Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3747
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3747, 326 aa
1>>>pF1KB3747 326 - 326 aa - 326 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7173+/-0.00124; mu= 14.2714+/- 0.075
mean_var=122.1988+/-25.770, 0's: 0 Z-trim(104.2): 185 B-trim: 0 in 0/48
Lambda= 0.116022
statistics sampled from 7551 (7772) to 7551 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.618), E-opt: 0.2 (0.239), width: 16
Scan time: 2.450
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12193.1 ELAVL1 gene_id:1994|Hs108|chr19 ( 326) 2156 372.6 2.5e-103
CCDS55298.1 ELAVL2 gene_id:1993|Hs108|chr9 ( 346) 1656 288.9 4e-78
CCDS44140.1 ELAVL4 gene_id:1996|Hs108|chr1 ( 366) 1036 185.1 7.2e-47
CCDS44138.1 ELAVL4 gene_id:1996|Hs108|chr1 ( 366) 1036 185.1 7.2e-47
CCDS53315.1 ELAVL4 gene_id:1996|Hs108|chr1 ( 369) 1036 185.1 7.2e-47
CCDS72788.1 ELAVL4 gene_id:1996|Hs108|chr1 ( 371) 1036 185.1 7.3e-47
CCDS553.1 ELAVL4 gene_id:1996|Hs108|chr1 ( 380) 1036 185.2 7.4e-47
CCDS81321.1 ELAVL4 gene_id:1996|Hs108|chr1 ( 385) 1036 185.2 7.5e-47
CCDS44139.2 ELAVL4 gene_id:1996|Hs108|chr1 ( 402) 1036 185.2 7.7e-47
CCDS6515.1 ELAVL2 gene_id:1993|Hs108|chr9 ( 359) 1023 183.0 3.2e-46
CCDS45978.1 ELAVL3 gene_id:1995|Hs108|chr19 ( 360) 991 177.6 1.3e-44
CCDS32912.1 ELAVL3 gene_id:1995|Hs108|chr19 ( 367) 987 176.9 2.1e-44
>>CCDS12193.1 ELAVL1 gene_id:1994|Hs108|chr19 (326 aa)
initn: 2156 init1: 2156 opt: 2156 Z-score: 1968.7 bits: 372.6 E(32554): 2.5e-103
Smith-Waterman score: 2156; 100.0% identity (100.0% similar) in 326 aa overlap (1-326:1-326)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MSNGYEDHMAEDCRGDIGRTNLIVNYLPQNMTQDELRSLFSSIGEVESAKLIRDKVAGHS
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CCDS12 MSNGYEDHMAEDCRGDIGRTNLIVNYLPQNMTQDELRSLFSSIGEVESAKLIRDKVAGHS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 LGYGFVNYVTAKDAERAINTLNGLRLQSKTIKVSYARPSSEVIKDANLYISGLPRTMTQK
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CCDS12 LGYGFVNYVTAKDAERAINTLNGLRLQSKTIKVSYARPSSEVIKDANLYISGLPRTMTQK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 DVEDMFSRFGRIINSRVLVDQTTGLSRGVAFIRFDKRSEAEEAITSFNGHKPPGSSEPIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 DVEDMFSRFGRIINSRVLVDQTTGLSRGVAFIRFDKRSEAEEAITSFNGHKPPGSSEPIT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 VKFAANPNQNKNVALLSQLYHSPARRFGGPVHHQAQRFRFSPMGVDHMSGLSGVNVPGNA
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CCDS12 VKFAANPNQNKNVALLSQLYHSPARRFGGPVHHQAQRFRFSPMGVDHMSGLSGVNVPGNA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 SSGWCIFIYNLGQDADEGILWQMFGPFGAVTNVKVIRDFNTNKCKGFGFVTMTNYEEAAM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 SSGWCIFIYNLGQDADEGILWQMFGPFGAVTNVKVIRDFNTNKCKGFGFVTMTNYEEAAM
250 260 270 280 290 300
310 320
pF1KB3 AIASLNGYRLGDKILQVSFKTNKSHK
::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 AIASLNGYRLGDKILQVSFKTNKSHK
310 320
>>CCDS55298.1 ELAVL2 gene_id:1993|Hs108|chr9 (346 aa)
initn: 1656 init1: 1656 opt: 1656 Z-score: 1516.1 bits: 288.9 E(32554): 4e-78
Smith-Waterman score: 1656; 76.9% identity (94.5% similar) in 308 aa overlap (19-326:38-345)
10 20 30 40
pF1KB3 MSNGYEDHMAEDCRGDIGRTNLIVNYLPQNMTQDELRSLFSSIGEVES
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CCDS55 GPTCNNTANGPTTINNNCSSPVDSGNTEDSKTNLIVNYLPQNMTQEELKSLFGSIGEIES
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 AKLIRDKVAGHSLGYGFVNYVTAKDAERAINTLNGLRLQSKTIKVSYARPSSEVIKDANL
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CCDS55 CKLVRDKITGQSLGYGFVNYIDPKDAEKAINTLNGLRLQTKTIKVSYARPSSASIRDANL
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 YISGLPRTMTQKDVEDMFSRFGRIINSRVLVDQTTGLSRGVAFIRFDKRSEAEEAITSFN
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CCDS55 YVSGLPKTMTQKELEQLFSQYGRIITSRILVDQVTGISRGVGFIRFDKRIEAEEAIKGLN
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 GHKPPGSSEPITVKFAANPNQNKNVALLSQLYHSPARRFGGPVHHQAQRFRFSPMGVDHM
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CCDS55 GQKPPGATEPITVKFANNPSQKTNQAILSQLYQSPNRRYPGPLAQQAQRFRFSPMTIDGM
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 SGLSGVNVPGNASSGWCIFIYNLGQDADEGILWQMFGPFGAVTNVKVIRDFNTNKCKGFG
..:.:.:.::. ..:::::.:::. ::::.::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 TSLAGINIPGHPGTGWCIFVYNLAPDADESILWQMFGPFGAVTNVKVIRDFNTNKCKGFG
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320
pF1KB3 FVTMTNYEEAAMAIASLNGYRLGDKILQVSFKTNKSHK
:::::::.::::::::::::::::..:::::::::.::
CCDS55 FVTMTNYDEAAMAIASLNGYRLGDRVLQVSFKTNKTHKA
310 320 330 340
>>CCDS44140.1 ELAVL4 gene_id:1996|Hs108|chr1 (366 aa)
initn: 1188 init1: 1027 opt: 1036 Z-score: 954.9 bits: 185.1 E(32554): 7.2e-47
Smith-Waterman score: 1606; 72.2% identity (90.7% similar) in 324 aa overlap (16-326:42-365)
10 20 30 40
pF1KB3 MSNGYEDHMAEDCRGDIGRTNLIVNYLPQNMTQDELRSLFSSIGE
: ..::::::::::::::.:.::::.::::
CCDS44 VSNGPTSNTSNGPSSNNRNCPSPMQTGATTDDSKTNLIVNYLPQNMTQEEFRSLFGSIGE
20 30 40 50 60 70
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 VESAKLIRDKVAGHSLGYGFVNYVTAKDAERAINTLNGLRLQSKTIKVSYARPSSEVIKD
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CCDS44 IESCKLVRDKITGQSLGYGFVNYIDPKDAEKAINTLNGLRLQTKTIKVSYARPSSASIRD
80 90 100 110 120 130
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 ANLYISGLPRTMTQKDVEDMFSRFGRIINSRVLVDQTTGLSRGVAFIRFDKRSEAEEAIT
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CCDS44 ANLYVSGLPKTMTQKELEQLFSQYGRIITSRILVDQVTGVSRGVGFIRFDKRIEAEEAIK
140 150 160 170 180 190
170 180 190 200 210
pF1KB3 SFNGHKPPGSSEPITVKFAANPNQNKNVALLSQLYHSPARRFGGPVHHQAQRFR------
..::.:: :..:::::::: ::.:... :::::::.:: ::. ::.::::::::
CCDS44 GLNGQKPSGATEPITVKFANNPSQKSSQALLSQLYQSPNRRYPGPLHHQAQRFRLDNLLN
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250 260 270
pF1KB3 -------FSPMGVDHMSGLSGVNVPGNASSGWCIFIYNLGQDADEGILWQMFGPFGAVTN
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CCDS44 MAYGVKRFSPITIDGMTSLVGMNIPGHTGTGWCIFVYNLSPDSDESVLWQLFGPFGAVNN
260 270 280 290 300 310
280 290 300 310 320
pF1KB3 VKVIRDFNTNKCKGFGFVTMTNYEEAAMAIASLNGYRLGDKILQVSFKTNKSHK
:::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::..:::::::::.::
CCDS44 VKVIRDFNTNKCKGFGFVTMTNYDEAAMAIASLNGYRLGDRVLQVSFKTNKAHKS
320 330 340 350 360
>>CCDS44138.1 ELAVL4 gene_id:1996|Hs108|chr1 (366 aa)
initn: 1188 init1: 1027 opt: 1036 Z-score: 954.9 bits: 185.1 E(32554): 7.2e-47
Smith-Waterman score: 1606; 72.2% identity (90.7% similar) in 324 aa overlap (16-326:42-365)
10 20 30 40
pF1KB3 MSNGYEDHMAEDCRGDIGRTNLIVNYLPQNMTQDELRSLFSSIGE
: ..::::::::::::::.:.::::.::::
CCDS44 VSNGPTSNTSNGPSSNNRNCPSPMQTGATTDDSKTNLIVNYLPQNMTQEEFRSLFGSIGE
20 30 40 50 60 70
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 VESAKLIRDKVAGHSLGYGFVNYVTAKDAERAINTLNGLRLQSKTIKVSYARPSSEVIKD
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CCDS44 IESCKLVRDKITGQSLGYGFVNYIDPKDAEKAINTLNGLRLQTKTIKVSYARPSSASIRD
80 90 100 110 120 130
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 ANLYISGLPRTMTQKDVEDMFSRFGRIINSRVLVDQTTGLSRGVAFIRFDKRSEAEEAIT
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CCDS44 ANLYVSGLPKTMTQKELEQLFSQYGRIITSRILVDQVTGVSRGVGFIRFDKRIEAEEAIK
140 150 160 170 180 190
170 180 190 200 210
pF1KB3 SFNGHKPPGSSEPITVKFAANPNQNKNVALLSQLYHSPARRFGGPVHHQAQRFR------
..::.:: :..:::::::: ::.:... :::::::.:: ::. ::.::::::::
CCDS44 GLNGQKPSGATEPITVKFANNPSQKSSQALLSQLYQSPNRRYPGPLHHQAQRFRLDNLLN
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250 260 270
pF1KB3 -------FSPMGVDHMSGLSGVNVPGNASSGWCIFIYNLGQDADEGILWQMFGPFGAVTN
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CCDS44 MAYGVKRFSPITIDGMTSLVGMNIPGHTGTGWCIFVYNLSPDSDESVLWQLFGPFGAVNN
260 270 280 290 300 310
280 290 300 310 320
pF1KB3 VKVIRDFNTNKCKGFGFVTMTNYEEAAMAIASLNGYRLGDKILQVSFKTNKSHK
:::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::..:::::::::.::
CCDS44 VKVIRDFNTNKCKGFGFVTMTNYDEAAMAIASLNGYRLGDRVLQVSFKTNKAHKS
320 330 340 350 360
>>CCDS53315.1 ELAVL4 gene_id:1996|Hs108|chr1 (369 aa)
initn: 1188 init1: 1027 opt: 1036 Z-score: 954.9 bits: 185.1 E(32554): 7.2e-47
Smith-Waterman score: 1606; 72.2% identity (90.7% similar) in 324 aa overlap (16-326:45-368)
10 20 30 40
pF1KB3 MSNGYEDHMAEDCRGDIGRTNLIVNYLPQNMTQDELRSLFSSIGE
: ..::::::::::::::.:.::::.::::
CCDS53 VSNGPTSNTSNGPSSNNRNCPSPMQTGATTDDSKTNLIVNYLPQNMTQEEFRSLFGSIGE
20 30 40 50 60 70
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 VESAKLIRDKVAGHSLGYGFVNYVTAKDAERAINTLNGLRLQSKTIKVSYARPSSEVIKD
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CCDS53 IESCKLVRDKITGQSLGYGFVNYIDPKDAEKAINTLNGLRLQTKTIKVSYARPSSASIRD
80 90 100 110 120 130
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 ANLYISGLPRTMTQKDVEDMFSRFGRIINSRVLVDQTTGLSRGVAFIRFDKRSEAEEAIT
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CCDS53 ANLYVSGLPKTMTQKELEQLFSQYGRIITSRILVDQVTGVSRGVGFIRFDKRIEAEEAIK
140 150 160 170 180 190
170 180 190 200 210
pF1KB3 SFNGHKPPGSSEPITVKFAANPNQNKNVALLSQLYHSPARRFGGPVHHQAQRFR------
..::.:: :..:::::::: ::.:... :::::::.:: ::. ::.::::::::
CCDS53 GLNGQKPSGATEPITVKFANNPSQKSSQALLSQLYQSPNRRYPGPLHHQAQRFRLDNLLN
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250 260 270
pF1KB3 -------FSPMGVDHMSGLSGVNVPGNASSGWCIFIYNLGQDADEGILWQMFGPFGAVTN
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CCDS53 MAYGVKRFSPITIDGMTSLVGMNIPGHTGTGWCIFVYNLSPDSDESVLWQLFGPFGAVNN
260 270 280 290 300 310
280 290 300 310 320
pF1KB3 VKVIRDFNTNKCKGFGFVTMTNYEEAAMAIASLNGYRLGDKILQVSFKTNKSHK
:::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::..:::::::::.::
CCDS53 VKVIRDFNTNKCKGFGFVTMTNYDEAAMAIASLNGYRLGDRVLQVSFKTNKAHKS
320 330 340 350 360
>>CCDS72788.1 ELAVL4 gene_id:1996|Hs108|chr1 (371 aa)
initn: 1188 init1: 1027 opt: 1036 Z-score: 954.8 bits: 185.1 E(32554): 7.3e-47
Smith-Waterman score: 1606; 72.2% identity (90.7% similar) in 324 aa overlap (16-326:47-370)
10 20 30 40
pF1KB3 MSNGYEDHMAEDCRGDIGRTNLIVNYLPQNMTQDELRSLFSSIGE
: ..::::::::::::::.:.::::.::::
CCDS72 VSNGPTSNTSNGPSSNNRNCPSPMQTGATTDDSKTNLIVNYLPQNMTQEEFRSLFGSIGE
20 30 40 50 60 70
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 VESAKLIRDKVAGHSLGYGFVNYVTAKDAERAINTLNGLRLQSKTIKVSYARPSSEVIKD
.:: ::.:::..:.:::::::::. ::::.:::::::::::.:::::::::::: :.:
CCDS72 IESCKLVRDKITGQSLGYGFVNYIDPKDAEKAINTLNGLRLQTKTIKVSYARPSSASIRD
80 90 100 110 120 130
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 ANLYISGLPRTMTQKDVEDMFSRFGRIINSRVLVDQTTGLSRGVAFIRFDKRSEAEEAIT
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CCDS72 ANLYVSGLPKTMTQKELEQLFSQYGRIITSRILVDQVTGVSRGVGFIRFDKRIEAEEAIK
140 150 160 170 180 190
170 180 190 200 210
pF1KB3 SFNGHKPPGSSEPITVKFAANPNQNKNVALLSQLYHSPARRFGGPVHHQAQRFR------
..::.:: :..:::::::: ::.:... :::::::.:: ::. ::.::::::::
CCDS72 GLNGQKPSGATEPITVKFANNPSQKSSQALLSQLYQSPNRRYPGPLHHQAQRFRLDNLLN
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250 260 270
pF1KB3 -------FSPMGVDHMSGLSGVNVPGNASSGWCIFIYNLGQDADEGILWQMFGPFGAVTN
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CCDS72 MAYGVKRFSPITIDGMTSLVGMNIPGHTGTGWCIFVYNLSPDSDESVLWQLFGPFGAVNN
260 270 280 290 300 310
280 290 300 310 320
pF1KB3 VKVIRDFNTNKCKGFGFVTMTNYEEAAMAIASLNGYRLGDKILQVSFKTNKSHK
:::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::..:::::::::.::
CCDS72 VKVIRDFNTNKCKGFGFVTMTNYDEAAMAIASLNGYRLGDRVLQVSFKTNKAHKS
320 330 340 350 360 370
>>CCDS553.1 ELAVL4 gene_id:1996|Hs108|chr1 (380 aa)
initn: 1194 init1: 1027 opt: 1036 Z-score: 954.7 bits: 185.2 E(32554): 7.4e-47
Smith-Waterman score: 1578; 69.2% identity (87.0% similar) in 338 aa overlap (16-326:42-379)
10 20 30 40
pF1KB3 MSNGYEDHMAEDCRGDIGRTNLIVNYLPQNMTQDELRSLFSSIGE
: ..::::::::::::::.:.::::.::::
CCDS55 VSNGPTSNTSNGPSSNNRNCPSPMQTGATTDDSKTNLIVNYLPQNMTQEEFRSLFGSIGE
20 30 40 50 60 70
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 VESAKLIRDKVAGHSLGYGFVNYVTAKDAERAINTLNGLRLQSKTIKVSYARPSSEVIKD
.:: ::.:::..:.:::::::::. ::::.:::::::::::.:::::::::::: :.:
CCDS55 IESCKLVRDKITGQSLGYGFVNYIDPKDAEKAINTLNGLRLQTKTIKVSYARPSSASIRD
80 90 100 110 120 130
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 ANLYISGLPRTMTQKDVEDMFSRFGRIINSRVLVDQTTGLSRGVAFIRFDKRSEAEEAIT
::::.::::.:::::..:..::..::::.::.::::.::.::::.::::::: ::::::
CCDS55 ANLYVSGLPKTMTQKELEQLFSQYGRIITSRILVDQVTGVSRGVGFIRFDKRIEAEEAIK
140 150 160 170 180 190
170 180 190 200 210
pF1KB3 SFNGHKPPGSSEPITVKFAANPNQNKNVALLSQLYHSPARRFGGPVHHQAQRFR------
..::.:: :..:::::::: ::.:... :::::::.:: ::. ::.::::::::
CCDS55 GLNGQKPSGATEPITVKFANNPSQKSSQALLSQLYQSPNRRYPGPLHHQAQRFRLDNLLN
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250
pF1KB3 ---------------------FSPMGVDHMSGLSGVNVPGNASSGWCIFIYNLGQDADEG
:::. .: :..: :.:.::....:::::.:::. :.::.
CCDS55 MAYGVKRLMSGPVPPSACPPRFSPITIDGMTSLVGMNIPGHTGTGWCIFVYNLSPDSDES
260 270 280 290 300 310
260 270 280 290 300 310
pF1KB3 ILWQMFGPFGAVTNVKVIRDFNTNKCKGFGFVTMTNYEEAAMAIASLNGYRLGDKILQVS
.:::.:::::::.::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::..::::
CCDS55 VLWQLFGPFGAVNNVKVIRDFNTNKCKGFGFVTMTNYDEAAMAIASLNGYRLGDRVLQVS
320 330 340 350 360 370
320
pF1KB3 FKTNKSHK
:::::.::
CCDS55 FKTNKAHKS
380
>>CCDS81321.1 ELAVL4 gene_id:1996|Hs108|chr1 (385 aa)
initn: 1194 init1: 1027 opt: 1036 Z-score: 954.7 bits: 185.2 E(32554): 7.5e-47
Smith-Waterman score: 1578; 69.2% identity (87.0% similar) in 338 aa overlap (16-326:47-384)
10 20 30 40
pF1KB3 MSNGYEDHMAEDCRGDIGRTNLIVNYLPQNMTQDELRSLFSSIGE
: ..::::::::::::::.:.::::.::::
CCDS81 VSNGPTSNTSNGPSSNNRNCPSPMQTGATTDDSKTNLIVNYLPQNMTQEEFRSLFGSIGE
20 30 40 50 60 70
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 VESAKLIRDKVAGHSLGYGFVNYVTAKDAERAINTLNGLRLQSKTIKVSYARPSSEVIKD
.:: ::.:::..:.:::::::::. ::::.:::::::::::.:::::::::::: :.:
CCDS81 IESCKLVRDKITGQSLGYGFVNYIDPKDAEKAINTLNGLRLQTKTIKVSYARPSSASIRD
80 90 100 110 120 130
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 ANLYISGLPRTMTQKDVEDMFSRFGRIINSRVLVDQTTGLSRGVAFIRFDKRSEAEEAIT
::::.::::.:::::..:..::..::::.::.::::.::.::::.::::::: ::::::
CCDS81 ANLYVSGLPKTMTQKELEQLFSQYGRIITSRILVDQVTGVSRGVGFIRFDKRIEAEEAIK
140 150 160 170 180 190
170 180 190 200 210
pF1KB3 SFNGHKPPGSSEPITVKFAANPNQNKNVALLSQLYHSPARRFGGPVHHQAQRFR------
..::.:: :..:::::::: ::.:... :::::::.:: ::. ::.::::::::
CCDS81 GLNGQKPSGATEPITVKFANNPSQKSSQALLSQLYQSPNRRYPGPLHHQAQRFRLDNLLN
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250
pF1KB3 ---------------------FSPMGVDHMSGLSGVNVPGNASSGWCIFIYNLGQDADEG
:::. .: :..: :.:.::....:::::.:::. :.::.
CCDS81 MAYGVKRLMSGPVPPSACPPRFSPITIDGMTSLVGMNIPGHTGTGWCIFVYNLSPDSDES
260 270 280 290 300 310
260 270 280 290 300 310
pF1KB3 ILWQMFGPFGAVTNVKVIRDFNTNKCKGFGFVTMTNYEEAAMAIASLNGYRLGDKILQVS
.:::.:::::::.::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::..::::
CCDS81 VLWQLFGPFGAVNNVKVIRDFNTNKCKGFGFVTMTNYDEAAMAIASLNGYRLGDRVLQVS
320 330 340 350 360 370
320
pF1KB3 FKTNKSHK
:::::.::
CCDS81 FKTNKAHKS
380
>>CCDS44139.2 ELAVL4 gene_id:1996|Hs108|chr1 (402 aa)
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10 20 30 40
pF1KB3 MSNGYEDHMAEDCRGDIGRTNLIVNYLPQNMTQDELRSLFSSIGE
: ..::::::::::::::.:.::::.::::
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50 60 70 80 90 100
pF1KB3 VESAKLIRDKVAGHSLGYGFVNYVTAKDAERAINTLNGLRLQSKTIKVSYARPSSEVIKD
.:: ::.:::..:.:::::::::. ::::.:::::::::::.:::::::::::: :.:
CCDS44 IESCKLVRDKITGQSLGYGFVNYIDPKDAEKAINTLNGLRLQTKTIKVSYARPSSASIRD
110 120 130 140 150 160
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 ANLYISGLPRTMTQKDVEDMFSRFGRIINSRVLVDQTTGLSRGVAFIRFDKRSEAEEAIT
::::.::::.:::::..:..::..::::.::.::::.::.::::.::::::: ::::::
CCDS44 ANLYVSGLPKTMTQKELEQLFSQYGRIITSRILVDQVTGVSRGVGFIRFDKRIEAEEAIK
170 180 190 200 210 220
170 180 190 200 210
pF1KB3 SFNGHKPPGSSEPITVKFAANPNQNKNVALLSQLYHSPARRFGGPVHHQAQRFR------
..::.:: :..:::::::: ::.:... :::::::.:: ::. ::.::::::::
CCDS44 GLNGQKPSGATEPITVKFANNPSQKSSQALLSQLYQSPNRRYPGPLHHQAQRFRLDNLLN
230 240 250 260 270 280
220 230 240 250 260 270
pF1KB3 -------FSPMGVDHMSGLSGVNVPGNASSGWCIFIYNLGQDADEGILWQMFGPFGAVTN
:::. .: :..: :.:.::....:::::.:::. :.::..:::.:::::::.:
CCDS44 MAYGVKRFSPITIDGMTSLVGMNIPGHTGTGWCIFVYNLSPDSDESVLWQLFGPFGAVNN
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280 290 300 310 320
pF1KB3 VKVIRDFNTNKCKGFGFVTMTNYEEAAMAIASLNGYRLGDKILQVSFKTNKSHK
:::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::..:::::::::.::
CCDS44 VKVIRDFNTNKCKGFGFVTMTNYDEAAMAIASLNGYRLGDRVLQVSFKTNKAHKS
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>>CCDS6515.1 ELAVL2 gene_id:1993|Hs108|chr9 (359 aa)
initn: 1181 init1: 1020 opt: 1023 Z-score: 943.3 bits: 183.0 E(32554): 3.2e-46
Smith-Waterman score: 1620; 73.8% identity (90.7% similar) in 321 aa overlap (19-326:38-358)
10 20 30 40
pF1KB3 MSNGYEDHMAEDCRGDIGRTNLIVNYLPQNMTQDELRSLFSSIGEVES
.::::::::::::::.::.:::.::::.::
CCDS65 GPTCNNTANGPTTINNNCSSPVDSGNTEDSKTNLIVNYLPQNMTQEELKSLFGSIGEIES
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 AKLIRDKVAGHSLGYGFVNYVTAKDAERAINTLNGLRLQSKTIKVSYARPSSEVIKDANL
::.:::..:.:::::::::. ::::.:::::::::::.:::::::::::: :.::::
CCDS65 CKLVRDKITGQSLGYGFVNYIDPKDAEKAINTLNGLRLQTKTIKVSYARPSSASIRDANL
70 80 90 100 110 120
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pF1KB3 YISGLPRTMTQKDVEDMFSRFGRIINSRVLVDQTTGLSRGVAFIRFDKRSEAEEAITSFN
:.::::.:::::..:..::..::::.::.::::.::.::::.::::::: :::::: ..:
CCDS65 YVSGLPKTMTQKELEQLFSQYGRIITSRILVDQVTGISRGVGFIRFDKRIEAEEAIKGLN
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210
pF1KB3 GHKPPGSSEPITVKFAANPNQNKNVALLSQLYHSPARRFGGPVHHQAQRFR---------
:.::::..:::::::: ::.:. : :.:::::.:: ::. ::. .::::::
CCDS65 GQKPPGATEPITVKFANNPSQKTNQAILSQLYQSPNRRYPGPLAQQAQRFRLDNLLNMAY
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KB3 ----FSPMGVDHMSGLSGVNVPGNASSGWCIFIYNLGQDADEGILWQMFGPFGAVTNVKV
:::: .: :..:.:.:.::. ..:::::.:::. ::::.:::::::::::::::::
CCDS65 GVKRFSPMTIDGMTSLAGINIPGHPGTGWCIFVYNLAPDADESILWQMFGPFGAVTNVKV
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320
pF1KB3 IRDFNTNKCKGFGFVTMTNYEEAAMAIASLNGYRLGDKILQVSFKTNKSHK
::::::::::::::::::::.::::::::::::::::..:::::::::.::
CCDS65 IRDFNTNKCKGFGFVTMTNYDEAAMAIASLNGYRLGDRVLQVSFKTNKTHKA
310 320 330 340 350
326 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 02:38:47 2016 done: Fri Nov 4 02:38:48 2016
Total Scan time: 2.450 Total Display time: 0.020
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]