hs108|chr19 ( 753) 5058 571.4 1.8e-162 CCDS9641.1 STRN3 gene_id:29966|Hs108|chr14 ( 713) 1616 191.8 3.2e-48 CCDS41938.1 STRN3 gene_id:29966|Hs108|chr14 ( 797) 1603 190.4 9.3e-48 CCDS1784.1 STRN gene_id:6801|Hs108|chr2 ( 780) 1529 182.3 2.6e-45 >>CCDS42581.1 STRN4 gene_id:29888|Hs108|chr19 (760 aa) initn: 5129 init1: 5129 opt: 5129 Z-score: 3072.7 bits: 579.3 E(32554): 7.9e-165 Smith-Waterman score: 5129; 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CCDS41 APQNSQLTWKQGRQLLRQYLQEVGYTDTILDVRSQRVRSLLGLSNSEPNGSVE-TKNLEQ 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 pF1KB3 APPGPAGLSGGESLLVKQIEEQIKRNAAGKDGKERLGGSVLGQIPFLQNCEDEDSDED-D :.:::: :: ..:::.. :.:: . ::.: .: : ::. : CCDS41 I------LNGGES--PKQKGQEIKRSS----------GDVLETFNFLENADDSDEDEEND 230 240 250 260 290 300 310 320 330 pF1KB3 ELDSV-----QHKKQRVKLPSKALVPEMEDEDEEDDSEDAINEFDFLGSGEDGEGAPDPR .... .:. .. :. ...:. .. :. :.:.:..::::: ..:::::: . : CCDS41 MIEGIPEGKDKHRMNKHKIGNEGLAADLTDDP---DTEEALKEFDFLVTAEDGEGAGEAR 270 280 290 300 310 320 340 350 360 pF1KB3 RCTVDG--------SP------------------HELESR---------RVKLQGILADL . :: :: .. : . :.:: ..::: CCDS41 S-SGDGTEWDKDDLSPTAEVWDVDQGLISKLKEQYKKERKGKKGVKRANRTKLYDMIADL 330 340 350 360 370 380 370 380 390 400 pF1KB3 RDVDGLPPKVTG----PPPGTPQPRPHEGS-------FGFSSD---VFIM--DTIGGGEV : : :: .: .. . :::. . : : ::: : . . . 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