FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3614, 418 aa
1>>>pF1KB3614 418 - 418 aa - 418 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8066+/-0.00097; mu= 14.1399+/- 0.058
mean_var=65.9858+/-13.804, 0's: 0 Z-trim(103.3): 32 B-trim: 67 in 1/50
Lambda= 0.157888
statistics sampled from 7337 (7354) to 7337 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.598), E-opt: 0.2 (0.226), width: 16
Scan time: 2.520
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7342.1 AP3M1 gene_id:26985|Hs108|chr10 ( 418) 2760 637.9 5.4e-183
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CCDS77234.1 AP1M2 gene_id:10053|Hs108|chr19 ( 425) 527 129.2 7.2e-30
CCDS45964.1 AP1M2 gene_id:10053|Hs108|chr19 ( 423) 513 126.0 6.6e-29
CCDS12342.1 AP1M1 gene_id:8907|Hs108|chr19 ( 423) 482 119.0 8.8e-27
CCDS43177.1 AP2M1 gene_id:1173|Hs108|chr3 ( 435) 383 96.4 5.5e-20
CCDS43178.1 AP2M1 gene_id:1173|Hs108|chr3 ( 433) 376 94.8 1.7e-19
CCDS82880.1 AP2M1 gene_id:1173|Hs108|chr3 ( 460) 345 87.8 2.3e-17
CCDS46008.1 AP1M1 gene_id:8907|Hs108|chr19 ( 435) 273 71.4 1.9e-12
CCDS5685.1 AP4M1 gene_id:9179|Hs108|chr7 ( 453) 271 70.9 2.7e-12
>>CCDS7342.1 AP3M1 gene_id:26985|Hs108|chr10 (418 aa)
initn: 2760 init1: 2760 opt: 2760 Z-score: 3398.7 bits: 637.9 E(32554): 5.4e-183
Smith-Waterman score: 2760; 100.0% identity (100.0% similar) in 418 aa overlap (1-418:1-418)
10 20 30 40 50 60
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CCDS73 MIHSLFLINCSGDIFLEKHWKSVVSQSVCDYFFEAQEKAADVENVPPVISTPHHYLISIY
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 RDKLFFVSVIQTEVPPLFVIEFLHRVADTFQDYFGECSEAAIKDNVVIVYELLEEMLDNG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 FPLATESNILKELIKPPTILRSVVNSITGSSNVGDTLPTGQLSNIPWRRAGVKYTNNEAY
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CCDS73 FDVVEEIDAIIDKSGSTVFAEIQGVIDACIKLSGMPDLSLSFMNPRLLDDVSFHPCIRFK
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CCDS73 RWESERVLSFIPPDGNFRLISYRVSSQNLVAIPVYVKHSISFKENSSCGRFDITIGPKQN
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 MGKTIEGITVTVHMPKVVLNMNLTPTQGSYTFDPVTKVLTWDVGKITPQKLPSLKGLVNL
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370 380 390 400 410
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 QSGAPKPEENPSLNIQFKIQQLAISGLKVNRLDMYGEKYKPFKGVKYVTKAGKFQVRT
370 380 390 400 410
>>CCDS6125.1 AP3M2 gene_id:10947|Hs108|chr8 (418 aa)
initn: 2448 init1: 2448 opt: 2448 Z-score: 3014.7 bits: 566.8 E(32554): 1.3e-161
Smith-Waterman score: 2448; 84.2% identity (96.9% similar) in 418 aa overlap (1-418:1-418)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MIHSLFLINCSGDIFLEKHWKSVVSQSVCDYFFEAQEKAADVENVPPVISTPHHYLISIY
::::::::: :::::::::::::::.:::::::::::.:...::::::: ::::::.:.:
CCDS61 MIHSLFLINSSGDIFLEKHWKSVVSRSVCDYFFEAQERATEAENVPPVIPTPHHYLLSVY
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pF1KB3 RDKLFFVSVIQTEVPPLFVIEFLHRVADTFQDYFGECSEAAIKDNVVIVYELLEEMLDNG
: :.:::.::::::::::::::::::.:::::::: ::: .::::::.:::.::::::::
CCDS61 RHKIFFVAVIQTEVPPLFVIEFLHRVVDTFQDYFGVCSEPVIKDNVVVVYEVLEEMLDNG
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pF1KB3 FPLATESNILKELIKPPTILRSVVNSITGSSNVGDTLPTGQLSNIPWRRAGVKYTNNEAY
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CCDS61 FPLATESNILKELIKPPTILRTVVNTITGSTNVGDQLPTGQLSVVPWRRTGVKYTNNEAY
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pF1KB3 FDVVEEIDAIIDKSGSTVFAEIQGVIDACIKLSGMPDLSLSFMNPRLLDDVSFHPCIRFK
:::.:::::::::::::. ::::::::::.::.:::::.:::::::::::::::::.:::
CCDS61 FDVIEEIDAIIDKSGSTITAEIQGVIDACVKLTGMPDLTLSFMNPRLLDDVSFHPCVRFK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 RWESERVLSFIPPDGNFRLISYRVSSQNLVAIPVYVKHSISFKENSSCGRFDITIGPKQN
::::::.::::::::::::.::.::.::::::::::::.:::...:: :::.::.::::.
CCDS61 RWESERILSFIPPDGNFRLLSYHVSAQNLVAIPVYVKHNISFRDSSSLGRFEITVGPKQT
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pF1KB3 MGKTIEGITVTVHMPKVVLNMNLTPTQGSYTFDPVTKVLTWDVGKITPQKLPSLKGLVNL
:::::::.::: .::: ::::.:::.::..:::::::.:.::::::.::::::::: ..:
CCDS61 MGKTIEGVTVTSQMPKGVLNMSLTPSQGTHTFDPVTKMLSWDVGKINPQKLPSLKGTMSL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KB3 QSGAPKPEENPSLNIQFKIQQLAISGLKVNRLDMYGEKYKPFKGVKYVTKAGKFQVRT
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CCDS61 QAGASKPDENPTINLQFKIQQLAISGLKVNRLDMYGEKYKPFKGIKYMTKAGKFQVRT
370 380 390 400 410
>>CCDS77234.1 AP1M2 gene_id:10053|Hs108|chr19 (425 aa)
initn: 522 init1: 190 opt: 527 Z-score: 649.7 bits: 129.2 E(32554): 7.2e-30
Smith-Waterman score: 699; 29.7% identity (64.1% similar) in 437 aa overlap (4-418:5-424)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MIHSLFLINCSGDIFLEKHWKSVVSQSVCDYFFEAQEKAADVENVPPVISTPHHYLISI
..:... .: .. ...:. :..: ..:. . . . :..: . ... :
CCDS77 MSASAVFILDVKGKPLISRNYKGDVAMSKIEHFMPLLVQREEEGALAPLLSHGQVHFLWI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 YRDKLFFVSVIQTEVPPLFVIEFLHRVADTFQDYFGECSEAAIKDNVVIVYELLEEMLDN
...:..:.. . .. .: ::... ..: .:: : : .:.:: :::::::.:..:
CCDS77 KHSNLYLVATTSKNANASLVYSFLYKTIEVFCEYFKELEEESIRDNFVIVYELLDELMDF
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 GFPLATESNILKELIKPPTILRSVVNSI-TGSSNVGDTLPTGQLSNIPWRRAGVKYTNNE
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CCDS77 GFPQTTDSKILQEYITQQS------NKLETGKSRV----PPTVTNAVSWRSEGIKYKKNE
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
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...::.: .. ... .::....:: :.: . :::::.: :. .: :.:
CCDS77 VFIDVIESVNLLVNANGSVLLSEIVGTIKLKVFLSGMPELRLG-LNDRVLFELTGLSGSK
180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 ------DDVSFHPCIRFKRWESERVLSFIPPDGNFRLISYRVSSQNLVAIPVYVKHSISF
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CCDS77 NKSVELEDVKFHQCVRLSRFDNDRTISFIPPDGDFELMSYRLSTQ--VKPLIWIESVI--
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 KENSSCGRFDITIGPKQNMGK--TIEGITVTVHMPKVVLNMNLTPTQGSYTFDPVTKVLT
:. : .: .: . : .. : . .:. ..: .:. . . . . :: . : .:.
CCDS77 -EKFSHSRVEIMVKAKGQFKKQSVANGVEISVPVPSDADSPRFKTSVGSAKYVPERNVVI
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390
pF1KB3 WDVGKITPQKLPSLKGLVNLQSGAPKPEEN-PSLNIQFKIQQLAISGLKVNRLDMYGEK-
:.. .. : ... .: : . :. : ....:.: ...::..: . . ::
CCDS77 WSIKSFPGGKEYLMRAHFGLPSVEKEEVEGRPPIGVKFEIPYFTVSGIQVRYMKII-EKS
350 360 370 380 390 400
400 410
pF1KB3 -YKPFKGVKYVTKAGKFQVRT
:. . :.:.:..: .:.::
CCDS77 GYQALPWVRYITQSGDYQLRTS
410 420
>>CCDS45964.1 AP1M2 gene_id:10053|Hs108|chr19 (423 aa)
initn: 362 init1: 190 opt: 513 Z-score: 632.5 bits: 126.0 E(32554): 6.6e-29
Smith-Waterman score: 703; 29.9% identity (64.4% similar) in 435 aa overlap (4-418:5-422)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MIHSLFLINCSGDIFLEKHWKSVVSQSVCDYFFEAQEKAADVENVPPVISTPHHYLISI
..:... .: .. ...:. :..: ..:. . . . :..: . ... :
CCDS45 MSASAVFILDVKGKPLISRNYKGDVAMSKIEHFMPLLVQREEEGALAPLLSHGQVHFLWI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 YRDKLFFVSVIQTEVPPLFVIEFLHRVADTFQDYFGECSEAAIKDNVVIVYELLEEMLDN
...:..:.. . .. .: ::... ..: .:: : : .:.:: :::::::.:..:
CCDS45 KHSNLYLVATTSKNANASLVYSFLYKTIEVFCEYFKELEEESIRDNFVIVYELLDELMDF
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120 130 140 150 160 170
pF1KB3 GFPLATESNILKELIKPPTILRSVVNSI-TGSSNVGDTLPTGQLSNIPWRRAGVKYTNNE
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CCDS45 GFPQTTDSKILQEYITQQS------NKLETGKSRV----PPTVTNAVSWRSEGIKYKKNE
130 140 150 160 170
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pF1KB3 AYFDVVEEIDAIIDKSGSTVFAEIQGVIDACIKLSGMPDLSLSFMNPRLL----------
...::.: .. ... .::....:: :.: . :::::.: :. .: :.:
CCDS45 VFIDVIESVNLLVNANGSVLLSEIVGTIKLKVFLSGMPELRLG-LNDRVLFELTGRSKNK
180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 ----DDVSFHPCIRFKRWESERVLSFIPPDGNFRLISYRVSSQNLVAIPVYVKHSISFKE
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CCDS45 SVELEDVKFHQCVRLSRFDNDRTISFIPPDGDFELMSYRLSTQ--VKPLIWIESVI---E
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pF1KB3 NSSCGRFDITIGPKQNMGK--TIEGITVTVHMPKVVLNMNLTPTQGSYTFDPVTKVLTWD
. : .: .: . : .. : . .:. ..: .:. . . . . :: . : .:. :.
CCDS45 KFSHSRVEIMVKAKGQFKKQSVANGVEISVPVPSDADSPRFKTSVGSAKYVPERNVVIWS
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390
pF1KB3 VGKITPQKLPSLKGLVNLQSGAPKPEEN-PSLNIQFKIQQLAISGLKVNRLDMYGEK--Y
. .. : ... .: : . :. : ....:.: ...::..: . . :: :
CCDS45 IKSFPGGKEYLMRAHFGLPSVEKEEVEGRPPIGVKFEIPYFTVSGIQVRYMKII-EKSGY
350 360 370 380 390 400
400 410
pF1KB3 KPFKGVKYVTKAGKFQVRT
. . :.:.:..: .:.::
CCDS45 QALPWVRYITQSGDYQLRTS
410 420
>>CCDS12342.1 AP1M1 gene_id:8907|Hs108|chr19 (423 aa)
initn: 361 init1: 193 opt: 482 Z-score: 594.3 bits: 119.0 E(32554): 8.8e-27
Smith-Waterman score: 655; 28.6% identity (63.4% similar) in 437 aa overlap (4-418:5-422)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MIHSLFLINCSGDIFLEKHWKSVVSQSVCDYFFEAQEKAADVENVPPVISTPHHYLISI
...... .: ... ..... :..: ..:. . . . :... .. :
CCDS12 MSASAVYVLDLKGKVLICRNYRGDVDMSEVEHFMPILMEKEEEGMLSPILAHGGVRFMWI
10 20 30 40 50 60
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pF1KB3 YRDKLFFVSVIQTEVPPLFVIEFLHRVADTFQDYFGECSEAAIKDNVVIVYELLEEMLDN
...:..:.. . .. .:. ::..:...:..:: : : .:.:: ::.::::.:..:
CCDS12 KHNNLYLVATSKKNACVSLVFSFLYKVVQVFSEYFKELEEESIRDNFVIIYELLDELMDF
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pF1KB3 GFPLATESNILKELIKPPTILRSVVNSITGSS-NVGDTLPTGQLSN-IPWRRAGVKYTNN
:.: .:.:.::.: : . : . ..: : . ..: . :: :.:: .:
CCDS12 GYPQTTDSKILQEYI-----------TQEGHKLETGAPRPPATVTNAVSWRSEGIKYRKN
130 140 150 160
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pF1KB3 EAYFDVVEEIDAIIDKSGSTVFAEIQGVIDACIKLSGMPDLSLSFMNPRLLD--------
:...::.: .. ... .:... .:: : : . :::::.: :.. . :.:
CCDS12 EVFLDVIESVNLLVSANGNVLRSEIVGSIKMRVFLSGMPELRLGLNDKVLFDNTGRGKSK
170 180 190 200 210 220
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pF1KB3 -----DVSFHPCIRFKRWESERVLSFIPPDGNFRLISYRVSSQNLVAIPVYVKHSISFKE
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CCDS12 SVELEDVKFHQCVRLSRFENDRTISFIPPDGEFELMSYRLNTH--VKPLIWIESVI---E
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 NSSCGRFDITIGPKQNMGKTIEGITVTVHMPKVVLNMNLTP----TQGSYTFDPVTKVLT
. : .:.. : :... . . .: .:.: : : .: : :: . : .. ..
CCDS12 KHSHSRIEYMIKAKSQFKRRSTANNVEIHIP--VPNDADSPKFKTTVGSVKWVPENSEIV
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390
pF1KB3 WDVGKITPQKLPSLKGLVNLQS-GAPKPEENPSLNIQFKIQQLAISGLKVNRLDMYGEK-
:.. .. : ... .: : : : .: ....:.: .. ::..: : . ::
CCDS12 WSIKSFPGGKEYLMRAHFGLPSVEAEDKEGKPPISVKFEIPYFTTSGIQVRYLKII-EKS
350 360 370 380 390 400
400 410
pF1KB3 -YKPFKGVKYVTKAGKFQVRT
:. . :.:.:. : .:.::
CCDS12 GYQALPWVRYITQNGDYQLRTQ
410 420
>>CCDS43177.1 AP2M1 gene_id:1173|Hs108|chr3 (435 aa)
initn: 490 init1: 178 opt: 383 Z-score: 472.3 bits: 96.4 E(32554): 5.5e-20
Smith-Waterman score: 591; 26.2% identity (61.7% similar) in 447 aa overlap (1-417:1-434)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MIHSLFLINCSGDIFLEKHWKSVVSQSVCDYFFEAQEKAADVENVPPVISTPHHYLISIY
:: .::. : .:.... . ... ..... : : ... : . :: . . .. .
CCDS43 MIGGLFIYNHKGEVLISRVYRDDIGRNAVDAF-RVNVIHARQQVRSPVTNIARTSFFHVK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 RDKLFFVSVIQTEVPPLFVIEFLHRVADTFQDYFGECSEAAIKDNVVIVYELLEEMLDNG
:.......: . .: .:.:::... :.. :::. :: ::.: :..::::.:.:: :
CCDS43 RSNIWLAAVTKQNVNAAMVFEFLYKMCDVMAAYFGKISEENIKNNFVLIYELLDEILDFG
60 70 80 90 100 110
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pF1KB3 FPLATESNILKELIKPPTILRSVVNSITGSSNVGDTLPTGQLSNIPWRRAGVKYTNNEAY
.: .:.. :: .: : .: .. .:.. . . ::: : ::: :.:: :: .
CCDS43 YPQNSETGALKTFITQQGI-KSQHQTKEEQSQITSQV-TGQ---IGWRREGIKYRRNELF
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220
pF1KB3 FDVVEEIDAIIDKSGSTVFAEIQGVIDACIKLSGMPDLSLSFMNPRL-------------
.::.: .. ... .:... :...: . :::::. ... :: ..
CCDS43 LDVLESVNLLMSPQGQVLSAHVSGRVVMKSYLSGMPECKFG-MNDKIVIEKQGKGTADET
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270
pF1KB3 ---------LDDVSFHPCIRFKRWESERVLSFIPPDGNFRLISYRVSSQNLVAIPVYVKH
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CCDS43 SKSGKQSIAIDDCTFHQCVRLSKFDSERSISFIPPDGEFELMRYRTTKD--IILPFRV--
240 250 260 270 280
280 290 300 310 320 330
pF1KB3 SISFKENSSCGRFDITIGPKQNMGKTI--EGITVTVHMPKVVLNMNLTPTQGSYTFDPVT
: . .. . .... . :.:. .. . : : . : . .... .:. .
CCDS43 -IPLVREVGRTKLEVKVVIKSNFKPSLLAQKIEVRIPTPLNTSGVQVICMKGKAKYKASE
290 300 310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KB3 KVLTWDVGKITPQKLPSLKGLVNL-QSGAPKPEENPSLNIQFKIQQLAISGLKVNRLDMY
....: . ... .: .... ..: .. : : ....:.. .: ::::: : ..
CCDS43 NAIVWKIKRMAGMKESQISAEIELLPTNDKKKWARPPISMNFEVP-FAPSGLKVRYLKVF
350 360 370 380 390 400
400 410
pF1KB3 GEK-----YKPFKGVKYVTKAGKFQVRT
: . .: :.:. ..: ...:
CCDS43 EPKLNYSDHDVIKWVRYIGRSGIYETRC
410 420 430
>>CCDS43178.1 AP2M1 gene_id:1173|Hs108|chr3 (433 aa)
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CCDS82 YIGRSGIYETRC
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CCDS56 IRHSGLYLVVTTSENVSPFSLLELLSRLATLLGDYCGSLGEGTISRNVALVYELLDEVLD
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CCDS56 YGYVQTTSTEMLRNFIQTEAVVSKPF-SLFDLSSVGLFGAETQQSKVAPSSAASRPVLSS
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