Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3580
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3580, 538 aa
1>>>pF1KB3580 538 - 538 aa - 538 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4669+/-0.000991; mu= 12.7221+/- 0.059
mean_var=93.3156+/-18.660, 0's: 0 Z-trim(106.4): 32 B-trim: 507 in 1/49
Lambda= 0.132769
statistics sampled from 8926 (8948) to 8926 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.642), E-opt: 0.2 (0.275), width: 16
Scan time: 2.980
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3013.1 KPNA1 gene_id:3836|Hs108|chr3 ( 538) 3521 685.0 5.7e-197
CCDS352.1 KPNA6 gene_id:23633|Hs108|chr1 ( 536) 2887 563.6 2e-160
CCDS5111.1 KPNA5 gene_id:3841|Hs108|chr6 ( 539) 2879 562.1 5.9e-160
CCDS32713.1 KPNA2 gene_id:3838|Hs108|chr17 ( 529) 1480 294.1 2.7e-79
CCDS3191.1 KPNA4 gene_id:3840|Hs108|chr3 ( 521) 1420 282.6 7.7e-76
CCDS9421.1 KPNA3 gene_id:3839|Hs108|chr13 ( 521) 1407 280.1 4.3e-75
CCDS47651.1 KPNA7 gene_id:402569|Hs108|chr7 ( 516) 1237 247.5 2.7e-65
>>CCDS3013.1 KPNA1 gene_id:3836|Hs108|chr3 (538 aa)
initn: 3521 init1: 3521 opt: 3521 Z-score: 3649.7 bits: 685.0 E(32554): 5.7e-197
Smith-Waterman score: 3521; 99.8% identity (100.0% similar) in 538 aa overlap (1-538:1-538)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MTTPGKENFRLKSYKNKSLNPDEMRRRREEEGLQLRKQKREEQLFKRRNVATAEEETEEE
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CCDS30 MTTPGKENFRLKSYKNKSLNPDEMRRRREEEGLQLRKQKREEQLFKRRNVATAEEETEEE
10 20 30 40 50 60
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pF1KB3 VMSDGGFHEAQINNMEMAPGGVITSDMIEMIFSKSPEQQLSATQKFRKLLSKEPNPPIDE
::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 VMSDGGFHEAQISNMEMAPGGVITSDMIEMIFSKSPEQQLSATQKFRKLLSKEPNPPIDE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 VISTPGVVARFVEFLKRKENCTLQFESAWVLTNIASGNSLQTRIVIQAGAVPIFIELLSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 VISTPGVVARFVEFLKRKENCTLQFESAWVLTNIASGNSLQTRIVIQAGAVPIFIELLSS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 EFEDVQEQAVWALGNIAGDSTMCRDYVLDCNILPPLLQLFSKQNRLTMTRNAVWALSNLC
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 RGKSPPPEFAKVSPCLNVLSWLLFVSDTDVLADACWALSYLSDGPNDKIQAVIDAGVCRR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 LVELLMHNDYKVVSPALRAVGNIVTGDDIQTQVILNCSALQSLLHLLSSPKESIKKEACW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 LVELLMHNDYKVVSPALRAVGNIVTGDDIQTQVILNCSALQSLLHLLSSPKESIKKEACW
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 TISNITAGNRAQIQTVIDANIFPALISILQTAEFRTRKEAAWAITNATSGGSAEQIKYLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 TISNITAGNRAQIQTVIDANIFPALISILQTAEFRTRKEAAWAITNATSGGSAEQIKYLV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 ELGCIKPLCDLLTVMDSKIVQVALNGLENILRLGEQEAKRNGTGINPYCALIEEAYGLDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 ELGCIKPLCDLLTVMDSKIVQVALNGLENILRLGEQEAKRNGTGINPYCALIEEAYGLDK
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530
pF1KB3 IEFLQSHENQEIYQKAFDLIEHYFGTEDEDSSIAPQVDLNQQQYIFQQCEAPMEGFQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 IEFLQSHENQEIYQKAFDLIEHYFGTEDEDSSIAPQVDLNQQQYIFQQCEAPMEGFQL
490 500 510 520 530
>>CCDS352.1 KPNA6 gene_id:23633|Hs108|chr1 (536 aa)
initn: 2892 init1: 2610 opt: 2887 Z-score: 2993.4 bits: 563.6 E(32554): 2e-160
Smith-Waterman score: 2887; 81.0% identity (93.5% similar) in 538 aa overlap (1-538:4-536)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MTTPGKENFRLKSYKNKSLNPDEMRRRREEEGLQLRKQKREEQLFKRRNVATAEEET
:..:::.:.:.:::::..:::.::::::::::.::::::::.:::::::: : .
CCDS35 METMASPGKDNYRMKSYKNNALNPEEMRRRREEEGIQLRKQKREQQLFKRRNV---ELIN
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 EEEVMSDGGFHEAQINNMEMAPGGVITSDMIEMIFSKSPEQQLSATQKFRKLLSKEPNPP
:: .: :. . .. ... . .::: .:.::.:: . . ::..::::::::::::.::
CCDS35 EEAAMFDSLLMDSYVSST--TGESVITREMVEMLFSDDSDLQLATTQKFRKLLSKEPSPP
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 IDEVISTPGVVARFVEFLKRKENCTLQFESAWVLTNIASGNSLQTRIVIQAGAVPIFIEL
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CCDS35 IDEVINTPRVVDRFVEFLKRNENCTLQFEAAWALTNIASGTSQQTKIVIEAGAVPIFIEL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 LSSEFEDVQEQAVWALGNIAGDSTMCRDYVLDCNILPPLLQLFSKQNRLTMTRNAVWALS
:.:.:::::::::::::::::::..::::::.:.:: ::: :..:..:::::::::::::
CCDS35 LNSDFEDVQEQAVWALGNIAGDSSVCRDYVLNCSILNPLLTLLTKSTRLTMTRNAVWALS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 NLCRGKSPPPEFAKVSPCLNVLSWLLFVSDTDVLADACWALSYLSDGPNDKIQAVIDAGV
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CCDS35 NLCRGKNPPPEFAKVSPCLPVLSRLLFSSDSDLLADACWALSYLSDGPNEKIQAVIDSGV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 CRRLVELLMHNDYKVVSPALRAVGNIVTGDDIQTQVILNCSALQSLLHLLSSPKESIKKE
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CCDS35 CRRLVELLMHNDYKVASPALRAVGNIVTGDDIQTQVILNCSALPCLLHLLSSPKESIRKE
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 ACWTISNITAGNRAQIQTVIDANIFPALISILQTAEFRTRKEAAWAITNATSGGSAEQIK
:::::::::::::::::.::::::::.:: ::: ::::::::::::::::::::. :::.
CCDS35 ACWTISNITAGNRAQIQAVIDANIFPVLIEILQKAEFRTRKEAAWAITNATSGGTPEQIR
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 YLVELGCIKPLCDLLTVMDSKIVQVALNGLENILRLGEQEAKRNGTGINPYCALIEEAYG
::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::.:.:.::::.:::::::
CCDS35 YLVSLGCIKPLCDLLTVMDSKIVQVALNGLENILRLGEQEGKRSGSGVNPYCGLIEEAYG
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 LDKIEFLQSHENQEIYQKAFDLIEHYFGTEDEDSSIAPQVDLNQQQYIFQQCEAPMEGFQ
::::::::::::::::::::::::::::.::.:::.::::: .:::.:::: ::::::::
CCDS35 LDKIEFLQSHENQEIYQKAFDLIEHYFGVEDDDSSLAPQVDETQQQFIFQQPEAPMEGFQ
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 L
:
CCDS35 L
>>CCDS5111.1 KPNA5 gene_id:3841|Hs108|chr6 (539 aa)
initn: 2882 init1: 2601 opt: 2879 Z-score: 2985.1 bits: 562.1 E(32554): 5.9e-160
Smith-Waterman score: 2879; 80.0% identity (93.1% similar) in 539 aa overlap (1-538:4-539)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MTTPGKENFRLKSYKNKSLNPDEMRRRREEEGLQLRKQKREEQLFKRRNVATAEEET
:..:::.:.:.::::::.:::.::::::::::.::::::::::::::::: ..
CCDS51 MDAMASPGKDNYRMKSYKNKALNPQEMRRRREEEGIQLRKQKREEQLFKRRNVYLPRN--
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 EEEVMSDGGFHEAQINNMEMAPGG-VITSDMIEMIFSKSPEQQLSATQKFRKLLSKEPNP
.: : .. ... .:.. : :.:.::..::::.. .:::.:::::::::::::::
CCDS51 -DESMLESPIQDPDISSTVPIPEEEVVTTDMVQMIFSNNADQQLTATQKFRKLLSKEPNP
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 PIDEVISTPGVVARFVEFLKRKENCTLQFESAWVLTNIASGNSLQTRIVIQAGAVPIFIE
:::.::. :::: :::.::.:.::::::::.::.:::::::. :.:..::..:::::::.
CCDS51 PIDQVIQKPGVVQRFVKFLERNENCTLQFEAAWALTNIASGTFLHTKVVIETGAVPIFIK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 LLSSEFEDVQEQAVWALGNIAGDSTMCRDYVLDCNILPPLLQLFSKQNRLTMTRNAVWAL
::.:: :::::::::::::::::.. :::.::.:.::::::.:....:::: ::::::::
CCDS51 LLNSEHEDVQEQAVWALGNIAGDNAECRDFVLNCEILPPLLELLTNSNRLTTTRNAVWAL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 SNLCRGKSPPPEFAKVSPCLNVLSWLLFVSDTDVLADACWALSYLSDGPNDKIQAVIDAG
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CCDS51 SNLCRGKNPPPNFSKVSPCLNVLSRLLFSSDPDVLADVCWALSYLSDGPNDKIQAVIDSG
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 VCRRLVELLMHNDYKVVSPALRAVGNIVTGDDIQTQVILNCSALQSLLHLLSSPKESIKK
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::.:
CCDS51 VCRRLVELLMHNDYKVVSPALRAVGNIVTGDDIQTQVILNCSALPCLLHLLSSPKESIRK
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 EACWTISNITAGNRAQIQTVIDANIFPALISILQTAEFRTRKEAAWAITNATSGGSAEQI
:::::.::::::::::::.::::::::.:: ::: ::::::::::::::::::::. :::
CCDS51 EACWTVSNITAGNRAQIQAVIDANIFPVLIEILQKAEFRTRKEAAWAITNATSGGTPEQI
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 KYLVELGCIKPLCDLLTVMDSKIVQVALNGLENILRLGEQEAKRNGTGINPYCALIEEAY
.::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.:: :::::::::::::
CCDS51 RYLVALGCIKPLCDLLTVMDSKIVQVALNGLENILRLGEQESKQNGIGINPYCALIEEAY
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 GLDKIEFLQSHENQEIYQKAFDLIEHYFGTEDEDSSIAPQVDLNQQQYIFQQCEAPMEGF
:::::::::::::::::::::::::::::.:..: ::.:::: ::::.:::: ::::.::
CCDS51 GLDKIEFLQSHENQEIYQKAFDLIEHYFGVEEDDPSIVPQVDENQQQFIFQQQEAPMDGF
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 QL
::
CCDS51 QL
>>CCDS32713.1 KPNA2 gene_id:3838|Hs108|chr17 (529 aa)
initn: 1749 init1: 777 opt: 1480 Z-score: 1537.0 bits: 294.1 E(32554): 2.7e-79
Smith-Waterman score: 1480; 46.3% identity (73.9% similar) in 529 aa overlap (10-532:13-524)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MTTPGKENFRLKSYKNKSLNPDEMRRRREEEGLQLRKQKREEQLFKRRNVATAEEET
::. .:::. . :::::: : ...::: :...:..:::::..
CCDS32 MSTNENANTPAARLHRFKNKGKDSTEMRRRRIEVNVELRKAKKDDQMLKRRNVSS-----
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 EEEVMSDGGFHEAQINNMEMAPGGVITSDMIEMIFSKSPEQQLSATQKFRKLLSKEPNPP
. : . : : ... . ..:... : :.. :.::.::: :::::.: .::
CCDS32 ----FPDDATSPLQENRNNQGTVNWSVDDIVKGINSSNVENQLQATQAARKLLSREKQPP
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 IDEVISTPGVVARFVEFLKRKENCTLQFESAWVLTNIASGNSLQTRIVIQAGAVPIFIEL
::..: . :.. .:: :: : . .::::::.:::::::.: ::. :...::.: :: :
CCDS32 IDNIIRA-GLIPKFVSFLGRTDCSPIQFESAWALTNIASGTSEQTKAVVDGGAIPAFISL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 LSSEFEDVQEQAVWALGNIAGDSTMCRDYVLDCNILPPLLQLFSKQNRLTMT----RNAV
:.: ..:::::::::::::... :: :. . . ::: :.. . ... :: .
CCDS32 LASPHAHISEQAVWALGNIAGDGSVFRDLVIKYGAVDPLLALLAVPDMSSLACGYLRNLT
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 WALSNLCRGKSPPPEFAKVSPCLNVLSWLLFVSDTDVLADACWALSYLSDGPNDKIQAVI
:.::::::.:.: : . : : .: :: .: .::::.:::.:::.::::..: :.
CCDS32 WTLSNLCRNKNPAPPIDAVEQILPTLVRLLHHDDPEVLADTCWAISYLTDGPNERIGMVV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 DAGVCRRLVELLMHNDYKVVSPALRAVGNIVTGDDIQTQVILNCSALQSLLHLLSSPKES
.:: .::.:: .. .:.:::::.:::::: : ::::... .:: . ::..:: .
CCDS32 KTGVVPQLVKLLGASELPIVTPALRAIGNIVTGTDEQTQVVIDAGALAVFPSLLTNPKTN
300 310 320 330 340 350
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pF1KB3 IKKEACWTISNITAGNRAQIQTVIDANIFPALISILQTAEFRTRKEAAWAITNATSGGSA
:.::: ::.:::::: . ::: :.. .. : :.:.:. :.:.:.:::.::.:: ::::..
CCDS32 IQKEATWTMSNITAGRQDQIQQVVNHGLVPFLVSVLSKADFKTQKEAVWAVTNYTSGGTV
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 EQIKYLVELGCIKPLCDLLTVMDSKIVQVALNGLENILRLGEQEAKRNGTGINPYCALIE
::: :::. : :.:: .:::. :.::. : :... ::.. .:. .. . .: .::
CCDS32 EQIVYLVHCGIIEPLMNLLTAKDTKIILVILDAISNIFQAAEKLGETEKLSI-----MIE
420 430 440 450 460
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pF1KB3 EAYGLDKIEFLQSHENQEIYQKAFDLIEHYFGTEDE-DSSIAPQVDLNQQQYIFQ-QCEA
: :::::: ::.:::. .:. ...:::.::..:.: :....:.. ... : :: : :
CCDS32 ECGGLDKIEALQNHENESVYKASLSLIEKYFSVEEEEDQNVVPET--TSEGYTFQVQDGA
470 480 490 500 510 520
pF1KB3 PMEGFQL
:
CCDS32 PGTFNF
>>CCDS3191.1 KPNA4 gene_id:3840|Hs108|chr3 (521 aa)
initn: 1521 init1: 1162 opt: 1420 Z-score: 1475.0 bits: 282.6 E(32554): 7.7e-76
Smith-Waterman score: 1547; 47.1% identity (76.3% similar) in 535 aa overlap (7-538:8-521)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MTTPGKENFRLKSYKNKSLNPDEMRRRREEEGLQLRKQKREEQLFKRRNVATAEEETEE
.: :::..:::. . . :::.:.: ..:::.::.:.:.::::: .:. :
CCDS31 MADNEKLDNQRLKNFKNKGRDLETMRRQRNEVVVELRKNKRDEHLLKRRNVP--HEDICE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 EVMSDGGFHEAQINNMEMAPGGVITSDMIEMIFSKSPEQQLSATQKFRKLLSKEPNPPID
. :: .. .: ...: ... : . ::::.: :::::.. :::::
CCDS31 DSDIDGDYR-VQNTSLEA---------IVQNASSDNQGIQLSAVQAARKLLSSDRNPPID
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 EVISTPGVVARFVEFLKRKENCTLQFESAWVLTNIASGNSLQTRIVIQAGAVPIFIELLS
..:.. :.. .:. :.: .: .::::.::.:::::::.: ::. :.:..:::.:..::
CCDS31 DLIKS-GILPILVHCLERDDNPSLQFEAAWALTNIASGTSEQTQAVVQSNAVPLFLRLLH
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 SEFEDVQEQAVWALGNIAGDSTMCRDYVLDCNILPPLLQLFSKQNRLTMTRNAVWALSNL
: ..: :::::::::: ::. .:::::.. ... :::...: . .:. ::..:.. ::
CCDS31 SPHQNVCEQAVWALGNIIGDGPQCRDYVISLGVVKPLLSFISPSIPITFLRNVTWVMVNL
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 CRGKSPPPEFAKVSPCLNVLSWLLFVSDTDVLADACWALSYLSDGPNDKIQAVIDAGVCR
:: :.::: . .. : .: :. .:...:.:. ::::::.:. :..:: :::.:.
CCDS31 CRHKDPPPPMETIQEILPALCVLIHHTDVNILVDTVWALSYLTDAGNEQIQMVIDSGIVP
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 RLVELLMHNDYKVVSPALRAVGNIVTGDDIQTQVILNCSALQSLLHLLSSPKESIKKEAC
.:: :: :.. :: . ::::::::::: : ::::.:::.::. . ::. :::.:.:::
CCDS31 HLVPLLSHQEVKVQTAALRAVGNIVTGTDEQTQVVLNCDALSHFPALLTHPKEKINKEAV
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 WTISNITAGNRAQIQTVIDANIFPALISILQTAEFRTRKEAAWAITNATSGGSAEQIKYL
: .:::::::. :.:.:::::. : .: .:. ..: :.:::::::.: : .: .:. ::
CCDS31 WFLSNITAGNQQQVQAVIDANLVPMIIHLLDKGDFGTQKEAAWAISNLTISGRKDQVAYL
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 VELGCIKPLCDLLTVMDSKIVQVALNGLENILRLGEQEAKRNGTGINPYCALIEEAYGLD
.. . : :.:.:::: :...:::.:.:: :::...:.::. :. :::: ::.
CCDS31 IQQNVIPPFCNLLTVKDAQVVQVVLDGLSNILKMAEDEAETIGN-------LIEECGGLE
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 KIEFLQSHENQEIYQKAFDLIEHYFGTED--EDSSIAPQVDLNQQQYIFQQC-EAPMEGF
::: ::.:::..::. :...:...:...: :: :..:.. .. . :.. ..: :::
CCDS31 KIEQLQNHENEDIYKLAYEIIDQFFSSDDIDEDPSLVPEA-IQGGTFGFNSSANVPTEGF
470 480 490 500 510
pF1KB3 QL
:.
CCDS31 QF
520
>>CCDS9421.1 KPNA3 gene_id:3839|Hs108|chr13 (521 aa)
initn: 1518 init1: 1149 opt: 1407 Z-score: 1461.5 bits: 280.1 E(32554): 4.3e-75
Smith-Waterman score: 1540; 48.7% identity (75.9% similar) in 515 aa overlap (4-516:5-499)
10 20 30 40 50
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