Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3574
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3574, 432 aa
1>>>pF1KB3574 432 - 432 aa - 432 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1236+/-0.00108; mu= 12.0420+/- 0.065
mean_var=60.8338+/-12.333, 0's: 0 Z-trim(100.9): 30 B-trim: 21 in 1/49
Lambda= 0.164438
statistics sampled from 6271 (6293) to 6271 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.55), E-opt: 0.2 (0.193), width: 16
Scan time: 2.840
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7634.1 ACADSB gene_id:36|Hs108|chr10 ( 432) 2801 673.5 1.1e-193
CCDS81518.1 ACADSB gene_id:36|Hs108|chr10 ( 330) 2149 518.9 3e-147
CCDS9207.1 ACADS gene_id:35|Hs108|chr12 ( 412) 955 235.6 6.9e-62
CCDS10057.2 IVD gene_id:3712|Hs108|chr15 ( 426) 843 209.0 7.1e-54
CCDS65562.1 ACADM gene_id:34|Hs108|chr1 ( 385) 840 208.3 1.1e-53
CCDS668.1 ACADM gene_id:34|Hs108|chr1 ( 421) 830 205.9 6e-53
CCDS44165.1 ACADM gene_id:34|Hs108|chr1 ( 425) 830 205.9 6e-53
CCDS76610.1 ACADS gene_id:35|Hs108|chr12 ( 408) 792 196.9 3e-50
CCDS3053.1 ACAD9 gene_id:28976|Hs108|chr3 ( 621) 782 194.6 2.4e-49
CCDS53930.1 IVD gene_id:3712|Hs108|chr15 ( 396) 775 192.9 4.8e-49
CCDS8498.1 ACAD8 gene_id:27034|Hs108|chr11 ( 415) 750 187.0 3e-47
CCDS2389.1 ACADL gene_id:33|Hs108|chr2 ( 430) 744 185.5 8.5e-47
CCDS72807.1 ACADM gene_id:34|Hs108|chr1 ( 454) 737 183.9 2.8e-46
CCDS42249.1 ACADVL gene_id:37|Hs108|chr17 ( 633) 710 177.5 3.3e-44
CCDS11090.1 ACADVL gene_id:37|Hs108|chr17 ( 655) 710 177.5 3.5e-44
CCDS58509.1 ACADVL gene_id:37|Hs108|chr17 ( 678) 710 177.5 3.6e-44
CCDS12286.1 GCDH gene_id:2639|Hs108|chr19 ( 438) 546 138.6 1.2e-32
CCDS31903.1 ACAD10 gene_id:80724|Hs108|chr12 (1059) 463 118.9 2.5e-26
CCDS44973.1 ACAD10 gene_id:80724|Hs108|chr12 (1090) 463 118.9 2.5e-26
CCDS3074.1 ACAD11 gene_id:84129|Hs108|chr3 ( 780) 367 96.1 1.3e-19
>>CCDS7634.1 ACADSB gene_id:36|Hs108|chr10 (432 aa)
initn: 2801 init1: 2801 opt: 2801 Z-score: 3590.9 bits: 673.5 E(32554): 1.1e-193
Smith-Waterman score: 2801; 100.0% identity (100.0% similar) in 432 aa overlap (1-432:1-432)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MEGLAVRLLRGSRLLRRNFLTCLSSWKIPPHVSKSSQSEALLNITNNGIHFAPLQTFTDE
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CCDS76 MEGLAVRLLRGSRLLRRNFLTCLSSWKIPPHVSKSSQSEALLNITNNGIHFAPLQTFTDE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 EMMIKSSVKKFAQEQIAPLVSTMDENSKMEKSVIQGLFQQGLMGIEVDPEYGGTGASFLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 EMMIKSSVKKFAQEQIAPLVSTMDENSKMEKSVIQGLFQQGLMGIEVDPEYGGTGASFLS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 TVLVIEELAKVDASVAVFCEIQNTLINTLIRKHGTEEQKATYLPQLTTEKVGSFCLSEAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 TVLVIEELAKVDASVAVFCEIQNTLINTLIRKHGTEEQKATYLPQLTTEKVGSFCLSEAG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 AGSDSFALKTRADKEGDYYVLNGSKMWISSAEHAGLFLVMANVDPTIGYKGITSFLVDRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 AGSDSFALKTRADKEGDYYVLNGSKMWISSAEHAGLFLVMANVDPTIGYKGITSFLVDRD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 TPGLHIGKPENKLGLRASSTCPLTFENVKVPEANILGQIGHGYKYAIGSLNEGRIGIAAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 TPGLHIGKPENKLGLRASSTCPLTFENVKVPEANILGQIGHGYKYAIGSLNEGRIGIAAQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 MLGLAQGCFDYTIPYIKERIQFGKRLFDFQGLQHQVAHVATQLEAARLLTYNAARLLEAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 MLGLAQGCFDYTIPYIKERIQFGKRLFDFQGLQHQVAHVATQLEAARLLTYNAARLLEAG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 KPFIKEASMAKYYASEIAGQTTSKCIEWMGGVGYTKDYPVEKYFRDAKIGTIYEGASNIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 KPFIKEASMAKYYASEIAGQTTSKCIEWMGGVGYTKDYPVEKYFRDAKIGTIYEGASNIQ
370 380 390 400 410 420
430
pF1KB3 LNTIAKHIDAEY
::::::::::::
CCDS76 LNTIAKHIDAEY
430
>>CCDS81518.1 ACADSB gene_id:36|Hs108|chr10 (330 aa)
initn: 2149 init1: 2149 opt: 2149 Z-score: 2757.1 bits: 518.9 E(32554): 3e-147
Smith-Waterman score: 2149; 100.0% identity (100.0% similar) in 330 aa overlap (103-432:1-330)
80 90 100 110 120 130
pF1KB3 QEQIAPLVSTMDENSKMEKSVIQGLFQQGLMGIEVDPEYGGTGASFLSTVLVIEELAKVD
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 MGIEVDPEYGGTGASFLSTVLVIEELAKVD
10 20 30
140 150 160 170 180 190
pF1KB3 ASVAVFCEIQNTLINTLIRKHGTEEQKATYLPQLTTEKVGSFCLSEAGAGSDSFALKTRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 ASVAVFCEIQNTLINTLIRKHGTEEQKATYLPQLTTEKVGSFCLSEAGAGSDSFALKTRA
40 50 60 70 80 90
200 210 220 230 240 250
pF1KB3 DKEGDYYVLNGSKMWISSAEHAGLFLVMANVDPTIGYKGITSFLVDRDTPGLHIGKPENK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 DKEGDYYVLNGSKMWISSAEHAGLFLVMANVDPTIGYKGITSFLVDRDTPGLHIGKPENK
100 110 120 130 140 150
260 270 280 290 300 310
pF1KB3 LGLRASSTCPLTFENVKVPEANILGQIGHGYKYAIGSLNEGRIGIAAQMLGLAQGCFDYT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 LGLRASSTCPLTFENVKVPEANILGQIGHGYKYAIGSLNEGRIGIAAQMLGLAQGCFDYT
160 170 180 190 200 210
320 330 340 350 360 370
pF1KB3 IPYIKERIQFGKRLFDFQGLQHQVAHVATQLEAARLLTYNAARLLEAGKPFIKEASMAKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 IPYIKERIQFGKRLFDFQGLQHQVAHVATQLEAARLLTYNAARLLEAGKPFIKEASMAKY
220 230 240 250 260 270
380 390 400 410 420 430
pF1KB3 YASEIAGQTTSKCIEWMGGVGYTKDYPVEKYFRDAKIGTIYEGASNIQLNTIAKHIDAEY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 YASEIAGQTTSKCIEWMGGVGYTKDYPVEKYFRDAKIGTIYEGASNIQLNTIAKHIDAEY
280 290 300 310 320 330
>>CCDS9207.1 ACADS gene_id:35|Hs108|chr12 (412 aa)
initn: 886 init1: 764 opt: 955 Z-score: 1224.5 bits: 235.6 E(32554): 6.9e-62
Smith-Waterman score: 955; 41.1% identity (72.0% similar) in 375 aa overlap (59-432:36-410)
30 40 50 60 70 80
pF1KB3 PPHVSKSSQSEALLNITNNGIHFAPLQTFTDEEMMIKSSVKKFAQEQIAPLVSTMDENSK
. ..:. .. . ::.... :... .:..
CCDS92 LARASGPARRALCPRAWRQLHTIYQSVELPETHQMLLQTCRDFAEKELFPIAAQVDKEHL
10 20 30 40 50 60
90 100 110 120 130 140
pF1KB3 MEKSVIQGLFQQGLMGIEVDPEYGGTGASFLSTVLVIEELAKVDASVAVFCEIQNTLINT
. . .. . ::....: : ::.: ..:. ....::... ::..:. ..:.:
CCDS92 FPAAQVKKMGGLGLLAMDVPEELGGAGLDYLAYAIAMEEISRGCASTGVIMSVNNSLYLG
70 80 90 100 110 120
150 160 170 180 190 200
pF1KB3 LIRKHGTEEQKATYLPQLTT-EKVGSFCLSEAGAGSDSFALKTRADKEGDYYVLNGSKMW
: : :..::: ... .:. .:.: : ::: : :::. : .: : ::: .::::.: :
CCDS92 PILKFGSKEQKQAWVTPFTSGDKIGCFALSEPGNGSDAGAASTTARAEGDSWVLNGTKAW
130 140 150 160 170 180
210 220 230 240 250 260
pF1KB3 ISSAEHAGLFLVMANVDPTIGYKGITSFLVDRDTPGLHIGKPENKLGLRASSTCPLTFEN
:..: .:. .:.:..: .. :::..::: :::: .:: :.:::.:.::: : ::.
CCDS92 ITNAWEASAAVVFASTDRALQNKGISAFLVPMPTPGLTLGKKEDKLGIRGSSTANLIFED
190 200 210 220 230 240
270 280 290 300 310 320
pF1KB3 VKVPEANILGQIGHGYKYAIGSLNEGRIGIAAQMLGLAQGCFDYTIPYIKERIQFGKRLF
..:. .:::. : :.: :. .:. ::::::.: ::.:: .: .. : ..:. :: :
CCDS92 CRIPKDSILGEPGMGFKIAMQTLDMGRIGIASQALGIAQTALDCAVNYAENRMAFGAPLT
250 260 270 280 290 300
330 340 350 360 370 380
pF1KB3 DFQGLQHQVAHVATQLEAARLLTYNAARLLEAGKPFIKEASMAKYYASEIAGQTTSKCIE
.: .: ..: .: ::.:::::. :: : . :::::::.::: ::: : . . :.
CCDS92 KLQVIQFKLADMALALESARLLTWRAAMLKDNKKPFIKEAAMAKLAASEAATAISHQAIQ
310 320 330 340 350 360
390 400 410 420 430
pF1KB3 WMGGVGYTKDYPVEKYFRDAKIGTIYEGASNIQLNTIAKHIDAEY
.::.::. ..:.:...:::.: ::::.:.:: .:: :. :
CCDS92 ILGGMGYVTEMPAERHYRDARITEIYEGTSEIQRLVIAGHLLRSYRS
370 380 390 400 410
>>CCDS10057.2 IVD gene_id:3712|Hs108|chr15 (426 aa)
initn: 789 init1: 453 opt: 843 Z-score: 1080.7 bits: 209.0 E(32554): 7.1e-54
Smith-Waterman score: 843; 33.7% identity (70.8% similar) in 418 aa overlap (23-432:15-425)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MEGLAVRLLRGSRLLRRNFLTCLSSWKI-PPHVSKSSQ-SEALLNITNNGIHFAPLQTFT
..::.. :: .. :: ...:: . . .. ..
CCDS10 MAEMATATRLLGWRVASWRLRPPLAGFVSQRAHSLLPVDDA------INGLS
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 DEEMMIKSSVKKFAQEQIAPLVSTMDENSKME--KSVIQGLFQQGLMGIEVDPEYGGTGA
.:. ...... :: ::..:: .. .:...... . . : . :..:: . .:::.:
CCDS10 EEQRQLRQTMAKFLQEHLAPKAQEIDRSNEFKNLREFWKQLGNLGVLGITAPVQYGGSGL
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 SFLSTVLVIEELAKVDASVAV-FCEIQNTLINTLIRKHGTEEQKATYLPQLTT-EKVGSF
..: :::.::.......:.. . .: :: :.: .:.: :: :::.: . : .:..
CCDS10 GYLEHVLVMEEISRASGAVGLSYGAHSNLCINQLVR-NGNEAQKEKYLPKLISGEYIGAL
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 CLSEAGAGSDSFALKTRADKEGDYYVLNGSKMWISSAEHAGLFLVMANVD--PTIGYKGI
.:: .:::: ..: .:.:.:..:.:::.:.::... : ...:.:..: . . .::
CCDS10 AMSEPNAGSDVVSMKLKAEKKGNHYILNGNKFWITNGPDADVLIVYAKTDLAAVPASRGI
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 TSFLVDRDTPGLHIGKPENKLGLRASSTCPLTFENVKVPEANILGQIGHGYKYAIGSLNE
:.:.:.. ::. .: .:::.:.:.:: : ::. :.: :::::. ..: ...:.
CCDS10 TAFIVEKGMPGFSTSKKLDKLGMRGSNTCELIFEDCKIPAANILGHENKGVYVLMSGLDL
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 GRIGIAAQMLGLAQGCFDYTIPYIKERIQFGKRLFDFQGLQHQVAHVATQLEAARLLTYN
:. .:. ::: :. .:.::::.. : ::... :: .: ..: . :.: : : .::
CCDS10 ERLVLAGGPLGLMQAVLDHTIPYLHVREAFGQKIGHFQLMQGKMADMYTRLMACRQYVYN
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 AARLLEAGKPFIKEASMAKYYASEIAGQTTSKCIEWMGGVGYTKDYPVEKYFRDAKIGTI
.:. . :. :. . . :..: : :.. :. .:: :: .:.:. ...::::. :
CCDS10 VAKACDEGHCTAKDCAGVILYSAECATQVALDGIQCFGGNGYINDFPMGRFLRDAKLYEI
350 360 370 380 390 400
420 430
pF1KB3 YEGASNIQLNTIAKHIDAEY
:.:... .:.. ..:..
CCDS10 GAGTSEVRRLVIGRAFNADFH
410 420
>>CCDS65562.1 ACADM gene_id:34|Hs108|chr1 (385 aa)
initn: 789 init1: 488 opt: 840 Z-score: 1077.6 bits: 208.3 E(32554): 1.1e-53
Smith-Waterman score: 840; 37.5% identity (70.6% similar) in 381 aa overlap (54-429:2-381)
30 40 50 60 70 80
pF1KB3 SSWKIPPHVSKSSQSEALLNITNNGIHFAPLQTFTDEEMMIKSSVKKFAQEQIAPLVSTM
:: ::... ......:::.:.: :... .
CCDS65 MLQEFTEQQKEFQATARKFAREEIIPVAAEY
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KB3 DENSKMEKSVIQGLFQQGLMGIEVDPEYGGTGASFLSTVLVIEELAKVDASVAVFCEIQN
:..... .:. .. :::. .. . :: : . ... :. :::: ..: . : :
CCDS65 DKTGEYPVPLIRRAWELGLMNTHIPENCGGLGLGTFDACLISEELAYGCTGVQTAIE-GN
40 50 60 70 80 90
150 160 170 180 190 200
pF1KB3 TLINTLIRKHGTEEQKATYLPQLTTEKVG-SFCLSEAGAGSDSFALKTRADKEGDYYVLN
.: . : :...:: :: ..: : . ..:..: ::::: ..::.:.:.:: :..:
CCDS65 SLGQMPIIIAGNDQQKKKYLGRMTEEPLMCAYCVTEPGAGSDVAGIKTKAEKKGDEYIIN
100 110 120 130 140 150
210 220 230 240 250
pF1KB3 GSKMWISSAEHAGLFLVMANVDP---TIGYKGITSFLVDRDTPGLHIGKPENKLGLRASS
:.::::... .:. ....: :: . . :..:.:.:. ::::..::. : ..: : :.
CCDS65 GQKMWITNGGKANWYFLLARSDPDPKAPANKAFTGFIVEADTPGIQIGRKELNMGQRCSD
160 170 180 190 200 210
260 270 280 290 300 310
pF1KB3 TCPLTFENVKVPEANILGQIGHGYKYAIGSLNEGRIGIAAQMLGLAQGCFDYTIPYIKER
: ..::.::::. :.: : :.: :.:.... : .:: .:::: .: . : ::
CCDS65 TRGIVFEDVKVPKENVLIGDGAGFKVAMGAFDKTRPVVAAGAVGLAQRALDEATKYALER
220 230 240 250 260 270
320 330 340 350 360 370
pF1KB3 IQFGKRLFDFQGLQHQVAHVATQLEAARLLTYNAARLLEAGKPFIKEASMAKYYASEIAG
::: : . :... ..:..: ..: ::. :: ...:. ::.:: .:..::.
CCDS65 KTFGKLLVEHQAISFMLAEMAMKVELARMSYQRAAWEVDSGRRNTYYASIAKAFAGDIAN
280 290 300 310 320 330
380 390 400 410 420 430
pF1KB3 QTTSKCIEWMGGVGYTKDYPVEKYFRDAKIGTIYEGASNIQLNTIAK-HIDAEY
: .. .. .:: :.. .::::: .::::: ::::.:.:: .:. :::
CCDS65 QLATDAVQILGGNGFNTEYPVEKLMRDAKIYQIYEGTSQIQRLIVAREHIDKYKN
340 350 360 370 380
>>CCDS668.1 ACADM gene_id:34|Hs108|chr1 (421 aa)
initn: 778 init1: 488 opt: 830 Z-score: 1064.1 bits: 205.9 E(32554): 6e-53
Smith-Waterman score: 830; 36.2% identity (68.2% similar) in 409 aa overlap (26-429:20-417)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MEGLAVRLLRGSRLLRRNFLTCLSSWKIPPHVSKSSQSEALLNITNNGIHFAPLQTFTDE
:. :.. . : : : :. : ::..
CCDS66 MAAGFGRCCRVLRSISRFHWR-SQHTKANRQREPGL-----GFSFE----FTEQ
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 EMMIKSSVKKFAQEQIAPLVSTMDENSKMEKSVIQGLFQQGLMGIEVDPEYGGTGASFLS
. ......:::.:.: :... .:..... .:. .. :::. .. . :: : . ..
CCDS66 QKEFQATARKFAREEIIPVAAEYDKTGEYPVPLIRRAWELGLMNTHIPENCGGLGLGTFD
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170
pF1KB3 TVLVIEELAKVDASVAVFCEIQNTLINTLIRKHGTEEQKATYLPQLTTEKVG-SFCLSEA
. :. :::: ..: . : :.: . : :...:: :: ..: : . ..:..:
CCDS66 ACLISEELAYGCTGVQTAIE-GNSLGQMPIIIAGNDQQKKKYLGRMTEEPLMCAYCVTEP
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 GAGSDSFALKTRADKEGDYYVLNGSKMWISSAEHAGLFLVMANVDP---TIGYKGITSFL
::::: ..::.:.:.:: :..::.::::... .:. ....: :: . . :..:.:.
CCDS66 GAGSDVAGIKTKAEKKGDEYIINGQKMWITNGGKANWYFLLARSDPDPKAPANKAFTGFI
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 VDRDTPGLHIGKPENKLGLRASSTCPLTFENVKVPEANILGQIGHGYKYAIGSLNEGRIG
:. ::::..::. : ..: : :.: ..::.::::. :.: : :.: :.:.... :
CCDS66 VEADTPGIQIGRKELNMGQRCSDTRGIVFEDVKVPKENVLIGDGAGFKVAMGAFDKTRPV
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 IAAQMLGLAQGCFDYTIPYIKERIQFGKRLFDFQGLQHQVAHVATQLEAARLLTYNAARL
.:: .:::: .: . : :: ::: : . :... ..:..: ..: ::. ::
CCDS66 VAAGAVGLAQRALDEATKYALERKTFGKLLVEHQAISFMLAEMAMKVELARMSYQRAAWE
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 LEAGKPFIKEASMAKYYASEIAGQTTSKCIEWMGGVGYTKDYPVEKYFRDAKIGTIYEGA
...:. ::.:: .:..::.: .. .. .:: :.. .::::: .::::: ::::.
CCDS66 VDSGRRNTYYASIAKAFAGDIANQLATDAVQILGGNGFNTEYPVEKLMRDAKIYQIYEGT
350 360 370 380 390 400
420 430
pF1KB3 SNIQLNTIAK-HIDAEY
:.:: .:. :::
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pF1KB3 SNIQLNTIAK-HIDAEY
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CCDS44 SQIQRLIVAREHIDKYKN
410 420
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CCDS76 QAIQILGGMGYVTEMPAERHYRDARITEIYEGTSEIQRLVIAGHLLRSYRS
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CCDS53 MAEMATATRLLGWRVASWRLRPPLAGFVSQRAHSLLPVDDAINGLSEEQ
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CCDS53 RQEFWKQLGNLGVLGITAPVQYGGSGLGYLEHVLVMEEISRASGAVGLSYGAHSNLCINQ
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CCDS53 ITNGPDADVLIVYAKTDLAAVPASRGITAFIVEKGMPGFSTSKKLDKLGMRGSNTCELIF
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