FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB3651, 1004 aa 1>>>pF1KB3651 1004 - 1004 aa - 1004 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.1937+/-0.00125; mu= -11.9113+/- 0.075 mean_var=535.4155+/-111.510, 0's: 0 Z-trim(115.3): 83 B-trim: 440 in 1/52 Lambda= 0.055428 statistics sampled from 15796 (15871) to 15796 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.771), E-opt: 0.2 (0.488), width: 16 Scan time: 6.060 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS8597.1 PHC1 gene_id:1911|Hs108|chr12 (1004) 6557 539.8 1e-152 CCDS77858.1 PHC3 gene_id:80012|Hs108|chr3 ( 983) 681 69.9 2.9e-11 CCDS46952.1 PHC3 gene_id:80012|Hs108|chr3 ( 995) 681 69.9 2.9e-11 >>CCDS8597.1 PHC1 gene_id:1911|Hs108|chr12 (1004 aa) initn: 6557 init1: 6557 opt: 6557 Z-score: 2855.1 bits: 539.8 E(32554): 1e-152 Smith-Waterman score: 6557; 99.9% identity (100.0% similar) in 1004 aa 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CCDS77 PSKVSHHQLIL---QQQQQQIQPITLQNSTQDPPPSQHCIPLQNHGLPPAPSNAQSQHCS 320 330 340 350 360 370 450 460 470 480 490 500 pF1KB3 PPQVPPTQ-QVPPSQSQQQAQTLVVQPMLQSSPLSLPPDAAPKPPIPIQSKPPVAP-IKP : : :. : :.:::. :..::.: :: : : .: :: .: :. ..: CCDS77 PIQSHPSPLTVSPNQSQSAQQSVVVSPPPPHSP-SQSPTIIIHPQALIQPHPLVSSALQP 380 390 400 410 420 430 510 520 530 540 550 560 pF1KB3 -PQLG---AAKMSAAQQP--PPHIPVQVVGTRQPGTAQAQALGLAQLAAAVPTSRGMPGT :.: : ...:. : : :.:. . . . : .: .:: .. : :. . .. CCDS77 GPNLQQSTANQVQATAQLNLPSHLPLPASPVVHIGPVQQSAL-VSPGQQIVSPSHQQYSS 440 450 460 470 480 490 570 580 590 600 610 pF1KB3 VQSGQAHLASSPPSSQAPGALQECPPTLAPGMTLAPVQGTAHVV-KGGATTSSPVVAQ-- .::. .:: : : .: : . :: : ... .: ... .: . ... .:.. CCDS77 LQSSPIPIASPPQMSTSPPA--QIPPL--PLQSMQSLQVQPEILSQGQVLVQNALVSEEE 500 510 520 530 540 620 630 640 650 pF1KB3 VPAAFYMQSVHLPGK----PQTLAVKRKA--------------------DSEEERDDVST .::: . :.:: . :::.::. .. . :: :. 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CCDS46 LIKHQQIPLHSPPSKVSHHQLIL---QQQQQQIQPITLQNSTQDPPPSQHCIPLQNHGLP 320 330 340 350 360 370 440 450 460 470 480 490 pF1KB3 QQPQATTLTAPQPPQVPPTQ-QVPPSQSQQQAQTLVVQPMLQSSPLSLPPDAAPKPPIPI :. . .: : :. : :.:::. :..::.: :: : : .: : CCDS46 PAPSNAQSQHCSPIQSHPSPLTVSPNQSQSAQQSVVVSPPPPHSP-SQSPTIIIHPQALI 380 390 400 410 420 430 500 510 520 530 540 pF1KB3 QSKPPVAP-IKP-PQLG---AAKMSAAQQP--PPHIPVQVVGTRQPGTAQAQALGLAQLA : .: :. ..: :.: : ...:. : : :.:. . . . : .: .:: .. CCDS46 QPHPLVSSALQPGPNLQQSTANQVQATAQLNLPSHLPLPASPVVHIGPVQQSAL-VSPGQ 440 450 460 470 480 490 550 560 570 580 590 600 pF1KB3 AAVPTSRGMPGTVQSGQAHLASSPPSSQAPGALQECPPTLAPGMTLAPVQGTAHVV-KGG : :. . ...::. .:: : : .: : . :: : ... .: ... .: CCDS46 QIVSPSHQQYSSLQSSPIPIASPPQMSTSPPA--QIPPL--PLQSMQSLQVQPEILSQGQ 500 510 520 530 540 610 620 630 640 pF1KB3 ATTSSPVVAQ--VPAAFYMQSVHLPGK----PQTLAVKRKA------------------- . ... .:.. .::: . :.:: . :::.::. .. CCDS46 VLVQNALVSEEELPAAEAL--VQLPFQTLPPPQTVAVNLQVQPPAPVDPPVVYQVEDVCE 550 560 570 580 590 600 650 660 670 680 690 700 pF1KB3 -DSEEERDDVSTLGSMLPAKA-SPVAESPKVMDEKSSLGEKAESVANVNANAPSSELVAL . :: :. . : . ::.: . .. .: :.: .. : : : : CCDS46 EEMPEESDECVRMDRTPPPPTLSPAAITVGRGEDLTSEHPLLEQV-ELPAVASVSASVIK 610 620 630 640 650 660 710 720 730 740 pF1KB3 TPA-PS---VPPPTL---AMVSRQMGDS----------KPPQAIVKPQILTHIIEGFVIQ .:. :: :::: : : ..:. . : ::::::::::::::.::::::: CCDS46 SPSDPSHVSVPPPPLLLPAATTRSNSTSMHSSIPSIENKPPQAIVKPQILTHVIEGFVIQ 670 680 690 700 710 720 750 760 770 780 790 pF1KB3 EGAEPFPVGCSQLLKES---EKPL-----------QTGLPTGLTENQSGGPLGVDSPSAE :: :::::. :.:: :. ..:: : : .. . .... ... :: CCDS46 EGLEPFPVSRSSLLIEQPVKKRPLLDNQVINSVCVQPELQNNTKHADNSSDTEMEDMIAE 730 740 750 760 770 780 800 810 820 830 840 pF1KB3 --LDK-KANLLKCEYCGKYAPAEQFRGSKRFCSMTCAKRYNVSCSHQFRLKRKKMKEFQE :.. ..:::::.:::.. :..: :::::.:.::::::::::..: :.: . : .. 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