FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3651, 1004 aa
1>>>pF1KB3651 1004 - 1004 aa - 1004 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.1937+/-0.00125; mu= -11.9113+/- 0.075
mean_var=535.4155+/-111.510, 0's: 0 Z-trim(115.3): 83 B-trim: 440 in 1/52
Lambda= 0.055428
statistics sampled from 15796 (15871) to 15796 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.771), E-opt: 0.2 (0.488), width: 16
Scan time: 6.060
The best scores are: opt bits E(32554)
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>>CCDS8597.1 PHC1 gene_id:1911|Hs108|chr12 (1004 aa)
initn: 6557 init1: 6557 opt: 6557 Z-score: 2855.1 bits: 539.8 E(32554): 1e-152
Smith-Waterman score: 6557; 99.9% identity (100.0% similar) in 1004 aa overlap (1-1004:1-1004)
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 GAVAAVQQEVPSAQSPGVHADADQVQNLAVRNQQASAQGPQMQGSTQKAIPPGASPVSSL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 SQASSQALAVAQASSGATNQSLNLSQAGGGSGNSIPGSMGPGGGGQAHGGLGQLPSSGMG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 GGSCPRKGTGVVQPLPAAQTVTVSQGSQTEAESAAAKKAEADGSGQQNVGMNLTRTATPA
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 PSQTLISSATYTQIQPHSLIQQQQQIHLQQKQVVIQQQIAIHHQQQFQHRQSQLLHTATH
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 LQLAQQQQQQQQQQQQQQQPQATTLTAPQPPQVPPTQQVPPSQSQQQAQTLVVQPMLQSS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 TAHVVKGGATTSSPVVAQVPAAFYMQSVHLPGKPQTLAVKRKADSEEERDDVSTLGSMLP
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pF1KB3 AKASPVAESPKVMDEKSSLGEKAESVANVNANAPSSELVALTPAPSVPPPTLAMVSRQMG
::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 AKASPVAESPKVMDEKSSLGEKAESVANVNANTPSSELVALTPAPSVPPPTLAMVSRQMG
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pF1KB3 DSKPPQAIVKPQILTHIIEGFVIQEGAEPFPVGCSQLLKESEKPLQTGLPTGLTENQSGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 DSKPPQAIVKPQILTHIIEGFVIQEGAEPFPVGCSQLLKESEKPLQTGLPTGLTENQSGG
730 740 750 760 770 780
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pF1KB3 PLGVDSPSAELDKKANLLKCEYCGKYAPAEQFRGSKRFCSMTCAKRYNVSCSHQFRLKRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 PLGVDSPSAELDKKANLLKCEYCGKYAPAEQFRGSKRFCSMTCAKRYNVSCSHQFRLKRK
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 KMKEFQEANYARVRRRGPRRSSSDIARAKIQGKCHRGQEDSSRGSDNSSYDEALSPTSPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 KMKEFQEANYARVRRRGPRRSSSDIARAKIQGKCHRGQEDSSRGSDNSSYDEALSPTSPG
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910 920 930 940 950 960
pF1KB3 PLSVRAGHGERDLGNPNTAPPTPELHGINPVFLSSNPSRWSVEEVYEFIASLQGCQEIAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 PLSVRAGHGERDLGNPNTAPPTPELHGINPVFLSSNPSRWSVEEVYEFIASLQGCQEIAE
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000
pF1KB3 EFRSQEIDGQALLLLKEEHLMSAMNIKLGPALKICAKINVLKET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 EFRSQEIDGQALLLLKEEHLMSAMNIKLGPALKICAKINVLKET
970 980 990 1000
>>CCDS77858.1 PHC3 gene_id:80012|Hs108|chr3 (983 aa)
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Smith-Waterman score: 1329; 34.1% identity (56.9% similar) in 1094 aa overlap (3-1004:13-983)
10 20 30 40
pF1KB3 METESEQNSNSTNGSSSSGGSSRPQIAQMSLYERQAVQALQ-ALQRQPN-
. . .....:. ..::. ..:::. .: .:.:::..: ::.: :.
CCDS77 MDTEPNPGTSSVSTTTSSTTTTTITTSSSRMQQPQISVYSGSDRHAVQVIQQALHRPPSS
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90
pF1KB3 AAQYFHQ--------FML------QQQLSNAQLHSLAAVQQATIAASRQASSPNTSTTQQ
::::..: .:: ::.::..::.:::::: :.....: ..::. :.:::
CCDS77 AAQYLQQMYAAQQQHLMLHTAALQQQHLSSSQLQSLAAVQ-ASLSSGRPSTSPTGSVTQQ
70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KB3 QTTTTQASINLATT-SAAQLISRSQSVSSPSATTLTQSVLLGNTTSPPLNQSQAQMYLRP
.. .:.::::.:. . ::::::::. :: :.. :..::: .::: :. ::::::::
CCDS77 -SSMSQTSINLSTSPTPAQLISRSQASSSTSGSITQQTMLLG-STSPTLTASQAQMYLRA
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB3 QLGNLLQVNRTLGRNVPLASQLILMPNGAVAAVQQEVP---SAQSPGVHADADQVQNLAV
:. ::. : .:::::...: :..: . .. : :::::..
CCDS77 QM-------------------LIFTPATTVAAVQSDIPVVSSSSSSSCQSAATQVQNLTL
180 190 200 210
220 230 240 250 260 270
pF1KB3 RNQQASAQGPQMQGSTQKAIPPGASPVSSLSQASSQALAVAQASSGATNQSLNLSQAGGG
:.:. .. . ...: :: ...::. :::..
CCDS77 RSQKLGVLSSSQNG------PP---------KSTSQT------------QSLTI------
220 230 240
280 290 300 310 320 330
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: : ::: :. :: .
CCDS77 ---------------------------------CHNK-----------TTVTSSKISQRD
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340 350 360 370 380
pF1KB3 AESAAAKKAEADGSGQQNVGMNLTRTATPAPSQTLISSATYTQIQPHSLIQQQQ-QIHLQ
. ::.:. . .. . .:::.. . ::. :.:. :::::::..:: .:
CCDS77 PSPESNKKGESPS--LESRSTAVTRTSSI---HQLIAPASYSPIQPHSLIKHQQIPLHSP
270 280 290 300 310
390 400 410 420 430 440
pF1KB3 QKQVVIQQQIAIHHQQQFQHRQSQLLHTATHLQLAQQQQQQQQQQQQQQQPQATTLTAPQ
..: .: : ::: :. : :...:. .:. :.. :. . .
CCDS77 PSKVSHHQLIL---QQQQQQIQPITLQNSTQDPPPSQHCIPLQNHGLPPAPSNAQSQHCS
320 330 340 350 360 370
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pF1KB3 PPQVPPTQ-QVPPSQSQQQAQTLVVQPMLQSSPLSLPPDAAPKPPIPIQSKPPVAP-IKP
: : :. : :.:::. :..::.: :: : : .: :: .: :. ..:
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pF1KB3 -PQLG---AAKMSAAQQP--PPHIPVQVVGTRQPGTAQAQALGLAQLAAAVPTSRGMPGT
:.: : ...:. : : :.:. . . . : .: .:: .. : :. . ..
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440 450 460 470 480 490
570 580 590 600 610
pF1KB3 VQSGQAHLASSPPSSQAPGALQECPPTLAPGMTLAPVQGTAHVV-KGGATTSSPVVAQ--
.::. .:: : : .: : . :: : ... .: ... .: . ... .:..
CCDS77 LQSSPIPIASPPQMSTSPPA--QIPPL--PLQSMQSLQVQPEILSQGQVLVQNALVSEEE
500 510 520 530 540
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pF1KB3 VPAAFYMQSVHLPGK----PQTLAVKRKA--------------------DSEEERDDVST
.::: . :.:: . :::.::. .. . :: :.
CCDS77 LPAAEAL--VQLPFQTLPPPQTVAVNLQVQPPAPVDPPVVYQVEDVCEEEMPEESDECVR
550 560 570 580 590 600
660 670 680 690 700
pF1KB3 LGSMLPAKA-SPVAESPKVMDEKSSLGEKAESVANVNANAPSSELVALTPA-PS---VPP
. : . ::.: . .. .: :.: .. : : : : .:. :: :::
CCDS77 MDRTPPPPTLSPAAITVGRGEDLTSEHPLLEQV-ELPAVASVSASVIKSPSDPSHVSVPP
610 620 630 640 650 660
710 720 730 740 750
pF1KB3 PTL---AMVSRQMGDS----------KPPQAIVKPQILTHIIEGFVIQEGAEPFPVGCSQ
: : : ..:. . : ::::::::::::::.::::::::: :::::. :.
CCDS77 PPLLLPAATTRSNSTSMHSSIPSIENKPPQAIVKPQILTHVIEGFVIQEGLEPFPVSRSS
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760 770 780 790
pF1KB3 LLKES---EKPL-----------QTGLPTGLTENQSGGPLGVDSPSAE--LDK-KANLLK
:: :. ..:: : : .. . .... ... :: :.. ..:::
CCDS77 LLIEQPVKKRPLLDNQVINSVCVQPELQNNTKHADNSSDTEMEDMIAEETLEEMDSELLK
730 740 750 760 770 780
800 810 820 830 840 850
pF1KB3 CEYCGKYAPAEQFRGSKRFCSMTCAKRYNVSCSHQFRLKRKKMKEFQEANYARVRR-RGP
::.:::.. :..: :::::.:.::::::::::..: :.: . : ... : :: ::
CCDS77 CEFCGKMGYANEFLRSKRFCTMSCAKRYNVSCSKKFALSRWNRKPDNQSLGHRGRRPSGP
790 800 810 820 830 840
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pF1KB3 RRSSSDIARAKIQGKCHRGQEDSSRGSDNSSYDEALSPTSPGPLSVRAGHGERDLGNPNT
.. . .. ..:: . : ..: :.. : : : . ::.: .
CCDS77 DGAAREHILRQLPITYPSAEEDLA--SHEDSVPSAMT-TRLRRQSER--ERERELRDVRI
850 860 870 880 890
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pF1KB3 APPTPELHGINPVFLSSNPSRWSVEEVYEFIASLQGCQEIAEEFRSQEIDGQALLLLKEE
:: . :: ...:: :.:..:. :: :: :::.::.:::.:::::::::::::.
CCDS77 RK-MPENSDLLPV-AQTEPSIWTVDDVWAFIHSLPGCQDIADEFRAQEIDGQALLLLKED
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pF1KB3 HLMSAMNIKLGPALKICAKINVLKET
::::::::::::::::::.:: :::.
CCDS77 HLMSAMNIKLGPALKICARINSLKES
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>>CCDS46952.1 PHC3 gene_id:80012|Hs108|chr3 (995 aa)
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Smith-Waterman score: 1329; 34.1% identity (56.9% similar) in 1094 aa overlap (3-1004:25-995)
10 20 30
pF1KB3 METESEQNSNSTNGSSSSGGSSRPQIAQMSLYERQAVQ
. . .....:. ..::. ..:::. .: .:.:::
CCDS46 MAEAEFKDHSTAMDTEPNPGTSSVSTTTSSTTTTTITTSSSRMQQPQISVYSGSDRHAVQ
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80
pF1KB3 ALQ-ALQRQPN-AAQYFHQ--------FML------QQQLSNAQLHSLAAVQQATIAASR
..: ::.: :. ::::..: .:: ::.::..::.:::::: :.....:
CCDS46 VIQQALHRPPSSAAQYLQQMYAAQQQHLMLHTAALQQQHLSSSQLQSLAAVQ-ASLSSGR
70 80 90 100 110
90 100 110 120 130 140
pF1KB3 QASSPNTSTTQQQTTTTQASINLATT-SAAQLISRSQSVSSPSATTLTQSVLLGNTTSPP
..::. :.::: .. .:.::::.:. . ::::::::. :: :.. :..::: .:::
CCDS46 PSTSPTGSVTQQ-SSMSQTSINLSTSPTPAQLISRSQASSSTSGSITQQTMLLG-STSPT
120 130 140 150 160 170
150 160 170 180 190
pF1KB3 LNQSQAQMYLRPQLGNLLQVNRTLGRNVPLASQLILMPNGAVAAVQQEVP---SAQSPGV
:. :::::::: :. ::. : .:::::...: :..: .
CCDS46 LTASQAQMYLRAQM-------------------LIFTPATTVAAVQSDIPVVSSSSSSSC
180 190 200 210
200 210 220 230 240 250
pF1KB3 HADADQVQNLAVRNQQASAQGPQMQGSTQKAIPPGASPVSSLSQASSQALAVAQASSGAT
.. : :::::..:.:. .. . ...: :: ...::.
CCDS46 QSAATQVQNLTLRSQKLGVLSSSQNG------PP---------KSTSQT-----------
220 230 240 250
260 270 280 290 300 310
pF1KB3 NQSLNLSQAGGGSGNSIPGSMGPGGGGQAHGGLGQLPSSGMGGGSCPRKGTGVVQPLPAA
:::.. : :
CCDS46 -QSLTI---------------------------------------CHNK-----------
260
320 330 340 350 360 370
pF1KB3 QTVTVSQGSQTEAESAAAKKAEADGSGQQNVGMNLTRTATPAPSQTLISSATYTQIQPHS
::: :. :: . . ::.:. . .. . .:::.. . ::. :.:. :::::
CCDS46 TTVTSSKISQRDPSPESNKKGESPS--LESRSTAVTRTSSI---HQLIAPASYSPIQPHS
270 280 290 300 310
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pF1KB3 LIQQQQ-QIHLQQKQVVIQQQIAIHHQQQFQHRQSQLLHTATHLQLAQQQQQQQQQQQQQ
::..:: .: ..: .: : ::: :. : :...:. .:. :..
CCDS46 LIKHQQIPLHSPPSKVSHHQLIL---QQQQQQIQPITLQNSTQDPPPSQHCIPLQNHGLP
320 330 340 350 360 370
440 450 460 470 480 490
pF1KB3 QQPQATTLTAPQPPQVPPTQ-QVPPSQSQQQAQTLVVQPMLQSSPLSLPPDAAPKPPIPI
:. . .: : :. : :.:::. :..::.: :: : : .: :
CCDS46 PAPSNAQSQHCSPIQSHPSPLTVSPNQSQSAQQSVVVSPPPPHSP-SQSPTIIIHPQALI
380 390 400 410 420 430
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pF1KB3 QSKPPVAP-IKP-PQLG---AAKMSAAQQP--PPHIPVQVVGTRQPGTAQAQALGLAQLA
: .: :. ..: :.: : ...:. : : :.:. . . . : .: .:: ..
CCDS46 QPHPLVSSALQPGPNLQQSTANQVQATAQLNLPSHLPLPASPVVHIGPVQQSAL-VSPGQ
440 450 460 470 480 490
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 AAVPTSRGMPGTVQSGQAHLASSPPSSQAPGALQECPPTLAPGMTLAPVQGTAHVV-KGG
: :. . ...::. .:: : : .: : . :: : ... .: ... .:
CCDS46 QIVSPSHQQYSSLQSSPIPIASPPQMSTSPPA--QIPPL--PLQSMQSLQVQPEILSQGQ
500 510 520 530 540
610 620 630 640
pF1KB3 ATTSSPVVAQ--VPAAFYMQSVHLPGK----PQTLAVKRKA-------------------
. ... .:.. .::: . :.:: . :::.::. ..
CCDS46 VLVQNALVSEEELPAAEAL--VQLPFQTLPPPQTVAVNLQVQPPAPVDPPVVYQVEDVCE
550 560 570 580 590 600
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pF1KB3 -DSEEERDDVSTLGSMLPAKA-SPVAESPKVMDEKSSLGEKAESVANVNANAPSSELVAL
. :: :. . : . ::.: . .. .: :.: .. : : : :
CCDS46 EEMPEESDECVRMDRTPPPPTLSPAAITVGRGEDLTSEHPLLEQV-ELPAVASVSASVIK
610 620 630 640 650 660
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pF1KB3 TPA-PS---VPPPTL---AMVSRQMGDS----------KPPQAIVKPQILTHIIEGFVIQ
.:. :: :::: : : ..:. . : ::::::::::::::.:::::::
CCDS46 SPSDPSHVSVPPPPLLLPAATTRSNSTSMHSSIPSIENKPPQAIVKPQILTHVIEGFVIQ
670 680 690 700 710 720
750 760 770 780 790
pF1KB3 EGAEPFPVGCSQLLKES---EKPL-----------QTGLPTGLTENQSGGPLGVDSPSAE
:: :::::. :.:: :. ..:: : : .. . .... ... ::
CCDS46 EGLEPFPVSRSSLLIEQPVKKRPLLDNQVINSVCVQPELQNNTKHADNSSDTEMEDMIAE
730 740 750 760 770 780
800 810 820 830 840
pF1KB3 --LDK-KANLLKCEYCGKYAPAEQFRGSKRFCSMTCAKRYNVSCSHQFRLKRKKMKEFQE
:.. ..:::::.:::.. :..: :::::.:.::::::::::..: :.: . : ..
CCDS46 ETLEEMDSELLKCEFCGKMGYANEFLRSKRFCTMSCAKRYNVSCSKKFALSRWNRKPDNQ
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 ANYARVRR-RGPRRSSSDIARAKIQGKCHRGQEDSSRGSDNSSYDEALSPTSPGPLSVRA
. : :: :: .. . .. ..:: . : ..: :.. : : :
CCDS46 SLGHRGRRPSGPDGAAREHILRQLPITYPSAEEDLA--SHEDSVPSAMT-TRLRRQSER-
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
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