Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3684
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3684, 597 aa
1>>>pF1KB3684 597 - 597 aa - 597 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.3382+/-0.00106; mu= 0.4134+/- 0.064
mean_var=221.9971+/-44.682, 0's: 0 Z-trim(110.8): 45 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.086080
statistics sampled from 11861 (11893) to 11861 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.707), E-opt: 0.2 (0.365), width: 16
Scan time: 2.640
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1200.1 DCAF8 gene_id:50717|Hs108|chr1 ( 597) 4047 515.8 6e-146
CCDS35222.1 DCAF8L1 gene_id:139425|Hs108|chrX ( 600) 2649 342.2 1.1e-93
CCDS59162.1 DCAF8L2 gene_id:347442|Hs108|chrX ( 631) 2598 335.9 9.3e-92
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CCDS1267.2 DCAF6 gene_id:55827|Hs108|chr1 ( 880) 461 70.6 9.4e-12
CCDS55657.1 DCAF6 gene_id:55827|Hs108|chr1 ( 951) 461 70.6 1e-11
>>CCDS1200.1 DCAF8 gene_id:50717|Hs108|chr1 (597 aa)
initn: 4047 init1: 4047 opt: 4047 Z-score: 2733.7 bits: 515.8 E(32554): 6e-146
Smith-Waterman score: 4047; 100.0% identity (100.0% similar) in 597 aa overlap (1-597:1-597)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MSSKGSSTDGRTDLANGSLSSSPEEMSGAEEGRETSSGIEVEASDLSLSLTGDDGGPNRT
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CCDS12 MSSKGSSTDGRTDLANGSLSSSPEEMSGAEEGRETSSGIEVEASDLSLSLTGDDGGPNRT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 STESRGTDTESSGEDKDSDSMEDTGHYSINDENRVHDRSEEEEEEEEEEEEEQPRRRVQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 STESRGTDTESSGEDKDSDSMEDTGHYSINDENRVHDRSEEEEEEEEEEEEEQPRRRVQR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 KRANRDQDSSDDERALEDWVSSETSALPRPRWQALPALRERELGSSARFVYEACGARVFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 KRANRDQDSSDDERALEDWVSSETSALPRPRWQALPALRERELGSSARFVYEACGARVFV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 QRFRLQHGLEGHTGCVNTLHFNQRGTWLASGSDDLKVVVWDWVRRQPVLDFESGHKSNVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 QRFRLQHGLEGHTGCVNTLHFNQRGTWLASGSDDLKVVVWDWVRRQPVLDFESGHKSNVF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 QAKFLPNSGDSTLAMCARDGQVRVAELSATQCCKNTKRVAQHKGASHKLALEPDSPCTFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 QAKFLPNSGDSTLAMCARDGQVRVAELSATQCCKNTKRVAQHKGASHKLALEPDSPCTFL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 SAGEDAVVFTIDLRQDRPASKLVVTKEKEKKVGLYTIYVNPANTHQFAVGGRDQFVRIYD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 SAGEDAVVFTIDLRQDRPASKLVVTKEKEKKVGLYTIYVNPANTHQFAVGGRDQFVRIYD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 QRKIDENENNGVLKKFCPHHLVNSESKANITCLVYSHDGTELLASYNDEDIYLFNSSHSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 QRKIDENENNGVLKKFCPHHLVNSESKANITCLVYSHDGTELLASYNDEDIYLFNSSHSD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 GAQYVKRYKGHRNNATVKGVNFYGPKSEFVVSGSDCGHIFLWEKSSCQIIQFMEGDKGGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GAQYVKRYKGHRNNATVKGVNFYGPKSEFVVSGSDCGHIFLWEKSSCQIIQFMEGDKGGV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 VNCLEPHPHLPVLATSGLDHDVKIWAPTAEASTELTGLKDVIKKNKRERDEDSLHQTDLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 VNCLEPHPHLPVLATSGLDHDVKIWAPTAEASTELTGLKDVIKKNKRERDEDSLHQTDLF
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590
pF1KB3 DSHMLWFLMHHLRQRRHHRRWREPGVGATDADSDESPSSSDTSDEEEGPDRVQCMPS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 DSHMLWFLMHHLRQRRHHRRWREPGVGATDADSDESPSSSDTSDEEEGPDRVQCMPS
550 560 570 580 590
>>CCDS35222.1 DCAF8L1 gene_id:139425|Hs108|chrX (600 aa)
initn: 2506 init1: 2506 opt: 2649 Z-score: 1795.4 bits: 342.2 E(32554): 1.1e-93
Smith-Waterman score: 2649; 67.9% identity (84.9% similar) in 604 aa overlap (1-597:1-600)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MSSKGSSTDGRTDLANGSLSSSPEEMSGAEEGRETSSGIEVEASDLSLSLTGD--DGGP-
:: . .:: : ::.. :: :::::.::. .:: ::. :.. : . :: :::
CCDS35 MSHQEGSTGGLPDLVTESLFSSPEEQSGVAAVTAASSDIEMAATEPSTGDGGDTRDGGFL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 NRTSTESRGTDTESSGEDKDSDSMEDT--GHYSINDENRVHDRSEEEEEEEEE-EEEEQP
: .:::...::.:::.:: . .:: . :. ...:. .: ::::: ::: ::::::
CCDS35 NDASTENQNTDSESSSEDVELESMGEGLFGYPLVGEET---EREEEEEEMEEEGEEEEQP
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 RRRVQRKRANRDQDSSDDERALEDWVSSETSALPRPRWQALPALRERELGSSARFVYEAC
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CCDS35 RMCPRCGGTNHDQCLLDEDQALEEWISSETSALPRSRWQVLTALRQRQLGSSARFVYEAC
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 GARVFVQRFRLQHGLEGHTGCVNTLHFNQRGTWLASGSDDLKVVVWDWVRRQPVLDFESG
:::.::::::::. : .:.: :.:.::::::: :::..:::.:.::::::..:::.::::
CCDS35 GARTFVQRFRLQYLLGSHAGSVSTIHFNQRGTRLASSGDDLRVIVWDWVRQKPVLNFESG
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 HKSNVFQAKFLPNSGDSTLAMCARDGQVRVAELSATQCCKNTKRVAQHKGASHKLALEPD
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CCDS35 HDINVIQAKFFPNCGDSTLAMCGHDGQVRVAELINASYCENTKRVAKHRGPAHELALEPD
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 SPCTFLSAGEDAVVFTIDLRQDRPASKLVVTKEKEKKVGLYTIYVNPANTHQFAVGGRDQ
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CCDS35 SPYKFLTSGEDAVVFTIDLRQDRPASKVVVTRENDKKVGLYTISMNPANIYQFAVGGHDQ
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 FVRIYDQRKIDENENNGVLKKFCPHHLVNSESKANITCLVYSHDGTELLASYNDEDIYLF
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CCDS35 FVRIYDQRRIDKKENNGVLKKFTPHHLVYCDFPTNITCVVYSHDGTELLASYNDEDIYLF
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 NSSHSDGAQYVKRYKGHRNNATVKGVNFYGPKSEFVVSGSDCGHIFLWEKSSCQIIQFME
::: :::::::::::::::: :.: ::::::.::::::::::::.:.::::: :::::::
CCDS35 NSSLSDGAQYVKRYKGHRNNDTIKCVNFYGPRSEFVVSGSDCGHVFFWEKSSSQIIQFME
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 GDKGGVVNCLEPHPHLPVLATSGLDHDVKIWAPTAEASTELTGLKDVIKKNKRERDEDSL
::.: .::::::::.::::::::::. :.::.:::...::::::::::::::.:::::.:
CCDS35 GDRGDIVNCLEPHPYLPVLATSGLDQHVRIWTPTAKTATELTGLKDVIKKNKQERDEDNL
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KB3 HQTDLFDSHMLWFLMHHLRQRRHHRRWREPGVGATDADS-DESPSSSDTSDEEEGPDRVQ
. :: ::..:: :...:: :: :. ::. :. : . ::: :.:::: :::: ::::
CCDS35 NYTDSFDNRMLRFFVRHLLQRAHQPGWRDHGAEFPDEEELDESSSTSDTS-EEEGQDRVQ
540 550 560 570 580 590
pF1KB3 CMPS
:.::
CCDS35 CIPS
600
>>CCDS59162.1 DCAF8L2 gene_id:347442|Hs108|chrX (631 aa)
initn: 2682 init1: 2535 opt: 2598 Z-score: 1760.8 bits: 335.9 E(32554): 9.3e-92
Smith-Waterman score: 2769; 67.7% identity (83.4% similar) in 626 aa overlap (7-597:7-631)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MSSKGSSTDGRTDLANGSLSSSPEEMSGAEEGRETSSGIEVEASDLSLSLTGD-----DG
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CCDS59 MSHQEGSTDGLPDLGTESLFSSPEEQSGAVAATEASSDIDIATSELSVTVTGDGSDSRDG
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90
pF1KB3 G-PNRTSTESRGTDTESSGEDKDSDSMEDTGHYSINDENRVH------------------
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CCDS59 GFPNDASTENRSSDQESASEDIELESLEDFEHFLMSGESLFHYPLVGEEETEREEEDEEI
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140
pF1KB3 -----------DRSEEEEEEEEEEEEEQPRRRVQRKRANRDQDSSDDERALEDWVSSETS
.. :::::::::::::::: : . .:..: : ....:::.:::::::
CCDS59 QEEGGEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEQPRAGPQGSGGNHEQYSLEEDQALEEWVSSETS
130 140 150 160 170 180
150 160 170 180 190 200
pF1KB3 ALPRPRWQALPALRERELGSSARFVYEACGARVFVQRFRLQHGLEGHTGCVNTLHFNQRG
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CCDS59 ALPRPRWQVVTALHQRQLGSRPRFVYEACGARAFVQRFRLQYRLADHVGCVNTVHFNQRG
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250 260
pF1KB3 TWLASGSDDLKVVVWDWVRRQPVLDFESGHKSNVFQAKFLPNSGDSTLAMCARDGQVRVA
: :::..:::::.::::::..:::.::::: .:::::::::: :::::::::::::::::
CCDS59 TRLASSGDDLKVIVWDWVRQRPVLNFESGHTNNVFQAKFLPNCGDSTLAMCARDGQVRVA
250 260 270 280 290 300
270 280 290 300 310 320
pF1KB3 ELSATQCCKNTKRVAQHKGASHKLALEPDSPCTFLSAGEDAVVFTIDLRQDRPASKLVVT
:: .. .::: ::::.: .:::::::::: ::..:::::::::::::::::::.:::
CCDS59 ELINASYFNNTKCVAQHRGPAHKLALEPDSPYKFLTSGEDAVVFTIDLRQDRPASKVVVT
310 320 330 340 350 360
330 340 350 360 370 380
pF1KB3 KEKEKKVGLYTIYVNPANTHQFAVGGRDQFVRIYDQRKIDENENNGVLKKFCPHHLVNSE
.:..:::::::: ::::::.::::::.:::::::::::::..::::::::: :::::: .
CCDS59 RENDKKVGLYTITVNPANTYQFAVGGQDQFVRIYDQRKIDKKENNGVLKKFTPHHLVNCD
370 380 390 400 410 420
390 400 410 420 430 440
pF1KB3 SKANITCLVYSHDGTELLASYNDEDIYLFNSSHSDGAQYVKRYKGHRNNATVKGVNFYGP
.::::.:::::::::::::::.::::::::::::::: ::.::::::.::::::::::
CCDS59 FPTNITCVVYSHDGTELLASYNDDDIYLFNSSHSDGAQYSKRFKGHRNNTTVKGVNFYGP
430 440 450 460 470 480
450 460 470 480 490 500
pF1KB3 KSEFVVSGSDCGHIFLWEKSSCQIIQFMEGDKGGVVNCLEPHPHLPVLATSGLDHDVKIW
.::::::::::::::.:::::::::::..:.. :..:::::::.::::: ::::::::::
CCDS59 RSEFVVSGSDCGHIFFWEKSSCQIIQFLKGSREGTINCLEPHPYLPVLACSGLDHDVKIW
490 500 510 520 530 540
510 520 530 540 550 560
pF1KB3 APTAEASTELTGLKDVIKKNKRERDEDSLHQTDLFDSHMLWFLMHHLRQRRHHRRWREPG
.:::.:.::::::: :::::: ::::::::. .:::..:::::..:. :: .:. ::
CCDS59 TPTAKAATELTGLKKVIKKNKWERDEDSLHHGSLFDQYMLWFLLRHVTQRGRHQDWRSGE
550 560 570 580 590 600
570 580 590
pF1KB3 VGATDADSDESPSSSDTSDEEEGPDRVQCMPS
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CCDS59 AEFPDEESDESSSTSETS-EEEVQDRVQCMPS
610 620 630
>>CCDS30933.1 DCAF6 gene_id:55827|Hs108|chr1 (860 aa)
initn: 732 init1: 312 opt: 461 Z-score: 324.6 bits: 70.6 E(32554): 9.2e-12
Smith-Waterman score: 502; 32.5% identity (60.3% similar) in 302 aa overlap (142-426:2-291)
120 130 140 150 160
pF1KB3 EQPRRRVQRKRANRDQDSSDDERALEDWVSSETSALPRPRWQALPALRERELG--SSARF
:. .. :. :. .:.: :: . .:.
CCDS30 MSRGGSYPHLLWD----VRKRSLGLEDPSRL
10 20
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 VYEACGARVFVQRFRLQHGLEGHTGCVNTLHFNQRGTWLASGSDDLKVVVWDWVRRQPVL
. : : :.::..:. :. : :::::. .:. : .. ::::: :.:. . :. .
CCDS30 RSRYLGRREFIQRLKLEATLNVHDGCVNTICWNDTGEYILSGSDDTKLVISNPYSRKVLT
30 40 50 60 70 80
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 DFESGHKSNVFQAKFLPNSGDSTLAMCARDGQVRVAELSATQCCKNTKRVAQHKGASHKL
..:::..:.:.::::: ..:. .. :. :: . ... . . . : :.....
CCDS30 TIRSGHRANIFSAKFLPCTNDKQIVSCSGDGVIFYTNVEQDAETNRQCQFTCHYGTTYEI
90 100 110 120 130 140
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 ALEPDSPCTFLSAGEDAVVFTIDLRQDRPASKLVVTKEKEK-------KVGLYTIYVNPA
:..: :::: :::..: .: : : ::: : . . .. . :
CCDS30 MTVPNDPYTFLSCGEDGTVRWFDTRI-----KTSCTKEDCKDDILINCRRAATSVAICPP
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350 360 370 380 390
pF1KB3 NTHQFAVGGRDQFVRIYDQRKIDENENN--------GVLKKFCPHHLVNSESKANITCLV
. .::: :. :::::.: . .. :.. .: : :: :. . .: :
CCDS30 IPYYLAVGCSDSSVRIYDRRMLGTRATGNYAGRGTTGMVARFIPSHLNNKSCR--VTSLC
210 220 230 240 250 260
400 410 420 430 440 450
pF1KB3 YSHDGTELLASYNDEDIYLFNSSHSDGAQYVKRYKGHRNNATVKGVNFYGPKSEFVVSGS
::.:: :.:.::... ::::. . .: :. .:
CCDS30 YSEDGQEILVSYSSDYIYLFDPK-DDTARELKTPSAEERREELRQPPVKRLRLRGDWSDT
270 280 290 300 310
460 470 480 490 500 510
pF1KB3 DCGHIFLWEKSSCQIIQFMEGDKGGVVNCLEPHPHLPVLATSGLDHDVKIWAPTAEASTE
CCDS30 GPRARPESERERDGEQSPNVSLMQRMSDMLSRWFEEASEVAQSNRGRGRSRPRGGTSQSD
320 330 340 350 360 370
>>CCDS1267.2 DCAF6 gene_id:55827|Hs108|chr1 (880 aa)
initn: 732 init1: 312 opt: 461 Z-score: 324.5 bits: 70.6 E(32554): 9.4e-12
Smith-Waterman score: 502; 32.5% identity (60.3% similar) in 302 aa overlap (142-426:2-291)
120 130 140 150 160
pF1KB3 EQPRRRVQRKRANRDQDSSDDERALEDWVSSETSALPRPRWQALPALRERELG--SSARF
:. .. :. :. .:.: :: . .:.
CCDS12 MSRGGSYPHLLWD----VRKRSLGLEDPSRL
10 20
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 VYEACGARVFVQRFRLQHGLEGHTGCVNTLHFNQRGTWLASGSDDLKVVVWDWVRRQPVL
. : : :.::..:. :. : :::::. .:. : .. ::::: :.:. . :. .
CCDS12 RSRYLGRREFIQRLKLEATLNVHDGCVNTICWNDTGEYILSGSDDTKLVISNPYSRKVLT
30 40 50 60 70 80
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 DFESGHKSNVFQAKFLPNSGDSTLAMCARDGQVRVAELSATQCCKNTKRVAQHKGASHKL
..:::..:.:.::::: ..:. .. :. :: . ... . . . : :.....
CCDS12 TIRSGHRANIFSAKFLPCTNDKQIVSCSGDGVIFYTNVEQDAETNRQCQFTCHYGTTYEI
90 100 110 120 130 140
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 ALEPDSPCTFLSAGEDAVVFTIDLRQDRPASKLVVTKEKEK-------KVGLYTIYVNPA
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CCDS12 MTVPNDPYTFLSCGEDGTVRWFDTRI-----KTSCTKEDCKDDILINCRRAATSVAICPP
150 160 170 180 190 200
350 360 370 380 390
pF1KB3 NTHQFAVGGRDQFVRIYDQRKIDENENN--------GVLKKFCPHHLVNSESKANITCLV
. .::: :. :::::.: . .. :.. .: : :: :. . .: :
CCDS12 IPYYLAVGCSDSSVRIYDRRMLGTRATGNYAGRGTTGMVARFIPSHLNNKSCR--VTSLC
210 220 230 240 250 260
400 410 420 430 440 450
pF1KB3 YSHDGTELLASYNDEDIYLFNSSHSDGAQYVKRYKGHRNNATVKGVNFYGPKSEFVVSGS
::.:: :.:.::... ::::. . .: :. .:
CCDS12 YSEDGQEILVSYSSDYIYLFDPK-DDTARELKTPSAEERREELRQPPVKRLRLRGDWSDT
270 280 290 300 310
460 470 480 490 500 510
pF1KB3 DCGHIFLWEKSSCQIIQFMEGDKGGVVNCLEPHPHLPVLATSGLDHDVKIWAPTAEASTE
CCDS12 GPRARPESERERDGEQSPNVSLMQRMSDMLSRWFEEASEVAQSNRGRGRSRPRGGTSQSD
320 330 340 350 360 370
>>CCDS55657.1 DCAF6 gene_id:55827|Hs108|chr1 (951 aa)
initn: 732 init1: 312 opt: 461 Z-score: 324.0 bits: 70.6 E(32554): 1e-11
Smith-Waterman score: 502; 32.5% identity (60.3% similar) in 302 aa overlap (142-426:2-291)
120 130 140 150 160
pF1KB3 EQPRRRVQRKRANRDQDSSDDERALEDWVSSETSALPRPRWQALPALRERELG--SSARF
:. .. :. :. .:.: :: . .:.
CCDS55 MSRGGSYPHLLWD----VRKRSLGLEDPSRL
10 20
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 VYEACGARVFVQRFRLQHGLEGHTGCVNTLHFNQRGTWLASGSDDLKVVVWDWVRRQPVL
. : : :.::..:. :. : :::::. .:. : .. ::::: :.:. . :. .
CCDS55 RSRYLGRREFIQRLKLEATLNVHDGCVNTICWNDTGEYILSGSDDTKLVISNPYSRKVLT
30 40 50 60 70 80
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 DFESGHKSNVFQAKFLPNSGDSTLAMCARDGQVRVAELSATQCCKNTKRVAQHKGASHKL
..:::..:.:.::::: ..:. .. :. :: . ... . . . : :.....
CCDS55 TIRSGHRANIFSAKFLPCTNDKQIVSCSGDGVIFYTNVEQDAETNRQCQFTCHYGTTYEI
90 100 110 120 130 140
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