Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3699
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3699, 851 aa
1>>>pF1KB3699 851 - 851 aa - 851 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8772+/-0.00101; mu= 13.6953+/- 0.061
mean_var=113.9899+/-22.329, 0's: 0 Z-trim(107.9): 29 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.120127
statistics sampled from 9819 (9838) to 9819 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.673), E-opt: 0.2 (0.302), width: 16
Scan time: 4.320
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8917.1 STAT2 gene_id:6773|Hs108|chr12 ( 851) 5722 1003.3 0
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CCDS2309.1 STAT1 gene_id:6772|Hs108|chr2 ( 750) 1849 332.0 2.3e-90
CCDS2310.1 STAT4 gene_id:6775|Hs108|chr2 ( 748) 1767 317.8 4.4e-86
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CCDS32656.1 STAT3 gene_id:6774|Hs108|chr17 ( 770) 1445 262.0 2.9e-69
CCDS59288.1 STAT3 gene_id:6774|Hs108|chr17 ( 722) 1443 261.7 3.4e-69
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CCDS11424.1 STAT5A gene_id:6776|Hs108|chr17 ( 794) 561 108.8 3.8e-23
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CCDS8931.1 STAT6 gene_id:6778|Hs108|chr12 ( 847) 530 103.5 1.7e-21
CCDS74066.1 STAT5A gene_id:6776|Hs108|chr17 ( 763) 345 71.4 6.9e-12
>>CCDS8917.1 STAT2 gene_id:6773|Hs108|chr12 (851 aa)
initn: 5722 init1: 5722 opt: 5722 Z-score: 5362.4 bits: 1003.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5722; 100.0% identity (100.0% similar) in 851 aa overlap (1-851:1-851)
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 FHFLDQLNYECGRCSQDPESLLLQHNLRKFCRDIQPFSQDPTQLAEMIFNLLLEEKRILI
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 QAQRAQLEQGEPVLETPVESQQHEIESRILDLRAMMEKLVKSISQLKDQQDVFCFRYKIQ
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 AKGKTPSLDPHQTKEQKILQETLNELDKRRKEVLDASKALLGRLTTLIELLLPKLEEWKA
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 NAQVTELLQRLLHRAFVVETQPCMPQTPHRPLILKTGSKFTVRTRLLVRLQEGNESLTVE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 VSIDRNPPQLQGFRKFNILTSNQKTLTPEKGQSQGLIWDFGYLTLVEQRSGGSGKGSNKG
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pF1KB3 PLGVTEELHIISFTVKYTYQGLKQELKTDTLPVVIISNMNQLSIAWASVLWFNLLSPNLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 PLGVTEELHIISFTVKYTYQGLKQELKTDTLPVVIISNMNQLSIAWASVLWFNLLSPNLQ
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490 500 510 520 530 540
pF1KB3 NQQFFSNPPKAPWSLLGPALSWQFSSYVGRGLNSDQLSMLRNKLFGQNCRTEDPLLSWAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 NQQFFSNPPKAPWSLLGPALSWQFSSYVGRGLNSDQLSMLRNKLFGQNCRTEDPLLSWAD
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550 560 570 580 590 600
pF1KB3 FTKRESPPGKLPFWTWLDKILELVHDHLKDLWNDGRIMGFVSRSQERRLLKKTMSGTFLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 FTKRESPPGKLPFWTWLDKILELVHDHLKDLWNDGRIMGFVSRSQERRLLKKTMSGTFLL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 RFSESSEGGITCSWVEHQDDDKVLIYSVQPYTKEVLQSLPLTEIIRHYQLLTEENIPENP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 RFSESSEGGITCSWVEHQDDDKVLIYSVQPYTKEVLQSLPLTEIIRHYQLLTEENIPENP
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 LRFLYPRIPRDEAFGCYYQEKVNLQERRKYLKHRLIVVSNRQVDELQQPLELKPEPELES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 LRFLYPRIPRDEAFGCYYQEKVNLQERRKYLKHRLIVVSNRQVDELQQPLELKPEPELES
670 680 690 700 710 720
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pF1KB3 LELELGLVPEPELSLDLEPLLKAGLDLGPELESVLESTLEPVIEPTLCMVSQTVPEPDQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 LELELGLVPEPELSLDLEPLLKAGLDLGPELESVLESTLEPVIEPTLCMVSQTVPEPDQG
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 PVSQPVPEPDLPCDLRHLNTEPMEIFRNCVKIEEIMPNGDPLLAGQNTVDEVYVSRPSHF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 PVSQPVPEPDLPCDLRHLNTEPMEIFRNCVKIEEIMPNGDPLLAGQNTVDEVYVSRPSHF
790 800 810 820 830 840
850
pF1KB3 YTDGPLMPSDF
:::::::::::
CCDS89 YTDGPLMPSDF
850
>>CCDS55836.1 STAT2 gene_id:6773|Hs108|chr12 (847 aa)
initn: 5025 init1: 5025 opt: 5674 Z-score: 5317.5 bits: 995.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5674; 99.5% identity (99.5% similar) in 851 aa overlap (1-851:1-847)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MAQWEMLQNLDSPFQDQLHQLYSHSLLPVDIRQYLAVWIEDQNWQEAALGSDDSKATMLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB3 FHFLDQLNYECGRCSQDPESLLLQHNLRKFCRDIQPFSQDPTQLAEMIFNLLLEEKRILI
::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::
CCDS55 FHFLDQLNYECGRCSQDPESLLLQHNLRKFCRDIQ----DPTQLAEMIFNLLLEEKRILI
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 QAQRAQLEQGEPVLETPVESQQHEIESRILDLRAMMEKLVKSISQLKDQQDVFCFRYKIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 AKGKTPSLDPHQTKEQKILQETLNELDKRRKEVLDASKALLGRLTTLIELLLPKLEEWKA
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pF1KB3 QQQKACIRAPIDHGLEQLETWFTAGAKLLFHLRQLLKELKGLSCLVSYQDDPLTKGVDLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 QQQKACIRAPIDHGLEQLETWFTAGAKLLFHLRQLLKELKGLSCLVSYQDDPLTKGVDLR
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pF1KB3 NAQVTELLQRLLHRAFVVETQPCMPQTPHRPLILKTGSKFTVRTRLLVRLQEGNESLTVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 NAQVTELLQRLLHRAFVVETQPCMPQTPHRPLILKTGSKFTVRTRLLVRLQEGNESLTVE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB3 FTKRESPPGKLPFWTWLDKILELVHDHLKDLWNDGRIMGFVSRSQERRLLKKTMSGTFLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 FTKRESPPGKLPFWTWLDKILELVHDHLKDLWNDGRIMGFVSRSQERRLLKKTMSGTFLL
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pF1KB3 RFSESSEGGITCSWVEHQDDDKVLIYSVQPYTKEVLQSLPLTEIIRHYQLLTEENIPENP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 RFSESSEGGITCSWVEHQDDDKVLIYSVQPYTKEVLQSLPLTEIIRHYQLLTEENIPENP
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pF1KB3 LRFLYPRIPRDEAFGCYYQEKVNLQERRKYLKHRLIVVSNRQVDELQQPLELKPEPELES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 LRFLYPRIPRDEAFGCYYQEKVNLQERRKYLKHRLIVVSNRQVDELQQPLELKPEPELES
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pF1KB3 LELELGLVPEPELSLDLEPLLKAGLDLGPELESVLESTLEPVIEPTLCMVSQTVPEPDQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 LELELGLVPEPELSLDLEPLLKAGLDLGPELESVLESTLEPVIEPTLCMVSQTVPEPDQG
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pF1KB3 PVSQPVPEPDLPCDLRHLNTEPMEIFRNCVKIEEIMPNGDPLLAGQNTVDEVYVSRPSHF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 PVSQPVPEPDLPCDLRHLNTEPMEIFRNCVKIEEIMPNGDPLLAGQNTVDEVYVSRPSHF
780 790 800 810 820 830
850
pF1KB3 YTDGPLMPSDF
:::::::::::
CCDS55 YTDGPLMPSDF
840
>>CCDS42793.1 STAT1 gene_id:6772|Hs108|chr2 (712 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MAQWEMLQNLDSPFQDQLHQLYSHSLLPVDIRQYLAVWIEDQNWQEAALGSDDSKATMLF
:.:: ::.::: : .:.::::. :. :..:::::: :.: :.:..:: .: : ::. :
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pF1KB3 FHFLDQLNYECGRCSQDPESLLLQHNLRKFCRDIQP-FSQDPTQLAEMIFNLLLEEKRIL
.:.::. . .: : . ...:::::.:: :..: :..:: :.. .:.. : ::..::
CCDS42 HDLLSQLDDQYSRFSLE-NNFLLQHNIRKSKRNLQDNFQEDPIQMSMIIYSCLKEERKIL
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pF1KB3 IQAQRAQLEQGEPVLETPVESQQHEIESRILDLR--AM-MEKLVKSISQLKDQQDVFCFR
.::: . :. . : . ..:.:..:.. ... .: .:. .::. .:.:. : :
CCDS42 ENAQRFNQAQSGNIQSTVMLDKQKELDSKVRNVKDKVMCIEHEIKSLEDLQDEYDFKCKT
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180 190 200 210 220 230
pF1KB3 YKIQAKGKTPSLDPHQTKEQKILQETLNELDKRRKEVLDASKALLGRLTTLIE--LLLPK
. . . . : .:: .:.. ::..::::. ::. .: : . :. .
CCDS42 LQNREHETNGVAKSDQKQEQLLLKKMYLMLDNKRKEVVHKIIELLN-VTELTQNALINDE
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 LEEWKAQQQKACIRAPIDHGLEQLETWFTAGAKLLFHLRQLLKELKGLSCLVSYQDDPLT
: ::: .::.::: .: . :.::..::: :. : ..:: ::.:. : .:. ::.:
CCDS42 LVEWKRRQQSACIGGPPNACLDQLQNWFTIVAESLQQVRQQLKKLEELEQKYTYEHDPIT
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 KGVDLRNAQVTELLQRLLHRAFVVETQPCMPQTPHRPLILKTGSKFTVRTRLLVRLQEGN
:. .. .. :.:.:.. .:::: ::::: :.:::.:::: .:::. ::::.::: :
CCDS42 KNKQVLWDRTFSLFQQLIQSSFVVERQPCMPTHPQRPLVLKTGVQFTVKLRLLVKLQELN
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 ESLTVEVSIDRNPPQ---LQGFRKFNILTSNQKTLTPEKGQSQGLIWDFGYLTLVEQRSG
.: :.: .:.. . ..:::::::: .. :... :.. . .: .: .: : ::...
CCDS42 YNLKVKVLFDKDVNERNTVKGFRKFNILGTHTKVMNMEESTNGSLAAEFRHLQLKEQKNA
360 370 380 390 400 410
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pF1KB3 GSGKGSNKGPLGVTEELHIISFTVKYTYQGLKQELKTDTLPVVIISNMNQLSIAWASVLW
:. .:.::: :::::: .:: .. :: .:.: .::::.:::..:: .:::.::
CCDS42 GTR--TNEGPLIVTEELHSLSFETQLCQPGLVIDLETTSLPVVVISNVSQLPSGWASILW
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pF1KB3 FNLLSPNLQNQQFFSNPPKAPWSLLGPALSWQFSSYVGRGLNSDQLSMLRNKLFGQNCRT
.:.: . .: .:: .:: : :. :. .::::::: . :::: :::.:: .::.: : .
CCDS42 YNMLVAEPRNLSFFLTPPCARWAQLSEVLSWQFSSVTKRGLNVDQLNMLGEKLLGPNA-S
480 490 500 510 520 530
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pF1KB3 EDPLLSWADFTKRESPPGKLPFWTWLDKILELVHDHLKDLWNDGRIMGFVSRSQERRLLK
: :. :. : :.. ..::: :...::::.. :: ::::: ::::.:. .:: :::
CCDS42 PDGLIPWTRFCKENINDKNFPFWLWIESILELIKKHLLPLWNDGCIMGFISKERERALLK
540 550 560 570 580 590
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pF1KB3 KTMSGTFLLRFSESS-EGGITCSWVEH-QDDDKVLIYSVQPYTKEVLQSLPLTEIIRHYQ
. ::::::::::: ::.:: .:::. :. . ...:.::::. :... . .:::.:.
CCDS42 DQQPGTFLLRFSESSREGAITFTWVERSQNGGEPDFHAVEPYTKKELSAVTFPDIIRNYK
600 610 620 630 640 650
650 660 670 680 690 700
pF1KB3 LLTEENIPENPLRFLYPRIPRDEAFGCYYQ------EKVNLQERRK--YLKHRLIVVSNR
... ::::::::..::: : .:.::: ::. : ..:. . :.: .:: ::
CCDS42 VMAAENIPENPLKYLYPNIDKDHAFGKYYSRPKEAPEPMELDGPKGTGYIKTELISVSEV
660 670 680 690 700 710
710 720 730 740 750 760
pF1KB3 QVDELQQPLELKPEPELESLELELGLVPEPELSLDLEPLLKAGLDLGPELESVLESTLEP
>>CCDS2309.1 STAT1 gene_id:6772|Hs108|chr2 (750 aa)
initn: 1423 init1: 512 opt: 1849 Z-score: 1735.7 bits: 332.0 E(32554): 2.3e-90
Smith-Waterman score: 1867; 43.4% identity (71.2% similar) in 737 aa overlap (1-717:1-729)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MAQWEMLQNLDSPFQDQLHQLYSHSLLPVDIRQYLAVWIEDQNWQEAALGSDDSKATMLF
:.:: ::.::: : .:.::::. :. :..:::::: :.: :.:..:: .: : ::. :
CCDS23 MSQWYELQQLDSKFLEQVHQLYDDSF-PMEIRQYLAQWLEKQDWEHAA--NDVSFATIRF
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB3 FHFLDQLNYECGRCSQDPESLLLQHNLRKFCRDIQP-FSQDPTQLAEMIFNLLLEEKRIL
.:.::. . .: : . ...:::::.:: :..: :..:: :.. .:.. : ::..::
CCDS23 HDLLSQLDDQYSRFSLE-NNFLLQHNIRKSKRNLQDNFQEDPIQMSMIIYSCLKEERKIL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 IQAQRAQLEQGEPVLETPVESQQHEIESRILDLR--AM-MEKLVKSISQLKDQQDVFCFR
.::: . :. . : . ..:.:..:.. ... .: .:. .::. .:.:. : :
CCDS23 ENAQRFNQAQSGNIQSTVMLDKQKELDSKVRNVKDKVMCIEHEIKSLEDLQDEYDFKCKT
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 YKIQAKGKTPSLDPHQTKEQKILQETLNELDKRRKEVLDASKALLGRLTTLIE--LLLPK
. . . . : .:: .:.. ::..::::. ::. .: : . :. .
CCDS23 LQNREHETNGVAKSDQKQEQLLLKKMYLMLDNKRKEVVHKIIELLN-VTELTQNALINDE
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 LEEWKAQQQKACIRAPIDHGLEQLETWFTAGAKLLFHLRQLLKELKGLSCLVSYQDDPLT
: ::: .::.::: .: . :.::..::: :. : ..:: ::.:. : .:. ::.:
CCDS23 LVEWKRRQQSACIGGPPNACLDQLQNWFTIVAESLQQVRQQLKKLEELEQKYTYEHDPIT
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CCDS32 RAILSTKPPGTFLLRFSESSKEGGVTFTWVEKDISGKTQIQSVEPYTKQQLNNMSFAEII
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CCDS32 MGYKIMDATNILVSPLVYLYPDIPKEEAFGKYCRPESQEHPEADPGSAAPYLKTKFICVT
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CCDS59 HNLLGEIDQQYSRFLQES-NVLYQHNLRRIKQFLQSRYLEKPMEIARIVARCLWEESRLL
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CCDS59 YKTLKSQGDMQDLNGNNQSVTRQKMQQLEQMLTALDQMRRSIVSELAGLLSAMEYVQKTL
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]